Updated on 2024/07/28

Information

 

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HORI YUICHIRO
 
Organization
Faculty of Science Department of Chemistry Professor
School of Sciences Department of Chemistry(Joint Appointment)
Graduate School of Sciences Department of Chemistry(Joint Appointment)
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Professor
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0928024161
Profile
I am developing chemical biology techniques to label and visualize proteins with synthetic fluorescent molecules by devising and applying chemical principles. In living cells, countless biomolecules exist, dynamically changing their localization and controlling cellular events by performing the biomolecular functions in a subcellular region where they are needed. Visualization of the movement of these biomolecules provides important information to elucidate the physiological functions they control. Coworkers and I have developed original technology for fluorescent labeling of proteins to reveal how proteins move in living cells and regulate biological phenomena. Furthermore, I aim to elucidate biological phenomena regulated by nucleic acids, glycans, and extracellular vesicles in addition to proteins, and to control functions of biomolecules at will by making full use of our protein labeling technology.
Homepage

Degree

  • Ph.D.

Research History

  • 大阪大学大学院工学研究科 2006年8月~2022年3月 The Rockefeller University 2004年4月~2006年7月

Research Interests・Research Keywords

  • Research theme:Dynamic chemical life science

    Keyword:Chemical biology, fluorescence imaging, fluorescence labeling

    Research period: 2022.4

Awards

  • The 2017 FASMI Young Investigator’s Award

    2017.8  

  • 平成28年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞

    2016.7   文部科学省  

  • 大阪大学総長奨励賞

    2015.7   大阪大学  

  • 大阪大学総長奨励賞

    2014.7   大阪大学  

  • バイオ関連化学シンポジウム講演賞

    2013.9   日本化学会生体機能関連化学部会  

  • 大阪大学総長奨励賞

    2013.8   大阪大学  

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Papers

  • No-wash fluorogenic labeling of proteins for reversible photoswitching in live cells Reviewed International journal

    Kenji Torii, Sam Benson, @Yuichiro Hori, Marc Vendrell, Kazuya Kikuchi

    Chemical Science   15 ( 4 )   1393 - 1401   2023.12

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1039/d3sc04953a

  • Visualization of multiple localizations of GLUT4 by fluorescent probes of PYP-tag with designed unnatural warhead Reviewed

    Miyako Nishiura, @Yuichiro Hori, Maho Umeno, Kazuya Kikuchi

    Chemical Science   2023.5

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1039/d3sc00724c

  • Persistent Fluorescence Switching of a Probe Using a Photo-chromic Quencher with High Photostability Assisted by Protein-Surface Modification Reviewed International journal

    Kenji Torii, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    Analytical Chemistry   2023.5

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/acs.analchem.3c00163

  • An "OFF-ON-OFF" fluorescence protein-labeling probe for real-time visualization of the degradation of short-lived proteins in cellular systems

    Shahi Imam Reja, Yuichiro Hori, Takuya Kamikawa, Kohei Yamasaki, Miyako Nishiura, Steven D. Bull, Kazuya Kikuchi

    CHEMICAL SCIENCE   13 ( 5 )   1419 - 1427   2022.2

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1039/d1sc06274c

  • Near-infrared fluorescent probes: a next-generation tool for protein-labeling applications Reviewed

    Shahi Imam Reja, Masafumi Minoshima, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    Chemical Science   2020.10

     More details

    Language:Others   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    Near-infrared fluorescent probes: a next-generation tool for protein-labeling applications
    <p>This minireview describes the development of NIR chemical probes for various protein-tag systems.</p>

    DOI: 10.1039/d0sc04792a

  • Development of photoswitchable fluorescent molecules using arylazopyrazole Reviewed

    Kenji Torii, Yuichiro Hori, Keiichiro Watabe, and Kazuya Kikuchi

    Bulletin of the Chemical Society of Japan   93 ( 7 )   821 - 824   2020.7

     More details

    Language:Others   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    Development of photoswitchable fluorescent molecules using arylazopyrazole

