2024/10/07 更新

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ヤマシタ シユンイチ
山下 俊一
YAMASHITA SHUNICHI
所属
医学研究院 基礎医学部門 助教
医学部 医学科(併任)
職名
助教
連絡先
メールアドレス
電話番号
0926426089
プロフィール
細胞内小器官の動態および制御機構の解明を通して、様々な疾患と細胞内小器官の恒常性維持との関係性を明らかにする。

学位

  • 博士(農学)

経歴

  • 新潟大学大学院医歯学総合研究科・助教   

研究テーマ・研究キーワード

  • 研究テーマ: オルガネラオートファジーの分子機構と生理的意義の研究

    研究キーワード: ミトコンドリア、ペルオキシソーム、オートファジー、マイトファジー、ペキソファジー

    研究期間: 2007年6月

受賞

  • 新潟大学学長賞

    2017年5月   新潟大学  

  • 柿内三郎記念奨励研究賞

    2011年5月   日本生化学会  

論文

  • Atg44/Mdi1/mitofissin facilitates Dnm1-mediated mitochondrial fission

    Furukawa, K; Hayatsu, M; Okuyama, K; Fukuda, T; Yamashita, SI; Inoue, K; Shibata, S; Kanki, T

    AUTOPHAGY   20 ( 10 )   2314 - 2322   2024年10月   ISSN:1554-8627 eISSN:1554-8635

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Autophagy  

    Mitochondria undergo fission and fusion, and their coordinated balance is crucial for maintaining mitochondrial homeostasis. In yeast, the dynamin-related protein Dnm1 is a mitochondrial fission factor acting from outside the mitochondria. We recently reported the mitochondrial intermembrane space protein Atg44/mitofissin/Mdi1/Mco8 as a novel fission factor, but the relationship between Atg44 and Dnm1 remains elusive. Here, we show that Atg44 is required to complete Dnm1-mediated mitochondrial fission under homeostatic conditions. Atg44-deficient cells often exhibit enlarged mitochondria with accumulated Dnm1 and rosary-like mitochondria with Dnm1 foci at constriction sites. These mitochondrial constriction sites retain the continuity of both the outer and inner membranes within an extremely confined space, indicating that Dnm1 is unable to complete mitochondrial fission without Atg44. Moreover, accumulated Atg44 proteins are observed at mitochondrial constriction sites. These findings suggest that Atg44 and Dnm1 cooperatively execute mitochondrial fission from inside and outside the mitochondria, respectively. Abbreviation: ATG: autophagy related; CLEM: correlative light and electron microscopy; EM: electron microscopy; ER: endoplasmic reticulum; ERMES: endoplasmic reticulum-mitochondria encounter structure; GA: glutaraldehyde; GFP: green fluorescent protein; GTP: guanosine triphosphate: IMM: inner mitochondrial membrane; IMS: intermembrane space; OMM: outer mitochondrial membrane; PB: phosphate buffer; PBS: phosphate-buffered saline; PFA: paraformaldehyde; RFP: red fluorescent protein; WT: wild type.

    DOI: 10.1080/15548627.2024.2360345

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  • Comprehensive analysis of non-selective and selective autophagy in yeast atg mutants and characterization of autophagic activity in the absence of the Atg8 conjugation system

    Ginevskaia, T; Innokentev, A; Furukawa, K; Fukuda, T; Hayatsu, M; Yamashita, S; Inoue, K; Shibata, S; Kanki, T

    JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   176 ( 3 )   217 - 227   2024年6月   ISSN:0021-924X eISSN:1756-2651

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Journal of Biochemistry  

    Most autophagy-related genes, or ATG genes, have been identified through studies using budding yeast. Although the functions of the ATG genes are well understood, the contributions of individual genes to non-selective and various types of selective autophagy remain to be fully elucidated. In this study, we quantified the activity of non-selective autophagy, the cytoplasm-to-vacuole targeting (Cvt) pathway, mitophagy, endoplasmic reticulum (ER)-phagy and pexophagy in all Saccharomyces cerevisiae atg mutants. Among the mutants of the core autophagy genes considered essential for autophagy, the atg13 mutant and mutants of the genes involved in the two ubiquitin-like conjugation systems retained residual autophagic functionality. In particular, mutants of the Atg8 ubiquitin-like conjugation system (the Atg8 system) exhibited substantial levels of non-selective autophagy, the Cvt pathway and pexophagy, although mitophagy and ER-phagy were undetectable. Atg8-system mutants also displayed intravacuolar vesicles resembling autophagic bodies, albeit at significantly reduced size and frequency. Thus, our data suggest that membranous sequestration and vacuolar delivery of autophagic cargo can occur in the absence of the Atg8 system. Alongside these findings, the comprehensive analysis conducted here provides valuable datasets for future autophagy research.

