研究者詳細 - 平川英樹

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ヒラカワ　ヒデキ

平川英樹

HIRAKAWA HIDEKI

所属

農学研究院生命機能科学部門教授
システム生命科学府システム生命科学専攻（併任）
農学部生物資源環境学科（併任）
生物資源環境科学府資源生物科学専攻（併任）
生物資源環境科学府生命機能科学専攻（併任）

論文

Genomic variation across distribution of Micro-Tom, a model cultivar of tomato (Solanum lycopersicum)

Nagasaki, H; Shirasawa, K; Hoshikawa, K; Isobe, S; Ezura, H; Aoki, K; Hirakawa, H

DNA RESEARCH 31 ( 5 ) 2024年10月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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DOI： 10.1093/dnares/dsae016

Web of Science

PubMed
キヌアの1B染色体に新規発見された赤色色素合成関連遺伝子座

久篠沙耶子, 西村和紗, 水野信之, 上野まりこ, 竹内直子, 中野龍平, 岩橋優, 小林安文, 藤田泰成, 白澤健太, 平川英樹, 安井康夫, 桂圭佑

日本作物学会講演会要旨集 258 ( 0 ) 18 - 18 2024年9月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本作物学会

DOI： 10.14829/jcsproc.258.0_18

CiNii Research
Genome information and its industrial applications for plants

Hirakawa H., Hasegawa M., Yokotani N., Isobe S.

Acta Horticulturae 3 ( 1404 ) 5 - 18 2024年9月（ ISSN:05677572 ）

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出版者・発行元：Acta Horticulturae

With current advances in sequencing technologies, genome sequences of various kinds of plant species have been determined at the chromosome scale. Accordingly, genome information, such as genome and gene sequences as well as gene functions, has accumulated. Currently, we have determined the genome sequences of more than 30 plant species by using next generation sequencing technologies. Besides, we have joined to the database project in 2nd period (2018-2022) of the Cross-Ministerial Strategic Innovation Promotion Program (SIP) aimed to apply the genome information to industrial fields. In the project, we have generated a data set Gene Curation DS to curate crucial information related to the following gene functions of plant species. 1) Functionally important genes described in the literature were curated according to their correspondence between the gene names appearing in the literature and gene IDs defined in genome sequences (112 species); 2) resistance gene analogs (RGAs), which are considered potential resistance genes (R-genes) against pathogens by producing R proteins, were searched for in genome sequences (134 species); 3) genes included in patent applications registered in the DNA Data Bank of Japan (DDBJ) were searched for in genome sequences (152 species); 4) gene functions were predicted by similarity searches against UniProtKB (the UniProt knowledgebase, which provides a comprehensive, high-quality, and freely accessible resource for protein sequences and functional information), Araport (a complete annotation of Arabidopsis thaliana), and EggNOG (a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource) (188 species); 5) orthologous groups of genes among 136 plant species were explored. Gene Curation DS has been released at http://fgi.kazusa.or.jp/gcds. We expect this data set to provide useful information for both fundamental research and industrial applications such as molecular breeding, including genome editing.

DOI： 10.17660/ActaHortic.2024.1404.2

Scopus
Chromosome-level genome assemblies for two quinoa inbred lines from northern and southern highlands of Altiplano where quinoa originated

Kobayashi, Y; Hirakawa, H; Shirasawa, K; Nishimura, K; Fujii, K; Oros, R; Almanza, GR; Nagatoshi, Y; Yasui, Y; Fujita, Y

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 15 1434388 2024年8月（ ISSN:1664-462X ）

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記述言語：英語出版者・発行元：Frontiers in Plant Science

Quinoa is emerging as a key seed crop for global food security due to its ability to grow in marginal environments and its excellent nutritional properties. Because quinoa is partially allogamous, we have developed quinoa inbred lines necessary for molecular genetic analysis. Our comprehensive genomic analysis showed that the quinoa inbred lines fall into three genetic subpopulations: northern highland, southern highland, and lowland. Lowland and highland quinoa are the same species, but have very different genotypes and phenotypes. Lowland quinoa has relatively small grains and a darker grain color, and is widely tested and grown around the world. In contrast, the white, large-grained highland quinoa is grown in the Andean highlands, including the region where quinoa originated, and is exported worldwide as high-quality quinoa. Recently, we have shown that viral vectors can be used to regulate endogenous genes in quinoa, paving the way for functional genomics to reveal the diversity of quinoa. However, although a high-quality assembly has recently been reported for a lowland quinoa line, genomic resources of the quality required for functional genomics are not available for highland quinoa lines. Here we present high-quality chromosome-level genome assemblies for two highland inbred quinoa lines, J075 representing the northern highland line and J100 representing the southern highland line, using PacBio HiFi sequencing and dpMIG-seq. In addition, we demonstrate the importance of verifying and correcting reference-based scaffold assembly with other approaches such as linkage maps. The assembled genome sizes of J075 and J100 are 1.29 and 1.32 Gb, with contigs N50 of 66.3 and 12.6 Mb, and scaffold N50 of 71.2 and 70.6 Mb, respectively, comprising 18 pseudochromosomes. The repetitive sequences of J075 and J100 represent 72.6% and 71.5% of the genome, the majority of which are long terminal repeats, representing 44.0% and 42.7% of the genome, respectively. The de novo assembled genomes of J075 and J100 were predicted to contain 65,303 and 64,945 protein-coding genes, respectively. The high quality genomes of these highland quinoa lines will facilitate quinoa functional genomics research on quinoa and contribute to the identification of key genes involved in environmental adaptation and quinoa domestication.

DOI： 10.3389/fpls.2024.1434388

Web of Science

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PubMed
QTL analysis of femaleness in monoecious spinach and fine mapping of a major QTL using an updated version of chromosome-scale pseudomolecules

Yamano K., Haseda A., Iwabuchi K., Osabe T., Sudo Y., Pachakkil B., Tanaka K., Suzuki Y., Toyoda A., Hirakawa H., Onodera Y.

PLoS ONE 19 ( 2 February ) e0296675 2024年2月

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記述言語：英語出版者・発行元：PLoS ONE

Although spinach is predominantly dioecious, monoecious plants with varying proportions of female and male flowers are also present. Recently, monoecious inbred lines with highly female and male conditions have been preferentially used as parents for F1-hybrids, rather than dioecious lines. Accordingly, identifying the loci for monoecism is an important issue for spinach breeding. We here used long-read sequencing and Hi-C technology to construct SOL_r2.0_pseudomolecule, a set of six pseudomolecules of spinach chromosomes (total length: 879.2 Mb; BUSCO complete 97.0%) that are longer and more genetically complete than our previous version of pseudomolecules (688.0 Mb; 81.5%). Three QTLs, qFem2.1, qFem3.1, and qFem6.1, responsible for monoecism were mapped to SOL_r2.0_pseudomolecule. qFem3.1 had the highest LOD score and corresponded to the M locus, which was previously identified as a determinant of monoecious expression, by genetic analysis of progeny from female and monoecious plants. The other QTLs were shown to modulate the ratio of female to male flowers in monoecious plants harboring a dominant allele of the M gene. Our findings will enable breeders to efficiently produce highly female- and male-monoecious parental lines for F1-hybrids by pyramiding the three QTLs. Through fine-mapping, we narrowed the candidate region for the M locus to a 19.5 kb interval containing three protein-coding genes and one long non-coding RNA gene. Among them, only RADIALIS-like-2a showed a higher expression in the reproductive organs, suggesting that it might play a role in reproductive organogenesis. However, there is no evidence that it is involved in the regulation of stamen and pistil initiation, which are directly related to the floral sex differentiation system in spinach. Given that auxin is involved in reproductive organ formation in many plant species, genes related to auxin transport/response, in addition to floral organ formation, were identified as candidates for regulators of floral sex-differentiation from qFem2.1 and qFem6.1.

DOI： 10.1371/journal.pone.0296675

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PubMed
Comprehensive expression analysis of ERF transcription factors during chilling acclimation in Saintpaulia

Kurata D., Fukutomi K., Kubo K., Shirasawa K., Hirakawa H., Hosokawa M.

Plant Growth Regulation 2024年（ ISSN:01676903 ）

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出版者・発行元：Plant Growth Regulation

Saintpaulia (Saintpaulia ionantha), a popular indoor ornamental potted plant, is native to the highlands of Kenya and Tanzania where temperatures rarely fall below 4 °C. Chilling injury during cultivation and transportation is a major commercial problem in Saintpaulia. In this study, we investigated chilling acclimation in Saintpaulia ‘Kilauea’. Plants grown at 20 °C (14 h light/10 h dark) displayed rapid and severe chilling injury after 24-h exposure to 4 °C. However, chilling injury at 4 °C could be dramatically reduced by pre-treating the plants at 10 °C but not at 6 °C. From whole genome analysis, 161 ethylene-responsive factors (ERFs) were identified and classified into 12 clades according to existing reports. Among these ERFs, 43, 8, and 4 ERFs were upregulated at 12, 24, and 48 h after 10 °C treatment, respectively. Most of these ERFs had GCC box and/or DRE/CRT core motifs-like sequences in their upstream regions. Finally, we compared the expression of ERFs between the treatments for 24 h at 10 °C, an effective temperature for chilling acclimation, and 6 °C, an ineffective temperature. The results showed that the expression of all six ERFs we investigated was increased by the 10 °C treatment, but not or only barely increased by the 6 °C treatment. This study suggests that Saintpaulia, a subtropical plant, can acclimate to low temperatures and that ERF upregulation is involved in chilling acclimation.

DOI： 10.1007/s10725-024-01181-7

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Haplotype-resolved de novo genome assemblies of four coniferous tree species

Shirasawa K., Mishima K., Hirakawa H., Hirao T., Tsubomura M., Nagano S., Iki T., Isobe S., Takahashi M.

Journal of Forest Research 29 ( 2 ) 151 - 157 2024年（ ISSN:13416979 ）

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出版者・発行元：Journal of Forest Research

Coniferous trees in gymnosperm are an important source of wood production. Because of their long lifecycle, the breeding programs of coniferous tree are time- and labor-consuming. Genomics could accelerate the selection of superior trees or clones in the breeding programs; however, the genomes of coniferous trees are generally giant in size and exhibit high heterozygosity. Therefore, the generation of long contiguous genome assemblies of coniferous species has been difficult. In this study, we employed high-fidelity (HiFi) long-read sequencing technology to sequence and assemble the genomes of four coniferous tree species, Larix kaempferi, Chamaecyparis obtusa, Cryptomeria japonica, and Cunninghamia lanceolata. Genome assemblies of the four species totaled 13.5 Gb (L. kaempferi), 8.5 Gb (C. obtusa), 9.2 Gb (C. japonica), and 11.7 Gb (C. lanceolata), which covered 99.6% of the estimated genome sizes on average. The contig N50 value, which indicates assembly contiguity, ranged from 1.2 Mb in C. obtusa to 16.0 Mb in L. kaempferi, and the assembled sequences contained, on average, 89.2% of the single-copy orthologs conserved in embryophytes. Assembled sequences representing alternative haplotypes covered 70.3–95.1% of the genomes, suggesting that the four coniferous tree genomes exhibit high heterozygosity levels. The genome sequence information obtained in this study represents a milestone in tree genetics and genomics, and will facilitate gene discovery, allele mining, phylogenetics, and evolutionary studies in coniferous trees, and accelerate forest tree breeding programs.

DOI： 10.1080/13416979.2023.2267304

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Pan genome of strawberry cultivars in Japan

Isobe S., Shirasawa K., Hirakawa H., Hamano M., Ryu K., Kurokura T.

Acta Horticulturae 1381 15 - 18 2023年11月（ ISSN:05677572 ）

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出版者・発行元：Acta Horticulturae

Strawberry (Fragaria × ananassa) is an octoploid species with an estimated genome size of about 800 Mb. The entire genomes of seven strawberry cultivars, ‘Donner’, ‘Hokowase’, ‘Aiberry’, ‘Toyonoka’, ‘Sachinoka’, ‘Reikou’ and ‘Nyoho’, were sequenced in order to clarify the differences in genome structures among the cultivars bred in Japan. Genome sequences were obtained using PacBio Sequel II with one SMRT cell for each cultivar. The total lengths of the generated HiFi reads ranged from 23.1 to 31.4 Gb, representing 29-37x of the strawberry genome. De novo assembly was performed using Hifiasm. Total lengths of assembled primary contigs ranged from 820 to 929 Mb with N50 lengths of 16.6-26.0 Mb. Meanwhile, sum lengths of primary and haplotig contigs ranged from 1,334.3 (‘Nyoho’) to 1,520.2 Mb (‘Aiberry’). Ratios of haplotig contigs against the total length of primary and haplotig contigs ranged from 37% (‘Hokowase’) to 46% (‘Aiberry’). The top 50 primary contig sequences in the length of ‘Reikou’ were compared with the previously reported haploid pseudomolecule sequences of ‘Reikou’ (FAN_r2.3, a-haploid). One-to-one correspondences were observed between many primary contig sequences and FAN_r2.3 sequences, indicating the presence of primary contig sequences assembled at the chromosomal level. The pan genomes obtained in this study will contribute to identification of genome structure differences among all strawberries, including those tested here.

DOI： 10.17660/ActaHortic.2023.1381.2

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Establishing a comprehensive web-based analysis platform forNicotiana benthamianagenome and transcriptome

Ken-ichi Kurotani, Hideki Hirakawa, Kenta Shirasawa, Koya Tagiri, Moe Mori, Yasunori Ichihashi, Takamasa Suzuki, Yasuhiro Tanizawa, Yasukazu Nakamura, Sachiko Isobe, Michitaka Notaguchi

2023年9月

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DOI： 10.1101/2023.09.03.556139
Transcriptome analysis of tomato plants following salicylic acid-induced immunity against Clavibacter michiganensis ssp. michiganensis 査読

Naoki Yokotani, Yoshinori Hasegawa, Yusuke Kouzai, Hideki Hirakawa, Sachiko Isobe

Plant Biotechnology 40 ( 4 ) 273 - 282 2023年9月（ ISSN:13424580 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Plant Biotechnology

Salicylic acid (SA) is known to be involved in the immunity against Clavibacter michiganensis ssp. michiganensis (Cmm) that causes bacterial canker in tomato. To identify the candidate genes associated with SA-inducible Cmm resistance, transcriptome analysis was conducted via RNA sequencing in tomato plants treated with SA. SA treatment upregulated various defense-associated genes, such as PR and GST genes, in tomato cotyledons. A comparison of SA-and Cmm-responsive genes revealed that both SA treatment and Cmm infection commonly upregulated a large number of genes. Gene Ontology (GO) analysis indicated that the GO terms associated with plant immunity were over-represented in both SA-and Cmm-induced genes. The genes commonly downregulated by both SA treatment and Cmm infection were associated with the cell cycle and may be involved in growth and immunity trade-off through cell division. After SA treatment, several proteins that were predicted to play a role in immune signaling, such as resistance gene analogs, Ca2+ sensors, and WRKY transcription factors, were transcriptionally upregulated. The W-box element, which was targeted by WRKYs, was over-represented in the promoter regions of genes upregulated by both SA treatment and Cmm infection, supporting the speculation that WRKYs are important for the SA-mediated immunity against Cmm. Prediction of protein–protein interactions suggested that genes encoding receptor-like kinases and EF-hand proteins play an important role in immune signaling. Thus, various candidate genes involved in SA-inducible Cmm resistance were identified.

DOI： 10.5511/plantbiotechnology.23.0711a

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PubMed
Plant GARDEN: a portal website for cross-searching between different types of genomic and genetic resources in a wide variety of plant species 国際誌

Ichihara H., Yamada M., Kohara M., Hirakawa H., Ghelfi A., Tamura T., Nakaya A., Nakamura Y., Shirasawa S., Yamashita S., Toda Y., Harada D., Fujishiro T., Komaki A., Fawcett J.A., Sugihara E., Tabata S., Isobe S.N.

BMC Plant Biology 23 ( 1 ) 391 - 391 2023年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：BMC Plant Biology

Background: Plant genome information is fundamental to plant research and development. Along with the increase in the number of published plant genomes, there is a need for an efficient system to retrieve various kinds of genome-related information from many plant species across plant kingdoms. Various plant databases have been developed, but no public database covers both genomic and genetic resources over a wide range of plant species. Main body: We have developed a plant genome portal site, Plant GARDEN (Genome And Resource Database Entry: https://plantgarden.jp/en/index ), to provide diverse information related to plant genomics and genetics in divergent plant species. Elasticsearch is used as a search engine, and cross-keyword search across species is available. Web-based user interfaces (WUI) for PCs and tablet computers were independently developed to make data searches more convenient. Several types of data are stored in Plant GARDEN: reference genomes, gene sequences, PCR-based DNA markers, trait-linked DNA markers identified in genetic studies, SNPs, and in/dels on publicly available sequence read archives (SRAs). The data registered in Plant GARDEN as of March 2023 included 304 assembled genome sequences, 11,331,614 gene sequences, 419,132 DNA markers, 8,225 QTLs, and 5,934 SNP lists (gvcf files). In addition, we have re-annotated all the genes registered in Plant GARDEN by using a functional annotation tool, Hayai-Annotation, to compare the orthologous relationships among genes. Conclusion: The aim of Plant GARDEN is to provide plant genome information for use in the fields of plant science as well as for plant-based industries, education, and other relevant areas. Therefore, we have designed a WUI that allows a diverse range of users to access such information in an easy-to-understand manner. Plant GARDEN will eventually include a wide range of plant species for which genome sequences are assembled, and thus the number of plant species in the database will continue to expand. We anticipate that Plant GARDEN will promote the understanding of genomes and gene diversity by facilitating comparisons of the registered sequences.

DOI： 10.1186/s12870-023-04392-8

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PubMed
Genome sequencing reveals the genetic architecture of heterostyly and domestication history of common buckwheat 国際誌

Fawcett J.A., Takeshima R., Kikuchi S., Yazaki E., Katsube-Tanaka T., Dong Y., Li M., Hunt H.V., Jones M.K., Lister D.L., Ohsako T., Ogiso-Tanaka E., Fujii K., Hara T., Matsui K., Mizuno N., Nishimura K., Nakazaki T., Saito H., Takeuchi N., Ueno M., Matsumoto D., Norizuki M., Shirasawa K., Li C., Hirakawa H., Ota T., Yasui Y.

Nature Plants 9 ( 8 ) 1236 - 1251 2023年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Nature Plants

Common buckwheat, Fagopyrum esculentum, is an orphan crop domesticated in southwest China that exhibits heterostylous self-incompatibility. Here we present chromosome-scale assemblies of a self-compatible F. esculentum accession and a self-compatible wild relative, Fagopyrum homotropicum, together with the resequencing of 104 wild and cultivated F. esculentum accessions. Using these genomic data, we report the roles of transposable elements and whole-genome duplications in the evolution of Fagopyrum. In addition, we show that (1) the breakdown of heterostyly occurs through the disruption of a hemizygous gene jointly regulating the style length and female compatibility and (2) southeast Tibet was involved in common buckwheat domestication. Moreover, we obtained mutants conferring the waxy phenotype for the first time in buckwheat. These findings demonstrate the utility of our F. esculentum assembly as a reference genome and promise to accelerate buckwheat research and breeding.

DOI： 10.1038/s41477-023-01474-1

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PubMed
Genome Sequence and Analysis of Nicotiana benthamiana, the Model Plant for Interactions between Organisms

Kurotani K.I., Hirakawa H., Shirasawa K., Tanizawa Y., Nakamura Y., Isobe S., Notaguchi M.

Plant and Cell Physiology 64 ( 2 ) 248 - 257 2023年2月（ ISSN:00320781 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Plant and Cell Physiology

Nicotiana benthamiana is widely used as a model plant for dicotyledonous angiosperms. In fact, the strains used in research are highly susceptible to a wide range of viruses. Accordingly, these strains are subject to plant pathology and plant–microbe interactions. In terms of plant–plant interactions, N. benthamiana is one of the plants that exhibit grafting affinity with plants from different families. Thus, N. benthamiana is a good model for plant biology and has been the subject of genome sequencing analyses for many years. However, N. benthamiana has a complex allopolyploid genome, and its previous reference genome is fragmented into 141,000 scaffolds. As a result, molecular genetic analysis is difficult to perform. To improve this effort, de novo whole-genome assembly was performed in N. benthamiana with Hifi reads, and 1,668 contigs were generated with a total length of 3.1 Gb. The 21 longest scaffolds, regarded as pseudomolecules, contained a 2.8-Gb sequence, occupying 95.6% of the assembled genome. A total of 57,583 high-confidence gene sequences were predicted. Based on a comparison of the genome structures between N. benthamiana and N. tabacum, N. benthamiana was found to have more complex chromosomal rearrangements, reflecting the age of interspecific hybridization. To verify the accuracy of the annotations, the cell wall modification genes involved in grafting were analyzed, which revealed not only the previously indeterminate untranslated region, intron and open reading frame sequences but also the genomic locations of their family genes. Owing to improved genome assembly and annotation, N. benthamiana would increasingly be more widely accessible.

DOI： 10.1093/pcp/pcac168

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The genome of Lyophyllum shimeji provides insight into the initial evolution of ectomycorrhizal fungal genomes 国際誌

Kobayashi Y., Shibata T.F., Hirakawa H., Nishiyama T., Yamada A., Hasebe M., Shigenobu S., Kawaguchi M.

DNA Research 30 ( 1 ) 2023年2月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：DNA Research

Mycorrhizae are one of the most fundamental symbioses between plants and fungi, with ectomycorrhizae being the most widespread in boreal forest ecosystems. Ectomycorrhizal fungi are hypothesized to have evolved convergently from saprotrophic ancestors in several fungal clades, especially members of the subdivision Agaricomycotina. Studies on fungal genomes have identified several typical characteristics of mycorrhizal fungi, such as genome size expansion and decreases in plant cell-wall degrading enzymes (PCWDEs). However, genomic changes concerning the evolutionary transition to the ectomycorrhizal lifestyle are largely unknown. In this study, we sequenced the genome of Lyophyllum shimeji, an ectomycorrhizal fungus that is phylogenetically related to saprotrophic species and retains some saprotroph-like traits. We found that the genome of Ly. shimeji strain AT787 lacks both incremental increases in genome size and reduced numbers of PCWDEs. Our findings suggest that the previously reported common genomic traits of mycorrhizal fungi are not essential for the ectomycorrhizal lifestyle, but are a result of abolishing saprotrophic activity. Since Ly. shimeji is commercially consumed as an edible mushroom, the newly available genomic information may also impact research designed to enhance the cultivation of this mushroom.

DOI： 10.1093/dnares/dsac053

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An improved reference genome for Trifolium subterraneum L. provides insight into molecular diversity and intra-specific phylogeny 国際誌

Shirasawa K., Moraga R., Ghelfi A., Hirakawa H., Nagasaki H., Ghamkhar K., Barrett B.A., Griffiths A.G., Isobe S.N.

Frontiers in Plant Science 14 1103857 - 1103857 2023年（ ISSN:1664-462X ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Frontiers in Plant Science

Subterranean clover (Trifolium subterraneum L., Ts) is a geocarpic, self-fertile annual forage legume with a compact diploid genome (n = x = 8, 544 Mb/1C). Its resilience and climate adaptivity have made it an economically important species in Mediterranean and temperate zones. Using the cultivar Daliak, we generated higher resolution sequence data, created a new genome assembly TSUd_3.0, and conducted molecular diversity analysis for copy number variant (CNV) and single-nucleotide polymorphism (SNP) among 36 cultivars. TSUd_3.0 substantively improves prior genome assemblies with new Hi-C and long-read sequence data, covering 531 Mb, containing 41,979 annotated genes and generating a 94.4% BUSCO score. Comparative genomic analysis among select members of the tribe Trifolieae indicated TSUd 3.0 corrects six assembly-error inversion/duplications and confirmed phylogenetic relationships. Its synteny with T. pratense, T. repens, Medicago truncatula and Lotus japonicus genomes were assessed, with the more distantly related T. repens and M. truncatula showing higher levels of co-linearity with Ts than between Ts and its close relative T. pratense. Resequencing of 36 cultivars discovered 7,789,537 SNPs subsequently used for genomic diversity assessment and sequence-based clustering. Heterozygosity estimates ranged from 1% to 21% within the 36 cultivars and may be influenced by admixture. Phylogenetic analysis supported subspecific genetic structure, although it indicates four or five groups, rather than the three recognized subspecies. Furthermore, there were incidences where cultivars characterized as belonging to a particular subspecies clustered with another subspecies when using genomic data. These outcomes suggest that further investigation of Ts sub-specific classification using molecular and morpho-physiological data is needed to clarify these relationships. This upgraded reference genome, complemented with comprehensive sequence diversity analysis of 36 cultivars, provides a platform for future gene functional analysis of key traits, and genome-based breeding strategies for climate adaptation and agronomic performance. Pangenome analysis, more in-depth intra-specific phylogenomic analysis using the Ts core collection, and functional genetic and genomic studies are needed to further augment knowledge of Trifolium genomes.

DOI： 10.3389/fpls.2023.1103857

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Whole-genome sequence analysis of mutations in rice plants regenerated from zygotes, mature embryos, and immature embryos

Ichikawa M., Kato N., Toda E., Kashihara M., Ishida Y., Hiei Y., Isobe S.N., Shirasawa K., Hirakawa H., Okamoto T., Komari T.

Ｂｒｅｅｄｉｎｇ　Ｓｃｉｅｎｃｅ 73 ( 3 ) 349 - 353 2023年（ ISSN:13447610 eISSN:13473735 ）

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記述言語：英語出版者・発行元：日本育種学会

Somaclonal variation was studied by whole-genome sequencing in rice plants (Oryza sativa L., ‘Nippon-bare’) regenerated from the zygotes, mature embryos, and immature embryos of a single mother plant. The mother plant and its seed-propagated progeny were also sequenced. A total of 338 variants of the mother plant sequence were detected in the progeny, and mean values ranged from 9.0 of the seed-propagated plants to 37.4 of regenerants from mature embryos. The natural mutation rate of 1.2 × 10–8 calculated using the variants in the seed-propagated plants was consistent with the values reported previously. The ratio of single nucleotide variants (SNVs) among the variants in the seed-propagated plants was 91.1%, which is higher than 56.1% previously reported, and not significantly different from those in the regenerants. Overall, the ratio of transitions to transversions of SNVs was lower in the regenerants as shown previously. Plants regenerated from mature embryos had significantly more variants than different progeny types. Therefore, using zygotes and immature embryos can reduce somaclonal variation during the genetic manipulation of rice.

DOI： 10.1270/jsbbs.22100

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CiNii Research
ハプロタイプ毎に識別した6倍体サツマイモ(Ipomoea batatas(L.)Lam)の染色体スケールゲノムアセンブル

磯部祥子, YOON U., 平川英樹, 白澤健太, CAO Q., 田中勝, KWAK S., LIU Q.

育種学研究 25 2022年12月（ ISSN:1344-7629 ）

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DOI： 10.1101/2022.12.25.521700

J-GLOBAL
Chromosome-scale genome assembly of Eustoma grandiflorum, the first complete genome sequence in the genus Eustoma 国際誌

Shirasawa K., Arimoto R., Hirakawa H., Ishimori M., Ghelfi A., Miyasaka M., Endo M., Kawabata S., Isobe S.N.

G3: Genes, Genomes, Genetics 13 ( 2 ) 2022年12月（ eISSN:2160-1836 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：G3: Genes, Genomes, Genetics

Eustoma grandiflorum (Raf.) Shinn. is an annual herbaceous plant native to the southern United States, Mexico, and the Greater Antilles. It has a large flower with a variety of colors and is an important flower crop. In this study, we established a chromosome-scale de novo assembly of E. grandiflorum genome sequences by integrating four genomic and genetic approaches: (1) Pacific Biosciences (PacBio) Sequel deep sequencing, (2) error correction of the assembly by Illumina short reads, (3) scaffolding by chromatin conformation capture sequencing (Hi-C), and (4) genetic linkage maps derived from an F2 mapping population. Thirty-six pseudomolecules and 64 unplaced scaffolds were created, with a total length of 1,324.8 Mb. A total of 36,619 genes were predicted on the genome as high-confidence genes. A comparison of genome structure between E. grandiflorum and C. canephora or O. pumila suggested whole-genome duplication after the divergence between the families Gentianaceae and Rubiaceae. Phylogenetic analysis with single-copy genes suggested that the divergence time between Gentianaceae and Rubiaceae was 74.94 MYA. Genetic diversity analysis was performed for nine commercial E. grandiflorum varieties bred in Japan, from which 254,205 variants were identified. This first report on the construction of a reference genome sequence in the genus Eustoma is expected to contribute to genetic and genomic studies in this genus and in the family Gentianaceae.

DOI： 10.1093/g3journal/jkac329

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Genome assembly and transcriptomic analyses of the repeatedly rejuvenating jellyfish Turritopsis dohrnii 国際誌

Hasegawa Y., Watanabe T., Otsuka R., Toné S., Kubota S., Hirakawa H.

DNA Research 30 ( 1 ) 2022年12月（ ISSN:13402838 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：DNA Research

Only two hydromedusan species, Turritopsis dohrnii and T. sp., have exhibited experimental multiple-repeat life cycle reversion in the laboratory, which can be artificially induced by various means such as incubation with CsCl, heat shock, and mechanical damage with needles. In the present study, we constructed a genome assembly of T. dohrnii using Pacific Biosciences long-reads and Illumina short-reads, for which the genome DNA was extracted from 1,500 young medusae originated from a single clone. The total length of the draft genome sequence of T. dohrnii was 435.9 Mb (N50 length 747.2 kb). We identified 23,314 high-confidence genes and found the characteristics of RNA expression amongst developmental stages. Our genome assembly and transcriptome data provide a key model system resource that will be useful for understanding cyclical rejuvenation.

DOI： 10.1093/dnares/dsac047

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Chromosome-scale genome assembly of Glycyrrhiza uralensis revealed metabolic gene cluster centred specialized metabolites biosynthesis 国際誌

Rai A., Hirakawa H., Rai M., Shimizu Y., Shirasawa K., Kikuchi S., Seki H., Yamazaki M., Toyoda A., Isobe S., Muranaka T., Saito K.

DNA Research 29 ( 6 ) 2022年12月（ ISSN:13402838 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：DNA Research

A high-quality genome assembly is imperative to explore the evolutionary basis of characteristic attributes that define chemotype and provide essential resources for a molecular breeding strategy for enhanced production of medicinal metabolites. Here, using single-molecule high-fidelity (HiFi) sequencing reads, we report chromosome-scale genome assembly for Chinese licorice (Glycyrrhiza uralensis), a widely used herbal and natural medicine. The entire genome assembly was achieved in eight chromosomes, with contig and scaffold N50 as 36.02 and 60.2 Mb, respectively. With only 17 assembly gaps and half of the chromosomes having no or one assembly gap, the presented genome assembly is among the best plant genomes to date. Our results showed an advantage of using highly accurate long-read HiFi sequencing data for assembling a highly heterozygous genome including its complexed repeat content. Additionally, our analysis revealed that G. uralensis experienced a recent whole-genome duplication at approximately 59.02 million years ago post a gamma (γ) whole-genome triplication event, which contributed to its present chemotype features. The metabolic gene cluster analysis identified 355 gene clusters, which included the entire biosynthesis pathway of glycyrrhizin. The genome assembly and its annotations provide an essential resource for licorice improvement through molecular breeding and the discovery of valuable genes for engineering bioactive components and understanding the evolution of specialized metabolites biosynthesis.

DOI： 10.1093/dnares/dsac043

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De novo whole-genome assembly in an interspecific hybrid table grape, 'Shine Muscat' 国際誌

Shirasawa K., Hirakawa H., Azuma A., Taniguchi F., Yamamoto T., Sato A., Ghelfi A., Isobe S.N.

DNA Research 29 ( 6 ) 2022年12月（ ISSN:13402838 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：DNA Research

The first genome sequence of an interspecific grape hybrid (Vitis labruscana × Vitis vinifera), 'Shine Muscat', an elite table grape cultivar bred in Japan, is presented. The resultant genome assemblies included two types of sequences: a haplotype-phased sequence of the highly heterozygous genomes and an unphased sequence representing a 'pseudo-haploid' genome. The unphased sequences, assembled to the chromosome level with Hi-C reads, spanned 488.97 Mb in length, 99.1% of the estimated genome size, with 4,595 scaffold sequences and a 23.9-Mb N50 length. The phased sequences had 15,650 scaffolds spanning 1.0 Gb and a 4.2-Mb N50 length. 32,827 high-confidence genes were predicted on the unphased genomes. Clustering analysis of the 'Shine Muscat' gene sequences with three other Vitis species and Arabidopsis indicated that 11,279 orthologous gene clusters were common to Vitis spp. and Arabidopsis, 4,385 were Vitis specific, and 234 were 'Shine Muscat' specific. Whole-genome resequencing was also performed for the parental lines of 'Shine Muscat', Akitsu-21 and 'Hakunan', and parental-specific copy number variations were identified. The obtained genome resources provide new insights that could assist in cultivation and breeding strategies to produce high-quality table grapes.

DOI： 10.1093/dnares/dsac040

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Comprehensive collection of genes and comparative analysis of full-length transcriptome sequences from Japanese larch (Larix kaempferi) and Kuril larch (Larix gmelinii var. japonica) 国際誌

Mishima K., Hirakawa H., Iki T., Fukuda Y., Hirao T., Tamura A., Takahashi M.

BMC Plant Biology 22 ( 1 ) 470 - 470 2022年10月（ eISSN:1471-2229 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：BMC Plant Biology

Background: Japanese larch (Larix kaempferi) is an economically important deciduous conifer species that grows in cool-temperate forests and is endemic to Japan. Kuril larch (L. gmelinii var. japonica) is a variety of Dahurian larch that is naturally distributed in the Kuril Islands and Sakhalin. The hybrid larch (L. gmelinii var. japonica × L. kaempferi) exhibits heterosis, which manifests as rapid juvenile growth and high resistance to vole grazing. Since these superior characteristics have been valued by forestry managers, the hybrid larch is one of the most important plantation species in Hokkaido. To accelerate molecular breeding in these species, we collected and compared full-length cDNA isoforms (Iso-Seq) and RNA-Seq short-read, and merged them to construct candidate gene as reference for both Larix species. To validate the results, candidate protein-coding genes (ORFs) related to some flowering signal-related genes were screened from the reference sequences, and the phylogenetic relationship with closely related species was elucidated. Results: Using the isoform sequencing of PacBio RS ll and the de novo assembly of RNA-Seq short-read sequences, we identified 50,690 and 38,684 ORFs in Japanese larch and Kuril larch, respectively. BUSCO completeness values were 90.5% and 92.1% in the Japanese and Kuril larches, respectively. After comparing the collected ORFs from the two larch species, a total of 19,813 clusters, comprising 22,571 Japanese larch ORFs and 22,667 Kuril larch ORFs, were contained in the intersection of the Venn diagram. In addition, we screened several ORFs related to flowering signals (SUPPRESSER OF OVEREXPRESSION OF CO1: SOC1, LEAFY: LFY, FLOWERING Locus T: FT, CONSTANCE: CO) from both reference sequences, and very similar found in other species. Conclusions: The collected ORFs will be useful as reference sequences for molecular breeding of Japanese and Kuril larches, and also for clarifying the evolution of the conifer genome and investigating functional genomics.

DOI： 10.1186/s12870-022-03862-9

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その他リンク： https://link.springer.com/article/10.1186/s12870-022-03862-9/fulltext.html
20 未利用地から農地への転換に伴う土壌微生物群集構造変化の解析（関西支部講演会 2021年度支部講演会）

高田理江, 花野滋, 宮本託志, 滝澤理仁, 冨永逹, 柴田大輔, 櫻井望, 平川英樹, 小林優

日本土壌肥料学会講演要旨集 68 201 - 201 2022年9月（ ISSN:0288-5840 eISSN:2424-0575 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本土壌肥料学会

DOI： 10.20710/dohikouen.68.0_201_2

CiNii Research
Widespread and transgenerational retrotransposon activation in inter- and intraspecies recombinant inbred populations of Lotus japonicus 国際誌

Fukai E., Yoshikawa M., Shah N., Sandal N., Miyao A., Ono S., Hirakawa H., Akyol T.Y., Umehara Y., Nonomura K.I., Stougaard J., Hirochika H., Hayashi M., Sato S., Andersen S.U., Okazaki K.

Plant Journal 111 ( 5 ) 1397 - 1410 2022年9月（ ISSN:0960-7412 eISSN:1365-313X ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Plant Journal

Transposable elements (TEs) constitute a large proportion of genomes of multicellular eukaryotes, including flowering plants. TEs are normally maintained in a silenced state and their transpositions rarely occur. Hybridization between distant species has been regarded as a ‘shock’ that stimulates genome reorganization, including TE mobilization. However, whether crosses between genetically close parents that result in viable and fertile offspring can induce TE transpositions has remained unclear. Here, we investigated the activation of long terminal repeat (LTR) retrotransposons in three Lotus japonicus recombinant inbred line (RIL) populations. We found that at least six LTR retrotransposon families were activated and transposed in 78% of the RILs investigated. LORE1a, one of the transposed LTR retrotransposons, showed transgenerational epigenetic activation, indicating the long-term effects of epigenetic instability induced by hybridization. Our study highlights TE activation as an unexpectedly common event in plant reproduction.

DOI： 10.1111/tpj.15896

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その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1111/tpj.15896
Development of a genome-wide marker design workflow for onions and its application in target amplicon sequencing-based genotyping 国際誌

Sekine D., Oku S., Nunome T., Hirakawa H., Tsujimura M., Terachi T., Toyoda A., Shigyo M., Sato S., Tsukazaki H.

DNA Research 29 ( 5 ) 2022年8月（ ISSN:13402838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：DNA Research

Onions are one of the most widely cultivated vegetables worldwide; however, the development and utilization of molecular markers have been limited because of the large genome of this plant. We present a genome-wide marker design workflow for onions and its application in a high-throughput genotyping method based on target amplicon sequencing. The efficiency of the method was evaluated by genotyping of F2 populations. In the marker design workflow, unigene and genomic sequence data sets were constructed, and polymorphisms between parental lines were detected through transcriptome sequence analysis. The positions of polymorphisms detected in the unigenes were mapped onto the genome sequence, and primer sets were designed. In total, 480 markers covering the whole genome were selected. By genotyping an F2 population, 329 polymorphic sites were obtained from the estimated positions or the flanking sequences. However, missing or sparse marker regions were observed in the resulting genetic linkage map. We modified the markers to cover these regions by genotyping the other F2 populations. The grouping and order of markers on the linkages were similar across the genetic maps. Our marker design workflow and target amplicon sequencing are useful for genome-wide genotyping of onions owing to their reliability, cost effectiveness, and flexibility.