  • Development of fluorogenic probes for rapid, high-contrast imaging of transient nuclear localization of sirtuin 3 Reviewed

    Gao J, Hori Y, Shimomura T, Bordy M, Hasserodt J, Kikuchi K

    ChemBioChem   21 ( 5 )   656 - 662   2020.5

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    Development of fluorogenic probes for rapid, high-contrast imaging of transient nuclear localization of sirtuin 3

    DOI: 10.1002/cbic.201900568

  • Engineered Protein-tag for Rapid Live-cell Fluorogenic Visualization of Proteins by Anionic Probes Reviewed

    Jingchi Gao, Yuichiro Hori, Miyako Nishiura, Mathieu Bordy, Jens Hasserodt, Kazuya Kikuchi

    Chemistry Letters   49 ( 3 )   232 - 235   2020.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    Engineered Protein-tag for Rapid Live-cell Fluorogenic Visualization of Proteins by Anionic Probes

  • Rapid no-wash labeling of PYP-tag proteins with reactive fluorogenic ligands affords stable fluorescent protein conjugates for long-term cell imaging studies Reviewed

    Naresh Kumar, Yuichiro Hori, Miyako Nishiura and Kazuya Kikuchi

    Chemical Science   11   3694 - 3701   2020.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    Rapid no-wash labeling of PYP-tag proteins with reactive fluorogenic ligands affords stable fluorescent protein conjugates for long-term cell imaging studies

  • Live-Cell Imaging of Protein Degradation Utilizing Designed Protein-Tag Mutant and Fluorescent Probe with Turn-Off Switch. Reviewed International journal

    Jingchi Gao, Yuichiro Hori, Osamu Takeuchi, Kazuya Kikuchi

    Bioconjugate chemistry   31 ( 3 )   577 - 583   2020.1

     More details

    Language:English  

    DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.9b00696

  • Chemical Tools with Fluorescence Switches for Verifying Epigenetic Modifications Invited Reviewed

    Hori Y, Kikuchi K

    Acc. Chem. Res.   52 ( 10 )   2849 - 2857   2019.10

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    Chemical Tools with Fluorescence Switches for Verifying Epigenetic Modifications

  • Photoactive yellow protein and its chemical probes: an approach to protein labelling in living cells. Reviewed

    Kumar N, Hori Y, Kikuchi K

    J. Biochem   166 ( 2 )   121 - 127   2019.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    Photoactive yellow protein and its chemical probes: an approach to protein labelling in living cells.

    DOI: 10.1093/jb/mvz051

  • Development of an effective protein-labeling system based on smart fluorogenic probes. Reviewed

    Reja SI, Minoshima M, Hori Y, Kikuchi K

    J. Biol. Inorg. Chem.   24 ( 4 )   443 - 455   2019.6

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    Development of an effective protein-labeling system based on smart fluorogenic probes.

    DOI: 10.1007/s00775-019-01669-y

  • SCOTfluors: Small, Conjugatable, Orthogonal, and Tunable Fluorophores for In Vivo Imaging of Cell Metabolism. Reviewed

    58 ( 21 )   6911 - 6915   2019.5

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/anie.201900465

  • Synthetic-Molecule/Protein Hybrid Probe with Fluorogenic Switch for Live-Cell Imaging of DNA Methylation Reviewed

    Yuichiro Hori, Norimichi Otomura, Ayuko Nishida, Miyako Nishiura, Maho Umeno, Isao Suetake, Kazuya Kikuchi

    Journal of the American Chemical Society   140 ( 5 )   1686 - 1690   2018.2

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/jacs.7b09713

  • Development of cyanine probes with dinitrobenzene quencher for rapid fluorogenic protein labelling Invited Reviewed

    Yuichiro Hori, Shinya Hirayama, Kazuya Kikuchi

    PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE ROYAL SOCIETY A-MATHEMATICAL PHYSICAL AND ENGINEERING SCIENCES   375 ( 2107 )   DOI: 10.1098/rsta.2017.0018   2017.11

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1098/rsta.2017.0018

  • Enzyme-triggered compound release using functionalized antimicrobial peptide derivatives Reviewed

