Updated on 2024/10/01

Information

 

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KATO KOICHIRO
 
Organization
Faculty of Engineering Department of Applied Chemistry Associate Professor
Data-Driven Innovation Initiative （Concurrent）
Center for Molecular Systems (CMS) （Concurrent）
Research Institute for Information Technology Pan-Omics Data-Driven Innovation Research Center （Concurrent）
School of Engineering （Concurrent）
Graduate School of Engineering （Concurrent）
Title
Associate Professor
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Profile
マテリアルズインフォマティクス（シミュレーション、データ科学、機械学習） ・機械学習手法（Neural Network等）を用いた物性予測技術開発、シミュレーション技術高度化 ・データ科学手法（Persistent Homology等）を用いた物性データ解析 ・第一原理計算、分子動力学法、粗視化シミュレーションを用いた物性解析 ・第一原理計算、分子動力学法、粗視化シミュレーションに関する手法・プログラム開発
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Research Areas

  • Informatics / Computational science

  • Nanotechnology/Materials / Nanomaterials

  • Nanotechnology/Materials / Nanobioscience

Research History

  • Kyushu University Department of Applied Chemistry, Graduate School of Engineering / Center for Molecular Systems (CMS) Associate Professor

    2020.6 - Present

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  • みずほ情報総研株式会社

    みずほ情報総研株式会社

Research Interests・Research Keywords

  • Research theme：Materials Informatics

    Keyword：Molecular simulation, data science, polymer, drug discovery

    Research period： 2020.6

Awards

  • 若手奨励賞

    2023.6   情報計算化学生物（CBI）学会  

    加藤幸一郎

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  • 若手奨励賞

    2023.6   情報計算化学生物（CBI）学会  

  • 応用物理学会優秀論文賞

    2021.8   応用物理学会  

  • 講演奨励賞

    2015.3   応用物理学会  

  • 飯島奨励賞

    2012.3   フラーレン・ナノチューブ・グラフェン学会  

  • 若手奨励賞

    2009.10   フラーレン・ナノチューブ学会  

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Papers

  • Predicting the anion conductivities and alkaline stabilities of anion conducting membrane polymeric materials: development of explainable machine learning models Reviewed International journal

    Yin Kan Phua, Tsuyohiko Fujigaya, Koichiro Kato

    Science and Technology of Advanced Materials   24 ( 1 )   2261833   2023.10   （ ISSN:1468-6996 eISSN:1878-5514 ）

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    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)   Publisher：Informa UK Limited  

    DOI： 10.1080/14686996.2023.2261833

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  • Intermolecular interaction among Remdesivir, RNA and RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2 analyzed by fragment molecular orbital calculation Reviewed

    @Koichiro Kato, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa

    Journal of Molecular Graphics and Modelling   100   107695 - 107695   2020.11

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    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1016/j.jmgm.2020.107695

  • High-Precision Atomic Charge Prediction for Protein Systems Using Fragment Molecular Orbital Calculation and Machine Learning Reviewed

    @Koichiro Kato, Tomohide Masuda, Chiduru Watanabe, Naoki Miyagawa, Hideo Mizouchi, Shumpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Kanji Oshima, Satoshi Ono, Hiroshi Ueda, Atsushi Tokuhisa, Ryo Kanada, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi, Yasushi Okuno, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

    Journal of Chemical Information and Modeling   60 ( 7 )   3361 - 3368   2020.7

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    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1021/acs.jcim.0c00273

  • Discovery of new microscopic structures in surface water on graphene using data science Reviewed

    @Koichiro Kato, Yuki Maekawa, Naoki Watanabe, Kenji Sasaoka, Takahiro Yamamoto

    Japanese Journal of Applied Physics   59 ( 2 )   025001 - 025001   2020.2

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    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.7567/1347-4065/ab6564

  • Kinetics and thermodynamics analysis of the polybenzimidazole adsorption onto carbon materials using adsorption isotherm measurements

    A. B. M. Nazmul Islam, Nana Kayo, Yuki Motoishi, Ryo Hamano, Naoki Tanaka, Koichiro Kato, Tsuyohiko Fujigaya

    Polymer Journal   2024.8   （ ISSN:00323896 ）

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    Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1038/s41428-024-00950-5

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  • Geometry Optimization using the Frozen Domain and Partial Dimer Approach with the Fragment Molecular Orbital Method: Implementation, Benchmark, and Application for Ligand-Binding Site of Proteins

    Koji Okuwaki, Naoki Watanabe, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Naofumi Nakayama, Akifumi Kato, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa

    2024.7

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    Publisher：American Chemical Society (ACS)  

    The frozen domain (FD) approximation with fragment molecular orbital (FMO) method is efficient for partial geometry optimization of large systems. We implemented the FD formulation (FD and frozen domain dimer [FDD] methods) already proposed by Fedorov, D. G. et al. (J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2 (4), 282–288.); proposed a variation of it, namely frozen domain and partial dimer (FDPD) method; and applied it to several protein-ligand complexes. The computational time for geometry optimization at the FDPD/HF/6-31G* level for the active site (six fragments) of the largest β2-adrenergic G protein-coupled receptor (440 residues) was almost half that of the conventional partial geometry optimization method. In the human estrogen receptor, the crystal structure was refined by FDPD geometry optimization of estradiol, surrounding hydrogen-bonded residues and a water molecule. The rather polarized ligand binding site of influenza virus neuraminidase was also optimized by FDPD optimization, which relaxed steric repulsion around the ligand in the crystal structure and optimized hydrogen bonding. For Serine-Threonine Kinase Pim1 and six inhibitors, the structures of the ligand binding site, Lys67, Glu121, Arg122, and benzofuranone ring and indole/azaindole ring of the ligand, were optimized at FDPD/HF/6-31G* and the ligand binding energy was estimated at the FMO-MP2/6-31G* level. As a result, the correlation coefficient between pIC50 and ligand binding energy was considerably improved as compared to results from both molecular mechanics- and quantum mechanics/molecular mechanics-optimized geometries. Thus, this approach is promising as a high-precision structure refinement method for structure-based drug discovery.

    DOI： 10.26434/chemrxiv-2024-t9m7z

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  • Cover Feature: Unsupervised Machine Learning‐Derived Anion‐Exchange Membrane Polymers Map: A Guideline for Polymers Exploration and Design (ChemElectroChem 14/2024)

    Yin Kan Phua, Nana Terasoba, Manabu Tanaka, Tsuyohiko Fujigaya, Koichiro Kato

    ChemElectroChem   2024.7

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    Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1002/celc.202481402

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  • Unsupervised Machine Learning‐Derived Anion‐Exchange Membrane Polymers Map: A Guideline for Polymers Exploration and Design

    Yin Kan Phua, Nana Terasoba, Manabu Tanaka, Tsuyohiko Fujigaya, Koichiro Kato

    ChemElectroChem   11 ( 14 )   2024.7

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    Authorship：Corresponding author   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1002/celc.202400252

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  • Polymer Wrapping State Changes at Defect Sites of Locally Functionalized Single-Walled Carbon Nanotubes Reviewed International journal

    Yoshiaki Niidome, Hiromu Matsumoto, Ryo Hamano, Koichiro Kato, Tsuyohiko Fujigaya, Tomohiro Shiraki

    The Journal of Physical Chemistry C   128 ( 12 )   5146 - 5155   2024.3   （ ISSN:19327447 ）

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    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1021/acs.jpcc.3c07692

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  • Association Between Reduced Posterior Occlusal Contact and Alzheimer’s Disease Onset in Older Japanese Adults: Results from the LIFE Study Reviewed International journal

    Takashi Miyano, Yasunori Ayukawa, Takahisa Anada, Ichiro Takahashi, Hiroko Furuhashi, Shoji Tokunaga, Akie Hirata, Naoki Nakashima, Koichiro Kato, Haruhisa Fukuda

    Journal of Alzheimer's Disease   97 ( 2 )   871 - 881   2024.1   （ ISSN:1387-2877 eISSN:1875-8908 ）

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    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)   Publisher：IOS Press  

    Background: An association between poor oral health and cognitive decline has been reported. Most of these studies have considered the number of teeth as a criterion, only a few studies have analyzed the relationship between occlusal status and Alzheimer’s disease (AD). Objective: To elucidate whether posterior occlusal contact is associated with AD, focusing on the Eichner classification, among an older population aged 65 years or older in Japan. Methods: This study used monthly claims data of National Health Insurance in Japan from April 2017 to March 2020. The outcome was newly diagnosed AD defined according to ICD-10 code G30. The number of teeth was estimated by dental code data, and occlusal contact was divided into three categories, namely A, B, and C, according to the Eichner classification. Multivariate Cox proportional hazards models were used to analyze the association between a new diagnosis of AD and the Eichner classification. Results: A total of 22,687 participants were included, 560 of whom had newly diagnosed AD during a mean follow-up period of 12.2 months. The AD participants had a lower proportion of Eichner A and a higher proportion of Eichner C. After adjusting for covariates, hazard ratios (95% confidence intervals) with Eichner B and C were 1.34 (1.01–1.77) and 1.54 (1.03–2.30), respectively. Conclusion: In older people aged≥65 years old, reduced posterior occlusal contact as well as tooth loss have an impact on AD. This study emphasizes the importance of paying attention to occlusal contacts to reduce the risk of AD.

