研究者詳細 - 須山幹太

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スヤマ　ミキタ

須山幹太

SUYAMA MIKITA

所属

生体防御医学研究所附属システム免疫学統合研究センター教授
システム生命科学府システム生命科学専攻（併任）
医学系学府医科学専攻（併任）

プロフィール

ゲノム配列やエピゲノムについてのデータを対象に、コンピュータを用いた比較解析から、遺伝子の発現制御についての知見を得ることを目指して研究を進めている。具体的には、おもに以下のテーマについて研究を進めている。（１）転写因子結合部位のゲノムワイドな同定（２）スプライシング制御因子に関する分子進化学的解析（３）遺伝子重複やゲノムの再編成についての比較ゲノム解析（４）性差に関連した遺伝子発現制御についてのゲノム情報解析（５）バイオインフォマティクス解析の基盤技術開発

ホームページ

http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/labo/bioinfo/index.html
研究室ホームページ

外部リンク

研究分野

ライフサイエンス / システムゲノム科学

学位

農学

研究テーマ・研究キーワード

研究テーマ：比較ゲノム解析による遺伝子発現制御機構の解明

研究キーワード：比較ゲノム、バイオインフォマティクス

研究期間： 2012年1月 - 2013年3月

論文

Mechanistic insights into mutually exclusive splicing in dynamin 1. 査読国際誌

Mikita Suyama

Bioinformatics 29 ( 17 ) 2084 - 2087 2013年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/btt368
A network of conserved co-occurring motifs for the regulation of alternative splicing. 査読国際誌

Suyama M, Harrington ED, Vinokourova S, von Knebel Doeberitz M, Ohara O, Bork P.

Nucleic Acids Res. 38 ( 22 ) 2010年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/gkq705
Epigenetic dynamics of partially methylated domains in human placenta and trophoblast stem cells

Toh, H; Okae, H; Shirane, K; Sato, T; Hamada, H; Kikutake, C; Saito, D; Arima, T; Sasaki, H; Suyama, M

BMC GENOMICS 25 ( 1 ) 2024年11月（ ISSN:1471-2164 ）

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DOI： 10.1186/s12864-024-10986-9

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Identification and analysis of short indels inducing exon extension/shrinkage events 査読

Qu, Z; Sakaguchi, N; Kikutake, C; Suyama, M

FEBS OPEN BIO 14 ( 10 ) 1682 - 1690 2024年7月（ ISSN:2211-5463 ）

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語出版者・発行元：FEBS Open Bio

The search for genetic variants that act as causative factors in human diseases by disrupting the normal splicing process has primarily focused on single nucleotide variants (SNVs). It is worth noting that insertions or deletions (indels) have also been sporadically reported as causative disease variants through their potential impact on the splicing process. In this study, to perform identification of indels inducing exon extension/shrinkage events, we used individual-specific genomes and RNA sequencing (RNA-seq) data pertaining to the corresponding individuals and identified 12 exon extension/shrinkage events that were potentially induced by indels that disrupted authentic splice sites or created novel splice sites in 235 normal individuals. By evaluating the impact of these abnormal splicing events on the resulting transcripts, we found that five events led to the generation of premature termination codons (PTCs), including those occurring within genes associated with genetic disorders. Our analysis revealed that the potential functions of indels have been underexamined, and it is worth considering the possibility that indels may affect splice site usage, using RNA-seq data to discover novel potentially disease-associated mutations.

DOI： 10.1002/2211-5463.13871

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The anti-tumor effect of trifluridine via induction of aberrant mitosis is unaffected by mutations modulating p53 activity 査読

Wakasa, T; Nonaka, K; Harada, A; Ohkawa, Y; Kikutake, C; Suyama, M; Kobunai, T; Tsunekuni, K; Matsuoka, K; Kataoka, Y; Ochiiwa, H; Miyadera, K; Sagara, T; Oki, E; Ohdo, S; Maehara, Y; Iimori, M; Kitao, H

CELL DEATH DISCOVERY 10 ( 1 ) 307 2024年7月（ ISSN:2058-7716 eISSN:2058-7716 ）

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記述言語：英語出版者・発行元：Cell Death Discovery

The fluorinated thymidine analog trifluridine (FTD) is a chemotherapeutic drug commonly used to treat cancer; however, the mechanism by which FTD induces cytotoxicity is not fully understood. In addition, the effect of gain-of-function (GOF) missense mutations of the TP53 gene (encoding p53), which promote cancer progression and chemotherapeutic drug resistance, on the chemotherapeutic efficacy of FTD is unclear. Here, we revealed the mechanisms by which FTD-induced aberrant mitosis and contributed to cytotoxicity in both p53-null and p53-GOF missense mutant cells. In p53-null mutant cells, FTD-induced DNA double-stranded breaks, single-stranded DNA accumulation, and the associated DNA damage responses during the G2 phase. Nevertheless, FTD-induced DNA damage and the related responses were not sufficient to trigger strict G2/M checkpoint arrest. Thus, these features were carried over into mitosis, resulting in chromosome breaks and bridges, and subsequent cytokinesis failure. Improper mitotic exit eventually led to cell apoptosis, caused by the accumulation of extensive DNA damage and the presence of micronuclei encapsulated in the disrupted nuclear envelope. Upon FTD treatment, the behavior of the p53-GOF-missense mutant, isogenic cell lines, generated by CRISPR/Cas9 genome editing, was similar to that of p53-null mutant cells. Thus, our data suggest that FTD treatment overrode the effect on gene expression induced by p53-GOF mutants and exerted its anti-tumor activity in a manner that was independent of the p53 function.

DOI： 10.1038/s41420-024-02083-3

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Subtype-specific alternative splicing events in breast cancer identified by large-scale data analysis 査読

Deguchi, Y; Kikutake, C; Suyama, M

SCIENTIFIC REPORTS 14 ( 1 ) 14158 2024年6月（ ISSN:2045-2322 ）

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語出版者・発行元：Scientific Reports

Genome analysis in cancer has focused mainly on elucidating the function and regulatory mechanisms of genes that exhibit differential expression or mutation in cancer samples compared to normal samples. Recently, transcriptome analysis revealed that abnormal splicing events in cancer samples could contribute to cancer pathogenesis. Moreover, splicing variants in cancer reportedly generate diverse cancer antigens. Although abnormal splicing events are expected to be potential targets in cancer immunotherapy, the exploration of such targets and their biological significance in cancer have not been fully understood. In this study, to explore subtype-specific alternative splicing events, we conducted a comprehensive analysis of splicing events for each breast cancer subtype using large-scale splicing data derived from The Cancer Genome Atlas and found subtype-specific alternative splicing patterns. Analyses indicated that genes that produce subtype-specific alternative splicing events are potential novel targets for immunotherapy against breast cancer. The subtype-specific alternative splicing events identified in this study, which were not identified by mutation or differential expression analysis, bring new significance to previously overlooked splicing events.

DOI： 10.1038/s41598-024-65035-y

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MUC1-C Is a Common Driver of Acquired Osimertinib Resistance in NSCLC 査読国際誌

Haratake, N; Ozawa, H; Morimoto, Y; Yamashita, N; Daimon, T; Bhattacharya, A; Wang, KY; Nakashoji, A; Isozaki, H; Shimokawa, M; Kikutake, C; Suyama, M; Hashinokuchi, A; Takada, K; Takenaka, T; Yoshizumi, T; Mitsudomi, T; Hata, AN; Kufe, D

JOURNAL OF THORACIC ONCOLOGY 19 ( 3 ) 434 - 450 2024年3月（ ISSN:1556-0864 eISSN:1556-1380 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Journal of Thoracic Oncology

INTRODUCTION: Osimertinib is an irreversible EGFR tyrosine kinase inhibitor approved for the first-line treatment of patients with metastatic NSCLC harboring EGFR exon 19 deletions or L858R mutations. Patients treated with osimertinib invariably develop acquired resistance by mechanisms involving additional EGFR mutations, MET amplification, and other pathways. There is no known involvement of the oncogenic MUC1-C protein in acquired osimertinib resistance. METHODS: H1975/EGFR (L858R/T790M) and patient-derived NSCLC cells with acquired osimertinib resistance were investigated for MUC1-C dependence in studies of EGFR pathway activation, clonogenicity, and self-renewal capacity. RESULTS: We reveal that MUC1-C is up-regulated in H1975 osimertinib drug-tolerant persister cells and is necessary for activation of the EGFR pathway. H1975 cells selected for stable osimertinib resistance (H1975-OR) and MGH700-2D cells isolated from a patient with acquired osimertinib resistance are found to be dependent on MUC1-C for induction of (1) phospho (p)-EGFR, p-ERK, and p-AKT, (2) EMT, and (3) the resistant phenotype. We report that MUC1-C is also required for p-EGFR, p-ERK, and p-AKT activation and self-renewal capacity in acquired osimertinib-resistant (1) MET-amplified MGH170-1D #2 cells and (2) MGH121 Res#2/EGFR (T790M/C797S) cells. Importantly, targeting MUC1-C in these diverse models reverses osimertinib resistance. In support of these results, high MUC1 mRNA and MUC1-C protein expression is associated with a poor prognosis for patients with EGFR-mutant NSCLCs. CONCLUSIONS: Our findings reveal that MUC1-C is a common effector of osimertinib resistance and is a potential target for the treatment of osimertinib-resistant NSCLCs.