    Shin Mizukami, Masayoshi Kashibe, Kengo Matsumoto, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    CHEMICAL SCIENCE   8 ( 4 )   3047 - 3053   2017.4

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1039/c6sc04435b

  • Enzyme-triggered compound release using functionalized antimicrobial peptide derivatives (vol 8, pg 3047, 2017) Reviewed

    Shin Mizukami, Masayoshi Kashibe, Kengo Matsumoto, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    CHEMICAL SCIENCE   8 ( 4 )   3276 - 3276   2017.4

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1039/c7sc90017a

  • Fluorogenic probes reveal a role of GLUT4 N-glycosylation in intracellular trafficking Reviewed

    Shinya Hirayama, Yuichiro Hori, Zsolt Benedek, Tadashi Suzuki, Kazuya Kikuchi

    NATURE CHEMICAL BIOLOGY   12 ( 10 )   853 - +   2016.10

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1038/NCHEMBIO.2156

  • Fabrication of “Clickable” Polyfluorene Nanowires with High Aspect Ratio as Biological Sensing Platforms Reviewed

    1 ( 6 )   766 - 774   2016.6

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/acssensors.6b00070

  • Redesign of a Fluorogenic Labeling System To Improve Surface Charge, Brightness, and Binding Kinetics for Imaging the Functional Localization of Bromodomains Reviewed

    Yuichiro Hori, Shinya Hirayama, Motoki Sato, Kazuya Kikuchi

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   54 ( 48 )   14368 - 14371   2015.11

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/anie.201506935

  • Intramolecular Long-Distance Nucleophilic Reactions as a Rapid Fluorogenic Switch Applicable to the Detection of Enzymatic Activity Reviewed

    Reisuke Baba, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL   21 ( 12 )   4695 - 4702   2015.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/chem.201406093

  • Development of Fluorogenic Probes for the Detection of Histone Deacetylase Activity Reviewed

    Yuichiro Hori, Reisuke Baba, Kazuya Kikuchi

    YAKUGAKU ZASSHI-JOURNAL OF THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN   135 ( 1 )   23 - 29   2015.1

     More details

    Language:Japanese   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • Small-Molecule-Based Protein-Labeling Technology in Live Cell Studies: Probe-Design Concepts and Applications Reviewed

    Shin Mizukami, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    ACCOUNTS OF CHEMICAL RESEARCH   47 ( 1 )   247 - 256   2014.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/ar400135f

  • Protein labeling with fluorogenic probes for no-wash live-cell imaging of proteins Invited Reviewed

    Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    CURRENT OPINION IN CHEMICAL BIOLOGY   17 ( 4 )   644 - 650   2013.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1016/j.cbpa.2013.05.015

  • Development of fluorogenic probes for quick No-Wash live-cell imaging of intracellular proteins Reviewed

    Yuichiro Hori, Tomoya Norinobu, Motoki Sato, Kyohei Arita, Masahiro Shirakawa, Kazuya Kikuchi

    Journal of the American Chemical Society   135 ( 33 )   12360 - 12365   2013.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/ja405745v

  • Development of a Fluorogenic Probe with a Transesterification Switch for Detection of Histone Deacetylase Activity Reviewed

    Reisuke Baba, Yuichiro Hori, Shin Mizukami, Kazuya Kikuchi

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   134 ( 35 )   14310 - 14313   2012.9

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/ja306045j

  • Intracellular Protein Labeling with Prodrug-Like Probes Using a Mutant beta-Lactamase Tag Reviewed

    Shuji Watanabe, Shin Mizukami, Yuri Akimoto, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL   17 ( 30 )   8342 - 8349   2011.7

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/chem.201100973

  • Switching Modulation for Protein Labeling with Activatable Fluorescent Probes Reviewed

    Kalyan K. Sadhu, Shin Mizukami, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    CHEMBIOCHEM   12 ( 9 )   1299 - 1308   2011.6

