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中島 崇（なかしま たかし） データ更新日：2023.11.27

助教　／　 農学研究院 生命機能科学部門 生物機能分子化学講座


主な研究テーマ
古細菌ヘリカーゼの構造基盤
キーワード：ヘリカーゼ，酵素，RNA
2006.04～2013.03.
遺伝子の翻訳と転写に関わるタンパク質核酸複合体の立体構造解析
キーワード：タンパク質合成，翻訳，立体構造解析，タンパク質結晶学
2004.08.
従事しているプロジェクト研究
タンパク3000プロジェクト個別的解析プログラム「転写・翻訳」
2002.04～2006.12, 代表者：田中　勲, 北海道大学大学院理学研究科, 文部科学省（日本）.
研究業績
主要著書
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1. Makoto Kimura, Kosuke Oshima, Xuzhu Gao, Dan Jiang, Takashi Nakashima, Toshifumi Ueda, Structure and function of archaeal ribonuclease P. In Nucleic Acids and Molecular Biology, Springer, https://doi.org/10.1007/978-3-319-65795-0_7, vol.32, 159-175, 2017.10.
主要原著論文
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1. 高緒柱,大嶋浩介,上田敏史,中島 崇, 木村 誠, A three-dimensional model of RNase P in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3, JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 10.1016/j.bbrc.2017.09.085, 493, 2, 1063-1068, 2017.11.
2. 中島 崇, 木村 誠, Functional characterization of archaeal homologs of human nuclear RNase P proteins Rpp21 and Rpp29 provides insights into the molecular basis of their cooperativity in catalysis, JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 10.1016/j.bbrc.2016.10.142, 482, 1, 68-74, 2017.01.
3. 中島 崇, 木村 誠, Structural basis for recognition of a kink-turn motif by an archaeal homologue of human RNase P protein Rpp38, JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 10.1016/j.bbrc.2016.04.118, 474, 3, 541-546, 2016.06.
4. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, Functional implication of archaeal homologues of human RNase P protein pair Pop5 and Rpp30, JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 10.1093/jb/mvv067, 159, 1, 31-40, 2016.01.
5. 上田敏史, 末松光太郎, 中島 崇, 角田 佳充, Yoshizumi Ishino, 木村 誠, Mutation of the gene encoding the ribonuclease P RNA in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis causes decreased growth rate and impaired processing of tRNA precursors, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 10.1016/j.bbrc.2015.11.012, 468, 4, 660-665, 2015.12.
6. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, Archaeal ribonuclease P proteins have potential for biotechnological applications where precise hybridization of nucleic acids is needed, BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 10.1080/09168451.2015.1058699, 79, 12, 2014-2017, 2015.12.
7. Takashi Nakashima, Yoshimitsu Kakuta, makoto kimura, Ueda T, Suematsu K, On archaeal homologs of the human RNase P proteins Pop5 and Rpp30 in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis., Biosci Biotechnol Biochem. , 23, 1-8, 2015.02.
8. Takashi Nakashima, makoto kimura, Yoshimitsu Kakuta, Imai T, Ueda T, Hazeyama K, Furutani T, Enhancement of RNA annealing and strand displacement found in archaeal ribonuclease P proteins is conserved in Escherichia coli protein C5 and yeast protein Rpr2., Biosci Biotechnol Biochem. , 78, 10, 1700-1702, 2014.10.
9. Takashi Nakashima, Yoshimitsu Kakuta, makoto kimura, Takahiro Nakamura, Imai T, Maeda T, Pentatricopeptide repeat motifs in the processing enzyme PRORP1 in Arabidopsis thaliana play a crucial role in recognition of nucleotide bases at TψC loop in precursor tRNAs., Biochem Biophys Res Commun. , 450, 4, 1541-1546, 2014.08.
10. Toshihumi Ueda, Hiroshi Yamaguchi, Mitsuru Miyanoshita, Takashi Nakashima, Yoshimitsu Kakuta, makoto kimura, Characterization of the peripheral structures of archaeal RNase P RNA from Pyrococcus horikoshii OT3.
, J Biochem. , 155, 1, 25-33, 2014.01.
11. Takashi Nakashima, makoto kimura, Yoshimitsu Kakuta, Characterization of the peripheral structures of archaeal RNase P RNA from Pyrococcus horikoshii OT3., J Biochem, 2014.01.
12. Takashi Nakashima, M. IshiHara, T. Ueda, Etsuko Nishimoto, Yoshimitsu Kakuta, makoto kimura, Extra-structural elements in the RNA recognition motif in archaeal Pop5 play a crucial role in the activation of RNase P RNA from Pyrococcus horikoshii OT3.