DOI： 10.1016/j.jtho.2023.10.017

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The impact of selective HDAC inhibitors on the transcriptome of early mouse embryos 査読国際誌

Shao, RQ; Suzuki, T; Suyama, M; Tsukada, Y

BMC GENOMICS 25 ( 1 ) 143 - 143 2024年2月（ ISSN:1471-2164 ）

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担当区分：責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：BMC Genomics

BACKGROUND: Histone acetylation, which is regulated by histone acetyltransferases (HATs) and histone deacetylases (HDACs), plays a crucial role in the control of gene expression. HDAC inhibitors (HDACi) have shown potential in cancer therapy; however, the specific roles of HDACs in early embryos remain unclear. Moreover, although some pan-HDACi have been used to maintain cellular undifferentiated states in early embryos, the specific mechanisms underlying their effects remain unknown. Thus, there remains a significant knowledge gap regarding the application of selective HDACi in early embryos. RESULTS: To address this gap, we treated early embryos with two selective HDACi (MGCD0103 and T247). Subsequently, we collected and analyzed their transcriptome data at different developmental stages. Our findings unveiled a significant effect of HDACi treatment during the crucial 2-cell stage of zygotes, leading to a delay in embryonic development after T247 and an arrest at 2-cell stage after MGCD0103 administration. Furthermore, we elucidated the regulatory targets underlying this arrested embryonic development, which pinpointed the G2/M phase as the potential period of embryonic development arrest caused by MGCD0103. Moreover, our investigation provided a comprehensive profile of the biological processes that are affected by HDACi, with their main effects being predominantly localized in four aspects of zygotic gene activation (ZGA): RNA splicing, cell cycle regulation, autophagy, and transcription factor regulation. By exploring the transcriptional regulation and epigenetic features of the genes affected by HDACi, we made inferences regarding the potential main pathways via which HDACs affect gene expression in early embryos. Notably, Hdac7 exhibited a distinct response, highlighting its potential as a key player in early embryonic development. CONCLUSIONS: Our study conducted a comprehensive analysis of the effects of HDACi on early embryonic development at the transcriptional level. The results demonstrated that HDACi significantly affected ZGA in embryos, elucidated the distinct actions of various selective HDACi, and identified specific biological pathways and mechanisms via which these inhibitors modulated early embryonic development.

DOI： 10.1186/s12864-024-10029-3

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Modeling embryo-endometrial interface recapitulating human embryo implantation 査読

Shibata, S; Endo, S; Nagai, LAE; Kobayashi, EH; Oike, A; Kobayashi, N; Kitamura, A; Hori, T; Nashimoto, Y; Nakato, R; Hamada, H; Kaji, H; Kikutake, C; Suyama, M; Saito, M; Yaegashi, N; Okae, H; Arima, T

SCIENCE ADVANCES 10 ( 8 ) eadi4819 2024年2月（ ISSN:2375-2548 eISSN:2375-2548 ）

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記述言語：その他掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Science Advances

The initiation of human pregnancy is marked by the implantation of an embryo into the uterine environment; however, the underlying mechanisms remain largely elusive. To address this knowledge gap, we developed hormone-responsive endometrial organoids (EMO), termed apical-out (AO)–EMO, which emulate the in vivo architecture of endometrial tissue. The AO-EMO comprise an exposed apical epithelium surface, dense stromal cells, and a self-formed endothelial network. When cocultured with human embryonic stem cell–derived blastoids, the three-dimensional feto-maternal assembloid system recapitulates critical implantation stages, including apposition, adhesion, and invasion. Endometrial epithelial cells were subsequently disrupted by syncytial cells, which invade and fuse with endometrial stromal cells. We validated this fusion of syncytiotrophoblasts and stromal cells using human blastocysts. Our model provides a foundation for investigating embryo implantation and feto-maternal interactions, offering valuable insights for advancing reproductive medicine.

DOI： 10.1126/sciadv.adi4819

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CRISPR screening in human trophoblast stem cells reveals both shared and distinct aspects of human and mouse placental development 査読国際誌

Shimizu, T; Oike, A; Kobayashi, EH; Sekiya, A; Kobayashi, N; Shibata, S; Hamada, H; Saito, M; Yaegashi, N; Suyama, M; Arima, T; Okae, H; Rossant, J

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 120 ( 51 ) e2311372120 2023年12月（ ISSN:0027-8424 eISSN:1091-6490 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

The placenta serves as the interface between the mother and fetus, facilitating the exchange of gases and nutrients between their separate blood circulation systems. Trophoblasts in the placenta play a central role in this process. Our current understanding of mammalian trophoblast development relies largely on mouse models. However, given the diversification of mammalian placentas, findings from the mouse placenta cannot be readily extrapolated to other mammalian species, including humans. To fill this knowledge gap, we performed CRISPR knockout screening in human trophoblast stem cells (hTSCs). We targeted genes essential for mouse placental development and identified more than 100 genes as critical regulators in both human hTSCs and mouse placentas. Among them, we further characterized in detail two transcription factors, DLX3 and GCM1, and revealed their essential roles in hTSC differentiation. Moreover, a gene function-based comparison between human and mouse trophoblast subtypes suggests that their relationship may differ significantly from previous assumptions based on tissue localization or cellular function. Notably, our data reveal that hTSCs may not be analogous to mouse TSCs or the extraembryonic ectoderm (ExE) in which in vivo TSCs reside. Instead, hTSCs may be analogous to progenitor cells in the mouse ectoplacental cone and chorion. This finding is consistent with the absence of ExE-like structures during human placental development. Our data not only deepen our understanding of human trophoblast development but also facilitate cross-species comparison of mammalian placentas.

DOI： 10.1073/pnas.2311372120

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Homologous Recombination Repair Gene Alterations Are Associated with Tumor Mutational Burden and Survival of Immunotherapy 査読国際誌

Ito, M; Kubo, M; Kawaji, H; Otsubo, Y; Kurata, K; Abutani, H; Suyama, M; Oda, Y; Yoshizumi, T; Nakamura, M; Baba, E

CANCERS 15 ( 23 ) 2023年11月（ ISSN:2072-6694 eISSN:2072-6694 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Cancers

BACKGROUND: Comprehensive genomic profiling (CGP) has become generally accepted practice in cancer care since CGP has become reimbursed by national healthcare insurance in Japan in 2019. However, its usefulness for cancer patients is insufficient for several reasons. METHODS: In an observational clinical study of FoundationOne® CDx, potential biomarkers were explored and the cause of testing failure was investigated. A total of 220 cancer patients were enrolled in the study during the period from 2018 to 2019 at Kyushu University Hospital. RESULTS: The primary tumor sites of the 220 cases were breast (115), colon (29), stomach (19), and pancreas (20). The present dataset suggested that homologous recombination repair (HRR) gene alterations were positively associated with tumor mutational burden-high (TMB-high) (p = 0.0099). A public dataset confirmed that patients with HRR gene alterations had a higher TMB and showed significantly longer survival of immunotherapy. In the present study, 18 cases failed sequencing. A lower percentage of tumor cell nuclei was the most common reason for testing failures (p = 0.037). Cases that received neoadjuvant chemotherapy before sampling tended to fail testing. CONCLUSIONS: HRR gene alterations can be a potential biomarker predicting TMB-high and a good response to immunotherapy. For successful sequencing, samples with lower percentages of tumor cell nuclei and previous neoadjuvant chemotherapy should be avoided.

DOI： 10.3390/cancers15235608

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Exome-wide benchmark of difficult-to-sequence regions using short-read next-generation dna sequencing 査読国際誌

Hijikata, A; Suyama, M; Kikugawa, S; Matoba, R; Naruto, T; Enomoto, Y; Kurosawa, K; Harada, N; Yanagi, K; Kaname, T; Miyako, K; Takazawa, M; Sasai, H; Hosokawa, J; Itoga, S; Yamaguchi, T; Kosho, T; Matsubara, K; Kuroki, Y; Fukami, M; Adachi, K; Nanba, E; Tsuchida, N; Uchiyama, Y; Matsumoto, N; Nishimura, K; Ohara, O

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 52 ( 1 ) 114 - 124 2023年11月（ ISSN:0305-1048 eISSN:1362-4962 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Nucleic Acids Research

Next-generation DNA sequencing (NGS) in short-read mode has recently been used for genetic testing in various clinical settings. NGS data accuracy is crucial in clinical settings, and several reports regarding quality control of NGS data, primarily focusing on establishing NGS sequence read accuracy, have been published thus far. Variant calling is another critical source of NGS errors that remains unexplored at the single-nucleotide level despite its established significance. In this study, we used a machine-learning-based method to establish an exome-wide benchmark of difficult-to-sequence regions at the nucleotide-residue resolution using 10 genome sequence features based on real-world NGS data accumulated in The Genome Aggregation Database (gnomAD) of the human reference genome sequence (GRCh38/hg38). The newly acquired metric, designated the 'UNMET score,' along with additional lines of structural information from the human genome, allowed us to assess the sequencing challenges within the exonic region of interest using conventional short-read NGS. Thus, the UNMET score could provide a basis for addressing potential sequential errors in protein-coding exons of the human reference genome sequence GRCh38/hg38 in clinical sequencing.

DOI： 10.1093/nar/gkad1140

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Pan-cancer analysis of whole-genome doubling and its association with patient prognosis 査読国際誌

Kikutake, C; Suyama, M

BMC CANCER 23 ( 1 ) 619 - 619 2023年7月（ eISSN:1471-2407 ）

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：BMC Cancer

BACKGROUND: Whole-genome doubling (WGD) is a common mutation in cancer. Various studies have suggested that WGD is associated with a poor prognosis in cancer. However, the detailed association between WGD occurrence and prognosis remains unclear. In this study, we aimed to elucidate the mechanism by which WGD affects prognosis using sequencing data from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) and The Cancer Genome Atlas. METHODS: Whole-genome sequencing data of 23 cancer types were downloaded from PCAWG project. We defined the WGD event in each sample using the WGD status annotated using PCAWG. We used MutationTimeR to predict the relative timings of mutations and loss of heterozygosity (LOH) in WGD, thus evaluating their association with WGD. We also analyzed the association between WGD-associated factors and patient prognosis. RESULTS: WGD was associated with several factors, e.g., length of LOH regions. Survival analysis using WGD-associated factors revealed that longer LOH regions and LOH in chr17 were associated with poor prognosis in samples with WGD (WGD samples) and samples without WGD (nWGD samples). In addition to these two factors, nWGD samples showed that the number of mutations in tumor suppressor genes was associated with prognosis. Moreover, we explored the genes associated with prognosis in both samples separately. CONCLUSION: The prognosis-related factors in WGD samples differed significantly compared with those in nWGD samples. This study emphasizes the need for different treatment strategies for WGD and nWGD samples.