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/cbic.201100137

  • Cell-Surface Protein Labeling with Luminescent Nanoparticles through Biotinylation by Using Mutant beta-Lactamase-Tag Technology Reviewed

    Akimasa Yoshimura, Shin Mizukami, Yuichiro Hori, Shuji Watanabe, Kazuya Kikuchi

    CHEMBIOCHEM   12 ( 7 )   1031 - 1034   2011.5

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/cbic.201100021

  • Multicolor Protein Labeling in Living Cells Using Mutant beta-Lactamase-Tag Technology Reviewed

    Shuji Watanabe, Shin Mizukami, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    BIOCONJUGATE CHEMISTRY   21 ( 12 )   2320 - 2326   2010.12

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/bc100333k

  • Photocontrolled Compound Release System Using Caged Antimicrobial Peptide Reviewed

    Shin Mizukami, Mariko Hosoda, Takafumi Satake, Satoshi Okada, Yuichiro Hori, Toshiaki Furuta, Kazuya Kikuchi

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   132 ( 28 )   9524 - 9525   2010.7

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/ja102167m

  • Noncovalent-Interaction-Promoted Ligation for Protein Labeling Reviewed

    Yuichiro Hori, Yuka Egashira, Ryosuke Kamiura, Kazuya Kikuchi

    CHEMBIOCHEM   11 ( 5 )   646 - 648   2010.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/cbic.201000007

  • Photoactive Yellow Protein-Based Protein Labeling System with Turn-On Fluorescence Intensity Reviewed

    Yuichiro Hori, Hideki Ueno, Shin Mizukami, Kazuya Kikuchi

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   131 ( 46 )   16610 - +   2009.11

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/ja904800k

  • Covalent Protein Labeling Based on Noncatalytic beta-Lactamase and a Designed FRET Substrate Reviewed

    Shin Mizukami, Shuji Watanabe, Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   131 ( 14 )   5016 - +   2009.4

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/ja8082285

  • Paramagnetic relaxation-based F-19 MRI probe to detect protease activity Reviewed

    Shin Mizukami, Rika Takikawa, Fuminori Sugihara, Yuichiro Hori, Hidehito Tochio, Markus Walchli, Masahiro Shirakawa, Kazuya Kikuchi

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   130 ( 3 )   794 - +   2008.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/ja077058z

  • Effects of Zn(II) binding and apoprotein structural stability on the conformation change of designed antennafinger proteins Reviewed

    Y Hori, Y Sugiura

    BIOCHEMISTRY   43 ( 11 )   3068 - 3074   2004.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/bi035742u

  • Conversion of Antennapedia homeodomain to zinc finger-like domain: Zn(II)-induced change in protein conformation and DNA binding Reviewed

    Y Hori, Y Sugiura

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   124 ( 32 )   9362 - 9363   2002.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/ja026577t

  • Design of novel zinc finger proteins: towards artificial control of specific gene expression Reviewed

    M Imanishi, Y Hori, M Nagaoka, Y Sugiura

    EUROPEAN JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES   13 ( 1 )   91 - 97   2001.4

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1016/S0928-0987(00)00212-8

  • Multiconnection of identical zinc finger: Implication for DNA binding affinity and unit modulation of the three zinc finger domain Reviewed

    M Nagaoka, T Kaji, M Imanishi, Y Hori, W Nomura, Y Sugiura

    BIOCHEMISTRY   40 ( 9 )   2932 - 2941   2001.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/bi001762+

  • Artificial zinc finger peptide containing a novel His(4) domain Reviewed

    Y Hori, K Suzuki, Y Okuno, M Nagaoka, S Futaki, Y Sugiura

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   122 ( 32 )   7648 - 7653   2000.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/ja994009g

  • DNA-bending finger: Artificial design of 6-zinc finger peptides with polyglycine linker and induction of DNA bending Reviewed

    M Imanishi, Y Hori, M Nagaoka, Y Sugiura

    BIOCHEMISTRY   39 ( 15 )   4383 - 4390   2000.4

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/bi992989b

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Presentations

  • ラベル化ケミストリーによる膜タンパク質の多重局在の可視化 Invited

    @堀 雄一郎

    蛋白質科学会第23回年会  2024.7 

     More details

    Event date: 2024.7

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Venue:名古屋国際会議場   Country:Japan  