DOI： 10.1093/dnares/dsac020

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Plant GARDEN: a portal website for accessing plant genome, DNA marker, and SNP information

Ichihara H., Hirakawa H., Ghelfi A., Kohara M., Yamada M., Tamura T., Nakaya A., Nakamura Y., Shirasawa S., Sugihara E., Tabata S., Isobe S.

Acta Horticulturae 1339 ( 1339 ) 415 - 418 2022年4月（ ISSN:0567-7572 eISSN:2406-6168 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Acta Horticulturae

Various plant species have been sequenced with the advance of NGS technologies. The assembled reference genome sequences are used to analyze polymorphisms and haplotypes within the species by comparing re-sequenced data of multiple accessions. These data have been contributed to plant science and applied industries, such as crop breeding. Plant GARDEN (Genome and Resource Database Entry; https://plantgarden.jp/en/index) stores publicly available genome sequences, gene sequences and annotations, markers, QTLs, and SNPs. The official version was opened in July 2020. The data registered in Plant GARDEN in current (December 2020) is 119 assembled genome sequences, 5,890,957 gene sequences, 287,703 DNA markers, 8,217 QTLs, and 3,812 SNP list (vcf files). Plant GARDEN aims to provide plant genome information to plant science, breeding, and education. Therefore, we have tried to create a simple and user-friendly WUI (web-based user interface).

DOI： 10.17660/actahortic.2022.1339.52

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A genome-wide association and fine-mapping study of white rust resistance in hexaploid chrysanthemum cultivars with a wild diploid reference genome 国際誌

Sumitomo K., Shirasawa K., Isobe S., Hirakawa H., Harata A., Nakano M., Nakano Y., Yagi M., Hisamatsu T., Yamaguchi H., Taniguchi F.

Horticulture Research 9 uhac170 2022年（ ISSN:26626810 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Horticulture Research

White rust caused by Puccinia horiana is one of the most serious diseases of chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium). In this study, we report the DNA markers associated with resistance against P. horiana via a simple approach using the genome of a wild diploid relative, Chrysanthemum seticuspe. First, we identified the important region of the genome in the resistant cultivar "Ariesu"via a genome-wide association study. Simplex single nucleotide polymorphism (SNP) markers mined from ddRAD-Seq were used in a biparental population originating from crosses between resistant "Ariesu"and susceptible "Yellow Queen". The C. seticuspe genome was used as a reference. For the fine mapping of P. horiana resistance locus 2 (Phr2), a comparative whole genome sequencing study was conducted. Although the genome sequences of chrysanthemum cultivars assembled via the short-read approach were fragmented, reliable genome alignments were reconstructed by mapping onto the chromosome level of the C. seticuspe pseudomolecule. Base variants were then identified by comparing the assembled genome sequences of resistant "Ariesu"and susceptible "Yellow Queen". Consequently, SNP markers that were closer to Phr2 compared with ddRAD-Seq markers were obtained. These SNP markers co-segregated with resistance in F1 progenies originating from resistant "Ariesu"and showed robust transferability for detecting Phr2-conferring resistance among chrysanthemum genetic resources. The wild C. seticuspe pseudomolecule, a de facto monoploid genome used for ddRAD-Seq analysis and assembled genome sequence comparison, demonstrated this method's utility as a model for developing DNA markers in hexaploid chrysanthemum cultivars.

DOI： 10.1093/hr/uhac170

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Construction of a high-density linkage map and graphical representation of the arrangement of transcriptome-based unigene markers on the chromosomes of onion, Allium cepa L. 国際誌

Fujito S, Akyol TY, Mukae T, Wako T, Yamashita KI, Tsukazaki H, Hirakawa H, Tanaka K, Mine Y, Sato S, Shigyo M

BMC genomics 22 ( 1 ) 481 - 481 2021年12月（ eISSN:1471-2164 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-021-07803-y

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その他リンク： https://link.springer.com/article/10.1186/s12864-021-07803-y/fulltext.html
Transcriptome analysis of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis-infected tomatoes: a role of salicylic acid in the host response. 国際誌

Yokotani N, Hasegawa Y, Sato M, Hirakawa H, Kouzai Y, Nishizawa Y, Yamamoto E, Naito Y, Isobe S

BMC plant biology 21 ( 1 ) 476 - 476 2021年12月（ eISSN:1471-2229 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12870-021-03251-8

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その他リンク： https://link.springer.com/article/10.1186/s12870-021-03251-8/fulltext.html
A chromosome-scale draft genome sequence of horsegram (Macrotyloma uniflorum).

Shirasawa K, Chahota R, Hirakawa H, Nagano S, Nagasaki H, Sharma T, Isobe S

GigaByte (Hong Kong, China) 2021 1 - 23 2021年10月（ eISSN:2709-4715 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.46471/gigabyte.30

PubMed
A chromosome-level genome sequence of Chrysanthemum seticuspe, a model species for hexaploid cultivated chrysanthemum. 国際誌

Nakano M, Hirakawa H, Fukai E, Toyoda A, Kajitani R, Minakuchi Y, Itoh T, Higuchi Y, Kozuka T, Bono H, Shirasawa K, Shiraiwa I, Sumitomo K, Hisamatsu T, Shibata M, Isobe S, Taniguchi K, Kusaba M

Communications biology 4 ( 1 ) 1167 - 1167 2021年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s42003-021-02704-y

PubMed
Genome features of common vetch (Vicia sativa) in natural habitats. 国際誌

Shirasawa K, Kosugi S, Sasaki K, Ghelfi A, Okazaki K, Toyoda A, Hirakawa H, Isobe S

Plant direct 5 ( 10 ) e352 2021年10月（ ISSN:2475-4455 eISSN:2475-4455 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/pld3.352

PubMed

その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/pld3.352
Tracking an Introduced Arbuscular Mycorrhizal Fungus in Allium fistulosum in a Field Condition With or Without Controlling Indigenous Fungi by Soil Fumigation As Well as Evaluation on Plant Phosphorus and Growth 査読

Takumi Sato, Rieko Niwa, Tatsuhiro Ezawa, Shusei Sato, Hideki Hirakawa, Shigenobu Yoshida, Weiguo Cheng, Keitaro Tawaraya

Journal of Soil Science and Plant Nutrition 21 ( 4 ) 2781 - 2790 2021年8月（ ISSN:0718-9508 eISSN:0718-9516 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：SPRINGER INT PUBL AG

Increased plant phosphorus uptake and growth as a result of inoculation with arbuscular mycorrhizal (AM) fungi is observed less often under field conditions than in pot experiments. Interaction between introduced and indigenous AM fungi is one of the reasons for ineffectiveness of inoculation in the field. We aimed to distinguish the effect of introduced and indigenous AM fungi on phosphorus uptake and growth of Allium fistulosum in a field experiment. Superphosphate was applied in the ratio of 0 or 317 P kg ha(-1) to the plots fumigated with or without dazomet that is a common soil fumigant. Seedlings of A. fistulosum that had been inoculated with or without Rhizophagus spp. strain R-10 were transplanted into the plots. AM fungal colonization, OTU read abundance of indigenous and introduced AM fungi, shoot P concentration, and shoot growth were measured at 31, 60, 90, and 131 days after transplanting (DAT). We could partially separate the effects of introduced AM fungi from indigenous AM fungi by fumigation with dazomet. Though neither inoculation nor P level affected shoot fresh weight and shoot P content in the non-fumigated main plot at 131 DAT, significantly higher shoot fresh weight was obtained by the inoculation with no P fertilizer in the fumigated main plot at this final sampling stage. These results indicate that the colonization of roots by introduced AM fungi is affected by the abundance of indigenous AM fungi and this interaction determines growth response of host plants under field conditions.

DOI： 10.1007/s42729-021-00565-2

Web of Science
A spinach genome assembly with remarkable completeness, and its use for rapid identification of candidate genes for agronomic traits. 国際誌

Hirakawa H, Toyoda A, Itoh T, Suzuki Y, Nagano AJ, Sugiyama S, Onodera Y

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 28 ( 3 ) 2021年6月（ ISSN:1340-2838 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsab004

PubMed
クロマツにおけるRNA-Seqデータからの高密度連鎖地図の作製

平尾知士, 平川英樹, 松永孝治, 三嶋賢太郎, 能勢美峰

日本森林学会大会発表データベース 132 ( 0 ) 367 2021年5月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本森林学会

マツ材線虫病に対するクロマツの抵抗性メカニズムの解明に向けて、抵抗性の人工交配家系（雑種第一代F1）96個体を対象にしたeQTL（expression Quantitative Trait Locus）解析を進めている。そのeQTL解析に利用する遺伝的変異と連鎖地図情報について、現状では約400のEST上にあるSNPの情報をもとに構築されたラフマップの状態にあり、クロマツのゲノム骨格を反映した精度の高い連鎖地図とは言い難い状態にある。マツをはじめとする巨大かつ複雑なゲノム構造を持つ針葉樹種において、発現している遺伝子をターゲットにしたRNA-seqデータは、ゲノム中のジャンクな配列が除去され、生物学的な機能に直結する配列のみをターゲットにできる効率的かつ効果的なデータであり、現在、そのeQTL解析に利用するRNA-seqデータから、遺伝的変異の検出と高密度連鎖地図の構築を試みている。本発表では、RNA-seqデータより検出した多型情報とその多型を利用して実際に連鎖地図の構築を試みたので報告する。

DOI： 10.11519/jfsc.132.0_367

CiNii Research
Genomic region associated with pod color variation in pea (Pisum sativum). 国際誌

Shirasawa K, Sasaki K, Hirakawa H, Isobe S

G3 (Bethesda, Md.) 11 ( 5 ) 2021年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/g3journal/jkab081

PubMed
Correction to: Effectiveness and safety of nivolumab in patients with head and neck cancer in Japanese real‑world clinical practice: a multicentre retrospective clinical study.

Hanai N, Shimizu Y, Kariya S, Yasumatsu R, Yokota T, Fujii T, Tsukahara K, Yoshida M, Hanyu K, Ueda T, Hirakawa H, Takahashi S, Ono T, Sano D, Yamauchi M, Watanabe A, Omori K, Yamazaki T, Monden N, Kudo N, Arai M, Sakurai D, Asakage T, Doi I, Yamada T, Homma A

International journal of clinical oncology 26 ( 5 ) 1005 - 1006 2021年5月（ ISSN:1341-9625 ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1007/s10147-021-01879-y

PubMed
A chromosome-scale strawberry genome assembly of a Japanese variety, Reikou

Kenta Shirasawa, Hideki Hirakawa, Shinobu Nakayama, Shigemi Sasamoto, Hisano Tsuruoka, Chiharu Minami, Akiko Watanabe, Yoshie Kishida, Mitsuyo Kohara, Manabu Yamada, Tsunakazu Fujishiro, Akiko Komaki, Sachiko N Isobe

2021年4月

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出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory

<title>Abstract</title>Cultivated strawberry (<italic>Fragaria</italic> × <italic>ananassa</italic>) is an octoploid species (2n = 8x= 56) that is widely consumed around the world as both fresh and processed fruit. In this study, we report a chromosome-scale strawberry genome assembly of a Japanese variety, Reikou. The Illumina short reads derived from paired-end, mate-pair, and 10X Genomics libraries were assembled using Denovo MAGIC 3.0. The generated phased scaffolds consisted of 32,715 sequences with a total length of 1.4 Gb and an N50 length of 3.9 Mb. A total of 63 pseudomolecules including chr0 were created by aligning the scaffolds onto the Reikou S1 linkage maps with the IStraw90 Axiom SNP array and ddRAD-Seq. Meanwhile, genomes of diploid <italic>Fragaria</italic> species were resequenced and compared with the most similar chromosome-scale scaffolds to investigate the possible progenitor of each subgenome. Clustering analysis suggested that the most likely progenitors were <italic>F. vesca</italic> and <italic>F. iinumae</italic>. The phased pseudomolecules were assigned the scaffolds names with Av, Bi, and X, representing sequence similarity with <italic>F. vesca</italic> (Av), <italic>F. iinumae</italic> (Bi), and others (X), respectively. The result of a comparison with the Camerosa genome suggested the possibility of subgenome structure differences between the two varieties.

DOI： 10.1101/2021.04.23.441065
Whole genome assembly in a Japanese strawberry cultivar, 'Reikou', and comparison with wild Fragaria genomes

K. Shirasawa, C. Chung, D. Boncan, H. Hirakawa, F. Maeda, T. Wada, T. F. Chan, S. Isobe

Acta Horticulturae 1309 175 - 179 2021年4月（ ISSN:0567-7572 eISSN:2406-6168 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Cultivated strawberry (Fragaria × ananassa) is an allo-octoploid species, which chromosome number is 2n=8x=56. In this study, we report a chromosome-scale strawberry genome assembly of a Japanese cultivar. Genomes of diploid Fragaria species were re-sequenced and compared with the most similar chromosome-scale scaffolds to investigate possible progenitor of each subgenomes. The Illumina short reads derived from paired-end, mate pair and 10X Genomics libraries were obtained from a Japanese cultivar, 'Reikou'. The scafffolds assembled using Denovo MAGIC 3.0 consisted of 32,715 sequences with a total length of 1.4 Gb and N50 length of 3.9 Mb. The scaffolds were aligned onto the 'Reikou' S1 linkage maps with IStraw90 Axiom SaNP array and ddRAD-Seq for pseudomolecule construction.

DOI： 10.17660/ActaHortic.2021.1309.26

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Comparative analysis using the draft genome sequence of California poppy (Eschscholzia californica) for exploring the candidate genes involved in benzylisoquinoline alkaloid biosynthesis. 国際誌

Yamada Y, Hirakawa H, Hori K, Minakuchi Y, Toyoda A, Shitan N, Sato F

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 85 ( 4 ) 851 - 859 2021年3月（ ISSN:0916-8451 eISSN:1347-6947 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bbb/zbaa091

PubMed
Whole-genome sequence analysis of mutations in rice plants regenerated from zygotes, mature embryos, and immature embryos

Masako Ichikawa, Norio Kato, Erika Toda, Masakazu Kashihara, Yuji Ishida, Yukoh Hiei, Sachiko N. Isobe, Kenta Shirasawa, Hideki Hirakawa, Takashi Okamoto, Toshihiko Komari

Breeding Science 2021年1月（ ISSN:1344-7610 eISSN:1347-3735 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory

<title>Abstract</title>Somaclonal variation was studied by whole-genome sequencing in rice plants (<italic>Oryza sativa</italic> L., ‘Nipponbare’) regenerated from the zygotes, mature embryos, and immature embryos of a single mother plant. The mother plant and its seed-propagated progeny were also sequenced. A total of 338 variants of the mother plant sequence were detected in the progeny, and mean values ranged from 9.0 of the seed-propagated plants to 37.4 of regenerants from mature embryos. The ratio of single nucleotide variants among the variants was 74.3%, and the natural mutation rate calculated using the variants in the seed-propagated plants was 1.2 × 10−8. The percentage and the mutation rate were consistent with the values reported previously. Plants regenerated from mature embryos had significantly more variants than different progeny types. Therefore, using zygotes and immature embryos can reduce somaclonal variation during the genetic manipulation of rice.

DOI： 10.1101/2021.01.20.427397
Genome sequence of Hydrangea macrophylla and its application in analysis of the double flower phenotype. 国際誌

Nashima K, Shirasawa K, Ghelfi A, Hirakawa H, Isobe S, Suyama T, Wada T, Kurokura T, Uemachi T, Azuma M, Akutsu M, Kodama M, Nakazawa Y, Namai K

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 28 ( 1 ) 2021年1月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsaa026

PubMed

その他リンク： http://academic.oup.com/dnaresearch/article-pdf/28/1/dsaa026/36170800/dsaa026.pdf
Chromosome-level genome assembly of Ophiorrhiza pumila reveals the evolution of camptothecin biosynthesis. 国際誌

Rai A, Hirakawa H, Nakabayashi R, Kikuchi S, Hayashi K, Rai M, Tsugawa H, Nakaya T, Mori T, Nagasaki H, Fukushi R, Kusuya Y, Takahashi H, Uchiyama H, Toyoda A, Hikosaka S, Goto E, Saito K, Yamazaki M

Nature communications 12 ( 1 ) 405 - 405 2021年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41467-020-20508-2

PubMed
Identification of a Flavin Monooxygenase-Like Flavonoid 8-Hydroxylase with Gossypetin Synthase Activity from Lotus japonicus.

Hiraga Y, Shimada N, Nagashima Y, Suda K, Kanamori T, Ishiguro K, Sato Y, Hirakawa H, Sato S, Akashi T, Tanaka Y, Ohta D, Aoki K, Shibata D, Suzuki H, Kera K

Plant & cell physiology 62 ( 3 ) 411 - 423 2021年1月（ ISSN:0032-0781 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcaa171

PubMed
Chromosome-level de novo genome assemblies of over 100 plant species

Shirasawa K, Harada D, Hirakawa H, Isobe S, Kole C

Ｂｒｅｅｄｉｎｇ　Ｓｃｉｅｎｃｅ 71 ( 2 ) 117 - 124 2021年（ ISSN:13447610 eISSN:13473735 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本育種学会

DOI： 10.1270/jsbbs.20146

PubMed

CiNii Research
DNA marker for resistance to Puccinia horiana in chrysanthemum (Chrysanthemum morifolium Ramat.) "Southern Pegasus"

Sumitomo K, Shirasawa K, Isobe SN, Hirakawa H, Harata A, Kawabe M, Yagi M, Osaka M, Kunihisa M, Taniguchi F

Ｂｒｅｅｄｉｎｇ　Ｓｃｉｅｎｃｅ 71 ( 2 ) 261 - 267 2021年（ ISSN:13447610 eISSN:13473735 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本育種学会

DOI： 10.1270/jsbbs.20063

PubMed

CiNii Research
Root-knot nematode genetic diversity associated with host compatibility to sweetpotato cultivars. 国際誌

Asamizu E, Shirasawa K, Hirakawa H, Iwahori H

Molecular plant pathology 21 ( 8 ) 1088 - 1098 2020年8月（ ISSN:1464-6722 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/mpp.12961

PubMed
Effect of light on carotenoid and lipid production in the oleaginous yeast Rhodosporidium toruloides. 国際誌

Pham KD, Shida Y, Miyata A, Takamizawa T, Suzuki Y, Ara S, Yamazaki H, Masaki K, Mori K, Aburatani S, Hirakawa H, Tashiro K, Kuhara S, Takaku H, Ogasawara W

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 84 ( 7 ) 1501 - 1512 2020年7月（ ISSN:0916-8451 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/09168451.2020.1740581

PubMed
Insights into the evolution of symbiosis gene copy number and distribution from a chromosome-scale Lotus japonicus Gifu genome sequence. 国際誌

Kamal N, Mun T, Reid D, Lin JS, Akyol TY, Sandal N, Asp T, Hirakawa H, Stougaard J, Mayer KFX, Sato S, Andersen SU

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 27 ( 3 ) 2020年6月（ ISSN:1340-2838 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsaa015

PubMed
The Ficus erecta genome aids Ceratocystis canker resistance breeding in common fig (F. carica). 国際誌

Shirasawa K, Yakushiji H, Nishimura R, Morita T, Jikumaru S, Ikegami H, Toyoda A, Hirakawa H, Isobe S

The Plant journal : for cell and molecular biology 102 ( 6 ) 1313 - 1322 2020年6月（ ISSN:0960-7412 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/tpj.14703

PubMed
クロマツの連鎖地図構築とマツ材線虫病抵抗性に関する主要遺伝子座の同定

平尾知士, 松永孝治, 平川英樹, 白澤健太, 磯田圭哉, 三嶋賢太郎, 田村美帆, 渡辺敦史

日本森林学会大会発表データベース 131 ( 0 ) 760 2020年5月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本森林学会

我々はクロマツ及びアカマツにおいてマツ材線虫病に対する抵抗性育種の効率化を図るため、DNAマーカーの開発と抵抗性形質に関する遺伝子座と特定を進めている。これまでにクロマツでは、抵抗性の人工交配家系192個体を対象にして、マイクロサテライトマーカーやDNAマイクロアレイを中心とした複数のプラットフォームを用いることで、クロマツの連鎖地図作成と抵抗性形質との連鎖解析を行ってきた。現在までにクロマツの基本染色体数である12本の連鎖群に収束した標準連鎖地図（総全長1403.6 cM）を作成し、線虫の接種検定から得られた表現型データとの連鎖解析から、第3連鎖群にマツ材線虫病に関連する抵抗性の遺伝子座（PINE WILT DISEASE 1：PWD1）を検出した。本発表では、以上の研究内容について報告する。

DOI： 10.11519/jfsc.131.0_760

CiNii Research
AnAms1.0: A high-quality chromosome-scale assembly of a domestic cat Felis catus of American Shorthair breed

Sachiko Isobe, Yuki Matsumoto, Claire Chung, Mika Sakamoto, Ting-Fung Chan, Hideki Hirakawa, Genki Ishihara, Hon-Ming Lam, Shinobu Nakayama, Shigemi Sasamoto, Yasuhiro Tanizawa, Akiko Watanabe, Kei Watanabe, Masaru Yagura, Yasukazu Nakamura

bioRxiv 2020年5月

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出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory

<title>Abstract</title>The domestic cat (<italic>Felis catus</italic>) is one of the most popular companion animals in the world. Comprehensive genomic resources will aid the development and application of veterinary medicine including to improve feline health, in particular, to enable precision medicine which is promising in human application. However, currently available cat genome assemblies were mostly built based on the Abyssinian cat breed which is highly inbred and has limited power in representing the vast diversity of the cat population. Moreover, the current reference assembly remains fragmented with sequences contained in thousands of scaffolds. We constructed a reference-grade chromosome-scale genome assembly of a domestic cat, <italic>Felis catus</italic> genome of American Shorthair breed, Anicom American shorthair 1.0 (AnAms1.0) with high contiguity (scaffold N50 > 120 Mb), by combining multiple advanced genomic technologies, including PacBio long-read sequencing as well as sequence scaffolding by long-range genomic information obtained from Hi-C and optical mapping data. Homology-based and <italic>ab initio</italic> gene annotation was performed with the Iso-Seq data. Analyzed data is be publicly accessible on Cats genome informatics (Cats-I, <ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="https://cat.annotation.jp/">https://cat.annotation.jp/</ext-link>), a cat genome database established as a platform to facilitate the accumulation and sharing of genomic resources to improve veterinary care.

DOI： 10.1101/2020.05.19.103788
Correction: The persimmon genome reveals clues to the evolution of a lineage-specific sex determination system in plants. 国際誌

Takashi Akagi, Kenta Shirasawa, Hideki Nagasaki, Hideki Hirakawa, Ryutaro Tao, Luca Comai, Isabelle M Henry

PLoS genetics 16 ( 5 ) e1008845 2020年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

[This corrects the article DOI: 10.1371/journal.pgen.1008566.].

DOI： 10.1371/journal.pgen.1008845

PubMed
Genome sequence and analysis of a Japanese radish (Raphanus sativus) cultivar named 'Sakurajima Daikon' possessing giant root. 国際誌

Shirasawa K, Hirakawa H, Fukino N, Kitashiba H, Isobe S

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 27 ( 2 ) 2020年4月（ ISSN:1340-2838 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsaa010

PubMed
Comparative Genomic Analysis of Closely Related Acetobacter pasteurianus Strains Provides Evidence of Horizontal Gene Transfer and Reveals Factors Necessary for Thermotolerance. 国際誌

Matsutani M, Matsumoto N, Hirakawa H, Shiwa Y, Yoshikawa H, Okamoto-Kainuma A, Ishikawa M, Kataoka N, Yakushi T, Matsushita K

Journal of bacteriology 202 ( 8 ) 2020年3月（ ISSN:0021-9193 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JB.00553-19

PubMed
Construction of a framework linkage map and genetic dissection of drought- and yield-related QTLs in horsegram (Macrotyloma uniflorum)

Rakesh Kumar Chahota, Vikas Sharma, Maneet Rana, Reecha Sharma, Sunny Choudhary, T. R. Sharma, Kenta Shirasawa, Hideki Hirakawa, Sachiko N. Isobe

EUPHYTICA 216 ( 4 ) 2020年3月（ ISSN:0014-2336 eISSN:1573-5060 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：SPRINGER

Horsegram (Macrotyloma uniflorum) is a legume species that is widely distributed throughout the Indian subcontinent. It is considered to be an important dietary protein supplement and nutraceutical. Horsegram has a great potential for fulfilling future pulse crop demand due to its inherent ability to grow under very low moisture conditions. However, the genome structure and organization of this crop is poorly understood, thereby limiting the effective use of gene resources for genetic improvement. We report here our construction of the first framework linkage map of horsegram, consisting of 211 molecular markers (157 SSR, 39 RAPD, 8 ISSR and 7 COS), using a mapping population of 190 recombinant inbred lines derived from a cross between parental lines HPK4 and HPKM249. The map comprises 13 linkage groups (LGs) that span 1423.4 cM, with a mean marker interval of 9.6 cM. Phenotypic data for eight agronomic traits were recorded for 2 years and utilized to detect associated quantitative trait loci (QTLs). Five QTLs for four traits related to drought (days to temporary wilting, root length) and yield (numbers of seeds per plant, days to maturity) were detected on five LGs, with an LOD threshold of 4.0. The linkage and QTL analysis reported here provides useful information for future research work pertaining to the construction of highly enriched genetic maps as well as to the development of drought-resistant and high-yielding varieties of horsegram using marker-assisted selection.

DOI： 10.1007/s10681-020-02583-0

Web of Science
The Lotus japonicus nucleoporin GLE1 is involved in symbiotic association with rhizobia. 国際誌

Imai A, Ohtani M, Nara A, Tsukakoshi A, Narita A, Hirakawa H, Sato S, Suganuma N

Physiologia plantarum 168 ( 3 ) 590 - 600 2020年3月（ ISSN:0031-9317 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/ppl.12996

PubMed
The persimmon genome reveals clues to the evolution of a lineage-specific sex determination system in plants. 国際誌

赤木剛士, 白澤健太, 長崎英樹, 平川英樹, 田尾龍太郎

PLoS genetics 16 ( 2 ) e1008566 2020年2月（ ISSN:15537404 eISSN:15537404 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Public Library of Science (PLoS)

DOI： 10.1371/journal.pgen.1008566

PubMed

CiNii Research

その他リンク： https://dx.plos.org/10.1371/journal.pgen.1008566
Identification of genome-wide single-nucleotide polymorphisms among geographically diverse radish accessions. 国際誌

Kobayashi H, Shirasawa K, Fukino N, Hirakawa H, Akanuma T, Kitashiba H

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 27 ( 1 ) 2020年2月（ ISSN:1340-2838 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsaa001

PubMed
QTL analysis for flowering time in carnation (Dianthus caryophyllus L.)

Masafumi Yagi, Kenta Shirasawa, Hideki Hirakawa, Sachiko Isobe, Junko Matsuno, Yuichi Uno, Koji Tanase, Takashi Onozaki, Hiroyasu Yamaguchi

SCIENTIA HORTICULTURAE 262 2020年2月（ ISSN:0304-4238 eISSN:1879-1018 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：ELSEVIER

Flowering time is one of the most important traits in carnation (Dianthus caryophyllus L.) breeding because it decides the yearly yield. Two previously developed mapping populations were used to determine the number and effect of quantitative trait loci (QTLs) for flowering time. Flowering time showed large phenotypic segregation in two F-2 populations and in different years. Despite the different populations and different years, one major common QTL for flowering time was detected in linkage group 10 with the effect explaining from 18.2%-22.5% of the overall phenotypic variance. We developed a DNA marker, qD1Flw1-sc43-4, that was located close to the detected QTL for flowering time. We could distinguish the flowering time and categorize the genotypes of an F-1 population derived from a cross between late flowering 'Light Pink Barbara' and early flowering 'Kaneainou 1 go' using the qD1Flw1-sc43-4 marker. Our results suggest that flowering time in carnation involves several genetic factors. In this study, we identified one of the major factors for flowering time and developed a DNA marker that was tightly linked to the major QTL.

DOI： 10.1016/j.scienta.2019.109053

Web of Science
The rhizobial autotransporter determines the symbiotic nitrogen fixation activity of Lotus japonicus in a host-specific manner. 国際誌

Shimoda Y, Nishigaya Y, Yamaya-Ito H, Inagaki N, Umehara Y, Hirakawa H, Sato S, Yamazaki T, Hayashi M

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117 ( 3 ) 1806 - 1815 2020年1月（ ISSN:0027-8424 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1913349117

PubMed
3-1-42 農耕地利用の強度に応答したアーバスキュラー菌根菌群集の収斂と多様性の維持機構（3-1 土壌生物の生態と機能 2020年度岡山大会）

丹羽理恵子, 小八重善裕, 大友量, 林正紀, 唐澤敏彦, 神山拓也, 丸山隼人, 江沢辰広, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信, 佐藤孝, 鈴木貴恵, 佐藤匠, 俵谷圭太郎, 福永亜矢子

日本土壌肥料学会講演要旨集 66 34 - 34 2020年（ ISSN:0288-5840 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本土壌肥料学会

DOI： 10.20710/dohikouen.66.0_34_3
Advances of Whole Genome Sequencing in Strawberry with NGS Technologies

Isobe Sachiko, Shirasawa Kenta, Hirakawa Hideki

The Horticulture Journal 89 ( 2 ) 108 - 114 2020年（ ISSN:2189-0102 ）

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記述言語：英語出版者・発行元：一般社団法人園芸学会

Next generation sequencing (NGS) is one of the most impactful technologies to appear in the 21st century, and has already brought important changes to agriculture, especially in the field of breeding. Construction of a reference genome is key to the advancement of genomic studies, and therefore, de novo whole genome assembly has been performed in various plants, including strawberry. Strawberry (Fragaria × ananassa) is an allo-octoploid species (2n = 8x = 56), which has four discriminable subgenomes. Because of its complex genome structure, de novo whole genome assembly in strawberry has been considered a difficult challenge. However, recent advances of NGS technologies have allowed the construction of chromosome-scale de novo whole genome assembly. In this manuscript, we review the recent advances in de novo whole genome sequencing in strawberry and other Fragaria species. The genome structure and domestication history in strawberry is one of the largest questions in genetic and genomic studies in strawberry. Therefore, the domestication history in strawberry is also be reviewed based on comparisons of genes and genome sequences across Fragaria species.

DOI： 10.2503/hortj.UTD-R012

CiNii Books
外生菌根菌ホンシメジのゲノムアセンブリと解析

小林裕樹, 柴田朋子, 平川英樹, 山田明義, 重信秀治, 西山智明, 長谷部光泰, 川口正代司

日本菌学会大会講演要旨集 64 ( 0 ) 65 2020年

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本菌学会

DOI： 10.11556/msj7abst.64.0_65b

CiNii Research
Hayai-Annotation Plants: an ultra-fast and comprehensive functional gene annotation system in plants. 国際誌

Ghelfi A, Shirasawa K, Hirakawa H, Isobe S

Bioinformatics (Oxford, England) 35 ( 21 ) 4427 - 4429 2019年11月（ ISSN:1367-4803 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/btz380

PubMed
Current status in whole genome sequencing and analysis of Ipomoea spp. 国際誌

Isobe S, Shirasawa K, Hirakawa H

Plant cell reports 38 ( 11 ) 1365 - 1371 2019年11月（ ISSN:0721-7714 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00299-019-02464-4

PubMed
Construction of genetic linkage map and identification of a novel major locus for resistance to pine wood nematode in Japanese black pine (Pinus thunbergii). 国際誌

Hirao T, Matsunaga K, Hirakawa H, Shirasawa K, Isoda K, Mishima K, Tamura M, Watanabe A

BMC plant biology 19 ( 1 ) 424 - 424 2019年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12870-019-2045-y

PubMed
種を超えた植物ゲノム情報統合のためのデータリンク基盤の構築

市原寿子, 磯部祥子, 平川英樹, 原田大士朗, ジェルフィアンドレア, 小原光代, 山田学, 白澤沙知子, 中村保一, 田村卓郎, 杉原英志, 田畑哲之, 中谷明弘

1 2019年10月

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出版者・発行元：バイオサイエンスデータベースセンター

DOI： 10.18908/togo2019.p027

CiNii Research
Phased genome sequence of an interspecific hybrid flowering cherry, 'Somei-Yoshino' (Cerasus × yedoensis). 国際誌

Shirasawa K, Esumi T, Hirakawa H, Tanaka H, Itai A, Ghelfi A, Nagasaki H, Isobe S

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 26 ( 5 ) 379 - 389 2019年10月（ ISSN:1340-2838 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsz016

PubMed
A pure line derived from a self-compatible Chrysanthemum seticuspe mutant as a model strain in the genus Chrysanthemum. 国際誌

Nakano M, Taniguchi K, Masuda Y, Kozuka T, Aruga Y, Han J, Motohara K, Nakata M, Sumitomo K, Hisamatsu T, Nakano Y, Yagi M, Hirakawa H, Isobe SN, Shirasawa K, Nagashima Y, Na H, Chen L, Liang G, Chen R, Kusaba M

Plant science : an international journal of experimental plant biology 287 110174 - 110174 2019年10月（ ISSN:0168-9452 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.plantsci.2019.110174

PubMed
Genome-wide association study overcomes the genome complexity in autohexaploid chrysanthemum and tags SNP markers onto the flower color genes. 国際誌

Sumitomo K, Shirasawa K, Isobe S, Hirakawa H, Hisamatsu T, Nakano Y, Yagi M, Ohmiya A

Scientific reports 9 ( 1 ) 13947 - 13947 2019年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41598-019-50028-z

PubMed
P3-1-5 未利用地から農地への土地利用変化に伴う土壌微生物群集構造の変化（3-1 土壌生物の生態と機能，2019年静岡大会）

高田理江, 花野滋, 宮本託志, 滝澤理仁, 冨永達, 柴田大輔, 櫻井望, 平川英樹, 小林優

日本土壌肥料学会講演要旨集 65 31 - 31 2019年9月（ ISSN:0288-5840 eISSN:2424-0575 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本土壌肥料学会

DOI： 10.20710/dohikouen.65.0_31_2

CiNii Research
De novo whole-genome assembly in Chrysanthemum seticuspe, a model species of Chrysanthemums, and its application to genetic and gene discovery analysis. 国際誌

Hirakawa H, Sumitomo K, Hisamatsu T, Nagano S, Shirasawa K, Higuchi Y, Kusaba M, Koshioka M, Nakano Y, Yagi M, Yamaguchi H, Taniguchi K, Nakano M, Isobe SN

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 26 ( 3 ) 195 - 203 2019年6月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsy048

Web of Science

PubMed
雄花着花量の異なるスギクローンのジベレリン処理後の遺伝子発現解析

坪村美代子, 三嶋賢太郎, 平尾知士, 永野聡一郎, 平川英樹

日本森林学会大会発表データベース 130 ( 0 ) 579 2019年5月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本森林学会

スギはクローンによって雄花の着花量が異なることが知られており、着花量の少ないクローンは少花粉スギとしての利用が進められている。スギの雄花の着花量に関しては形質評価や遺伝性の報告はあるが、着花量の変異がどのような遺伝子によって決められているのか、明らかにした例はない。本研究では、着花量の異なるクローン群を使用してジベレリン（着花促進）処理後の遺伝子発現を解析した。過去のデータより雄花着花量の多い7クローンと少ない7クローンを関東育種基本区より選抜し、ジベレリン処理を行った。処理3時間後、10日後に針葉を採取・RNAを抽出し、合計28サンプルをRNA-seq（Illumina社 HiSeq 4000）解析に供した。各サンプル平均4,500万リードを取得し、Trinityによるde novoアセンブルを行い、約68,000のunigeneを構築した。リファレンス配列に各サンプルのリードをマッピングし、正規化した値を用いて、着花量に応じて発現量が変化する遺伝子群について解析した結果を報告する。

DOI： 10.11519/jfsc.130.0_579

CiNii Research
Widely targeted metabolome and transcriptome landscapes of Allium fistulosum – A . cepa chromosome addition lines revealed a flavonoid hot spot on chromosome 5A 査読国際誌

Mostafa Abdelrahman, Sho Hirata, Yuji Sawada, Masami Yokota Hirai, Shusei Sato, Hideki Hirakawa, Yoko Mine, Keisuke Tanaka, Masayoshi Shigyo

Scientific Reports 9 ( 1 ) 3541 - 3541 2019年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41598-019-39856-1

PubMed
Diversity of NADH dehydrogenases in acetic acid bacteria: adaptation to modify their phenotype through gene expansions and losses and neo-functionalization 国際誌

Minenosuke Matsutani, Hideki Hirakawa, Feronika Heppy Sriherfyna, Toshiharu Yakushi, Kazunobu Matsushita

MICROBIOLOGY-SGM 165 ( 3 ) 287 - 291 2019年3月（ ISSN:1350-0872 eISSN:1465-2080 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：MICROBIOLOGY SOC

NADH dehydrogenase plays an important role in the central metabolism of almost all organisms, including acetic acid bacteria (AAB). In this study, the gene diversity of the NADH dehydrogenases in AAB was investigated. The distribution of the genes of the type I and type II NADH dehydrogenases in AAB was mostly congruent with their phylogenetic relationships. There are two phylogenetically distinct type I NADH dehydrogenase complexes, complex IA and complex IE. Complex IA', which lacks the nuoM gene from complex IA, was only conserved in the genera Acetobacter, Gluconacetobacter and Komagataeibacter, which all have the ability to perform acetic acid fermentation, whereas the complex IE gene cluster was found randomly in several species of AAB. Almost all AAB, excluding the early-diverged species, had the type II NADH dehydrogenase, while some of the species also had the homologue with an amino acid replacement at the residue responsible for NADPH oxidation ability. Thus, the gene repertoire of NADH dehydrogenases shows a history of adaptation towards their habitats through gene expansions and losses and neo-functionalization in AAB.

DOI： 10.1099/mic.0.000774

Web of Science

PubMed
Identification of potential genes involved in triterpenoid saponins biosynthesis in Gleditsia sinensis by transcriptome and metabolome analyses.

Kuwahara Y, Nakajima D, Shinpo S, Nakamura M, Kawano N, Kawahara N, Yamazaki M, Saito K, Suzuki H, Hirakawa H

Journal of natural medicines 73 ( 2 ) 369 - 380 2019年3月（ ISSN:1340-3443 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s11418-018-1270-2

PubMed
Spinacia属における性決定候補遺伝子の探索および構造解析

岡崎洋助, 平川英樹, 小野寺康之

日本育種学会・日本作物学会北海道談話会会報 60 ( 0 ) 74 - 75 2019年（ ISSN:2432-0307 eISSN:24320307 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本育種学会・日本作物学会北海道談話会

DOI： 10.20751/hdanwakai.60.0_74

CiNii Research

J-GLOBAL
Impact of Introduction of Arbuscular Mycorrhizal Fungi on the Root Microbial Community in Agricultural Fields.