DOI： 10.1186/s12885-023-11132-6

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Possible involvement of silent mutations in cancer pathogenesis and evolution 査読国際誌

Kikutake, C; Suyama, M

SCIENTIFIC REPORTS 13 ( 1 ) 7593 - 7593 2023年5月（ ISSN:2045-2322 ）

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Scientific Reports

Recent studies have shown that some silent mutations can be harmful to various processes. In this study, we performed a comprehensive in silico analysis to elucidate the effects of silent mutations on cancer pathogenesis using exome sequencing data derived from the Cancer Genome Atlas. We focused on the codon optimality scores of silent mutations, which were defined as the difference between the optimality of synonymous codons, calculated using the codon usage table. The relationship between cancer evolution and silent mutations showed that the codon optimality score of the mutations that occurred later in carcinogenesis was significantly higher than of those that occurred earlier. In addition, mutations with higher scores were enriched in genes involved in the cell cycle and cell division, while those with lower scores were enriched in genes involved in apoptosis and cellular senescence. Our results demonstrate that some silent mutations can be involved in cancer pathogenesis.

DOI： 10.1038/s41598-023-34452-w

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Genome-wide identification of copy neutral loss of heterozygosity reveals its possible association with spatial positioning of chromosomes 査読国際誌

Kim, H; Suyama, M

HUMAN MOLECULAR GENETICS 32 ( 7 ) 1175 - 1183 2023年3月（ ISSN:0964-6906 eISSN:1460-2083 ）

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Human Molecular Genetics

Loss of heterozygosity (LOH) is a genetic alteration that results from the loss of one allele at a heterozygous locus. In particular, copy neutral LOH (CN-LOH) events are generated, for example, by mitotic homologous recombination after monoallelic defection or gene conversion, resulting in novel homozygous locus having two copies of the normal counterpart allele. This phenomenon can serve as a source of genome diversity and is associated with various diseases. To clarify the nature of the CN-LOH such as the frequency, genomic distribution and inheritance pattern, we made use of whole-genome sequencing data of the three-generation CEPH/Utah family cohort, with the pedigree consisting of grandparents, parents and offspring. We identified an average of 40.7 CN-LOH events per individual taking advantage of 285 healthy individuals from 33 families in the cohort. On average 65% of them were classified as gonosomal-mosaicism-associated CN-LOH, which exists in both germline and somatic cells. We also confirmed that the incidence of the CN-LOH has little to do with the parents' age and sex. Furthermore, through the analysis of the genomic region including the CN-LOH, we found that the chance of the occurrence of the CN-LOH tends to increase at the GC-rich locus and/or on the chromosome having a relatively close inter-homolog distance. We expect that these results provide significant insights into the association between genetic alteration and spatial position of chromosomes as well as the intrinsic genetic property of the CN-LOH.

DOI： 10.1093/hmg/ddac278

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リポジトリ公開URL： https://hdl.handle.net/2324/7181969
Increased neutrophils in inflammatory bowel disease accelerate the accumulation of amyloid plaques in the mouse model of Alzheimer's disease 査読国際誌

Kaneko, R; Matsui, A; Watanabe, M; Harada, Y; Kanamori, M; Awata, N; Kawazoe, M; Takao, T; Kobayashi, Y; Kikutake, C; Suyama, M; Saito, T; Saido, TC; Ito, M

INFLAMMATION AND REGENERATION 43 ( 1 ) 20 - 20 2023年3月（ ISSN:1880-9693 eISSN:1880-8190 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Inflammation and Regeneration

BACKGROUND: Alzheimer's disease (AD) is one of the neurodegenerative diseases and characterized by the appearance and accumulation of amyloid-β (Aβ) aggregates and phosphorylated tau with aging. The aggregation of Aβ, which is the main component of senile plaques, is closely associated with disease progression. AppNL-G-F mice, a mouse model of AD, have three familial AD mutations in the amyloid-β precursor gene and exhibit age-dependent AD-like symptoms and pathology. Gut-brain interactions have attracted considerable attention and inflammatory bowel disease (IBD) has been associated with a higher risk of dementia, especially AD, in humans. However, the underlying mechanisms and the effects of intestinal inflammation on the brain in AD remain largely unknown. Therefore, we aimed to investigate the effects of intestinal inflammation on AD pathogenesis. METHODS: Wild-type and AppNL-G-F mice at three months of age were fed with water containing 2% dextran sulfate sodium (DSS) to induce colitis. Immune cells in the brain were analyzed using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) analysis, and the aggregation of Aβ protein in the brain was analyzed via immunohistochemistry. RESULTS: An increase in aggregated Aβ was observed in the brains of AppNL-G-F mice with acute intestinal inflammation. Detailed scRNA-seq analysis of immune cells in the brain showed that neutrophils in the brain increased after acute enteritis. Eliminating neutrophils by antibodies suppressed the accumulation of Aβ, which increased because of intestinal inflammation. CONCLUSION: These results suggest that neutrophils infiltrate the AD brain parenchyma when acute colitis occurs, and this infiltration is significantly related to disease progression. Therefore, we propose that neutrophil-targeted therapies could reduce Aβ accumulation observed in early AD and prevent the increased risk of AD due to colitis.

DOI： 10.1186/s41232-023-00257-7

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遺伝性疾患の原因となる偽エクソン活性化の網羅的探索

須山幹太

上原記念生命科学財団研究報告集 36 1 - 5 2022年12月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公財)上原記念生命科学財団
Drosophila transcription factor NF-Y suppresses transcription of the lipase 4 gene, a key gene for lipid storage 査読国際誌

Yoshioka, Y; Anzai, K; Kowada, R; Hiratsuka, K; Hirayabu, T; Yasuda, M; Ohkawa, Y; Sato, T; Suyama, M; Yoshida, H; Yamaguchi, M

EXPERIMENTAL CELL RESEARCH 420 ( 1 ) 113307 - 113307 2022年11月（ ISSN:0014-4827 eISSN:1090-2422 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Experimental Cell Research

The CCAAT motif-binding factor NF-Y consists of three different subunits, NF-YA, NF-YB, and NF-YC. Although it is suggested that NF-Y activity is essential for normal tissue homeostasis, survival, and metabolic function, its precise role in lipid metabolism is not clarified yet. In Drosophila, eye disc specific knockdown of Drosophila NF-YA (dNF-YA) induced aberrant morphology of the compound eye, the rough eye phenotype in adults and mutation of the lipase 4 (lip4) gene suppressed the rough eye phenotype. RNA-seq analyses with dNF-YA knockdown third instar larvae identified the lip4 gene as one of the genes that are up-regulated by the dNF-YA knockdown. We identified three dNF-Y-binding consensuses in the 5'flanking region of the lip4 gene, and a chromatin immunoprecipitation assay with the specific anti-dNF-YA IgG demonstrated dNF-Y binding to this genomic region. The luciferase transient expression assay with cultured Drosophila S2 cells and the lip4 promoter-luciferase fusion genes with and without mutations in the dNF-Y-binding consensuses showed that each of the three dNF-Y consensus sequences negatively regulated lip4 gene promoter activity. Consistent with these results, qRT-PCR analysis with the dNF-YA knockdown third instar larvae revealed that endogenous lip4 mRNA levels were increased by the knockdown of dNF-YA in vivo. The specific knockdown of dNF-YA in the fat body with the collagen-GAL4 driver resulted in smaller oil droplets in the fat body cells. Collectively, these results suggest that dNF-Y is involved in lipid storage through its negative regulation of lip4 gene transcription.

DOI： 10.1016/j.yexcr.2022.113307

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Prostaglandin E2 receptor Ptger4b regulates female-specific peptidergic neurons and female sexual receptivity in medaka 査読国際誌

Fleming, T; Kikuchi, Y; Nakajo, M; Tachizawa, M; Inazumi, T; Tsuchiya, S; Sugimoto, Y; Saito, D; Suyama, M; Ohkawa, Y; Baba, T; Morohashi, KI; Okubo, K

COMMUNICATIONS BIOLOGY 5 ( 1 ) 1215 - 1215 2022年11月（ eISSN:2399-3642 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Communications Biology

In vertebrates, female receptivity to male courtship is highly dependent on ovarian secretion of estrogens and prostaglandins. We recently identified female-specific neurons in the medaka (Oryzias latipes) preoptic area that express Npba, a neuropeptide mediating female sexual receptivity, in response to ovarian estrogens. Here we show by transcriptomic analysis that these neurons express a multitude of neuropeptides, in addition to Npba, in an ovarian-dependent manner, and we thus termed them female-specific, sex steroid-responsive peptidergic (FeSP) neurons. Our results further revealed that FeSP neurons express a prostaglandin E2 receptor gene, ptger4b, in an ovarian estrogen-dependent manner. Behavioral and physiological examination of ptger4b-deficient female medaka found that they exhibit increased sexual receptivity while retaining normal ovarian function and that their FeSP neurons have reduced firing activity and impaired neuropeptide release. Collectively, this work provides evidence that prostaglandin E2/Ptger4b signaling mediates the estrogenic regulation of FeSP neuron activity and female sexual receptivity.

DOI： 10.1038/s42003-022-04195-x

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Pan-cancer analysis of mutations in open chromatin regions and their possible association with cancer pathogenesis 査読国際誌

Kikutake, C; Suyama, M

CANCER MEDICINE 11 ( 20 ) 3902 - 3916 2022年10月（ ISSN:2045-7634 ）

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Cancer Medicine

BACKGROUND: Open chromatin is associated with gene transcription. Previous studies have shown that the density of mutations in open chromatin regions is lower than that in flanking regions because of the higher accessibility of DNA repair machinery. However, in several cancer types, open chromatin regions show an increased local density of mutations in activated regulatory regions. Although the mutation distribution within open chromatin regions in cancer cells has been investigated, only few studies have focused on their functional implications in cancer. To reveal the impact of highly mutated open chromatin regions on cancer, we investigated the association between mutations in open chromatin regions and their possible functions. METHODS: Whole-genome sequencing data of 18 cancer types were downloaded from the PanCancer Analysis of Whole Genomes and Catalog of Somatic Mutations in Cancer. We quantified the mutations located in open chromatin regions defined by The Cancer Genome Atlas and classified open chromatin regions into three categories based on the number of mutations. Then, we investigated the chromatin state, amplification, and possible target genes of the open chromatin regions with a high number of mutations. We also analyzed the association between the number of mutations in open chromatin regions and patient prognosis. RESULTS: In some cancer types, the proportion of promoter or enhancer chromatin state in open chromatin regions with a high number of mutations was significantly higher than that in the regions with a low number of mutations. The possible target genes of open chromatin regions with a high number of mutations were more strongly associated with cancer than those of other open chromatin regions. Moreover, a high number of mutations in open chromatin regions was significantly associated with a poor prognosis in some cancer types. CONCLUSIONS: These results suggest that highly mutated open chromatin regions play an important role in cancer pathogenesis and can be effectively used to predict patient prognosis.

