2025/06/19 更新

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テシマ コウスケ
手島 康介
TESHIMA KOSUKE
所属
理学研究院 生物科学部門 教授
理学部 生物学科(併任)
システム生命科学府 システム生命科学専攻(併任)
職名
教授
連絡先
メールアドレス

研究分野

  • ライフサイエンス / 遺伝学

  • ライフサイエンス / 進化生物学

  • ライフサイエンス / ゲノム生物学

学位

  • 博士(理学)

経歴

  • 九州大学 理学研究院 生物科学部門  教授 

    2011年5月 - 現在

  • 九州大学 理学研究院 教授 

    2022年4月 - 現在

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  • 九州大学 理学研究院 准教授 

    2019年11月 - 2022年3月

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  • 九州大学 理学研究院 助教 

    2011年 - 2019年

  • 九州大学 理学研究院 学術研究員 

    2010年 - 2011年

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学歴

  • 東京大学   理学系研究科   生物科学専攻

    1999年4月 - 2002年3月

研究テーマ・研究キーワード

  • 研究テーマ: ゲノムデータから適応進化領域を網羅的に探索する方法の開発

    研究キーワード: ゲノム、適応、検出、多様性

    研究期間: 2023年4月 - 2025年4月

  • 研究テーマ: 連続的に分布する生物集団を対象にした集団遺伝学の開発

    研究キーワード: 集団遺伝学、連続分布、シミュレーション

    研究期間: 2019年4月 - 2021年6月

論文

  • Power of neutrality tests for detecting natural selection 国際誌

    Tanaka, T; Hayakawa, T; Teshima, KM

    G3-GENES GENOMES GENETICS   13 ( 10 )   2023年7月   ISSN:2160-1836

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:G3: Genes, Genomes, Genetics  

    Detection of natural selection is one of the main interests in population genetics. Thus, many tests have been developed for detecting natural selection using genomic data. Although it is recognized that the utility of tests depends on several evolutionary factors, such as the timing of selection, strength of selection, frequency of selected alleles, demographic events, and initial frequency of selected allele when selection started acting (softness of selection), the relationships between such evolutionary factors and the power of tests are not yet entirely clear. In this study, we investigated the power of four tests: Tajiama's D, Fay and Wu's H, rEHH, and iHS, under ranges of evolutionary parameters and demographic models to quantitatively expand the understanding of approaches for detecting selection. The results show that each test detects selection within a limited parameter range, and there are still wide ranges of parameters for which none of these tests work effectively. In addition, the parameter space in which each test shows the highest power overlaps the empirical results of previous research. These results indicate that our present perspective of adaptation is limited to only a part of actual adaptation.

    DOI: 10.1093/g3journal/jkad161

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

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  • Consideration of Genetic Structure in the Ecologically or Biologically Significant Marine Areas Criteria: A Review of Convention on Biological Diversity Regional Workshops and A Case Study of Coral Reef Conservation Planning

    Yamakita, T; Sodeyama, F; Iguchi, A; Kitano, YF; Teshima, KM; Shimura, A; Nakabayashi, A; Nagai, S; Nakamura, T; Aizawa, H; Yasuda, N

    FRONTIERS IN MARINE SCIENCE   9   2022年5月   eISSN:2296-7745

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Frontiers in Marine Science  

    In this study we reviewed the use of genetic information in the Ecologically or Biologically Significant Marine Areas (EBSA) of Convention on Biological Diversity (CBD). We also evaluated genetic indicators for each criterion of important marine areas. We proposed five genetic indices, mainly based on microsatellite analysis (e.g., private allele frequency and number of cryptic species), then selected EBSAs in tropical and temperate zones of Japan based on eight coral species as a case study. Finally, we compared the results with the findings from conventional species-based EBSAs. In the EBSAs genetic information was mainly used in the Northern Hemisphere, particularly in the Baltic Sea; it was rarely applied in the Southern Hemisphere and Asian regions. Although typically applied to large organisms, genetic information is used to various organisms, including benthic and bacterial communities. Genetic data are used as indicators of diversity and endemism. Genetic indices were available for all seven EBSA criteria, but only five indices of three criteria were used. Examination of important areas of corals in the temperate zone using these indices showed that the indices without genetic indicators extracted a large number of important areas in the tropics; however, the use of genetic indicators identified important locations, including in temperate zones. Comparison with conventional, mainly species-based non-genetic methods showed less than 50% agreement, although particularly important sites in marine protected areas were identified by both methods. While there is still more work to be done, such as consideration of the number of survey sites or target species, one reason is that species-based methods tend to evaluate tropical areas higher. Therefore, these genetic indices are useful for examining important regions, particularly in temperate zones; they revealed cryptic lineages, indicating that many unknown marine taxa should be considered in vulnerable marine areas. Some indicators could be extracted with additional effort, such as population size estimation, immigration, or the use of next-generation sequencing, thus guiding future studies. Because limited genetic information was available in the early stages of EBSA selection, there is a need for systematic surveys and evaluations, particularly in the Southern hemisphere, Asian region, and in small organisms.