    DOI： 10.3233/jad-230449

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  • Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model. Reviewed International journal

    Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno

    Journal of chemical theory and computation   20 ( 1 )   7 - 17   2024.1   （ ISSN:15499618 ）

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    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    In all-atom (AA) molecular dynamics (MD) simulations, the rugged energy profile of the force field makes it challenging to reproduce spontaneous structural changes in biomolecules within a reasonable calculation time. Existing coarse-grained (CG) models, in which the energy profile is set to a global minimum around the initial structure, are unsuitable to explore the structural dynamics between metastable states far away from the initial structure without any bias. In this study, we developed a new hybrid potential composed of an artificial intelligence (AI) potential and minimal CG potential related to the statistical bond length and excluded volume interactions to accelerate the transition dynamics while maintaining the protein character. The AI potential is trained by energy matching using a diverse structural ensemble sampled via multicanonical (Mc) MD simulation and the corresponding AA force field energy, profile of which is smoothed by energy minimization. By applying the new methodology to chignolin and TrpCage, we showed that the AI potential can predict the AA energy with significantly high accuracy, as indicated by a correlation coefficient (R-value) between the true and predicted energies exceeding 0.89. In addition, we successfully demonstrated that CGMD simulation based on the smoothed hybrid potential can significantly enhance the transition dynamics between various metastable states while preserving protein properties compared to those obtained with conventional CGMD and AAMD.

    DOI： 10.1021/acs.jctc.3c00889

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  • 理論物理から来ました

    加藤 幸一郎

    ファルマシア   60 ( 1 )   59_1 - 59_1   2024   （ ISSN:00148601 eISSN:21897026 ）

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    Language：Japanese   Publisher：公益社団法人 日本薬学会  

    筆者は理論物理の出身で、さらには企業経験者である。その様な筆者が、なぜ創薬に関する研究をアカデミアで実施しているのか、その経緯を簡単ではあるが紹介させて頂く。振り返る中で、あらためて多くの人との出会いや支えがあっての今の自分であることを再認識することができた。この場を借りて御礼申し上げるとともに、期待に応えられるように今後も邁進していく所存である。

    DOI： 10.14894/faruawpsj.60.1_59_1

    CiNii Research

  • Utilization of Explainable AI for Accelerating Functional Polymer Materials Development Cycle

    PHUA Yin Kan, FUJIGAYA Tsuyohiko, KATO Koichiro

    Proceedings of the Annual Conference of JSAI   JSAI2024 ( 0 )   1F4GS1002 - 1F4GS1002   2024   （ eISSN:27587347 ）

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    Language：Japanese   Publisher：The Japanese Society for Artificial Intelligence  

    <p>Functional polymers are essential materials supporting modern society and are being actively researched in an experiment-centric manner. Use of artificial intelligence (AI) or machine learning (ML) are expected to further accelerate research efficiency, but low transparency and interpretability of AI deter researchers from trusting it. This study built an explainable AI (XAI) to predict property of anion exchange membrane, a kind of functional polymer. This study is conducted in four steps: 1. Construction of an in-house database (DB); 2. Digitization of polymer structure using existing descriptors; 3. Construction of an ML model; 4. Calculate and analyze the Shapley (SHAP) values for each explanatory variable for evaluating explainability and transparency. Open DB is not available for the target material in this study, hence an in-house DB consisting structural property data of around 300 polymers was built. From 2. and 3., we built an ML model with test data prediction accuracy of 0.7983. Carrying out 4., we found that AMID_N, a descriptor-origin explanatory variable highly correlating polymer substructure and its property, is important. The findings of such important features strongly support chemical interpretation, thereby successfully obtaining a XAI that can be used in experiment cycle.</p>

    DOI： 10.11517/pjsai.jsai2024.0_1f4gs1002

    CiNii Research

  • A machine learning model for predicting quantum chemistry based protein-drug molecule interactions Reviewed

    KITA Ryosuke, WATANABE Chiduru, OHTA Masateru, TANIMURA Naoki, OKUWAKI Koji, IKEGUCHI Mitsunori, FUKUZAWA Kaori, HONMA Teruki, FUJIGAYA Tsuyohiko, KATO Koichiro

    Proceedings of the Annual Conference of JSAI   JSAI2024 ( 0 )   4Q3IS2d05 - 4Q3IS2d05   2024   （ eISSN:27587347 ）

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    Language：Japanese   Publisher：The Japanese Society for Artificial Intelligence  

    <p>The evaluation of protein-drug molecule interactions through molecular simulation plays a critical role in identifying drug candidates from a vast pool of chemical compounds in computational drug discovery. To increase the hit rate, which has been a challenge with traditional methods, accurate quantum chemical calculations of protein-drug molecule interactions are necessary. However, evaluating protein-drug molecule interactions using conventional quantum chemistry calculation methods is challenging. The Fragment Molecular Orbital (FMO) method allows for the calculation of protein-drug molecule interactions with quantum chemistry accuracy. Still, even using the "Fugaku" supercomputer, it takes several hours per structure, indicating a need for further reduction in computational costs. This study presents a machine learning model that predicts interaction values between proteins and drug molecules using the FMO method. This model is based on a neural network and utilizes vectors of the surrounding environment of each atom in the drug molecule as explanatory variables. Using a dataset of approximately 2000 structures, the model was trained and tested for predicting interactions in unknown structures. The model successfully predicted protein-drug molecule interactions with an R2 value of 0.59.</p>

    DOI： 10.11517/pjsai.jsai2024.0_4q3is2d05

    CiNii Research

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  • Pyridine-mediated B–B bond cleavage of tetrahydroxydiboron to synthesize n-doped SWCNTs with long-term air stability Reviewed International journal

    Naoki Tanaka, Aoi Hamasuna, Itsuki Yamaguchi, Koichiro Kato, Tsuyohiko Fujigaya

    Scientific Reports   13 ( 1 )   21926   2023.12   （ eISSN:2045-2322 ）

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    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)   Publisher：Springer Science and Business Media LLC  

    Abstract

    Neutral radicals, including carbon radicals, are highly useful chemical species for the functionalization of semiconducting materials to change their electrical and optical properties owing to their high reactivity. However, boron radicals have been limited to synthetic and reaction chemistry, with rare utilization in materials science. In this study, a mixture of tetrahydroxydiboron (B<sub>2</sub>(OH)<sub>4</sub>) and pyridine derivatives was found to act as an electron dopant for single-walled carbon nanotubes (SWCNTs) because of the electron transfer from pyridine-mediated boron radicals generated by B–B bond dissociation to neutral radicals. In particular, the radical formed from a mixture of B<sub>2</sub>(OH)<sub>4</sub> and 4-phenylpyridine ((4-Phpy)B(OH)<sub>2</sub><sup>·</sup>) efficiently doped electrons into the SWCNT films; thus, n-type SWCNTs with long-term air stability for more than 50 days at room temperature were prepared. Furthermore, the experimental and theoretical surface analyses revealed that the formation of stable cations from ((4-Phpy)B(OH)<sub>2</sub><sup>·</sup>) and the efficient interaction with SWCNTs due to their high planarity served as the mechanism for their stable doping.