    DOI: 10.1093/jb/mvae042

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  • Mitophagy mediated by BNIP3 and NIX protects against ferroptosis by downregulating mitochondrial reactive oxygen species 査読 国際誌

    @Yamashita SI, @Sugiura Y, @Matsuura Y, @Maeda R, @Inoue K, @Furukawa K, @Fukuda T, @Chan DC, @Kanki T

    Cell Death and Differentiation   2024年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Mitophagy plays an important role in the maintenance of mitochondrial homeostasis and can be categorized into two types: ubiquitin-mediated and receptor-mediated pathways. During receptor-mediated mitophagy, mitophagy receptors facilitate mitophagy by tethering the isolation membrane to mitochondria. Although at least five outer mitochondrial membrane proteins have been identified as mitophagy receptors, their individual contribution and interrelationship remain unclear. Here, we show that HeLa cells lacking BNIP3 and NIX, two of the five receptors, exhibit a complete loss of mitophagy in various conditions. Conversely, cells deficient in the other three receptors show normal mitophagy. Using BNIP3/NIX double knockout (DKO) cells as a model, we reveal that mitophagy deficiency elevates mitochondrial reactive oxygen species (mtROS), which leads to activation of the Nrf2 antioxidant pathway. Notably, BNIP3/NIX DKO cells are highly sensitive to ferroptosis when Nrf2-driven antioxidant enzymes are compromised. Moreover, the sensitivity of BNIP3/NIX DKO cells is fully rescued upon the introduction of wild-type BNIP3 and NIX, but not the mutant forms incapable of facilitating mitophagy. Consequently, our results demonstrate that BNIP3 and NIX-mediated mitophagy plays a role in regulating mtROS levels and protects cells from ferroptosis.

    DOI: 10.1038/s41418-024-01280-y

  • Imeglimin mitigates the accumulation of dysfunctional mitochondria to restore insulin secretion and suppress apoptosis of pancreatic β-cells from db/db mice. 査読 国際誌

    @Aoyagi K, @Nishikawa C, @Nakamichi Y, @Yamashita SI, @Kanki T, @Ohara-Imaizumi M.

    Scientific Reports   2024年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-024-56769-w

  • Mitophagy Responds to the Environmental Temperature and Regulates Mitochondrial Mass in Adipose Tissues

    Yamashita S.I., Kanki T.

    Advances in experimental medicine and biology   1461   229 - 243   2024年   ISSN:00652598

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Advances in experimental medicine and biology  

    There are at least two types of adipose tissues in the body, defined as brown adipose tissues (BATs) and white adipose tissues (WATs). These tissues comprise brown and white adipocytes, respectively. The adipocytes are commonly endowed with mitochondria, but they have diverse characteristics and roles. Brown adipocytes have abundant mitochondria that contribute to the β-oxidation of fatty acids to produce chemical energy and the production of heat via uncoupling of the mitochondrial membrane potential from ATP synthesis. Alternatively, white adipocytes have fewer mitochondria that contribute to the generation of free fatty acids via lipogenesis by providing key intermediates. Besides the described types of adipocytes, brown-like adipocytes, termed beige adipocytes, are developed in WAT depots during cold exposure. Beige adipocytes also contribute to thermogenesis. Notably, beige adipocytes may transform into white-like adipocytes after the withdrawal of cold exposure. This process is marked by the elimination of mitochondria through the activation of mitochondria autophagy (mitophagy). This review aims to describe the mitophagy that occurs during the beige-to-white transition and discuss recent insights into the molecular mechanisms of this transformation. Additionally, we describe the mitophagy monitoring strategy in adipose tissues using three independent reporter systems and discuss the availabilities and limitations of the method.

    DOI: 10.1007/978-981-97-4584-5_16

    Scopus

    PubMed

  • Hva22, a REEP family protein in fission yeast, promotes reticulophagy in collaboration with a receptor protein. 査読 国際誌

    @Fukuda T, @Saigusa T, @Furukawa K, @Inoue K, @Yamashita SI, @Kanki T.