  • タンパク質・核酸の化学修飾を可視化するタグ・蛍光プローブ技術 Invited

    @堀 雄一郎

    第96回生化学会大会  2023.11 

     More details

    Event date: 2023.10 - 2024.11

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Venue:福岡国際会議場   Country:Japan  

  • 合成分子とタンパク質を用いた生体分子イメージング

    @堀 雄一郎

    第4回構造生命科学研究会  2023.12 

     More details

    Event date: 2023.12

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Venue:横浜市大みなとみらいサテライトキャンパス   Country:Japan  

  • pH変化とタンパク質分解を可視化するマルチスイッチ型蛍光プローブの開発

    堀 雄一郎、福田渓太、菊地和也

    日本ケミカルバイオロジー学会 第17回年会  2023.5 

     More details

    Event date: 2023.5

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

  • タンパク質の多重局在を可視化するタンパク質ラベル化技術 Invited

    堀 雄一郎

    日本薬学会第143年会  2023.3 

     More details

    Event date: 2023.3

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Venue:北海道札幌市   Country:Japan  

  • 多重局在を示すタンパク質を可視化する蛍光プローブ

    堀 雄一郎

    第3回構造生命科学研究会  2022.6 

     More details

    Event date: 2022.12

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Venue:兵庫県姫路市   Country:Japan  

  • タンパク質ラベル化技術を用いた生体分子蛍光イメージング Invited

    堀 雄一郎

    医用分光学研究会第20回年会  2022.10 

     More details

    Event date: 2022.10

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

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MISC

  • タンパク質標識技術によるイメージング法の進展 Reviewed

    #上川 拓也, @堀 雄一郎

    2024.5

     More details

    Language:Japanese   Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • Recent advancements of fluorescent biosensors using semisynthetic probes Reviewed

    Shahi Imam Reja, Masafumi Minoshima, @Yuichiro Hori, Kazuya Kikuchi

    Biosensors and Bioelectronics   2024.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

    DOI: 10.1016/j.bios.2023.115862

  • ヒストン修飾酵素の活性を検出する蛍光プローブの開発と応用

    堀 雄一郎, 菊地 和也

    大阪大学低温センターだより   2012.4

     More details

    Language:Japanese  

  • The engineering, structure, and DNA binding properties of a novel His4-type zinc finger peptide.

    Y. Hori, K. Suzuki, Y. Okuno, M. Nagaoka, S. Futaki, Y. Sugiura

    Nucleic acids symposium series   2000.1

     More details

    Language:English  

    The engineering, structure, and DNA binding properties of a novel His4-type zinc finger peptide.
    We have created a novel His4-type zinc finger protein (H4Sp1) engineered by Cys-- > His mutations of the Cys2His2-type zinc finger in transcription factor Sp1. The CD and NMR studies reveal that the His4 domain has Zn(II)-dependent folding properties and similar secondary structures to wild-type Cys2His2 domain. The DNA binding experiments demonstrate that H4Sp1 can bind DNA in a specific way. The present artificial peptide H4Sp1 will provide valuable information about the interaction between a metallopeptide and DNA.

    DOI: 10.1093/nass/44.1.295

  • 合成蛍光プローブと発現タンパク質を用いた新規タンパク質ラベル化システム

    堀 雄一郎,菊地 和也

    生化学   1900

     More details

    Language:Japanese   Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • ヒストン修飾酵素の活性を検出する蛍光プローブの開発と応用

    堀 雄一郎,菊地 和也

    大阪大学低温センターだより   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • 発蛍光プローブによる次世代型タンパク質標識技術 -化学アプローチに基づくタンパク質蛍光イメージングの新展開

    堀 雄一郎,菊地 和也

    化学   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • PYPタグと発蛍光プローブを利用したタンパク質の生細胞蛍光イメージング

