| 1. |
藤岡健太郎 中村江里 赤司友徳, 九州大学大学文書館における展示活動と自校史常設展示の開始, 近代日本研究, 38, 1-34, 2022.02. |
| 2. |
藤岡健太郎, 演習林と帝国大学, 『帝国大学農学部の形成と展開に関する研究―九州帝国大学を中心に―』平成27～30年度科学研究費助成事業（基盤研究(C)）研究成果報告書, 2019.03. |
| 3. |
藤岡健太郎, 帝国大学農学部の教官人事, 『帝国大学農学部の形成と展開に関する研究―九州帝国大学を中心に―』平成27～30年度科学研究費助成事業（基盤研究(C)）研究成果報告書, 2019.03. |
| 4. |
藤岡健太郎, 帝国大学農学部の形成と展開―学科・講座・附属施設の設置に着目して―, 『帝国大学農学部の形成と展開に関する研究―九州帝国大学を中心に―』平成27～30年度科学研究費助成事業（基盤研究(C)）研究成果報告書, 2019.03. |
| 5. |
藤岡健太郎, 九州帝国大学と箱崎, 九州史学研究会編『アジアのなかの博多湾と箱崎』アジア遊学224, 166-176, 2018.10. |
| 6. |
藤岡健太郎, 近代の箱崎と博多湾―大学町の形成, 『九州史学』, 180, 85-102, 2018.09. |
| 7. |
藤岡 健太郎, 九州大学とアジア―九州帝国大学時代を中心に―, 『九大百年 美術をめぐる物語【論集】』, 19-28, 2016.10. |
| 8. |
藤岡 健太郎, 九州帝国大学農学部の満洲国調査研究―森周六と川島禄郎を中心に―, 『帝国大学のアジア調査研究―九州帝国大学を中心に―』平成24～26年度科学研究費助成事業（基盤研究(C)）研究成果報告書, 69-90, 2015.03. |
| 9. |
藤岡 健太郎, 九州帝国大学のアジア調査研究, 『帝国大学のアジア調査研究―九州帝国大学を中心に―』平成24～26年度科学研究費助成事業（基盤研究(C)）研究成果報告書, 5-31, 2015.03. |
| 10. |
藤岡 健太郎, 九州帝国大学の外地演習林, 『九州大学演習林百年史』（九州大学農学部附属演習林）, 123-137, 2013.03. |
| 11. |
藤岡健太郎, 九州帝国大学法文学部のアジア研究と研究所構想, 「後発帝国大学の設立理念と実態―九州帝国大学法文学部の場合―』平成21年度～平成23年度科学研究費補助金（基盤研究（C））研究成果報告書, 2012.03. |
| 12. |
藤岡健太郎, 蒙古軍供養塔除幕式問題の再検討―拙稿「高鍋日統と大陸山水城院」の補遺として―, 『年報太宰府学』, 3, 16～25頁, 2009.03. |
| 13. |
藤岡健太郎, 「「東亜」の「解放」と「統一」―「東亜新秩序」と「大東亜共栄圏」の連続と断絶―」, 『境界からみた内と外』（岩田書院）, 271～294頁, 2008.12. |
| 14. |
藤岡健太郎, 「学校報国隊の編成と活動―政策決定過程と九州帝国大学の事例に関する研究―」, 『九州大学における学徒出陣・学徒動員』平成18年度～平成19年度科学研究費補助金（基盤研究(C)）研究成果報告書, 1～15頁, 2008.03. |
| 15. |
藤岡健太郎, 「「容喙拒否」の論理―国際連盟・ワシントン会議と「門戸開放主義」「モンロー主義」―」, 『史学雑誌』, 116編10号、37～71頁, 2007.10. |
| 16. |
藤岡健太郎, 「学徒勤労動員除外と科学研究動員―九州帝国大学の事例を中心に―」, 『九州大学における学徒出陣・学徒動員』平成18年度～平成19年度科学研究費補助金（基盤研究(C)）第1年度報告書, 1～15頁, 2007.03. |
| 17. |
藤岡健太郎, 「満洲問題の「発見」と日本の知識人―IPR京都会議と蠟山政道の議論を中心に―」, 『九州史学』, 143号、25～48頁, 2005.05. |
| 18. |
藤岡健太郎, 「高鍋日統と大陸山水城院」, 『「古都太宰府」の展開 太宰府市史別編』, 304～326頁, 2004.03. |
| 19. |
藤岡健太郎, 「戦間期日本の「国際主義」と「地域主義」」, 『日本歴史』, 647号、69～85頁, 2002.04. |
| 20. |
藤岡健太郎, 「戦間期日本知識人の東アジア国際秩序認識の構造―蠟山政道と末広重雄の場合―」, 『九州史学』, 125号、27～51頁, 2000.05. |