    DOI： 10.1038/s41598-023-48847-2

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    Other Link： https://www.nature.com/articles/s41598-023-48847-2

  • Application of Model Core Potentials to Zn- and Mg-containing Metalloproteins in the Fragment Molecular Orbital Method Reviewed International journal

    Koichiro Kato, Ami Yamamoto, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa

    Chem-Bio Informatics Journal   23   14 - 25   2023.9

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    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： https://doi.org/10.1273/cbij.23.14

  • Application of Model Core Potentials to Zn- and Mg-containing Metalloproteins in the Fragment Molecular Orbital Method

    Kato Koichiro, Yamamoto Ami, Watanabe Chiduru, Fukuzawa Kaori

    Chem-Bio Informatics Journal   23 ( 0 )   14 - 25   2023.7   （ ISSN:13476297 eISSN:13470442 ）

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    Authorship：Lead author,　Corresponding author   Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)   Publisher：Chem-Bio Informatics Society  

    <p>The fragment molecular orbital (FMO) method enables quantum mechanical calculations for macromolecules by dividing the target into fragments. However, most calculations, even for metalloproteins, have been performed by removing metal ions from the structures registered in the Protein Data Bank (PDB). For more realistic and useful calculations, FMO calculations must be performed without removing the metal ions. In this study, we discuss the results obtained from FMO calculations performed using 6-31G* and model core potentials (MCPs) for metal proteins containing Zn and Mg ions. Subsequently, we analyze the differences in atomic charges and interactions.</p>

    DOI： 10.1273/cbij.23.14

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  • Structure and Mechanism Analysis of Proteins by Fragment Molecular Orbital Calculations Invited

    Kaori FUKUZAWA, Chiduru WATANABE, Koichiro KATO

    Nihon Kessho Gakkaishi   65 ( 1 )   17 - 25   2023.2   （ ISSN:03694585 eISSN:18845576 ）

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    Language：Japanese   Publishing type：Research paper (scientific journal)   Publisher：The Crystallographic Society of Japan  

    <p>The fragment molecular orbital（FMO）method is a theoretical method that enables quantum chemical calculations of whole bio-macromolecules, such as proteins and nucleic acids, yielding the energies and electron densities of whole molecules as well as interaction energies between fragments. The FMO calculations of protein complexes that have been structurally analyzed experimentally allow for quantitative analysis and physicochemical interpretation of intra- and intermolecular interactions within the complexes. Here we describe the quantitative analysis of structures and interactions using the FMO method, i.e., the “structure and interaction basis” obtained through the complementary use of experimental structure and the FMO calculations.</p>

    DOI： 10.5940/jcrsj.65.17

    CiNii Research

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  • ortho-Substituted Aryldiazonium Design for the Defect Configuration-Controlled Photoluminescent Functionalization of Chiral Single-Walled Carbon Nanotubes International journal

    Boda Yu, Sadahito Naka, Haruka Aoki, Koichiro Kato, Daiki Yamashita, Shun Fujii, Yuichiro K. Kato, Tsuyohiko Fujigaya, Tomohiro Shiraki

    ACS Nano   16 ( 12 )   21452 - 21461   2022.12   （ ISSN:1936-0851 eISSN:1936-086X ）

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    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    Defect functionalization of single-walled carbon nanotubes (SWCNTs) by chemical modification is a promising strategy for near-infrared photoluminescence (NIR PL) generation at >1000 nm, which has advanced telecom and bio/medical applications. The covalent attachment of molecular reagents generates sp3-carbon defects in the sp2-carbon lattice of SWCNTs with bright red-shifted PL generation. Although the positional difference between proximal sp3-carbon defects, labeled as the defect binding configuration, can dominate NIR PL properties, the defect arrangement chemistry remains unexplored. Here, aryldiazonium reagents with π-conjugated ortho-substituents (phenyl and acetylene groups) were developed to introduce molecular interactions with nanotube sidewalls into the defect-formation chemical reaction. The functionalized chiral SWCNTs selectively emitted single defect PL in the wavelength range of ∼1230-1270 nm for (6,5) tubes, indicating the formation of an atypical binding configuration, different from those exhibited by typical aryl- or alkyl-functionalized chiral tubes emitting ∼1150 nm PL. Moreover, the acetylene-based substituent design enabled PL brightening and a subsequent molecular modification of the doped sites using click chemistry.

    DOI： 10.1021/acsnano.2c09897

    Web of Science

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  • Dietary Problems Are Associated with Frailty Status in Older People with Fewer Teeth in Japan

    Takashi Miyano, Ryosuke Kaneko, Toshihide Kimura, Misa Maruoka, Akihiro Kishimura, Koichiro Kato, Michiko Furuta, Yoshihisa Yamashita

    International Journal of Environmental Research and Public Health   19 ( 23 )   2022.12   （ ISSN:16617827 eISSN:1660-4601 ）

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.3390/ijerph192316260

    Web of Science

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  • Special Features of COVID-19 in the FMODB: Fragment Molecular Orbital Calculations and Interaction Energy Analysis of SARS-CoV-2-Related Proteins Reviewed

    Kaori Fukuzawa, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Yusuke Kawashima, Yuma Handa, Ami Yamamoto, Kazuki Watanabe, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Teruki Honma

    Journal of Chemical Information and Modeling   2021.9

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1021/acs.jcim.1c00694

  • The ABINIT-MP Program

    Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Kota Sakakura, Yoshio Okiyama, Hiromasa Watanabe, Koichiro Kato, Yoshinobu Akinaga, Shinya Sato, Jun-inchi Yamamoto, Katsumi Yamashita, Tadashi Murase, Takeshi Ishikawa, Yuto Komeiji, Yuji Kato, Naoki Watanabe, Takashi Tsukamoto, Hirotoshi Mori, Koji Okuwaki, Shigenori Tanaka, Akifumi Kato, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method   53 - 67   2021.1

    　More details

    Language：Others  

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_4

  • Modeling of Solid and Surface

    Koichiro Kato, Aya Hashimoto, Eiichi Tamiya, Kaori Fukuzawa, Yuichiro Ishikawa, Yuji Mochizuki

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method   407 - 424   2021.1

    　More details

    Language：Others  

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_21

  • Fragmentation at sp 2 carbon atoms in fragment molecular orbital method Reviewed

    Yoshinobu Akinaga, Koichiro Kato, Tatsuya Nakano, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

    Journal of Computational Chemistry   41 ( 15 )   1416 - 1420   2020.6

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1002/jcc.26190

  • Interaction Analyses between Calcite/Apatite and Peptides by Fragment Molecular Orbital Method Reviewed

    Ryo HATADA, Kouichiro KATO, Koji OKUWAKI, Kaori FUKUZAWA, Yuji MOCHIZUKI

    Journal of Computer Chemistry, Japan   19 ( 1 )   1 - 7   2020.6

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.2477/jccj.2019-0030

  • An integrated approach to unravel a crucial structural property required for the function of the insect steroidogenic Halloween protein Noppera-bo. Reviewed International journal

    Kotaro Koiwai, Kazue Inaba, Kana Morohashi, Sora Enya, Reina Arai, Hirotatsu Kojima, Takayoshi Okabe, Yuuta Fujikawa, Hideshi Inoue, Ryunosuke Yoshino, Takatsugu Hirokawa, Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuko Shimada-Niwa, Akira Nakamura, Fumiaki Yumoto, Toshiya Senda, Ryusuke Niwa

    The Journal of biological chemistry   295 ( 20 )   7154 - 7167   2020.5

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1074/jbc.RA119.011463

  • Interaction between calcite and adsorptive peptide analyzed by fragment molecular orbital method Reviewed

    Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

    Japanese Journal of Applied Physics   58 ( 12 )   120906 - 120906   2019.12

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.7567/1347-4065/ab5335

  • Current Status of ABINIT-MP Open Series Reviewed

    Yuji MOCHIZUKI, Yoshinobu AKINAGA, Kota SAKAKURA, Hiromasa WATANABE, Kouichiro KATO, Naoki WATANABE, Koji OKUWAKI, Tatsuya NAKANO, Kaori FUKUZAWA

    Journal of Computer Chemistry, Japan   18 ( 3 )   129 - 131   2019.10

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.2477/jccj.2019-0016

  • Nuclear quantum effects of light and heavy water studied by all-electron first principles path integral simulations Reviewed

    Masahiko Machida, Koichiro Kato, Motoyuki Shiga

    The Journal of Chemical Physics   148 ( 10 )   102324 - 102324   2018.3

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1063/1.5000091

  • Current Status of ABINIT-MP as a FMO Program and Related Works with Machine Learning Reviewed