    Autophagy   2023年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/15548627.2023.2214029

  • The mitochondrial intermembrane space protein mitofissin drives mitochondrial fission required for mitophagy 査読 国際誌

    @Fukuda T, @Furukawa K, @Maruyama T, @Yamashita SI, @Noshiro D, @Song C, @Ogasawara Y, @Okuyama K, @Alam JM, @Hayatsu, M, @Saigusa T, @Inoue K, @Ikeda K, @Takai A, @Chen L, @Lahiri V, @Okada Y, @Shibata S, @Murata K, @Klionsky DJ, @Noda NN, @Kanki T.

    Molecular Cell   2023年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.molcel.2023.04.022

  • TIM23 facilitates PINK1 activation by safeguarding against OMA1-mediated degradation in damaged mitochondria. 査読 国際誌

    @Akabane S, @Watanabe K, @Kosako H, @Yamashita SI, @Nishino K, @Kato M, @Sekine S, @Kanki T, @Matsuda N, @Endo T, @Oka T.

    Cell Reports   2023年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112454

  • Myeloid-associated differentiation marker is an essential host factor for human parechovirus PeV-A3 entry 査読 国際誌

    @Watanabe K, @Oka T, @Takagi H, @Anisimov S, @Yamashita SI, @Katsuragi Y, @Takahashi M, @Higuchi M, @Kanki T, @Saitoh A, @Fujii M

    Nature Communications   2023年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41467-023-37399-8

  • A new beta cell-specific mitophagy reporter mouse shows that metabolic stress leads to accumulation of dysfunctional mitochondria despite increased mitophagy 査読 国際誌

    @Aoyagi K, @Yamashita SI, @Akimoto Y, @Nishikawa C, @Nakamichi Y, @Udagawa H, @Abe M, @Sakimura K, @Kanki T, @Ohara-Imaizumi M

    Diabetologia   2023年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/s00125-022-05800-8

  • Mitophagy reporter mouse analysis reveals increased mitophagy activity in disuse-induced muscle atrophy 査読 国際誌

    @Yamashita SI, @Kyuuma M, @Inoue K, @Hata Y, @Kawada R, @Yamabi M, @Fujii Y, @Sakagami J, @Fukuda T, @Furukawa K, @Tsukamoto S, @Kanki T

    Journal of Cellular Physiology   2021年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/jcp.30404

  • Fis1 ablation in the male germline disrupts mitochondrial morphology and mitophagy, and arrests spermatid maturation 査読 国際誌

    @Varuzhanyan G, @Ladinsky MS, @Yamashita SI, @Abe M, @Sakimura K, @Kanki T, @Chan DC

    Development   2021年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1242/dev.199686

  • The optineurin/TIA1 pathway inhibits aberrant stress granule formation and reduces ubiquitinated TDP-43 査読 国際誌

    @Kakihana T, @Takahashi M, @Katsuragi Y, @Yamashita SI, @Sango J, @Kanki T, @Onodera O, @Fujii M

    iScience   2021年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.isci.2021.102733

  • MITOL promotes cell survival by degrading Parkin during mitophagy 査読 国際誌

    @Shiiba I, @Takeda K, @Nagashima S, @Ito N, @Tokuyama T, @Yamashita SI, @Kanki T, @Komatsu T, @Urano Y, @Fujikawa Y, @Inatome R, @Yanagi S

    EMBO Reports   2021年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.15252/embr.201949097

  • Association and dissociation between the mitochondrial Far complex and Atg32 regulate mitophagy 査読 国際誌

    @Innokentev A, @Furukawa K, @Fukuda T, @Saigusa T, @Inoue K, @Yamashita SI, @Kanki T

    Elife   2020年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.7554/eLife.63694

  • Atg43 tethers isolation membranes to mitochondria to promote starvation-induced mitophagy in fission yeast 査読 国際誌

    @Fukuda T, @Ebi Y, @Saigusa T, @Furukawa K, @Yamashita SI, @Inoue K, @Kobayashi D, @Yoshida Y, @Kanki T

    Elife   2020年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.7554/eLife.61245

  • FKBP8 LIRL-dependent mitochondrial fragmentation facilitates mitophagy under stress conditions 査読 国際誌

    @Yoo SM, @Yamashita SI, @Kim H, @Na D, @Lee H, @Kim SJ, @Cho DH, @Kanki T, @Jung YK