    堀 雄一郎,菊地 和也

    化学と生物   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • 生細胞でのタンパク質蛍光標識技術の開発と糖鎖機能の解明

    堀 雄一郎,菊地 和也

    生体の科学   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • GLUT4の細胞内動態を可視化する 化学アプローチで明らかとなった糖鎖の役割

    堀 雄一郎,菊地 和也

    化学と生物   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • ケミカルバイオロジーと分子イメージング

    堀 雄一郎,菊地 和也

    感染・炎症・免疫   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • ヒストンデアセチラーゼ活性を検出する発蛍光プローブの開発

    堀 雄一郎,菊地 和也

    薬学雑誌   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • ヒストン脱アセチル化酵素の活性を検出する化学プローブの開発

    堀 雄一郎,菊地 和也

    生体の科学   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • PYPタグと発蛍光プローブを利用した生細胞タンパク質イメージング技術の開発

    堀 雄一郎,菊地 和也

    1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • PYPタグと発蛍光プローブを用いた生細胞タンパク質イメージング法 の開発と応用

    堀 雄一郎,菊地 和也

    バイオサイエンスとインダストリー   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • タンパク質イメージング技術の新展開

    堀 雄一郎,菊地 和也

    バイオサイエンスとバイオインダストリー   1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

  • 発蛍光型スイッチ機能を持ったタンパク質ラベル化技術の開発による細胞内標的分子イメージング

    堀 雄一郎,菊地 和也

    1900

     More details

    Publishing type:Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

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Industrial property rights

Patent   Number of applications: 1   Number of registrations: 2
Utility model   Number of applications: 0   Number of registrations: 0
Design   Number of applications: 0   Number of registrations: 0
Trademark   Number of applications: 0   Number of registrations: 0

Professional Memberships

  • アメリカ化学会

  • JAPANESE SOCIETY FOR CHEMICAL BIOLOGY

  • 日本分子イメージング学会

  • THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN

  • THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN

  • 日本化学会フロンティア生命化学研究会

  • 日本化学会生体機能関連化学部会

  • 生物物理学会

  • 薬学会

  • 蛋白質科学会

  • 日本生化学会

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Committee Memberships

  • Councilor   Domestic

    2023.6 - Present   

  • Steering committee member   Domestic

    2021.1 - Present   

  • 日本ケミカルバイオロジー学会   産学連携委員   Domestic

       

Academic Activities

  • シンポジウムオーガナイザー

    第96回生化学会大会 ケミカルバイオロジーが挑む生体分子の化学修飾  ( 福岡国際会議場 ) 2024.11

     More details

    Type:Competition, symposium, etc. 

  • 幹事

    第19回ABC-InFO講演会・交流会  ( オンライン ) 2023.11

     More details

    Type:Competition, symposium, etc. 

  • Screening of academic papers

    Role(s): Peer review

    2023

     More details

    Type:Peer review 

    Number of peer-reviewed articles in foreign language journals:4

  • 幹事

    第11回ABC-InFO講演会・交流会  ( オンライン ) 2022.6

     More details

    Type:Competition, symposium, etc. 

  • 幹事

    第4回ABC-InFO講演会・交流会  ( オンライン ) 2021.6

     More details

    Type:Competition, symposium, etc. 

  • 実行委員長

    新学術領域「化学コミュニ」若手シンポジウム  ( 大阪大学 ) 2019.6

     More details

    Type:Competition, symposium, etc. 

  • 実行委員

    2019.6

     More details

    Type:Competition, symposium, etc. 

  • 実行委員会協力委員

    日本ケミカルバイオロジー学会第9回年会  ( 大阪大学 ) 2014.6

     More details

    Type:Competition, symposium, etc. 

