九州大学-研究者情報 [須山幹太 (教授) 生体防御医学研究所附属システム免疫学統合研究センター]

Mikita Suyama, Mechanistic insights into mutually exclusive splicing in dynamin 1., Bioinformatics, 10.1093/bioinformatics/btt368, 29, 17, 2084-2087, 2013.06.

Suyama M, Harrington ED, Vinokourova S, von Knebel Doeberitz M, Ohara O, Bork P., A network of conserved co-occurring motifs for the regulation of alternative splicing., Nucleic Acids Res., 10.1093/nar/gkq705, 38, 22, 7916-7926, 2010.08, Cis-acting short sequence motifs play important roles in alternative splicing. It is now possible to identify such sequence motifs as conserved sequence patterns in genome sequence alignments. Here, we report the systematic search for motifs in the neighboring introns of alternatively spliced exons by using comparative analysis of mammalian genome alignments. We identified 11 conserved sequence motifs that might be involved in the regulation of alternative splicing. These motifs are not only significantly overrepresented near alternatively spliced exons, but they also co-occur with each other, thus, forming a network of cis-elements, likely to be the basis for context-dependent regulation. Based on this finding, we applied the motif co-occurrence to predict alternatively skipped exons. We verified exon skipping in 29 cases out of 118 predictions (25%) by EST and mRNA sequences in the databases. For the predictions not verified by the database sequences, we confirmed exon skipping in 10 additional cases by using both RT-PCR experiments and the publicly available RNA-Seq data. These results indicate that even more alternative splicing events will be found with the progress of large-scale and high-throughput analyses for various tissue samples and developmental stages..

主要学会発表等

全てを見る→

1.	Mikita Suyama, Detection and interpretation of regulatory mutations, International Symposium on Frontiers in Bioinformatics, 2016.06.
2.	Mikita Suyama, Exome sequencing, Computational Biology: Genomes to Systems (EMBO Practical Course), 2016.06.
3.	須山幹太, ラットゲノム解析のためのターゲットキャプチャキットの開発とその応用, 第9回ラットリソースリサーチ研究会, 2016.01.
4.	吉原美奈子, 小原收, 庫本高志, 須山幹太, ラット拡張エクソーム解析の為のプローブデザイン, BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会), 2015.12.
5.	戌亥海, 須山幹太, 個人ゲノムおよびトランスクリプトームデータを用いたアレル特異的転写の解析, BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会), 2015.12.
6.	伊波大志, 須山幹太, ハイブリッド系統マウスのHi-Cデータに基づく相同染色体の核内配置の解析, BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会), 2015.12.
7.	佐藤　哲也, 須山幹太, Hi-Cデータ検索サーバ「ChromContact」の利用, BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会), 2015.12.
8.	T. Sato, M. Suyama, ChromContact: A Web Tool for Analyzing Spatial Contact of Chromosomes from Hi-C data, Annual Meeting of International Human Epigenome Consortium (IHEC) 2015, 2015.11.
9.	Daisuke Saito, Mikita Suyama, Linkage analysis of Heterogeneity in methylation status of adjacent CpG sites, Annual Meeting of International Human Epigenome Consortium (IHEC) 2015, 2015.11.
10.	Daisuke Saito, Mikita Suyama, Linkage disequilibrium analysis of allelic heterogeneity in DNA methylation, The 25th Hot Spring Harbor International Symposium, 2015.11.
11.	Mikita Suyama, Understanding genomic features from their structural aspects, The 25th Hot Spring Harbor International Symposium, 2015.11.
12.	須山幹太, クロマチンの構造とがん, 第７４回日本癌学会学術総会, 2015.10.
13.	斉藤大助, 須山幹太, 隣接CpGサイトの連鎖に注目したメチル化状態不均質性の解析, 第9回日本エピジェネティクス研究会年会, 2015.05.
14.	佐藤哲也, 須山幹太, Hi-Cデータ検索サーバ「ChromContact」の開発, 第9回日本エピジェネティクス研究会年会, 2015.05.
15.	佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太, 環境DNAから多種多様な生物種を同定する新規手法, 日本生態学会第62回全国大会, 2015.03.
16.	M. Yoshihara, L. Jiang, S. Akatsuka, S. Toyokuni, M. Suyama, Genome-wide profiling of 8-oxoguanine reveals its association with spatial positioning in nucleus., The 4D Nucleome 2014, 2014.12.
17.	佐藤哲也, 須山幹太, ChIP-seqデータ解析で用いられるピーク検出プログラムのロバスト性評価法, 第37回日本分子生物学会年会, 2013.12.
18.	吉原　美奈子, 将麗, 赤塚　慎也, 豊國　伸哉, 須山幹太, 8-オキソグアニンのゲノムワイドな分布の解析から明らかになったその核内空間配置との関連, 第37回日本分子生物学会年会, 2014.11.
19.	佐藤哲也, 須山幹太, ピーク検出プログラムのロバスト性を評価する方法, 第8回日本エピジェネティクス研究年会, 2014.05.
20.	佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太, RNA-seqデータを利用したヒストン修飾領域同定法, CREST「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」研究領域・第３回領域会議, 2014.01.