    FASEB Journal   2020年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1096/fj.201901735R

  • Gemcitabine induces Parkin-independent mitophagy through mitochondrial-resident E3 ligase MUL1-mediated stabilization of PINK1 査読 国際誌

    @Igarashi R, @Yamashita SI, @Yamashita T, @Inoue K, @Fukuda T, @Fukuchi T, @Kanki T

    Scientific Reports   2020年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-020-58315-w

  • Glaucoma-Associated Mutations in the Optineurin Gene Have Limited Impact on Parkin-Dependent Mitophagy 査読 国際誌

    @Chernyshova K, @Inoue K, @Yamashita SI, @Fukuchi T, @Kanki T

    Investigative Ophthalmology and Visual Science   2019年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1167/iovs.19-27184

  • The PP2A-like Protein Phosphatase Ppg1 and the Far Complex Cooperatively Counteract CK2-Mediated Phosphorylation of Atg32 to Inhibit Mitophagy 査読 国際誌

    @Furukawa K, @Fukuda T, @Yamashita SI, @Saigusa T, @Kurihara Y, @Yoshida Y, @Kirisako H, @Nakatogawa H, @Kanki T

    Cell Reports   2018年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.celrep.2018.05.064

  • Detection of Hypoxia-Induced and Iron Depletion-Induced Mitophagy in Mammalian Cells 査読 国際誌

    @Yamashita SI, @Kanki T

    Methods in Molecular Biology, Mitophagy   2018年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/7651_2017_19

  • Detection of Iron Depletion- and Hypoxia-induced Mitophagy in Mammalian Cells 査読 国際誌

    @Yamashita SI, @Kanki T

    Methods in Molecular Biology, Mitochondrial Bioenergetics   2018年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/978-1-4939-7831-1_18

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書籍等出版物

  • 温度ストレスによる生体ダイナミクス

    @山下俊一(担当:単著)

    エヌ・ティー・エス  2023年5月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

講演・口頭発表等

MISC

  • 【皮膚における細胞死:病態への関与】オートファジーの分子機構

    山下 俊一, 神吉 智丈

    皮膚科   5 ( 5 )   472 - 478   2024年5月   ISSN:2436-570X

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(有)科学評論社  

  • How autophagy eats large mitochondria: Autophagosome formation coupled with mitochondrial fragmentation 査読

    @Shun-ichi Yamashita, @Tomotake Kanki

    2017年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/15548627.2017.1291113

所属学協会

  • 日本生化学会

  • 日本ミトコンドリア学会

  • 日本細胞生物学会

  • 日本分子生物学会

学術貢献活動

  • 学術論文等の審査

    役割:査読

    2023年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:5

  • 学術論文等の審査

    役割:査読

    2022年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:8

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 2型糖尿病関連SNPとミトコンドリア機能低下との関係性解明による新規疾患発症機序の提唱

    2023年 - 2024年

    鈴木謙三記念医科学応用研究財団・調査研究助成金

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    担当区分:研究代表者  資金種別:受託研究

  • レセプター依存的マイトファジーの誘導制御と生理機能の解明

    研究課題/領域番号:23K23878  2022年4月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    神吉 智丈, 井上 敬一, 山下 俊一, 福田 智行

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    資金種別:科研費

    ミトコンドリアは、細胞が必要とするエネルギーを作る非常に重要な場所である。従来の研究は、ミトコンドリアがどのようにして作られてくるかに着目していたが、本研究は、機能が悪くなったミトコンドリアを取り除く(分解する)現象であるマイトファジーに着目し、その生理機能を明らかにしようとするものである。具体的には、マイトファジーの誘導が抑制された培養細胞やマウスを用いて、どのような異常が生じるのかを観察する。

    CiNii Research

  • 抗がん剤耐性に関与する新奇マイトファジーの分子機構解明と化学療法への応用

    2022年 - 2024年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

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    資金種別:科研費

  • 哺乳類ペルオキシソーム分解の分子機構とその生理的意義に関する研究

    2010年 - 2012年

    日本学術振興会  特別研究員

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    担当区分:研究代表者  資金種別:共同研究

担当授業科目

  • 人体構造と機能III

    2024年4月 - 2024年9月   前期

他大学・他機関等の客員・兼任・非常勤講師等

  • 2024年  新潟大学大学院医歯学総合研究科  区分:客員教員  国内外の区分:国内