九州大学 研究者情報
発表一覧
田代 康介(たしろ こうすけ) データ更新日:2023.12.11

准教授 /  農学研究院 生命機能科学部門 システム生物工学


学会発表等
1. 橋本竜晴、藤木司、宮原大輔、田代 康介、片倉喜範、岸原健二, ヒト正常線維芽細胞TIG-1におけるCAGE法による細胞老化関連遺伝子の探索, 第46回日本分子生物学会, 2023.12, ヒト正常線維芽細胞TIG-1は、分裂回数の増加に伴い細胞の増殖低下、扁平肥大化、SA-β-gal活性の上昇など分裂老化(replicative senescence)の表現型を呈する。本研究では、TIG-1細胞における細胞老化関連候補遺伝子の探索を目的として、CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)法による解析で発現変化のあった(logFC>2、logFC
2. 藤木司、田代 康介、片倉喜範、岸原健二, ヒト正常線維芽細胞TIG-1におけるCAGE(Cap Analysis of Gene Expression)法による細胞老化特異的転写開始モチーフ解析, 第46回日本分子生物学会, 2023.12, 本研究では、ヒト正常線維芽細胞の細胞老化に伴う各プロモーター領域での転写因子の使用頻度や転写因子結合モチーフにおけるクラスター集積量(使用頻度)の変化を解析することを目的とし、CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)法による網羅的解析を行った。TIG-1細胞の25 population doubling level (PDL)と45PDLとの比較で各結合モチーフへの転写因子クラスター集積が顕著に変化する5つの転写因子結合モチーフ(Arid5a, MEF2C, Hic1、EGR1、ZNF263)のうちArid5a、MEF2C、Hic1結合モチーフについては使用頻度が上昇し、EGR1、ZNF263については減少することが明らかとなった。RT-qPCRの結果より、これら5つのモチーフ配列はゲノム上に存在する類似モチーフ配列を使用したものと予想し、JASPARデータベースにより5つのモチーフ配列を含む類似の転写因子結合コンセンサスモチーフについて検索し、MEF2Cでは20種類、Hic1では275種類の高い相同性を有する転写因子結合モチーフ間が確認された。さらにIPA(Ingenuity Pathway Analysis)シグナルパスウェイ解析により転写因子結合モチーフ間におけるネットワーク解析を行ったところ、ERK1/2、p38、NF-κB 、Akt、CREB1、FOXO3、FOXP3、GATA2、GATA3、FOSなどストレス応答性因子をはじめとする様々な因子によるネットワーク形成が明らかとなった。また、Hic1結合モチーフと類似配列において使用頻度が上昇したモチーフ間における上流制御因子検索(Causual Network Analysis)を実施したところ、活性化因子として6因子、抑制性因子として19因子の候補が抽出された。これらについてより詳細な解析を行うことで転写制御による抗加齢、抗ストレス転写制御機構の解明に役立つと考えられる。.
3. 梶塚香月、田島珠里、岡本愛華、田代 康介, 大腸がん細胞におけるGalanin Receptorの機能, 第46回日本分子生物学会, 2023.12, がんの罹患者数および死亡者数は年々増加しており、その治療は、がん細胞が周囲の組織へ浸潤し、他臓器へ転移して全身へ広がることで困難になる。その中でも大腸がんは一般的に浸潤能が高く、進行に伴って他の臓器やリンパ節に転移することで、生存率が大幅に減少する。そのため、がん細胞の浸潤および転移機構を解明することが、今後の治療法開発における重要な課題である。

 大腸がん転移予測マーカーを探す先行研究では、神経ペプチドGalanin(GAL)が再発した大腸がん患者で高発現しており、GALはMAPK / ERKシグナル伝達経路を介して大腸がん細胞の浸潤を促進することが明らかになった。GALとは30アミノ酸からなるペプチドで、細胞から分必されて細胞外に存在する。細胞外のGALは細胞膜にある3種類の受容体Galanin Receptor(GALR1,2,3)のいずれかと結合すると細胞内にシグナルを伝達し、記憶、認知、摂食など様々な生理的プロセスに作用する。しかしながら、Galaninによる浸潤促進機構の詳細は明らかになっていない。そこで、GALRとその下流にある細胞内シグナルに着目し、大腸がん細胞の浸潤におけるGALRの機能解明を目的としている。

 GAL高発現・高浸潤能のヒト大腸がん由来細胞HCT116では、GALR1、2はほとんど発現しておらず、GALR3は顕著に発現が高い。そこで、GALR1, 2を発現増加(OE)、GALR3をノックダウン(KD)し、マトリゲル浸潤アッセイを行ったところ、GALR1 OEとGALR3 KDにおいて浸潤能の低下が見られた。したがって、HCT116において、GALR1は浸潤を抑制する一方で、GALR3は促進することが示唆された。次にGALR1の発現を増加させ、ERKのリン酸化レベルを調べたところ、変化が見られなかった。この結果からERKの下流あるいは他の経路を介して浸潤を抑制することが考えられる。GALR3下流の詳細な浸潤促進機構については、現在解析中である。.
4. 川口桃果、菅康太、田代 康介, Glucoseによる筋線維タイプの制御, 第46回日本分子生物学会, 2023.12, 骨格筋は人体組織の中で、およそ40%を占めており運動機能やエネルギー代謝に寄与している。骨格筋の筋線維は、短距離走や筋トレ等の瞬発的な動きが得意な“速筋線維”と、ウォーキング等の持久的な動きが得意な“遅筋線維”の大きく2種類に分けられる。しかし、これらへの分化メカニズムは未解明な部分が多い。グルコース(ブドウ糖)は生きるうえで不可欠なエネルギー源であり、貯蔵型のグリコーゲンに形を変えて肝臓や筋肉に取り込まれる。本研究では、筋芽細胞株C2C12の分化過程において、グルコースが骨格筋細胞の筋線維分化に与える影響とメカニズムの解明を目的とした。

まず、グルコースが筋線維分化に及ぼす影響を解明するために、分化培地のグルコース濃度を変化させて分化培養を行った。遺伝子発現解析の結果、速筋分化は低グルコース濃度条件下で促進されたが、遅筋分化はグルコース濃度変化の影響をほとんど受けなかった。続いて、グルコースが筋線維分化に影響を及ぼす分化時期を明らかにするために、分化過程の初期、中期、後期のそれぞれでグルコース濃度を変化させ、遺伝子発現解析を行った。結果、分化初期段階において、グルコースが速筋分化に影響を及ぼすことが明らかになった。最後に、低グルコース濃度条件下で速筋分化が促進されるメカニズムを探るため、網羅的遺伝子発現解析を行った。結果、MAPK経路などの関与が示唆された。本研究結果から、分化初期段階の低グルコース条件が速筋分化を促進し、その機構にはMAPK経路等が関与していると示唆された。現在、この速筋分化制御機構について、より詳細に解析中である。.
5. 田島珠里、梶塚香月、田代 康介, ヒト大腸がん由来細胞の浸潤におけるGalanin受容体の機能, 第46回日本分子生物学会, 2023.12, がんは日本において最大の死亡原因であり、部位別では大腸がんが罹患率・死亡率ともに上位に位置している。大腸がんは進行とともにリンパ管や血管に侵入(浸潤)し、移動することで他器官や離れたリンパ節へ転移し、患者の長期生存率を大幅に低下させる。治療効果や予後を改善するためには、がんの悪性化の分子機構をさらに解明し、標的治療のためのバイオマーカーを見つけることが重要となる。

神経ペプチドGalaninは種々の悪性腫瘍において発現が確認されており、先行研究ではGalaninの発現が、がん患者音予後不良に関連することが見出されている。さらに、大腸がん細胞においてGalaninの発現を抑制することで浸潤能が低下することを見出した。Galaninは、Galanin受容体1(GALR1)、Galanin受容体2(GALR2)、Galanin受容体3(GALR3)という3種類の受容体を介して機能している。これらの受容体はどれもGタンパク質共役受容体であり、Glaninがこれらを介してがん細胞の浸潤や遊走などの細胞運動に影響を及ぼしていると推定されている。各受容体は、局在する組織によって異なる機能が報告されているため、がん細胞の浸潤に対する機能とそれぞれのシグナル伝達経路を明らかにすることが重要である。

研究対象としているヒト大腸がん由来細胞は、3種類のガラニン受容体を安定に発現しておらず、これが機能解明を困難にしているため、本研究では各受容体の安定過剰発現株をヒト大腸がん由来細胞HCT116にて作成し、各受容体が細胞の浸潤や運動にどのように関与しているのかを明らかにしてきた。現在までに、3種類の受容体が示す機能は異なることが明らかになった。ここでは、各受容体の下流のシグナルとして機能していると思われるMAPkinaseシグナル経路などの因子の解析結果をもとに、異なる機能を発揮する機構について議論したい。.