Akyol TY, Niwa R, Hirakawa H, Maruyama H, Sato T, Suzuki T, Fukunaga A, Sato T, Yoshida S, Tawaraya K, Saito M, Ezawa T, Sato S

Ｍｉｃｒｏｂｅｓ　ａｎｄ　ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ 34 ( 1 ) 23 - 32 2019年（ ISSN:13426311 eISSN:13474405 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本微生物生態学会 / 日本土壌微生物学会 / Taiwan Society of Microbial Ecology / 植物微生物研究会 / 極限環境微生物学会

DOI： 10.1264/jsme2.me18109

PubMed

CiNii Research
ホウレンソウ性決定候補遺伝子の発現解析

須藤有紀, 長部高之, 平川英樹, 鈴木穣, 小野寺康之

日本育種学会・日本作物学会北海道談話会会報 60 ( 0 ) 72 - 73 2019年（ eISSN:24320307 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本育種学会・日本作物学会北海道談話会

DOI： 10.20751/hdanwakai.60.0_72

CiNii Research
Molecular evidence for recent divergence of X- and Y-linked gene pairs in Spinacia oleracea L. 国際誌

Okazaki Y, Takahata S, Hirakawa H, Suzuki Y, Onodera Y

PloS one 14 ( 4 ) e0214949 2019年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pone.0214949

PubMed
Killer Applications in Plant GARDEN: Integration of Bioinformatics Tools for Plant Science and Breeding

GHELFI Andrea, 藤代継一, 白澤健太, 原田大士郎, 小原光代, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

トーゴーの日2018 1 2018年10月

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出版者・発行元：バイオサイエンスデータベースセンター

DOI： 10.18908/togo2018.p030

CiNii Research
種を超えた植物ゲノム情報統合のためのデータリンク基盤の構築

市原寿子, 原田大士朗, FAWCETT Jeffrey, 白澤沙知子, 小原光代, 菊地正隆, 長谷川舞衣, 平川英樹, 磯部祥子, 田畑哲之, 中谷明弘

1 2018年10月

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出版者・発行元：バイオサイエンスデータベースセンター

DOI： 10.18908/togo2018.p032

CiNii Research
植物ゲノム情報統合ポータルサイトPlant GARDENの構築

平川英樹, 原田大士朗, GHELFI Andrea, FAWCETT Jeffrey, 白澤沙知子, 市原寿子, 中谷明弘, 磯部祥子, 田畑哲之

1 2018年10月

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出版者・発行元：バイオサイエンスデータベースセンター

DOI： 10.18908/togo2018.p031

CiNii Research
世界における植物ゲノム解析の現状と課題

原田大士朗, 市原寿子, 中谷明弘, GHELFI Andrea, 藤代継一, 小原光代, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

トーゴーの日2018 1 2018年10月

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出版者・発行元：バイオサイエンスデータベースセンター

DOI： 10.18908/togo2018.p033

CiNii Research
Challenge to genomic selection in strawberry at four breeding stations in Japan

S. Nagano, K. Shirasawa, F. Maeda, M. Watanabe, Y. Noguchi, S. Kataoka, T. Wada, K. Oku, M. Mori, K. Tasaki, K. Iimura, A. Nakaya, T. Yanagi, H. Hirakawa, S. Isobe

Acta Horticulturae 1203 1 - 8 2018年6月（ ISSN:0567-7572 eISSN:2406-6168 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

© 2018 International Society for Horticultural Science. All Rights Reserved. There are more than 30 strawberry breeding stations in Japan, which have developed various cultivars with high-quality fruits under heated conditions. Nonetheless, breeders have begun to feel the limitations of conventional breeding methods, and there is a need for more strategic breeding approaches based on genetic information. To address this problem, we developed a next-generation molecular breeding method to improve fruit firmness in strawberries using a combination of genomic selection (GS) and recurrent selection. This approach was developed in conjunction with four breeding stations operated at the National Agriculture and Food Research Organization Institute of Vegetable and Floriculture Science (NARO-IVFS) and Tochigi, Fukuoka and Chiba prefectures. Multiple parental populations were developed at the four breeding stations, and genotyping and phenotyping were performed for GS modelling. Simple sequence repeat (SSR) markers and single nucleotide polymorphisms (SNPs) previously mapped onto linkage maps were used for genotyping. Conventional GS requires genome-wide genotyping for both the training and breeding populations. To decrease the cost and time for genotyping in the breeding population, we used an Ensemble-based genetic and genomic search (EGGS) in order to generate a model with fewer DNA markers. Second-generation populations (G2) exhibiting reduced variation in fruit firmness compared with the original populations have already been developed. The frequencies of targeted genotypes were increased from the initial population (G0) to the second generation (G2). Though many issues remain to be addressed, we expect that our method will open a new avenue for strawberry breeding.

DOI： 10.17660/ActaHortic.2018.1203.1

Scopus
Dissection of niche competition between introduced and indigenous arbuscular mycorrhizal fungi with respect to soybean yield responses. 国際誌

Niwa R, Koyama T, Sato T, Adachi K, Tawaraya K, Sato S, Hirakawa H, Yoshida S, Ezawa T

Scientific reports 8 ( 1 ) 7419 - 7419 2018年5月（ ISSN:2045-2322 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41598-018-25701-4

Web of Science

PubMed
Genome structure of Rosa multiflora, a wild ancestor of cultivated roses. 査読国際誌

Nakamura N, Hirakawa H, Sato S, Otagaki S, Matsumoto S, Tabata S, Tanaka Y

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 25 ( 2 ) 113 - 121 2018年4月（ ISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsx042

Scopus

PubMed
Molecular insights into the non-recombining nature of the spinach male-determining region. 査読国際誌

Kudoh T, Takahashi M, Osabe T, Toyoda A, Hirakawa H, Suzuki Y, Ohmido N, Onodera Y

Molecular genetics and genomics : MGG 293 ( 2 ) 557 - 568 2018年4月（ ISSN:1617-4615 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00438-017-1405-2

PubMed
Association studies of seed-yield related traits for Jatropha curcas L. in Mexico 査読

Tropical Agriculture and Development 62 68 - 77 2018年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.11248/jsta.62.68
Mining of the Uncharacterized Cytochrome P450 Genes Involved in Alkaloid Biosynthesis in California Poppy Using a Draft Genome Sequence.

堀健太郎, 山田泰之, 佐藤文彦

Plant & cell physiology 59 ( 2 ) 222 - 233 2018年2月（ ISSN:00320781 eISSN:14719053 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)

DOI： 10.1093/pcp/pcx210

Scopus

PubMed

CiNii Research
Correction: RNA-sequencing-based transcriptome and biochemical analyses of steroidal saponin pathway in a complete set of Allium fistulosum-A. cepa monosomic addition lines. 国際誌

Mostafa Abdelrahman, Magdi El-Sayed, Shusei Sato, Hideki Hirakawa, Shin-Ichi Ito, Keisuke Tanaka, Yoko Mine, Nobuo Sugiyama, Yutaka Suzuki, Naoki Yamauchi, Masayoshi Shigyo

PloS one 13 ( 1 ) e0190813 2018年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

[This corrects the article DOI: 10.1371/journal.pone.0181784.].

DOI： 10.1371/journal.pone.0190813

PubMed
Inoculum effect of arbuscular mycorrhizal fungi on soybeans grown in long-term bare-fallowed field with low phosphate availability

Hayashi Masaki, Niwa Rieko, Urashima Yasufumi, Suga Yuko, Sato Shusei, Hirakawa Hideki, Yoshida Shigenobu, Ezawa Tatsuhiro, Karasawa Toshihiko

Soil Science and Plant Nutrition 64 ( 3 ) 306 - 311 2018年（ ISSN:0038-0768 ）

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出版者・発行元：Informa UK Limited

DOI： 10.1080/00380768.2018.1473007
植物ゲノム統合データベースPGDBjの構築

平川英樹, 中谷明弘, 市原寿子, 柴谷多恵子, 浅水恵理香, 白澤沙知子, 中村保一, 磯部祥子, 田畑哲之

トーゴーの日2017 1 2017年10月

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出版者・発行元：バイオサイエンスデータベースセンター

DOI： 10.18908/togo2017.p068

CiNii Research
種を超えたゲノム情報統合のためのデータリンク基盤の構築

市原寿子, 菊地正隆, 長谷川舞衣, 小原光代, 平川英樹, 磯部祥子, 田畑哲之, 中谷明弘

1 2017年10月

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出版者・発行元：バイオサイエンスデータベースセンター

DOI： 10.18908/togo2017.p069

CiNii Research
Development and Characterization of SSR Markers to Study Genetic Diversity and Population Structure of Horsegram Germplasm (Macrotyloma uniflorum)

R. K. Chahota, Divya Shikha, Maneet Rana, Vikas Sharma, Akshay Nag, T. R. Sharma, J. C. Rana, Hideki Hirakawa, Sachiko Isobe

PLANT MOLECULAR BIOLOGY REPORTER 35 ( 5 ) 550 - 561 2017年10月（ ISSN:0735-9640 eISSN:1572-9818 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：SPRINGER

Development of genomic resources in any crop is the pre-requisite for the construction of linkage map and implementation of molecular breeding strategies to develop superior cultivars. Large number of molecular markers are required to enrich the scanty information available in horsegram (Macrotyloma uniflorum).We employed the next-generation Illumina sequencing platform to develop a large number of microsatellite markers in this species. Of the total 23,305 potential SSRs motifs, 5755 primers were designed. Of these, 1425, 1310, 856, 1276, and 888 were of di-, tri-, tetra-, penta-, and hexa-nucleotide repeats respectively. Thirty polymorphic SSR primers and 24 morphological traits were used in 360 horsegram accessions to detect the genetic diversity and population structure. Thirty primers amplified 170 polymorphic alleles with an average of 5.6 alleles per primer having size 80 to 380 bp. The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.15 to 0.76 with an average of 0.50, suggesting that SSR markers used in the study were polymorphic and suitable for characterization of horsegram germplasm. Dendrogram-based on Jaccard's similarity coefficient and neighbor-joining tree grouped the horsegram accessions into two major clusters. Similarly, STRUCTURE analysis assigned genotypes into two gene pools namely Himalayan origin and Southern India. Diversity analysis based on 24 agro-morphological traits also suggested the presence of high level of diversity among the accessions.

DOI： 10.1007/s11105-017-1045-z

Web of Science
The genome sequence of sweet cherry (Prunus avium) for use in genomics-assisted breeding. 国際誌

Shirasawa K, Isuzugawa K, Ikenaga M, Saito Y, Yamamoto T, Hirakawa H, Isobe S

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 24 ( 5 ) 499 - 508 2017年10月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsx020

Web of Science

PubMed
Genetic Tracing of Jatropha curcas L. from Its Mesoamerican Origin to the World 国際誌

Haiyan Li, Suguru Tsuchimoto, Kyuya Harada, Masanori Yamasaki, Hiroe Sakai, Naoki Wada, Atefeh Alipour, Tomohiro Sasai, Atsushi Tsunekawa, Hisashi Tsujimoto, Takayuki Ando, Hisashi Tomemori, Shusei Sato, Hideki Hirakawa, Victor P. Quintero, Alfredo Zamarripa, Primitivo Santos, Adel Hegazy, Abdalla M. Ali, Kiichi Fukui

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 8 1539 - 1539 2017年9月（ ISSN:1664-462X ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：FRONTIERS MEDIA SA

Jatropha curcas L. (Jatropha), a shrub species of the family Euphorbiaceae, has been recognized as a promising biofuel plant for reducing greenhouse gas emissions. However, recent attempts at commercial cultivation in Africa and Asia have failed because of low productivity. It is important to elucidate genetic diversity and relationship in worldwide Jatropha genetic resources for breeding of better commercial cultivars. Here, genetic diversity was analyzed by using 246 accessions from Mesoamerica, Africa and Asia, based on 59 simple sequence repeat markers and eight retrotransposon-based insertion polymorphism markers. We found that central Chiapas of Mexico possesses the most diverse genetic resources, and the Chiapas Central Depression could be the center of origin. We identified three genetic groups in Mesoamerica, whose distribution revealed a distinct geographic cline. One of them consists mainly of accessions from central Chiapas. This suggests that it represents the original genetic group. We found two Veracruz accessions in another group, whose ancestors might be shipped from Port of Veracruz to the Old World, to be the source of all African and Asian Jatropha. Our results suggest the human selection that caused low productivity in Africa and Asia, and also breeding strategies to improve African and Asian Jatropha. Cultivars improved in the productivity will contribute to expand mass commercial cultivation of Jatropha in Africa and Asia to increase biofuel production, and finally will support in the battle against the climate change.

DOI： 10.3389/fpls.2017.01539

Web of Science

PubMed
Complete Sequence of a Staphylococcus aureus Clonal Complex 81 Strain, the Dominant Lineage in Food Poisoning Outbreaks in Japan. 国際誌

Sato'o Y, Hisatsune J, Hirakawa H, Ono HK, Omoe K, Sugai M

Genome announcements 5 ( 34 ) 2017年8月（ ISSN:2169-8287 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/genomeA.00853-17

PubMed
Development of genome-wide SSR markers in horsegram and their use for genetic diversity and cross-transferability analysis

Rahul Kaldate, Maneet Rana, Vikas Sharma, Hideki Hirakawa, Rahul Kumar, Gagandeep Singh, Rakesh Kumar Chahota, Sachiko N. Isobe, Tilak Raj Sharma

MOLECULAR BREEDING 37 ( 8 ) 2017年8月（ ISSN:1380-3743 eISSN:1572-9788 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：SPRINGER

Horsegram [Macrotyloma uniflorum (Lam.) Verdc.] commonly known as kulthi or Madras gram is an important drought tolerant legume crop used as food and fodder in India and across the globe. Horsegram is tolerant to many biotic and abiotic stresses and considered a potential future food legume. Despite being a multiutility crop, insufficient genomic information is available in this species, which is otherwise required for genetic improvement. Hence, in the present work we used next-generation sequencing (NGS) technology for genome-wide development and characterization of novel simple sequence repeat (SSR) markers in horsegram. In all, 2458 SSR primer pairs were designed from NGS data and 117 SSRs were characterized in 48 diverse lines of horsegram. Cross-transferability of these markers was also checked in nine related legume species. The polymorphic SSRs revealed high diversity measures such as mean values of expected heterozygosity (He; 0.54), observed heterozygosity (Ho; 0.64), and polymorphism information content (PIC; 0.46). Analysis of molecular variance (AMOVA) revealed high degree of genetic variance within the populations. Dendrogram based on Jaccard's similarity coefficient and principal component analysis (PCA) revealed two groups in the analyzed accessions. This observation was further confirmed by Bayesian genetic STRUCTURE analysis. The SSR markers developed herein can be used in diverse genetic analysis including association mapping in this crop and also in related legume crops with limited marker resources. Hence, this new SSR dataset can be useful for molecular breeding research in this underutilized pulse crop. In addition, genetic diversity estimates of analyzed germplasm can be important for devising future breeding programmes in horsegram.

DOI： 10.1007/s11032-017-0701-1

Web of Science
RNA-sequencing-based transcriptome and biochemical analyses of steroidal saponin pathway in a complete set of Allium fistulosum-A. cepa monosomic addition lines. 査読国際誌

Abdelrahman M, El-Sayed M, Sato S, Hirakawa H, Ito SI, Tanaka K, Mine Y, Sugiyama N, Suzuki Y, Yamauchi N, Shigyo M

PloS one 12 ( 8 ) e0181784 2017年8月（ ISSN:1932-6203 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pone.0181784

Web of Science

PubMed
Draft Genome Sequences of the Xylose-Fermenting Yeast Scheffersomyces shehatae NBRC 1983(T) and a Thermotolerant Isolate of S. shehatae ATY839 (JCM 18690). 国際誌

Okada N, Tanimura A, Hirakawa H, Takashima M, Ogawa J, Shima J

Genome announcements 5 ( 20 ) 2017年5月（ ISSN:2169-8287 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/genomeA.00347-17

PubMed
Discrimination of candidate subgenome-specific loci by linkage map construction with an S(1) population of octoploid strawberry (Fragaria × ananassa). 国際誌

Nagano S, Shirasawa K, Hirakawa H, Maeda F, Ishikawa M, Isobe SN

BMC genomics 18 ( 1 ) 374 - 374 2017年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-017-3762-y

PubMed
Complete genome sequencing of newly isolated thermotolerant Corynebacterium glutamicum N24 provides a new insights into its thermotolerant phenotype.

Matsutani M, Nantapong N, Murata R, Paisrisan P, Hirakawa H, Kataoka N, Yakushi T, Matsushita K

Journal of biotechnology 247 29 - 33 2017年4月（ ISSN:0168-1656 ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/j.jbiotec.2017.02.025

PubMed
Large-scale collection of full-length cDNA and transcriptome analysis in Hevea brasiliensis. 査読国際誌

Makita Y, Ng KK, Veera Singham G, Kawashima M, Hirakawa H, Sato S, Othman AS, Matsui M

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 24 ( 2 ) 159 - 167 2017年4月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsw056

Web of Science

PubMed
A high-density SNP genetic map consisting of a complete set of homologous groups in autohexaploid sweetpotato (Ipomoea batatas)

Shirasawa, K; Tanaka, M; Takahata, Y; Ma, DF; Cao, QH; Liu, QC; Zhai, H; Kwak, SS; Jeong, JC; Yoon, UH; Lee, HU; Hirakawa, H; Isobe, S

SCIENTIFIC REPORTS 7 44207 2017年3月（ ISSN:2045-2322 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/srep44207

Web of Science

PubMed
A Novel Repressor of the ica Locus Discovered in Clinically Isolated Super-Biofilm-Elaborating Staphylococcus aureus 国際誌

Yu, LS; Hisatsune, J; Hayashi, I; Tatsukawa, N; Sato'o, Y; Mizumachi, E; Kato, F; Hirakawa, H; Pier, GB; Sugai, M

MBIO 8 ( 1 ) 2017年1月（ ISSN:2150-7511 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/mBio.02282-16

Web of Science

PubMed
Challenges to genome sequence dissection in sweetpotato.

Isobe S, Shirasawa K, Hirakawa H

Breeding science 67 ( 1 ) 35 - 40 2017年1月（ ISSN:1344-7610 ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1270/jsbbs.16186

PubMed
Climate Clever Clovers: New Paradigm to Reduce the Environmental Footprint of Ruminants by Breeding Low Methanogenic Forages Utilizing Haplotype Variation. 国際誌

Parwinder Kaur, Rudi Appels, Philipp E Bayer, Gabriel Keeble-Gagnere, Jiankang Wang, Hideki Hirakawa, Kenta Shirasawa, Philip Vercoe, Katia Stefanova, Zoey Durmic, Phillip Nichols, Clinton Revell, Sachiko N Isobe, David Edwards, William Erskine

Frontiers in plant science 8 1463 - 1463 2017年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Mitigating methane production by ruminants is a significant challenge to global livestock production. This research offers a new paradigm to reduce methane emissions from ruminants by breeding climate-clever clovers. We demonstrate wide genetic diversity for the trait methanogenic potential in Australia's key pasture legume, subterranean clover (Trifolium subterraneum L.). In a bi-parental population the broadsense heritability in methanogenic potential was moderate (H2 = 0.4) and allelic variation in a region of Chr 8 accounted for 7.8% of phenotypic variation. In a genome-wide association study we identified four loci controlling methanogenic potential assessed by an in vitro fermentation system. Significantly, the discovery of a single nucleotide polymorphism (SNP) on Chr 5 in a defined haplotype block with an upstream putative candidate gene from a plant peroxidase-like superfamily (TSub_g18548) and a downstream lectin receptor protein kinase (TSub_g18549) provides valuable candidates for an assay for this complex trait. In this way haplotype variation can be tracked to breed pastures with reduced methanogenic potential. Of the quantitative trait loci candidates, the DNA-damage-repair/toleration DRT100-like protein (TSub_g26967), linked to avoid the severity of DNA damage induced by secondary metabolites, is considered central to enteric methane production, as are disease resistance (TSub_g26971, TSub_g26972, and TSub_g18549) and ribonuclease proteins (TSub_g26974, TSub_g26975). These proteins are good pointers to elucidate the genetic basis of in vitro microbial fermentability and enteric methanogenic potential in subterranean clover. The genes identified allow the design of a suite of markers for marker-assisted selection to reduce rumen methane emission in selected pasture legumes. We demonstrate the feasibility of a plant breeding approach without compromising animal productivity to mitigate enteric methane emissions, which is one of the most significant challenges to global livestock production.

DOI： 10.3389/fpls.2017.01463

PubMed
Complete Genome Sequence of Super Biofilm-Elaborating Staphylococcus aureus Isolated in Japan. 査読国際誌

Yu L, Hisatsune J, Hirakawa H, Mizumachi E, Toyoda A, Yahara K, Sugai M

Genome announcements 5 ( 41 ) 2017年（ ISSN:2169-8287 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/genomeA.01043-17

Scopus

PubMed
Establishment of a genome-wide and quantitative protocol for assessment of transcriptional activity at human retrotransposon L1 antisense promoters.

Ishiguro K, Higashino S, Hirakawa H, Sato S, Aizawa Y

Genes & genetic systems 92 ( 5 ) 243 - 249 2017年（ ISSN:13417568 eISSN:18805779 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本遺伝学会

DOI： 10.1266/ggs.16-00053

Scopus

PubMed

CiNii Research
Plant Genome DataBase Japan (PGDBj).

Nakaya A, Ichihara H, Asamizu E, Shirasawa S, Nakamura Y, Tabata S, Hirakawa H

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 1533 45 - 77 2017年（ ISSN:1064-3745 ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1007/978-1-4939-6658-5_3

PubMed
Draft genome sequence of an inbred line of Chenopodium quinoa, an allotetraploid crop with great environmental adaptability and outstanding nutritional properties 査読

Yasui, Y; Hirakawa, H; Oikawa, T; Toyoshima, M; Matsuzaki, C; Ueno, M; Mizuno, N; Nagatoshi, Y; Imamura, T; Miyago, M; Tanaka, K; Mise, K; Tanaka, T; Mizukoshi, H; Mori, M; Fujita, Y

DNA RESEARCH 23 ( 6 ) 535 - 546 2016年12月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsw037

Web of Science

PubMed
Target Amplicon Sequencing for Genotyping Genome-Wide Single Nucleotide Polymorphisms Identified by Whole-Genome Resequencing in Peanut

Shirasawa, K; Kuwata, C; Watanabe, M; Fukami, M; Hirakawa, H; Isobe, S

PLANT GENOME 9 ( 3 ) 2016年11月（ ISSN:1940-3372 eISSN:1940-3372 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3835/plantgenome2016.06.0052

Web of Science

Scopus

PubMed
植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築

柴谷多恵子, 市原寿子, 白澤沙知子, 中村保一, 中谷明弘, 浅水恵理香, 平川英樹, 田畑哲之

1 2016年10月

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出版者・発行元：バイオサイエンスデータベースセンター

DOI： 10.18908/togo2016.p020

CiNii Research
Blue Light Perception by Both Roots and Rhizobia Inhibits Nodule Formation in Lotus japonicus 査読

Shimomura, A; Naka, A; Miyazaki, N; Moriuchi, S; Arima, S; Sato, S; Hirakawa, H; Hayashi, M; Maymon, M; Hirsch, AM; Suzukit, A

MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS 29 ( 10 ) 786 - 796 2016年10月（ ISSN:0894-0282 eISSN:1943-7706 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1094/MPMI-03-16-0048-R

Web of Science

PubMed
High-resolution genetic maps of Lotus japonicus and L-burttii based on re-sequencing of recombinant inbred lines 査読

Shah, N; Hirakawa, H; Kusakabe, S; Sandal, N; Stougaard, J; Schierup, MH; Sato, S; Andersen, SU

DNA RESEARCH 23 ( 5 ) 487 - 494 2016年10月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsw033

Web of Science

PubMed
The LORE1 insertion mutant resource 査読

Malolepszy, A; Mun, T; Sandal, N; Gupta, V; Dubin, M; Urbanski, D; Shah, N; Bachmann, A; Fukai, E; Hirakawa, H; Tabata, S; Nadzieja, M; Markmann, K; Su, JY; Umehara, Y; Soyano, T; Miyahara, A; Sato, S; Hayashi, M; Stougaard, J; Andersen, SU

PLANT JOURNAL 88 ( 2 ) 306 - 317 2016年10月（ ISSN:0960-7412 eISSN:1365-313X ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/tpj.13243

Web of Science

PubMed
Whole-Genome Sequence of the Nitrogen-Fixing Symbiotic Rhizobium Mesorhizobium loti Strain TONO

Shimoda, Y; Hirakawa, H; Sato, S; Saeki, K; Hayashi, M

GENOME ANNOUNCEMENTS 4 ( 5 ) 2016年9月（ ISSN:2169-8287 eISSN:2169-8287 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/genomeA.01016-16

Web of Science

PubMed
Draft genome sequence of subterranean clover, a reference for genus Trifolium 国際誌

Hirakawa, H; Kaur, P; Shirasawa, K; Nichols, P; Nagano, S; Appels, R; Erskine, W; Isobe, SN

SCIENTIFIC REPORTS 6 30358 - 30358 2016年8月（ ISSN:2045-2322 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/srep30358

Web of Science

PubMed
Complete Genome Sequence of Moraxella osloensis Strain KMC41, a Producer of 4-Methyl-3-Hexenoic Acid, a Major Malodor Compound in Laundry 国際誌

Goto, T; Hirakawa, H; Morita, Y; Tomida, J; Sato, J; Matsumura, Y; Mitani, A; Niwano, Y; Takeuchi, K; Kubota, H; Kawamura, Y

GENOME ANNOUNCEMENTS 4 ( 4 ) 2016年7月（ ISSN:2169-8287 eISSN:2169-8287 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/genomeA.00705-16

Web of Science

PubMed
Assembly of the draft genome of buckwheat and its applications in identifying agronomically useful genes 国際誌

Yasui, Y; Hirakawa, H; Ueno, M; Matsui, K; Katsube-Tanaka, T; Yang, SJ; Aii, J; Sato, S; Mori, M

DNA RESEARCH 23 ( 3 ) 215 - 224 2016年6月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsw012

Web of Science

PubMed
The Complete Chloroplast Genome Sequence of Zoysia matrella (L.) Merr. 査読

Tanaka, H; Hirakawa, H; Muguerza, M; Hashiguchi, M; Tabata, S; Akashi, R; Sato, S

CROP SCIENCE 56 ( 3 ) 1206 - 1212 2016年5月（ ISSN:0011-183X eISSN:1435-0653 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.2135/cropsci2015.08.0517

Web of Science
Analytical workflow of double-digest restriction site-associated DNA sequencing based on empirical and in silico optimization in tomato

Shirasawa, K; Hirakawa, H; Isobe, S

DNA RESEARCH 23 ( 2 ) 145 - 153 2016年4月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsw004

Web of Science

PubMed
Sequencing and comparative analyses of the genomes of zoysiagrasses 査読

Tanaka, H; Hirakawa, H; Kosugi, S; Nakayama, S; Ono, A; Watanabe, A; Hashiguchi, M; Gondo, T; Ishigaki, G; Muguerza, M; Shimizu, K; Sawamura, N; Inoue, T; Shigeki, Y; Ohno, N; Tabata, S; Akashi, R; Sato, S

DNA RESEARCH 23 ( 2 ) 171 - 180 2016年4月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsw006

Web of Science

PubMed
A simulation-based breeding design that uses whole-genome prediction in tomato 査読国際誌

Yamamoto, E; Matsunaga, H; Onogi, A; Kajiya-Kanegae, H; Minamikawa, M; Suzuki, A; Shirasawa, K; Hirakawa, H; Nunome, T; Yamaguchi, H; Miyatake, K; Ohyama, A; Iwata, H; Fukuoka, H

SCIENTIFIC REPORTS 6 19454 - 19454 2016年1月（ ISSN:2045-2322 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/srep19454

Web of Science

PubMed

J-GLOBAL
Genome-wide survey of artificial mutations induced by ethyl methanesulfonate and gamma rays in tomato 国際誌

Shirasawa, K; Hirakawa, H; Nunome, T; Tabata, S; Isobe, S

PLANT BIOTECHNOLOGY JOURNAL 14 ( 1 ) 51 - 60 2016年1月（ ISSN:1467-7644 eISSN:1467-7652 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/pbi.12348

Web of Science

PubMed
Comparison of Spinach Sex Chromosomes with Sugar Beet Autosomes Reveals Extensive Synteny and Low Recombination at the Male-Determining Locus

Takahata, S; Yago, T; Iwabuchi, K; Hirakawa, H; Suzuki, Y; Onodera, Y

JOURNAL OF HEREDITY 107 ( 7 ) 679 - 685 2016年（ ISSN:0022-1503 eISSN:1465-7333 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/jhered/esw055

Web of Science

PubMed
Complete Genome Sequencing and Comparative Genomic Analysis of the Thermotolerant Acetic Acid Bacterium, Acetobacter pasteurianus SKU1108, Provide a New Insight into Thermotolerance

Matsutani, M; Hirakawa, H; Hiraoka, E; Theeragool, G; Yakushi, T; Matsushita, K

Ｍｉｃｒｏｂｅｓ　ａｎｄ　ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ 31 ( 4 ) 395 - 400 2016年（ ISSN:13426311 eISSN:13474405 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本微生物生態学会 / 日本土壌微生物学会 / Taiwan Society of Microbial Ecology / 植物微生物研究会 / 極限環境微生物学会

DOI： 10.1264/jsme2.me16023

Web of Science

PubMed

CiNii Research
GMcloser: closing gaps in assemblies accurately with a likelihood-based selection of contig or long-read alignments 国際誌

Kosugi, S; Hirakawa, H; Tabata, S

BIOINFORMATICS 31 ( 23 ) 3733 - 3741 2015年12月（ ISSN:1367-4803 eISSN:1460-2059 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/btv465

Web of Science

PubMed
Functional and expression analyses of transcripts based on full-length cDNAs of Sorghum bicolor 査読

Shimada, S; Makita, Y; Kuriyama-Kondou, T; Kawashima, M; Mochizuki, Y; Hirakawa, H; Sato, S; Toyoda, T; Matsui, M

DNA RESEARCH 22 ( 6 ) 485 - 493 2015年12月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsv030

Web of Science

PubMed
Draft Genome Sequence of Porphyromonas gingivalis Strain Ando Expressing a 53-Kilodalton-Type Fimbrilin Variant of Mfa1 Fimbriae 国際誌

Goto, T; Nagano, K; Hirakawa, H; Tanaka, K; Yoshimura, F

GENOME ANNOUNCEMENTS 3 ( 6 ) 2015年11月（ ISSN:2169-8287 eISSN:2169-8287 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/genomeA.01292-15

Web of Science

PubMed
Complete genome and gene expression analyses of Asaia bogorensis reveal unique responses to culture with mammalian cells as a potential opportunistic human pathogen 査読国際誌

Kawai, M; Higashiura, N; Hayasaki, K; Okamoto, N; Takami, A; Hirakawa, H; Matsushita, K; Azuma, Y

DNA RESEARCH 22 ( 5 ) 357 - 366 2015年10月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsv018

Web of Science

PubMed
Integrating transcriptome and target metabolome variability in doubled haploids of Allium cepa for abiotic stress protection

Abdelrahman, M; Sawada, Y; Nakabayashi, R; Sato, S; Hirakawa, H; El-Sayed, M; Hirai, MY; Saito, K; Yamauchi, N; Shigyo, M

MOLECULAR BREEDING 35 ( 10 ) 195 - 195 2015年10月（ ISSN:1380-3743 eISSN:1572-9788 ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1007/s11032-015-0378-2

Web of Science

CiNii Books
Gene Expression Profiles in Jatropha Under Drought Stress and During Recovery

Cartagena, JA; Seki, M; Tanaka, M; Yamauchi, T; Sato, S; Hirakawa, H; Tsuge, T

PLANT MOLECULAR BIOLOGY REPORTER 33 ( 4 ) 1075 - 1087 2015年8月（ ISSN:0735-9640 eISSN:1572-9818 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s11105-014-0815-0

Web of Science

Scopus
A genetic mechanism for female-limited Batesian mimicry in Papilio butterfly 査読国際誌

Nishikawa, H; Iijima, T; Kajitani, R; Yamaguchi, J; Ando, T; Suzuki, Y; Sugano, S; Fujiyama, A; Kosugi, S; Hirakawa, H; Tabata, S; Ozaki, K; Morimoto, H; Ihara, K; Obara, M; Hori, H; Itoh, T; Fujiwara, H

NATURE GENETICS 47 ( 4 ) 405 - U169 2015年4月（ ISSN:1061-4036 eISSN:1546-1718 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ng.3241

Web of Science

PubMed
Survey of genome sequences in a wild sweet potato, Ipomoea trifida (H. B. K.) G. Don 国際誌

Hirakawa, H; Okada, Y; Tabuchi, H; Shirasawa, K; Watanabe, A; Tsuruoka, H; Minami, C; Nakayama, S; Sasamoto, S; Kohara, M; Kishida, Y; Fujishiro, T; Kato, M; Nanri, K; Komaki, A; Yoshinaga, M; Takahata, Y; Tanaka, M; Tabata, S; Isobe, SN

DNA RESEARCH 22 ( 2 ) 171 - 179 2015年4月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsv002

Web of Science

PubMed
A reference genetic linkage map of apomictic Hieracium species based on expressed markers derived from developing ovule transcripts 国際誌

Shirasawa, K; Hand, ML; Henderson, ST; Okada, T; Johnson, SD; Taylor, JM; Spriggs, A; Siddons, H; Hirakawa, H; Isobe, S; Tabata, S; Koltunow, AMG

ANNALS OF BOTANY 115 ( 4 ) 567 - 580 2015年3月（ ISSN:0305-7364 eISSN:1095-8290 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/aob/mcu249

Web of Science

PubMed
Complete Nucleotide Sequence of the IncN Plasmid Encoding IMP-6 and CTX-M-2 from Emerging Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae in Japan 国際誌

Kayama, S; Shigemoto, N; Kuwahara, R; Oshima, K; Hirakawa, H; Hisatsune, J; Jové, T; Nishio, H; Yamasaki, K; Wada, Y; Ueshimo, T; Miura, T; Sueda, T; Onodera, M; Yokozaki, M; Hattori, M; Ohge, H; Sugai, M

ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY 59 ( 2 ) 1356 - 1359 2015年2月（ ISSN:0066-4804 eISSN:1098-6596 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/AAC.04759-14

Web of Science

PubMed
日和見病原性細菌Asaia bogorensisのゲノムとRNA配列分析から明らかになった適応応答(Genome and RNA-seq analyses reveal adaptive responses of opportunistic pathogen Asaia bogorensis)

河合幹彦, 東慶直, 東裏典枝, 平川英樹, 武部聡, 松下一信

日本細菌学雑誌 70 ( 1 ) 177 - 177 2015年2月（ ISSN:0021-4930 eISSN:1882-4110 ）

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記述言語：英語出版者・発行元：日本細菌学会
Clustering of CARMA1 through SH3-GUK domain interactions is required for its activation of NF-κB signalling 国際誌

Hara, H; Yokosuka, T; Hirakawa, H; Ishihara, C; Yasukawa, S; Yamazaki, M; Koseki, H; Yoshida, H; Saito, T

NATURE COMMUNICATIONS 6 5555 - 5555 2015年1月（ ISSN:2041-1723 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncomms6555

Web of Science

PubMed
Development of transcriptome shotgun assembly-derived markers in bunching onion (Allium fistulosum) 査読

Tsukazaki, H; Yaguchi, S; Sato, S; Hirakawa, H; Katayose, Y; Kanamori, H; Kurita, K; Itoh, T; Kumagai, M; Mizuno, S; Hamada, M; Fukuoka, H; Yamashita, K; McCallum, JA; Shigyo, M; Wako, T

MOLECULAR BREEDING 35 ( 1 ) 2015年1月（ ISSN:1380-3743 eISSN:1572-9788 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s11032-015-0265-x

Web of Science
Draft Genome Sequence of Eggplant (Solanum melongena L.): the Representative Solanum Species Indigenous to the Old World 国際誌

Hirakawa, H; Shirasawa, K; Miyatake, K; Nunome, T; Negoro, S; Ohyama, A; Yamaguchi, H; Sato, S; Isobe, S; Tabata, S; Fukuoka, H

DNA RESEARCH 21 ( 6 ) 649 - 660 2014年12月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsu027

Web of Science

Scopus

PubMed
Metagenomic studies of activate sludge to search for genes and genomes with environmental and industrial importance

Abe, T; Nakata, T; Kumagai, Y; Sato, S; Hirakawa, H; Kondo, A; Sugimoto, C; Ikemura, T; Matsui, K

GENES & GENETIC SYSTEMS 89 ( 6 ) 328 - 328 2014年12月（ ISSN:1341-7568 eISSN:1880-5779 ）

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Web of Science
NODULE INCEPTION creates a long-distance negative feedback loop involved in homeostatic regulation of nodule organ production 査読国際誌

Soyano, T; Hirakawa, H; Sato, S; Hayashi, M; Kawaguchi, M

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 111 ( 40 ) 14607 - 14612 2014年10月（ ISSN:0027-8424 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1412716111

Web of Science

Scopus

PubMed

その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-0620-6734
Draft Sequences of the Radish (Raphanus sativus L.) Genome 査読国際誌

Kitashiba, H; Li, F; Hirakawa, H; Kawanabe, T; Zou, ZW; Hasegawa, Y; Tonosaki, K; Shirasawa, S; Fukushima, A; Yokoi, S; Takahata, Y; Kakizaki, T; Ishida, M; Okamoto, S; Sakamoto, K; Shirasawa, K; Tabata, S; Nishio, T

DNA RESEARCH 21 ( 5 ) 481 - 490 2014年10月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsu014

Web of Science

PubMed
Replacement of a terminal cytochrome c oxidase by ubiquinol oxidase during the evolution of acetic acid bacteria 国際誌

Matsutani, M; Fukushima, K; Kayama, C; Arimitsu, M; Hirakawa, H; Toyama, H; Adachi, O; Yakushi, T; Matsushita, K

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS 1837 ( 10 ) 1810 - 1820 2014年10月（ ISSN:0005-2728 eISSN:1879-2650 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbabio.2014.05.355

Web of Science

PubMed
Kazusa Marker DataBase: a database for genomics, genetics, and molecular breeding in plants.