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Research Projects

  • フルギミド光化学を基盤とした超解像可視光スイッチング分子の開発と応用

    2024.4 - 2027.3

      More details

    Authorship:Principal investigator 

    本研究では、フルギミドというフォトクロミック分子に着目した分子デザインにより、可視光照射により、蛍光強度を変調できる可視光スイッチング分子を開発し、超解像イメージングを達成する。また、我々が独自に開発してきたタグタンパク質標識技術を用いて、開発した可視光スイッチング分子で細胞内タンパク質を特異的に標識する方法を確立する。さらに、その標識技術により、GLUT4の動態を超解像イメージングし、細胞内移行経路を明らかにし、糖尿病治療の鍵となるGLUT4の動態異常に関する知見を提供する。

  • フルギミド光化学を基盤とした超解像可視光スイッチング分子の開発と応用

    Grant number:24K01647  2024 - 2026

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 2023年度研究助成金/GLUT4動態を可視化するマルチ蛍光スイッチプローブ

    2023

      More details

    Grant type:Donation

  • 開発研究助成/小胞体ストレスを可視化する化学・生命科学ハイブリッドプローブの開発

    2023

      More details

    Grant type:Donation

  • 2023年度研究援助/マルチ蛍光スイッチプローブによるGLUT4の細胞内動態の可視化

    2023

      More details

    Grant type:Donation

  • 2023 年度Ⅲ研究助成金/化学スイッチ機能を持つメチル化RNA 可視化プローブの開発と応用

    2023

      More details

    Grant type:Donation

  • 研究助成金/メチル化RNAを可視化する化学プローブの開発

    2022

      More details

    Grant type:Donation

  • 化学プローブで「みる」タンパク質膜動態の糖鎖制御

    2021.10 - 2024.3

      More details

    Authorship:Principal investigator 

    多くの膜タンパク質は、細胞内において必要な時に必要な場所へ移動することで、生理機能を制御する。その動きは驚くほどダイナミックで、細胞膜から細胞内に内在化するだけでなく、小胞膜に乗り細胞外へと分泌され、遠く離れた組織へと運ばれていく。このタンパク質の「膜動態」は、生理機能や疾患において決定的な役割を果たしている。糖鎖は、膜タンパク質の膜動態の制御に関わることが報告されつつあるが、その詳細や全貌はほとんど明らかになっていない。そこで、本研究では、独自のタンパク質ラベル化法を用いることで、この膜動態を糖鎖がどのように制御しているかを「みる」技術を開発する。

  • 小胞体ストレスを可視化するSemisyntheticプローブの開発

    2021.4 - 2024.3

      More details

    Authorship:Principal investigator 

    膜蛋白質や分泌蛋白質は、小胞体で生合成された後、機能を持った特定の立体構造へとフォールディングする。一方、炎症や有害化学物質などにより小胞体にストレスがかかると正常に構造形成できないミスフォールディング蛋白質が蓄積し、その結果、糖尿病や神経変性疾患等の様々な疾病を引き起こす。このため、ミスフォールディング蛋白質の可視化は、疾病時の細胞のストレス状態を知るとともに、ミスフォールディング蛋白質が関与する病態機構の解明に繋がる。しかしながら、小胞体ストレス時にミスフォールディング蛋白質を生細胞で可視化する技術は、その重要性にも関わらず開発されていない。このため、その可視化技術の開発は、基礎科学の観点に加え、疾病解明のためにも強く望まれている。そこで、独自の蛋白質標識法を応用することで、化学原理に基づき合成蛍光色素と蛋白質からなる“Semisynthetic”プローブを開発し、小胞体ストレス下のミスフォールディング蛋白質を生細胞で検出する。

  • 化学プローブで「みる」タンパク質膜動態の糖鎖制御

    Grant number:21H05075  2021 - 2023

    日本学術振興会・文部科学省  科学研究費助成事業  学術変革領域研究(B)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 小胞体ストレスを可視化する”Semisynthetic”プローブの開発

    2021 - 2022

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 蛍光制御技術が解き明かす代謝関連タンパク質の動態応答メカニズム

    2020.4 - 2024.3

      More details

    Authorship:Principal investigator 

    本研究では、独自のタンパク質蛍光標識法を用い、蛍光を化学原理に基づき制御することで、代謝に関するタンパク質が引き起こすダイナミックな生命現象を解明する。第一は、タンパク質を標識すると蛍光性になり、タンパク質の分解に伴い蛍光が減少するOFF-ON-OFF型蛍光プローブを開発する。第二は、pHに応答するマルチ蛍光スイッチプローブを開発する。更には、応用研究として、グルコース輸送体GLUT4の内在化から分解に至る過程を可視化する。