6. 川端佑里、田代 康介, 幹細胞の筋分化誘導における細胞間接着状態が遺伝子発現に与える影響, 第46回日本分子生物学会, 2023.12, 哺乳類の筋組織は、骨格筋、心筋、平滑筋に大別される。再生医療において、幹細胞を各筋細胞に分化させ、さらに適切に組織化させることは重要な課題である。幹細胞の筋分化過程で、胚様体とよばれる細胞の凝集塊を形成する段階を経る。その際に密集した細胞同士で何らかのやり取りが行われ、それらが各種筋細胞の分化を決定していると考えられるが、その詳細な分子機構は明らかにされていない。本研究では細胞の接着状態の変化が筋細胞分化に影響があることを示し、その詳細な機構を明らかにすることで適切な分化を可能にすることを目的としている。

 本研究では、マウス幹細胞であるP19細胞を用いて実験を行った。P19細胞は、1%ジメチルスルホキシドを添加することによって筋細胞へと分化することが知られている多能性幹細胞である。この細胞を培養し、骨格筋・平滑筋・心筋のそれぞれの遺伝子マーカーを用いて解析したところ、各マーカー遺伝子の発現量の上昇を確認したことから、3種類の筋細胞が分化することを確認した。

 まず、分化過程において細胞の接着が遺伝子発現に影響するのかを明らかにするため、分化4日目にトリプシンによって胚様体の細胞間接着を解離させて培養したところ、骨格筋および平滑筋の分化状態は大きく影響を受け、凝集させて培養した細胞と比較して分化効率が異なった。

 特に、細胞間接着を解離させた条件において、分化5・6日目に平滑筋マーカーの発現量が顕著に増加した。この変化に関与する遺伝子群を探るため、網羅的な遺伝子解析を行うことで重要な遺伝子群を推測した。
 以上より、マウス幹細胞を筋細胞に分化させる過程において、細胞の接着状態が各筋組織の分化効率が変化することが判明し、接着状態が分化に与える機構の解明への手がかりを明らかにする結果を得ることができた。
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7. 寺野早紀子、須和田拓郎、田代 康介, Prdm6によるP19細胞の中胚葉分化制御, 第46回日本分子生物学会, 2023.12, 多細胞生物は1つの受精卵が増殖、分化を繰り返すことで複雑な体を形成する。これを構成する細胞の多種多様な形態や機能は細胞内で発現している遺伝子が制御されることで決定される。本研究で注目したPrdm遺伝子はN末端側にPRDI-BF1-RIZ1 homologous(PR)ドメインを、C末端側には複数のZinc finger(ZF)ドメインを有しており、ドメインの数や位置によって特徴づけられている。PRドメインはリジンメチル基転移酵素として知られているSETドメインと相同な配列を持っており、ZFドメインはDNAに結合する性質を持つため、Prdm遺伝子はヒストンのメチル化に関与する転写因子であることが示唆されている。

 本研究では神経細胞や心筋細胞への分化能を持つP19細胞を用いて、Prdmファミリーの一員であるPrdm6遺伝子の筋分化過程における機能を解明することを目的としている。中胚葉の初期発生はエピジェネティック制御や複数のシグナル伝達経路、細胞同士の相互作用などが複雑に入り組んだ過程であり、詳細な機構については不明な点が多い。先行研究より、Prdm6がヒストンのアセチル化を介してWnt signalを制御することで初期中胚葉分化に関与することが明らかとなっている。

 P19の細胞において、Prdm6-KO細胞を作成し、P19細胞における機能を解析した結果、P19細胞の未分化状態と 中胚葉分化過程の2つの局面においてPrdm6が機能していることが明らかになった。P19細胞の未分化状態におけるPrdm6の機能を解明するために、遺伝子発現プロファイルを解析した結果、Prdm6のターゲット遺伝子の同定に成功し、GSEA解析から、中胚葉分化決定に機能していることが推定された。現在、中胚葉分化過程における機能やターゲット遺伝子の推定を進めている。

 再生医療などにおいては、幹細胞が持つ自己複製能や多分化能を正常に維持することが必要であり、詳細な分子機構の解明が求められている。Prdm6による詳細な制御機構を明らかにすることは、細胞の分化能の維持という機構に関して、普遍的な原理解明につながることが期待される。.
8. 梶藤木 司、田代 康介、片倉 喜範、岸原 健二, ヒト正常線維芽細胞 TIG-1における CAGE( CapAnalysisofGeneExpression)法による細胞老化特異的転写開始モチーフの解析, 第45回日本分子生物学会, 2022.11.
9. 梶塚 香月、岡本 愛華、田代 康介, 腸がん細胞における神経ペプチド Galaninの浸潤制御機構, 第45回日本分子生物学会, 2022.11.
10. 川端 佑里、笠 智美、田代 康介, 幹細胞の筋分化誘導における細胞間接着状態が遺伝子発現に与える影響, 第45回日本分子生物学会, 2022.11.
11. 野辺 愛耶、岡本 愛華、田代 康介 , がん細胞の浸潤過程における線維芽細胞の機能, 第45回日本分子生物学会, 2022.11.
12. 樋口樹心, 宮部大地, 河原弘樹, 牟田滋, 田代康介, エマルションドロップレットを用いたセルラーゼ生産菌の探索, 第60回 化学関連支部合同九州大会, 2023.07.
13. 桑原孝輔, 馬場映, 田代康介, 抗加齢物質であるセラミドを生産する麹菌に関する研究, 第60回 化学関連支部合同九州大会, 2023.07.
14. 福島遼己, 牟田滋, 田代康介, 加齢関連因子が筋分化に与える影響, 第60回 化学関連支部合同九州大会, 2023.07.
15. 宮部大地, 榎本亜紀子, 牟田滋, 田代康介, WODLによる抗生物質生産菌の単離, 第60回 化学関連支部合同九州大会, 2023.07.
16. 川口桃果, 田代康介, 菅康太, Glucoseによる筋繊維タイプの制御, 第60回 化学関連支部合同九州大会, 2023.07.
17. 古田理人, 馬場映, 田代康介, Aspergillus oryzae由来の天然ヒト型セラミドに関する研究, 第59回 化学関連支部合同九州大会, 2022.07.
18. 佐々木優太郎, 西村悠, 田代康介, ポリフェノールがヒト大腸癌細胞に及ぼす影響, 第59回 化学関連支部合同九州大会, 2022.07.
19. 野辺愛耶, 岡本愛華, 小野花香, 田代康介, がん細胞の浸潤における線維芽細胞の影響, 第59回 化学関連支部合同九州大会, 2022.07.
20. 宮部大地, 川本智也, 河原弘樹, 牟田滋, 田代康介, エマルションドロップレット培養法を用いた抗生物質産生菌の探索, 第59回 化学関連支部合同九州大会, 2022.07.
21. 西村尭, 馬場映, 田代康介, マウスP19細胞の中胚葉分化におけるprdm6遺伝子の機能, 第59回 化学関連支部合同九州大会, 2022.07.
22. 菅康太, 田代康介, 馬場映, 石橋洋平, 植木達朗, 脇山元気, 麹菌内におけるセラミド代謝の解析, 第58回 化学関連支部合同九州大会, 2021.07.
23. 長谷川平, 金相完, 田代康介, 醤油麹菌のゲノム解析, 第58回 化学関連支部合同九州大会, 2021.07.
24. 川本智也, 田代康介, 牟田滋, エマルションドロップレットを用いた微生物スクリーニング手法の開発, 第58回 化学関連支部合同九州大会, 2021.07.
25. 長谷川 平、金 相完、濱田 浩幸、田代 康介 Taira Hasegawa, Sangwan Kim, Hiroyuki Hamada, Kosuke Tashiro, RNA発現プロファイルデータと深層学習を用いた老化に関する研究
Research on aging using RNA expression profile data and deep learning, 日本農芸化学会2022年度大会, 2022.03, 運動機能や免疫機能は年齢を重ねるにつれて低下する傾向にある。しかし、全ての人で同様に年齢
に比例して身体機能が低下するわけではなく、個人によって加齢スピードは異なる。そのため、時間
に付随する年齢と相異なる生理学的年齢の予測は加齢に伴う身体機能の変化の理解や予防に役立つ。
しかし、老化のメカニズムは未解明の部分が多く、生理学的年齢を測定する方法もわかっていない。
そこで、膨大な蓄積をもつ RNA プロファイルを利用し機械学習を通して生理学的年齢の予測を試みた。
Gene Expression Omnibus データベースから、個体週齢が明記されたマウス骨格筋の RNA プロファイ
ルを抽出し、機械学習を試みた。データベース上の RNA 発現プロファイルは、データそれぞれで実験
手法や環境や系統が異なることから、それらのデータを統合して使用する例が少なかった。本研究は、
抽出データを共通する遺伝子の情報のみを抜き出すことで統合し、次元圧縮法と畳み込みニューラル
ネットワークを組み合わせることで、プロファイルから年齢を予測するパイプラインを作成した。
構築したパイプラインは、若年のデータを取り除くことで、高い精度で年齢を予測することができ
た。この結果は、データベースの統合データが年齢による変化を内包する可能性を示唆した。今後は
データ数を増やすことによって、より高い精度で生理学的年齢を予測できると考えている。.