Shirasawa K, Isobe S, Tabata S, Hirakawa H

Breeding science 64 ( 3 ) 264 - 71 2014年9月（ ISSN:1344-7610 ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1270/jsbbs.64.264

PubMed
Detection of Genome Donor Species of Neglected Tetraploid Crop Vigna reflexo-pilosa (Creole Bean), and Genetic Structure of Diploid Species Based on Newly Developed EST-SSR Markers from Azuki Bean (Vigna angularis) 国際誌

Chankaew, S; Isemura, T; Isobe, S; Kaga, A; Tomooka, N; Somta, P; Hirakawa, H; Shirasawa, K; Vaughan, DA; Srinives, P

PLOS ONE 9 ( 8 ) e104990 2014年8月（ ISSN:1932-6203 eISSN:1932-6203 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pone.0104990

Web of Science

Scopus

PubMed
Identification of the carotenoid modifying gene PALE YELLOW PETAL 1 as an essential factor in xanthophyll esterification and yellow flower pigmentation in tomato (Solanum lycopersicum) 査読国際誌

Ariizumi, T; Kishimoto, S; Kakami, R; Maoka, T; Hirakawa, H; Suzuki, Y; Ozeki, Y; Shirasawa, K; Bernillon, S; Okabe, Y; Moing, A; Asamizu, E; Rothan, C; Ohmiya, A; Ezura, H

PLANT JOURNAL 79 ( 3 ) 453 - 465 2014年8月（ ISSN:0960-7412 eISSN:1365-313X ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/tpj.12570

Web of Science

PubMed

J-GLOBAL
Identification of tightly linked SSR markers for flower type in carnation (Dianthus caryophyllus L.)

Yagi, M; Yamamoto, T; Isobe, S; Tabata, S; Hirakawa, H; Yamaguchi, H; Tanase, K; Onozaki, T

EUPHYTICA 198 ( 2 ) 175 - 183 2014年7月（ ISSN:0014-2336 eISSN:1573-5060 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s10681-014-1090-8

Web of Science
Mariner-based transposon mutagenesis for Bacteroides species 国際誌

Ichimura, M; Uchida, K; Nakayama-Imaohji, H; Hirakawa, H; Tada, T; Morita, H; Yasutomo, K; Okazaki, K; Kuwahara, T

JOURNAL OF BASIC MICROBIOLOGY 54 ( 6 ) 558 - 567 2014年6月（ ISSN:0233-111X eISSN:1521-4028 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/jobm.201200763

Web of Science

PubMed
Endoreduplication-mediated initiation of symbiotic organ development in Lotus japonicus 国際誌

Suzaki, T; Ito, M; Yoro, E; Sato, S; Hirakawa, H; Takeda, N; Kawaguchi, M

DEVELOPMENT 141 ( 12 ) 2441 - 2445 2014年6月（ ISSN:0950-1991 eISSN:1477-9129 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1242/dev.107946

Web of Science

Scopus

PubMed
The Rice Endosperm ADP-Glucose Pyrophosphorylase Large Subunit is Essential for Optimal Catalysis and Allosteric Regulation of the Heterotetrameric Enzyme

Tuncel, A; Kawaguchi, J; Ihara, Y; Matsusaka, H; Nishi, A; Nakamura, T; Kuhara, S; Hirakawa, H; Nakamura, Y; Cakir, B; Nagamine, A; Okita, TW; Hwang, SK; Satoh, H

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 55 ( 6 ) 1169 - 1183 2014年6月（ ISSN:0032-0781 eISSN:1471-9053 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcu057

Web of Science

PubMed
Sequence Analysis of the Genome of Carnation (Dianthus caryophyllus L.) 国際誌

Yagi, M; Kosugi, S; Hirakawa, H; Ohmiya, A; Tanase, K; Harada, T; Kishimoto, K; Nakayama, M; Ichimura, K; Onozaki, T; Yamaguchi, H; Sasaki, N; Miyahara, T; Nishizaki, Y; Ozeki, Y; Nakamura, N; Suzuki, T; Tanaka, Y; Sato, S; Shirasawa, K; Isobe, S; Miyamura, Y; Watanabe, A; Nakayama, S; Kishida, Y; Kohara, M; Tabata, S

DNA RESEARCH 21 ( 3 ) 231 - 241 2014年6月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dst053

Web of Science

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PubMed
Dissection of the Octoploid Strawberry Genome by Deep Sequencing of the Genomes of Fragaria Species 国際誌

Hirakawa, H; Shirasawa, K; Kosugi, S; Tashiro, K; Nakayama, S; Yamada, M; Kohara, M; Watanabe, A; Kishida, Y; Fujishiro, T; Tsuruoka, H; Minami, C; Sasamoto, S; Kato, M; Nanri, K; Komaki, A; Yanagi, T; Qin, GX; Maeda, F; Ishikawa, M; Kuhara, S; Sato, S; Tabata, S; Isobe, SN

DNA RESEARCH 21 ( 2 ) 169 - 181 2014年4月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dst049

Web of Science

PubMed
Draft genomic DNA sequence of the facultatively methylotrophic bacterium Acidomonas methanolica type strain MB58 国際誌

Higashiura, N; Hadano, H; Hirakawa, H; Matsutani, M; Takebe, S; Matsushita, K; Azuma, Y

FEMS MICROBIOLOGY LETTERS 351 ( 1 ) 9 - 13 2014年2月（ ISSN:0378-1097 eISSN:1574-6968 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/1574-6968.12357

Web of Science

PubMed
Plant Genome DataBase Japan (PGDBj): A Portal Website for the Integration of Plant Genome-Related Databases 査読

Asamizu, E; Ichihara, H; Nakaya, A; Nakamura, Y; Hirakawa, H; Ishii, T; Tamura, T; Fukami-Kobayashi, K; Nakajima, Y; Tabata, S

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 55 ( 1 ) e8 2014年1月（ ISSN:0032-0781 eISSN:1471-9053 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：1

DOI： 10.1093/pcp/pct189

Web of Science

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PubMed

その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-6782-5715
Development of EST-SSR markers and construction of a linkage map in faba bean (Vicia faba)

El-Rodeny, W; Kimura, M; Hirakawa, H; Sabah, A; Shirasawa, K; Sato, S; Tabata, S; Sasamoto, S; Watanabe, A; Kawashima, K; Kato, M; Wada, T; Tsuruoka, H; Takahashi, C; Minami, C; Nanri, K; Nakayama, S; Kohara, M; Yamada, M; Kishida, Y; Fujishiro, T; Isobe, S

Ｂｒｅｅｄｉｎｇ　Ｓｃｉｅｎｃｅ 64 ( 3 ) 252 - 263 2014年（ ISSN:13447610 eISSN:13473735 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本育種学会

To develop a high density linkage map in faba bean, a total of 1,363 FBES (Faba bean expressed sequence tag [EST]-derived simple sequence repeat [SSR]) markers were designed based on 5,090 non-redundant ESTs developed in this study. A total of 109 plants of a 'Nubaria 2' × 'Misr 3' F2 mapping population were used for map construction. Because the parents were not pure homozygous lines, the 109 F2 plants were divided into three subpopulations according to the original F1 plants. Linkage groups (LGs) generated in each subpopulation were integrated by commonly mapped markers. The integrated 'Nubaria 2' × 'Misr 3' map consisted of six LGs, representing a total length of 684.7 cM, with 552 loci. Of the mapped loci, 47% were generated from multi-loci diagnostic (MLD) markers. Alignment of homologous sequence pairs along each linkage group revealed obvious syntenic relationships between LGs in faba bean and the genomes of two model legumes, Lotus japonicus and Medicago truncatula. In a polymorphic analysis with ten Egyptian faba bean varieties, 78.9% (384/487) of the FBES markers showed polymorphisms. Along with the EST-SSR markers, the dense map developed in this study is expected to accelerate marker assisted breeding in faba bean.

DOI： 10.1270/jsbbs.64.252

Web of Science

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CiNii Books

CiNii Research
Legume and Lotus japonicus Databases

Hirakawa, H; Mun, T; Sato, S; Andersen, SU

LOTUS JAPONICUS GENOME 259 - 267 2014年（ ISSN:2199-4781 ISBN:978-3-662-44269-2 ）

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DOI： 10.1007/978-3-662-44270-8_23

Web of Science
Transcriptomic profiles of nodule senescence in Lotus japonicus and Mesorhizobium loti symbiosis

Chungopast, S; Hirakawa, H; Sato, S; Handa, Y; Saito, K; Kawaguchi, M; Tajima, S; Nomura, M

Ｐｌａｎｔ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ 31 ( 4 ) 345 - 349 2014年（ ISSN:13424580 eISSN:13476114 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本植物バイオテクノロジー学会

DOI： 10.5511/plantbiotechnology.14.1021a

Web of Science

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CiNii Research

その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-1032-6261
Emergence of Staphylococcus aureus Carrying Multiple Drug Resistance Genes on a Plasmid Encoding Exfoliative Toxin B 国際誌

Hisatsune, J; Hirakawa, H; Yamaguchi, T; Fudaba, Y; Oshima, K; Hattori, M; Kato, F; Kayama, S; Sugai, M

ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY 57 ( 12 ) 6131 - 6140 2013年12月（ ISSN:0066-4804 eISSN:1098-6596 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/AAC.01062-13

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Genome-Wide Association Studies Using Single Nucleotide Polymorphism Markers Developed by Re-Sequencing of the Genomes of Cultivated Tomato 国際誌

Shirasawa, K; Fukuoka, H; Matsunaga, H; Kobayashi, Y; Kobayashi, I; Hirakawa, H; Isobe, S; Tabata, S

DNA RESEARCH 20 ( 6 ) 593 - 603 2013年12月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dst033

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Construction of a reference genetic linkage map for carnation (Dianthus caryophyllus L.) 国際誌

Yagi, M; Yamamoto, T; Isobe, S; Hirakawa, H; Tabata, S; Tanase, K; Yamaguchi, H; Onozaki, T

BMC GENOMICS 14 734 - 734 2013年10月（ ISSN:1471-2164 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/1471-2164-14-734

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Complete Genomic DNA Sequence of the East Asian Spotted Fever Disease Agent Rickettsia japonica 査読国際誌

Matsutani, M; Ogawa, M; Takaoka, N; Hanaoka, N; Toh, H; Yamashita, A; Oshima, K; Hirakawa, H; Kuhara, S; Suzuki, H; Hattori, M; Kishimoto, T; Ando, S; Azuma, Y; Shirai, M

PLOS ONE 8 ( 9 ) e71861 2013年9月（ ISSN:1932-6203 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pone.0071861

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Identification and Characterization of a Novel aac(6′)-Iag Associated with the blaIMP-1-Integron in a Multidrug-Resistant Pseudomonas aeruginosa 国際誌

Kobayashi, K; Hayashi, I; Kouda, S; Kato, F; Fujiwara, T; Kayama, S; Hirakawa, H; Itaha, H; Ohge, H; Gotoh, N; Usui, T; Matsubara, A; Sugai, M

PLOS ONE 8 ( 8 ) e70557 2013年8月（ ISSN:1932-6203 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pone.0070557

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Effect of Kampo medicine "Dai-kenchu-to" on microbiome in the intestine of the rats with fast stress

Yoshikawa, K; Shimada, M; Kuwahara, T; Hirakawa, H; Kurita, N; Sato, H; Utsunomiya, T; Iwata, T; Miyatani, T; Higashijima, J; Kashihara, H; Takasu, C; Matsumoto, N; Nakayama-Imaohji, H

JOURNAL OF MEDICAL INVESTIGATION 60 ( 3-4 ) 221 - 227 2013年8月（ ISSN:1343-1420 eISSN:1349-6867 ）

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PubMed
Evolutionary changes of multiple visual pigment genes in the complete genome of Pacific bluefin tuna 国際誌

Nakamura, Y; Mori, K; Saitoh, K; Oshima, K; Mekuchi, M; Sugaya, T; Shigenobu, Y; Ojima, N; Muta, S; Fujiwara, A; Yasuike, M; Oohara, I; Hirakawa, H; Chowdhury, VS; Kobayashi, T; Nakajima, K; Sano, M; Wada, T; Tashiro, K; Ikeo, K; Hattori, M; Kuhara, S; Gojobori, T; Inouye, K

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 110 ( 27 ) 11061 - 11066 2013年7月（ ISSN:0027-8424 eISSN:1091-6490 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.1302051110

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Genome-Wide SNP Genotyping to Infer the Effects on Gene Functions in Tomato 国際誌

Hirakawa, H; Shirasawa, K; Ohyama, A; Fukuoka, H; Aoki, K; Rothan, C; Sato, S; Isobe, S; Tabata, S

DNA RESEARCH 20 ( 3 ) 221 - 233 2013年6月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dst005

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Unique Regulatory Mechanism of Sporulation and Enterotoxin Production in Clostridium perfringens 国際誌

Ohtani, K; Hirakawa, H; Paredes-Sabja, D; Tashiro, K; Kuhara, S; Sarker, MR; Shimizu, T

JOURNAL OF BACTERIOLOGY 195 ( 12 ) 2931 - 2936 2013年6月（ ISSN:0021-9193 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JB.02152-12

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Genome structure of jatropha curcas L.

Shusei Sato, Hideki Hirakawa, Suguru Tsuchimoto, Hiroe Sakai, Nakako Shibagaki, Sachihiro Matsunaga, Kiichi Fukui, Satoshi Tabata

Jatropha, Challenges for a New Energy Crop 2 563 - 576 2013年5月

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記述言語：英語掲載種別：論文集(書籍)内論文出版者・発行元：Springer New York

The recent progress in DNA sequencing technology has allowed us to acquire information on the structures of whole genomes of various agronomically important plants in a relatively short period of time. In order to understand the genetic systems carried by Jatropha curcas and to accelerate the process of molecular breeding, comprehensive analyses of genes and the genome of this plant have been conducted using both conventional and advanced technologies, and a large quantity of sequence data has been accumulated. The latest draft sequence of the genome of J. curcas is 297 Mb long, and is presumed to cover 99 % of the gene space, with an average GC content of 33.8 %. By combining with the transcriptome information, a total of 30,203 protein-encoding genes, in addition to the 17,575 transposon-related genes and 2,124 putative pseudogenes, were assigned to the genome. Information on the genomic sequences and genes is available at http://www.kazusa.or.jp/jatropha/.

DOI： 10.1007/978-1-4614-4915-7_30

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Integrated Consensus Map of Cultivated Peanut and Wild Relatives Reveals Structures of the A and B Genomes of Arachis and Divergence of the Legume Genomes 国際誌

Shirasawa, K; Bertioli, DJ; Varshney, RK; Moretzsohn, MC; Leal-Bertioli, SCM; Thudi, M; Pandey, MK; Rami, JF; Foncéka, D; Gowda, MVC; Qin, HD; Guo, BZ; Hong, YB; Liang, XQ; Hirakawa, H; Tabata, S; Isobe, S

DNA RESEARCH 20 ( 2 ) 173 - 184 2013年4月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dss042

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Single Nucleotide Polymorphism Analysis of a Trichoderma reesei Hyper-Cellulolytic Mutant Developed in Japan 国際誌

Porciuncula, JD; Furukawa, T; Mori, K; Shida, Y; Hirakawa, H; Tashiro, K; Kuhara, S; Nakagawa, S; Morikawa, Y; Ogasawara, W

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 77 ( 3 ) 534 - 543 2013年3月（ ISSN:0916-8451 eISSN:1347-6947 ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1271/bbb.120794

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Construction of an Integrated High Density Simple Sequence Repeat Linkage Map in Cultivated Strawberry (Fragaria x ananassa) and its Applicability 国際誌

Isobe, SN; Hirakawa, H; Sato, S; Maeda, F; Ishikawa, M; Mori, T; Yamamoto, Y; Shirasawa, K; Kimura, M; Fukami, M; Hashizume, F; Tsuji, T; Sasamoto, S; Kato, M; Nanri, K; Tsuruoka, H; Minami, C; Takahashi, C; Wada, T; Ono, A; Kawashima, K; Nakazaki, N; Kishida, Y; Kohara, M; Nakayama, S; Yamada, M; Fujishiro, T; Watanabe, A; Tabata, S

DNA RESEARCH 20 ( 1 ) 79 - 92 2013年2月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dss035

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PhoB Regulates the Survival of Bacteroides fragilis in Peritoneal Abscesses 国際誌

Wakimoto, S; Nakayama-Imaohji, H; Ichimura, M; Morita, H; Hirakawa, H; Hayashi, T; Yasutomo, K; Kuwahara, T

PLOS ONE 8 ( 1 ) e53829 2013年1月（ ISSN:1932-6203 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pone.0053829

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Genome-wide SNP marker development and QTL identification for Genomic selection in red clover

S. Isobe, B. Boller, I. Klimenko, S. Kölliker, J. C. Rana, T. R. Sharma, K. Shirasawa, H. Hirakawa, S. Sato, S. Tabata

Breeding Strategies for Sustainable Forage and Turf Grass Improvement 29 - 36 2013年1月

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掲載種別：論文集(書籍)内論文

© Springer Science+Business Media Dordrecht 2013. Genomic selection (GS) has experienced remarkable advances in genome technologies over the past few years. However, employing GS for forage breeding has been considered difficult because forage species generally show short linkage disequilibrium (LD) across the genome. To elongate the LD, an Advanced Intercross Line (AIL) population was generated from crosses between six individuals originating from Switzerland, Russia and Japan. The suitability of this population was demonstrated for GS or association analysis. For high throughput genotyping, single nucleotide polymorphism (SNP) markers were developed by comparing transcriptome sequences obtained from two red clover individuals. An Illumina Golden Gate platform for 1,536 candidate SNPs was used for polymorphic analysis in the AIL population.A total of 784 SNP markers were identified as polymorphic. In addition, 75 polymorphic SSR markers were used for genotyping the AIL population. Approximately 200 plants each were established in 2010 in the fields of Palampur, Moscow region, Zurich and Chiba. Seed yields, flowering characteristics and morphological traits were evaluated in each region. Significant QTLs and QTL interactions were identified for the traits investigated by GMM analysis. The results suggest that the AIL population can be used for GS and association analysis.

DOI： 10.1007/978-94-007-4555-1_3

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Commonalities and Differences among Symbiosis Islands of Three Mesorhizobium loti Strains

Kasai-Maita, H; Hirakawa, H; Nakamura, Y; Kaneko, T; Miki, K; Maruya, J; Okazaki, S; Tabata, S; Saeki, K; Sato, S

Ｍｉｃｒｏｂｅｓ　ａｎｄ　ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ 28 ( 2 ) 275 - 278 2013年（ ISSN:13426311 eISSN:13474405 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本微生物生態学会 / 日本土壌微生物学会 / Taiwan Society of Microbial Ecology / 植物微生物研究会 / 極限環境微生物学会

DOI： 10.1264/jsme2.me12201

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DNA marker applications to molecular genetics and genomics in tomato

Shirasawa, K; Hirakawa, H

Ｂｒｅｅｄｉｎｇ　Ｓｃｉｅｎｃｅ 63 ( 1 ) 21 - 30 2013年（ ISSN:13447610 eISSN:13473735 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本育種学会

Tomato is an important crop and regarded as an experimental model of the Solanaceae family and of fruiting plants in general. To enhance breeding efficiency and advance the field of genetics, tomato has been subjected to DNA marker studies as one of the earliest targets in plants. The developed DNA markers have been applied to the construction of genetic linkage maps and the resultant maps have contributed to quantitative trait locus (QTL) and gene mappings for agronomically important traits, as well as to comparative genomics of Solanaceae. The recently released whole genome sequences of tomato enable us to develop large numbers of DNA markers comparatively easily, and even promote new genotyping methods without DNA markers. In addition, databases for genomes, DNA markers, genetic linkage maps and other omics data, e.g., transcriptome, proteome, metabolome and phenome information, will provide useful information for molecular breeding in tomatoes. The use of DNA marker technologies in conjunction with new breeding techniques will promise to advance tomato breeding.

DOI： 10.1270/jsbbs.63.21

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その他リンク： https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/10017622287?from=CiNii
Spatiotemporal Regulation of the Ubiquitinated Cargo-binding Activity of Rabex-5 in the Endocytic Pathway 国際誌

Aikawa, Y; Hirakawa, H; Lee, S

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 287 ( 48 ) 40586 - 40597 2012年11月（ eISSN:1083-351X ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1074/jbc.M112.411793

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Complete Genome Sequence of Bacillus cereus NC7401, Which Produces High Levels of the Emetic Toxin Cereulide 国際誌

Takeno, A; Okamoto, A; Tori, K; Oshima, K; Hirakawa, H; Toh, H; Agata, N; Yamada, K; Ogasawara, N; Hayashi, T; Shimizu, T; Kuhara, S; Hattori, M; Ohta, M

JOURNAL OF BACTERIOLOGY 194 ( 17 ) 4767 - 4768 2012年9月（ ISSN:0021-9193 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JB.01015-12

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Transcriptome analysis of carnation (Dianthus caryophyllus L.) based on next-generation sequencing technology 国際誌

Tanase, K; Nishitani, C; Hirakawa, H; Isobe, S; Tabata, S; Ohmiya, A; Onozaki, T

BMC GENOMICS 13 292 - 292 2012年7月（ ISSN:1471-2164 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/1471-2164-13-292

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Complete Genome Sequence of Helicobacter cinaedi Strain PAGU611, Isolated in a Case of Human Bacteremia 国際誌

Goto, T; Ogura, Y; Hirakawa, H; Tomida, J; Morita, Y; Akaike, T; Hayashi, T; Kawamura, Y

JOURNAL OF BACTERIOLOGY 194 ( 14 ) 3744 - 3745 2012年7月（ ISSN:0021-9193 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JB.00645-12

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In silico polymorphism analysis for the development of simple sequence repeat and transposon markers and construction of linkage map in cultivated peanut 国際誌

Shirasawa, K; Koilkonda, P; Aoki, K; Hirakawa, H; Tabata, S; Watanabe, M; Hasegawa, M; Kiyoshima, H; Suzuki, S; Kuwata, C; Naito, Y; Kuboyama, T; Nakaya, A; Sasamoto, S; Watanabe, A; Kato, M; Kawashima, K; Kishida, Y; Kohara, M; Kurabayashi, A; Takahashi, C; Tsuruoka, H; Wada, T; Isobe, S

BMC PLANT BIOLOGY 12 80 - 80 2012年6月（ ISSN:1471-2229 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/1471-2229-12-80

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Large-scale development of expressed sequence tag-derived simple sequence repeat markers and diversity analysis in Arachis spp. 国際誌

Koilkonda, P; Sato, S; Tabata, S; Shirasawa, K; Hirakawa, H; Sakai, H; Sasamoto, S; Watanabe, A; Wada, T; Kishida, Y; Tsuruoka, H; Fujishiro, T; Yamada, M; Kohara, M; Suzuki, S; Hasegawa, M; Kiyoshima, H; Isobe, S

MOLECULAR BREEDING 30 ( 1 ) 125 - 138 2012年6月（ ISSN:1380-3743 eISSN:1572-9788 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s11032-011-9604-8

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The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution

Sato, S; Tabata, S; Hirakawa, H; Asamizu, E; Shirasawa, K; Isobe, S; Kaneko, T; Nakamura, Y; Shibata, D; Aoki, K; Egholm, M; Knight, J; Bogden, R; Li, CB; Shuang, Y; Xu, X; Pan, SK; Cheng, SF; Liu, X; Ren, YY; Wang, J; Albiero, A; Dal Pero, F; Todesco, S; Van Eck, J; Buels, RM; Bombarely, A; Gosselin, JR; Huang, MY; Leto, JA; Menda, N; Strickler, S; Mao, LY; Gao, S; Tecle, IY; York, T; Zheng, Y; Vrebalov, JT; Lee, J; Zhong, SL; Mueller, LA; Stiekema, WJ; Ribeca, P; Alioto, T; Yang, WC; Huang, SW; Du, YC; Zhang, ZH; Gao, JC; Guo, YM; Wang, XX; Li, Y; He, J; Li, CY; Cheng, ZK; Zuo, JR; Ren, JF; Zhao, JH; Yan, LH; Jiang, HL; Wang, B; Li, HS; Li, ZJ; Fu, FY; Chen, BT; Han, B; Feng, Q; Fan, DL; Wang, Y; Ling, HQ; Xue, YBA; Ware, D; McCombie, WR; Lippman, ZB; Chia, JM; Jiang, K; Pasternak, S; Gelley, L; Kramer, M; Anderson, LK; Chang, SB; Royer, SM; Shearer, LA; Stack, SM; Rose, JKC; Xu, YM; Eannetta, N; Matas, AJ; McQuinn, R; Tanksley, SD; Camara, F; Guigó, R; Rombauts, S; Fawcett, J; Van de Peer, Y; Zamir, D; Liang, CB; Spannagl, M; Gundlach, H; Bruggmann, R; Mayer, K; Jia, ZQ; Zhang, JH; Ye, ZBA; Bishop, GJ; Butcher, S; Lopez-Cobollo, R; Buchan, D; Filippis, I; Abbott, J; Dixit, R; Singh, M; Singh, A; Pal, JK; Pandit, A; Singh, PK; Mahato, AK; Dogra, V; Gaikwad, K; Sharma, TR; Mohapatra, T; Singh, NK; Causse, M; Rothan, C; Schiex, T; Noirot, C; Bellec, A; Klopp, C; Delalande, C; Berges, H; Mariette, J; Frasse, P; Vautrin, S; Zouine, M; Latché, A; Rousseau, C; Regad, F; Pech, JC; Philippot, M; Bouzayen, M; Pericard, P; Osorio, S; del Carmen, AF; Monforte, A; Granell, A; Fernandez-Muñoz, R; Conte, M; Lichtenstein, G; Carrari, F; De Bellis, G; Fuligni, F; Peano, C; Grandillo, S; Termolino, P; Pietrella, M; Fantini, E; Falcone, G; Fiore, A; Giuliano, G; Lopez, L; Facella, P; Perrotta, G; Daddiego, L; Bryan, G; Orozco, M; Pastor, X; Torrents, D; van Schriek, KNVMGM; Feron, RMC; van Oeveren, J; de Heer, P; daPonte, L; Jacobs-Oomen, S; Cariaso, M; Prins, M; van Eijk, MJT; Janssen, A; van Haaren, MJJ; Jo, SH; Kim, J; Kwon, SY; Kim, S; Koo, DH; Lee, S; Hur, CG; Clouser, C; Rico, A; Hallab, A; Gebhardt, C; Klee, K; Jöcker, A; Warfsmann, J; Göbel, U; Kawamura, S; Yano, K; Sherman, JD; Fukuoka, H; Negoro, S; Bhutty, S; Chowdhury, P; Chattopadhyay, D; Datema, E; Smit, S; Schijlen, EWM; van de Belt, J; van Haarst, JC; Peters, SA; van Staveren, MJ; Henkens, MHC; Mooyman, PJW; Hesselink, T; van Ham, RCHJ; Jiang, GY; Droege, M; Choi, D; Kang, BC; Kim, BD; Park, M; Kim, S; Yeom, SI; Lee, YH; Choi, YD; Li, GC; Gao, JW; Liu, YS; Huang, SX; Fernandez-Pedrosa, V; Collado, C; Zuñiga, S; Wang, GP; Cade, R; Dietrich, RA; Rogers, J; Knapp, S; Fei, ZJ; White, RA; Thannhauser, TW; Giovannoni, JJ; Botella, MA; Gilbert, L; Gonzalez, R; Goicoechea, JL; Yu, Y; Kudrna, D; Collura, K; Wissotski, M; Wing, R; Schoof, H; Meyers, BC; Gurazada, AB; Green, PJ; Mathur, S; Vyas, S; Solanke, AU; Kumar, R; Gupta, V; Sharma, AK; Khurana, P; Khurana, JP; Tyagi, AK; Dalmay, T; Mohorianu, I; Walts, B; Chamala, S; Barbazuk, WB; Li, JP; Guo, H; Lee, TH; Wang, YP; Zhang, D; Paterson, AH; Wang, XY; Tang, HB; Barone, A; Chiusano, ML; Ercolano, MR; D'Agostino, N; Di Filippo, M; Traini, A; Sanseverino, W; Frusciante, L; Seymour, GB; Elharam, M; Fu, Y; Hua, A; Kenton, S; Lewis, J; Lin, SP; Najar, F; Lai, HS; Qin, BF; Qu, CM; Shi, RH; White, D; White, J; Xing, YB; Yang, KQ; Yi, J; Yao, ZY; Zhou, LP; Roe, BA; Vezzi, A; D'Angelo, M; Zimbello, R; Schiavon, R; Caniato, E; Rigobello, C; Campagna, D; Vitulo, N; Valle, G; Nelson, DR; De Paoli, E; Szinay, D; de Jong, HH; Bai, YL; Visser, RGF; Lankhorst, RMK; Beasley, H; McLaren, K; Nicholson, C; Riddle, C; Gianese, G

NATURE 485 ( 7400 ) 635 - 641 2012年5月（ ISSN:0028-0836 eISSN:1476-4687 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature11119

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PubMed
Comparative Genetic Mapping and Discovery of Linkage Disequilibrium Across Linkage Groups in White Clover (Trifolium repens L.) 国際誌

Isobe, SN; Hisano, H; Sato, S; Hirakawa, H; Okumura, K; Shirasawa, K; Sasamoto, S; Watanabe, A; Wada, T; Kishida, Y; Tsuruoka, H; Fujishiro, T; Yamada, M; Kohara, M; Tabata, S

G3-GENES GENOMES GENETICS 2 ( 5 ) 607 - 617 2012年5月（ ISSN:2160-1836 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1534/g3.112.002600

Web of Science

PubMed
Characterization of active miniature inverted-repeat transposable elements in the peanut genome 国際誌

Shirasawa, K; Hirakawa, H; Tabata, S; Hasegawa, M; Kiyoshima, H; Suzuki, S; Sasamoto, S; Watanabe, A; Fujishiro, T; Isobe, S

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS 124 ( 8 ) 1429 - 1438 2012年5月（ ISSN:0040-5752 eISSN:1432-2242 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00122-012-1798-6

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Establishment of a Lotus japonicus gene tagging population using the exon-targeting endogenous retrotransposon LORE1 国際誌

Fukai, E; Soyano, T; Umehara, Y; Nakayama, S; Hirakawa, H; Tabata, S; Sato, S; Hayashi, M

PLANT JOURNAL 69 ( 4 ) 720 - 730 2012年2月（ ISSN:0960-7412 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1365-313X.2011.04826.x

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Genome-wide phylogenetic analysis of differences in thermotolerance among closely related Acetobacter pasteurianus strains 国際誌

Matsutani, M; Hirakawa, H; Saichana, N; Soemphol, W; Yakushi, T; Matsushita, K

MICROBIOLOGY-SGM 158 ( Pt 1 ) 229 - 239 2012年1月（ ISSN:1350-0872 eISSN:1465-2080 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1099/mic.0.052134-0

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Complete Genome Sequence of Bradyrhizobium sp. S23321 : Insights into Symbiosis Evolution in Soil Oligotrophs

Okubo, T; Tsukui, T; Maita, H; Okamoto, S; Oshima, K; Fujisawa, T; Saito, A; Futamata, H; Hattori, R; Shimomura, Y; Haruta, S; Morimoto, S; Wang, Y; Sakai, Y; Hattori, M; Aizawa, S; Nagashima, KVP; Masuda, S; Hattori, T; Yamashita, A; Bao, ZH; Hayatsu, M; Kajiya-Kanegae, H; Yoshinaga, I; Sakamoto, K; Toyota, K; Nakao, M; Kohara, M; Anda, M; Niwa, R; Park, JH; Sameshima-Saito, R; Tokuda, S; Yamamoto, S; Yamamoto, S; Yokoyama, T; Akutsu, T; Nakamura, Y; Nakahira-Yanaka, Y; Hoshino, YT; Hirakawa, H; Mitsui, H; Terasawa, K; Itakura, M; Sato, S; Ikeda-Ohtsubo, W; Sakakura, N; Kaminuma, E; Minamisawa, K

Ｍｉｃｒｏｂｅｓ　ａｎｄ　ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ 27 ( 3 ) 306 - 315 2012年（ ISSN:13426311 eISSN:13474405 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本微生物生態学会 / 日本土壌微生物学会 / Taiwan Society of Microbial Ecology / 植物微生物研究会 / 極限環境微生物学会

DOI： 10.1264/jsme2.me11321

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その他リンク： http://orcid.org/0000-0002-3705-2459
Mapping of Micro-Tom BAC-End Sequences to the Reference Tomato Genome Reveals Possible Genome Rearrangements and Polymorphisms. 査読国際誌

Erika Asamizu, Kenta Shirasawa, Hideki Hirakawa, Shusei Sato, Satoshi Tabata, Kentaro Yano, Tohru Ariizumi, Daisuke Shibata, Hiroshi Ezura

International journal of plant genomics 2012 437026 - 437026 2012年（ ISSN:1687-5370 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

A total of 93,682 BAC-end sequences (BESs) were generated from a dwarf model tomato, cv. Micro-Tom. After removing repetitive sequences, the BESs were similarity searched against the reference tomato genome of a standard cultivar, "Heinz 1706." By referring to the "Heinz 1706" physical map and by eliminating redundant or nonsignificant hits, 28,804 "unique pair ends" and 8,263 "unique ends" were selected to construct hypothetical BAC contigs. The total physical length of the BAC contigs was 495, 833, 423 bp, covering 65.3% of the entire genome. The average coverage of euchromatin and heterochromatin was 58.9% and 67.3%, respectively. From this analysis, two possible genome rearrangements were identified: one in chromosome 2 (inversion) and the other in chromosome 3 (inversion and translocation). Polymorphisms (SNPs and Indels) between the two cultivars were identified from the BLAST alignments. As a result, 171,792 polymorphisms were mapped on 12 chromosomes. Among these, 30,930 polymorphisms were found in euchromatin (1 per 3,565 bp) and 140,862 were found in heterochromatin (1 per 2,737 bp). The average polymorphism density in the genome was 1 polymorphism per 2,886 bp. To facilitate the use of these data in Micro-Tom research, the BAC contig and polymorphism information are available in the TOMATOMICS database.

DOI： 10.1155/2012/437026

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J-GLOBAL
Upgraded genomic information of Jatropha curcas L

Hirakawa, H; Tsuchimoto, S; Sakai, H; Nakayama, S; Fujishiro, T; Kishida, Y; Kohara, M; Watanabe, A; Yamada, M; Aizu, T; Toyoda, A; Fujiyama, A; Tabata, S; Fukui, K; Sato, S

Ｐｌａｎｔ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ 29 ( 2 ) 123 - 130 2012年（ ISSN:13424580 eISSN:13476114 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本植物バイオテクノロジー学会

DOI： 10.5511/plantbiotechnology.12.0515a

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CiNii Research
Complete Genome Sequence of the Soybean Symbiont Bradyrhizobium japonicum Strain USDA6T 国際誌

Kaneko, T; Maita, H; Hirakawa, H; Uchiike, N; Minamisawa, K; Watanabe, A; Sato, S

GENES 2 ( 4 ) 763 - 787 2011年12月（ ISSN:2073-4425 eISSN:2073-4425 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3390/genes2040763

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Scopus

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The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa 国際誌

Wang, XW; Wang, HZ; Wang, J; Sun, RF; Wu, J; Liu, SY; Bai, YQ; Mun, JH; Bancroft, I; Cheng, F; Huang, SW; Li, XX; Hua, W; Wang, JY; Wang, XY; Freeling, M; Pires, JC; Paterson, AH; Chalhoub, B; Wang, B; Hayward, A; Sharpe, AG; Park, BS; Weisshaar, B; Liu, BH; Li, B; Liu, B; Tong, CB; Song, C; Duran, C; Peng, CF; Geng, CY; Koh, CS; Lin, CY; Edwards, D; Mu, DS; Shen, D; Soumpourou, E; Li, F; Fraser, F; Conant, G; Lassalle, G; King, GJ; Bonnema, G; Tang, HB; Wang, HP; Belcram, H; Zhou, HL; Hirakawa, H; Abe, H; Guo, H; Wang, H; Jin, HZ; Parkin, IAP; Batley, J; Kim, JS; Just, J; Li, JW; Xu, JH; Deng, J; Kim, JA; Li, JP; Yu, JY; Meng, JL; Wang, JP; Min, JM; Poulain, J; Wang, J; Hatakeyama, K; Wu, K; Wang, L; Fang, L; Trick, M; Links, MG; Zhao, MX; Jin, MN; Ramchiary, N; Drou, N; Berkman, PJ; Cai, QL; Huang, QF; Li, RQ; Tabata, S; Cheng, SF; Zhang, S; Zhang, SJ; Huang, SM; Sato, S; Sun, SL; Kwon, SJ; Choi, SR; Lee, TH; Fan, W; Zhao, X; Tan, X; Xu, X; Wang, Y; Qiu, Y; Yin, Y; Li, YR; Du, YC; Liao, YC; Lim, Y; Narusaka, Y; Wang, YP; Wang, ZY; Li, ZY; Wang, ZW; Xiong, ZY; Zhang, ZH

NATURE GENETICS 43 ( 10 ) 1035 - U157 2011年10月（ ISSN:1061-4036 eISSN:1546-1718 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ng.919

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An EST-SSR Linkage Map of Raphanus sativus and Comparative Genomics of the Brassicaceae 国際誌

Shirasawa, K; Oyama, M; Hirakawa, H; Sato, S; Tabata, S; Fujioka, T; Kimizuka-Takagi, C; Sasamoto, S; Watanabe, A; Kato, M; Kishida, Y; Kohara, M; Takahashi, C; Tsuruoka, H; Wada, T; Sakai, T; Isobe, S

DNA RESEARCH 18 ( 4 ) 221 - 232 2011年8月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsr013

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The Lifestyle of the Segmented Filamentous Bacterium: A Non-Culturable Gut-Associated Immunostimulating Microbe Inferred by Whole-Genome Sequencing 国際誌

Kuwahara, T; Ogura, Y; Oshima, K; Kurokawa, K; Ooka, T; Hirakawa, H; Itoh, T; Nakayama-Imaohji, H; Ichimura, M; Itoh, K; Ishifune, C; Maekawa, Y; Yasutomo, K; Hattori, M; Hayashi, T

DNA RESEARCH 18 ( 4 ) 291 - 303 2011年8月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsr022

Web of Science

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Increased number of Arginine-based salt bridges contributes to the thermotolerance of thermotolerant acetic acid bacteria, Acetobacter tropicalis SKU1100 査読国際誌

Matsutani, M; Hirakawa, H; Nishikura, M; Soemphol, W; Ali, IAI; Yakushi, T; Matsushita, K

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 409 ( 1 ) 120 - 124 2011年5月（ ISSN:0006-291X eISSN:1090-2104 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbrc.2011.04.126

Web of Science

PubMed
[Time serial changes in the concentrations of the related agents to fetal Yusho--dioxin-like PCBs and PCBs].