, Biochem Biophys Res Commun. , 440, 4, 594-598, 2013.11.
13. Zwieb C, Nakao Y, Nakashima T, Takagi H, Goda S, Andersen ES, Kakuta Y, Kimura M., Structural modeling of RNase P RNA of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3., Biochem Biophys Res Commun., 414, 3, 517-522, 2011.10, Ribonuclease P (RNase P) is a ubiquitous trans-acting ribozyme that processes the 5' leader sequence of precursor tRNA (pre-tRNA). The RNase P RNA (PhopRNA) of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3 is central to the catalytic process and binds five proteins (PhoPop5, PhoRpp21, PhoRpp29, PhoRpp30, and PhoRpp38) which contribute to the enzymatic activity of the holoenzyme. Despite significant progress in determining the crystal structure of the proteins, the structure of PhopRNA remains elusive. Comparative analysis of the RNase P RNA sequences and existing crystallographic structural information of the bacterial RNase P RNAs were combined to generate a phylogenetically supported three-dimensional (3-D) model of the PhopRNA. The model structure shows an essentially flat disk with 16 tightly packed helices and a conserved face suitable for the binding of pre-tRNA. Moreover, the structure in solution was investigated by enzymatic probing and small-angle X-ray scattering (SAXS) analysis. The low resolution model derived from SAXS and the comparative 3-D model have similar overall shapes. The 3-D model provides a framework for a better understanding of structure-function relationships of this multifaceted primordial ribozyme..
14. Hara T, Terada A, Yamaguchi H, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M., The contribution of peripheral stem-loops to the catalytic activity of archaeal RNase P RNA from Pyrococcus horikoshii OT3., Biosci Biotechnol Biochem. , 75, 4, 816-819, 2011.04.
15. M.Shinohara, J.X. Guo, M. Mori, T. Nakashima, H. Takagi, E. Nishimoto, S. Yamashita, K. Tsumoto, Y. Kakuta, and M. Kimura, The sturctural mechanism of the inhibition of archaeal RelE toxin by iots cognate RelB antitoxin., Biochem. Biophys. Res. Commun., 2010.09.
16. Kosaka S, Hada K, Nakashima T, Kimura M. , Structural changes in ribonuclease P RNA in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3 induced on interaction with proteins., Biosci Biotechnol Biochem., 74(2):394-396., 2010.02.
17. Kikutake C, Shinohara M, Takagi H, Nakashima T, Kimura M., The C-terminal portion of an archaeal toxin, aRelE, plays a crucial role in protein synthesis inhibition., Biosci Biotechnol Biochem. , 73(12):2766-2778., 2009.12.
18. Zhang X, Nakashima T, Kakuta Y, Yao M, Tanaka I, Kimura M. , Crystal structure of an archaeal Ski2p-like protein from Pyrococcus horikoshii OT3.
, Protein Science, 17(1),136-45. (2008)
, 2008.01.
19. Shin Kawano, Takashi Nakashima, Yoshimitsu Kakuta, Isao Tanaka, Makoto Kimura , Crystal structure of protein Ph1481p in complex with protein Ph1877p of archaeal RNase P from Pyrococcus horikoshii OT3: implication of dimer formation of the holoenzyme, Journal of Moleculer Biology, 357(2),583-591, 2006.01.
20. T. Nakashima, M. Kimura, A. Nakagawa and I. Tanaka, Crystallization and preliminary X-ray crystallographic study of a 23S rRNA binding domain of the ribosomal protein L2 from Bacillus stearothermophilus, Journal of Structural Biology, 10.1006/jsbi.1998.4053, 124, 1, 99-101, 124, 99-101, 1998.12.
主要総説, 論評, 解説, 書評, 報告書等
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主要学会発表等
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1. 中島 崇,伊藤 寛倫,張 晶,木村 誠,沼田倫征,石野良純, 腸炎ビブリオ (Vibrio parahaemolyticus) 由来トキシン/アンチトキシンシステム Vp1843/Vp1842 複合体の結晶構造解析, 日本結晶学会 2021年会, 2021.11, [URL].
2. 中島崇，吉村昂大，冨高大暉，山田直隆，石野良純, 担子菌酵母および植物由来フェニルアラニンアンモニアリアーゼの特異的阻害剤Z302を利用した生化学的解析と結晶構造解析, 2019年度西日本・中四国支部合同大会, 2019.11.
3. 中島崇、伊藤寛倫、張晶、木村誠, 腸炎ビブリオ（Vibrio parahaemolyticus）由来トキシン/アンチトキシンシステムVp1843/Vp1842複合体の結晶構造解析, 日本分子生物学会, 2018.11.