    Yuji MOCHIZUKI, Kota SAKAKURA, Yoshinobu AKINAGA, Kouichiro KATO, Hiromasa WATANABE, Yoshio OKIYAMA, Tatsuya NAKANO, Yuto KOMEIJI, Akira OKUSAWA, Kaori FUKUZAWA, Shigenori TANAKA

    Journal of Computer Chemistry, Japan   16 ( 5 )   119 - 122   2018.1

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.2477/jccj.2017-0051

  • Modeling of hydroxyapatite-peptide interaction based on fragment molecular orbital method Reviewed

    Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

    Chemical Physics Letters   629   58 - 64   2015.6

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1016/j.cplett.2015.03.057

  • Energetics and electronic properties of twisted single-walled carbon nanotubes Reviewed

    Koichiro Kato, Takashi Koretsune, Susumu Saito

    Physical Review B - Condensed Matter and Materials Physics   85 ( 11 )   2012.3

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1103/PhysRevB.85.115448

  • Twisting Effects on Carbon Nanotubes: A First-Principles Study with Helical Symmetry Operations Reviewed

    Koichiro Kato, Takashi Koretsune, Susumu Saito

    Journal of Physics: Conference Series   302   012007 - 012007   2011.7

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1088/1742-6596/302/1/012007

  • Geometries, electronic structures and energetics of small-diameter single-walled carbon nanotubes Reviewed

    Koichiro Kato, Susumu Saito

    Physica E: Low-Dimensional Systems and Nanostructures   43 ( 3 )   669 - 672   2011.1

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (other academic)  

    DOI： 10.1016/j.physe.2010.07.025

  • Systematic Study of Work Functions of Single-walled Carbon Nanotubes Reviewed

    Koichiro Kato, Susumu Saito

    MRS Proceedings   1204   2009.12

    　More details

    Language：Others   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1557/proc-1204-k18-02

  • Experimentally determined redox potentials of individual (n,m) single-walled carbon nanotubes Reviewed

    Yasuhiko Tanaka, Yasuhiko Hirana, Yasuro Niidome, Koichiro Kato, Susumu Saito, Naotoshi Nakashima

    Angewandte Chemie - International Edition   48 ( 41 )   7655 - 7659   2009.9

    　More details

    Language：English   Publishing type：Research paper (scientific journal)  

    DOI： 10.1002/anie.200902468

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Books

  • あなたのラボから薬を生み出すアカデミア創薬の実践 : all Japan体制の先端技術支援を利用した創薬の最前線

    善光, 龍哉, 辻川, 和丈（ Role： Contributor7．AIとFMO法を融合した医薬品設計と分子間相互作用解析【本間光貴，福澤 薫，加藤幸一郎】）

    羊土社  2024.2    （ ISBN:9784758104166 ）

    　More details

    Total pages：239, 12p   Language：Japanese  

    CiNii Books

    researchmap

  • 革新的AI創薬 ～医療ビッグデータ、人工知能がもたらす創薬研究の未来像～

    福澤薫, 加藤幸一郎

    2022.7 

    　More details

    Language：Others  

  • 革新的AI創薬 ～医療ビッグデータ、人工知能がもたらす創薬研究の未来像～

    福澤薫, 加藤幸一郎（ Role： Contributor第2章 第3節 FMO法を活用したAI創薬手法）

    2022.7    （ ISBN:9784860437886 ）

    　More details

  • マテリアルズ・インフォマティクスによる材料開発と活用集

    技術情報協会

    技術情報協会  2019.1 

    　More details

    Responsible for pages：総ページ数：463p   Language：Japanese  

Presentations

  • 固体とタンパク質の出会いを計算する Invited

    加藤幸一郎, 畑田峻, 奥脇弘次, 福澤薫, 望月祐志

    第80回応用物理学会秋季学術講演会　固体表面とバイオ表面の共生：サイバー空間と生体の対話に向けて  2019.9 

    　More details

    Event date： 2020.7

    Language：Japanese   Presentation type：Symposium, workshop panel (public)  

    Venue：北海道大学   Country：Japan  

  • Fragment molecular orbital based interaction analyses for peptides - solid surface systems Invited International conference

    Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

    The Second International Workshop by the 174th Committee JSPS on Symbiosis of Biology and Nanodevices (2nd IWSBN2019)  2019.1 

    　More details

    Event date： 2020.7

    Language：English   Presentation type：Oral presentation (general)  

    Country：Japan  

  • FMOデータを用いた機械学習力場の構築に向けて Invited

    加藤幸一郎, 増田 友秀, 渡邉 千鶴

    日本薬学会 第139年会 FMOデータベース公開記念シンポジウム  2019.3 

    　More details

    Event date： 2020.7

    Language：Japanese   Presentation type：Symposium, workshop panel (public)  

    Country：Japan  

  • トポロジカルデータ解析によるグラフェン表面における水の構造解析 Invited

    加藤幸一郎, 前川侑毅, 渡辺尚貴, 笹岡健二, 山本貴博

    日本表面真空学会 2019年度 関東支部学術講演大会  2019.4 

    　More details

    Event date： 2020.7

    Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (general)  

    Country：Japan  

  • 機械学習を用いた高精度分子力場の構築に向けて Invited

    加藤幸一郎

    第408回CBI学会講演会「分子シミュレーション技術の新たなる展望 ～AI活用、高精度力場、データ駆動型シミュレーション～ 」  2019.7 

    　More details

    Event date： 2020.7

    Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (general)  

    Venue：東京工業大学キャンパスイノベーションセンター   Country：Japan  

  • Toward Functional Polymer Informatics via Coarse-Grained Simulation and Data Science Invited

    Koichiro Kato, Yukito Higashi, Phua Yin Kan, Tsuyohiko Fujigaya

    The 13th SPSJ International Polymer Conference (IPC 2023)  2023.7 

    　More details

    Event date： 2023.7

    Language：Others  

    Country：Other  

  • Toward Functional Polymer Informatics via Coarse-Grained Simulation and Data Science Invited

    Koichiro Kato, Yukito Higashi, Phua Yin Kan, Tsuyohiko Fujigaya

    The 13th SPSJ International Polymer Conference (IPC 2023)  2023.7 

    　More details

    Event date： 2023.7

    Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

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  • 燃料電池用電解質膜を舞台にした 機能性ポリマーインフォマティクスの開拓 Invited

    加藤幸一郎

    23-1水素・燃料電池材料研究会  2023.6 

    　More details

    Event date： 2023.6

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 燃料電池用電解質膜を舞台にした 機能性ポリマーインフォマティクスの開拓 Invited

    加藤幸一郎

    23-1水素・燃料電池材料研究会  2023.6 

    　More details

    Event date： 2023.6

    Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

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  • 燃料電池用電解質膜へのマテリアルズインフォマティ クス適用に向けて Invited

    加藤幸一郎, 東悠貴人, Phua Yin Ka, 藤ヶ谷剛彦

    第71回高分子討論会  2022.9 

    　More details

    Event date： 2022.9

    Language：Others  

    Country：Other  

  • Toward Application of Materials Informatics to Polymer Electrolyte Membranes for Fuel Cells Invited

    Koichiro KATO, Yukito HIGASHI, Yin Kan PHUA, Tsuyohiko FUJIGAYA

    71st Symposium on Macromolecules  2022.9 

    　More details

    Event date： 2022.9

    Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

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  • FMOデータを用いた機械学習力場の構築に向けて Invited

    加藤 幸一郎

    日本コンピュータ化学会 20 周年記念シンポジウム  2022.6 

    　More details

    Event date： 2022.6

    Language：Japanese  

    Country：Other  

  • FMOデータを用いた機械学習力場の構築に向けて Invited

    加藤 幸一郎

    日本コンピュータ化学会 20 周年記念シンポジウム  2022.6 

    　More details

    Event date： 2022.6

    Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

    researchmap

  • [第43回優秀論文賞受賞記念講演] データ科学で紐解くグラフェン表面における水のミクロ構造 Invited

    加藤 幸一郎, 前川 侑毅, 渡辺 尚貴, 笹岡 健二, 山本 貴博

    2022年第69回応用物理学会春季学術講演会  2022.3 

    　More details

    Event date： 2022.3

    Language：Others  

    Country：Other  

  • [第43回優秀論文賞受賞記念講演] データ科学で紐解くグラフェン表面における水のミクロ構造 Invited

    加藤 幸一郎, 前川 侑毅, 渡辺 尚貴, 笹岡 健二, 山本 貴博

    2022年第69回応用物理学会春季学術講演会  2022.3 

    　More details

    Event date： 2022.3

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  • データ駆動型の材料開発・分子設計 Invited