    DOI: 10.3389/fmars.2022.823009

    Web of Science

    Scopus

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  • Lower promoter activity of the ST8SIA2 gene has been favored in evolving human collective brains. 査読 国際誌

    Toshiyuki Hayakawa, Masahiro Terahara, Naoko T Fujito, Takumi Matsunaga, Kosuke M Teshima, Masaya Hane,Ken Kitajima, Chihiro Sato, Naoyuki Takahata, Yoko Satta

    PloS one   2021年12月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  • Development and characterization of EST-SSR markers for Pinus thunbergii 査読

    Aziz Akbar Mukasyaf, Miho Tamura, Rimi Yamaguchi, Kosuke Teshima, Atsushi Watanabe

    Journal of Forest Research   26 ( 6 )   1 - 4   2021年8月

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    記述言語:その他   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    In the present study, a set of ten Expressed Sequence Tag-Simple Sequence Repeats (EST-SSR) markers have been developed to contribute to the genetic studies of Pinus thunbergii. The number of alleles in the developed EST-SSR markers ranged from one to six. Observed heterozygosity was 0.000 to 0.707; the expected heterozygosity ranged from 0.000 to 0.720. Polymorphism information content (PIC) was ranged from 0.000 to 0.669. The mean of the probability of identity between two unrelated individuals (PI) and two siblings (PI-Sib) were 0.540 and 0.719, respectively. The EST-SSR markers developed in the present study, in combining with the previously developed markers, can help in understanding the genetic diversity and genetic structure of P. thunbergii populations.

    DOI: 10.1080/13416979.2021.1964152

  • Effects of single nucleotide polymorphism ascertainment on population structure inferences. 査読 国際誌

    Kotaro Dokan, Sayu Kawamura, Kosuke M Teshima

    G3 (Bethesda, Md.)   11 ( 9 )   2021年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Single nucleotide polymorphism (SNP) data are widely used in research on natural populations. Although they are useful, SNP genotyping data are known to contain bias, normally referred to as ascertainment bias, because they are conditioned by already confirmed variants. This bias is introduced during the genotyping process, including the selection of populations for novel SNP discovery and the number of individuals involved in the discovery panel and selection of SNP markers. It is widely recognized that ascertainment bias can cause inaccurate inferences in population genetics and several methods to address these bias issues have been proposed. However, especially in natural populations, it is not always possible to apply an ideal ascertainment scheme because natural populations tend to have complex structures and histories. In addition, it was not fully assessed if ascertainment bias has the same effect on different types of population structure. Here we examine the effects of bias produced during the selection of population for SNP discovery and consequent SNP marker selection processes under three demographic models: the island, stepping-stone, and population split models. Results show that site frequency spectra and summary statistics contain biases that depend on the joint effect of population structure and ascertainment schemes. Additionally, population structure inferences are also affected by ascertainment bias. Based on these results, it is recommended to evaluate the validity of the ascertainment strategy prior to the actual typing process because the direction and extent of ascertainment bias vary depending on several factors.

    DOI: 10.1093/g3journal/jkab128

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書籍等出版物

  • 遺伝学の百科事典

    遺伝学普及会 日本遺伝学会(担当:共著)

    丸善出版  2022年1月 

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    記述言語:日本語  

  • ヒトゲノム事典

    井ノ上逸朗・今西規・河村正二・斎藤成也・颯田葉子・田嶋敦 編集(担当:共著)

    一色出版  2021年11月 

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    担当ページ:9.4 遺伝子重複と遺伝子変換   記述言語:日本語   著書種別:学術書

講演・口頭発表等

  • Fst・PCA・UMAP 招待

    第5回 木村資生記念進化学セミナー  2024年12月 

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    開催年月日: 2024年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:東京大学  

  • ポリジェニックな形質の集団間の比較に使用する効果量を必要としないスコアの有効性

    奥大河、手島康介、早川敏之

    日本遺伝学会  2024年9月  日本遺伝学会

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    開催年月日: 2024年9月

    会議種別:ポスター発表  

  • アナウサギの集団史研究

    武田七緒、早川敏之、手島康介

    日本遺伝学会  2024年9月  日本遺伝学会

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    開催年月日: 2024年9月

    会議種別:ポスター発表  

  • アナウサギの集団構造と集団史

    武田七緒、早川敏之、手島康介

    日本進化学会  2024年8月 

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    開催年月日: 2024年8月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:東海大学  