26. 佐藤 里佳子、森 一樹、荒 学志、山崎 晴丈、志田 洋介、小笠原 渉、矢追 克郎、荒木 秀雄、田代 康介、石谷 孔司、油谷 幸代、高久 洋暁 Rikako SATO, Kazuki MORI, Satoshi ARA, Harutake YAMAZAKI, Yosuke SHIDA, Wataru OGASAWARA, Katsuro YAOI, Hideo ARAKI, Kosuke TASHIRO, Koji ISHIYA, Sachiyo ABURATANI, Hiroaki TAKAKU, 油脂酵母 Lipomyces starkeyi 変異株のゲノム比較解析による新規油脂生産関連遺伝子の同定
Identification of a novel gene involved in lipid production by comparative genome analysis of oleaginous yeast Lipomyces starkeyi starkeyi mutants, 日本農芸化学会2022年度大会, 2022.03, 近年の世界人口増加や新興国の成長に伴い,様々な産業で汎用性の高いパーム油の需要は増加して
いる。一方,アブラヤシ農園は,環境・社会面で問題を抱えるため,需要に対応できる代替油脂生産
技術開発は重要な課題である。その油脂手段としてパーム油と類似した油脂を生産する油脂酵母
Lipomyces starkeyi の活用の期待は高い。しかし,実用化へ向けた油脂生産性向上の改変対象遺伝子
情報など,油脂生産機構に関する知見は不十分である。本研究では,油脂高蓄積変異株のゲノム比較
から油脂高生産遺伝子の同定・解析を行い,油脂生産機構解明に繋がる知見を得ることを目的とした。
我々は,取得した油脂高蓄積変異株のうち複数株で共通遺伝子 Transcript Id:110315 (110315) に
変異があることを見出した。そこで,野生型 110315 を変異型 110315 に置換した結果,油脂生産量
が向上した。すなわち,110315 は L. starkeyi の油脂生産に寄与する新たな因子であることが明ら
かとなった。今後,110315 の機能解析が,本遺伝子の油脂生産機構への寄与を明らかにし、産業利用
に向けた油脂高生産株の創製に貢献すると考えられる。本研究の一部は NEDO の支援を受けている.
27. 須崎 智史1、安田 時生、佐矢野 智子、松本 悠、藤井 遥、大崎 友輔、松尾 優樹、田代 康介、古屋 茂樹 Satoshi SUZAKI, Tokio YASUDA, Tomoko SAYANO, Yu MATSUMOTO, Haruka FUJI, Yusuke OSAKI, Yuki MATSUO, Kosuke TASHIRO, Shigeki FURUYA, L-セリン欠乏は胚性線維芽細胞において膜脂質のリモデリングを誘発する
L-Serine depletion elicits membrane lipid remodeling in MEFs, 日本農芸化学会2022年度大会, 2022.03, de novo セリン合成経路の初発酵素 3-Phosphoglycerate dehydrogenase (Phgdh)遺伝子を全身で不活性
化したノックアウトマウス (KO)マウスは、著しい成長遅滞を伴って胎性致死に至る。上記 KO マウ
ス胚より樹立した不死化マウス線維芽細胞 (KO-MEF)では、L-セリン欠乏により細胞死が誘発される。
その際にスフィンゴ脂質代謝の恒常性が大きく損なわれる現象を見出していたが(Esaki et al, 2015)、
同時に遺伝子発現解析からは初期からコレステロール代謝関連酵素の発現誘導と、合成系の発現抑制
が観察されていた(Hamano et al, 2016)。そこで本研究では L-セリン欠乏が脂質代謝に及ぼす影響を
明らかにすることを目的とし、L-セリン制限下における KO-MEF の脂質及び脂質代謝物のメタボロー
ム解析と、脂質代謝関連遺伝子の発現解析を行った。L-セリン制限後 24 時間の KO-MEF において、
コレステロールの増加に加え、リゾリン脂質と脂肪酸、脂肪酸代謝産物の顕著な変化など、大規模な
脂質リモデリングが確認された。さらにホスホリパーゼ A2 を含む脂質代謝関連遺伝子がセリン制限
後に転写促進された。以上の結果は細胞内 L-セリン欠乏がコレステロールの蓄積に加えてリン脂質の
分解を促進しており、それは細胞内エネルギー代謝の変化を反映していると推定された。.
28. #馬場 映, #須和田 拓耶, #笠 智美, 久原 哲, 田代 康介, マウス胚性腫瘍細胞における転写制御因子としてのPrdm12遺伝子の機能解析, 第44回日本分子生物学会, 2021.12, 個体発生において、細胞内の遺伝子発現の差異は各々の細胞運命を左右する要因の1つである。そのため、転写や翻訳を制御する因子の機能を明らかにすることは、生物の発生を紐解くうえで非常に重要である。分化過程では多くの転写制御因子が機能し、標的となる遺伝子の発現を調節している。こうした因子の中にPRドメインとジンクフィンガードメインという2つの特徴的な構造を有したPrdm遺伝子ファミリーが存在する。この遺伝子群はターゲット配列に作用して、周辺のクロマチン構造を変化させることで発現を制御すると推定されている。マウスの神経発生過程には、これらのうちPrdm6, Prdm8, Prdm12, Prdm13, Prdm16が関与すると報告されているが、各遺伝子の詳細な機能は明らかにされていない。本研究ではマウス胚性腫瘍細胞(P19)を用いて、神経分化過程におけるPrdm12遺伝子の機能の解明に努めた。CRISPRゲノム編集法を用いて、P19-Prdm12ノックアウト(KO)細胞を作製し、神経分化過程への影響を調べた。その結果、Prdm12KO細胞ではGad2(glutamic acid decarboxylase 2)やSlc6a5(solute carrier family 6, member 5)といったGABAおよびグリシン作動性ニューロンを特徴づける遺伝子の発現が低下していた。これら2つのニューロンは神経細胞のシグナル伝達を抑制する抑制性ニューロンであることから、Prdm12遺伝子がこのニューロンの発生に機能することが明らかとなった。また、Dbx1(developing brain homeobox 1)やNkx6-1(NK6 homeobox 1)、Ptf1a(pancreas specific transcription factor, 1a)といったニューロンの分化に関わる遺伝子の発現も変動していた。以上から、Prdm12遺伝子は神経分化過程において、転写制御因子の1つとして標的となる遺伝子の発現を変化させることで、GABAおよびグリシン作動性ニューロンの分化に関与することが明らかとなった。今後はPrdm12遺伝子の発現コンストラクトを用いた下流遺伝子の探索とその制御機構の解明を行うことで、発生におけるこの転写制御因子の役割を明らかにする。.
29. 河原 弘樹, #川本 智也, 牟田 滋, 田代 康介, エマルションドロップレットを用いた新規有用微生物分離法の開発, 第44回日本分子生物学会, 2021.12, 地球上には膨大な数の微生物が存在し、我々はさまざま面でその恩恵を受けている。しかし、分離・培養できる微生物は全体の1%未満であり、残りの99%以上は未知の微生物であるとされている。そこで、新規の培養法を開発することで従来の培養法では培養できなった有用微生物を分離・培養できるようになれば、私たちの生活に役立てることができると考えている。昨今、エマルションドロップレット技術を用いた研究が多く行われている。エマルションドロップレットは、ドロップレット1つ1つの体積がナノリットルスケールであることから、これまでの平板培養法に比べ、スループットの大幅な向上・人員削減・所要時間短縮・経費削減が利点として挙げられる。また、ドロップレットを用いると微生物を分離した形で培養することができる。これにより、増殖が遅い非優先種が優先種に淘汰されることがなくなるため、微生物の多様性を維持することができると考えている。これもドロップレット培養の利点の1つであり、この2点においてエマルションドロップレット技術は微生物の分離に有用である。本研究では、エマルションドロップレットを用いた微生物培養システムを開発した。従来のエマルションドロップレット培養システムでは、ドロップレットがオイルに囲まれている状態で培養していた。そのため、ドロップ作製後は、外部から内部に物質を供給できないという問題があった。そこで、GMDを導入して培養システムを改良し、物質供給の課題をクリアした後、培養条件、染色条件などを最適化して、GMD内での環境微生物培養システムを構築した。現在、このシステムを応用し、様々な環境中からの新規有用微生物スクリーニングを試みている。.