DOI： 10.1002/cam4.4749

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Tmsb10 triggers fetal Leydig differentiation by suppressing the RAS/ERK pathway 査読国際誌

Inoue, M; Baba, T; Takahashi, F; Terao, M; Yanai, S; Shima, Y; Saito, D; Sugihara, K; Miura, T; Takada, S; Suyama, M; Ohkawa, Y; Morohashi, KI

COMMUNICATIONS BIOLOGY 5 ( 1 ) 974 - 974 2022年9月（ eISSN:2399-3642 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Communications Biology

Leydig cells in fetal testes play crucial roles in masculinizing fetuses through androgen production. Gene knockout studies have revealed that growth factors are implicated in fetal Leydig cell (FLC) differentiation, but little is known about the mechanisms regulating this process. We investigate this issue by characterizing FLC progenitor cells using single-cell RNA sequencing. The sequence datasets suggest that thymosin β10 (Tmsb10) is transiently upregulated in the progenitors. While studying the function of Tmsb10, we reveal that platelet-derived growth factor (PDGF) regulates ciliogenesis through the RAS/ERK and PI3K/AKT pathways, and thereby promotes desert hedgehog (DHH)-dependent FLC differentiation. Tmsb10 expressed in the progenitor cells induces their differentiation into FLCs by suppressing the RAS/ERK pathway. Through characterizing the transiently expressed Tmsb10 in the FLC progenitors, this study unveils the molecular process of FLC differentiation and shows that it is cooperatively induced by DHH and PDGF.

DOI： 10.1038/s42003-022-03941-5

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Identification of a drug-response gene in multiple myeloma through longitudinal single-cell transcriptome sequencing 査読国際誌

Masuda, T; Haji, S; Nakashima, Y; Tsuda, M; Kimura, D; Takamatsu, A; Iwahashi, N; Umakoshi, H; Shiratsuchi, M; Kikutake, C; Suyama, M; Ohkawa, Y; Ogawa, Y

ISCIENCE 25 ( 8 ) 104781 - 104781 2022年8月（ eISSN:2589-0042 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：iScience

Despite recent therapeutic advances for multiple myeloma (MM), relapse is very common. Here, we conducted longitudinal single-cell transcriptome sequencing (scRNA-seq) of MM cells from a patient with relapsed MM, treated with multiple anti-myeloma drugs. We observed five subclusters of MM cells, which appeared and/or disappeared in response to the therapeutic pressure, and identified cluster 3 which emerged during lenalidomide treatment and disappeared after proteasome inhibitor (PI) treatment. Among the differentially expressed genes in cluster 3, we found a candidate drug-response gene; pellino E3 ubiquitin-protein ligase family member 2 (PELI2), which is responsible for PI-induced cell death in in vitro assay. Kaplan-Meier survival analysis of database revealed that higher expression of PELI2 is associated with a better prognosis. Our integrated strategy combining longitudinal scRNA-seq analysis, in vitro functional assay, and database analysis would facilitate the understanding of clonal dynamics of MM in response to anti-myeloma drugs and identification of drug-response genes.

DOI： 10.1016/j.isci.2022.104781

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Mapping of promoter usage QTL using RNA-seq data reveals their contributions to complex traits 査読国際誌

Kubota, N; Suyama, M

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY 18 ( 8 ) e1010436 2022年8月（ ISSN:1553-734X eISSN:1553-7358 ）

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：PLoS Computational Biology

Genomic variations are associated with gene expression levels, which are called expression quantitative trait loci (eQTL). Most eQTL may affect the total gene expression levels by regulating transcriptional activities of a specific promoter. However, the direct exploration of genomic loci associated with promoter activities using RNA-seq data has been challenging because eQTL analyses treat the total expression levels estimated by summing those of all isoforms transcribed from distinct promoters. Here we propose a new method for identifying genomic loci associated with promoter activities, called promoter usage quantitative trait loci (puQTL), using conventional RNA-seq data. By leveraging public RNA-seq datasets from the lymphoblastoid cell lines of 438 individuals from the GEUVADIS project, we obtained promoter activity estimates and mapped 2,592 puQTL at the 10% FDR level. The results of puQTL mapping enabled us to interpret the manner in which genomic variations regulate gene expression. We found that 310 puQTL genes (16.1%) were not detected by eQTL analysis, suggesting that our pipeline can identify novel variant-gene associations. Furthermore, we identified genomic loci associated with the activity of "hidden" promoters, which the standard eQTL studies have ignored. We found that most puQTL signals were concordant with at least one genome-wide association study (GWAS) signal, enabling novel interpretations of the molecular mechanisms of complex traits. Our results emphasize the importance of the re-analysis of public RNA-seq datasets to obtain novel insights into gene regulation by genomic variations and their contributions to complex traits.

DOI： 10.1371/journal.pcbi.1010436

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In Vitro Generation of Brain Regulatory T Cells by Co-culturing With Astrocytes 査読国際誌

Yamamoto, S; Matsui, A; Ohyagi, M; Kikutake, C; Harada, Y; Iizuka-Koga, M; Suyama, M; Yoshimura, A; Ito, M

FRONTIERS IN IMMUNOLOGY 13 960036 - 960036 2022年7月（ ISSN:1664-3224 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Frontiers in Immunology

Regulatory T cells (Tregs) are normally born in the thymus and activated in secondary lymphoid tissues to suppress immune responses in the lymph node and at sites of inflammation. Tregs are also resident in various tissues or accumulate in damaged tissues, which are now called tissue Tregs, and contribute to homeostasis and tissue repair by interacting with non-immune cells. We have shown that Tregs accumulate in the brain during the chronic phase in a mouse cerebral infarction model, and these Tregs acquire the characteristic properties of brain Tregs and contribute to the recovery of neurological damage by interacting with astrocytes. However, the mechanism of tissue Treg development is not fully understood. We developed a culture method that confers brain Treg characteristics in vitro. Naive Tregs from the spleen were activated and efficiently amplified by T-cell receptor (TCR) stimulation in the presence of primary astrocytes. Furthermore, adding IL-33 and serotonin could confer part of the properties of brain Tregs, such as ST2, peroxisome proliferator-activated receptor γ (PPARγ), and serotonin receptor 7 (Htr7) expression. Transcriptome analysis revealed that in vitro generated brain Treg-like Tregs (induced brain Tregs; iB-Tregs) showed similar gene expression patterns as those in in vivo brain Tregs, although they were not identical. Furthermore, in Parkinson's disease models, in which T cells have been shown to be involved in disease progression, iB-Tregs infiltrated into the brain more readily and ameliorated pathological symptoms more effectively than splenic Tregs. These data indicate that iB-Tregs contribute to our understanding of brain Treg development and could also be therapeutic for inflammatory brain diseases.

DOI： 10.3389/fimmu.2022.960036

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The microRNA cluster C19MC confers differentiation potential into trophoblast lineages upon human pluripotent stem cells 査読国際誌

Norio Kobayashi, Hiroaki Okae, Hitoshi Hiura, Naoto Kubota, Eri H Kobayashi, Shun Shibata, Akira Oike, Takeshi Hori, Chie Kikutake, Hirotaka Hamada, Hirokazu Kaji, Mikita Suyama, Marie-Line Bortolin-Cavaillé, Jérôme Cavaillé, Takahiro Arima

NATURE COMMUNICATIONS 13 ( 1 ) 3071 - 3071 2022年6月（ eISSN:2041-1723 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Nature Communications

The first cell fate commitment during mammalian development is the specification of the inner cell mass and trophectoderm. This irreversible cell fate commitment should be epigenetically regulated, but the precise mechanism is largely unknown in humans. Here, we show that naïve human embryonic stem (hES) cells can transdifferentiate into trophoblast stem (hTS) cells, but primed hES cells cannot. Our transcriptome and methylome analyses reveal that a primate-specific miRNA cluster on chromosome 19 (C19MC) is active in naïve hES cells but epigenetically silenced in primed ones. Moreover, genome and epigenome editing using CRISPR/Cas systems demonstrate that C19MC is essential for hTS cell maintenance and C19MC-reactivated primed hES cells can give rise to hTS cells. Thus, we reveal that C19MC activation confers differentiation potential into trophoblast lineages on hES cells. Our findings are fundamental to understanding the epigenetic regulation of human early development and pluripotency.

DOI： 10.1038/s41467-022-30775-w

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経時的シングルセルトランスクリプトーム解析を用いた多発性骨髄腫における新規薬剤感受性遺伝子の同定(Identification of novel drug-sensitive genes in multiple myeloma through longitudinal single-cell transcriptome sequencing)

増田徹, 土師正二郎, 中嶋康博, 津田麻理子, 木村大作, 高松明子, 白土基明, 菊竹智恵, 須山幹太, 大川恭行, 小川佳宏

International Journal of Myeloma 12 ( 3 ) 155 - 155 2022年5月（ eISSN:2187-3143 ）

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記述言語：英語出版者・発行元：(一社)日本骨髄腫学会

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Pervasive occurrence of splice-site-creating mutations and their possible involvement in genetic disorders 査読

Sakaguchi Narumi, Suyama Mikita

npj Genomic Medicine 7 ( 1 ) 2022年3月（ eISSN:20567944 ）

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語

The search for causative mutations in human genetic disorders has mainly focused on mutations that disrupt coding regions or splice sites. Recently, however, it has been reported that mutations creating splice sites can also cause a range of genetic disorders. In this study, we identified 5656 candidate splice-site-creating mutations (SCMs), of which 3942 are likely to be pathogenic, in 4054 genes responsible for genetic disorders. Reanalysis of exome data obtained from ciliopathy patients led us to identify 38 SCMs as candidate causative mutations. We estimate that, by focusing on SCMs, the increase in diagnosis rate is approximately 5.9–8.5% compared to the number of already known pathogenic variants. This finding suggests that SCMs are mutations worth focusing on in the search for causative mutations of genetic disorders.