  • 蛍光制御技術が解き明かす代謝関連タンパク質の動態応答メカニズム

    2020 - 2022

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 東レ科学技術研究助成

    2020

      More details

    Grant type:Donation

  • 蛍光スイッチ分子の化学デザインと生体イメージング

    2018 - 2019

    日本学術振興会・文部科学省  科学研究費助成事業  新学術領域研究(研究領域提案型)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 4Dケミカルヌクレオミクス基盤技術の開発

    2018 - 2019

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 旭硝子財団研究奨励

    2018

      More details

    Grant type:Donation

  • ケミカルバイオロジーを基盤としたシグナル伝達可視化・制御技術の開発

    2017 - 2019

    日本学術振興会・文部科学省  科学研究費助成事業  新学術領域研究(研究領域提案型)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 合成分子と蛋白質を駆使した膜蛋白質の動態解明技術の開発

    2017 - 2019

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 蛍光制御分子の化学デザインと生体イメージング

    2016 - 2017

    日本学術振興会・文部科学省  科学研究費助成事業  新学術領域研究(研究領域提案型)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • OFF-ON-OFF蛍光スイッチ原理を持つ蛋白質標識プローブの開発

    2016 - 2017

    科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 発蛍光プローブが拓く生体分子ダイナミクスイメージング

    2014 - 2016

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 持田記念医学薬学振興財団研究助成金

    2014

      More details

    Grant type:Donation

  • 内藤記念科学振興財団研究助成

    2014

      More details

    Grant type:Donation

  • 光受容蛋白質を利用した光活性化小分子の開発と生物応用

    2013 - 2014

    科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 立体構造に基づく化学プローブ設計と蛋白質の機能制御・局在イメージング

    2012 - 2016

    戦略的創造研究推進事業 (文部科学省)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Contract research

  • 上原記念生命科学財団研究奨励金

    2012

      More details

    Grant type:Donation

  • 遺伝情報場解析のためのヒストン修飾酵素蛍光可視化プローブの開発

    2011 - 2012

    日本学術振興会・文部科学省  科学研究費助成事業  新学術領域研究(研究領域提案型)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 蛋白質の中枢神経系デリバリー・ターゲティング・イメージング

    2011

    科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 新規蛍光強度増大型プローブによる細胞内蛋白質標識法の開発

    2010 - 2012

    科学研究費助成事業  若手研究(A)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • ヒストン修飾に関わる酵素の活性を検出する蛍光プローブの開発

    2010

    科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 構造変化を利用した転写因子型亜鉛イオンセンサーの開発

    2008 - 2009

    科学研究費助成事業  若手研究(B)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 遺伝子をターゲットとした新規機能性金属モチーフの設計

    2001 - 2003

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

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Class subject

  • 環境問題と自然科学

    2024.10 - 2025.3   Second semester

  • 生物化学Ⅱ

    2024.10 - 2025.3   Second semester

  • 自然科学総合実験

    2024.4 - 2024.9   First semester

  • 生物化学実験

    2024.4 - 2024.9   First semester

  • 生物化学Ⅱ

    2023.10 - 2024.3   Second semester

  • 自然科学総合実験

    2023.4 - 2023.6   Spring quarter

  • 生物化学実験

    2022.4 - 2022.9   First semester

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FD Participation

  • 2023.10   Role:Participation   Title:ACS on Campus

    Organizer:Undergraduate school department

  • 2022.4   Role:Participation   Title:令和4年度 第1回全学FD(新任教員の研修)The 1st All-University FD (training for new faculty members) in FY2022

    Organizer:University-wide

Activities contributing to policy formation, academic promotion, etc.

  • 2018.4 - 2020.3  

    文部科学省 科学技術・学術政策研究所(NISTEP)専門調査委員