30. 岡本 愛華, #渡辺 菜歩, 田代 康介, ヒト大腸がん由来細胞の浸潤におけるGalaninの機能, 第44回日本分子生物学会, 2021.12, 近年の日本における最大の死亡原因は癌であり、特に大腸がんは部位別の罹患率・死亡率において上位に入る。がん細胞はがんの進行とともに浸潤、転移能を獲得し、新たな病巣を作るために、患者の生存率を大幅に低下させる。治療を受けた患者の予後は、がんの悪性度と直接関係しているため、早期の悪性度診断及びそれに応じた治療が重要となる。この早期診断を目的として、血清中の循環ヒト腫瘍由来タンパク質の同定に大きな関心が寄せられている。Galanin(GAL)が結腸直腸癌(CRC)において高く発現を示していた。特に再発した患者の腫瘍においてGALの高発現が観察されたため、GALは予後不良と関連していると考えられる。GALは30個のアミノ酸から構成される神経ペプチドで、摂食やホルモン分泌などの様々な生理的プロセスに関与しているが、浸潤や転移における機能はまだ明らかになっていない。そこで、本研究では大腸がん細胞の浸潤におけるGALの浸潤制御機構を明らかにすることを目的としている。 まず、細胞膜が基底膜を浸潤する様子を再現したマトリゲル浸潤アッセイを用いて、GALと浸潤能の関連を調べたところ、GALをsiRNAを用いてノックダウン(KD)した細胞では浸潤、遊走が抑制され、さらにKD株にGALを添加すると回復した。このことから、GALの発現ががん細胞の浸潤能に関与していることが確かめられた。さらに野生株とKD株のマイクロアレイによる発現プロファイルデータを、IPAを用いてネットワーク解析を行ったところ、GALの浸潤促進にERK1/2経路が関与していることが示唆された。そこでERK経路を阻害し、浸潤におけるERK経路に対するGALの影響を評価した。その結果、GALはERK阻害細胞の浸潤を促進しなかった。これは、GALがMAPK / ERKシグナル伝達経路を介した細胞遊走の促進によって、浸潤能を活性化していることを示唆している。現在、GAL遺伝子の欠損株を作製し、ERK経路に対するGALの影響をより詳細に解析中である。.
31. 笠 智美, #馬場 映, 田代 康介, マウス胚性腫瘍細胞の神経分化過程におけるPrdm13の機能解析, 第44回日本分子生物学会, 2021.12, 多細胞生物は一つの受精卵が様々な機能や形態を有する細胞に分化、増殖することで個体を構成している。この過程では細胞が持つDNAの配列に変化をもたらさないエピジェネティックな制御が重要である。このような制御システムのうち、ヒストンのメチル化を介して発現を制御する因子としてPrdm遺伝子が挙げられる。Prdm遺伝子はPRドメインとZinc Fingerドメインを持ち、ドメインの数や位置によって特徴づけられている。本研究ではマウス胚性腫瘍細胞(P19)の神経分化過程におけるPrdm13遺伝子の機能解析を行った。Prdm13ノックアウト細胞と野生型細胞において、hanging drop法による神経分化誘導を行い、遺伝子欠損による影響を調べた。定量PCRによる遺伝子発現解析、免疫染色によるタンパク質解析、DNAマイクロアレイによる網羅的な遺伝子発現解析を行った。神経分化誘導過程において、野生型細胞はニューロン様の形態をとる一方、Prdm13ノックアウト細胞では時間経過と共にニューロン様の形態が失われた。定量PCR、免疫染色から、ニューロンのマーカーであるTubulin beta3の発現が減少することが明らかとなった。また、DNAマイクロアレイの結果から、Prdm13ノックアウト細胞ではアポトーシスや炎症に関わる遺伝子の発現変化が確認された。これらのことから、Prdm13は発生過程において細胞死や炎症から細胞を保護する機能があると示唆された。今後は、Prdm13の発現の局在性の解明や標的遺伝子の同定といった、より詳細なメカニズムの解明が必要である。.
32. 林 聡美、石田 麻莉奈、田代 康介, TNF-aによるMMP1遺伝子発現誘導に対するIL-1の関与, 第43回日本分子生物学会, 2020.12, Lung fibroblast, one of micro structures that composes lung, is activated when the lung is damaged and produce collagen which is cause of lung fibrosis. Lung fibrosis is a disease that is characterized by lung inflammation and abnormal tissue repair, resulting in the replacement of normal functional tissue with an abnormal accumulation of fibroblasts and deposition of collagen in the lung. MMP1(Matrix metalloproteinase-1) enzyme is responsible for decomposing collagen which decrease gene expression relatively in the process of lung fibrosis. Previous research showed that the expression level of MMP1 is increased with several cytokines. In particular, stimulation of both IL-1 and TNF-a synergistically increase MMP1, which may lead to improve of lung fibrosis. Therefore, in this research, to clarify the function of IL-1 on MMP1 gene expression, we focused on several cytokine receptor gene expressions using MRC-5 human lung fibroblast cell. The expression level of the receptor group genes and other related genes were analyzed using both inflammatory cytokines of TNF-a and IL-1. Our works showed that IL-1 may modulate the expression of TNF-a receptors which will be a key to the synergistic increase of the MMP1 gene by the simultaneous stimulation of the two cytokines..
33. 岡本 愛華、渡辺 菜歩、田代 康介, 大腸がん細胞における神経ペプチドGalaninの浸潤促進機構, 第43回日本分子生物学会, 2020.12, Colorectal cancer (CRC) is the most common gastrointestinal cancer in the Western world and it is an important cause of cancer-related death. A significant cause of mortality in patients with CRC is tumor relapse after curative surgical resection. Therefore, reliable predictors of tumor recurrence for patients with stage II CRC are needed to select patients who should receive adjuvant chemotherapy. This study is being conducted in order to identify biological substances that may be involved in cancer development.In a previous study, DNA microarray analysis revealed that galanin expression was significantly higher in CRCs, especially with recurrence, compared with normal colonic mucosa. This suggests that high expression of GAL is associated with poor prognosis of stage II CRC patients. GAL, a 30-amino acid neuroendocrine peptide, is widely expressed in nervous and endocrine systems. However, the prognostic value of GAL expression in CRC is poorly understood.The objective in this research is to reveal the functions of GAL and its downstream genes in the invasion and the metastasis by using HCT116 cells derived from CRL which have relatively high invasive capacity. Matrigel invasion assay revealed that silencing of GAL expression significantly decreased the invasive activity of CRC cells and addition of GAL protein promoted the invasion. This shows that GAL plays a critical role in the invasion of HCT116 cells. Furthermore, DNA microarray analysis revealed that ERK signaling pathway is involved in the promotion of invasion by GAL.In further study, we will influence of GAL on ERK pathway including its downstream genes..
34. 小野 花香、須和田 拓耶、馬場 映、田代 康介, Prdm6は中胚葉系細胞分化を制御する, 第43回日本分子生物学会, 2020.12, During the process of differentiation, epigenetic forces works on, determining what DNA gets transcribed and what is ignored.Prdm6 belongs to the PRDM family of transcriptional repressors which all possess an N-terminal PR domain and C-terminal Kruppel-like zinc finger motifs, and expected to play a role as a transcription factor. Prdm6 was characterized as a transcriptional repressor that is expressed and plays a role in the vascular system. Moreover, Prdm6 was described as a factor that controls survival and differentiation of endothelial cells in the vascular system. To investigate the role of Prdm6 in the process of mesodermal formation, we generated and analyzed Prdm6-deficient cells in P19 cells.Since Prdm6 acts as a transcription factor, we performed genome-wide cDNA microarray analysis and compared gene expression patterns between wild type cell and knockout Prdm6 cell. The deletion of Prdm6 resulted in the decreased expression levels of cardiac muscle, vascular smooth muscle and skeletal muscle genes. Moreover, the expression of mesodermal differentiation regulator was also downregulated in the absence of Prdm6. However, it was rescued in the overexpression of Prdm6, indicating that Prdm6 expression is essential for the mesodermal differentiation. We thus identified Prdm6 as a factor that regulates mesodermal differentiation..
35. 馬場 光、合田 紗季、田代 康介, ガラニンは大腸がん細胞の浸潤に関わる, 第43回日本分子生物学会, 2020.12, Colorectal cancer (CRC) is the second most common cancer worldwide, and comprises one of the most important causes of cancer-related death. Colorectal cancer starts in the innermost layer, the mucosa, and can grow outward through the other layers. This process is called cancer invasion. When cancer cells are in a wall of colon or rectum, they can then grow into blood vessels or lymph vessels. From there, they can travel to nearby lymph nodes or to distant parts of the body. Once cancer cells have spread to the other organs, the survival rates decline significantly. Therefore, reliable predictors of tumor recurrence are needed to select patients who should receive therapy. Previous studies have shown that Galanin mRNA expression level is higher in CRC with tumor recurrence than in CRC without recurrence, however the role of galanin in CRC development is still poorly understood. Here, we investigated which receptor Galanin binds in CRC cell invasion among Galanin receptor1-3 (GALR1-3). Three subtypes of GALR mRNA expression level in human colon cancer cell line HCT116 was measured by real time PCR. Invasive activity of HCT116 was measured using invasion assay when GALR1/2 gene were expressed ectopically. GALR1 and GALR2 mRNA expression levels were dramatically reduced compared to GALR3 in HCT116. Invasive activity of GALR1/2 gene transfected HCT116 cells were decreased compared to mock transfected cells. Considering these results, downregulation of GALR1/2 may enhance HCT116 cells invasion..