CiNii Research
Kastor and Polluks polypeptides encoded by a single gene locus cooperatively regulate VDAC and spermatogenesis 査読国際誌

Mise, S; Matsumoto, A; Shimada, K; Hosaka, T; Takahashi, M; Ichihara, K; Shimizu, H; Shiraishi, C; Saito, D; Suyama, M; Yasuda, T; Ide, T; Izumi, Y; Bamba, T; Kimura-Someya, T; Shirouzu, M; Miyata, H; Ikawa, M; Nakayama, KI

NATURE COMMUNICATIONS 13 ( 1 ) 1071 - 1071 2022年2月（ eISSN:2041-1723 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Nature Communications

Although several long noncoding RNAs (lncRNAs) have recently been shown to encode small polypeptides, those in testis remain largely uncharacterized. Here we identify two sperm-specific polypeptides, Kastor and Polluks, encoded by a single mouse locus (Gm9999) previously annotated as encoding a lncRNA. Both Kastor and Polluks are inserted in the outer mitochondrial membrane and directly interact with voltage-dependent anion channel (VDAC), despite their different amino acid sequences. Male VDAC3-deficient mice are infertile as a result of reduced sperm motility due to an abnormal mitochondrial sheath in spermatozoa, and deficiency of both Kastor and Polluks also severely impaired male fertility in association with formation of a similarly abnormal mitochondrial sheath. Spermatozoa lacking either Kastor or Polluks partially recapitulate the phenotype of those lacking both. Cooperative function of Kastor and Polluks in regulation of VDAC3 may thus be essential for mitochondrial sheath formation in spermatozoa and for male fertility.

DOI： 10.1038/s41467-022-28677-y

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Genome-wide identification of exon extension/shrinkage events induced by splice-site-creating mutations 査読国際誌

Qu, Z; Sakaguchi, N; Kikutake, C; Suyama, M

RNA BIOLOGY 19 ( 1 ) 1143 - 1152 2022年1月（ ISSN:1547-6286 eISSN:1555-8584 ）

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：RNA Biology

Mutations that affect phenotypes have been identified primarily as those that directly alter amino acid sequences or disrupt splice sites. However, some mutations not located in functionally important sites can also affect phenotypes, such as splice-site-creating mutations (SCMs). To investigate how frequent exon extension/shrinkage events induced by SCMs occur in normal individuals, we used personal genome sequencing data and transcriptome data of the corresponding individuals and identified 371 exon extension/shrinkage events in normal individuals. This number was about three times higher than the number of pseudo-exon activation events identified in the previous study. The average numbers of exon extension and exon shrinkage events in each sample were 3.3 and 11.2, respectively. We also evaluated the impact of exon extension/shrinkage events on the resulting transcripts and their protein products and found that 40.2% of the identified events may have possible functional impacts by either generating premature termination codons in transcripts or affecting protein domains. Our results indicated that a certain fraction of SCMs identified in this study can be pathogenic mutations by creating novel splice sites.

DOI： 10.1080/15476286.2022.2139111

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Sex differences in metabolic pathways are regulated by Pfkfb3 and Pdk4 expression in rodent muscle. 査読国際誌

Antonius Christianto, Takashi Baba, Fumiya Takahashi, Kai Inui, Miki Inoue, Mikita Suyama, Yusuke Ono, Yasuyuki Ohkawa, Ken-Ichirou Morohashi

Communications biology 4 ( 1 ) 1264 - 1264 2021年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s42003-021-02790-y
Identification of SLC38A7 as a Prognostic Marker and Potential Therapeutic Target of Lung Squamous Cell Carcinoma. 査読国際誌

Naoki Haratake, Qingjiang Hu, Tatsuro Okamoto, Tomoko Jogo, Gouji Toyokawa, Fumihiko Kinoshita, Tomoyoshi Takenaka, Tetsuzo Tagawa, Norifumi Iseda, Shinji Itoh, Yuichi Yamada, Yoshinao Oda, Mototsugu Shimokawa, Chie Kikutake, Mikita Suyama, Motoko Unoki, Hiroyuki Sasaki, Masaki Mori

Annals of surgery 274 ( 3 ) 500 - 507 2021年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1097/SLA.0000000000005001
A ubiquitin-like protein encoded by the "noncoding" RNA TINCR promotes keratinocyte proliferation and wound healing. 査読国際誌

Akihiro Nita, Akinobu Matsumoto, Ronghao Tang, Chisa Shiraishi, Kazuya Ichihara, Daisuke Saito, Mikita Suyama, Tomoharu Yasuda, Gaku Tsuji, Masutaka Furue, Bumpei Katayama, Toshiyuki Ozawa, Teruasa Murata, Teruki Dainichi, Kenji Kabashima, Atsushi Hatano, Masaki Matsumoto, Keiichi I Nakayama

PLoS genetics 17 ( 8 ) e1009686 2021年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pgen.1009686
Sexual fate of murine external genitalia development: Conserved transcriptional competency for male-biased genes in both sexes. 査読国際誌

Daiki Kajioka, Kentaro Suzuki, Shoko Matsushita, Shinjiro Hino, Tetsuya Sato, Shuji Takada, Kyoichi Isono, Toru Takeo, Mizuki Kajimoto, Naomi Nakagata, Mitsuyoshi Nakao, Mikita Suyama, Tony DeFalco, Shinichi Miyagawa, Gen Yamada

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118 ( 23 ) 2021年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1073/pnas.2024067118
Pan-cancer analysis of non-coding recurrent mutations and their possible involvement in cancer pathogenesis. 査読国際誌

Chie Kikutake, Minako Yoshihara, Mikita Suyama

NAR cancer 3 ( 1 ) zcab008 2021年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/narcan/zcab008
Functional variants in hematopoietic transcription factor footprints and their roles in the risk of immune system diseases

Naoto Kubota, Mikita Suyama

bioRxiv 2021年3月

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記述言語：英語

DOI： 10.1101/2021.03.22.436360
In silico identification of pseudo-exon activation events in personal genome and transcriptome data. 査読国際誌

Narumi Sakaguchi, Mikita Suyama

RNA biology 18 ( 3 ) 382 - 390 2021年3月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/15476286.2020.1809195
Augmented oxidative stress increases 8-oxoguanine preferentially in the transcriptionally active genomic regions. 査読国際誌

Shinya Akatsuka, Guang Hua Li, Shinichi Kawaguchi, Takashi Takahashi, Minako Yoshihara, Mikita Suyama, Shinya Toyokuni

Free radical research 54 ( 11-12 ) 872 - 882 2020年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/10715762.2020.1733548
Direct reprogramming of human umbilical vein- and peripheral blood-derived endothelial cells into hepatic progenitor cells. 査読国際誌

Hiroki Inada, Miyako Udono, Kanae Matsuda-Ito, Kenichi Horisawa, Yasuyuki Ohkawa, Shizuka Miura, Takeshi Goya, Junpei Yamamoto, Masao Nagasaki, Kazuko Ueno, Daisuke Saitou, Mikita Suyama, Yoshihiko Maehara, Wataru Kumamaru, Yoshihiro Ogawa, Sayaka Sekiya, Atsushi Suzuki

Nature communications 11 ( 1 ) 5292 - 5292 2020年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41467-020-19041-z
Comparative genomic analysis of inbred rat strains reveals the existence of ancestral polymorphisms 査読

Hyeonjeong Kim, Minako Yoshihara, Mikita Suyama

Mammalian Genome 31 ( 3-4 ) 86 - 94 2020年4月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00335-020-09831-7
性染色体構成の差異がライディッヒ細胞の遺伝子発現に及ぼす影響

柳井翔吾, 高橋史也, 戌亥海, Han Soyun, 原口省吾, 馬場崇, Choi Man-Ho, 須山幹太, 大川恭行, 諸橋憲一郎

日本内分泌学会雑誌 95 ( 4 ) 1557 - 1557 2020年2月

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記述言語：日本語
An integrated analysis of public genomic data unveils a possible functional mechanism of psoriasis risk via a long-range ERRFI1 enhancer. 査読国際誌

Naoto Kubota, Mikita Suyama

BMC medical genomics 13 ( 1 ) 8 - 8 2020年1月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12920-020-0662-9
CLEC3A, MMP7, and LCN2 as novel markers for predicting recurrence in resected G1 and G2 pancreatic neuroendocrine tumors. 査読国際誌

Masami Miki, Takamasa Oono, Nao Fujimori, Takehiro Takaoka, Ken Kawabe, Yoshihiro Miyasaka, Takao Ohtsuka, Daisuke Saito, Masafumi Nakamura, Yasuyuki Ohkawa, Yoshinao Oda, Mikita Suyama, Tetsuhide Ito, Yoshihiro Ogawa

Cancer medicine 8 ( 8 ) 3748 - 3760 2019年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/cam4.2232
Zfp281 Shapes the Transcriptome of Trophoblast Stem Cells and Is Essential for Placental Development 査読

Takashi Ishiuchi, Hiroaki Ohishi, Tetsuya Sato, Satoshi Kamimura, Masayoshi Yorino, Shusaku Abe, Atsushi Suzuki, Teruhiko Wakayama, Mikita Suyama, Hiroyuki Sasaki

Cell Reports 27 ( 6 ) 1742 - 1754.e6 2019年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.celrep.2019.04.028
Mouse polycomb group gene Cbx2 promotes osteoblastic but suppresses adipogenic differentiation in postnatal long bones 査読

Yuko Katoh-Fukui, Takashi Baba, Tetsuya Sato, Hiroyuki Otake, Yuko Nagakui-Noguchi, Miyuki Shindo, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Hideki Tsumura, Ken-Ichirou Morohashi, Maki Fukami