    加藤幸一郎

    第41回キャピラリー電気泳動シンポジウム  2021.12 

    　More details

    Event date： 2021.12

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 高分子材料に適用可能なデータサイエンス -創薬や界面での活用事例- Invited

    加藤幸一郎

    高分子学会九州支部若手研究者創発フォーラム  2020.11 

    　More details

    Event date： 2020.11

    Language：Others  

    Country：Other  

  • カイラルナノチューブにおける幾何構造・電子構造の研究 Invited

    加藤幸一郎, 是常隆, 斎藤晋

    CROSSroads of Users and J-PARC第3回研究会「カイラル磁性体－起源と機能－」  2012.12 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • FMO法を用いたアパタイト結晶表面とペプチドの相互作用解析 Invited

    加藤幸一郎, 福澤薫, 望月祐志

    第76回応用物理学会秋季学術講演会  2015.9 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • シミュレーションによる無機・有機界面へのアプローチ Invited

    加藤幸一郎

    応用物理学会 有機分子・バイオエレクトロニクス分科会 6月研究会  2016.6 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • ABINIT-MPプログラムの整備状況、先導的な応用事例、解析の自動化の紹介 Invited

    望月祐志, 加藤幸一郎

    第3回材料系ワークショップ ～計算物質科学を拓く第一原理計算とその機能モジュール～  2017.2 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • Modeling of Nano-Bio Interfaces Based on Atomic Scale Simulations Invited

    Koichiro Kato

    AMEC International Symposium on Medical and Health Technology  2017.9 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 機械学習を用いた高精度分子力場の構築に向けて Invited

    加藤幸一郎, 増田友秀

    CBI学会2018年大会  2018.10 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 機械学習を用いた高精度分子力場の構築に向けて Invited

    加藤幸一郎

    第408回CBI学会講演会「分子シミュレーション技術の新たなる展望 ～AI活用、高精度力場、データ駆動型シミュレーション～ 」  2019.7 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • データ駆動の材料開発 Invited

    加藤幸一郎

    第４回FC-Cubicオープンシンポジウム  2021.4 

    　More details

    Language：Japanese  

    Country：Other  

  • データ科学と第一原理計算の融合によるヘテロ積層型２.５次元材料のデザイン指針探索 Invited

    加藤幸一郎

    学術変革領域研究(A)「２.５次元物質科学」 第１回公開シンポジウム  2023.8 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 機能性ポリマーインフォマティクスに向けた記述子開発 Invited

    加藤 幸一郎, ポア インカン, 東 悠貴人, 藤ヶ谷 剛彦

    第72回高分子討論会  2023.9 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 機能性ポリマーインフォマティクスの実現に向けて Invited

    加藤幸一郎

    九州大学マス・フォア・インダストリ研究所 統計数学×情報×物質セミナー  2023.10 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 【若手奨励賞受賞記念講演】FMO データを用いた機械学習モデルの開発 Invited

    加藤幸一郎

    CBI学会2023年大会  2023.10 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 機能性高分子インフォマティクスの実現に向けて Invited

    加藤 幸一郎

    令和5年度触媒学会コンピュータの利用研究会セミナー  2023.11 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 分子シミュレーションとデータ科学の融合による巨大分子系への挑戦 Invited

    加藤 幸一郎

    JSOL-CAEフォーラム2023  2023.11 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • Development of functional polymer informatics for electrolyte membrane materials of fuel cells Invited

    Koichiro Kato

    2024.2 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 粗視化シミュレーションと データ科学手法による CO2分離膜材料の解析 Invited

    加藤 幸一郎

    2023年度 スーパーコンピュータ「富岳」成果創出加速プログラムDDCoMS 公開シンポジウム  2024.3 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • MD-FMO法によるタンパク質－リガンド間動的相互作用解析 Invited

    加藤 幸一郎

    2023年度中性子構造生物学研究会  2024.3 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • Efficient Search for Stacking Patterns in van der Waals Heterostructures Using Bayesian Optimization Invited

    Koichiro Kato

    The 66th Fullerenes-Nanotubes-Graphene General Symposium  2024.3 

    　More details

    Language：Others  

    Country：Other  

  • 粗視化シミュレーションと データ科学手法による CO2分離膜材料の解析 Invited

    加藤 幸一郎

    2023年度 スーパーコンピュータ「富岳」成果創出加速プログラムDDCoMS 公開シンポジウム  2024.3 

    　More details

  • 機能性高分子インフォマティクスの実現に向けて Invited

    加藤 幸一郎

    令和5年度触媒学会コンピュータの利用研究会セミナー  2023.11 

    　More details

  • 機能性ポリマーインフォマティクスの実現に向けて Invited

    加藤幸一郎

    九州大学マス・フォア・インダストリ研究所 統計数学×情報×物質セミナー  2023.10 

    　More details

  • 機能性ポリマーインフォマティクスに向けた記述子開発 Invited

    加藤 幸一郎, ポア インカン, 東 悠貴人, 藤ヶ谷 剛彦

    第72回高分子討論会  2023.9 

    　More details

  • 日本人高齢者における咬合状態とアルツハイマー病発症との関連　大規模コホート研究の結果(LIFE Study)

    宮野 貴士, 金子 諒右, 穴田 貴久, 鮎川 保則, 加藤 幸一郎, 福田 治久

    Journal of Epidemiology  2023.2  (一社)日本疫学会

    　More details

    Language：Japanese  

  • 多孔質炭素材料の細孔構造がインドールの選択的吸着に与える影響

    赤峰 麻衣, 田中 直樹, 加藤 幸一郎, 藤ヶ谷 剛彦

    日本分析化学会講演要旨集  2022.9  (公社)日本分析化学会

    　More details

    Language：Japanese  

  • 地域在住高齢者における現在歯数および食習慣フレイルとの関連についての横断研究

    宮野 貴士, 金子 諒右, 加藤 幸一郎, 岸村 顕広, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    Journal of Epidemiology  2022.1  (一社)日本疫学会

    　More details

    Language：Japanese  

  • 分子シミュレーションとデータ科学の融合による巨大分子系への挑戦 Invited

    加藤 幸一郎

    JSOL-CAEフォーラム2023  2023.11 

    　More details

  • データ科学と第一原理計算の融合によるヘテロ積層型２.５次元材料のデザイン指針探索 Invited

    加藤幸一郎

    学術変革領域研究(A)「２.５次元物質科学」 第１回公開シンポジウム  2023.8 

    　More details

  • 【若手奨励賞受賞記念講演】FMO データを用いた機械学習モデルの開発 Invited

    加藤幸一郎

    CBI学会2023年大会  2023.10 

    　More details

  • MD-FMO法によるタンパク質－リガンド間動的相互作用解析 Invited

    加藤 幸一郎

    2023年度中性子構造生物学研究会  2024.3 

    　More details

  • eIF4A阻害剤のRNA配列特異性に対する動的FMO解析

    半田 佑磨, 川嶋 裕介, 古石 誉之, 米持 悦生, 伊藤 拓宏, 斉藤 大寛, 岩崎 信太朗, 加藤 幸一郎, 渡邉 千鶴, 本間 光貴, 福澤 薫

    日本薬学会年会要旨集  2022.3  (公社)日本薬学会

    　More details

    Language：Japanese  

  • Efficient Search for Stacking Patterns in van der Waals Heterostructures Using Bayesian Optimization Invited

    Koichiro Kato

    The 66th Fullerenes-Nanotubes-Graphene General Symposium  2024.3 

    　More details

  • Development of functional polymer informatics for electrolyte membrane materials of fuel cells Invited

    Koichiro Kato

    I²CNER Thrust Workshop ～Advanced Energy Conversion Systems Thrust～  2024.2 

    　More details

  • 20歯未満の地域在住高齢者において低栄養と関連する因子を探索する横断研究

    金子 諒右, 宮野 貴士, 岸村 顕広, 加藤 幸一郎, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    Journal of Epidemiology  2022.1  (一社)日本疫学会