4. 伊藤寛倫, 張晶, 中島 崇, 腸炎ビブリオ由来トキシン・VpParEの阻害様式に関する研究, 第39回日本分子生物学会年会, 2016.11.
5. 高緒柱, 中島 崇, 超好熱性アーキアリボ核タンパク質酵素RNaseP再構成ホロ酵素の精製と結晶化, 第39回日本分子生物学会年会, 2016.11.
6. 江丹, 泉健太, 中島 崇, 超好熱性アーキアRNaseP構成タンパク質Rpp38のRNA活性化に関する結晶構造及びRNaseP高次構造モデルの構築
, 第39回日本分子生物学会年会, 2016.11.
7. 泉健太, 江丹, 中島 崇, 超好熱性アーキア（Pyrococcus horikoshii）リボヌクレアーゼP構成タンパク質Rpp21とRpp29の協調作用の分子基盤
, 第39回日本分子生物学会年会, 2016.11.
8. 高緒柱, 中島 崇, 超好熱性古細菌RNaseP構成タンパク質Rpp38のRNA活性化の構造基盤, 平成28年度日本結晶学会年会, 2016.11.
9. 高緒柱, 中島 崇, 超好熱性アーキアリボヌクレアーゼP 再構成ホロ酵素の精製と結晶化, 日本農芸化学会西日本支部大会, 2016.09.
10. 江丹, 泉健太, 中島 崇, 超好熱性アーキアリボヌクレアーゼP構成タンパク質PhoRpp21の機能解析, 日本農芸化学会西日本支部大会, 2016.09.
11. 泉健太, 江丹, 中島 崇, 超好熱性アーキアリボヌクレアーゼP 構成タンパク質Rpp29の基質結合への関与, 日本農芸化学会西日本支部大会, 2016.09.
12. 張晶, 伊藤寛倫, 中島 崇, 腸炎ビブリオ由来アンチトキシン/トキシンの生理機能に関する研究, 日本農芸化学会西日本支部大会, 2016.09.
13. 伊藤寛倫, 張晶, 中島 崇, 腸炎ビブリオ由来トキシン・VpParEのDNAジャイレース阻害活性とその様式, 日本農芸化学会西日本支部大会, 2016.09.
14. 江丹, 泉健太, 中島 崇, 超好熱性アーキアRNaseP構成タンパク質複合体Rpp21－Rpp29のRNA活性化機構
, 第16回日本蛋白質科学会年会, 2016.06.
15. 伊藤寛倫, 張晶, 中島 崇, 腸炎ビブリオ（Vibrio parahaemolyticus）トキシン/アンチトキシンの標的分子に関する研究, 2016.06.
16. 中島 崇, 超好熱性アーキアPyrococcus horikoshii OT3リボヌクレアーゼP構成タンパク質RPP38のRNA活性化における構造基盤, 第16回日本蛋白質科学会年会, 2016.06.
17. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 変異体を用いたアーキアRNasePのin vivo機能の解析, 第88回日本生化学会大会, 2015.12.
18. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアRNaseP構成タンパク質Rpp38-RNA複合体の結晶構造, 第88回日本生化学会大会, 2015.12.
19. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアのリボヌクレアーゼP構成タンパク質複合体Rpp-21-Rpp29とRNAの相互作用に関する研究, 第88回日本生化学会大会, 2015.12.
20. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 腸炎ビブリオ（Vibrio parahaemolyticus）由来トキシン/アンチトキシンの機能解析と結晶化, 微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
21. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキア（Thermococcus kodakarensis）RNase P構成タンパク質の構造と機能に関する研究, 微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
22. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, Functional characterization of a toxin/antitoxin in Vibrio parahaemolyticus, 微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
23. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアRNaseP 構成タンパク質Rpp38の機能解析, 微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
24. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアリボヌクレアーゼP 構成タンパク質Rpp29のRNA結合部位の同定, 微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
25. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアリボヌクレアーゼP 構成タンパク質Rpp21の機能解析, 微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
26. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, シロイヌナズナ由来RNaseP様タンパク質酵素（PRORP）の基質認識機構に関する研究, 微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
27. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 腸炎ビブリオ（Vibrio parahaemolyticus）のトキシン/アンチトキシンの機能解析, 日本農芸化学会2015年度中四国・西日本支部合同大会, 2015.09.
28. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアリボヌクレアーゼP 構成タンパク質Rpp21のRNA活性化部位の同定, 日本農芸化学会2015年度中四国・西日本支部合同大会, 2015.09.
29. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアリボヌクレアーゼP 構成タンパク質Rpp29の構造機能相関, 日本農芸化学会2015年度中四国・西日本支部合同大会, 2015.09.
30. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアリボヌクレアーゼP 構成タンパク質Rpp38によるRNA活性化の作用機構に関する研究, 日本農芸化学会2015年度中四国・西日本支部合同大会, 2015.09.
31. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, シロイヌナズナ由来前駆体tRNAプロセシング酵素PRORPの基質認識機構に関する研究, 日本農芸化学会2015年度中四国・西日本支部合同大会, 2015.09.
32. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 腸炎ビブリオ由来トキシン/アンチトキシンの特定とその機能, 第52回化学関連支部合同九州大会, 2015.06.
33. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアRNase P構成タンパク質Rpp38のRNA活性化の構造基盤, 第52回化学関連支部合同九州大会, 2015.06.
34. 中島 崇, 角田 佳充, 木村 誠, 超好熱性アーキアRNase P構成タンパク質複合体Rpp21-Rpp29のRNA活性化機構, 第52回化学関連支部合同九州大会, 2015.06.
35. 中島 崇, 大嶋　浩介, 濱崎　真人, 角田 佳充, 木村 誠, RNase P 構成タンパク質Rpp38とRNAの相互作用様式と複合体の結晶化, 日本生化学会九州支部例会, 2012.05.
36. 中島崇、大嶋浩介、木村誠, Biochemical Characterization of The Interaction Between RNase P RNA and PhoRpp38, in The Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus horikoshii OT3, RNA2011 SIXTEENTH Annual meeting of the RNA society, 2011.06, [URL].
37. 今井崇喜、森美佐子、茶円喜美子、中島崇、角田佳充、中尾実樹、木村誠, 酵母リボヌクレアーゼPとMRP構成タンパク質の調製と結晶化, 日本農芸化学会, 2011.03.
38. 中島崇、大嶋浩介、角田佳充、津本浩平、木村誠, 超好熱古細菌リボヌクレアーゼP構成サブユニット間相互作用, 日本農芸化学会, 2011.03.
39. 篠原 雅明,菊竹 智恵,郭 巾旭,森 美佐子,中島 崇,西本 悦子,山下 昭二,木村 誠, The role of carboxyl-terminal basic amino acids in the protein synthesis suppressor RelE, 日本農芸化学会, 2009.03.
40. 中島崇，張小冬，角田佳充，木村誠, 超好熱古細菌Pyrococcus　horikoshii由来Ski2pタイプRNAヘリカーゼの結晶構造 , 蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム, 2007.09.
41. 中島崇，張小冬，角田佳充，木村誠, 超好熱古細菌Pyrococcus　horikoshii由来Ski2pタイプRNAヘリカーゼの結晶構造, 第9回RNA学会年会, 2007.07.
42. 張小冬，中島崇，角田佳充，木村誠, Ski2様RNAヘリカーゼ活性発現の構造基盤, 日本農芸化学会中四国・西日本支部合同大会, 2007.09.
43. Takashi Nakashima, Xiaodong Zhang, Yoshimitsu Kakuta, Makoto Kimura, Crystallization and Structural analysis of Archaeal Homolog of Ski-2 type RNA helicase from th Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus horikoshii, AsCA '06/CrSJ (Joint Conference of the Asian Crystallographic Association and the Crystallographic Society of Japan), 2006.11.
学会活動
所属学会名
日本分子生物学会
日本結晶学会
日本蛋白質科学会
日本農芸化学会
RNA society
日本RNA学会
日本生化学会
学会大会・会議・シンポジウム等における役割
2019.09.02～2019.09.06, Thermophiles 2019, 大会実行委員会.
2019.11.08～2019.11.09, 日本農芸化学会西日本・中四国支部合同大会（第55回講演会）, 座長（Chairmanship）.
2020.03.25～2020.03.28, 日本農芸化学会２０２０年度大会, 大会実行委員会.
2008.09.19～2008.09.20, 農芸化学会西日本支部会, 座長（Chairmanship）.
2004.10, 農芸化学会支部会, 座長（Chairmanship）.
2012.10.01～2012.03.31, 九州大学農学研究院YoungAgri-Scientist Seminar　全１３回, 運営.
2013.04.01～2014.03.31, 日本農芸化学会西日本支部, 事務局.
2012.10.01～2012.03.31, 九州大学農学研究院YoungAgri-Scientist Seminar, 運営.
2011.09.29～2011.10.01, 蛋白質と酵素の構造と機能に関する 九州シンポジウム, 運営.
2009.08～2009.08, 日本農芸化学会西日本支部会, プログラム編成委員会.
2009.03.29～2009.03.30, 日本農芸化学会２００９年度大会, 農芸化学Frontiersシンポジウム事務局庶務.
2009.03.27～2009.03.29, 日本農芸化学会２００９年度大会, 大会実行委員会総務補助（準備委員会書記）.


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