Nagayama J, Todaka T, Hirakawa H, Hori T, Kajiwara J, Yoshimura T

Fukuoka igaku zasshi = Hukuoka acta medica 102 ( 4 ) 116 - 22 2011年4月（ ISSN:0016-254X ）

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記述言語：日本語

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Classification of Bacteria Based on the Biases of Terminal Amino Acid Residues 国際誌

Asada, M; Hirakawa, H; Kuhara, S

PROTEIN JOURNAL 30 ( 4 ) 290 - 297 2011年4月（ ISSN:1572-3887 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s10930-011-9332-2

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Genome-wide phylogenetic analysis of Gluconobacter, Acetobacter, and Gluconacetobacter 国際誌

Matsutani, M; Hirakawa, H; Yakushi, T; Matsushita, K

FEMS MICROBIOLOGY LETTERS 315 ( 2 ) 122 - 128 2011年2月（ ISSN:0378-1097 eISSN:1574-6968 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1574-6968.2010.02180.x

Web of Science

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Sequence Analysis of the Genome of an Oil-Bearing Tree, Jatropha curcas L. 国際誌

Sato, S; Hirakawa, H; Isobe, S; Fukai, E; Watanabe, A; Kato, M; Kawashima, K; Minami, C; Muraki, A; Nakazaki, N; Takahashi, C; Nakayama, S; Kishida, Y; Kohara, M; Yamada, M; Tsuruoka, H; Sasamoto, S; Tabata, S; Aizu, T; Toyoda, A; Shin-i, T; Minakuchi, Y; Kohara, Y; Fujiyama, A; Tsuchimoto, S; Kajiyama, S; Makigano, E; Ohmido, N; Shibagaki, N; Cartagena, JA; Wada, N; Kohinata, T; Atefeh, A; Yuasa, S; Matsunaga, S; Fukui, K

DNA RESEARCH 18 ( 1 ) 65 - 76 2011年2月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsq030

Web of Science

PubMed
Survey of the genetic information carried in the genome of Eucalyptus camaldulensis

Hirakawa, H; Nakamura, Y; Kaneko, T; Isobe, S; Sakai, H; Kato, T; Hibino, T; Sasamoto, S; Watanabe, A; Yamada, M; Nakayama, S; Fujishiro, T; Kishida, Y; Kohara, M; Tabata, S; Sato, S

Ｐｌａｎｔ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ 28 ( 5 ) 471 - 480 2011年（ ISSN:13424580 eISSN:13476114 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本植物バイオテクノロジー学会

DOI： 10.5511/plantbiotechnology.11.1027b

Web of Science

CiNii Research
SNP Discovery and Linkage Map Construction in Cultivated Tomato 国際誌

Shirasawa, K; Isobe, S; Hirakawa, H; Asamizu, E; Fukuoka, H; Just, D; Rothan, C; Sasamoto, S; Fujishiro, T; Kishida, Y; Kohara, M; Tsuruoka, H; Wada, T; Nakamura, Y; Sato, S; Tabata, S

DNA RESEARCH 17 ( 6 ) 381 - 391 2010年12月（ ISSN:1340-2838 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsq024

Web of Science

PubMed
Identification of a two-component VirR/VirS regulon in Clostridium perfringens 国際誌

Ohtani, K; Hirakawa, H; Tashiro, K; Yoshizawa, S; Kuhara, S; Shimizu, T

ANAEROBE 16 ( 3 ) 258 - 264 2010年6月（ ISSN:1075-9964 eISSN:1095-8274 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.anaerobe.2009.10.003

Web of Science

PubMed
Identification and Classification of a Two-Component System Based on Domain Structures in Bacteria and Differences in Domain Structure between Gram-Positive and Gram-Negative Bacteria

Kim, S; Hirakawa, H; Muta, S; Kuhara, S

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 74 ( 4 ) 716 - 720 2010年4月（ ISSN:0916-8451 eISSN:1347-6947 ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1271/bbb.90746

Web of Science

PubMed
X chromosome-wide analyses of genomic DNA methylation states and gene expression in male and female neutrophils 国際誌

Yasukochi, Y; Maruyama, O; Mahajan, MC; Padden, C; Euskirchen, GM; Schulz, V; Hirakawa, H; Kuhara, S; Pan, XH; Newburger, PE; Snyder, M; Weissman, SM

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 107 ( 8 ) 3704 - 3709 2010年2月（ ISSN:0027-8424 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.0914812107

Web of Science

PubMed
A protein secretion system linked to bacteroidete gliding motility and pathogenesis 査読国際誌

Sato, K; Naito, M; Yukitake, H; Hirakawa, H; Shoji, M; McBride, MJ; Rhodes, RG; Nakayama, K

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 107 ( 1 ) 276 - 281 2010年1月（ ISSN:0027-8424 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.0912010107

Web of Science

PubMed

CiNii Research

その他リンク： https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20592142/
Identification of the Site-Specific DNA Invertase Responsible for the Phase Variation of SusC/SusD Family Outer Membrane Proteins in Bacteroides fragilis 国際誌

Nakayama-Imaohji, H; Hirakawa, H; Ichimura, M; Wakimoto, S; Kuhara, S; Hayashi, T; Kuwahara, T

JOURNAL OF BACTERIOLOGY 191 ( 19 ) 6003 - 6011 2009年10月（ ISSN:0021-9193 eISSN:1098-5530 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/JB.00687-09

Web of Science

PubMed
Whole-genome analyses reveal genetic instability of Acetobacter pasteurianus 査読国際誌

Azuma, Y; Hosoyama, A; Matsutani, M; Furuya, N; Horikawa, H; Harada, T; Hirakawa, H; Kuhara, S; Matsushita, K; Fujita, N; Shirai, M

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 37 ( 17 ) 5768 - 5783 2009年9月（ ISSN:0305-1048 eISSN:1362-4962 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/gkp612

Web of Science

PubMed
Structural insight into the binding mode between the targeting domain of ALE-1 (92AA) and pentaglycine of peptidoglycan 査読国際誌

Hirakawa, H; Akita, H; Fujiwara, T; Sugai, M; Kuhara, S

PROTEIN ENGINEERING DESIGN & SELECTION 22 ( 7 ) 385 - 391 2009年7月（ ISSN:1741-0126 eISSN:1741-0134 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/protein/gzp014

Web of Science

PubMed

CiNii Research
Conjugative plasmid pLD-TEX-KL promotes growth of host bacterium Legionella dumoffii at low temperatures 国際誌

Qin, T; Iida, K; Hirakawa, H; Shiota, S; Nakayama, H; Yoshida, S

ARCHIVES OF MICROBIOLOGY 191 ( 6 ) 543 - 551 2009年6月（ ISSN:0302-8933 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00203-009-0481-z

Web of Science

PubMed
Catalytic Reaction Mechanism of Goose Egg-white Lysozyme by Molecular Modelling of EnzymeSubstrate Complex 査読国際誌

Hirakawa, H; Ochi, A; Kawahara, Y; Kawamura, S; Torikata, T; Kuhara, S

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 144 ( 6 ) 753 - 761 2008年12月（ ISSN:0021-924X eISSN:1756-2651 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/jb/mvn133

Web of Science

PubMed

CiNii Research
Determination of the Genome Sequence of Porphyromonas gingivalis Strain ATCC 33277 and Genomic Comparison with Strain W83 Revealed Extensive Genome Rearrangements in P-gingivalis 査読国際誌

Naito, M; Hirakawa, H; Yamashita, A; Ohara, N; Shoji, M; Yukitake, H; Nakayama, K; Toh, H; Yoshimura, F; Kuhara, S; Hattori, M; Hayashi, T; Nakayama, K

DNA RESEARCH 15 ( 4 ) 215 - 225 2008年8月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsn013

Web of Science

PubMed

CiNii Research

その他リンク： https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20592142/
Polymerase chain reaction detection of bacterial 16S rRNA gene in human blood 国際誌

Moriyama, K; Ando, C; Tashiro, K; Kuhara, S; Okamura, S; Nakano, S; Takagi, Y; Miki, T; Nakashima, Y; Hirakawa, H

MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY 52 ( 7 ) 375 - 382 2008年7月（ ISSN:0385-5600 eISSN:1348-0421 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1348-0421.2008.00048.x

Web of Science

PubMed
Role of disulfide bonds in goose-type lysozyme 国際誌

Kawamura, S; Ohkuma, M; Chijiiwa, Y; Kohno, D; Nakagawa, H; Hirakawa, H; Kuhara, S; Torikata, T

FEBS JOURNAL 275 ( 11 ) 2818 - 2830 2008年6月（ ISSN:1742-464X ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/j.1742-4658.2008.06422.x

Web of Science

PubMed
Genome-wide analysis of Chlamydophila pneumoniae gene expression at the late stage of infection 査読国際誌

Miura, K; Toh, H; Hirakawa, H; Sugii, M; Murata, M; Nakai, K; Tashiro, K; Kuhara, S; Azuma, Y; Shirai, M

DNA RESEARCH 15 ( 2 ) 83 - 91 2008年4月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsm032

Web of Science

PubMed
Complete genome sequence of Finegoldia magna, an anaerobic opportunistic pathogen 査読国際誌

Goto, T; Yamashita, A; Hirakawa, H; Matsutani, M; Todo, K; Ohshima, K; Toh, H; Miyamoto, K; Kuhara, S; Hattori, M; Shimizu, T; Akimoto, S

DNA RESEARCH 15 ( 1 ) 39 - 47 2008年2月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsm030

Web of Science

PubMed
Evaluating Protein Sequence Signatures Inferred from Protein-Protein Interaction Data by Gene Ontology Annotations

Maruyama, O; Hirakawa, H; Iwayanagi, T; Ishida, Y; Takeda, S; Otomo, J; Kuhara, S

2008 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE, PROCEEDINGS 417 - + 2008年（ ISSN:2156-1125 ISBN:978-0-7695-3452-7 eISSN:2156-1133 ）

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掲載種別：研究論文（国際会議プロシーディングス）

DOI： 10.1109/BIBM.2008.29

Web of Science

その他リンク： https://dblp.uni-trier.de/db/conf/bibm/bibm2008.html#MaruyamaHIITOK08
Complete nucleotide sequence of pLD-TEX-KL, a 66-kb plasmid of Legionella dumoffii TEX-KL strain

Qin, T; Hirakawa, H; Iida, K; Oshima, K; Hattori, M; Tashiro, K; Kuhara, S; Yoshida, S

PLASMID 58 ( 3 ) 261 - 268 2007年11月（ ISSN:0147-619X ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1016/j.plasmid.2007.08.001

Web of Science

PubMed
Enzymatic properties of newly found green turtle egg white ribonuclease

Katekaew, S; Torikata, T; Hirakawa, H; Kuhara, S; Araki, T

PROTEIN JOURNAL 26 ( 2 ) 75 - 85 2007年2月（ ISSN:1572-3887 eISSN:1573-4943 ）

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DOI： 10.1007/s10930-006-9047-y

Web of Science

PubMed
Construction of enzyme-substrate complexes between hen egg-white lysozyme and N-acetyl-D-glucosamine hexamer by systematic conformational search and molecular dynamics simulation

Hirakawa, H; Kawahara, Y; Ochi, A; Muta, S; Kawamura, S; Torikata, T; Kuhara, S

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 140 ( 2 ) 221 - 227 2006年8月（ ISSN:0021-924X ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1093/jb/mvj142

Web of Science

PubMed
Genome sequence of the cat pathogen, Chlamydophila felis 査読国際誌

Azuma, Y; Hirakawa, H; Yamashita, A; Cai, Y; Rahman, MA; Suzuki, H; Mitaku, S; Toh, H; Goto, S; Murakami, T; Sugi, K; Hayashi, H; Fukushi, H; Hattori, M; Kuhara, S; Shirai, M

DNA RESEARCH 13 ( 1 ) 15 - 23 2006年2月（ ISSN:1340-2838 eISSN:1756-1663 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsi027

Web of Science

PubMed
Whole genome sequence of Staphylococcus saprophyticus reveals the pathogenesis of uncomplicated urinary tract infection

Kuroda, M; Yamashita, A; Hirakawa, H; Kumano, M; Morikawa, K; Higashide, M; Maruyama, A; Inose, Y; Matoba, K; Toh, H; Kuhara, S; Hattori, M; Ohta, T

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 102 ( 37 ) 13272 - 13277 2005年9月（ ISSN:0027-8424 ）

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DOI： 10.1073/pnas.0502950102

Web of Science

PubMed
Asp578 in LEU4p is one of the key residues for leucine feedback inhibition release in sake yeast

Oba, T; Nomiyama, S; Hirakawa, H; Tashiro, K; Kuhara, S

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 69 ( 7 ) 1270 - 1273 2005年7月（ ISSN:0916-8451 eISSN:1347-6947 ）

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DOI： 10.1271/bbb.69.1270

Web of Science

PubMed
Genomic analysis of Bacteroides fragilis reveals extensive DNA inversions regulating cell surface adaptation

Kuwahara, T; Yamashita, A; Hirakawa, H; Nakayama, H; Toh, H; Okada, N; Kuhara, S; Hattori, M; Hayashi, T; Ohnishi, Y

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 101 ( 41 ) 14919 - 14924 2004年10月（ ISSN:0027-8424 ）

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DOI： 10.1073/pnas.0404172101

Web of Science

PubMed
Bare-faced curassow lysozyme carrying amino acid substitutions at subsites E and F shows a change in activity against chitooligosaccharide caused by a local conformational change. 国際誌

Tomohiro Araki, Shinobu Seki, Hideki Hirakawa, Yuki Chijiiwa, Shunsuke Kawamura, Satoru Kuhara, Takao Torikata

Journal of biochemistry 136 ( 4 ) 485 - 93 2004年10月（ ISSN:0021-924X ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

A new form of avian lysozyme, bare-faced curassow lysozyme (BCL), was purified and chemically sequenced. Of the 26 substitutions relative to chicken lysozyme, three, F34Y, T47S, and R114H, are of substrate-interacting residues in the E and F subsites, which would contribute to the acceptor binding for transglycosylation. T47S is a novel substitution in this lysozyme class. While other lysozymes also have substitutions at positions 114 and 34, they also contain numerous others, including ones in the other substrate binding sites, A-D. Furthermore, T47S lies on the left side, while F34Y and R114H are located on the right side of the E-F subsites. BCL therefore should allow comparison of the independent contributions of these sites to substrate binding and transglycosylation. The activity toward the N-acetylglucosamine pentamer revealed that the substitutions at the E-F sites reduced the binding free energies at the E-F sites and the rate constant for transglycosylation without the conformation change of other substrate binding sites on the protein. MD simulation analysis of BCL suggested that the substituted amino acids changed the local conformation of this lysozyme at the E-F sites.

PubMed
Heterogeneity of dnaB locus of Mycobacterium avium-intracellulare complex

Yamamoto, K; Rutherford, SA; Rajagopalan, M; Hirakawa, H; Kuhara, S; Banno, Y; Fujii, H; Madiraju, MVVS

JOURNAL OF THE FACULTY OF AGRICULTURE KYUSHU UNIVERSITY 49 ( 2 ) 375 - 381 2004年10月（ ISSN:0023-6152 ）

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Web of Science
Furin-like proprotein convertase from the silkworm, Bombyx mori:: cDNA and its baculoviral expression

Aso, Y; Iwashita, T; Yamagami, T; Yamamoto, K; Hirakawa, H; Ishino, Y; Fujii, H

PROTEIN SCIENCE 13 142 - 142 2004年8月（ ISSN:0961-8368 ）

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Web of Science
Nucleotide substitutions in Staphylococcus aureus strains, Mu50, Mu3, and N315

Ohta, T; Hirakawa, H; Morikawa, K; Maruyama, A; Inose, Y; Yamashita, A; Oshima, K; Kuroda, M; Hattori, M; Hiramatsu, K; Kuhara, S; Hayashi, H

DNA RESEARCH 11 ( 1 ) 51 - 56 2004年2月（ ISSN:1340-2838 ）

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DOI： 10.1093/dnares/11.1.51

Web of Science

PubMed
Amino acid residue substitution at T-cell determinant-flanking sites in β-lactoglobulin modulates antigen presentation to T cells through subtle conformational change

Ametani, A; Sakurai, T; Katakura, Y; Kuhara, S; Hirakawa, H; Hosoi, T; Dosako, SI; Kaminogawa, S

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 67 ( 7 ) 1507 - 1514 2003年7月（ ISSN:0916-8451 eISSN:1347-6947 ）

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DOI： 10.1271/bbb.67.1507

Web of Science

PubMed
Mutational analysis of amino acid residues involved in catalytic activity of a family 18 chitinase from tulip bulbs

Suzukawa, K; Yamagami, T; Ohnuma, T; Hirakawa, H; Kuhara, S; Aso, Y; Ishiguro, M

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 67 ( 2 ) 341 - 346 2003年2月（ ISSN:0916-8451 eISSN:1347-6947 ）

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記述言語：英語

DOI： 10.1271/bbb.67.341

Web of Science

PubMed
Comparative DNA sequence analysis of mouse and human CC chemokine gene clusters. 国際誌

Hisayuki Nomiyama, Kimie Egami, Sumio Tanase, Retsu Miura, Hideki Hirakawa, Satoru Kuhara, Jun Ogasawara, Shinichi Morishita, Osamu Yoshie, Jun Kusuda, Katsuyuki Hashimoto

Journal of interferon & cytokine research : the official journal of the International Society for Interferon and Cytokine Research 23 ( 1 ) 37 - 45 2003年1月（ ISSN:1079-9907 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

The CC chemokines are a closely related subfamily of the chemokine superfamily. Most of the CC chemokine genes form a cluster on chromosome 11 in mice and chromosome 17 in humans. To date, 11 and 16 functional genes have been localized within the mouse and human clusters, respectively. Notably, some of the genes within these clusters appear to have no counterparts between the two species, and the orthologous relationships of some of the genes are difficult to establish solely on the basis of amino acid similarity. In this study, we have taken a comparative genomic approach to reveal some of the features that may be involved in the dynamic evolution of these gene clusters. We sequenced a 122-kb region containing five chemokine genes of the mouse CC cluster. This mouse sequence was combined with those determined by the Mouse Genome Sequencing Project, and the entire sequence of the mouse CC cluster was compared with that of the corresponding cluster in the human genome by percent identity plot and dot-plot analyses. Although no additional chemokine genes have been found in these clusters, our analysis has revealed that numerous gene rearrangements have occurred even after the diversification of rodents and primates, resulting in several species-specific chemokine genes and pseudogenes. In addition, phylogenetic analysis and comparison of the genomic sequences unambiguously identified the orthologous relationships of some of the chemokine genes in the mouse and human CC gene clusters.

PubMed
Complete genome sequence of Clostridium perfringens, an anaerobic flesh-eater

Shimizu, T; Ohtani, K; Hirakawa, H; Ohshima, K; Yamashita, A; Shiba, T; Ogasawara, N; Hattori, M; Kuhara, S; Hayashi, H

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 99 ( 2 ) 996 - 1001 2002年1月（ ISSN:0027-8424 ）

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DOI： 10.1073/pnas.022493799

Web of Science

PubMed
Complete genome sequence of Clostridium perfringens, an anaerobic flesh-eater. 国際誌

Tohru Shimizu, Kaori Ohtani, Hideki Hirakawa, Kenshiro Ohshima, Atsushi Yamashita, Tadayoshi Shiba, Naotake Ogasawara, Masahira Hattori, Satoru Kuhara, Hideo Hayashi

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 99 ( 2 ) 996 - 1001 2002年1月（ ISSN:0027-8424 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Clostridium perfringens is a Gram-positive anaerobic spore-forming bacterium that causes life-threatening gas gangrene and mild enterotoxaemia in humans, although it colonizes as normal intestinal flora of humans and animals. The organism is known to produce a variety of toxins and enzymes that are responsible for the severe myonecrotic lesions. Here we report the complete 3,031,430-bp sequence of C. perfringens strain 13 that comprises 2,660 protein coding regions and 10 rRNA genes, showing pronounced low overall G + C content (28.6%). The genome contains typical anaerobic fermentation enzymes leading to gas production but no enzymes for the tricarboxylic acid cycle or respiratory chain. Various saccharolytic enzymes were found, but many enzymes for amino acid biosynthesis were lacking in the genome. Twenty genes were newly identified as putative virulence factors of C. perfringens, and we found a total of five hyaluronidase genes that will also contribute to virulence. The genome analysis also proved an efficient method for finding four members of the two-component VirR/VirS regulon that coordinately regulates the pathogenicity of C. perfringens. Clearly, C. perfringens obtains various essential materials from the host by producing several degradative enzymes and toxins, resulting in massive destruction of the host tissues.

PubMed
Whole genome sequencing of meticillin-resistant Staphylococcus aureus

Kuroda, M; Ohta, T; Uchiyama, I; Baba, T; Yuzawa, H; Kobayashi, I; Cui, LZ; Oguchi, A; Aoki, K; Nagai, Y; Lian, JQ; Ito, T; Kanamori, M; Matsumaru, H; Maruyama, A; Murakami, H; Hosoyama, A; Mizutani-Ui, Y; Takahashi, NK; Sawano, T; Inoue, R; Kaito, C; Sekimizu, K; Hirakawa, H; Kuhara, S; Goto, S; Yabuzaki, J; Kanehisa, M; Yamashita, A; Oshima, K; Furuya, K; Yoshino, C; Shiba, T; Hattori, M; Ogasawara, N; Hayashi, H; Hiramatsu, K

LANCET 357 ( 9264 ) 1225 - 1240 2001年4月（ ISSN:0140-6736 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0140-6736(00)04403-2

Web of Science

PubMed
Comparison of whole genome sequences of Chlamydia pneumoniae J138 from Japan and CWL029 from USA 査読

Mutsunori Shirai, Hideki Hirakawa, Mitsuaki Kimoto, Mitsuaki Tabuchi, Fumio Kishi, Kazunobu Ouchi, Tadayoshi Shiba, Kazuo Ishii, Masahira Hattori, Satoru Kuhara, Teruko Nakazawa

Nucleic Acids Research 28 ( 12 ) 2311 - 2314 2000年6月（ ISSN:0305-1048 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Chlamydia pneumoniae is a widespread pathogen of humans causing pneumonia and bronchitis. There are many reports of an association between C. pneumoniae infection and atherosclerosis. We determined the whole genome sequence of C. pneumoniae strain J138 isolated in Japan in 1994 and compared it with the sequence of strain CWL029 isolated in the USA before 1987. The J138 circular chromosome consists of 1,226,565 nt (40.7% G + C) with 1072 likely protein-coding genes that is 3665 nt shorter than the CWL029 genome. Plasmids, phage- or transposon-like sequences were not identified. The overall genomic organization, gene order and predicted proteomes of the two strains are very similar, suggesting a high level of structural and functional conservation between the two unrelated isolates. The most conspicuous differences in the J138 genome relative to the CWL029 genome are the absence of five DNA segments, ranging in size from 89 to 1649 nt, and the presence of three DNA segments, ranging from 27 to 84 nt. The complex organization of these 'different zones' may be attributable to a unique system of recombination.

Scopus

PubMed
Comparison of outer membrane protein genes omp and pmp in the whole genome sequences of Chlamydia pneumoniae isolates from Japan and the United States

Shirai, M; Hirakawa, H; Ouchi, K; Tabuchi, M; Kishi, F; Kimoto, M; Takeuchi, H; Nishida, J; Shibata, K; Fujinaga, R; Yoneda, H; Matsushima, H; Tanaka, C; Furukawa, S; Miura, K; Nakazawa, A; Ishii, K; Shiba, T; Hattori, M; Kuhara, S; Nakazawa, T

JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES 181 S524 - S527 2000年6月（ ISSN:0022-1899 eISSN:1537-6613 ）

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DOI： 10.1086/315616

Web of Science

PubMed
The hydrophobic cores of proteins predicted by wavelet analysis

Hirakawa, H; Muta, S; Kuhara, S

BIOINFORMATICS 15 ( 2 ) 141 - 148 1999年2月（ ISSN:1367-4803 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/15.2.141

Web of Science

Scopus

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講演・口頭発表等

菌根菌叢・細菌叢同定ウェブインターフェースの開発

平川英樹, 丹羽理恵子, 佐藤修正, 江沢辰広

第17回日本ゲノム微生物学会年会 2023年3月

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

MISC

植物ゲノム情報ポータルサイト「Plant GARDEN」の改訂(2023年度・第4四半期版)-進化情報を活用するためのツールの開発-

市原寿子, 山田学, 戸田陽介, 中谷明弘, 山下サマッチャヤー, 清水武彦, 白澤沙知子, 小原光代, 平川英樹, 中村保一, 中村保一, 七夕高也, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 26 2024年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
NGS-TILLINGを利用したモチ性フツウソバの開発

安井康夫, FAWCETT J., 田中朋之, 西村和紗, 西村和紗, 中崎鉄也, 岩橋優, 齊藤大樹, 竹内直子, 上野まりこ, 上野まりこ, 白澤健太, 平川英樹, 大田竜也

育種学研究 25 2023年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
GRAS-Di技術を用いたコウヨウザンの連鎖地図構築とQTL解析

平尾知士, 藤澤義武, 白澤健太, 武津英太郎, 平川英樹, 三嶋賢太郎, 磯田圭哉, 山田浩雄

日本森林学会大会学術講演集 134th 2023年（ ISSN:2187-6576 ）

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J-GLOBAL
カラマツ雄花と雌花からの発現遺伝子の取得と着花に関わる遺伝子座の探索

三嶋賢太郎, 井城泰一, 平川英樹, 白澤健太, 福田陽子, 福田有樹, 宮本尚子, 平尾知士, 永野聡一郎, 小長谷賢一, 平岡裕一郎, 田村明, 倉本哲嗣, 高橋誠

日本森林学会大会学術講演集 134th 2023年（ ISSN:2187-6576 ）

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J-GLOBAL
ゲノムシークエンシングは普通ソバにおける異型花柱性の遺伝的構造を明らかにする

FAWCETT Jeffrey, 竹島亮馬, 松井勝弘, 水野信之, 松本大生, 平川英樹, 大田竜也, 安井康夫

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 95th (CD-ROM) 2023年

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J-GLOBAL
キヌアのベタレイン生産性を制御するCqCYP76AD1とCqDODA1の遺伝子クラスター

久篠沙耶子, 水野信之, 西村和紗, 上野まりこ, 中崎鉄也, 小林安文, 藤田泰成, 白澤健太, 平川英樹, 安井康夫, 桂圭佑

日本作物学会講演会要旨集 256th 2023年

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J-GLOBAL
キヌア:高い栄養価と過酷な環境への適応力を持つ新たなモデル実験植物

藤田泰成, 藤田泰成, 豊島真実, 小林安文, 藤田美紀, 小賀田拓也, 白澤健太, 平川英樹, 永利友佳理, 安井康夫

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年

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J-GLOBAL
セントポーリアのエピジェネティックな模様花弁におけるMYBの転写産物の特徴

倉田大地, 平川英樹, 白澤健太, 立澤文見, 細川宗孝, 細川宗孝

園芸学研究別冊 22 ( 1 ) 2023年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ソバ・ゲノム・プロジェクト-その概要と展望-

大田竜也, FAWCETT J., 竹島亮馬, 菊池真司, 大迫敬義, 白澤健太, 法月美悠, 松井勝弘, 矢崎裕規, 木曽映里, 藤井健一郎, 原尚資, JONES Martin K., 平川英樹, LI Cheng-Yun, 安井康夫

育種学研究 25 2023年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ソバゲノム解読から見えてきたフラボノイド合成制御系

松井勝弘, 大島良美, 光田展隆, 坂本真吾, FAWCETT J., 平川英樹, 大田竜也, 安井康夫

育種学研究 25 2023年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ソバの異形花型自家不和合性の分子機構とゲノム構造

竹島亮馬, FAWCETT J., 松井勝弘, 水野信之, 松本大生, 平川英樹, 大田竜也, 安井康夫

育種学研究 25 2023年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
センブリの開花に関わる遺伝子の探索(3)

河野徳昭, 平川英樹, 山本和彦, 熊谷健夫, 渕野裕之, 川原信夫, 川原信夫, 由井秀紀, 金子倫久, 高田泰生, 吉松嘉代

日本薬学会年会要旨集(Web) 143rd 2023年（ ISSN:0918-9823 ）

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J-GLOBAL
セントポーリアの低温順応に伴って発現変動するERF転写因子

福富健人, 倉田大地, 平川英樹, 白澤健太, 久保香奈衣, 細川宗孝, 細川宗孝, 細川宗孝

園芸学研究別冊 22 ( 1 ) 2023年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ヘミザイガスなゲノム領域によるソバ二花柱性の制御-古典的なSuper geneモデルじゃなかったです-

安井康夫, 竹島亮馬, FAWCETT Jeffrey, 松井勝弘, 水野信之, 松本大生, 平川英樹, 白澤健太, 大田竜也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年

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J-GLOBAL
ロングリード技術による針葉樹4種の全ゲノム解読

白澤健太, 三嶋賢太郎, 平川英樹, 平尾知士, 坪村美代子, 永野聡一郎, 井城泰一, 磯部祥子, 高橋誠

日本森林学会大会学術講演集 134th 2023年（ ISSN:2187-6576 ）

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J-GLOBAL
モモ25品種の比較ゲノム解析

衣川達己, 谷澤靖洋, 中村保一, 伊藤武彦, 田中裕之, 平川英樹, 篠澤章久, 篠澤章久, 馬場正, 小田賢司, 井出大輔, 大和勝幸, 石丸恵

園芸学研究別冊 22 ( 1 ) 2023年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
孤児作物のゲノム遺伝学およびその展望

大田竜也, FAWCETT Jeffrey A., 竹島亮馬, 菊池真司, 大迫敬義, 白澤健太, 法月美悠, 松井勝弘, 矢崎裕規, 小木曽映里, 藤井健一郎, 原尚資, JONES Martin K., 平川英樹, LI Cheng-Yun, 安井康夫

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 25th 2023年

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J-GLOBAL
植物ゲノム情報ポータルサイト「Plant GARDEN」の改訂(2023年度・第2四半期版)

市原寿子, 小原光代, 山下サマッチャヤー, 山田学, 清水武彦, 白澤沙知子, 戸田陽介, 平川英樹, 中村保一, 中村保一, 七夕高也, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 25 2023年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
植物ゲノム情報ポータルサイト「Plant GARDEN」の改訂(2022年度・第4四半期版)

市原寿子, 平川英樹, 山田学, 小原光代, 山下サマッチャヤー, 白澤沙知子, 戸田陽介, 清水武彦, 中村保一, 中村保一, 七夕高也, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 25 2023年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
根粒菌接種時の非マメ科植物の応答解析

梅月毬華, 下田宜司, 磯部祥子, 花野滋, 平川英樹, 富永晃好, 壽崎拓哉, 征矢野敬, 川口正代司, 佐藤修正, 内海俊樹

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 32nd 2023年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
日本品種のイチゴのパンゲノム解析

磯部祥子, 白澤健太, 平川英樹, 濱野恵, 龍勝利, 黒倉健

園芸学研究別冊 22 ( 1 ) 2023年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
針葉樹4種のゲノム情報データベースBreeding Trees-by-Genesの構築

平川英樹, 白澤健太, 井城泰一, 高島有哉, 福田有樹, 平尾知士, 三嶋賢太郎

日本森林学会大会学術講演集 134th 2023年（ ISSN:2187-6576 ）

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J-GLOBAL
【バイオDBとウェブツール　ラボで使える最新70選　知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤】(第3章)ゲノム・遺伝子・NGSデータを調べる　ゲノム　Plant GARDEN　さまざまな植物のゲノムやマーカー情報を集めたポータルサイト

磯部祥子, 市原寿子, 平川英樹

実験医学 40 ( 17 ) 2774 - 2776 2022年11月（ ISSN:0288-5514 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：(株)羊土社
MicrobeDB.jpからMicrobiome Datahubへ: 微生物・植物・メタボロームのデータ統合と統合微生物データベースの再構築

藤澤貴智, 平川英樹, 守屋勇樹, 信定知江, 金谷重彦, 有田正規, 田畑哲之, 磯部祥子, 東光一, 中村保一, 松井求, 山田拓司, 内山郁夫, 黒川顕, 森宙史

トーゴーの日2022 1 2022年10月

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出版者・発行元：JST NBDC事業推進部

DOI： 10.18908/togo2022.p010

CiNii Research
植物ゲノム情報ポータルサイト「PlantGARDEN」2022年度・第2四半期版の改訂

市原寿子, 平川英樹, 山田学, 小原光代, 山下サマッチャヤー, 白澤沙知子, 戸田陽介, 中村保一, 中村保一, 七夕高也, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 24 1 2022年10月（ ISSN:1344-7629 ）

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出版者・発行元：JST NBDC事業推進部

DOI： 10.18908/togo2022.p015

CiNii Research

J-GLOBAL
植物ゲノム統合データベースPlant GARDEN、微生物、メタボローム統合データベース間の連携検索システムの開発

平川英樹, 藤澤貴智, 守屋勇樹, 信定知江, 長崎英樹, 森宙史, 福島敦史, Ghelfi Andrea, 市原寿子, 中村保一, 金谷重彦, 有田正規, 黒川顕, 田畑哲之, 磯部祥子

トーゴーの日2022 1 2022年10月

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出版者・発行元：JST NBDC事業推進部

DOI： 10.18908/togo2022.p016

CiNii Research
De novoアセンブリとbulked segregant 解析を用いたキヌア本葉の赤色色素生産に関わる遺伝子の同定

久篠沙耶子, 水野信之, 西村和紗, 上野まりこ, 中崎鉄矢, 小林安文, 藤田泰成, 白澤健太, 平川英樹, 安井康夫, 桂圭佑

日本作物学会講演会要旨集 254 70 - 70 2022年9月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本作物学会

DOI： 10.14829/jcsproc.254.0_70

CiNii Research
‘シャインマスカット’全ゲノム解読とブドウ品種ゲノムのリシーケンスによるSNPパネルの構築

磯部祥子, 白澤健太, 谷口郁也, 平川英樹, 山本俊哉, 佐藤明彦, 佐藤明彦, 東暁史

園芸学研究別冊 21 ( 2 ) 2022年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
Plant GARDENからMi-GARDENへ~公開ゲノム情報とユーザーデータをつなぐ~

磯部祥子, 市原寿子, 山田学, 中村保一, 中村保一, 戸田陽介, 小原光代, 山下サマッチャヤー, 七夕高也, 平川英樹, 田畑哲之

日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM) 86th 2022年

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J-GLOBAL
MetaboBank:メタボローム研究のための一次レポジトリおよび統合データベース

時松敏明, 児玉悠一, 福田亜沙美, 藤澤貴智, 長崎英樹, 荒武, 荒武, 高橋みき子, 大澤祥子, 小林紀郎, 櫻井望, 福島敦史, 福島敦史, 金谷重彦, 平川英樹, 有田正規, 有田正規

質量分析総合討論会講演要旨集 70th 2022年

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J-GLOBAL
カラマツ着花変異系統を用いた着花に関わる原因遺伝子座の探索

三嶋賢太郎, 井城泰一, 平川英樹, 白澤健太, 福田陽子, 福田有樹, 宮本尚子, 平尾知士, 永野聡一郎, 平岡裕一郎, 田村明, 倉本哲嗣, 高橋誠

日本森林学会大会学術講演集 133rd 2022年（ ISSN:2187-6576 ）

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J-GLOBAL
ゲノム・遺伝子・NGSデータを調べるゲノム 4.Plant GARDEN-さまざまな植物のゲノムやマーカー情報を集めたポータルサイト

磯部祥子, 市原寿子, 平川英樹

実験医学 40 ( 17 ) 2022年（ ISSN:0288-5514 ）

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J-GLOBAL
セントポーリア‘キラウエア’アントシアニン低蓄積型変異体ではFNS IIの発現が低下する

倉田大地, 笹部由梨, 津崎智久, 立澤文見, 平川英樹, 白澤健太, 細川宗孝, 細川宗孝

園芸学研究別冊 21 ( 1 ) 2022年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
センブリの開花に関わる遺伝子の探索

河野徳昭, 平川英樹, 山本和彦, 熊谷健夫, 渕野裕之, 川原信夫, 川原信夫, 由井秀紀, 金子倫久, 高田泰生, 吉松嘉代

日本薬学会年会要旨集(Web) 142nd 2022年（ ISSN:0918-9823 ）

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J-GLOBAL
セントポーリアの白色縞模様花弁における2種類のMYB転写因子の部位別発現

倉田大地, 津崎智久, 立澤文見, 平川英樹, 白澤健太, 細川宗孝, 細川宗孝

園芸学研究別冊 21 ( 2 ) 2022年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
セントポーリアの低温順応に伴うエチレン関連遺伝子の解析

福富健人, 倉田大地, 平川英樹, 白澤健太, 久保香奈衣, 細川宗孝, 細川宗孝, 細川宗孝

園芸学研究別冊 21 ( 2 ) 2022年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ホウレンソウ間性株における雌花着生率に関するQTL解析

山野薫, 豊田敦, 平川英樹, 小野寺康之

育種学研究 24 2022年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
マメ科モデル植物ミヤコグサの種内・種間組換え近交系集団におけるLTRレトロトランスポゾンの活性化

深井英吾, 深井英吾, 深井英吾, 深井英吾, 深井英吾, 吉川学, SHAH N., SANDAL N., 宮尾安藝雄, 小野聖二郎, 平川英樹, AKYOL T., 梅原洋佐, 野々村賢一, STOUGAARD J., 廣近洋彦, 林誠, 林誠, 佐藤修正, 佐藤修正, ANDERSEN S., 岡崎桂一

育種学研究 24 2022年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
性染色体スケールのホウレンソウゲノム配列を活用した間性株の雌花率に関するQTL解析

山野薫, 豊田敦, 平川英樹, 小野寺康之

日本育種学会・日本作物学会北海道談話会会報 63 48 - 49 2022年（ eISSN:2432-0307 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本育種学会・日本作物学会北海道談話会

DOI： 10.20751/hdanwakai.63.0_48

CiNii Research
植物ゲノム情報ポータルサイト「Plant GARDEN」の改訂(2021年度・第4四半期版)