Bone 120 219 - 231 2019年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bone.2018.10.021
Novel components of germline sex determination acting downstream of foxl3 in medaka. 査読国際誌

Developmental biology 445 ( 1 ) 80 - 89 2019年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.ydbio.2018.10.019
Fetal leydig cells dedifferentiate and serve as adult leydig stem cells 査読

Yuichi Shima, Kanako Miyabayashi, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Masao Doi, Hitoshi Okamura, Kentaro Suzuki

Development (Cambridge) 145 ( 23 ) 2018年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1242/dev.169136
Pan-cancer analysis of intratumor heterogeneity associated with patient prognosis using multidimensional measures. 査読国際誌

Chie Kikutake, Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Mikita Suyama

Oncotarget 9 ( 102 ) 37689 - 37699 2018年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.18632/oncotarget.26485
Ad4BP/SF-1 regulates cholesterol synthesis to boost the production of steroids 査読

Takashi Baba, Hiroyuki Otake, Miki Inoue, Tetsuya Sato, Yasuhiro Ishihara, Ju Yeon Moon, Megumi Tsuchiya, Kanako Miyabayashi, Hidesato Ogawa, Yuichi Shima, Lixiang Wang, Ryuichiro Sato, Takeshi Yamazaki, Mikita Suyama, Masatoshi Nomura, Man Ho Choi, Yasuyuki Ohkawa, Ken ichirou Morohashi

Communications Biology 1 ( 1 ) 2018年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s42003-018-0020-z
Intratumor heterogeneity of HMCN1 mutant alleles associated with poor prognosis in patients with breast cancer 査読

Chie Nakashima, Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Mikita Suyama

Oncotarget 9 ( 70 ) 33337 - 33347 2018年9月

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担当区分：最終著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.18632/oncotarget.26071
The Autism-Related Protein CHD8 Cooperates with C/EBPβ to Regulate Adipogenesis. 査読国際誌

23 ( 7 ) 1988 - 2000 2018年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

The gene encoding the chromatin remodeler CHD8 is the most frequently mutated gene in individuals with autism spectrum disorder (ASD). Heterozygous mutations in CHD8 give rise to ASD that is often accompanied by macrocephaly, gastrointestinal complaints, and slender habitus. Whereas most phenotypes of CHD8 haploinsufficiency likely result from delayed neurodevelopment, the mechanism underlying slender habitus has remained unknown. Here, we show that CHD8 interacts with CCAAT/enhancer-binding protein β (C/EBPβ) and promotes its transactivation activity during adipocyte differentiation. Adipogenesis was impaired in Chd8-deleted preadipocytes, with the upregulation of C/EBPα and peroxisome-proliferator-activated receptor γ (PPARγ), two master regulators of this process, being attenuated in mutant cells. Furthermore, mice with CHD8 ablation in white preadipocytes had a markedly reduced white adipose tissue mass. Our findings reveal a mode of C/EBPβ regulation by CHD8 during adipogenesis, with CHD8 deficiency resulting in a defect in the development of white adipose tissue.

DOI： 10.1016/j.celrep.2018.04.050
DBTSS/DBKERO for integrated analysis of transcriptional regulation 査読

Ayako Suzuki, Shin Kawano, Toutai Mitsuyama, Mikita Suyama, Yae Kanai, Katsuhiko Shirahige, Hiroyuki Sasaki, Katsushi Tokunaga, Katsuya Tsuchihara, Sumio Sugano, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki

Nucleic Acids Research 46 ( D1 ) D229 - D238 2018年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/gkx1001
Identification of a candidate enhancer for DMRT3 involved in spastic cerebral palsy pathogenesis. 国際誌

Naoto Kubota, Toshifumi Yokoyama, Nobuhiko Hoshi, Mikita Suyama

Biochemical and biophysical research communications 496 ( 1 ) 133 - 139 2018年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbrc.2018.01.011
Derivation of Human Trophoblast Stem Cells. 国際誌

Hiroaki Okae, Hidehiro Toh, Tetsuya Sato, Hitoshi Hiura, Sota Takahashi, Kenjiro Shirane, Yuka Kabayama, Mikita Suyama, Hiroyuki Sasaki, Takahiro Arima

Cell stem cell 22 ( 1 ) 50 - 63 2018年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.stem.2017.11.004
DBTSS/DBKERO for integrated analysis of transcriptional regulation. 国際誌

Ayako Suzuki, Shin Kawano, Toutai Mitsuyama, Mikita Suyama, Yae Kanai, Katsuhiko Shirahige, Hiroyuki Sasaki, Katsushi Tokunaga, Katsuya Tsuchihara, Sumio Sugano, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki

Nucleic acids research 46 ( D1 ) D229-D238 2018年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/gkx1001
Identification of a candidate enhancer for DMRT3 involved in spastic cerebral palsy pathogenesis 査読

Naoto Kubota, Toshifumi Yokoyama, Nobuhiko Hoshi, Mikita Suyama

Biochemical and Biophysical Research Communications 496 ( 1 ) 133 - 139 2018年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.bbrc.2018.01.011
Histone methyltransferase G9a is a key regulator of the starvation-induced behaviors in Drosophila melanogaster 査読

Kouhei Shimaji, Ryo Tanaka, Toru Maeda, Mamiko Ozaki, Hideki Yoshida, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Masamitsu Yamaguchi

Scientific Reports 7 ( 1 ) 2017年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41598-017-15344-2
病態モデル動物からアプローチする発達障害の分子病態理解クロマチンリモデリングの異常によって発症するASDの分子病態

片山雄太, 西山正章, 昌子浩孝, 大川恭行, 川村淳生, 佐藤哲也, 須山幹太, 内匠透, 宮川剛, 中山敬一

生命科学系学会合同年次大会 2017年度 [1AW21 - 2] 2017年12月

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記述言語：日本語
Identification of secretory leukoprotease inhibitor as an endogenous negative regulator in allergic effector cells 査読

Shintaro Matsuba, Toshiki Yabe-Wada, Kazuya Takeda, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Toshiyuki Takai, Toshiaki Kikuchi, Toshihiro Nukiwa, Akira Nakamura

Frontiers in Immunology 8 ( NOV ) 2017年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.3389/fimmu.2017.01538
Identification of Candidate Genes for Generalized Tonic-Clonic Seizures in Noda Epileptic Rat. 国際誌

Takashi Kuramoto, Birger Voigt, Satoshi Nakanishi, Kazuhiro Kitada, Tadashi Nakamura, Kaori Wakamatsu, Minako Yoshihara, Mikita Suyama, Risa Uemura, Miyuu Tanaka, Mitsuru Kuwamura, Saki Shimizu, Yukihiro Ohno, Masashi Sasa, Tadao Serikawa

Behavior genetics 47 ( 6 ) 609 - 619 2017年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s10519-017-9870-2
Histone methyltransferase G9a is a key regulator of the starvation-induced behaviors in Drosophila melanogaster. 国際誌

Kouhei Shimaji, Ryo Tanaka, Toru Maeda, Mamiko Ozaki, Hideki Yoshida, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Masamitsu Yamaguchi

Scientific reports 7 ( 1 ) 14763 - 14763 2017年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41598-017-15344-2
Alterations in Fetal Leydig Cell Gene Expression during Fetal and Adult Development 査読

Kanako Miyabayashi, Yuichi Shima, Miki Inoue, Tetsuya Sato, Takashi Baba, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Ken-Ichirou Morohashi

Sexual Development 11 ( 2 ) 53 - 63 2017年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1159/000453323
A deletion in the intergenic region upstream of Ednrb causes head spot in the rat strain KFRS4/Kyo 査読

Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Osamu Ohara, Takashi Kuramoto, Mikita Suyama

BMC Genetics 18 ( 1 ) 2017年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12863-017-0497-3
Role of Ad4-binding protein/steroidogenic factor 1 in regulating NADPH production in adrenocortical Y-1 cells.

Bing Li, Takashi Baba, Kanako Miyabayashi, Tetsuya Sato, Yuichi Shima, Tomomi Ichinose, Daisuke Miura, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Ken-Ichirou Morohashi

Endocrine journal 64 ( 3 ) 315 - 324 2017年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1507/endocrj.EJ16-0467
A deletion in the intergenic region upstream of Ednrb causes head spot in the rat strain KFRS4/Kyo. 国際誌

Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Osamu Ohara, Takashi Kuramoto, Mikita Suyama

BMC genetics 18 ( 1 ) 29 - 29 2017年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12863-017-0497-3
Differential lactate and cholesterol synthetic activities in XY and XX Sertoli cells. 国際誌

Yurina Shishido, Takashi Baba, Tetsuya Sato, Yuichi Shima, Kanako Miyabayashi, Miki Inoue, Haruhiko Akiyama, Hiroshi Kimura, Yoshiakira Kanai, Yasuhiro Ishihara, Shogo Haraguchi, Akira Miyazaki, Damjana Rozman, Takeshi Yamazaki, Man-Ho Choi, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Ken-Ichirou Morohashi

Scientific reports 7 41912 - 41912 2017年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/srep41912
Control of tissue size and development by a regulatory element in the yorkie 3'UTR 査読

Takanari Umegawachi, Hideki Yoshida, Hiromu Koshida, Momoko Yamada, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Henry M. Krause, Masamitsu Yamaguchi

American Journal of Cancer Research 7 ( 3 ) 673 - 687 2017年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Software updates in the Illumina HiSeq platform affect whole-genome bisulfite sequencing. 国際誌

Hidehiro Toh, Kenjiro Shirane, Fumihito Miura, Naoki Kubo, Kenji Ichiyanagi, Katsuhiko Hayashi, Mitinori Saitou, Mikita Suyama, Takashi Ito, Hiroyuki Sasaki

BMC genomics 18 ( 1 ) 31 - 31 2017年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-016-3392-9
Differential lactate and cholesterol synthetic activities in XY and XX Sertoli cells 査読

Yurin Shishido, Takashi Baba, Tetsuy Sato, Yuich Shima, Kanak Miyabayashi, Mik Inoue, Haruhik Akiyama, Hirosh Kimura, Yoshiakir Kanai, Yasuhir Ishihara, Shogo Haraguchi, Akir Miyazaki, Damjan Rozman, Takesh Yamazaki, Man Ho Choi, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Ken-Ichirou Morohashi