学会活動

所属学会名

日本癌学会

日本バイオインフォマティクス学会

学協会役員等への就任

2008.04～2010.03, 日本バイオインフォマティクス学会, 評議員.

学会大会・会議・シンポジウム等における役割

2015.04.16～2015.04.16, International Symposium of Frontiers in Bioinformatics, Organizer.

2015.04.17～2015.04.22, EMBO Workshop: Computational Biology: From genomes to systems, Organizer.

2015.10.08～2015.10.10, 第７４回日本癌学会学術総会, プログラム委員.

2013.10.06～2013.10.10, International Workshop on High-Throughput Sequence Analysis, Organizer.

2011.11.08～2012.11.10, 日本バイオインフォマティクス学会年会, プログラム委員.

学会誌・雑誌・著書の編集への参加状況

2011.04～2012.06, DNA Research, 国際, 編集委員.

学術論文等の審査

年度	外国語雑誌査読論文数	合計
2013年度	11	11
2012年度	3	3
2013年度	9	9

その他の研究活動

海外渡航状況, 海外での教育研究歴

Kaiserin Friedrich-Haus, Germany, 2013.11～2013.11.

カタロニア工科大学, Spain, 2012.10～2012.10.

研究資金

科学研究費補助金の採択状況(文部科学省、日本学術振興会)

2018年度～2019年度, 新学術領域研究, 代表, Hi-Cデータを活用した疾患メカニズムの解釈.

2017年度～2019年度, 基盤研究(B), 代表, 拡張エクソーム解析による疾患モデルラットの原因変異の網羅的探索.

2010年度～2014年度, 新学術領域研究, 代表, ゲノム情報解析にもとづく性差構築機構の解明.

2009年度～2011年度, 基盤研究(C), 代表, 非コード領域の保存配列モチーフの同定とそこに見られる多型の解析.

2008年度～2009年度, 特定領域研究, 代表, 非コード領域の配列モチーフ検出システムの構築とそれに基づくゲノムアノテーション.

2007年度～2007年度, 若手研究(スタートアップ), 代表, 哺乳類のゲノム比較による非コード領域の解析とそのデータの多型解析への応用.

科学研究費補助金の採択状況(文部科学省、日本学術振興会以外)

2013年度～2018年度, JST CREST, 分担, 生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究/エピゲノムデータに基づく生殖系遺伝子発現制御機構の解明.

九大関連コンテンツ

pure2017年10月2日から、「九州大学研究者情報」を補完するデータベースとして、Elsevier社の「Pure」による研究業績の公開を開始しました。

QIR　九州大学学術情報リポジトリシステム情報科学研究院

生体防御医学研究所


	※ 研究者情報全体を検索する場合は右端の「すべて」を選択して下さい。