36. 笠 智美、馬場 映、田代 康介, Prdm13は神経分化過程においてTrkBの発現に影響を及ぼす, 第43回日本分子生物学会, 2020.12, Cell varieties of multicellular organisms have acquired several functions through the process of differentiation. Diversification of intracellular transcription produces that process. Thus the regulation of gene expression is indispensable for ontogenesis. Epigenetic regulators operate transcription without variance of DNA sequence. Prdm genes, which contain a PR domain and ZF domains, might be one of the epigenetic factors. Here, we investigated the function of Prdm13 gene in neural differentiation.To examine the function of Prdm13, we induced neurodifferentiation in Prdm13 knockout cells and wild-type cells. When inducing neurodifferentiation in Prdm13 knockout cells, they lost neuron-like morphology over time. Actually, the number of Prdm13 knockout cells was fewer than that of wild-type cells. According to RT-qPCR expression of tubulin beta 3, a marker of neuron, was halved on day 8 compared to wild-type cells. A decrease of the expression was also observed from antibody staining. TrkB, which is one of the receptor of Neurotrophins, is related to growth factors for survival, development and so on. The expression of TrkB in Prdm13 knockout cells became about 60% of wild-type cells on day 6. In summary, it was suggested that Prdm13 functions for the survival and development of the cell by regulating the expression of TrkB..
37. 西村 悠、岡本 愛華、田代 康介, ポリフェノールのヒト結腸線癌細胞HCT116への影響
, 第43回日本分子生物学会, 2020.12, Cancer is the leading cause of death in Japan, and among them, colorectal cancer ranks high in both morbidity and mortality. Early detection and treatment are emphasized as clinical cancer control to solve this situation, and cancer prevention" is considered to be the most fundamental cancer control. Specifically, it is necessary to improve the living environment to prevent cancer. In particular, improving eating habits is considered to be a relatively easy, many research and development of health foods and functional foods have been undertaken. In this study, we analyzed the effects of polyphenols, which are attracting attention in such food research, on colon cancer cells. Four types of polyphenols were used: Quercetin, Naringenin, Piceatannol, and Kaempferol, all of which were dissolved in DMSO and added to HCT116 of human colon cancer cells. In this experiment, we analyzed three factors: cell proliferation, cell migration, and cell invasion. In cell proliferation, Naringenin did not affect cell death but Quercetin and Kaempferol have a slight effect on HCT116. In cell migration, only Piceatannol suppressed it on HCT116. In cell invasion, Piceatannol and Kaempferol comparatively suppressed HCT116 invasion.We thought each of these polyphenols act by different mechanisms in colorectal cancer. So we will investigate the effects of proliferation on apoptosis and motility on the mechanism of epithelial mesenchymal conversion by focusing on changes in protein and gene expression.".
38. 風間 春香、森 一樹、油谷 幸代、荒 学志、山崎 晴丈、志田 洋介、小笠原 渉、矢追 克郎、荒木 秀雄、田代 康介、高久 洋暁, 比較ゲノム解析による油脂酵母 Lipomyces starkeyi の新規油脂蓄積制御因子の同定とその機能解析
Identification and functional analysis of a novel lipid accumulation regulatory factor of oleaginous yeast Lipomyces starkeyi using comparative genome analysis
, 日本農芸化学会2020年度大会, 2020.03.
39. 佐藤 里佳子、山田 日向子、森 一樹、油谷 幸代、荒 学志、山崎 晴丈、志田 洋介、小笠原 渉、矢追 克郎、荒木 秀雄、田代 康介、高久 洋暁, 比較ゲノム解析による油脂酵母 Lipomyces starkeyi の油脂低蓄積原因遺伝子の同定
Identification of lipid low accumulation responsible genes of oleaginous yeast Lipomyces starkeyi using comparative genome analysis

, 日本農芸化学会2020年度大会, 2020.03.
40. 筥崎 悠貴、高見沢 健留、志田 洋介、森 一樹、田代 康介、油谷 幸代、山崎 晴丈、髙久 洋暁、小笠原 渉, マーカーリサイクル法を用いたRhodosporidium toruloides 二倍体株におけるKU70破壊株の作出
Creation of KU70 deletion strain in Rhodosporidium toruloides diploid strain using marker recycling method
, 日本農芸化学会2020年度大会, 2020.03.
41. 松中 南、上土井 達哉、タイン ヌグイエン コン、飯田 拳史、金 相完、田代 康介、 大森 英樹、大島 一能、岩本 武夫、廣政 恭明、土居 克実, Bacillus cereus に感染する広宿主域ジャンボファージ vB¥BceM_WH1 の特性とゲノム解析
Characterization and genome structure of broad host range jumbo phage infecting Bacillus cereus, 日本農芸化学会2021年度大会, 2021.03, バクテリオファージのうち、ゲノムサイズが 200 kbp 以上のものは jumbo phage と分類され、高い
遺伝的多様性を示す。これら jumbo phage のうち、グラム陽性菌を宿主とするものは報告例が少なく、
その特性やゲノム構造解明により、新たな知見が得られることが期待できる。本研究は、Bacillus 属を
宿主とする新奇な jumbo phage を分離し、その特性とゲノム構造を解析することを目的とした。
vB_BceM_WH1 は、Bacillus cereus を指示菌として樹皮より分離された。本ファージはプラーク形状
から溶菌ファージと考えられ、電子顕微鏡観察から、直径約 100 nm の正二十面体の頭部、約 300 nm
の収縮性尾部を持つことから Myooviridae 科に分類された。vB_BceM_WH1 は、Bacillus thuringiensis,
Bacillus mycoides など B. cereus の近縁種に感染し、比較的広い宿主域を示した。ゲノム構造解析の結
果、vB_BceM_WH1 ゲノムは 229,829 bp で 300 個の ORF が推定された。相同性検索の結果、ORF 中
には DNA 複製や核酸代謝関連遺伝子が 29、溶菌関連遺伝子が 4、構造タンパク質遺伝子が 16 同定さ
れ、その他は機能未知であった。ファージ粒子タンパク質を SDS-PAGE で分画後、ESI-MS で各断片
のアミノ酸配列を決定したところ、21 種のタンパク質が検出された。このような大サイズゲノムは本
ファージが進化の過程や宿主との相互作用で獲得したものと考えられた。
Tailed phages with genomes larger than 200 kbp are classified as “jumbo phages.” Phages of this kind usually
harbor large virions and are rarely isolated. The jumbo phages infecting Gram-positive bacterial host strains have
been rarely isolated, and the host strains of the phages almost belong to the genus Bacillus. Therefore, study of
the Bacillus jumbo phage might provide understanding for new aspects of phage evolution and interaction with
the host. Lytic phage vB_BceM_WH1 was isolated from barks with Bacillus cereus as an indicator. An electron
microscopy revealed that it has an icosahedral-shaped head approximately 100 nm in diameter, a neck, and a
contractile sheath 300 nm in length. According to the ICTV classification, vB_BceM_WH1 belongs to the family
Myoviridae. The phage infected to some species of B. cereus group. From nucleotide sequence analysis, genome
size of vB_BceM_WH1 was 229,829 bp and 300 ORFs were annotated. Some ORFs similar with nucleic acid
metabolic protein-, lytic enzyme- and structural protein- encoding genes of other phages. With ESI-MS analysis,
21 virion proteins were detected. This phage might have evolved from phage with smaller genome by acquiring
additional functional genes from its host bacteria..
42. 増本 唯, 和田 守正, 酒井 久美子, 安田 香央里, 田代 康介, 藤井 元, 榊原 隆三, 藤本 京子, 腫瘍細胞から分泌されたTff2タンパク質はパラクライン的に腫瘍細胞増殖経路を誘導する, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
43. 馬場 映, 須和田 拓耶, 氏原 真未子, 笠 智美, 小野 花香, 田代 康介, 久原 哲, 神経分化過程におけるPrdm12及びPrdm13の機能解析, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
44. 氏原 真未子, 馬場 映, 須和田 拓耶, 久原 哲, 田代 康介, Prdm13はアストロサイトの分化に機能する, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
45. 須和田 拓耶, 馬場 映, 小野 花香, 久原 哲, 田代 康介, Prdm6は中胚葉系細胞分化を制御する, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
46. 平田 義明, 田代 康介, 黒瀬 光一, タンパク質のin vitroアレルゲン性評価法の開発 ~ LPSの影響の排除~, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
47. 西村 悠、岡本 愛華、田代 康介, ポリフェノールのヒト結腸線癌細胞HCT116への影響, 第43回日本分子生物学会年会, 2019.12, Cancer is the leading cause of death in Japan, and among them, colorectal cancer ranks high in both morbidity and mortality. Early detection and treatment are emphasized as clinical cancer control to solve this situation, and cancer prevention" is considered to be the most fundamental cancer control. Specifically, it is necessary to improve the living environment to prevent cancer. In particular, improving eating habits is considered to be a relatively easy, many research and development of health foods and functional foods have been undertaken. In this study, we analyzed the effects of polyphenols, which are attracting attention in such food research, on colon cancer cells. Four types of polyphenols were used: Quercetin, Naringenin, Piceatannol, and Kaempferol, all of which were dissolved in DMSO and added to HCT116 of human colon cancer cells. In this experiment, we analyzed three factors: cell proliferation, cell migration, and cell invasion. In cell proliferation, Naringenin did not affect cell death but Quercetin and Kaempferol have a slight effect on HCT116. In cell migration, only Piceatannol suppressed it on HCT116. In cell invasion, Piceatannol and Kaempferol comparatively suppressed HCT116 invasion.We thought each of these polyphenols act by different mechanisms in colorectal cancer. So we will investigate the effects of proliferation on apoptosis and motility on the mechanism of epithelial mesenchymal conversion by focusing on changes in protein and gene expression.".