Scientific reports 7 2017年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/srep41912
Software updates in the illumina hiseq platform affect whole-genome bisulfite sequencing 査読

Hidehiro Toh, Kenjiro Shirane, Fumihito Miura, Naoki Kubo, Kenji Ichiyanagi, Katsuhiko Hayashi, Mitinori Saitou, Mikita Suyama, Takashi Ito, Hiroyuki Sasaki

BMC Genomics 18 ( 1 ) 2017年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-016-3392-9
Role of Ad4-binding protein/steroidogenic factor 1 in regulating NADPH production in adrenocortical Y-1 cells 査読

Bing Li, Takashi Baba, Kanako Miyabayashi, Tetsuya Sato, Yuichi Shima, Tomomi Ichinose, Daisuke Miura, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Ken-Ichirou Morohashi

Endocrine Journal 64 ( 3 ) 315 - 324 2017年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1507/endocrj.EJ16-0467
Application of target capture sequencing of exons and conserved non-coding sequences to 20 inbred rat strains 査読

Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Osamu Ohara, Takashi Kuramoto, Mikita Suyama

Genomics Data 10 155 - 157 2016年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.gdata.2016.11.010
Application of target capture sequencing of exons and conserved non-coding sequences to 20 inbred rat strains. 国際誌

Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Osamu Ohara, Takashi Kuramoto, Mikita Suyama

Genomics data 10 155 - 157 2016年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Allele-Specific Methylome and Transcriptome Analysis Reveals Widespread Imprinting in the Human Placenta 査読

Hirotaka Hamada, Hiroaki Okae, Hidehiro Toh, Hatsune Chiba, Hitoshi Hiura, Kenjiro Shirane, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Nobuo Yaegashi, Hiroyuki Sasaki, Takahiro Arima

American Journal of Human Genetics 99 ( 5 ) 1045 - 1058 2016年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.ajhg.2016.08.021
Allele-Specific Methylome and Transcriptome Analysis Reveals Widespread Imprinting in the Human Placenta. 国際誌

Hirotaka Hamada, Hiroaki Okae, Hidehiro Toh, Hatsune Chiba, Hitoshi Hiura, Kenjiro Shirane, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Nobuo Yaegashi, Hiroyuki Sasaki, Takahiro Arima

American journal of human genetics 99 ( 5 ) 1045 - 1058 2016年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.ajhg.2016.08.021
CHD8 haploinsufficiency results in autistic-like phenotypes in mice. 国際誌

Yuta Katayama, Masaaki Nishiyama, Hirotaka Shoji, Yasuyuki Ohkawa, Atsuki Kawamura, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Toru Takumi, Tsuyoshi Miyakawa, Keiichi I Nakayama

Nature 537 ( 7622 ) 675 - 679 2016年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature19357
INCOMPLETE REPROGRAMMING OF GERMLINE DNA METHYLATION IN THE HUMAN PLACENTA

Hirotaka Hamada, Hiroaki Okae, Mikita Suyama, Hiroyuki Sasaki, Nobuo Yaegashi, Takahiro Arima

PLACENTA 45 113 - 113 2016年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）
Design and application of a target capture sequencing of exons and conserved non-coding sequences for the rat 査読

Minako Yoshihara, Daisuke Saito, Tetsuya Sato, Osamu Ohara, Takashi Kuramoto, Mikita Suyama

BMC Genomics 17 ( 1 ) 2016年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-016-2975-9
Design and application of a target capture sequencing of exons and conserved non-coding sequences for the rat. 国際誌

Minako Yoshihara, Daisuke Saito, Tetsuya Sato, Osamu Ohara, Takashi Kuramoto, Mikita Suyama

BMC genomics 17 593 - 593 2016年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-016-2975-9
Erratum Mutations in CDCA7 and HELLS cause immunodeficiency-centromeric instability-facial anomalies syndrome (Nature Communications (2015) 6 (7870) DOI: 10.1038/ncomms8870) 査読

Nature Communications 7 2016年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncomms12003
Corrigendum: Mutations in CDCA7 and HELLS cause immunodeficiency-centromeric instability-facial anomalies syndrome. 国際誌

Nature communications 7 12003 - 12003 2016年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncomms12003
TLR signals posttranscriptionally regulate the cytokine trafficking mediator sortilin 査読

Toshiki Yabe-Wada, Shintaro Matsuba, Kazuya Takeda, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Toshiyuki Takai, Haifeng Shi, Caroline C. Philpott, Akira Nakamura

Scientific Reports 6 2016年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/srep26566
TLR signals posttranscriptionally regulate the cytokine trafficking mediator sortilin. 国際誌

Toshiki Yabe-Wada, Shintaro Matsuba, Kazuya Takeda, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Toshiyuki Takai, Haifeng Shi, Caroline C Philpott, Akira Nakamura

Scientific reports 6 26566 - 26566 2016年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/srep26566
Isolation and characterization of Fetal Leydig progenitor cells of male mice 査読

Miki Inoue, Yuichi Shima, Kanako Miyabayashi, Kaori Tokunaga, Tetsuya Sato, Takashi Baba, Yasuyuki Ohkawa, Haruhiko Akiyama, Mikita Suyama, Ken-Ichirou Morohashi

Endocrinology 157 ( 3 ) 1222 - 1233 2016年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1210/en.2015-1773
Isolation and Characterization of Fetal Leydig Progenitor Cells of Male Mice. 国際誌

Miki Inoue, Yuichi Shima, Kanako Miyabayashi, Kaori Tokunaga, Tetsuya Sato, Takashi Baba, Yasuyuki Ohkawa, Haruhiko Akiyama, Mikita Suyama, Ken-ichirou Morohashi

Endocrinology 157 ( 3 ) 1222 - 33 2016年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1210/en.2015-1773
Androgen regulates Mafb expression through its 3′UTR during mouse urethral masculinization 査読

157 ( 2 ) 844 - 857 2016年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

External genitalia are prominent organs showing hormone-dependent sexual differentiation. Androgen is an essential regulator of masculinization of the genital tubercle, which is the anlage of external genitalia. We have previously shown that v-maf avian musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog B (MAFB) is an androgen-inducible regulator of embryonic urethral masculinization in mice. However, it remains unclear how androgen regulates Mafb expression. The current study suggests that the Mafb 3′ untranslated region (UTR) is an essential region for its regulation by androgen. We identified 2 functional androgen response elements (AREs) in Mafb 3′UTR. Androgen receptor is bound to such AREs in 3′UTR during urethral masculinization. In addition to 3′UTR, Mafb 5′UTR also showed androgen responsiveness. Moreover, we also demonstrated that β-catenin, one of genital tubercle masculinization factors, may be an additional regulator of Mafb expression during urethral masculinization. This study provides insights to elucidate mechanisms of gene regulation through AREs present in Mafb 3′UTR for a better understanding of the processes of urethral masculinization.

DOI： 10.1210/en.2015-1586
Androgen Regulates Mafb Expression Through its 3'UTR During Mouse Urethral Masculinization. 国際誌

Shoko Matsushita, Kentaro Suzuki, Yukiko Ogino, Shinjiro Hino, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Takahiro Matsumoto, Akiko Omori, Satoshi Inoue, Gen Yamada

Endocrinology 157 ( 2 ) 844 - 57 2016年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1210/en.2015-1586
CHD8 haploinsufficiency results in autistic-like phenotypes in mice 査読

Yuta Katayama, Masaaki Nishiyama, Hirotaka Shoji, Yasuyuki Ohkawa, Atsuki Kawamura, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Toru Takumi, Tsuyoshi Miyakawa, Keiichi Nakayama

Nature 537 ( 7622 ) 675 - 679 2016年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature19357
ChromContact A web tool for analyzing spatial contact of chromosomes from Hi-C data 査読

Tetsuya Sato, Mikita Suyama

BMC Genomics 16 ( 1 ) 2015年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-015-2282-x
新生仔マウスの精原幹細胞の形成と分化における全ゲノムDNAメチル化およびトランスクリプトーム解析

久保直樹, 藤英博, 白根健次郎, 白川峰征, 小林久人, 佐藤哲也, 曾根秀利, 佐藤康人, 富澤信一, 鶴崎美徳, 柴田弘紀, 才津浩智, 鈴木穣, 松本直通, 須山幹太, 河野友宏, 大保和之, 佐々木裕之

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 88回・38回 [1P0606] - [1P0606] 2015年12月

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記述言語：英語
ChromContact: A web tool for analyzing spatial contact of chromosomes from Hi-C data. 国際誌

Tetsuya Sato, Mikita Suyama

BMC genomics 16 1060 - 1060 2015年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-015-2282-x
Linkage disequilibrium analysis of allelic heterogeneity in DNA methylation 査読

Daisuke Saito, Mikita Suyama

Epigenetics 10 ( 12 ) 1093 - 1098 2015年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1080/15592294.2015.1115176
Genomewide identification of target genes of histone methyltransferase dG9a during Drosophila embryogenesis 査読

Kouhei Shimaji, Takahiro Konishi, Shintaro Tanaka, Hideki Yoshida, Yasuko Kato, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Hiroshi Kimura, Masamitsu Yamaguchi

Genes to Cells 20 ( 11 ) 902 - 914 2015年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/gtc.12281
Intronic regulation of Aire expression by Jmjd6 for self-tolerance induction in the thymus. 国際誌

Toyoshi Yanagihara, Fumiyuki Sanematsu, Tetsuya Sato, Takehito Uruno, Xuefeng Duan, Takahiro Tomino, Yosuke Harada, Mayuki Watanabe, Yuqing Wang, Yoshihiko Tanaka, Yoichi Nakanishi, Mikita Suyama, Fukui Yoshinori

Nature communications 6 8820 - 8820 2015年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncomms9820
Genomewide identification of target genes of histone methyltransferase dG9a during Drosophila embryogenesis. 国際誌

Kouhei Shimaji, Takahiro Konishi, Shintaro Tanaka, Hideki Yoshida, Yasuko Kato, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Hiroshi Kimura, Masamitsu Yamaguchi