    　More details

    Language：Japanese  

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MISC

  • 【あなたのラボから薬を生み出す　アカデミア創薬の実践　All JAPAN体制の先端技術支援を利用した創薬の最前線】(第2章)創薬標的タンパク質の構造解析と分子設計の革新的進歩　AIとFMO法を融合した医薬品設計と分子間相互作用解析

    本間 光貴, 福澤 薫, 加藤 幸一郎

    実験医学   42 ( 2 )   273 - 279   2024.2   （ ISSN:0288-5514 ）

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    Language：Japanese   Publisher：(株)羊土社  

    近年,創薬情報のビッグデータ化,計算機の高速化,分子設計のための計算理論の高度化により,創薬研究の現場におけるin silico創薬の実用性が高まりつつある.2010年代までは,一部のターゲットでの貢献に留まっていたが,より多くの種類の難易度の高いターゲットへ適用できるようになり,創薬後期のリード最適化段階まで有用な設計を提案できるようになった.本稿では,人工知能(AI)および量子化学にもとづく分子シミュレーションを活用した医薬品設計と分子間相互作用解析の近年の進捗を紹介する.(著者抄録)

  • Molecular dynamics and quantum chemical calculations for the RNA sequence specificity of eIF4A inhibitors

    半田佑磨, 半田佑磨, 斉藤大寛, 斉藤大寛, 奥脇弘次, 古石誉之, 米持悦生, 加藤幸一郎, 渡邉千鶴, 本間光貴, 伊藤拓宏, 岩崎信太郎, 岩崎信太郎, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)   144th   2024   （ ISSN:0918-9823 ）

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  • フラグメント分子軌道計算による構造解析

    福澤 薫, 渡邉 千鶴, @加藤 幸一郎

    日本結晶学会誌   2023.2

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    Language：Japanese   Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)  

    DOI： https://doi.org/10.5940/jcrsj.65.17

  • eIF4A阻害剤のRNA配列特異性に対する動的FMO解析

    半田 佑磨, 川嶋 裕介, 古石 誉之, 米持 悦生, 伊藤 拓宏, 斉藤 大寛, 岩崎 信太朗, 加藤 幸一郎, 渡邉 千鶴, 本間 光貴, 福澤 薫

    日本薬学会年会要旨集   2022.3

    　More details

    Language：Japanese  

  • Dynamical FMO analysis for RNA sequence specificity of eIF4A-inhibitor complex

    半田佑磨, 川嶋裕介, 古石誉之, 米持悦生, 伊藤拓宏, 斉藤大寛, 斉藤大寛, 岩崎信太朗, 岩崎信太朗, 加藤幸一郎, 渡邉千鶴, 本間光貴, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)   142年会   27C - am11S   2022.3   （ ISSN:0918-9823 ）

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    Language：Japanese  

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  • 地域在住高齢者における現在歯数および食習慣フレイルとの関連についての横断研究

    宮野 貴士, 金子 諒右, 加藤 幸一郎, 岸村 顕広, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    2022.1

    　More details

    Language：Japanese  

  • 20歯未満の地域在住高齢者において低栄養と関連する因子を探索する横断研究

    金子 諒右, 宮野 貴士, 岸村 顕広, 加藤 幸一郎, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    2022.1

    　More details

    Language：Japanese  

  • 20歯未満の地域在住高齢者において低栄養と関連する因子を探索する横断研究

    金子 諒右, 宮野 貴士, 岸村 顕広, 加藤 幸一郎, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    2022.1

    　More details

    Language：Japanese  

  • 地域在住高齢者における現在歯数および食習慣フレイルとの関連についての横断研究

    宮野 貴士, 金子 諒右, 加藤 幸一郎, 岸村 顕広, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    2022.1

    　More details

    Language：Japanese  

  • 20歯未満の地域在住高齢者において低栄養と関連する因子を探索する横断研究

    金子 諒右, 宮野 貴士, 岸村 顕広, 加藤 幸一郎, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    Journal of Epidemiology   32 ( Suppl.1 )   150 - 150   2022.1   （ ISSN:0917-5040 eISSN:1349-9092 ）

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    Language：Japanese   Publisher：(一社)日本疫学会  

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  • 20歯未満の地域在住高齢者において低栄養と関連する因子を探索する横断研究

    金子 諒右, 宮野 貴士, 岸村 顕広, 加藤 幸一郎, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    Journal of Epidemiology   32 ( Suppl.1 )   150 - 150   2022.1   （ ISSN:0917-5040 eISSN:1349-9092 ）

    　More details

    Language：Japanese   Publisher：(一社)日本疫学会  

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  • 地域在住高齢者における現在歯数および食習慣フレイルとの関連についての横断研究

    宮野 貴士, 金子 諒右, 加藤 幸一郎, 岸村 顕広, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    Journal of Epidemiology   32 ( Suppl.1 )   150 - 150   2022.1   （ ISSN:0917-5040 eISSN:1349-9092 ）

    　More details

    Language：Japanese   Publisher：(一社)日本疫学会  

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  • 地域在住高齢者における現在歯数および食習慣フレイルとの関連についての横断研究

    宮野 貴士, 金子 諒右, 加藤 幸一郎, 岸村 顕広, 片山 佳樹, 古田 美智子, 木村 年秀, 丸岡 三紗, 竹内 研時, 須磨 紫乃, 岡田 寿朗, 豊嶋 健治, 山下 喜久

    Journal of Epidemiology   32 ( Suppl.1 )   150 - 150   2022.1   （ ISSN:0917-5040 eISSN:1349-9092 ）

    　More details

    Language：Japanese   Publisher：(一社)日本疫学会  

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  • Electron doping of single-walled carbon nanotubes starting from diborane compounds

    田中直樹, 田中直樹, 浜砂碧, 加藤幸一郎, 加藤幸一郎, 加藤幸一郎, 藤ヶ谷剛彦, 藤ヶ谷剛彦, 藤ヶ谷剛彦

    日本化学会春季年会講演予稿集(Web)   102nd   2022

    　More details

  • Microscopic Structure of Water on Graphene Surface Revealed by Data Science

    応用物理学会春季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)   69th   2022   （ ISSN:2436-7613 ）

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  • 材料設計における原子・分子スケールシミュレーションの利用動向 (材料科学からのイノベーション)

    谷村 直樹, 加藤 幸一郎

    みずほ情報総研技報 = Technical report of Mizuho Information & Research Institute, Inc   2018.5

    　More details

    Language：Japanese  

  • 材料設計分野におけるシミュレーション解析の利用動向

    谷村 直樹, 加藤 幸一郎

    ファインケミカル : 調査・資料・報道・抄録   2017.2

    　More details

    Language：Japanese  

  • 生体親和材料とその表面を特異的に認識するペプチドの相互作用解析 (特集 多様化するニーズに貢献するシミュレーション技術)

    加藤 幸一郎, 福澤 薫, 望月 祐志

    みずほ情報総研技報 = Technical report of Mizuho Information & Research Institute, Inc   2016.9

    　More details

    Language：Japanese  

  • 材料物性解析システム (特集 多様化するニーズに貢献するシミュレーション技術)

    谷村 直樹, 加藤 幸一郎, 渡辺 尚貴

    みずほ情報総研技報 = Technical report of Mizuho Information & Research Institute, Inc   2016.9

    　More details

    Language：Japanese  

  • バイオ分子相互作用シミュレータMIZUHO/BioStation 3.0 : 相互作用エネルギーの詳細解析機能PIEDAの導入

    塚本 貴志, 加藤 幸一郎, 加藤 昭史

    みずほ情報総研技報 = Technical report of Mizuho Information & Research Institute, Inc   2014.3

    　More details

    Language：Japanese  

  • 基板上グラフェンの構造・電子状態・伝導特性の第一原理計算

    加藤 幸一郎, 塚本 貴志, 谷村 直樹

    みずほ情報総研技報 = Technical report of Mizuho Information & Research Institute, Inc   2014.3