  • ネアンデルタール人ゲノムにみられるIQ関連遺伝子座群における適応進化の痕跡

    森谷悠香, 手島 康介, 早川 敏之

    日本進化学会  2024年8月 

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    開催年月日: 2024年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東海大学  

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MISC

  • 東南アジア熱帯低地林におけるマメ科樹木のMIG‐seq法による集団遺伝学的解析

    平田萌子, 満行知佳, CHHANG Phourin, 田金秀一郎, 遠山弘法, 森塚絵津子, 楠見淳子, SOKH Heng, 矢原徹一, 陶山佳久, 手島康介, 舘田英典

    日本遺伝学会大会プログラム・予稿集   2017年8月

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    記述言語:日本語  

    東南アジア熱帯低地林におけるマメ科樹木のMIG‐seq法による集団遺伝学的解析

  • Analysis of population structure of Cryptomeria japonica based on amplicon sequenced data

    Natsuki Moriguchi, Kentaro Uchiyama, Ryutaro Miyagi, Aya Takahashi, Koichiro Tamura, Yoshihiko Tsumura, Kosuke M. Teshima, Junko Kusumi, Tachida Hidenori

    GENES & GENETIC SYSTEMS   2016年12月

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    記述言語:英語  

  • Analysis of population structure of Cryptomeria japonica based on amplicon sequenced data 査読

    Natsuki Moriguchi, Kentaro Uchiyama, Ryutaro Miyagi, Aya Takahashi, Koichiro Tamura, Yoshihiko Tsumura, Kosuke Teshima, Junko Kusumi, Hidenori Tachida

    GENES & GENETIC SYSTEMS   2015年12月

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    記述言語:英語  

  • Inference of the history and population structure of Taxodium distichum, a coniferous tree in North America, based on amplicon sequence analysis 査読

    Yuka Ikezaki, Yoshihisa Suyama, Beth A. Middleton, Yoshihiko Tsumura, Kosuke Teshima, Hidenori Tachida, Junko Kusumi

    GENES & GENETIC SYSTEMS   2014年12月

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    記述言語:英語  

  • Distribution of the number of unmatched Y-STR markers between a pair of haplotypes

    Kosuke Teshima, Ranajit Chakraborty

    GENES & GENETIC SYSTEMS   2014年12月

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    記述言語:英語  

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Works(作品等)

所属学協会

  • 森林遺伝育種学会

    2019年 - 現在

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  • 日本バイオインフォマティクス学会

    - 現在

  • 日本進化学会

    - 現在

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  • 日本遺伝学会

    - 現在

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  • 日本遺伝学会

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委員歴

  • 日本遺伝学会   評議員  

    2021年4月 - 2023年3月   

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    団体区分:学協会

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  • 日本進化学会   編集委員   国内

    2018年10月 - 2024年3月   

学術貢献活動

  • 特別研究員等審査会審査委員及び国際事業委員会書面審査委員・書面評価委員

    役割:審査・評価, 査読

    日本学術振興会  2024年4月 - 現在

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    種別:審査・学術的助言 

  • 査読(Journal of Hum Genet)

    役割:査読

    2024年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:1

  • 企画立案・運営等

    第4回木村資生記念進化学セミナー  ( Japan ) 2023年9月

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    種別:大会・シンポジウム等 

  • 第4回木村資生記念進化学セミナー

    役割:企画立案・運営等

    2023年9月

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    種別:学会・研究会等 

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  • パネル司会・セッションチェア等, 審査・評価

    日本進化学会第 25 回大会  ( Japan ) 2023年8月 - 2023年9月

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    種別:大会・シンポジウム等 

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共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 現代人の成立に関わる精神形質の進化

    研究課題/領域番号:24K09628  2024年4月 - 2027年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    早川 敏之, 颯田 葉子, 手島 康介

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    資金種別:科研費

    ホモ・サピエンス(現生人類)は出現後、高度な文化をもった“現代人”となった。この“現代人”の成立では、累積的文化進化が重要な役割を果たしている。本研究では、累積的文化進化に寄与するとみられる精神的表現型(精神形質)を対象に、現代人的行動様式が出現したと考えられている後期旧石器時代に働く選択を検出し、現代人的行動様式の出現に関わる精神形質を同定する。そして、それら精神形質の共進化から累積的文化進化を紐解き、“現代人”の成立について考察する。

