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岡本 正宏(おかもと まさひろ) データ更新日:2016.05.19

教授 /  農学研究院 生命機能科学部門 システム生物工学講座


大学院(学府)担当

学部担当

その他の教育研究施設名

先端融合医療レドックスナビ研究拠点(ネット医療グループ長) , 九州大学合成システム生物学研究センター(センター長) , ,

役職名

システム生命科学府長
九州大学合成システム生物学研究センター・センター長


電子メール
ホームページ
http://www.brs.kyushu-u.ac.jp/bioinfo/
研究室のホームページ .
電話番号
092-642-6691
FAX番号
092-642-6744
取得学位
農学博士
専門分野
生物情報科学、システム生物学、合成生物学
活動概要
研究のコンセプト:「生物機能およびその制御のソフトウエア(機能発現に至る機構)を
            情報科学的手法で解析し、バイオテクノロジーの新展開を図る」
<主要な研究テーマ>
 1.Webをベースにした代謝経路解析用シミュレータの設計・開発
   代謝系などに代表される非線形反応ネットワークの解析を前提とした、生体内反応系
   解析統合システム”BEST-KIT"(http://www.best-kit.org/)をCおよびJava言語を使用
   して開発。クライアント・サーバシステムで設計されている。
 2.観測タイムコースデータを用いた遺伝子ネットワークの相互作用推定システムの開発
   観測されるシステム要素のタイムコースからシステム要素間の相互作用を推定する
   ことは、一種の逆問題である。このような逆問題を解く上で、非線形システムの数理
   モデルとしてS-system表記法を、多次元非線形数値最適化手法に遺伝的アルゴリズム
   をベースとする手法を導入し,遺伝子ネットワークの相互作用推定問題に適用した。
 3.生物の神経情報処理過程をモデルとした時系列信号の類似性認識システムの開発
   中枢神経では感覚器で変換されたインパルス信号の刺激頻度に応じた伝達経路や発火
   パターンをもったネットワークが自己組織的に構築される。このネットワークを用いて
   我々は時系列のアナログ信号の類似性認識を時々刻々行っていると推察される。
   このような類似性認識システムを、当研究室で開発したバイオケミカルニューロンを
   用いて設計・開発している。
4.酵素反応フィードバック制御を用いた適応型ルーティングの設計・開発
   最短経路優先のルーティングはインターネットのような大規模ネットワークで利用されて
   いるが、個々の通信に対するスループットを向上させることに主眼が置かれており、ネット
   ワーク全体のスループットの向上はあまり考慮されていない。ネットワーク全体の負荷が
   均一になるように動作することを目標として、服装制御のできる適応型ルーティングを
   生体内酵素反応フィードバック制御をモデルにして設計・開発している。
 5.動的・多要素な生体分子ネットワークを理解するための合成生物学の基盤構築
   (平成23年度~27年度 文部科学省科学研究費補助金新学術研究領域
(研究領域提案型)領域採択テーマ)
   生体分子ネットワークを「眺めて解析する生物学」から、「創って解析する・利用する生物学」
を目指し、2000年頃から米国で合成生物学という研究が行われている。「創って解析する・利用
する生物学」を実現するためには、①人工遺伝子回路や人工代謝経路の探索・設計を行う
情報科学と、②無細胞系(in vitro)で回路・経路構築を行う工学と、③細胞内(in vivo)へ
回路・経路を導入する分子生物学の技術を結集し、有機的に連携することで、世界に先駆けた
合成生物学を展開するための技術基盤を構築する必要がある。合成生物学およびシステム
生物学の知識・最先端技術を結集し、基礎研究から応用研究までを行う、合成システム
生物学の技術基盤拠点形成を目指す。

社会活動:
  平成12年度〜16年度:文部省科学研究費補助金特定領域研究C「ゲノム情報科学の
   新展開」計画研究D04班(遺伝子ネットワークのモデル化とシミュレーション)班長
 平成14年度〜15年度:日本バイオインフォマティクス学会評議員
平成14年度〜:情報計算化学生物学会理事
平成23年度~平成27年度:文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究
    「動的・多要素な生体分子ネットワークを理解するための合成生物学の基盤構築」
     領域代表

教育:
  コンピュータのわかる生物工学者、生物がわかるコンピュータ技術者を育てることを
  教育目標としている。

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