    　More details

    Language：Japanese  

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Professional Memberships

  • 日本化学会

    2022.4 - Present

    　 More details

  • 高分子学会

    2022.4 - Present

    　 More details

  • 応用物理学会 有機分子＆バイオエレクトロニクス分科会

    2016.1 - Present

    　 More details

  • 応用物理学会

    2014.1 - Present

    　 More details

  • CBI学会（情報計算化学生物学会）

    2012.4 - Present

    　 More details

  • 応用物理学会 有機分子＆バイオエレクトロニクス分科会

  • 応用物理学会

  • CBI学会（情報計算化学生物学会）

  • フラーレン・ナノチューブ・グラフェン学会

  • 日本物理学会

  • 日本化学会

  • 高分子学会

  • 日本薬学会

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Committee Memberships

  • CBI学会   CBIジャーナル編集委員  

    2024.4 - Present   

    　 More details

    Committee type：Academic society

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  • CBI学会   評議員  

    2024.4 - Present   

    　 More details

    Committee type：Academic society

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  • 九州大学情報基盤研究開発センター   全国共同利用運営委員会委員  

    2024.4 - Present   

    　 More details

    Committee type：Other

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  • 文部科学省マテリアルリサーチインフラ事業   共用推進委員会 データ基盤WG 副WG長  

    2024.3 - Present   

    　 More details

    Committee type：Other

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  • 日本薬学会 構造活性相関部会   構造活性フォーラム2024 実行委員長  

    2023.12 - 2024.6   

    　 More details

    Committee type：Academic society

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  • CBI学会   CBI学会2024年大会 プログラム委員  

    2023.11 - 2024.10   

    　 More details

  • CBI学会   CBI学会2024年大会 実行委員  

    2023.11 - 2024.10   

    　 More details

    Committee type：Academic society

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  • 文部科学省マテリアルリサーチインフラ事業   データ連携基盤委員会 委員長  

    2023.4 - 2024.3   

    　 More details

    Committee type：Other

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  • フラーレン・ナノチューブ・グラフェン学会   第65回 フラーレン・ナノチューブ・グラフェン総合シンポジウム 実行委員  

    2023.4 - 2023.9   

    　 More details

    Committee type：Academic society

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  • CBI学会   CBI 学会 2023 年大会実行委員  

    2022.9 - 2023.10   

    　 More details

  • CBI学会   CBI 学会 2023年大会プログラム委員  

    2022.9 - 2023.10   

    　 More details

  • Organizer   Domestic

    2022.6 - Present   

  • FMO研究会（CBI学会）   幹事  

    2022.6 - Present   

    　 More details

  • 高分子学会   第71回高分子討論会 特定テーマ セッションオーガナイザー  

    2022.5 - 2022.9   

    　 More details

    Committee type：Academic society

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  • FMO創薬コンソーシアム   世話人   Domestic

    2022.4 - Present   

  • FMO創薬コンソーシアム   世話人  

    2022.4 - Present   

    　 More details

  • 文部科学省マテリアルリサーチインフラ事業   データ連携基盤委員会 委員  

    2022.4 - 2023.3   

    　 More details

    Committee type：Other

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  • Organizer   Domestic

    2021.10 - Present   

  • 日本薬学会 構造活性相関部会   幹事  

    2021.10 - Present   

    　 More details

  • CBI学会   CBI 学会 2022 年大会実行委員  

    2021.9 - 2022.10   

    　 More details

  • CBI学会   CBI 学会 2022年大会プログラム委員  

    2021.9 - 2022.10   

    　 More details

  • CBI学会 若手の会   発起人   Domestic

    2018.10 - Present   

  • CBI学会   若手の会 発起人  

    2018.10 - Present   

    　 More details

    Committee type：Academic society

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  • Organizer   Domestic

    2016.4 - 2018.3   

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Academic Activities

  • プログラム委員

    CBI学会2024年大会  （ タワーホール船堀 ） 2024.10

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • 実行委員

    CBI学会2024年大会  （ タワーホール船堀 ） 2024.10

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • Chem-Bio Informatics Journal International contribution

    2024.4 - Present

    　More details

    Type：Academic society, research group, etc. 

  • マテリアル先端リサーチインフラ事業　共用推進委員会　データ基盤WG / 副WG長

    Role(s)： Review, evaluation

    2024.4 - 2025.3

    　More details

    Type：Scientific advice/Review 

  • プログラム委員

    CBI学会2023年大会  （ タワーホール船堀 ） 2023.10

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • 実行委員

    CBI学会2023年大会  （ タワーホール船堀 ） 2023.10

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • 実行委員

    第65回 フラーレン・ナノチューブ・グラフェン総合シンポジウム  （ 九州大学　西新プラザ ） 2023.9

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • 実行委員

    日本薬学会　構造活性フォーラム2023  （ オンライン ） 2023.8

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • マテリアル先端リサーチインフラ事業　データ連携基盤委員会 / 委員長

    Role(s)： Review, evaluation

    2023.4 - 2024.3

    　More details

    Type：Scientific advice/Review 

  • プログラム委員

    CBI学会2022年大会  （ タワーホール船堀 ） 2022.10

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • 実行委員

    CBI学会2022年大会  （ タワーホール船堀 ） 2022.10

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • 特定テーマ セッションオーガナイザー

    第71回高分子討論会  （ 北海道大学 ） 2022.9

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • マテリアル先端リサーチインフラ事業　データ連携基盤委員会 / 委員

    Role(s)： Review, evaluation

    2022.4 - 2023.3

    　More details

    Type：Scientific advice/Review 

  • プログラム委員

    CBI学会2021年大会  （ オンライン ） 2021.10

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

  • プログラム委員

    CBI学会2020年大会  （ オンライン ） 2020.10

    　More details

    Type：Competition, symposium, etc. 

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Research Projects

  • 高速QM/MM自由エネルギー計算法の開発と新規蛍光プローブの分子設計

    Grant number：24K01446  2024.4 - 2027.3

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    八木 清, 加藤 幸一郎, 花岡 健二郎

    　 More details

    Grant type：Scientific research funding

    本課題では、計算化学により蛍光プローブ・蛋白質の相互作用と光化学過程を解明し、さらに、有機合成化学・情報科学と連携することで新規蛍光プローブを開発する。蛍光プローブは細胞イメージングを用いた生命科学研究に必要不可欠である。特に、特定の蛋白質を選択的に蛍光標識する蛍光プローブは極めて重要である。そのため、量子化学(QM)と分子力場(MM)を組み合わせたQM/MM計算に基づく高速自由エネルギー計算法を開発する。これを蛍光プローブ・蛋白質結合体へ応用し、標的とする蛋白質を認識・結合した時にのみ光る新規蛍光プローブを設計する。

    CiNii Research

  • データ駆動型2.5次元物質モアレ超格子の探索と物性支配因子の抽出

    Grant number：24H01198  2024 - 2025

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    加藤 幸一郎

    　 More details

    Authorship：Principal investigator  Grant type：Scientific research funding

    本研究では、モアレ超格子の基礎理論 (特に有効連続体理論) に着目し、①第一原理計算・多目的最適化を連動させることで、これまで検討されてこなかった2.5次元物質を対象とした新たなモアレ超格子の探索を進め、②探索段階で蓄積したデータを用いた説明可能AIによってモアレ超格子の物性支配因子の抽出を目指す。本研究では“積層位置の微小ずらしによるエネルギーや電子状態の変調”に着目したデータ駆動型研究により新奇2.5次元物質モアレ超格子の探索と物性支配因子の抽出を実現する。

    CiNii Research

  • Establishment of polymer informatics incorporating polymer-specific hierarchy and search for new electrolytes

    Grant number：23K26720  2023.4 - 2026.3

    Grants-in-Aid for Scientific Research  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    　 More details

    Grant type：Scientific research funding

    CiNii Research

  • 高分子特有の階層性を組み込んだポリマーインフォマティクスの確立と新規電解質探索

    Grant number：23H02027  2023 - 2025

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    　 More details

    Authorship：Principal investigator  Grant type：Scientific research funding

  • AIとFMO法を融合したインシリコスクリーニングと分子間相互作用解析支援

    2022 - 2026

    国立研究開発法人日本医療研究開発機構　生命科学・創薬研究支援基盤事業

    　 More details

    Authorship：Coinvestigator(s)  Grant type：Contract research

  • Exploring Design Guidelines for Hetero 2.5D Materials by Combining Data Science and First-Principles Calculations

    Grant number：22H05465  2022 - 2023

    Japan Society for the Promotion of Science・Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology  Grants-in-Aid for Scientific Research  Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