    CiNii Research

  • ゲノムデータから適応進化領域を網羅的に探索する方法の開発

    2023年4月 - 2026年3月

    九州大学理学研究院 

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    担当区分:研究代表者 

  • ゲノムデータから適応進化領域を網羅的に探索する方法の開発

    研究課題/領域番号:23K05866  2023年 - 2025年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    手島 康介

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    担当区分:研究代表者  資金種別:科研費

    昨今のゲノムデータの蓄積にともない適応検出事例の報告は行われている。しかし個別の候補領域のリストアップにとどまっているケースがほとんどであり、適応メカニズム全貌の理解に至っているとまでは言えない。本研究はこのような現状に対し、ゲノム多様性データの解析を通じて、適応の有無ならびに適応過程の詳細に関する情報を抽出することを目指す。個別適応候補領域の検出に留まっている現状に対し、適応過程の詳細まで網羅的に議論する方法を提供し、現在の生命システムを作り上げてきたメカニズムの理解を深めることを目的とする。

    CiNii Research

  • 卵子が持つ精子DNA損傷を修復する能力の分子機構の解明

    2020年4月 - 2024年3月

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    担当区分:研究分担者 

  • 卵子が持つ精子DNA損傷を修復する能力の分子機構の解明

    研究課題/領域番号:20H03254  2020年 - 2023年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    大野 みずき, 日高 京子, 手島 康介, 續 輝久, 中津 可道, 作見 邦彦

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    担当区分:研究分担者  資金種別:科研費

    老化や喫煙、放射線被ばくなどにより精子DNAには様々な「傷」が発生し、不妊や流産の原因となっている。本来健康な卵子には精子が持ち込んだDNA損傷を修復する能力があるが、その分子機構の詳細は明らかになっていない。この研究ではマウスを用いて「精子DNAのどのような傷が、卵子の持つどのような機構で、受精後にどのように修復されるのか」を実験的に明らかにする。本研究の成果は現在の生殖医療での種々の問題、例えば、世界的な少子化問題、医療放射線被ばく、宇宙環境での長期滞在での生殖細胞保護などへの解決策を見出すきっかけになることが見込まれるため学術的にも社会的にも意義が大きい。

    CiNii Research

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教育活動概要

  • 理学研究院生物科学部門に所属し、集団遺伝学・分子進化学・分子系統学・ゲノム科学をベースにして、進化遺伝学的研究及び教育を行っている

担当授業科目

  • Basic BiologyⅢ

    2024年4月 - 現在   春学期

  • 情報生物学

    2023年10月 - 現在   後期

  • 生物科学Ⅲ

    2023年4月 - 現在   春学期

  • 生命の科学B

    2023年4月 - 現在   春学期

  • 集団遺伝学

    2023年4月 - 現在   前期

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FD参加状況

  • 2023年3月   役割:参加   名称:【生物学科】大学発明の出願・権利化に関するFD

    主催組織:学科

  • 2022年3月   役割:参加   名称:全学FD:メンタルヘルス講演会

    主催組織:全学

  • 2022年3月   役割:参加   名称:【生物学科】入学者選抜試験に関するFD

    主催組織:学科

  • 2012年4月   役割:参加   名称:第一回全学FD

    主催組織:全学

その他部局等における各種委員・役職等

  • 2025年4月 - 現在   部門 部門長

  • 2025年4月 - 現在   部門 野外施設委員

  • 2024年1月 - 2024年3月   部門 就職係

  • 2023年4月 - 2024年3月   学府 生物科学講座主任

  • 2023年4月 - 2024年3月   学府 システム生命科学府生物科学講座主任

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社会貢献活動

  • エクセレント・スチューデント・イン・サイエンス育成プロジェクト

    役割:講師, 助言・指導, 企画, 運営参加・支援

    九州大学理学部  2024年8月

  • エクセレント・スチューデント・イン・サイエンス育成プロジェクト

    役割:講師, 助言・指導, 運営参加・支援

    九州大学理学部  2023年8月

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    種別:研究指導

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  • エクセレント・スチューデント・イン・サイエンス育成プロジェクト

    九州大学理学部  2023年8月

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    対象:幼稚園以下, 小学生, 中学生, 高校生

    種別:セミナー・ワークショップ

  • ゲノム多様性と生物進化

    役割:講師

    熊本県立済済黌高等学校  2022年10月

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    種別:出前授業

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  • ゲノム多様性と生物進化

    熊本県立済済黌高等学校  2022年10月

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    対象:幼稚園以下, 小学生, 中学生, 高校生

    種別:セミナー・ワークショップ

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