市原寿子, 平川英樹, GHELFI A., 小原光代, 山田学, 田村卓郎, 中谷明弘, 中村保一, 白澤沙知子, 杉原英志, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 24 2022年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
植物の多様性の理解のためにゲノム解析が明らかにできていること

磯部祥子, 白澤健太, 佐藤光彦, 市原寿子, 田島直之, 平川英樹

育種学研究 24 2022年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
植物の参照ゲノム配列とユーザーのゲノム配列データを比較するプラットホーム「Mi-GARDEN」の開発

磯部祥子, 堀口晃一郎, 山田学, 三澤拓真, 中村保一, 市原寿子, 小原光代, 平川英樹

育種学研究 24 2022年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
未利用地から農地への転換に伴う土壌微生物群集構造変化の解析

高田理江, 花野滋, 宮本託志, 滝澤理仁, 冨永逹, 柴田大輔, 櫻井望, 平川英樹, 小林優

日本土壌肥料学会講演要旨集(Web) 68 2022年（ ISSN:2424-0575 ）

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J-GLOBAL
Cats’-I:アメリカンショートヘア種ネコゲノムAnAms1.0アノテーションデータベース

坂本美佳, 松本悠貴, 磯部祥子, CHUNG Claire, LIN Xiao, CHAN Ting-Fung, 平川英樹, 石原玄基, LAM Hon-Ming, 中山しのぶ, 笹本茂美, 谷澤靖洋, 渡辺安希子, 渡部桂, 矢倉勝, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年

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J-GLOBAL
Spinacia属植物の性染色体の構造比較

小野寺康之, 藤田拓希, 杉山優, 豊田敦, 平川英樹

育種学研究 23 2021年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
Hifiリードを用いたイチゴのゲノム配列解析

磯部祥子, 白澤健太, 平川英樹, 外西萌梨, 濱野恵, 龍勝利, 黒倉健

園芸学研究別冊 20 ( 2 ) 2021年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
イエネコの高精度な参照ゲノム配列AnAms1.0の構築

松本悠貴, 磯部祥子, 坂本美佳, CHUNG Claire, CHAN Ting-Fung, 平川英樹, 石原玄基, LAM Hon-Ming, 中山しのぶ, 笹本茂美, 谷沢靖洋, 渡辺安希子, 渡部桂, 矢倉勝, 中村保一

日本哺乳類学会大会プログラム・講演要旨集 2021 2021年

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J-GLOBAL
キク属モデル系統Gojo-0の高精度全ゲノム配列決定とポジショナルクローニングへの活用

中野道治, 平川英樹, 豊田敦, 伊藤武彦, 白澤健太, 磯部祥子, 谷口研至, 草場信

園芸学研究別冊 20 ( 1 ) 2021年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
キク属モデル系統Gojo-0の高精度全ゲノム塩基配列決定と分子遺伝学的研究基盤

中野道治, 平川英樹, 豊田敦, 伊藤武彦, 白澤健太, 磯部祥子, 谷口研至, 草場信

育種学研究 23 2021年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
カラマツとグイマツの完全長cDNA配列の取得と種間比較

三嶋賢太郎, 平川英樹, 井城泰一, 福田陽子, 平尾知士, 田村明, 高橋誠

日本森林学会大会学術講演集 132nd 2021年（ ISSN:2187-6576 ）

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J-GLOBAL
セントポーリアの全ゲノムおよびUniGene情報に基づくフラボノイド合成経路の全貌の推定

倉田大地, 津崎智久, 平川英樹, 白澤健太, 立澤文見, 細川宗孝, 細川宗孝

園芸学研究別冊 20 ( 2 ) 2021年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ソバの近交弱勢の遺伝解析-茎葉異常型に関する遺伝解析-

竹島亮馬, 安井康夫, 平川英樹, 松井勝弘

育種学研究 23 2021年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ナノポアシークエンス技術を利用したエンドウの全ゲノム配列解析

白澤健太, 佐々木和浩, 佐々木和浩, 平川英樹, 磯部祥子

育種学研究 23 2021年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
六倍体サツマイモ「徐薯18号」の全ゲノム配列解析

磯部祥子, 白澤健太, 平川英樹, 田中勝, 高畑康浩, YOON Ung-Han, YOON Ung-Han, CAO Qinghe, LIU Qingchan, ZAI Hong, KWAK Sang-Soo, KWAK Sang-Soo, MA Daifu

育種学研究 23 2021年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
全ゲノム配列解析が明らかにする国内大玉トマト現代育種の軌跡

山本英司, 松永啓, 大山暁男, 布目司, 白澤健太, 平川英樹, 磯部祥子

育種学研究 23 2021年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
マルチオミクスに基づくアプローチで植物の特殊代謝物の進化を探る

RAI Amit, HIRAKAWA Hideki, NAKABAYASHI Ryo, KIKUCHI Shinji, HAYASHI Koki, RAI Megha, TSUGAWA Hiroshi, MORI Tetsuya, YAMAZAKI Mami, SAITO Kazuki

質量分析総合討論会講演要旨集 69th 2021年

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J-GLOBAL
マツ材線虫病に対する抵抗性の遺伝領域を明らかにする

平尾知士, 松永孝治, 平川英樹, 白澤健太, 磯田圭哉, 三嶋賢太郎, 田村美帆, 渡辺敦史

森林総合研究所中長期計画成果集 2021年

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J-GLOBAL
大規模データ時代のDBの役割は?~Plant GARDENの開発現場から~

磯部祥子, 市原寿子, 七夕高也, ジェルフィアンドレア, 兒玉晋洋, 小原光代, 山田学, 白澤沙知子, 田村卓郎, 杉原英志, 中村保一, 中谷明弘, 平川英樹, 田畑哲之

日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM) 85th 2021年

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J-GLOBAL
植物メタボローム解析メタデータのRDF化および測定生データの再解析

長崎英樹, 荒武, 福島敦史, 大澤祥子, 高橋みき子, 小林紀郎, 藤澤貴智, 櫻井望, 平川英樹, 有田正規, 有田正規

日本植物生理学会年会(Web) 62nd 2021年

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J-GLOBAL
植物ゲノム情報ポータルサイト「Plant GARDEN」の改訂(2020年度・第4四半期版)

市原寿子, 小原光代, 山田学, GHELFI A., 平川英樹, 白澤沙知子, 田村卓郎, 杉原英志, 中村保一, 中谷明弘, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 23 2021年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
植物ゲノムポータルサイト「Plant GARDEN」の使い方

市原寿子, 平川英樹, GHELFI Andrea, 小原光代, 山田学, 田村卓郎, 中谷明弘, 中村保一, 白澤沙智子, 杉原英志, 田畑哲之, 磯部祥子

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年

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J-GLOBAL
野外環境で自生するヤハズエンドウのゲノムから植物の栽培化を考える

白澤健太, 小杉俊一, 小杉俊一, 佐々木和浩, 佐々木和浩, GHELFI A., GHELFI A., 岡崎孝映, 豊田敦, 平川英樹, 磯部祥子

育種学研究 23 2021年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
RNA-Seqによるトマトのかいよう病感染時の防御応答遺伝子の解析

横谷尚起, 長谷川嘉則, 香西雄介, 山本英司, 平川英樹, 内藤嘉磯

日本植物病理学会大会プログラム・講演要旨予稿集 2020 2020年

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J-GLOBAL
アジサイの全ゲノム配列解読および八重咲き性選抜DNAマーカーの開発

奈島賢児, 白澤健太, 平川英樹, 磯部祥子, 巣山拓郎, 和田卓也, 黒倉健, 上町達也, 東未来, 阿久津翠, 中澤佳子, 小玉雅晴, 生井潔

園芸学研究別冊 19 ( 1 ) 2020年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ゲノムワイドアソシエーション解析(GWAS)によるカラマツ材質に関わる遺伝子座の同定

三嶋賢太郎, 平尾知士, 田村明, 福田有樹, 平岡裕一郎, 井城泰一, 福田陽子, 花岡創, 高島有哉, 谷口亨, 中田了五, 藤原健, 倉本哲嗣, 高橋誠, 平川英樹

日本木材学会大会研究発表要旨集(完全版)(CD-ROM) 70th 2020年（ ISSN:1349-0532 ）

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J-GLOBAL
クロマツの連鎖地図構築とマツ材線虫病抵抗性に関する主要遺伝子座の同定

平尾知士, 松永孝治, 平川英樹, 白澤健太, 磯田圭哉, 三嶋賢太郎, 田村美帆, 渡辺敦史

日本森林学会大会学術講演集 131st 2020年（ ISSN:2187-6576 ）

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J-GLOBAL
ダイコンゲノム利用促進データベースの構築

平川英樹, 白澤健太, 板橋悦子, 吹野伸子, 北柴大泰

育種学研究 22 2020年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ホウレンソウ性決定候補遺伝子の特徴付け

小野寺康之, 須藤有紀, 平川英樹, 鈴木穣

園芸学研究別冊 19 ( 1 ) 2020年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
二倍体野生種のゲノム情報を利用したキクDNAマーカーの効率的な開発技術

住友克彦, 白澤健太, 磯部祥子, 平川英樹, 久松完, 中野善公, 八木雅史, 大宮あけみ

農研機構野菜花き研究部門成果情報(Web) 2020 2020年

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J-GLOBAL
ユーストマの連鎖地図作成と全ゲノム解読

白澤健太, 有本龍平, 石森元幸, 宮坂昌実, ゲルフィアンドレア, 平川英樹, 遠藤誠, 河鰭実之, 磯部祥子

育種学研究 22 2020年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ホウレンソウ育種の効率化に向けたPseudomoleculeの構築

平川英樹, 豊田敦, 伊藤武彦, 鈴木穣, 永野惇, 杉山優, 小野寺康之

育種学研究 22 2020年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ホウレンソウ性決定候補遺伝子の発現パターンの解析

須藤有紀, 長部高之, 平川英樹, 鈴木穣, 小野寺康之

育種学研究 22 2020年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
家系情報を考慮したイチゴ雄蕊形態異常原因遺伝子の探索

永野聡一郎, 野口裕司, 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 19 ( 1 ) 2020年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
植物ゲノム情報ポータルサイトPlantGARDENの正規版公開

市原寿子, 原田大士朗, GHELFI A., 小原光代, 山田学, 白澤沙知子, FAWCETT J., 田村卓郎, 杉原英志, 中谷明弘, 中村保一, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 22 2020年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
植物ゲノム情報ポータルサイトPlant GARDENの正規版公開

市原寿子, 原田大士朗, ゲルフィアンドレア, 小原光代, 山田学, 白澤沙知子, フォーセットジェフリー, 田村卓郎, 杉原英志, 中谷明弘, 中村保一, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 43rd 2020年

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J-GLOBAL
根粒菌共生効率を制御するマメ科植物プロテアーゼ

下田宜司, 梅原洋佐, 伊藤(山谷)紘子, 林誠, 山崎俊正, 西ヶ谷有輝, 稲垣言要, 箱山雅生, 河内宏, 柴田哲, HOSSAIN Md Shakhawat, 佐藤修正, 平川英樹, 金子貴一, 川口正代司

農研機構生物機能利用研究部門成果情報(Web) 2020 2020年

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J-GLOBAL
新規ホウレンソウpseudomoleculeを用いた重要育種形質のQTL解析

小野寺康之, 杉山優, 豊田敦, 伊藤武彦, 鈴木穣, 永野惇, 平川英樹

育種学研究 22 2020年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
生食用欧米雑種ブドウ‘シャインマスカット’の全ゲノム解読

白澤健太, 東暁史, 谷口郁也, 山本俊哉, 佐藤明彦, GELFI A., 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 19 ( 1 ) 2020年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
農耕地利用の強度に応答したアーバスキュラー菌根菌群集の収斂と多様性の維持機構

丹羽理恵子, 佐藤修正, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信, 佐藤孝, 鈴木貴恵, 佐藤匠, 俵谷圭太郎, 福永亜矢子, 小八重善裕, 大友量, 林正紀, 唐澤敏彦, 神山拓也, 丸山隼人, 江沢辰広

日本土壌肥料学会講演要旨集(Web) 66 2020年（ ISSN:2424-0575 ）

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J-GLOBAL
3-1-8 農耕地管理強度に沿ったアーバスキュラー菌根菌群集の入れ子構造：その生存戦略とインパクト（3-1 土壌生物の生態と機能，2019年静岡大会）

丹羽理恵子, 小八重善裕, 大友量, 林正紀, 唐澤敏彦, 神山拓也, 丸山隼人, 江沢辰広, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信, 佐藤孝, 鈴木貴恵, 佐藤匠, 俵谷圭太郎, 福永亜矢子

日本土壌肥料学会講演要旨集 65 ( 0 ) 24 - 24 2019年（ ISSN:0288-5840 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：一般社団法人日本土壌肥料学会

DOI： 10.20710/dohikouen.65.0_24_2
Hi-Cを用いたサブクローバゲノムのPseudomolecules構築

磯部祥子, 白澤健太, GHELFI Andrea, MORAGA Roger, 平川英樹, 長崎英樹, GRIFFITHS Andrew, JACOBS Jeanne, GHAMKHAR Kioumars

育種学研究 21 2019年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
アジアのダイコン在来品種におけるFLC遺伝子の構造多型と抽苔早晩性との関連解析

川端泉穂, 小林寛人, 白澤健太, 吹野伸子, 平川英樹, 北柴大泰

育種学研究 21 2019年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
キク二倍体近縁野生種キクタニギクの全ゲノムの塩基配列の解読

住友克彦, 平川英樹, 久松完, 永野聡一郎, 白澤健太, 樋口洋平, 草場信, 腰岡政二, 中野善公, 八木雅史, 山口博康, 谷口研至, 中野道治, 磯部祥子

農研機構野菜花き研究部門成果情報(Web) 2019 2019年

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J-GLOBAL
カラマツにおける分子育種に向けたゲノムおよびバイオリソースの整備

三嶋賢太郎, 平川英樹, 井城泰一, 田村明, 松下通成, 高島有哉, 永野聡一郎, 平尾知士, 福田陽子, 矢野慶介, 花岡創, 玉城聡, 武津英太郎, 栗田学, 平岡裕一郎, 生方正俊, 中田了五, 高橋誠

日本森林学会大会学術講演集 130th 2019年（ ISSN:2187-6576 ）

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J-GLOBAL
イチジク株枯真性抵抗性を有するイヌビワの全ゲノム解読

白澤健太, 薬師寺博, 森田剛成, 軸丸祥大, 池上秀利, 豊田敦, 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 18 ( 2 ) 2019年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
イチゴ全ゲノム配列の更新とQTL-Seq解析への応用

白澤健太, 和田卓也, 平田千春, 永松志朗, 森美幸, 田中幹大, 山本英司, 平川英樹, 磯部祥子

育種学研究 21 2019年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
アルカロイド生合成及び多様化の進化を理解するための比較ゲノミクス

RAI Amit, NAKABAYASHI Ryo, HIRAKAWA Hideki, TSUGAWA Hiroshi, NAKAYA Taiki, MORI Tetsuya, TAKAHASHI Hiroki, KIKUCHI Shinji, SAITO Kazuki, SAITO Kazuki, YAMAZAKI Mami

日本植物生理学会年会(Web) 60th 2019年

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J-GLOBAL
サクラ「ソメイヨシノ」の全ゲノム配列の解読

白澤健太, 江角智也, 平川英樹, 田中秀幸, 板井章浩, GHELFI Andrea, 長崎英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 18 ( 1 ) 2019年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
トランスクリプトーム解析によるニンニク遺伝資源のSNP情報の収集・整理

佐藤修正, 平田翔, 平川英樹, 山田朋宏, 執行正義

園芸学研究別冊 18 ( 2 ) 2019年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ダイコン栽培品種および野生種におけるRsFLC1およびRsFLC2遺伝子の第一イントロンに存在する挿入多型の分布

北柴大泰, 川端泉穂, 田阪初音, 白澤健太, 平川英樹, 吹野伸子

育種学研究 21 2019年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ダイコン品種「晩生桜島」の全ゲノム解析

白澤健太, 平川英樹, 吹野伸子, 北柴大泰, 細川宗孝, 磯部祥子

育種学研究 21 2019年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ソバ属植物におけるゲノムの進化

FAWCETT Jeffrey, FAWCETT Jeffrey, 上野まりこ, 大澤良, 大田竜也, 齊藤大樹, 齊藤大樹, 白澤健太, 竹島亮馬, 中崎鉄也, 西村和紗, 原尚資, 原尚資, 平川英樹, 松井勝弘, 水野信之, 安井康夫

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 91st 2019年

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J-GLOBAL
ソバにおける異型花型自家不和合性遺伝子座のゲノム解析

大田竜也, 相井城太郎, 上野まりこ, 大澤良, 齊藤大樹, 齊藤大樹, 白澤健太, 竹島亮馬, 中崎鉄也, 西村和紗, 原尚資, 原尚資, 平川英樹, FAWCETT J., FAWCETT J., 松井勝弘, 水野信之, 安井康夫

育種学研究 21 2019年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ジオウの根肥大化に関わる遺伝子の探索-KIN2-like遺伝子の発現解析-

河野徳昭, 桑原佑典, 乾貴幸, 平川英樹, 鈴木秀幸, 川原信夫, 吉松嘉代

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 37th 2019年

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J-GLOBAL
サツマイモネコブセンチュウの感染関連遺伝子探索のためのゲノム配列

足立湧樹, 桑原大芽, 白澤健太, 平川英樹, 岩堀英晶, 浅水恵理香

Nematological Research 49 ( 2 ) 2019年（ ISSN:0919-6765 ）

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J-GLOBAL
ホウレンソウY染色体雄特異的領域の座乗遺伝子同定および進化年代推定

岡崎洋助, 平川英樹, 鈴木穣, 小野寺康之

園芸学研究別冊 18 ( 1 ) 2019年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
八倍体イチゴの大規模SNPタイピング

磯部祥子, 白澤健太, 山本英司, 平川英樹, 七夕高也

園芸学研究別冊 18 ( 2 ) 2019年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ホウレンソウの性決定候補遺伝子の探索

長部高之, 岩渕恵佑, 平川英樹, 鈴木穣, 小野寺康之, 小野寺康之

育種学研究 21 2019年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
圃場から単離したcheating根粒菌株のゲノム解析

日下部翔平, 二反田正悟, 平川英樹, 中川知己, 中川知己, 佐藤修正

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 29th 2019年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
植物ゲノム統合ポータルサイトPlantGARDENの開発と公開

原田大士朗, 市原寿子, 中谷明弘, ジェルフィアンドレア, 山田学, 小原光代, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 37th 2019年

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J-GLOBAL
植物ゲノム情報ポータルサイトPlantGARDENの開発

原田大士朗, 市原寿子, 中谷明弘, GHELFI A., 藤代継一, 小原光代, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 21 2019年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
植物ゲノム情報ポータルサイトPlantGARDENの拡張

原田大士朗, 市原寿子, 中谷明弘, GHELFI A., 山田学, 小原光代, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 21 2019年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
栽培イチゴ雄蕊形態異常系統に特異的なゲノム配列の抽出

永野聡一郎, 野口裕司, 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 18 ( 1 ) 2019年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
未利用地から農地への土地利用変化に伴う土壌微生物群集構造の変化

高田理江, 花野滋, 花野滋, 宮本託志, 滝澤理仁, 冨永達, 柴田大輔, 柴田大輔, 櫻井望, 櫻井望, 平川英樹, 小林優

日本土壌肥料学会講演要旨集(Web) 65 2019年（ ISSN:2424-0575 ）

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J-GLOBAL
菌根菌叢・細菌叢同定ウェブインターフェースの開発

平川英樹, 丹羽理恵子, 佐藤修正, 江沢辰広

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 37th 2019年

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J-GLOBAL
雄花着花量の異なるスギクローンのジベレリン処理後の遺伝子発現解析

坪村美代子, 三嶋賢太郎, 平尾知士, 永野聡一郎, 平川英樹

日本森林学会大会学術講演集 130th 2019年（ ISSN:2187-6576 ）

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J-GLOBAL
野生種および栽培種のイチゴ根圏における微生物叢の比較解析

吉本達也, AKYOL Turgut Yigit, 佐藤修正, 平川英樹, 浅水恵理香

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 29th 2019年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
酢酸菌の呼吸鎖NADH脱水素酵素の進化と表現型に関する考察

松谷峰之介, 平川秀樹, HEPPY Sriherfyna Feronika, 薬師寿治, 薬師寿治, 松下一信, 松下一信

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 13th 2019年

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J-GLOBAL
連続塩基組成に基づく植物ゲノムにおける微生物由来水平伝播候補遺伝子の網羅的検出

藤田由剛, 平川英樹, 池村淑道, 阿部貴志

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 13th 2019年

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J-GLOBAL
農耕地管理強度に沿ったアーバスキュラー菌根菌群集の入れ子構造:その生存戦略とインパクト

丹羽理恵子, 佐藤修正, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信, 佐藤孝, 鈴木貴恵, 佐藤匠, 俵谷圭太郎, 福永亜矢子, 小八重善裕, 大友量, 林正紀, 唐澤敏彦, 神山拓也, 丸山隼人, 江沢辰広

日本土壌肥料学会講演要旨集(Web) 65 2019年（ ISSN:2424-0575 ）

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J-GLOBAL
Allium cepaにおける全ゲノム解読に向けた取り組みについて

執行正義, MOSTAFA Abdelrahman, MOSTAFA Abdelrahman, 佐藤修正, 平川英樹, 辻村真衣, 寺地徹, 豊田敦

園芸学研究別冊 17 ( 1 ) 2018年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
アジア在来品種を主としたダイコンにおけるゲノムワイドなSNPsと遺伝的多様性

小林寛人, 白澤健太, 吹野伸子, 平川英樹, 北柴大泰

育種学研究 20 2018年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
キク属モデル植物・キクタニギク(Chrysanthemum seticuspe)の全ゲノム解析

平川英樹, 住友克彦, 久松完, 永野聡一郎, 永野聡一郎, 白澤健太, 樋口洋平, 草場信, 腰岡政二, 中野善公, 八木雅史, 山口博康, 谷口研至, 中野道治, 磯部祥子

育種学研究 20 2018年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
キクタニギクの全ゲノムシーケンスを利用した花成関連遺伝子の網羅的探索

樋口洋平, 久松完, 中野善公, 平川英樹, 白澤健太, 磯部祥子, 住友克彦

園芸学研究別冊 17 ( 2 ) 2018年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
カーネーションの開花期に関するQTL解析

八木雅史, 白澤健太, 平川英樹, 磯部祥子, 松野純子, 棚瀬幸司, 小野崎隆, 山口博康

園芸学研究別冊 17 ( 2 ) 2018年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
カキ属の全ゲノム情報が明らかにする性の多様性を駆動した古倍化

赤木剛士, 赤木剛士, 白澤健太, 長崎英樹, 平川英樹, 田尾龍太郎, COMAI Luca, HENRY Isabelle M.

園芸学研究別冊 17 ( 1 ) 2018年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
サツマイモネコブセンチュウSPレースの遺伝子型解析

浅水恵理香, 白澤健太, 平川英樹, 岩堀英晶

Nematological Research 48 ( 2 ) 2018年（ ISSN:0919-6765 ）

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J-GLOBAL
ダイコン遺伝資源の黒斑細菌病抵抗性評価

吹野伸子, 北柴大泰, 平川英樹, 白澤健太, 板橋悦子, 柿崎智博, 小原隆由

園芸学研究別冊 17 ( 2 ) 2018年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ジオウの根肥大化に関わる遺伝子の探索(3)

河野徳昭, 桑原佑典, 乾貴幸, 平川英樹, 平川英樹, 鈴木秀幸, 川原信夫, 吉松嘉代

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 138th 2018年

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J-GLOBAL
ホウレンソウの性染色体における組換え抑制領域の進化年代の推定

岡崎洋助, 平川英樹, 鈴木穣, 小野寺康之

育種学研究 20 2018年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
全ゲノム情報をベースとしたロゼット形成時におけるキクタニギクの遺伝子発現プロファイリング

久松完, 住友克彦, 樋口洋平, 腰岡政二, 永野聡一郎, 永野聡一郎, 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 17 ( 2 ) 2018年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
全ゲノムシーケンスを活用したキクタニギク連鎖地図の作成および栽培ギクにおけるDNAマーカー開発

白澤健太, 住友克彦, 平川英樹, 磯部祥子, 八木雅史, 中野善公, 久松完, 大宮あけみ, 中野道治, 谷口研至, 草場信

園芸学研究別冊 17 ( 2 ) 2018年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
メタボロームリポジトリの設計と機能

有田正規, 金谷重彦, 櫻井望, 平川英樹, 福島敦史

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018年

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J-GLOBAL
ミヤコグサが土壌微生物叢を操る仕組み

中川知己, 中川知己, 佐伯和彦, 豊岡公徳, 佐藤繭子, 平川英樹, 大澤美芙, 若崎眞由美, 福原舞, 福原舞, 川東拓司, 吉田彩恵, 菅沼教生, 三井久幸, 佐藤修正, 川口正代司, 川口正代司

日本植物生理学会年会(Web) 59th 2018年

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J-GLOBAL
ホウレンソウの雄決定遺伝子座周辺から見出された組換抑制領域の分子構造

小野寺康之, 工藤友裕, 高橋光彦, 長部高之, 豊田敦, 平川英樹, 鈴木穣, 近江戸伸子

園芸学研究別冊 17 ( 1 ) 2018年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
植物におけるカンプトテシン生合成経路を明らかにするためのシステムバイオロジー手法

RAI Amit, HIRAKAWA Hideki, NAKABAYASHI Ryo, TSUGAWA Hiroshi, NAKAYA Taiki, MORI Tetsuya, SUZUKI Hieyuki, TAKAHASHI Hiroki, SAITO Kazuki, SAITO Kazuki, YAMAZAKI Mami

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 36th 2018年

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J-GLOBAL
機械学習アルゴリズムを用いたネギにおけるアーバスキュラー菌根菌接種効果の発現予測

丹羽理恵子, 佐藤修正, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信, 佐藤孝, 鈴木貴恵, 齋藤雅典, 齋藤雅典, 佐藤匠, 俵谷圭太郎, 福永亜矢子, 江沢辰広

日本土壌肥料学会講演要旨集 64 2018年（ ISSN:0288-5840 ）

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J-GLOBAL
植物ゲノム情報ポータルサイト・PlantGARDENの開発にむけて

原田大士朗, 市原寿子, 中谷明弘, GHELFI Andrea, 藤代継一, 小原光代, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018年

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J-GLOBAL
植物ゲノム情報ポータルサイト・PlantGARDENの開発と植物ゲノム解析の現状

原田大士朗, 市原寿子, 中谷明弘, GHELFI A., 藤代継一, 小原光代, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

育種学研究 20 2018年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
現地農家圃場等におけるネギへのAM菌資材の接種効果

鈴木貴恵, 丹羽理恵子, 丹羽理恵子, 宇野亨, 田島亮介, 伊藤豊彰, 伊藤豊彰, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信, 江沢辰広, 齋藤雅典, 齋藤雅典

日本土壌肥料学会講演要旨集 64 2018年（ ISSN:0288-5840 ）

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J-GLOBAL
雄蕊形態異常を伴う栽培イチゴ核置換系統間のゲノム変異の検出

永野聡一郎, 永野聡一郎, 野口裕司, 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 17 ( 1 ) 2018年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
酢酸菌における膜結合型NADH脱水素酵素の分布について

松谷峰之介, 平川英樹, SRIHERFYNA Feronika Heppy, 片岡尚也, 片岡尚也, 薬師寿治, 薬師寿治, 松下一信, 松下一信

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018年

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J-GLOBAL
菌根菌叢および細菌叢のウェブ上解析インターフェースの開発

平川英樹, 丹羽理恵子, 佐藤修正, 江沢辰広

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 12th 2018年

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J-GLOBAL
dd-RAD-Seq法によるアブラナ科作物の多型解析

磯部祥子, 白澤健太, 平川英樹

育種学研究 19 2017年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
RAD-seq法を用いたキクタニギク細葉原因遺伝子NEEDLE LEAF1のマッピング

中野道治, 有賀悠貴, 小塚俊明, 平川英樹, 住友克彦, 八木雅史, 中野善公, 久松完, 磯部祥子, 谷口研至, 草場信

園芸学研究別冊 16 ( 2 ) 2017年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
RAD-Seqを用いたアジサイ’城ヶ崎’由来の八重咲き性因子と連鎖するSNPsの探索

奈島賢児, 白澤健太, 平川英樹, 磯部祥子, 巣山拓郎, 下村克己, 平島敬太, 和田卓也, 黒倉健, 阿久津翠, 小玉雅晴, 小玉雅晴, 生井潔

園芸学研究別冊 16 ( 2 ) 2017年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
Plant Genome Database Japan(PGDBj)におけるDNAマーカーとQTL情報の公開

柴谷多恵子, 市原寿子, 田村卓郎, 白澤沙知子, 浅水恵理香, 平川英樹, 田畑哲之

育種学研究 19 2017年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
PGDBjにおけるQTLおよびDNAマーカー検索インターフェースの改良と近年の研究動向

柴谷多恵子, 市原寿子, 白澤沙知子, 浅水恵理香, 平川英樹, 田畑哲之

園芸学研究別冊 16 ( 1 ) 2017年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
De novo transcriptome解析によるトウサイカチサポニン合成経路に関わる遺伝子群の探索

桑原佑典, 中島大輔, 新保さやか, 中村道美, 河野徳昭, 川原信夫, 山崎真巳, 齊藤和季, 鈴木秀幸, 平川英樹, 平川英樹

日本生薬学会年会講演要旨集 64th 2017年（ ISSN:0919-1992 ）

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J-GLOBAL
アーバスキュラー菌根菌接種の残効が翌年のダイズ生育へ及ぼす影響

神山拓也, 丹羽理恵子, 安達克樹, 江沢辰広, 鈴木崇之, 佐藤修正, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信

日本作物学会講演会要旨集 243rd 2017年

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J-GLOBAL
キク属におけるモデル系統の開発とマップベースクローニングの試み

有賀悠貴, 中野道治, 小塚俊明, 増田優, 平川英樹, 住友克彦, 八木雅史, 中野善公, 久松完, 磯部祥子, 谷口研至, 草場信

育種学研究 19 2017年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
キクタニギクのゲノム配列解読

平川英樹, 住友克彦, 久松完, 中野善公, 八木雅史, 中野道治, 白澤健太, 草場信, 磯部祥子

園芸学研究別冊 16 ( 1 ) 2017年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
カキ属の全ゲノム配列解読(第1報):系統特異的なゲノム進化

赤木剛士, 赤木剛士, 白澤健太, 長崎英樹, 平川英樹, COMAI Luca, 田尾龍太郎, HENRY Isabelle M.

園芸学研究別冊 16 ( 2 ) 2017年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
オウトウゲノムの概要配列の決定

白澤健太, 五十鈴川寛司, 池永充伸, 齋藤裕太郎, 齋藤裕太郎, 山本俊哉, 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 16 ( 2 ) 2017年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
イチゴ属の異質倍数化とゲノム構造の多様化に伴う形質および生育地環境の多様化

永野聡一郎, 白澤健太, 平川英樹, 林篤司, 七夕高也, 磯部祥子

日本生態学会大会講演要旨(Web) 64th 2017年

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J-GLOBAL
イチゴの果実硬度に関するゲノミックセレクションの試み

永野聡一郎, 白澤健太, 平川英樹, 前田ふみ, 渡邉学, 野口裕司, 片岡園, 坪根正雄, 奥幸一郎, 田崎公久, 飯村一成, 中谷明弘, 柳智博, 磯部祥子

園芸学研究別冊 16 ( 2 ) 2017年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
サツマイモ2倍体野生種および6倍体栽培種の全ゲノム解析

長崎英樹, YOON Yng-Han, CAO Qinghe, 白澤健太, LIU Qingchang, JEONG Jae Cheol, 田中勝, 平川英樹, ZHAI Hong, 岡田吉弘, HAHN Jang-Ho, KWAK Sang-Soo, MA Dai-Fu, 磯部祥子

育種学研究 19 2017年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ジオウの根肥大化に関わる遺伝子の探索(2)

河野徳昭, 桑原佑典, 乾貴幸, 平川英樹, 平川英樹, 鈴木秀幸, 川原信夫, 吉松嘉代

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 35th 2017年

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J-GLOBAL
サツマイモネコブセンチュウ系統のゲノム多型解析

浅水恵理香, 白澤健太, 平川英樹, 岩堀英晶

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 27th 2017年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
ホースグラムのドラフトゲノム解析

平川英樹, RAKESH C., 白澤健太, 永野聡一郎, 長崎英樹, TILAK S., 磯部祥子

育種学研究 19 2017年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ミヤコグサはいかにして働かないcheating根粒菌を排除するのか?

中川知己, 中川知己, 佐伯和彦, 豊岡公徳, 佐藤繭子, 平川英樹, 大澤美芙, 若崎眞由美, 福原舞, 福原舞, 川東拓司, 吉田彩恵, 菅沼教生, 佐藤修正, 三井久幸, 岡崎伸, 川口正代司, 川口正代司

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 27th 2017年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
同質六倍体サツマイモ栽培種のゲノム解読に向けた取り組み

白澤健太, 長崎英樹, 田中勝, 岡田吉弘, 高畑康浩, 平川英樹, 磯部祥子

日本植物学会大会研究発表記録 81st 2017年

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J-GLOBAL
植物ゲノム統合データベースPGDBjの新しいツールの紹介

市原寿子, 柴谷多恵子, 田村卓郎, 白澤沙知子, 中谷明弘, 浅水恵理香, 中村保一, 平川英樹, 田畑哲之

育種学研究 19 2017年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
植物ゲノムからの微生物由来水平伝播候補遺伝子の網羅的な検出

藤田由剛, 平川英樹, 阿部貴志

日本生化学会大会(Web) 90th 2017年

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J-GLOBAL
栽培バラの祖先種であるノイバラ(Rosa multiflora)のドラフトゲノム

中村典子, 平川英樹, 佐藤修正, 太田垣駿吾, 松本省吾, 田畑哲之, 田中良和

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 35th 2017年

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J-GLOBAL
栽培イチゴ(Fragaria×ananassa)MAGIC集団を用いた完着期果実の遺伝子発現プロファイリング

永野聡一郎, 平川英樹, 和田卓也, 田崎公久, 前田ふみ, GHELFI Andrea, 森美幸, 鶴見理沙, 津金胤昭, 坪根正雄, 飯村一成, 白澤健太, 奥幸一郎, 大橋隆, 渡邉学, 生井潔, 磯部祥子

園芸学研究別冊 16 ( 2 ) 2017年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
四倍体ニラにおける複相大胞子形成性連鎖マーカーの作出

若桝睦子, 田口久美子, 中澤佳子, 田崎公久, 平川英樹, 磯部祥子, 飯村一成, 天谷正行, 松本紀子, 大島一則, 生井潔

育種学研究 19 2017年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
異質八倍体栽培イチゴゲノムのフェージング配列の染色体への位置付けと祖先ゲノムの推定

白澤健太, 平川英樹, 寺地真由子, 永野聡一郎, 長崎英樹, 前田ふみ, 柳智博, 磯部祥子

育種学研究 19 2017年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
管理・環境要因に基づいたネギにおけるアーバスキュラー菌根菌接種効果発現の予測モデル構築

丹羽理恵子, 佐藤修正, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信, 佐藤孝, 鈴木貴恵, 齋藤雅典, 佐藤匠, 俵谷圭太郎, 福永亜矢子, 江沢辰広

日本土壌肥料学会講演要旨集 63 2017年（ ISSN:0288-5840 ）

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J-GLOBAL
サツマイモ2倍体野生種Ipomoea trifidaの全ゲノム解析

YOON Ung‐Han, 長崎秀樹, 田中勝, 平川英樹, 白澤健太, 永野聡一郎, 岡田吉弘, 田淵宏朗, 高畑康浩, HAHN Jang‐Ho, 磯部祥子

育種学研究 18 67 2016年3月（ ISSN:1344-7629 ）

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記述言語：日本語

DOI： 10.1270/jsbbr.18.67

J-GLOBAL
Allium cepaにおける超高密度連鎖地図作成の試み

山北和香, 竹富詩歩, 佐藤修正, 平田翔, 平川英樹, 田中啓介, 峯洋子, 山内直樹, 執行正義

園芸学研究別冊 15 ( 1 ) 2016年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
RNA-seqおよび濃縮ライブラリーによるニラSSRマーカーの大量開発

田崎公久, 若桝睦子, 生井潔, 平川英樹, 笹本茂美, 寉岡久乃, 南千春, 磯部祥子

DNA多型 24 ( 1 ) 2016年（ ISSN:2188-3815 ）

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J-GLOBAL
RAD-Seq法を用いたオウトウの高密度統合連鎖地図の開発とバラ科果樹ゲノムとの比較解析

白澤健太, 五十鈴川寛司, 池永充伸, 齋藤裕太郎, 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 15 ( 2 ) 2016年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
PGDBjより新たに公開した「育種向けDNAマーカー検索ページ」について

柴谷多恵子, 白澤沙知子, 市原寿子, 浅水恵理香, 平川英樹, 田畑哲之

園芸学研究別冊 15 ( 2 ) 2016年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
DenovoMAGICによるイチゴの全ゲノム解析

平川英樹, 白澤健太, 長崎英樹, 永野聡一郎, 前田ふみ, 磯部祥子

育種学研究 18 2016年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
アーバスキュラー菌根菌接種資材の作物根への定着に関わる生態的要因

丹羽理恵子, 丸山隼人, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信, 大友量, 小八重善裕, 佐藤孝, 唐澤敏彦, 林正紀, 福永亜矢子, 安達克樹, 神山拓也, 江沢辰広

日本土壌微生物学会講演要旨集 2016 2016年

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J-GLOBAL
ゲノム情報を用いたアプローチによる酢酸菌Komagataeibacter属の分類学的位置付けの検証

新村梨恵, 松谷峰之介, 石川森夫, 矢吹岳, 海野祥子, 志波優, 鈴木治夫, 平川英樹, 吉川博文, 吉川博文, 松下一信, 小泉幸道, 貝沼(岡本)章子

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2016 2016年（ ISSN:2186-7976 ）

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J-GLOBAL
イチゴのハプロタイプ同定に向けた全ゲノム解析

永野聡一郎, 白澤健太, 長崎英樹, 平川英樹, 前田ふみ, 磯部祥子

園芸学研究別冊 15 ( 2 ) 2016年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
サブクローバの全ゲノム解析

平川英樹, KAUR Parwinder, 白澤健太, NICHOLS Phillip, 永野聡一郎, APPELS Rudi, ERSKINE William, 磯部祥子