48. 笠 智美、馬場 映、田代 康介, Prdm13は神経分化過程においてTrkBの発現に影響を及ぼす, 第43回日本分子生物学会年会, 2019.12, Cell varieties of multicellular organisms have acquired several functions through the process of differentiation. Diversification of intracellular transcription produces that process. Thus the regulation of gene expression is indispensable for ontogenesis. Epigenetic regulators operate transcription without variance of DNA sequence. Prdm genes, which contain a PR domain and ZF domains, might be one of the epigenetic factors. Here, we investigated the function of Prdm13 gene in neural differentiation.To examine the function of Prdm13, we induced neurodifferentiation in Prdm13 knockout cells and wild-type cells. When inducing neurodifferentiation in Prdm13 knockout cells, they lost neuron-like morphology over time. Actually, the number of Prdm13 knockout cells was fewer than that of wild-type cells. According to RT-qPCR expression of tubulin beta 3, a marker of neuron, was halved on day 8 compared to wild-type cells. A decrease of the expression was also observed from antibody staining. TrkB, which is one of the receptor of Neurotrophins, is related to growth factors for survival, development and so on. The expression of TrkB in Prdm13 knockout cells became about 60% of wild-type cells on day 6. In summary, it was suggested that Prdm13 functions for the survival and development of the cell by regulating the expression of TrkB..
49. 馬場 光、合田 紗季、田代 康介, ガラニンは大腸がん細胞の浸潤に関わる, 第43回日本分子生物学会年会, 2019.12, Colorectal cancer (CRC) is the second most common cancer worldwide, and comprises one of the most important causes of cancer-related death. Colorectal cancer starts in the innermost layer, the mucosa, and can grow outward through the other layers. This process is called cancer invasion. When cancer cells are in a wall of colon or rectum, they can then grow into blood vessels or lymph vessels. From there, they can travel to nearby lymph nodes or to distant parts of the body. Once cancer cells have spread to the other organs, the survival rates decline significantly. Therefore, reliable predictors of tumor recurrence are needed to select patients who should receive therapy. Previous studies have shown that Galanin mRNA expression level is higher in CRC with tumor recurrence than in CRC without recurrence, however the role of galanin in CRC development is still poorly understood. Here, we investigated which receptor Galanin binds in CRC cell invasion among Galanin receptor1-3 (GALR1-3). Three subtypes of GALR mRNA expression level in human colon cancer cell line HCT116 was measured by real time PCR. Invasive activity of HCT116 was measured using invasion assay when GALR1/2 gene were expressed ectopically. GALR1 and GALR2 mRNA expression levels were dramatically reduced compared to GALR3 in HCT116. Invasive activity of GALR1/2 gene transfected HCT116 cells were decreased compared to mock transfected cells. Considering these results, downregulation of GALR1/2 may enhance HCT116 cells invasion..
50. 小野 花香、須和田 拓耶、馬場 映、田代 康介, Prdm6は中胚葉系細胞分化を制御する, 第43回日本分子生物学会年会, 2019.12, During the process of differentiation, epigenetic forces works on, determining what DNA gets transcribed and what is ignored.Prdm6 belongs to the PRDM family of transcriptional repressors which all possess an N-terminal PR domain and C-terminal Kruppel-like zinc finger motifs, and expected to play a role as a transcription factor. Prdm6 was characterized as a transcriptional repressor that is expressed and plays a role in the vascular system. Moreover, Prdm6 was described as a factor that controls survival and differentiation of endothelial cells in the vascular system. To investigate the role of Prdm6 in the process of mesodermal formation, we generated and analyzed Prdm6-deficient cells in P19 cells.Since Prdm6 acts as a transcription factor, we performed genome-wide cDNA microarray analysis and compared gene expression patterns between wild type cell and knockout Prdm6 cell. The deletion of Prdm6 resulted in the decreased expression levels of cardiac muscle, vascular smooth muscle and skeletal muscle genes. Moreover, the expression of mesodermal differentiation regulator was also downregulated in the absence of Prdm6. However, it was rescued in the overexpression of Prdm6, indicating that Prdm6 expression is essential for the mesodermal differentiation. We thus identified Prdm6 as a factor that regulates mesodermal differentiation..
51. 岡本 愛華、渡辺 菜歩、田代 康介, 大腸がん細胞における神経ペプチドGalaninの浸潤促進機構, 第43回日本分子生物学会年会, 2019.12, Colorectal cancer (CRC) is the most common gastrointestinal cancer in the Western world and it is an important cause of cancer-related death. A significant cause of mortality in patients with CRC is tumor relapse after curative surgical resection. Therefore, reliable predictors of tumor recurrence for patients with stage II CRC are needed to select patients who should receive adjuvant chemotherapy. This study is being conducted in order to identify biological substances that may be involved in cancer development.In a previous study, DNA microarray analysis revealed that galanin expression was significantly higher in CRCs, especially with recurrence, compared with normal colonic mucosa. This suggests that high expression of GAL is associated with poor prognosis of stage II CRC patients. GAL, a 30-amino acid neuroendocrine peptide, is widely expressed in nervous and endocrine systems. However, the prognostic value of GAL expression in CRC is poorly understood.The objective in this research is to reveal the functions of GAL and its downstream genes in the invasion and the metastasis by using HCT116 cells derived from CRL which have relatively high invasive capacity. Matrigel invasion assay revealed that silencing of GAL expression significantly decreased the invasive activity of CRC cells and addition of GAL protein promoted the invasion. This shows that GAL plays a critical role in the invasion of HCT116 cells. Furthermore, DNA microarray analysis revealed that ERK signaling pathway is involved in the promotion of invasion by GAL.In further study, we will influence of GAL on ERK pathway including its downstream genes..
52. 林 聡美、石田 麻莉奈、田代 康介, TNF-aによるMMP1遺伝子発現誘導に対するIL-1の関与, 第43回日本分子生物学会年会, 2019.12, Lung fibroblast, one of micro structures that composes lung, is activated when the lung is damaged and produce collagen which is cause of lung fibrosis. Lung fibrosis is a disease that is characterized by lung inflammation and abnormal tissue repair, resulting in the replacement of normal functional tissue with an abnormal accumulation of fibroblasts and deposition of collagen in the lung. MMP1(Matrix metalloproteinase-1) enzyme is responsible for decomposing collagen which decrease gene expression relatively in the process of lung fibrosis. Previous research showed that the expression level of MMP1 is increased with several cytokines. In particular, stimulation of both IL-1 and TNF-a synergistically increase MMP1, which may lead to improve of lung fibrosis. Therefore, in this research, to clarify the function of IL-1 on MMP1 gene expression, we focused on several cytokine receptor gene expressions using MRC-5 human lung fibroblast cell. The expression level of the receptor group genes and other related genes were analyzed using both inflammatory cytokines of TNF-a and IL-1. Our works showed that IL-1 may modulate the expression of TNF-a receptors which will be a key to the synergistic increase of the MMP1 gene by the simultaneous stimulation of the two cytokines..
53. 房 賢貞,田代康介,吉田理一郎,濱中大輔,山形幸彦,笠 智美,榎本亜紀 子,井上公司, マイクロアレイによる果菜類のポストハーベスト生理解析法の探索, 2019年度西日本・中四国支部合同大会, 2019.11.
54. 川島 万凜, 村井 雄大,川本 智也, 金 相完, 久原 哲, 田代 康介 Marin Kawashima, Yuta MURAI, Tomoya Kawamoto, Sokan Kim Satoru KUHURA, Kosuke TASHIRO, エマルションドロップを用いた微生物の培養
Culture of soil micro-organisms by emulsion droplet, 第71回日本生物工学会大会, 2019.09.
55. 氏原真未子, 馬場映, 須和田拓耶, 田代康介, Prdm13はアストロサイトの分化に機能する, 第56回化学関連支部合同九州大会, 2019.07.
56. 小野花香, 須和田拓耶, 馬場映, 田代康介, prdm6による中胚葉系細胞分化の制御, 第56回化学関連支部合同九州大会, 2019.07.
57. 岡本愛華, 渡辺菜歩, 岩田沙絵, 久原哲, 田代康介, ヒト大腸がん由来細胞の浸潤におけるGalanineの機能, 第56回化学関連支部合同九州大会, 2019.07.
58. 川島万凜, 川本智也, 村井雄大, 牟田滋, 田代康介, エマルションドロップレットを用いた土壌微生物の培養, 第56回化学関連支部合同九州大会, 2019.06.
59. 須和田拓耶, 馬場 映, 土井信太郎, 久原 哲, 田代康介, Prdm6 の心筋分化における機能解析, 日本農芸化学会2019年度大会, 2019.03.
60. 川島万凜, 村井雄大, 金 相元, 森田直樹,久原 哲, 田代康介, エマルションドロップレットを用いた土壌微生物の培養, 日本農芸化学会2019年度大会, 2019.03.