    　 More details

    Authorship：Principal investigator  Grant type：Scientific research funding

    CiNii Research

  • 免疫を標的とするヘルステックイノベーションエコシステム実現のためのデータインフラ構築

    2022 - 2023

    日本学術振興会  共創の場形成支援プログラム　産学連携拠点データ利活用促進費

    　 More details

    Authorship：Principal investigator  Grant type：Joint research

  • らせん対称性を用いた第一原理電子構造計算によるカーボンナノチューブの系統的研究

    2009 - 2011

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    　 More details

    Grant type：Scientific research funding

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Educational Activities

  • Research guidance for group members of Doctor, Master, and Undergraduate students

Class subject

  • 疫学データサイエンス特論

    2024.4 - 2025.3   Full year

  • 医療データサイエンス概論

    2024.4 - 2025.3   Full year

  • 情報処理概論

    2023.12 - 2024.2   Winter quarter

  • データサイエンス

    2023.12 - 2024.2   Winter quarter

  • 課題協学科目

    2023.10 - 2024.3   Second semester

  • 課題協学科目

    2023.10 - 2024.3   Second semester

  • 疫学データサイエンス特論

    2023.4 - 2024.3   Full year

  • 医療データサイエンス概論

    2023.4 - 2024.3   Full year

  • 情報処理概論

    2022.12 - 2023.2   Winter quarter

  • データサイエンス

    2022.12 - 2023.2   Winter quarter

  • 疫学データサイエンス特論

    2022.4 - 2023.3   Full year

  • 医療データサイエンス概論

    2022.4 - 2023.3   Full year

  • 疫学データサイエンス特論

    2021.4 - 2022.3   Full year

  • 医療データサイエンス概論

    2021.4 - 2022.3   Full year

  • 医療データサイエンス概論

    2020.4 - 2021.3   Full year

  • 疫学データサイエンス特論

    2020.4 - 2021.3   Full year

  • 疫学データサイエンス特論

    2024.4 - 2025.3   Full year

  • 医療データサイエンス概論

    2024.4 - 2025.3   Full year

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FD Participation

  • 2022.6   Role：Participation   Title：高校訪問事業（出前講義、入試説明）に関するFD

    Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]

  • 2021.9   Role：Participation   Title：JST 次世代研究者挑戦的研究プログラム 説明会

    Organizer：University-wide

  • 2021.4   Role：Participation   Title：オンライン授業実施の”いろは”

    Organizer：University-wide

  • 2021.3   Role：Participation   Title：FD講演会「九州大学オンライン授業のグッドプラクティス 〜 オンデマンド型授業編〜」

    Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]

  • 2021.3   Role：Participation   Title：学習支援システム（M2B）講習会（オンライン開催）◇初級編・中・上級編◇13:00～15:00

    Organizer：University-wide

  • 2021.2   Role：Participation   Title：FD講演会「ルーブリックを活用した評価と授業改善」

    Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]

  • 2021.1   Role：Participation   Title：令和２年度 第２回工学部ＦＤ（２日目） 総合型選抜の実施に向けて―面接の全般的な内容（注意事項、採点方法など）―

    Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]

  • 2020.12   Role：Participation   Title：電子教材著作権講習会

    Organizer：University-wide

  • 2020.12   Role：Participation   Title：令和２年度 第２回工学部ＦＤ（１日目） 総合型選抜の実施に向けて―面接の全般的な内容（注意事項、採点方法など）

    Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]

  • 2020.12   Role：Participation   Title：電子教材開発者向け講習会

    Organizer：University-wide

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Visiting, concurrent, or part-time lecturers at other universities, institutions, etc.

  • 2024  理化学研究所  Classification:Affiliate faculty  Domestic/International Classification:Japan 

  • 2024  東京理科大学  Classification:Affiliate faculty  Domestic/International Classification:Japan 

  • 2023  東京理科大学  Classification:Affiliate faculty  Domestic/International Classification:Japan 

  • 2023  理化学研究所  Classification:Affiliate faculty  Domestic/International Classification:Japan 

  • 2022  理化学研究所  Classification:Affiliate faculty  Domestic/International Classification:Japan 

  • 2022  東京理科大学  Classification:Affiliate faculty  Domestic/International Classification:Japan 

  • 2021  東京理科大学  Classification:Affiliate faculty  Domestic/International Classification:Japan 

  • 2021  理化学研究所  Classification:Affiliate faculty  Domestic/International Classification:Japan 

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Outline of Social Contribution and International Cooperation activities

  • Open campus for high school students and the general public
    Conducting laboratory tours for high school students

Social Activities

  • 令和４年度高校訪問事業（出前講義）

    山口県立下関西高等学校  2022.10

    　More details

    Audience： Infants,　Schoolchildren,　Junior students,　High school students

    Type：Seminar, workshop

  • 令和３年度高校訪問事業（出前講義）

    広島県立尾道北高等学校  2021.7

    　More details

    Audience： Infants,　Schoolchildren,　Junior students,　High school students

    Type：Seminar, workshop

  • ＜マテリアルズ・インフォマティクスへ向けた＞材料データベースの活用と構築

    Role(s)： Lecturer

    株式会社 技術情報協会  技術情報協会Liveセミナー  2021.2

    　More details

    Type：Seminar, workshop

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  • ＜マテリアルズ・インフォマティクスへ向けた＞材料データベースの活用と構築

    株式会社 技術情報協会  2021.2

    　More details

    Audience： General,　Scientific,　Company,　Civic organization,　Governmental agency

    Type：Seminar, workshop

  • マテリアルズ・インフォマティクスの動向と今後の展望

    株式会社 加工技術研究会  2020.12

    　More details

    Audience： General,　Scientific,　Company,　Civic organization,　Governmental agency

    Type：Seminar, workshop

  • マテリアルズ・インフォマティクスを活用した事例と高分子材料設計の展望

    株式会社 シーエムシー出版、株式会社 AndTech  2020.1

    　More details

    Audience： General,　Scientific,　Company,　Civic organization,　Governmental agency

    Type：Seminar, workshop

  • 高分子材料開発に向けたマテリアルズ・インフォマティクスの国内外の最新研究動向と事例

    株式会社 シーエムシー出版、株式会社 AndTech  2020.1

    　More details

    Audience： General,　Scientific,　Company,　Civic organization,　Governmental agency

    Type：Seminar, workshop

  • マテリアルズ・インフォマティクスを活用した事例と高分子材料設計の展望

    Role(s)： Lecturer

    株式会社 シーエムシー出版、株式会社 AndTech  シーエムシー出版・AndTech 共催セミナー 高分子材料開発に向けたマテリアルズ・インフォマティクスの国内外の最新研究動向と事例  2020.1

    　More details

    Type：Lecture

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  • マテリアルズ・インフォマティクスを活用した事例と材料設計の展望

    株式会社 技術情報協会  2018.12

    　More details

    Audience： General,　Scientific,　Company,　Civic organization,　Governmental agency

    Type：Seminar, workshop

  • マテリアルズ・インフォマティクスの展望と導入に向けたポイント

    株式会社 技術情報協会  2018.12

    　More details

    Audience： General,　Scientific,　Company,　Civic organization,　Governmental agency

    Type：Seminar, workshop

  • マテリアルズ・インフォマティクスを活用した事例と材料設計の展望

    Role(s)： Lecturer

    株式会社 技術情報協会  技術情報協会セミナー マテリアルズ・インフォマティクスの展望と導入に向けたポイント  2018.12

    　More details

    Type：Lecture

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  • マテリアルズ・インフォマティクスを活用した事例と高分子材料設計の展望

    株式会社 技術情報協会  2018.8

    　More details

    Audience： General,　Scientific,　Company,　Civic organization,　Governmental agency

    Type：Seminar, workshop

  • マテリアルズ・インフォマティクスを活用した材料設計の動向、応用事例

    株式会社 技術情報協会  2018.8

    　More details

    Audience： General,　Scientific,　Company,　Civic organization,　Governmental agency

    Type：Seminar, workshop

  • マテリアルズ・インフォマティクスを活用した事例と高分子材料設計の展望

    Role(s)： Lecturer

    株式会社 技術情報協会  技術情報協会セミナー マテリアルズ・インフォマティクスを活用した材料設計の動向、応用事例  2018.8

    　More details

    Type：Lecture

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