日本草地学会誌 62 2016年（ ISSN:0447-5933 ）

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J-GLOBAL
ネギにおけるアーバスキュラー菌根菌接種菌と土着菌との競合および接種効果発現に関わる環境要因

丹羽理恵子, 丸山隼人, 佐藤修正, 佐藤修正, 平川英樹, 吉田重信, 齋藤雅典, 齋藤雅典, 鈴木貴恵, 俵谷圭太郎, 佐藤匠, 江沢辰広

日本土壌肥料学会講演要旨集 62 2016年（ ISSN:0288-5840 ）

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J-GLOBAL
ターゲットアンプリコンシークエンス法による高オレイン酸ラッカセイ育種系統のゲノムワイドSNP遺伝子型の決定

白澤健太, 桑田主税, 渡邉学, 深見正信, 平川英樹, 磯部祥子

育種学研究 18 2016年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ソバのゲノム解読と突然変異育種への応用

安井康夫, 上野まりこ, 平川英樹

イオンビーム育種研究会大会講演要旨集 11th 2016年

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J-GLOBAL
ネギ属トランスクリプトームデータベースAllium TDBを活用したAllium cepa連鎖地図の構築

藤戸聡史, 山下謙一郎, 山下謙一郎, 若生忠幸, 塚崎光, 塚崎光, 山北和香, 佐藤修正, 平川英樹, 執行正義

園芸学研究別冊 15 ( 2 ) 2016年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ホウレンソウ性染色体とテンサイ常染色体の比較解析

高畠聡史, 岩渕恵佑, 平川英樹, 小野寺康之

育種学研究 18 2016年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
同質六倍体で2n=6x=90のゲノムを持つサツマイモ栽培種の高密度SNP遺伝地図の作成

白澤健太, 田中勝, 高畑康浩, MA Daifu, CAO Qinghe, LIU Qingchang, ZHAI Hong, KWAK Sang Soo, JEONG Jae Cheol, YOON Ung Han, 平川英樹, 磯部祥子

育種学研究 18 2016年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
植物ゲノム関連情報を統合するためのポータルサイトPGDBjのコンテンツに対するセマンティックウェブ技術の適用

市原寿子, 白澤沙知子, 柴谷多恵子, 中谷明弘, 中村保一, 浅水恵理香, 平川英樹, 田畑哲之

育種学研究 18 2016年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
酢酸菌Acetobacter pasteurianus12株のゲノム情報と耐熱性との相関に関する解析

松谷峰之介, 山下隆司, 古川藍子, 辰野真木, 貝沼(岡本)章子, 石川森夫, 志波優, 吉川博文, 吉川博文, 平川英樹, 薬師寿治, 松下一信

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 10th 2016年

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J-GLOBAL
Aminobacter属に属するミヤコグサ根粒菌のゲノム解析

眞板寛子, 王明卓, 窪田和奈, 平川英樹, 平川英樹, 佐伯和彦, 佐藤修正

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 9th 2015年

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J-GLOBAL
Axiomジェノタイピングアレイを用いた栽培イチゴの超高密度SNP連鎖地図の作成

永野聡一郎, 白澤健太, 平川英樹, 前田ふみ, 石川正美, 磯部祥子

園芸学研究別冊 14 ( 2 ) 2015年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
イチゴ果実のアントシアニン合成に関わる遺伝子発現解析

平川英樹, 田崎公久, 生井潔, 大橋隆, 前田ふみ, 渡邊学, 和田卓也, 平島敬太, 下村克己, 白澤健太, 磯部祥子

育種学研究 17 2015年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
カーネーション標準連鎖地図を利用した八重咲きに連鎖したSSRマーカーの開発

八木雅史, 山本俊哉, 磯部祥子, 平川英樹, 田畑哲之, 棚瀬幸司, 山口博康, 小野崎隆

花き研究所成果情報(Web) 2015 2015年

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J-GLOBAL
ソルガム,トランスクリプトームデータベースの更新

蒔田由布子, 嶋田勢津子, 川島美香, 栗山朋子, 平川英樹, 佐藤修正, 松井南

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 33rd 2015年

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J-GLOBAL
トランスクリプトーム情報を利用したホウレンソウ性連鎖遺伝子群の網羅的同定

高畠聡史, 平川英樹, 鈴木穣, 小野寺康之

育種学研究 17 2015年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
トマトの高品質多収育種のためのゲノム情報に基づく高精度形質予測

山本英司, 松永啓, 小野木章雄, 鐘ケ江弘美, 南川舞, 鈴木晶統, 白澤健太, 平川英樹, 布目司, 山口博隆, 宮武宏治, 大山暁男, 岩田洋佳, 福岡浩之

農研機構野菜茶業研究所成果情報(Web) 2015 2015年

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J-GLOBAL
トマトの新規変異体pale yellow petal 2の生化学的研究

竹澤里実, 岸本早苗, 平川英樹, 白澤健太, 大宮あけみ, 江面浩, 有泉亨

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 33rd 2015年

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J-GLOBAL
トマトにおけるRAD-Seq法の効率的な利用法の検討と高密度連鎖地図の作成

白澤健太, 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 14 ( 2 ) 2015年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ネギの発現遺伝子配列を活用したDNAマーカー

塚崎光, 谷口成紀, 佐藤修正, 平川英樹, 片寄裕一, 金森裕之, 伊藤剛, 福岡浩之, 山下謙一郎, 執行正義, 若生忠幸

農研機構野菜茶業研究所成果情報(Web) 2015 2015年

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J-GLOBAL
ミヤコグサ根粒菌野生系統を用いた耐塩性関連遺伝子の探索

窪田和奈, 大澤美芙, 眞板寛子, 眞板寛子, 平川英樹, 佐藤修正, 佐伯和彦

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 25th 2015年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
ミヤコグサ根粒菌のNaCl耐性に関する比較ゲノムおよび分子遺伝学解析

窪田和奈, 大澤美芙, 眞板寛子, 眞板寛子, 平川英樹, 佐藤修正, 佐伯和彦

日本生化学会大会(Web) 88th 2015年

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J-GLOBAL
ネギ属バイオリーソースを用いたトランスクリプトーム解析データの活用

執行正義, 佐藤修正, ABDELRAHMAN Mostafa, 平田翔, 平川英樹, 田中啓介, 峯洋子, 杉山信男, 山内直樹

園芸学研究別冊 14 ( 2 ) 2015年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ネギ単一異種染色体添加系統のRNA-Sequencingによるシャロット染色体マーカーの大量取得

山北和香, 佐藤修正, ABDELRAHMAN Mostafa, 平田翔, 平川英樹, 田中啓介, 峯洋子, 山内直樹, 執行正義

園芸学研究別冊 14 ( 2 ) 2015年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
日和見病原菌Asaia bogorensisの環境適応遺伝子群

河合幹彦, 河合幹彦, 東裏典枝, 東裏典枝, 早崎君江, 平川英樹, 武部聡, 松下一信, 東慶直

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 9th 2015年

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J-GLOBAL
様々な倍数性や接合性のゲノムを持つ作物種におけるRAD-seq法の利用

白澤健太, 平川英樹, 磯部祥子

育種学研究 17 2015年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
耐熱性酢酸菌Acetobacter pasteurianus SKU1108株の比較ゲノム解析による耐熱因子の探索

松谷峰之介, 平川英樹, 薬師寿治, 松下一信

日本生化学会大会(Web) 88th 2015年

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J-GLOBAL
高山マメ科植物の分布変遷に伴う共生根粒菌ゲノムの水平伝播

高梨功次郎, 池田啓, 瀬尾直登, 平川英樹, 佐藤修正, 矢崎一史

日本植物分類学会大会研究発表要旨集 14th 2015年

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J-GLOBAL
紅斑熱の媒介者であるRickettsia japonicaの全ゲノムシークエンス解析(Whole Genome Sequencing of the Spotted Fever Disease Agent Rickettsia japonica)

白井睦訓, 小川基彦, 花岡希, 大津山賢一郎, 岸本寿男, 安藤秀二, Matsutani Minenosuke, Takaoka Naohisa, Toh Hidehiro, Yamashita Atsushi, Oshima Kenshiro, Hirakawa Hideki, Kuhara Satoru, Suzuki Harumi, Hattori Masahira, Azuma Yoshinao

日本化学療法学会雑誌 62 ( Suppl.A ) 330 - 330 2014年5月（ ISSN:1340-7007 ）

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記述言語：英語出版者・発行元：(公社)日本化学療法学会
5株の耐熱性コリネバクテウム・グルタミカムの表現型と比較ゲノム解析

松谷峰之介, NANTAPONG Nawarat, TRAKULNALEAMSAI Savitr, 平川英樹, 片岡尚也, 薬師寿治, 松下一信

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th 2014年

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J-GLOBAL
Plant Genome DataBase Japan(PGDBj)-植物統合DB2013年度版の紹介-

市原寿子, 浅水恵理香, 中谷明弘, 中村保一, 平川英樹, 田畑哲之

日本植物生理学会年会要旨集 55th 2014年

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J-GLOBAL
Functional genomicsに向けたミヤコグサゲノム基盤情報の構築

佐藤修正, 佐藤修正, 平川英樹, 田畑哲之, GUPTA Vikas, MARKMANN Katharina, JIN Haojie, SANDAL Niels, STOUGAARD Jens, ANDERSEN Stig

日本植物生理学会年会要旨集 55th 2014年

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J-GLOBAL
アカクローバの花粉ゲノム解読によるSNPの検出

磯部祥子, 白澤健太, 木村光宏, 星野洋一郎, 平川英樹

育種学研究 16 2014年（ ISSN:1344-7629 ）

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カーネーションのゲノム解読

八木雅史, 小杉俊一, 平川英樹, 大宮あけみ, 棚瀬幸司, 原田太郎, 岸本久太郎, 中山真義, 市村一雄, 小野崎隆, 山口博康, 佐々木伸大, 佐々木伸大, 宮原平, 西崎雄三, 小関良宏, 中村典子, 鈴木孝征, 鈴木孝征, 田中良和, 佐藤修正, 佐藤修正, 白澤健太, 磯部祥子, 宮村佳典, 渡辺安希子, 中山しのぶ, 岸田佳恵, 小原光代, 田畑哲之

園芸学研究別冊 13 ( 1 ) 2014年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
イチゴ系統T-18-2が持つ24時間日長条件で花芽分化する遺伝子のQTL解析

磯部祥子, 平川英樹, 大西のり子, 柳智博

園芸学研究別冊 13 ( 2 ) 2014年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
サツマイモ二倍体近縁野生種Ipomoea trifidaのゲノム配列情報

岡田吉弘, 平川英樹, 白澤健太, 中山博貴, 田淵宏朗, 吉永優, 高畑康浩, 田中勝, 田畑哲之, 磯部祥子

九州沖縄農業試験研究の成果情報(Web) 2014 2014年

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J-GLOBAL
ナス全ゲノムの概要塩基配列

福岡浩之, 平川英樹, 白澤健太, 宮武宏治, 布目司, 根来里美, 大山暁男, 山口博隆, 佐藤修正, 磯部祥子, 田畑哲之

農研機構野菜茶業研究所成果情報(Web) 2014 2014年

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J-GLOBAL
トマトのPALE YELLOW PETAL1遺伝子はエステル化カロテノイドの蓄積と花弁黄色化に必須である

有泉亨, 岸本早苗, 眞岡孝至, 平川英樹, 白澤健太, 岡部佳弘, 竹澤里見, 大宮あけみ, 江面浩

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 32nd 2014年

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J-GLOBAL
ソルガム完全長cDNAライブラリーの構築と新規転写単位の発現解析

嶋田勢津子, 蒔田由布子, 近藤(栗山)朋子, 川島美香, 望月芳樹, 下山紗代子, 平川英樹, 佐藤修正, 豊田哲郎, 松井南

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 32nd 2014年

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J-GLOBAL
ミヤコグサエンドファイトRhizobium sp.KAW12のゲノム解析

金子貴一, 杉谷翔, 原田龍一, 平川英樹, 川原田泰之, RADUTOIU Elena Simona, 佐藤修正

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 24th 2014年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
全ゲノム解析とRNA-seq解析によって明らかになった酢酸菌Asaia bogorensisの新規ストレス応答遺伝子群

河合幹彦, 河合幹彦, 東裏典枝, 東裏典枝, 早崎君江, 岡本成平, 平川英樹, 武部聡, 松下一信, 東慶直

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th 2014年

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J-GLOBAL
今日から使えるデータベース・ウェブツール第2章ゲノム/遺伝子/塩基配列を調べる

三嶋博之, 坊農秀雅, 片山俊明, 川島秀一, 天竺桂弘子, 児玉悠一, 平川英樹, 市原寿子, 浅水恵理香, 中谷明弘, 中村保一, 中村保一, 田畑哲之, 森宙史, 黒川顕, 内藤雄樹, 沖嘉尚, 水野洋介, 高橋朋子, 程久美子, 光山統泰, 藤澤貴智, 神田将和, 小笠原理, 加藤和貴, 仲地ゆたか, 日野公洋

実験医学 32 ( 20 ) 2014年（ ISSN:0288-5514 ）

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J-GLOBAL
メタゲノム解析による活性汚泥中に生息する有用な微生物の探索

熊谷鷹佑, 阿部貴志, 中田俊芳, 佐藤修正, 平川英樹, 近藤昭宏, 池村淑道, 松井和彦

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 8th 2014年

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J-GLOBAL
メタゲノム解析による活性汚泥中に生息する有用な微生物の探索

阿部貴志, 中田俊芳, 熊谷鷹佑, 佐藤修正, 平川英樹, 近藤昭宏, 杉本千尋, 池村淑道, 松井和彦

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 86th 2014年

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J-GLOBAL
メタゲノム解析による活性汚泥中に生息する有用な微生物の探索

近藤昭宏, 阿部貴志, 中田俊芳, 熊谷鷹佑, 佐藤修正, 平川英樹, 杉本千尋, 池村淑道, 松井和彦

環境技術学会年次大会予稿集 14th 2014年

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J-GLOBAL
ミヤコグサ根粒菌の共通性と多様性に関する比較ゲノム解析

眞板寛子, 平川英樹, 平川英樹, 窪田和奈, 佐伯和彦, 佐藤修正

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 8th 2014年

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J-GLOBAL
原核生物におけるチトクロムbd/CIOホモログの系統解析

松谷峰之介, 平川英樹, 藥師寿治, 松下一信

日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集 40th 2014年

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J-GLOBAL
根粒原基を誘導するミヤコグサNINはCLE遺伝子を標的として根粒形成を抑制する

征矢野敬, 征矢野敬, 平川英樹, 佐藤修正, 佐藤修正, 林誠, 川口正代司

日本植物生理学会年会要旨集 55th 2014年

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J-GLOBAL
根へ照射する光が根粒形成および根粒菌の増殖に与える影響

下村彩, 下村彩, 宮崎信幸, 森内沙矢香, 永田真紀, 平川英樹, 佐藤修正, 田畑哲之, 有馬進, 有馬進, 鈴木章弘, 鈴木章弘

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 24th 2014年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
犬膿皮症由来S.pseudintermedius表皮剥脱毒素ExpB産生株のゲノム解析

久恒順三, 久恒順三, 平川英樹, 伊從慶太, 西藤公司, 大島健志朗, 服部正平, 菅井基行, 菅井基行

日本ブドウ球菌研究会プログラム・講演要旨集 59th 2014年

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J-GLOBAL
8倍体栽培種イチゴ(Fragaria x ananassa)のゲノム配列の解読

平川英樹, 白澤健太, 小杉俊一, 佐藤修正, 田畑哲之, 前田ふみ, 柳智博, QIN L., 磯部祥子

育種学研究 15 2013年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
Functional genomicsに向けたミヤコグサゲノム情報の更新

佐藤修正, 佐藤修正, 平川英樹, 田畑哲之, GUPTA V., MARKMANN K., JIN H., SANDAL N., STOUGAARD J., ANDERSEN S.U.

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 23rd 2013年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
8倍体栽培種イチゴ(Fragaria×x ananassa)と野生種のゲノム構造比較

平川英樹, 白澤健太, 小杉俊一, 佐藤修正, 田畑哲之, 前田ふみ, 柳智博, QIN T., 磯部祥子

園芸学研究別冊 12 ( 2 ) 2013年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
カーネーションの全ゲノム解読

八木雅史, 山口博康, 小杉俊一, 田畑哲之, 磯部祥子, 平川英樹, 白澤健太, 小関良宏, 宮原平, 田中良和, 中村典子

花き研究所成果情報(Web) 2013 2013年

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J-GLOBAL
ゲノム情報に基づく植物データベースの統合-Plant Genome DataBase Japan(PGDBj)-

市原寿子, 浅水恵理香, 平川英樹, 中谷明弘, 中村保一, 田畑哲之

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 31st 2013年

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J-GLOBAL
ゲノム情報に基づく植物データベースの統合-Plant Genome DataBase Japan(PGDBj)-

浅水恵理香, 市原寿子, 平川英樹, 中谷明弘, 中村保一, 田畑哲之

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 31st 2013年

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J-GLOBAL
ゲノム情報に基づく植物データベースの統合(http://pgdbj.jp/)

市原寿子, 浅水恵理香, 平川英樹, 中谷明弘, 中村保一, 田畑哲之

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2013年

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カーネーションの花型遺伝子座に連鎖したSSRマーカーの開発

八木雅史, 山本俊哉, 磯部祥子, 平川英樹, 田畑哲之, 棚瀬幸司, 山口博康, 小野崎隆

園芸学研究別冊 12 ( 2 ) 2013年（ ISSN:1881-8307 ）

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カーネーションの標準連鎖地図の作成

八木雅史, 山本俊哉, 磯部祥子, 平川英樹, 田畑哲之, 棚瀬幸司, 山口博康, 小野崎隆

育種学研究 15 2013年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
セルラーゼ高生産糸状菌Trichoderma reesei変異株系統樹の比較ゲノム解析

志田洋介, DE OLIVEIRA PORCIUNCULA J., 新田美貴子, 山口香織, 平川英樹, 森一樹, 久原哲, 小笠原渉

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 7th 2013年

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J-GLOBAL
ナス遺伝資源の高密度SNPタイピング

福岡浩之, 齊藤猛雄, 白澤健太, 佐藤修正, 平川英樹, 宮武宏治, 根来里美, 山口博隆, 布目司, 大山暁男, 松永啓, 斎藤新

園芸学研究別冊 12 ( 1 ) 2013年（ ISSN:1881-8307 ）

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トマトの栽培化で変動した植物ホルモンとその調節遺伝子発現

羽尾周平, 有泉亨, 平川英樹, 白澤健太, 小嶋美紀, 榊原均, 江面浩

園芸学研究別冊 12 ( 2 ) 2013年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
トマトの全ゲノムリシークエンスにより見出したゲノムワイドなSNPの解析

白澤健太, 福岡浩之, 松永啓, 小林裕子, 小林一成, 平川英樹, 磯部祥子, 田畑哲之

育種学研究 15 2013年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ダイズ根粒菌elkanii USDA61のゲノム構造解析

宮澤幸樹, 飛彈英伸, 太田公平, 佐藤修正, 平川英樹, 田畑哲之, 岡崎伸, 佐伯和彦, 金子貴一

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 22nd 2013年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
ダイズ根粒菌Bradyrhizobium elkaniiの比較ゲノム解析

宮澤幸樹, 佐藤修正, 平川英樹, 岡崎伸, 佐伯和彦, 金子貴一

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 23rd 2013年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
ダイコン高密度連鎖地図へのゲノム配列の配置

北柴大泰, LI F., LI F., 平川英樹, 川邊隆大, 殿崎薫, 白澤健太, 田畑哲之, 西尾剛

育種学研究 15 2013年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ソルガム完全長cDNAの整備と,配列解析による新規転写単位の同定及びソルガムゲノムブラウザ(Sorgabase)の構築

嶋田勢津子, 近藤(栗山)朋子, 蒔田由布子, 望月芳樹, 下山紗代子, 平川英樹, 佐藤修正, 豊田哲郎, 松井南

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 31st 2013年

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J-GLOBAL
ソラマメのEST-SSRマーカー開発と連鎖地図作成

磯部祥子, WALID El-Rodeny, 木村光宏, 平川英樹

育種学研究 15 2013年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ミヤコグサの種間交雑RIL集団におけるレトロトランスポゾンの活性化

深井英吾, SANDAL Niels, 吉川学, 平川英樹, 梅原洋佐, 河内宏, 佐藤修正, STOUGAARD Jens, 廣近洋彦, 林誠

日本植物生理学会年会要旨集 54th 2013年

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J-GLOBAL
一季成り性栽培イチゴにおける葉およびクラウンのEST情報収集と花成関連遺伝子の探索

平田千春, 池上秀利, 森一樹, 柴戸靖志, 平島敬太, 田代康介, 平川英樹, 久原哲

園芸学研究別冊 12 ( 1 ) 2013年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ミヤコグサ遠縁交雑RIL集団におけるレトロトランスポゾンの活性化

深井英吾, SANDAL N., 吉川学, 平川英樹, 梅原洋佐, 河内宏, 佐藤修正, STOUGAARD J., 廣近洋彦, 林誠

育種学研究 15 2013年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ミヤコグサ根粒菌野生系統の耐塩性について

窪田和奈, 谷佳美, 眞板寛子, 平川英樹, 佐藤修正, 佐伯和彦

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 23rd 2013年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
ミヤコグサ根粒菌共生アイランドの伝搬と進化:宿主モデル系統MG20自生地採集株群に焦点をあてて

佐伯和彦, 谷佳美, 池田翠, 金子貴一, 眞板寛子, 平川英樹, 田畑哲之, 佐藤修正

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 22nd 2013年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
大規模配列情報に基づく網羅的なSNP探索とゲノムアノテーション解析

土田博子, 朽木大器, 原田清令, 佐々木陽平, 鈴木貴之, 横山幸治, 浅水恵理香, 白澤健太, 平川英樹, 青木考, 矢野健太郎

育種学研究 15 2013年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
根粒初期発生における細胞リプログラミングの制御機構

寿崎拓哉, 寿崎拓哉, 伊藤百代, 西田帆那, 西田帆那, 養老瑛美子, 養老瑛美子, 佐藤修正, 佐藤修正, 平川英樹, 武田直也, 武田直也, 川口正代, 川口正代

日本植物学会大会研究発表記録 77th 2013年

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J-GLOBAL
根への光照射による根粒形成阻害と根粒菌の増殖

下村彩, 宮崎信幸, 森内沙矢香, 山本直也, 平川英樹, 佐藤修正, 田畑哲之, 有馬進, 鈴木章弘

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 23rd 2013年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
日和見感染症の原因となる酢酸菌A.bogorensisの全ゲノム配列解析

東裏典枝, 東裏典枝, 早崎君江, 中西梓, 波多野裕美, 波多野裕美, 平川英樹, 武部聡, 松下一信, 松下一信, 東慶直, 東慶直

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2013年

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J-GLOBAL
宿主変異体の窒素固定表現型を規定する根粒菌因子の同定

下田宜司, 山谷紘子, 佐伯和彦, 眞板寛子, 平川英樹, 佐藤修正, 西ケ谷有輝, 山崎俊正, 河内宏, 梅原洋佐, 林誠

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 23rd 2013年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
病原性酢酸菌Asaia bogorensisのゲノム解析

東裏典枝, 東裏典枝, 波多野裕美, 波多野裕美, 高見晶子, 高見晶子, 平川英樹, 武部聡, 松下一信, 松下一信, 東慶直, 東慶直

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 7th 2013年

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J-GLOBAL
酢酸菌のストレス応答に関するゲノム解析

波多野裕美, 波多野裕美, 東裏典枝, 東裏典枝, 高見晶子, 高見晶子, 平川英樹, 武部聡, 松下一信, 松下一信, 東慶直, 東慶直

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 7th 2013年

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J-GLOBAL
酢酸菌Tanticharoenia sakaeratensisおよびAsaia bogorensisが有する高濃度グルコース耐性に対するゲノム解析

波多野裕美, 波多野裕美, 岡本成平, 東裏典枝, 東裏典枝, 平川英樹, 武部聡, 松下一信, 松下一信, 東慶直, 東慶直

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2013年

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J-GLOBAL
酢酸菌Acetobacter pasteurianus12株におけるゲノム情報と耐熱性との比較解析

松谷峰之介, 貝沼(岡本)章子, 山下隆司, 志波優, 鈴木治夫, 平川英樹, 石川森夫, 小泉幸道, 吉川博文, 吉川博文, 薬師寿治, 松下一信

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 7th 2013年

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J-GLOBAL
菌血症由来Helicobacter cinaedi PAGU611株の全ゲノム配列決定ならびに比較ゲノム解析

後藤隆次, 小椋義俊, 平川英樹, 富田純子, 森田雄二, 田中香お里, 渡邉邦友, 赤池孝章, 林哲也, 河村好章

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 7th 2013年

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J-GLOBAL
2Dp11 SSRマーカーを用いたメキシコおよびアジア・アフリカのジャトロファの系統解析(分類,系統,遺伝学/遺伝子工学/植物細胞工学,組織培養,育種工学,一般講演)

笹井,知博, アリプル,アテフェ, 平川,英樹, 佐藤,修正, 辻本,壽, サマリパコルメネロ,アルフレッド, 酒井,啓江, 土本,卓, 福井,希一

日本生物工学会大会講演要旨集 64 52 2012年9月

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本生物工学会

CiNii Books

CiNii Research

J-GLOBAL
DNAマイクロアレイを用いた一季成り性イチゴの早晩性に関連する遺伝子の探索

平田千春, 平島敬太, 田代康介, 平川英樹, 柴戸靖志, 森一樹, 池上秀利, 片山貴雄, 内村要介, 久原哲

園芸学研究別冊 11 ( 1 ) 2012年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
Trichoderma reeseiセルラーゼ高生産変異株系統樹の比較ゲノム解析

志田洋介, DE OLIVEIRA PORCIUNCULA J, 新田美貴子, 山口香織, 平川英樹, 森一樹, 久原哲, 小笠原渉

日本農芸化学会関東支部講演要旨集 2012 ( Oct ) 2012年

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J-GLOBAL
SSRマーカーによるイチゴの統合連鎖地図作成

磯部祥子, 前田ふみ, 橋爪不二夫, 辻明子, 石川正美, 森利樹, 平川英樹, 白澤健太, 佐藤修正, 田畑哲之

育種学研究 14 2012年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
SSRマーカーとトランスポゾンマーカーを利用したラッカセイ高密度連鎖地図の作成とQTL解析への利用

白澤健太, KOILKONDA Padmalatha, 青木考, 平川英樹, 田畑哲之, 長谷川誠, 清島浩之, 鈴木茂, 桑田主税, 内藤嘉磯, 久保山勉, 磯部祥子

育種学研究 14 2012年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
エゾヘビイチゴ(Fragaria vesca L.)におけるDNAマーカーを用いた解読ゲノム配列のFISH法による精度解析

新居秀将, 柳智博, 奥田延幸, 平川英樹, 磯部祥子

園芸学研究別冊 11 ( 2 ) 2012年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ゲノム情報を用いた酢酸菌の耐熱化機構解明に向けたアプローチ

松谷峰之介, SOEMPHOL Wichai, 平川英樹, 薬師寿治, 松下一信

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 6th 2012年

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J-GLOBAL
シバ属における核ゲノムの遺伝的構造解析および葉緑体ゲノム配列

田中秀典, 橋口正嗣, 平川英樹, 佐藤修正, 明石良, 明石良

育種学研究 14 2012年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ナスのゲノムショットガン配列からのゲノムワイドなSSRマーカー開発

福岡浩之, 白澤健太, 平川英樹, 宮武宏治, 根来里美, 布目司, 大山暁男, 山口博隆

育種学研究 14 2012年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
トマトにおける大規模なSNPジェノタイプデータに基づく遺伝子の機能解析

平川英樹, 白澤健太, 大山暁男, 福岡浩之, 青木考, ROTHAN Christophe, 佐藤修正, 磯部祥子, 田畑哲之

育種学研究 14 2012年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
ダイズ根粒菌Bradyrhizobium japonicum strain USDA6Tのゲノム構造解析

金子貴一, 眞板寛子, 内池伸和, 渡辺安希子, 山田学, 平川英樹, 南澤究, 佐藤修正

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 21st 2012年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
ダイズ根粒菌Bradyrhizobium elkaniiのゲノム構造解析

金子貴一, 宮澤幸樹, 飛彈英伸, 渡辺安希子, 平川英樹, 田畑哲之, 佐藤修正

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 6th 2012年

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J-GLOBAL
ミヤコグサ根粒菌(Mesorhizobium loti)12株における遺伝子構造の比較解析

眞板寛子, 眞板寛子, 平川英樹, 佐伯和彦, 田畑哲之, 佐藤修正, 佐藤修正

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 6th 2012年

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J-GLOBAL
内在のレトロトランスポゾンLORE1を用いたミヤコグサの大規模遺伝子タギング系

深井英吾, 深井英吾, 征矢野敬, 梅原洋佐, 中山しのぶ, 岸田佳恵, 平川英樹, 田畑哲之, 佐藤修正, 林誠

植物微生物研究会研究交流会講演要旨集 21st 2012年（ ISSN:1341-0652 ）

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J-GLOBAL
メタゲノム解析による活性汚泥中の微生物群集構造の解明

阿部貴志, 中田俊芳, 佐藤修正, 平川英樹, 近藤昭宏, 杉本千尋, 池村淑道, 松井和彦

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 6th 2012年

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J-GLOBAL
内在のレトロトランスポゾンLORE1を用いたミヤコグサの大規模遺伝子タギング系の開発

深井英吾, 深井英吾, 征矢野敬, 梅原洋佐, 中山しのぶ, 平川英樹, 田畑哲之, 佐藤修正, 林誠

日本植物生理学会年会要旨集 53rd 2012年

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J-GLOBAL
内在性レトロトランスポゾンLORE1によるマメ科モデル植物ミヤコグサの大規模遺伝子タギング系の開発

深井英吾, 征矢野敬, 梅原洋佐, 中山しのぶ, 平川英樹, 田畑哲之, 佐藤修正, 林誠

育種学研究 14 2012年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
比較ゲノム解析による酢酸菌の耐熱化機構解明に向けたアプローチ

松谷峰之介, SOEMPHOL Wichai, 平川英樹, 薬師寿治, 松下一信

日本農芸化学会中四国支部講演会講演要旨集 34th 2012年

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J-GLOBAL
酢酸菌Tanticharoenia sakaeratensisの有する高濃度グルコース耐性に対するゲノム解析

波多野裕美, 平川英樹, 松下一信, 武部聡, 東慶直

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2012 2012年（ ISSN:2186-7976 ）

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J-GLOBAL
酢酸菌Tanticharoenia sakaeratensisおよびAsaia bogorensisが有する高濃度グルコース耐性に対するゲノム解析

波多野裕美, 小村香澄, 平川英樹, 武部聡, 松下一信, 東慶直

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 2012年

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J-GLOBAL
赤クローバ量的形質のゲノミック選抜に向けた表現型予測のブースト手法

中谷明弘, 平川英樹, 白澤健太, BOLLER Beat, KLIMENKO Irina, KOELLIKER Roland, RANA JC, SHARMA Tilak, 磯部祥子

育種学研究 14 2012年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
腸菌体内β-グルコシダーゼ遺伝子のSNPがTrichoderma reeseiセルラーゼ高生産変異株に与える影響

山口香織, 志田洋介, 新田美貴子, 森一樹, 平川英樹, 久原啓, 小笠原渉

日本農芸化学会関東支部講演要旨集 2012 ( Oct ) 2012年

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J-GLOBAL
統合化推進プログラム-ゲノム情報に基づく植物データベースの統合-

田畑哲之, 市原寿子, 中谷明弘, 中村保一, 平川英樹

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 30th 2012年

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J-GLOBAL
犬膿皮症由来Staphylococcus pseudintermedius表皮剥脱毒素ExpB産生株の全ゲノム配列解析

久恒順三, 久恒順三, 平川英樹, 伊從慶太, 西藤公司, 大島健志朗, 服部正平, 菅井基行, 菅井基行

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 6th 2012年

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J-GLOBAL
4倍体マメ科牧草シロクローバの連鎖地図作成と他マメ科植物との比較

磯部祥子, 久野裕, 久野裕, 奥村健治, 佐藤修正, 白澤健太, 平川英樹, 田畑哲之

育種学研究 13 2011年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
Vigna属野生種のNeo-domesticationを目指した栽培化遺伝子のファインマッピング

内藤健, 加賀秋人, 磯部祥子, 白澤健太, 平川英樹, 田畑哲之, 友岡憲彦

育種学研究 13 2011年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
Eucalyptus camaldulensisのドラフトゲノムおよび転写産物配列の解読

平川英樹, 中村保一, 金子貴一, 磯部祥子, 日尾野隆, 田畑哲之, 佐藤修正

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 34th 2011年

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J-GLOBAL
EST-SSRマーカーを利用したダイコンの高密度連鎖地図の作成

白澤健太, 小山麻希, 平川英樹, 佐藤修正, 田畑哲之, 藤岡隆司, 君塚(高木)千明, 酒井隆子, 磯部祥子

育種学研究 13 2011年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
Bayesian evolutional analysis(BEAST soft ware)によるヒト鼻腔黄色ブドウ球菌の分岐年代の推定

上原良雄, 北村聡子, 瀬尾宏美, 平川英樹, 岩瀬忠行, 伊藤輝代, 伊藤輝代, STOBBERINGH Ellen, 竹内啓晃, 武内世生, 菅井基行

日本ブドウ球菌研究会プログラム・講演要旨集 56th 2011年

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J-GLOBAL
イチゴの連鎖地図作成とうどんこ病抵抗性に関与するQTL同定

磯部祥子, 前田ふみ, 石川正美, 平川英樹, 白澤健太, 佐藤修正, 田畑哲之

園芸学研究別冊 10 ( 2 ) 2011年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ゲノム情報を活用した牧草の育種戦略

磯部祥子, 白澤健太, 平川英樹, SHARMA Tikak, KLIMENKO Irina, BOLLER Beat, 奥村健治

日本草地学会誌 57 2011年（ ISSN:0447-5933 ）

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J-GLOBAL
カーネーションのSSRマーカー開発とDNA品種識別への利用

酒井啓江, 佐藤修正, 平川英樹, 田畑哲之, 磯部祥子

園芸学研究別冊 10 ( 2 ) 2011年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
イネのAGPaseLS2をコードするOsSHR1座の遺伝子内変異

川口穣, 西愛子, 佐藤光, 松坂弘明, 久原哲, 平川英樹, OKITA T. W., HWANG S. K.