61. 酒井里佳子, 阿部紗也, 荒 学志, 山崎晴丈, 志田洋介, 小笠原渉, 矢追克郎, 森 一樹, 油谷幸代, 荒木秀雄, 田代康介, 高久洋暁, 油脂酵母 Lipomyces starkeyi 油脂低蓄積変異株の原因 遺伝子の同定と解析, 日本農芸化学会2019年度大会, 2019.03.
62. 高久洋暁, 小笠原渉, 矢追克郎, 油谷幸代, 荒木秀雄, 田代康介, 蓮沼誠久, 山崎晴丈, 油脂生産性の飛躍的向上を目指した油脂酵母の改良, 日本農芸化学会2019年度大会, 2019.03.
63. 岩城 めぐみ, 西川 真帆, 田代 康介, 黒瀬 光一, THP-1細胞を用いた化学物質の新規感作性試験における被験物質曝露時間の短縮化, 第41回日本分子生物学会年会, 2018.11.
64. 村井 雄大, 川島 万凜, 森田 直樹, 土居 克実, 牟田 滋, 久原 哲, 田代 康介, エマルションドロップレットを用いた土壌微生物の培養, 第41回日本分子生物学会年会, 2018.11.
65. 合田 沙季, 足立 紗依子, 武藤 倫弘, 藤井 元, 久原 哲, 田代 康介, ヒト大腸がんにおける香辛料の影響, 第41回日本分子生物学会年会, 2018.11.
66. 渡辺 菜歩, 岩田 沙絵, 久原 哲, 田代 康介, ヒト大腸がん由来細胞の浸潤におけるGalaninの機能, 第41回日本分子生物学会年会, 2018.11.
67. 須和田 拓耶, 馬場 映, 土井 信太郎, 久原 哲, 田代 康介, Prdm6は心筋分化に必須の因子である, 第41回日本分子生物学会年会, 2018.11.
68. 石田麻莉奈、薗田由華、井上麻美、久原哲、田代康介, IL-1によるMMP1遺伝子発現誘導メカニズムの解析, 第41回日本分子生物学会年会, 2018.11.
69. 馬場 映、須和田 拓耶、土井 信太郎、氏原 真未子、田代 康介、久原 哲, Prdm12は抑制性ニューロンの分化を制御する, 第41回日本分子生物学会年会, 2018.11.
70. 村井 雄大、川島 万凛、森田 直樹、土居 克実、久原 哲、田代 康介 Yuta MURAI, Marin KAWASHIMA, Naoki MORITA, Katsumi DOI, Satoru KUHURA, Kousuke TASHIRO, エマルションドロップレットを用いた土壌微生物の培養
Culture of soil micro-organisms by emulsion droplet, 第70回日本生物工学会大会, 2018.09.
71. 合田沙季、岩田沙絵、久原哲、田代康介, ヒト大腸がんにおける香辛料の影響, 第55回化学関連支部合同九州大会, 2018.06.
72. 須和田 拓耶, 馬場 映, 土井 信太郎, 久原 哲, 田代 康介, Prdm6は心筋分化に必須の因子である, 第55回化学関連支部合同九州大会, 2018.06.
73. 馬場 映、須和田 拓耶、土井 信太郎、久原 哲、田代 康介, Prdm12は抑制性ニューロンの分化を制御する, 第55回化学関連支部合同九州大会, 2018.06.
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75. 村井 雄大 , 森田 直樹 , 土居 克実 , 久原 哲 , 牟田滋、田代 康介, エマルジョンドロップレットを用いた微生物培養, 日本農芸化学会 2018年度大会, 2018.03.
76. 森田 直樹、村井 雄大、土居 克実、牟田 滋、久原 哲、田代 康介, Microbial culture by emulsion droplet、エマルションドロップレットを用いた微生物培養, 2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017), 2017.12.
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78. 村井 雄大 , 森田 直樹 , 土居 克実 , 久原 哲 , 田代 康介, エマルジョンドロップレットを用いた微生物培養, 第69回日本生物工学会大会, 2017.09.
79. 村井 雄大、 森田 直樹、 土井 克実、 久原 哲、 田代 康介, エマルジョンドロップレットを用いた微生物培養法, 第54回化学関連支部合同九州大会, 2017.07.
80. 馬場 映, 土井 信太郎, 須和田 拓耶, 久原 哲, 田代 康介, マウス胚性腫瘍細胞の神経分化過程におけるPrdm遺伝子の機能解析, 第54回化学関連支部合同九州大会, 2017.07.
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82. 岩田 沙絵、井上 麻美、足立 紗依子、渡辺 菜歩、田代 康介、久原 哲, 大腸がん由来細胞の浸潤・転移とGalanin・レセプターの関連, 第38回日本分子生物学会, 2016.12.
83. 任 建宇、村田 大輔、野村 和子、三谷 昌平、安藤 恵子、田代 康介、平林 義雄、金井 好克、Kanokporn Phetdee、野村 一也, 線虫C. elegansにおけるアセチルCoAトランスポーターの機能解析, 第38回日本分子生物学会, 2016.12.
84. 力武 茉莉花、松田 采子、村田 大輔、出嶋 克史、野村 和子、三谷 昌平、安藤 恵子、中台 枝里子、田代 康介、野村 一也, 生殖幹細胞の自己複製に必要な線虫 C. elegans GPIアンカー型タンパク質の解析, 第38回日本分子生物学会, 2016.12.
85. 宮田 淳史、志田 洋介、山崎 晴丈、正木 和夫、森 一樹、田代 康介、久原 哲、高久 洋暁、小笠原 渉, 油脂生産酵母 Rhodosporium toruloides の突然変異導入による油脂生産向上因子の同定, 第38回日本分子生物学会, 2016.12.
86. 森田 直樹、金 相完、山形 悦透、吉村 敦、久原 哲、田代 康介, イグサのゲノム解析, 第38回日本分子生物学会, 2016.12.
87. 石野 良純、田代 康介、久原 哲、金田 敏枝、今井 奈美子、吉武 和敏、小林 敬典、五條堀 孝, 海洋メタゲノム配列データ取得とアーキア解析, 第38回日本分子生物学会, 2016.12.
88. 薗田 由華、岩田 沙絵、渡辺 菜歩、神之浦 雅輝、山崎 耕喜、横倉 泰郎、米本 幸弘、中島 雄太、大和田 樹志、鈴木 信二、森田 金市、久原 哲、田代 康介, 繊維芽細胞の増殖・細胞分化へのチタン基板表面紫外線照射による光機能化処理の効果, 第38回日本分子生物学会, 2016.12.
89. 西窪 太志、西川 真帆、嶋倉 邦嘉、田代 康介、黒瀬 光一, in vitro皮膚感作性試験に用いるマーカーの有効性を規定する分子について, 第38回日本分子生物学会, 2016.11.
90. 清信 智、西川 真帆、嶋倉 邦嘉、田代 康介、黒瀬 光一, 皮膚感作性物質によって発現変動する遺伝子のマイクロアレイ解析, 第38回日本分子生物学会, 2016.11.
91. 土井 信太郎、藤野 梢、古賀 隆将、江口 りえこ、馬場 映、久原 哲、田代 康介, 発生過程におけるPrdm遺伝子の発現と機能解析
発生過程におけるPrdm遺伝子の発現と機能解析, 第38回日本分子生物学会, 2016.11.
92. Yuka Sonoda, Satoru Kuhara, Asami Inoue, Naohiro Yamaguchi, Kosuke Tashiro, Identification of cytokine key receptor in regulatory mechanism of MMP1 gene, The EMBO meeting 2015, 2016.09.
93. Thuy Duong Vu, Satoru Kuhara, Yoshinori Katakura, Kosuke Tashiro, Naoe Miyata, Expression control of Haptoglobin, a potential biomarker in cancer vaccine
therapy, in peripheral blood and hepatic cells, The EMBO meeting 2015, 2016.09.
94. 田中 涼、金 相完、久原 哲、田代 康介, NGSによるLactobacillus otakiensisのゲノム構造およびD-アミノ酸産生に関
わる遺伝子の解析, 第53回化学関連支部合同九州大会, 2016.07.
95. 岩田 沙絵、井上 麻美、足立 紗依子、渡辺 菜歩、田代 康介、久原 哲, 大腸がん由来細胞の浸潤・転移とGalanin・レセプターの関連, 第53回化学関連支部合同九州大会, 2016.07.
96. 土井 信太郎、藤野 梢、古賀 隆将、江口 りえこ、馬場 映、久原 哲、田代 康介, 細胞分化におけるPrdm遺伝子の発現と機能解析, 第53回化学関連支部合同九州大会, 2016.07.
97. 森田 直樹、金 相完、山形 悦透、吉村 敦、久原 哲、田代 康介, イグサ三品種間における変異解析, 第53回化学関連支部合同九州大会, 2016.07.
98. 白石暁、金 相完、山形 悦透、吉村 敦、久原 哲、田代 康介, 肝星細胞LX2における遺伝子ネットワーク解析, 第53回化学関連支部合同九州大会, 2016.07.
99. 東聖也、金 相完、久原 哲、田代 康介, 大規模なトキシコゲノミクスデータベースに基づく薬剤性肝障害関連遺伝子の同定, 第53回化学関連支部合同九州大会, 2016.07.
100. 井上 麻美, 薗田 由華, 上野 隆登, 藤井 元, 武藤 倫弘, 久原 哲, 田代 康介, ヒト初代肝星細胞を標的としたサイトカインによる抗線維化誘導(Effect of cytokines on Primary human hepatic stellate cell), 第37回日本分子生物学会, 2015.12.
101. 藤野梢, 江口りえこ, 久原 哲, 田代 康介, 発生・細胞分化過程におけるPrdm遺伝子の発現と機能解析, 第37回日本分子生物学会, 2015.12.
102. 足立 紗依, 井上 麻美, 岩田 沙絵, 永吉 絹子, 植木 隆, 久原 哲, 田代 康介, 大腸癌細胞株におけるGalaninと浸潤能の関連, 第37回日本分子生物学会, 2015.12.
103. 薗田由華, 井上 麻美, 久原 哲, 田代 康介, 肝星細胞におけるMMP1遺伝子発現の解析, 第37回日本分子生物学会, 2015.12.
104. 柴田弘紀, 久原 哲, 田代 康介, 日本固有の毒蛇ハブ(Protobothrops flavoviridis)の全ゲノム配列決定と遺伝子モデルの作製, 第37回日本分子生物学会, 2015.12.
105. 池上秀利, 白澤健太, 森一樹, 田代 康介, 久原 哲, 羽生剛, 平田千春, 姫野修一, RAD-seqによるイチジク連鎖地図の作成, 園芸学会平成27年度秋季大会, 2015.09.
106. 藤野梢, 江口りえこ, 久原 哲, 田代 康介, 細胞分化におけるPrdm遺伝子の発現と機能解析, 第52回化学関連支部合同九州大会, 2015.06.
107. 薗田由華, 井上麻美, 久原 哲, 田代 康介, MMP1遺伝子発現量調節機構において鍵となるサイトカイン受容体遺伝子の特定, 第52回化学関連支部合同九州大会, 2015.06.
108. 足立 紗依子, 井上麻美, 永吉 絹子, 植木 隆, 久原 哲, 田代 康介, 結腸直腸癌細胞株におけるGalann遺伝子と浸潤能の関連, 第52回化学関連支部合同九州大会, 2015.06.
109. 田代 康介, がんワクチンゲノミクスに基づくがんワクチン適格性予測診断マーカーの同定, がん予防学術大会2015さいたま, 2015.06,  がんワクチン療法は、外科的切除術・抗がん剤・放射線療法と並ぶ第4の治療法として実用化が期待されてきた。しかしながら、がんワクチン療法は未だ医薬品として信頼できるレベルに到達していないのが現状であり、その一因はがんワクチン療法への適格性や予後予測可能なゲノムレベル情報の欠如にある。がんワクチンに対する各人の応答性や適格性について、ゲノムレベル(がんワクチンゲノミクス)及びタンパク質レベル(がんワクチンプロテオミクス)での解析を実施し、がんワクチン適格性予測診断マーカーなどの同定・開発が必要であると考えられる。我々は、抵抗性再燃前立腺がん患者のワクチン投与前後の血液から単核球画分を分離し、遺伝子発現プロファイル解析を行うことにより、生存期間と遺伝子発現が関連する遺伝子の抽出を試みた。その結果、MyeloperoxidaseやHaptoglobinなどの発現量が有意に相関すること、さらに、Haptoglobinのプロモータ領域に存在する多型rs5472が患者の生存と強く関係することが明らかとなり、Haptoglobin の発現量及びrs5472の多型はペプチドワクチン療法の適格性予測診断のバイオマーカーとなりうることが判明した。ここで見出したマーカー群は、がん細胞ではなく正常細胞での発現遺伝子と考えられることから、がん細胞への生体の反応性などに関連していると推測され、がん治療効果診断やがん予防に応用できる可能性を持つと期待している。ここでは、マーカー同定手法やマーカーの有効性などを紹介したい。.
110. 井上 麻美、薗田 由華、上野 隆登、藤井 元、武藤 倫弘、久原 哲、田代 康介, ヒト初代肝星細胞を標的としたサイトカインによる抗線維化誘導, 第37回日本分子生物学会, 2014.11.
111. 古賀隆将、江口 りえこ、久原哲、田代康介, 神経分化過程に おけるエピジェネティック因子の発現と機能, 第37回日本分子生物学会, 2014.11.
112. A. Inoue, K. Obayashi, F. Ogasawara, A. Nakamura, T. Ueno, G. Fujii, M. Mutoh, S. Kuhara, K. Tashiro, Effect of cytokines on human primary hepatic stellate cell, The EMBO meeting 2014, 2014.08.
113. N. Miyata, X. Pang, M. Takaki, K. Tashiro, H. Araki, N. Komatsu, T. Sasada, K. Itoh, S. Kuhara, Insights into haptoglobin: an interesting biomarker for predicting the prognosis of prostate cancer patients, The EMBO meeting 2014, 2014.08.
114. 坂見 綾佳、田代 康介、榎本 亜紀子、阪田 光和、吉村 淳、佐藤 匡央、熊丸 敏博、佐藤 光、久原 哲, 巨大胚変異系統米における遺伝子発現プロファイル解析, 日本農芸化学会2013大会, 2014.03.
115. 岩塚 美由紀、森 一樹、田代 康介、中村 洋路、藤原 篤志、小林 敬典、乙竹 充、久原 哲, クロマグロのグルコース代謝におけるアイソザイムの進化的関係の探索, 日本農芸化学会2013大会, 2014.03.
116. 森一樹、日高朋子、田代康介、久原哲、南雲吉代、石野園子、石野良純、吉村直晃、多治見誠亮、西広海、田原義雄、藤原篤志、長井敏, 赤潮予測技術開発を目指した漁場環境メタゲノム解析, 日本ゲノム微生物学会年会, 2014.03.
117. 宮田有英、高木麻里、ボウ暁良、田代康介、小松誠和、笹田哲朗、伊東恭悟、久原哲, がんペプチドワクチン適格性予測手法の開発, 第36回日本分子生物学会, 2013.12.
118. 榎本亜紀子、田代康介、坂見綾佳、坂田光和、吉村淳、佐藤匡央、熊丸敏博、佐藤光、久原哲, イネ巨大胚変異株のトランスクリプトーム解析, 第36回日本分子生物学会, 2013.12.
119. 井上麻美、大林 賢一、中村 アンナ、上野 隆登、鳥村 拓司、久原 哲、田代 康介, ヒト初代肝星細胞を用いたサイトカインによる抗線維化誘導, 第36回日本分子生物学会, 2013.12.
120. 荒木 啓充,Pang Xiaoliang,小松 誠和,宮田 有英,松枝 智子,宮崎 寿美,笹田 哲朗,伊東 恭悟,田代康介,久原 哲, 進行性去勢抵抗性前立腺がん患者を対象としたテーラーメイドペプチドワクチン療法の予後予測バイオマーカーの探索, 第36回日本分子生物学会, 2013.12.
121. Hiromitsu Araki, Xiaoliang Pang, Mari Takaki, Nawoe Miyata, Nobukazu Komatsu, Satoko Matsueda, Kyogo Itoh, Tetsuro Sasada, Kosuke Tashiro, Satoru Kuhara, 再燃前立腺がん患者の遺伝子発現プロファイルに基づくるテーラーメイドペプチドワクチン適格性診断マーカーの同定, 第72回日本癌学会学術総会, 2013.10.
122. A.Inoue, K.Obayashi, A.Nakamura, T.Ueno, T.Torimura, S.Kuhara, K.Tashiro, Effect of cytokines on primary human Hepatic Stellate Cell, The EMBO meeting 2013, 2013.09.
123. N.Miyata, X.Pang, M.Takaki, K.Tashiro, N.Komatsu, T.Sasada, K.Itoh, S.Kuhara, Insights into haptoglobin; a prognostic biomarker of patients injected personalized peptide vaccines for advanced castration-resistant prostate cancer, The EMBO meeting 2013, 2013.09.
124. 小松誠和、Xiaoliang Pang,荒木啓充、髙木麻里、宮田有英、松枝智子、笹田哲朗、田代康介、久原哲、伊東恭悟, 再燃前立腺がんを対象としたテーラーメイドペプチドワクチン療法における一塩基多型(SNPs)解析による予後予測マーカーの探索, 第17回日本がん免疫学会総会, 2013.07.
125. 森 一樹、田代康介、久原哲、服部正平、中村洋路、菅谷琢磨、斉藤憲治, クロマグロのトランスクリプトーム解析, 日本農芸化学会2013大会, 2013.03.
126. 高木 麻里、ボウ暁良、田代康介、江口りえこ、小松誠和、笹田哲朗、伊東恭悟、久原哲, がんワクチン適格性予測候補遺伝子の探索, 日本農芸化学会2013大会, 2013.03.
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128. 森一樹、田代康介、久原哲、南雲吉代、石野園子、石野良純、安東秀徳、西広海、藤原篤志、長井敏、佐野元彦, 赤潮予測に向けた漁場環境メタゲノム解析, 第7回日本ゲノム微生物学会年会, 2013.03.
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