応用糖質科学 1 ( 3 ) 2011年（ ISSN:2185-6427 ）

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J-GLOBAL
シーケンスキャプチャー法によるナス遺伝子近傍領域の網羅的SNPs探索

福岡浩之, 白澤健太, 平川英樹, 佐藤修正, 宮武宏治, 根来里美, 大山暁男, 布目司, 山口博隆

育種学研究 13 2011年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
トマトゲノムの遺伝子領域に由来する一塩基多型の大規模同定技術の開発

白澤健太, 平川英樹, 豊田敦, 磯部祥子, 田畑哲之

育種学研究 13 2011年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
リョクトウの貯蔵害虫抵抗性に必要なゲノム領域の解析

石本政男, 寺石政義, LIU Shiming, 佐山貴司, 廣瀬亜矢, 中本有美, 横田侑子, 佐藤修正, 平川英樹, 加賀秋人

育種学研究 13 2011年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
大規模SNPデータに基づくトマト品種の遺伝子機能解析

平川英樹, 白澤健太, 佐藤修正, 磯部祥子, 田畑哲之

育種学研究 13 2011年（ ISSN:1344-7629 ）

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J-GLOBAL
次世代シーケンサーを利用したカーネーションESTの解読とSSRマーカーの検出

棚瀬幸司, 棚瀬幸司, 平川英樹, 磯部祥子, 西谷千佳子, 田端哲之, 大宮あけみ, 小野崎隆

園芸学研究別冊 10 ( 2 ) 2011年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
膿痂疹をおこすS.aureusが保有するpETBの薬剤耐性遺伝子獲得

久恒順三, 久恒順三, 竹田麻莉子, 平川英樹, 大島健志郎, 服部正平, 桑原隆一, 桑原隆一, 加藤文紀, 加藤文紀, 菅井基行, 菅井基行

日本ブドウ球菌研究会プログラム・講演要旨集 56th 2011年

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J-GLOBAL
タンパク質末端領域におけるアミノ酸残基の偏りに基づいた微生物の分類

麻田道雄, 平川英樹, 久原哲

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
トランスクリプトーム解析によるイチゴ交雑後代のうどんこ病抵抗性識別

平島敬太, 龍俊輔, 榎本亜紀子, 平田千春, 黒川小百合, 田代康介, 平川英樹, 片山貴雄, 柴戸靖志, 池上秀利, 内村要介, 山本潔, 久原哲

園芸学研究別冊 9 ( 2 ) 2010年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
ミヤコグサゲノム情報の更新と比較ゲノム解析

佐藤修正, 平川英樹, 深井英吾, 金子貴一, 中村保一, 浅水恵理香, 加藤友彦, 田畑哲之

日本植物生理学会年会要旨集 51st 2010年

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J-GLOBAL
二成分制御系に関わるセンサータンパク質とレギュレータータンパク質のドメイン構造に基づく同定と分類に関する解析に関する研究

金相完, 平川英樹, 久原哲

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
微生物の多様な病原性に関連する遺伝子群の情報学的手法による探索

平川英樹

日本細菌学雑誌 65 ( 1 ) 2010年（ ISSN:0021-4930 ）

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J-GLOBAL
根粒菌Mesorhizobium lotiの共生アイランドにおける比較解析

眞板寛子, 眞板寛子, 平川英樹, 中村保一, 中村保一, 金子貴一, 佐藤修正, 佐藤修正, 田畑哲之, 佐伯和彦

生化学 2010年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
根粒菌Mesorhizobium loti NZP2037株における共生関連領域のアノテーション

眞板寛子, 中山しのぶ, 小原光代, 山田学, 平川英樹, 中村保一, 中村保一, 金子貴一, 佐藤修正, 田畑哲之, 佐伯和彦

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
次世代シークエンサーを用いた植物の大規模なゲノム解析

平川英樹

生化学 2010年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
黄色ブドウ球菌表皮剥脱毒素の新規転写制御因子の探索

加藤文紀, 平川英樹, 久原哲, 菅井基行

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
高温発酵性のCorynebacterium glutamicum I2L株のグルタミン酸発酵能

中野由希子, NANTAPONG Nawarat, TRAKULNALEAMSAI Savitr, 松谷峰乃介, 平川英樹, 薬師寿治, 松下一信

日本農芸化学会大会講演要旨集 2010 2010年

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J-GLOBAL
酢酸菌のゲノム易変異性

東慶直, 古谷直子, 細山哲, 松谷峰之介, 松谷峰之介, 平川英樹, 松下一信, 久原哲, 藤田信之, 白井睦訓

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
遺伝子発現プロファイルデータを用いたウェルシュ菌の発現制御ネットワークの構築

河村直哉, 平川英樹, 大野真人, 大谷郁, 清水徹, 久原哲

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
糸状菌Trichoderma reeseiセルラーゼ高生産変異株の比較ゲノム解析

志田洋介, 森一樹, DE OLIVEIRA PORCIUNCULA J., 平川英樹, 久原哲, 小笠原渉

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
病原大腸菌が産生する細胞壊死因子CNF3をコードするプラスミドの性状解析

久恒順三, 平川英樹, OSWALD Eric, 坪根環, 山口隆之, 札場康之, 加藤文紀, 中山恵介, 林哲也, 林哲也, 高見英人, 久原哲, 菅井基行

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
焼酎酵母SH-4のゲノム解析

梶原康博, 高下秀春, 大森俊郎, 下田雅彦, 平川英樹, 森一樹, 田代康介, 久原哲

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
焼酎酵母BAW-6のゲノム解析

梶原康博, 高下秀春, 大森俊郎, 下田雅彦, 平川英樹, 森一樹, 田代康介, 久原哲

日本生物工学会大会講演要旨集 62nd 2010年

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J-GLOBAL
比較ゲノム解析から発見されたグラム陰性細菌の新規タンパク分泌機構

中山浩次, 佐藤啓子, 内藤真理子, 雪竹英治, 平川英樹, 庄子幹郎, MCBRIDE MJ, RHODES RG

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 4th 2010年

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J-GLOBAL
DNAマイクロアレイによる土壌微生物叢解析系の構築

地川将太, 榎本亜紀子, 山本潔, 牟田滋, 平川英樹, 田代康介, 久原哲

土と微生物 63 ( 2 ) 2009年（ ISSN:0912-2184 ）

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J-GLOBAL
ウェルシュ菌のプラスミド上に存在する遺伝子の発現制御ネットワーク解析

河村直哉, 平川英樹, 大野真人, 大谷郁, 清水徹, 久原哲

日本農芸化学会関西支部講演会講演要旨集 2009 2009年

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J-GLOBAL
グース型リゾチームの疎水性コアに位置するTyr169の構造機能相関

多田紗織, 平川英樹, 久原哲, 鳥潟隆雄, 河村俊介

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 9th 2009年

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J-GLOBAL
トランスクリプトーム解析によるイチゴ交雑後代の炭疽病抵抗性識別

平島敬太, 榎本亜紀子, 片山貴雄, 田代康介, 平川英樹, 石井貴明, 柴戸靖志, 三井寿一, 平田千春, 池上秀利, 中原隆夫, 牟田滋, 山本潔, 黒川小百合, 龍俊輔, 久原哲

園芸学研究別冊 8 ( 1 ) 2009年（ ISSN:1881-8307 ）

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J-GLOBAL
リンゴ酸高生産清酒酵母のOMIX解析

田中秀幸, 大場孝宏, 榎本亜紀子, 山本潔, 平川英樹, 満生慎二, 田代康介, 久原哲

日本農芸化学会大会講演要旨集 2009 2009年

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J-GLOBAL
根粒菌Mesorhizobium loti NZP2037株共生アイランドのアノテーション

眞板寛子, 中山しのぶ, 小原光代, 山田学, 平川英樹, 中村保一, 中村保一, 金子貴一, 佐藤修正, 田畑哲之, 佐伯和彦

日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd ( Vol.2 ) 2009年

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J-GLOBAL
栽培イチゴ(Fragaria x ananassa)におけるトランスクリプトーム解析

黒川小百合, 榎本亜紀子, 平川英樹, 山本潔, 龍俊輔, 平島敬太, 平田千春, 片山貴雄, 石井貴明, 柴戸靖志, 三井寿一, 中原隆夫, 牟田滋, 田代康介, 久原哲

日本農芸化学会大会講演要旨集 2009 2009年

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J-GLOBAL
次世代シークエンサーを用いたラッカセイのcDNA解析

平川英樹, 白澤健太, 磯部祥子, 佐藤修正, 田畑哲之

日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd ( Vol.1 ) 2009年

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J-GLOBAL
酢酸菌のゲノム易変異性の解析

東慶直, 松谷峰之介, 古谷直子, 細山哲, 平川英樹, 久原哲, 藤田信之, 白井睦訓

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 81回・31回 1T2 - 2 2008年11月（ ISSN:0037-1017 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公社)日本生化学会

J-GLOBAL
グース型リゾチームにおけるTyr147変異体の活性,安定性および構造変化に関する研究

平川英樹, 仲宗根公一, 河村俊介, 鳥潟隆雄, 久原哲

生化学 2008年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
ヒト常在菌メタゲノムデータベースの開発

谷口丈晃, 平川英樹, 野口英樹, 伊藤武彦, 黒川顕

生化学 2008年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
栽培イチゴ(Fragaria x ananassa)におけるトランスクリプトーム解析

榎本亜紀子, 平川英樹, 平島敬太, 片山貴雄, 山本潔, 黒川小百合, 龍俊輔, 平田千春, 石井貴明, 柴戸靖志, 三井寿一, 中原隆夫, 牟田滋, 田代康介, 久原哲

生化学 2008年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
正則化基底展開法に基づく関数主成分分析とその応用

茅野光範, 小西貞則, 平川英樹, 久原哲

統計関連学会連合大会講演報告集 2008 2008年

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J-GLOBAL
黄色ブドウ球菌選択的溶菌酵素ALE-1の基質認識機構および切断様式

藤原環, 菅井基行, 平川英樹, 久原哲

日本ブドウ球菌研究会プログラム・講演要旨集 53rd 2008年

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J-GLOBAL
クラミジアの封入体膜遺伝子群と真核生物型遺伝子群の解析

東慶直, 杉井学, 杉井学, 平川英樹, モハッドラーマン, 美宅成樹, 久原哲, 白井睦訓

日本細菌学雑誌 62 ( 1 ) 2007年（ ISSN:0021-4930 ）

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J-GLOBAL
グース型リゾチームにおけるTyr169変異体の構造変化に関する研究

平川英樹, 河村俊介, 鳥潟隆雄, 久原哲

生化学 2007年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
二成分制御系に関わるセンサータンパク質とレギュレータータンパク質のドメイン構造に基づく分類と機能に関する解析

KIM Sangwan, 平川英樹, 久原哲

生化学 2007年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
複数のマイクロアレイの発現データを用いたウェルシュ菌のオペロンおよび共発現,逆相関している遺伝子群の解析

大野真人, 平川英樹, 大谷郁, 清水徹, 久原哲

生化学 2007年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
嫌気性球菌Finegoldia magnaの全ゲノム解析により推定される病原因子遺伝子

後藤隆次, 清水徹, 戸堂耕造, 宮本和明, 秋本茂, 平川英樹, 松谷峰之介, 山下敦士, 大島健志朗, 藤英博, 久原哲, 服部正平

日本細菌学雑誌 61 ( 1 ) 83 - 83 2006年2月（ ISSN:0021-4930 eISSN:1882-4110 ）

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記述言語：日本語出版者・発行元：日本細菌学会
基質結合シミュレーションによるグースリゾチームの基質結合部位の探索

平川英樹, 越智敦子, 川原義弘, 河村俊介, 鳥潟隆雄, 久原哲

日本農芸化学会西日本支部大会およびシンポジウム講演要旨集 2006 2006年

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J-GLOBAL
正則化基底展開法に基づく関数主成分分析とその応用

茅野光範, 小西貞則, 平川英樹, 久原哲

応用統計学 35 ( 1 ) 2006年（ ISSN:0285-0370 ）

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J-GLOBAL
Bacteroides fragilisのゲノム解析

桑原知巳, 山下敦士, 平川英樹, 中山治之, とう英博, 岡田奈津美, 久原哲, 服部正平, 林哲也, 大西克成

日本分子生物学会年会講演要旨集 28th 2005年

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J-GLOBAL
グラム陽性嫌気性球菌Finegoldia magnaの全ゲノム構造から推定される主要異化代謝経路

後藤隆次, 清水徹, 戸堂耕造, 宮本和明, 秋本茂, 平川英樹, 山下敦士, 大島健志朗, 久原哲

日本細菌学雑誌 60 ( 1 ) 2005年（ ISSN:0021-4930 ）

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J-GLOBAL
二成分制御系に関わるセンサータンパク質とレギュレータータンパク質のドメイン構造に基づく分類と機能に関する解析

KIM Sangwan, 平川英樹, 久原哲

日本分子生物学会年会講演要旨集 28th 2005年

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J-GLOBAL
廃棄物処分場のバイオ評価に関する研究土壌中の微生物叢を調べるためのDNAマイクロアレイの作製

平川英樹, 久原哲

廃棄物処分場のバイオ評価に関する研究平成14-16年度廃棄物処理等科学研究総合研究報告書 2005年

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J-GLOBAL
開始コドンの下流と終止コドンの上流における塩基の出現頻度解析

麻田道雄, 平川英樹, 久原哲

日本分子生物学会年会講演要旨集 28th 2005年

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J-GLOBAL
クラミジアのゲノム解析と利用

東慶直, 平川英樹, 山下敦士, 服部正平, 久原哲, 白井睦訓

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 27th 2004年

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J-GLOBAL
ニワトリ型リゾチームAsn37変異体の基質結合様式と活性との関係に関する研究

占部浩一郎, 平川英樹, 牟田滋, 久原哲, 河村俊介, 鳥潟隆雄

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 27th 2004年

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J-GLOBAL
クラミジアのゲノム構造・比較解析

東慶直, 木本光明, RAHMAN M A, 平川英樹, 山下敦士, CAI Y, 福士秀人, 服部正平, 久原哲

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 26th 2003年

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J-GLOBAL
コンピューターを用いたニワトリ型リゾチームの基質結合様式の解析

川原義弘, 平川英樹, 河村俊介, 鳥潟隆雄, 牟田滋, 久原哲

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 26th 2003年

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J-GLOBAL
コンピューターを用いたグース型リゾチームの基質結合様式の解析

越智敦子, 川原義弘, 平川英樹, 河村俊介, 鳥潟隆雄, 久原哲

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 26th 2003年

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J-GLOBAL
タバコ葉傷誘導遺伝子のモデル植物を用いたプロモーター解析

阿部真澄, 堤優介, 平川英樹, 田代康介, 久原哲, 木村誠

日本栄養・食糧学会西日本支部大会プログラム・講演要旨集 2003 2003年

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J-GLOBAL
リゾチームにおける触媒基Asp52の機能を支持する水素結合ネットワークについて

千々岩有紀, 河村俊介, 平川英樹, 久原哲, 荒木朋洋, 島潟隆雄

生化学 74 ( 8 ) 2002年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
Staphylococcus aureus(MRSA Mu50株)の全ゲノム構造解析

太田敏子, 黒田誠, 金森睦, 平川英樹, 大島健志郎, 松丸裕之, 久原哲, 平松啓一, 林英生

生化学 73 ( 8 ) 2001年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
ガス壊そ菌のゲノム解析ウェルシュ菌における病原性研究の新展開

清水徹, 大谷郁, 平川英樹, 大島健志朗, 山下敦士, 小笠原直毅, 服部正平, 久原哲, 林英生

微生物シンポジウム講演要旨集 15th 2001年（ ISSN:0919-2077 ）

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J-GLOBAL
ホールゲノムショットガン法によるChlamydia pneumoniae J138株の全ゲノム配列決定とCWL029株との全ゲノム配列比較

平川英樹, 白井睦訓, 服部正平, 中沢晶子, 久原哲

日本農芸化学会誌 75 ( 2 ) 2001年（ ISSN:0002-1407 ）

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J-GLOBAL
リゾチームのE,F部位のライトサイドに関与するアミノ酸残基の置換と活性変動

河村俊介, 戸嶋彦, 山中正太, 平川英樹, 久原哲, 荒木朋洋, 鳥潟隆雄

生化学 73 ( 8 ) 2001年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
リゾチームのE,F部位のライトサイトに関与するアミノ酸残基の置換と活性変動

河村俊介, 波多沙織, 千久岩有紀, 山中正太, 平川英樹, 久原哲, 荒木朋洋, 鳥潟隆雄

生化学 73 ( 11 ) 2001年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
リゾチームのE,F部位におけるアミノ酸残基の置換と活性への影響

千々岩有紀, 河村俊介, 多賀直彦, 山中正太, 平川英樹, 久原哲, 荒木朋洋, 鳥潟隆雄

生化学 73 ( 8 ) 2001年（ ISSN:0037-1017 ）

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J-GLOBAL
黄色ブドウ球菌(Mu50株)の全ゲノム構造解析

太田敏子, 黒田誠, 金森睦, 平川英樹, 山下敦士, 丸山敦史, 久原哲, 平松啓一, 林英生

日本細菌学雑誌 56 ( 1 ) 2001年（ ISSN:0021-4930 ）

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J-GLOBAL
Chlamydia pneumoniaeのゲノムシーケンス

白井睦訓, 三浦公志郎, 藤英博, 藤永竜太郎, 中沢晶子, 服部正平, 柴忠義, 平川英樹, 久原哲

診療と新薬 37 ( 10 ) 2000年（ ISSN:0037-380X ）

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J-GLOBAL
全ゲノム情報に基づいた肺炎クラミジア(Chlamydia pneumoniae)の病原性遺伝子転写調節の統合的解明

藤英博, 平川英樹, 三浦公志郎, 藤永竜太郎, 尾内一信, 服部正平, 田代康介, 久原哲, 白井睦訓

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 23rd 2000年

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J-GLOBAL
Lysozymeの基質結合部位における構造機能相関に関する研究

荒巻厚志, 平川英樹, 鳥潟隆雄, 久原哲

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 22nd 1999年

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J-GLOBAL
Wavelet解析法を用いたタンパク質の疎水性コアの予測

平川英樹, 久原哲

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 21 349 1998年12月

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記述言語：日本語

CiNii Books

CiNii Research

J-GLOBAL
鳥類リゾチームの分子シュミレーションによる構造と機能との相関関係

辻田昌幸, 平川英樹, 島潟隆雄, 久原哲

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 21 278 1998年12月

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記述言語：日本語

CiNii Books

CiNii Research

J-GLOBAL
ハゲガオホウカンチョウ卵白リゾチームの構造と活性

関忍, 荒木朋洋, 鳥潟隆雄, 平川英樹, 久原哲

日本農芸化学会西日本支部大会およびシンポジウム講演要旨集 236th 1997年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

Alphafold2によるタンパク質立体構造変異情報を駆使した育種・進化研究の新展開

研究課題/領域番号：23K18039 2023年6月 - 2026年3月

科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽)

平川英樹, 小野寺康之

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資金種別：科研費

多型解析で検出される膨大なSNPから有力な原因遺伝子の候補を絞り込むため，ホウレンソウとトマト，アブラナ属作物において，Alphafold2で予測されたタンパク質立体構造上の非同義置換の位置を特定し，機能・活性に直接的に影響を与える「高次機能的SNP遺伝子」を同定し，栽培化，エリート品種の成立，変種の分化，地域適応および性分化と関連性を示すものの発現パターンの違いを調べる．ホウレンソウおよびアブラナ属作物を宿主とするキュウリモザイクウイルス由来のベクターを用いたウイルス誘導ジーンサイレンシング系を用い，高次機能的SNP遺伝子をノックダウンし，表現型の変化に基づく機能同定を行う．

CiNii Research
「植物気候フィードバック」の推進支援活動

研究課題/領域番号：23H04965 2023年4月 - 2028年3月

科学研究費助成事業学術変革領域研究(A)

佐竹暁子, 矢崎一史, 永野惇, 永濱藍, 塩尻かおり, 磯部祥子, 川勝泰二, 須藤健悟, 関本奏子, 棟方涼介, 平川英樹, 谷尚樹, 岩山幸治, 山口暢俊

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資金種別：科研費

大気中CO2濃度の急激な上昇およびそれに伴う気候変動によって、植物の季節的活動に異変が生じている。植物は気候から影響を受けるだけでなく、大気の組成や気候を改変するフィードバック効果を発揮する。植物の葉や花から放出される揮発性有機化合物（BVOCs: biogenic volatile organic compounds）は、太陽放射収支や降雨量を左右することや、対流圏のオゾン生成にも寄与することが明らかとなっている。本研究領域では、植物の季節活動と気候との動的なフィードバックを遺伝子レベルから解明する新分野「植物気候フィードバック」を創出するための研究推進支援を目的とする。

CiNii Research
植物フェノロジーを支配する遺伝子制御機構

研究課題/領域番号：23H04966 2023年4月 - 2028年3月

科学研究費助成事業学術変革領域研究(A)

佐竹暁子, 永濱藍, 磯部祥子, 平川英樹, 谷尚樹

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資金種別：科研費

地球温暖化によって植物の季節活動（フェノロジー）に深刻な影響が生じている。開花は植物にとって次世代を残す重要なイベントであるため、開花機会の減少は増殖サイクルの減衰と絶滅リスクの増大をもたらす。温暖化に対して植物がどこまで順応可能かその限界を定めることが第一に必要である。本研究では森林生態系の優占樹種を対象に緯度縦断的な網羅的遺伝子発現（分子フェノロジー）観測を実施し、植物の順応限界を遺伝子レベルで推定する技術を開発する。

CiNii Research
マツ材線虫病抵抗性メカニズム解明に向けた抵抗性遺伝領域における遺伝機構の全容解明

研究課題/領域番号：23K26961 2023年4月 - 2026年3月

科学研究費助成事業基盤研究(B)

平尾知士, 松永孝治, 平川英樹

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資金種別：科研費

これまでに申請者はクロマツの抵抗性品種から抵抗性遺伝領域が第３染色体上にあることを明らかにしてきた。本研究では、マツ材線虫病に関する抵抗性遺伝領域について、そのゲノム配列を決定し、遺伝子を含む機能的領域の特定と遺伝的変異の検出、さらに遺伝様式を検証することで、マツ材線虫病抵抗性に関する遺伝機構の全容を明らかにする。本研究は、マツ材線虫病抵抗性メカニズムの解明を大きく前進させる起点となり、本研究で得られた知見をもとに寄生側の病原線虫とともに生体分子の認識機構や抵抗性反応誘導機構の解明に向けた研究に進展し、ゲノム情報を活用した戦略的な抵抗性育種の展開にも繋がる。

CiNii Research
変異系統を用いたカラマツ雌花着花の原因遺伝子の特定とその発現制御機構の解明

研究課題/領域番号：23K26951 2023年4月 - 2026年3月

科学研究費助成事業基盤研究(B)

三嶋賢太郎, 白澤健太, 平川英樹

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資金種別：科研費

本研究では、顕著な豊凶のあるマツ科樹種カラマツについて、豊凶のない連年雌性花成変異系統を利用し、ゲノム解析により雌性花成制御遺伝子を特定しその制御機構を明らかにする。そのために、豊凶のない連年雌性花成変異系統と通常の系統と交配によるマッピング集団を用いた連鎖解析から、雌花着花の要因となる原因遺伝子の座上領域を特定する。また、明らかになった領域について、連年雌性花成変異系統と通常の系統のゲノム配列を比較することによって、原因遺伝子を特定する。さらに、明らかになった遺伝子を中心とした遺伝子発現ネットワークを明らかにし、その制御機構全体を解明する。

CiNii Research
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

研究課題/領域番号：22H04925 2022年4月 - 2028年3月

科学研究費助成事業学術変革領域研究(学術研究支援基盤形成)

黒川顕, 川嶋実苗, 豊田敦, 鈴木穣, 中村保一, 野口英樹, 森宙史, 西村祐貴, Frith Martin, 森下真一, 浅井潔, 笠原雅弘, 中谷明弘, 波江野洋, 伊藤武彦, 山田拓司, 高橋弘喜, 浜田道昭, 瀬々潤, 平川英樹, 島村徹平, 熊谷雄太郎, 林哲也, 岩崎渉

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資金種別：科研費

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（略称「先進ゲノム支援」）は、1)先端技術開発と試行部分での支援の重点化、2)シーケンシングから情報解析までを一体化、3)次世代型の解析に対応した情報解析支援の拡充、を基本として、実験・情報解析の両面での大規模かつ最先端の解析システムを整備し、科研費課題等から適切な課題を支援して成果を出すとともに、その過程で解析技術をさらに向上させ、人材を育成することで、我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることである。

CiNii Research
作物の機能的SNP情報の整備および有用遺伝子同定への利用

研究課題/領域番号：23K23586 2022年4月 - 2026年3月

科学研究費助成事業基盤研究(B)

平川英樹, 小野寺康之, 増田税

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資金種別：科研費

総務省統計局で公表されている農作物や公共データベースにおいて遺伝子情報が公開されていない植物種について、ペプチドを含む遺伝子を高精度に予測し、ストレス耐性候補遺伝子を含むアノテーションを整備する。品種間SNPに対して遺伝子発現やタンパク質の活性といった情報を付与した機能的SNPを定義する。ホウレンソウにおけるキュウリモザイクウイルス抵抗性遺伝子座を同定し、機能的SNPを用いて候補遺伝子を絞り込み、相補性検定により機能的SNPの有用性を検証する。本研究で実施する多種多様な植物を対象とした機能的SNPを整備することで多様な作物における様々な形質に関わる原因遺伝子の解明に役立てることを目的とする。

CiNii Research
ソバの自家不和合性を打破する分子機構の解明

研究課題/領域番号：18H02177 2018年4月 - 2021年3月

科学研究費助成事業基盤研究(B)

安井康夫, 松井勝弘, 中崎鉄也, 平川英樹

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資金種別：科研費

本課題ではソバの自殖を可能とするために、二花柱性遺伝子の分子メカニズムの解明に取り組んだ。その結果、機能欠損型のS-ELF3(S-ELF3-PS1)を開発することにより、S-ELF3がソバの雌蕊の花柱の長さと自家不和合性の両方を制御していることを証明した。また、S-ELF3の制御下で機能すると考えられるFePG1の同定にも成功した。
本課題ではS-ELF3-PS1を開発し、ソバの自殖化を可能とした。また自殖性ソバを利用して、chromosomal pseudo-molecules (CPMs)の作成に成功した。これまでにソバではCPMsは作成されておらず、本課題だけでなく今後のソバ育種の貴重なツールとなる。さらに本課題で開発したTILLING集団はS遺伝子以外にももちろん利用可能である。本課題によってソバの遺伝育種学を大きく前進させることができたと考えている。
花の模様形成を決める細胞の位置別のエピジェネティックスの解明

研究課題/領域番号：17H03769 2017年4月 - 2020年3月

科学研究費助成事業基盤研究(B)

平川英樹, 細川宗孝, 白澤健太

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資金種別：科研費

セントポーリアは組織培養における不定芽の誘導によって多様な花の模様変異体が出現する。その原因が遺伝子発現の違いによるものかエピジェネティックな制御によるものをかを調べ、花の模様形成のメカニズムを明らかにすることを目的とした。品種’キラウェア’の全ゲノム配列をSequelによるロングリードを用いてアセンブルし、2,200本（総延長：708.7 Mb、N50長：1.3 Mb）のドラフト配列を構築した。また、フェージングしたゲノム配列も構築した。セントポーリアのゲノム解読や遺伝子予測、発現量解析などを行ったが、対立遺伝子間の比較や共発現ネットワークの構築といった解析まで実施することができなかった。
セントポーリアは特徴的な生理・生態的特徴を持つことから花の模様形成の研究材料として用いている研究者が多い。本研究で得られた全ゲノム配列は多くの研究に貢献でき、セントポーリアが花の模様形成のモデル植物になりうると考えられる。また、本研究によって、花の模様形成を解明するだけではなく、花の模様といった不安定な形質に関わる原因遺伝子の特定を行う多くの研究者に共通の方法論を与えることができる。セントポーリアは園芸作物として広く流通しており、花の模様形成のメカニズムが明らかになればより多様な模様の品種を育成できるようになることが期待される。
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

研究課題/領域番号：16H06279 2016年 - 2021年

科学研究費助成事業新学術領域研究（研究領域提案型）『学術研究支援基盤形成』

小原雄治, 加藤和人, 川嶋実苗, 豊田敦, 鈴木穣, 三井純, 林哲也, 時野隆至, 黒川顕, 中村保一, 野口英樹, 岩崎渉, 森下真一, 浅井潔, 笠原雅弘, 伊藤武彦, 山田拓司, 久原哲, 高橋弘喜, 榊原康文, 浜田道昭, 高木利久, 瀬々潤, 小椋義俊, 位田隆一, 山縣然太朗, 増井徹, 武藤香織, 児玉聡, 瀬戸山晃一, 小門穂, 大橋範子, 藤山秋佐夫, 井ノ上逸朗, 中岡博史, 菅野純夫, 辻省次, 後藤恭宏, 中村佳司, 奥野未来, 仲瀬裕志, 佐々木泰史, 井戸川雅史, 丹下正一朗, 森宙史, 小笠原理, 谷澤靖洋, 近藤伸二, 木立尚孝, 梶谷嶺, 田代康介, フリスマーティン, 平川英樹, 鈴木拓, 能正勝彦, 甲斐正広

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資金種別：科研費

科研費採択課題を対象に毎年支援公募を行い、新規ゲノム解読、変異解析、エピゲノム解析、RNA解析、メタゲノム解析、1細胞解析など最先端のゲノム解析技術を支援した。総数1,988の応募があり912が支援課題となった。生命科学のほぼすべての分野をカバーし、理工系や環境系などにも広がった。成果論文も順調に増え、生物学から農学、医学、薬学、基礎から応用まで多様な分野の高いレベルの論文を含めこれまでに556報が発表された。また、支援のために新たな解析ソフトウェアを開発するなど、支援を通してゲノム解析技術を更に向上させる好循環ができ、わが国における生命科学研究推進にとって効果的で必須の仕組みになった。

CiNii Research
植物アルカロイド生合成系の分子進化の解明と代謝工学

研究課題/領域番号：26221201 2014年5月 - 2018年3月

科学研究費助成事業基盤研究(S)

佐藤文彦, 南博道, 細江智夫, 山田泰之, 永尾雅哉, 河野徳昭, 大和勝幸, 西田律夫, 平川英樹, 豊田敦

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資金種別：科研費

ケシ科ハナビシソウゲノム配列の決定ならびに、発現するRNA配列の解析により、イソキノリンアルカロイド(IQA)生合成酵素ならびに転写因子遺伝子の同定と転写ネットワーク解析を大きく進展させた。また、多様なIQA生合成系について比較ゲノム解析するとともに、ベルベリン分解菌のゲノムを解読し、ベルベリン分解酵素を同定し、IQA生合成・代謝系の分子進化に大きな知見を与えた。
これらの生合成酵素遺伝子等を用いてモルフィナンアルカロイドの微生物生産系等を構築するとともに、その生産性を向上させた。また、マウス3T3-L1細胞を用いて強い脂質蓄積抑制効果をもつ13-methylberberineを見出した。
ネギ属バイオリーソースを用いたオミクス統合解析のタマネギ育種への応用

研究課題/領域番号：26292020 2014年4月 - 2017年3月

科学研究費助成事業基盤研究(B)

執行正義, 澤田有司, 伊藤真一, 佐藤修正, 若生忠幸, 平川英樹, 中林亮

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資金種別：科研費

ゲノム，トランスクリプトーム，メタボロームやフェノームを統合解析して代謝産物の量的変化や表現形質の発現に直接関与する遺伝子を明らかにすることをオミクス統合解析という．ネギ類において成分育種や耐病性育種を精密に行う場合には，この解析手法から得られる情報をバイオインフォマテックス手法により加工・標準化した統合データベースが必要となる。そこで本研究では，植物材料として，これまでにゲノムやフェノームの観点から変異の理解が進んでいる異種染色体添加系統や倍加半数体系統由来分離集団を用いてオミクス統合解析を行い，得られたメタデータから生物学的な意味を抽出してタマネギ育種ツールの開発に繋げることを試みた．
ミヤコグサ親和性エンドファイトによる共生システムの情報基盤形成

研究課題/領域番号：25430175 2013年4月 - 2016年3月

科学研究費助成事業基盤研究(C)

金子貴一, 佐藤修正, 平川英樹

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資金種別：科研費

ミヤコグサエンドファイトの全ゲノム配列を決定した。ゲノムライブラリを作成し、クローンを2974個、ゲノムマッピングした。これらは、接合導入できるので、機能解析に利用可能である。このゲノムは3つの複製単位で構成され、7703のタンパク質遺伝子、3セットのrRNA遺伝子群、54のtRNA遺伝子が推測された。タンパク質の42%は機能推定と機能分類ができた。根粒菌と比較すると、窒素固定と根粒形成関連遺伝子が無く、これらが本エンドファイトの特徴と言える。植物微生物相互作用の遺伝子クラスターとしてはIII型とIV型のタンパク質分泌系のものが見つかったので、これらが共生に重要なのかもしれない。
遺伝子機能に影響を及ぼしうる一塩基多型の同定

研究課題/領域番号：24510286 2012年4月 - 2016年3月

科学研究費助成事業基盤研究(C)

平川英樹

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資金種別：科研費

NCBIのdbESTのEST配列とSRAのシークエンサー由来の配列（SOLiDやHiSeqなど）に対応したSNP解析パイプラインを構築した。トマト品種間でゲノムワイドなSNPを検出しSNPが遺伝子機能に及ぼす影響を推定した。タンパク質立体構造をモデリングし活性部位に位置するSNPを「機能情報をもつSNP」として推定した。病害抵抗性やストレス耐性、果実の色や芳香などに関連する原因遺伝子のうちSNPをもつものを調べた結果、糖代謝などに関連するタンパク質に「機能情報をもつSNP」が見られた。今後、公共データにおける配列データが蓄積し表現型データが充実することで育種効率が向上されることが期待される。
ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

研究課題/領域番号：221S0002 2010年4月 - 2016年3月

科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型)

小原雄治, 加藤和人, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 鈴木穣, 林哲也, 山本健, 辻省次, 井ノ上逸朗, 黒川顕, 森下真一, 中村保一, 田畑哲之, 久原哲, 岩崎渉, 瀬々潤, 高橋弘喜, 浅井潔, 笠原雅弘, 榊原康文, 矢田哲士, 山縣然太朗, 武藤香織, 位田隆一, 増井徹, 栗山真理子, 高木利久, 藤山秋佐夫, 服部正平, 小椋義俊, 徳永勝士, 桑野良三, 大橋順, 伊藤武彦, 平川英樹, 野口英樹, 松岡聡, 小笠原直毅, 中村建介, 浜田道昭, 金谷重彦, 安西祐一郎, 岡田清孝, 榊佳之, 高久史麿, 豊島久真男, 中村桂子, 堀田凱樹, 米澤明憲, 吉川寛, 吉田光昭, 猪子英俊, 戸田達史, 稲澤譲治, 五條掘孝, 漆原秀子, 武田洋幸, 城石俊彦, 伊藤隆司, 佐藤矩行, 松田秀雄, 五斗進, 津田雅孝, 桑野良三, 徳永勝士, 小笠原直毅

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資金種別：科研費

国際的にも解析技術が予想以上の速度で進展した中、拠点集約により情報解析を含めた最先端の技術支援を進めることができた。毎年60-90件、総数465件の公募選定課題を支援し、シーラカンスゲノム解読など363報の論文成果が得られた。支援課題は科研費のすべての種目、生物系のほぼすべての分科に及び、この活動が生命科学の基盤として必須であることを示した。また、困難なゲノム解読の切り札ともなったゲノムアッセンブルソフトウェアPlatanusの独自開発に成功したことなど、支援と解析技術の高度化の好循環が進んだ。
CARMA1シグナルの制御機構と免疫恒常性維持における役割

研究課題/領域番号：21390153 2009年 - 2011年

科学研究費助成事業基盤研究(B)

原博満, 平川英樹, 古江増隆

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資金種別：科研費

CARMA1のSH3-GUKドメイン間の会合は、CARMA1の重合化を介して、免疫シナプスにおけるNF-kBシグナロソームの形成とシグナル活性化に必須の役割を演じることが明らかとなった。一方で、SH3-GUK相互作用の不全は、Th2の異常活性化を生じ、高IgE血症を特徴する自己免疫様の皮膚疾患を発症させることが判った。従って、SH3-GUK相互作用は抗原受容体を介した末梢T細胞の恒常性維持にも重要であることが明らかとなった。
歯周病細菌の病原プロテアーゼ・アドヘジンの膜輸送・分泌機構の全容解明

研究課題/領域番号：20249073 2008年 - 2010年

科学研究費助成事業基盤研究(A)

中山浩次, 内藤真理子, 庄子幹郎, 佐藤啓子, 雪竹英治, 平川英樹

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資金種別：科研費

口腔嫌気性細菌ポルフィロモナス・ジンジバリスは歯周病原性に関係の深いジンジパインというプロテアーゼを菌体表面および菌体外に分泌する。比較ゲノム解析および遺伝学的解析により、ジンジパイン分泌に必要なタンパク質を新たに発見した。それらはフラボバクテリウム・ジョンソニエの滑走運動に関与するタンパク質とアミノ酸配列において類似性があった。フラボバクテリウム・ジョンソニエのporT類似遺伝子の変異株は滑走運動性がなく、キチン分解酵素の分泌を欠くことがわかった。これらの結果はバクテロイデーテスフィラムに位置する細菌には滑走運動と関連する新規なタンパク質分泌系があることを示唆している。
配列解析と酵素化学的解析による細胞壁を分解する酵素の分類に基づくメタゲノム解析

研究課題/領域番号：19700276 2007年 - 2009年

科学研究費助成事業若手研究(B)

平川英樹

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資金種別：科研費

メタゲノム解析によって同定された遺伝子の中からペプチドグリカンを加水分解する酵素を探索し、ペプチドグリカンの各部位を特異的に認識する5つの酵素群に分類した後、さらに、立体構造を元に酵素の基質結合部位を推測することを目的とした。分類の結果、5つの酵素群のうちペプチド-ペプチド間を加水分解するEndopeptidaseが最も多く存在していた。また、基質結合部位を推測するために、メタゲノム解析された遺伝子のうち立体構造が推定できるものを調べた結果、約2,500個の遺伝子については立体構造を推定することが出来ると考えられた。立体構造から基質結合部位を予測するために、機能が良く調べられているLysozymeとEndopeptidaseである酵素ALE-1に対して、それぞれペプチドグリカンとの基質結合シミュレーションを行った。その結果、Lysozymeでは24個のアミノ酸残基が基質結合に関与すると推測でき、さらには、触媒残基も正しく推測できた。一方、ALE-1については、13個のアミノ酸残基が基質結合に関与すると推測できた。以上の結果から、メタゲノム由来の配列からドメイン検索と立体構造情報を用いて機能と基質結合部位を推定できうると考えられた。今後はメタゲノム情報を元に上記の解析を行えるシステムの構築が必要であり、これにより、高能率な酵素のデザインが行えるようになることが期待される。
共生、相互作用など複雑なゲノム構成系を解析するための情報基盤研究

研究課題/領域番号：17018026 2005年 - 2009年

科学研究費助成事業特定領域研究

久原哲, 黒川顕, 内山郁夫, 平川英樹, 内山郁夫, 黒川顕, 平川英樹

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資金種別：科研費

生物の特徴である普遍性と多様性のメカニズムを解明するために、配列データを整備し、ゲノム比較を行うシステムを開発した。メタゲノム情報から属分類解析を行うツールを開発し、腸内細菌叢を解析し、離乳後で細菌叢が劇的に変化することを明らかにした。また、細菌叢解析用の16SrDNA情報を用いたマイクロアレイを開発した。最後に、遺伝子発現データに基づく疾患等の責任遺伝子群の識別能力の高いカーネル部分空間法を開発した。
グラム陽性細菌におけるオルソログ遺伝子の分布の比較に関する研究

研究課題/領域番号：16700274 2004年 - 2006年

科学研究費助成事業若手研究(B)

平川英樹

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資金種別：科研費

全ゲノム配列が決定された183種の微生物を対象として、それぞれの微生物でのリーディング鎖とラギング鎖上における遺伝子の分布の比較を行なった.Proteobacteria門、firmicutes門(低GCグラム陽性細菌)、Actinobacteria門(高GCグラム陽性細菌)におけるリーディング鎖に存在する遺伝子の全遺伝子数に対するそれぞれの割合は、49〜67%、51〜87%、53〜73%であった.これらのうち、低GCグラム陽性細菌であるFirmicutes門では偏りが特に大きく、Baclllales網が75.7%、Lactobacillales網が78.8%、Clostridia網が82.9%、Mollicutes網が69.0%であった.そこで、遺伝子の重複と偏りとの関係を調べるために、全遺伝子についてオルソルグとパラログの関係を計算し、それらの遺伝子のDNA鎖上における偏りの程度を調べた.オルソルグ遺伝子は、各網における微生物群の全遺伝子のアミノ酸配列の類似性が高いものを単結合法によりクラスタリングし、各網における全微生物で保存されているものと定義した.パラログ遺伝子は、ある生物種内で重複しているものと定義した.さらに、オルソルグ遺伝子は、重複がないものと有るもの(パラログ化したもの)に分類した.この結果、重複がないオルソログ遺伝子のリーディング鎖への偏りは、Proteobacteria門、Firmicutes門、Actinobacteria門で、それぞれ35〜84%、59〜98%、67〜97%であり、殆どの微生物においてリーディング鎖に存在する遺伝子の偏りよりも大きかった.Firmicutes門では重複がないオルソログ遺伝子の偏りは特に大きく、Bacillales網では94.4%、Lactobacillales網で91.2%、Clostridia網で94.2%、Mollicutes網で76.5%であった.また、Firmicutes門に属するMollicutes網において、オルソログ遺伝子のリーディング鎖への偏りが他のFirmicutes門における微生物よりも低い原因の一つとしては、重複がないオルソログ遺伝子のリーディング鎖への偏りが小さく、パラログ遺伝子も少ないことが考えられた。なお、Chlamydia門のChlamydophila felis/C-56株の全ゲノム配列決定に携わり、Chlamydia門におけるオルソログ解析を行なった.

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担当授業科目

遺伝子情報制御学特論

2024年12月 - 2025年2月冬学期
生命機能制御情報特論

2024年12月 - 2025年2月冬学期
Bioinformatics, Advanced Course Ⅳ

2024年12月 - 2025年2月冬学期
細胞生物学

2024年10月 - 2025年3月後期
遺伝子制御学

2024年4月 - 2024年9月前期