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 20 ( 11 ) 902 - 14 2015年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/gtc.12281
Intronic regulation of Aire expression by Jmjd6 for self-tolerance induction in the thymus 査読

Toyoshi Yanagihara, Fumiyuki Sanematsu, Tetsuya Sato, Takehito Uruno, Xuefeng Duan, Takahiro Tomino, Yosuke Harada, Mayuki Watanabe, Yuqing Wang, Yoshihiko Tanaka, Yoichi Nakanishi, Mikita Suyama, Fukui Yoshinori

Nature communications 6 2015年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncomms9820
DNA methylation and gene expression dynamics during spermatogonial stem cell differentiation in the early postnatal mouse testis 査読

Naoki Kubo, Hidehiro Toh, Kenjiro Shirane, Takayuki Shirakawa, Hisato Kobayashi, Tetsuya Sato, Hidetoshi Sone, Yasuyuki Sato, Shin Ichi Tomizawa, Yoshinori Tsurusaki, Hiroki Shibata, Hirotomo Saitsu, Yutaka Suzuki, Naomichi Matsumoto, Mikita Suyama, Tomohiro Kono, Kazuyuki Ohbo, Hiroyuki Sasaki

BMC genomics 16 ( 1 ) 2015年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-015-1833-5
DNA methylation and gene expression dynamics during spermatogonial stem cell differentiation in the early postnatal mouse testis. 国際誌

Naoki Kubo, Hidehiro Toh, Kenjiro Shirane, Takayuki Shirakawa, Hisato Kobayashi, Tetsuya Sato, Hidetoshi Sone, Yasuyuki Sato, Shin-ichi Tomizawa, Yoshinori Tsurusaki, Hiroki Shibata, Hirotomo Saitsu, Yutaka Suzuki, Naomichi Matsumoto, Mikita Suyama, Tomohiro Kono, Kazuyuki Ohbo, Hiroyuki Sasaki

BMC genomics 16 ( 1 ) 624 - 624 2015年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/s12864-015-1833-5
Foxl3 is a germ cell-intrinsic factor involved in sperm-egg fate decision in medaka 査読

Toshiya Nishimura, Tetsuya Sato, Yasuhiro Yamamoto, Ikuko Watakabe, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Satoru Kobayashi, Minoru Tanaka

Science 349 ( 6245 ) 328 - 331 2015年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1126/science.aaa2657
Sex determination. foxl3 is a germ cell-intrinsic factor involved in sperm-egg fate decision in medaka. 国際誌

Toshiya Nishimura, Tetsuya Sato, Yasuhiro Yamamoto, Ikuko Watakabe, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Satoru Kobayashi, Minoru Tanaka

Science (New York, N.Y.) 349 ( 6245 ) 328 - 31 2015年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1126/science.aaa2657
Mutations in CDCA7 and HELLS cause immunodeficiency-centromeric instability-facial anomalies syndrome. 国際誌

Nature communications 6 7870 - 7870 2015年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncomms8870
Mutations in CDCA7 and HELLS cause immunodeficiency-centromeric instability-facial anomalies syndrome 査読

Nature communications 6 2015年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncomms8870
GenomeCons A web server for manipulating multiple genome sequence alignments and their consensus sequences 査読

Tetsuya Sato, Mikita Suyama

Bioinformatics 31 ( 8 ) 1293 - 1295 2015年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/btu803
GenomeCons: a web server for manipulating multiple genome sequence alignments and their consensus sequences. 国際誌

Tetsuya Sato, Mikita Suyama

Bioinformatics (Oxford, England) 31 ( 8 ) 1293 - 5 2015年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/btu803
Genome-Wide Analysis of DNA Methylation Dynamics during Early Human Development 査読

Hiroaki Okae, Hatsune Chiba, Hitoshi Hiura, Hirotaka Hamada, Akiko Sato, Takafumi Utsunomiya, Hiroyuki Kikuchi, Hiroaki Yoshida, Atsushi Tanaka, Mikita Suyama, Takahiro Arima

PLoS genetics 10 ( 12 ) 2014年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pgen.1004868
Genome-wide profiling of 8-oxoguanine reveals its association with spatial positioning in nucleus. 国際誌

Minako Yoshihara, Li Jiang, Shinya Akatsuka, Mikita Suyama, Shinya Toyokuni

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 21 ( 6 ) 603 - 12 2014年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsu023
Genome-wide analysis of DNA methylation dynamics during early human development. 国際誌

Hiroaki Okae, Hatsune Chiba, Hitoshi Hiura, Hirotaka Hamada, Akiko Sato, Takafumi Utsunomiya, Hiroyuki Kikuchi, Hiroaki Yoshida, Atsushi Tanaka, Mikita Suyama, Takahiro Arima

PLoS genetics 10 ( 12 ) e1004868 2014年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pgen.1004868
Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution 査読

Nature 423 ( 10 ) 695 - 777 2014年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature03154
Genome-wide profiling of 8-oxoguanine reveals its association with spatial positioning in nucleus 査読

Minako Yoshihara, Li Jiang, Shinya Akatsuka, Mikita Suyama, Shinya Toyokuni

DNA Research 21 ( 6 ) 603 - 612 2014年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/dsu023
Genome-wide analysis of histone modifications in human endometrial stromal cells 査読

Isao Tamura, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Kosuke Jozaki, Maki Okada, Lifa Lee, Ryo Maekawa, Hiromi Asada, Shun Sato, Yoshiaki Yamagata, Hiroshi Tamura, Norihiro Sugino

Molecular Endocrinology 28 ( 10 ) 1656 - 1669 2014年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1210/me.2014-1117
TLR9シグナルの新規制御分子Sortilinの機能解析

和田俊樹, 武田和也, 松葉慎太郎, 中村晃, 佐藤哲也, 須山幹太, 大川恭行, 高井俊行

金沢医科大学雑誌 39 ( 2 ) 45 - 45 2014年10月

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記述言語：日本語
Genome-wide analysis of histone modifications in human endometrial stromal cells. 国際誌

Isao Tamura, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Kosuke Jozaki, Maki Okada, Lifa Lee, Ryo Maekawa, Hiromi Asada, Shun Sato, Yoshiaki Yamagata, Hiroshi Tamura, Norihiro Sugino

Molecular endocrinology (Baltimore, Md.) 28 ( 10 ) 1656 - 69 2014年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1210/me.2014-1117
Characterization of common marmoset dysgerminoma-like tumor induced by the lentiviral expression of reprogramming factors 査読

Saori Yamaguchi, Tomotoshi Marumoto, Takenobu Nii, Hirotaka Kawano, Jiyuan Liao, Yoko Nagai, Michiyo Okada, Atsushi Takahashi, Hiroyuki Inoue, Erika Sasaki, Hiroshi Fujii, Shinji Okano, Hayao Ebise, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Hideyuki Okano, Yoshie Miura, Kenzaburo Tani

Cancer Science 105 ( 4 ) 402 - 408 2014年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/cas.12367
Glycolytic genes are targets of the nuclear receptor Ad4BP/SF-1. 国際誌

Takashi Baba, Hiroyuki Otake, Tetsuya Sato, Kanako Miyabayashi, Yurina Shishido, Chia-Yih Wang, Yuichi Shima, Hiroshi Kimura, Mikako Yagi, Yasuhiro Ishihara, Shinjiro Hino, Hidesato Ogawa, Mitsuyoshi Nakao, Takeshi Yamazaki, Dongchon Kang, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Bon-Chu Chung, Ken-Ichirou Morohashi

Nature communications 5 3634 - 3634 2014年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncomms4634
Characterization of common marmoset dysgerminoma-like tumor induced by the lentiviral expression of reprogramming factors. 国際誌

Saori Yamaguchi, Tomotoshi Marumoto, Takenobu Nii, Hirotaka Kawano, Jiyuan Liao, Yoko Nagai, Michiyo Okada, Atsushi Takahashi, Hiroyuki Inoue, Erika Sasaki, Hiroshi Fujii, Shinji Okano, Hayao Ebise, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Hideyuki Okano, Yoshie Miura, Kenzaburo Tani

Cancer science 105 ( 4 ) 402 - 8 2014年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/cas.12367
Glycolytic genes are targets of the nuclear receptor Ad4BP/SF-1 査読

Takashi Baba, Hiroyuki Otake, Tetsuya Sato, Kanako Miyabayashi, Yurina Shishido, Chia Yih Wang, Yuichi Shima, Hiroshi Kimura, Mikako Yagi, Yasuhiro Ishihara, Shinjiro Hino, Hidesato Ogawa, Mitsuyoshi Nakao, Takeshi Yamazaki, Dongchon Kang, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Bon Chu Chung, Ken Ichirou Morohashi

Nature communications 5 2014年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/ncomms4634
Mechanistic insights into mutually exclusive splicing in dynamin 1. 国際誌

Mikita Suyama

Bioinformatics (Oxford, England) 29 ( 17 ) 2084 - 7 2013年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/btt368
β-Catenin signaling regulates Foxa2 expression during endometrial hyperplasia formation.

32 ( 29 ) 3477 - 3482 2013年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/onc.2012.376
C-type Lectin MCL Is an FcRγ-Coupled Receptor that Mediates the Adjuvanticity of Mycobacterial Cord Factor 査読

38 ( 5 ) 1050 - 1062 2013年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Cord factor, also called trehalose-6,6'-dimycolate (TDM), is a potent mycobacterial adjuvant. We herein report that the C-type lectin MCL (also called Clec4d) is a TDM receptor that is likely to arise from gene duplication of Mincle (also called Clec4e). Mincle isknown to be an inducible receptor recognizing TDM, whereas MCL was constitutively expressed in myeloid cells. To examine the contribution of MCL in response to TDM adjuvant, we generated MCL-deficient mice. TDM promoted innate immune responses, such as granuloma formation, which was severely impaired in MCL-deficient mice. TDM-induced acquired immune responses, such as experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE), was almost completely dependent on MCL, but not Mincle. Furthermore, by generating Clec4e^gfp reporter mice, we found that MCL was also crucial for driving Mincle induction upon TDM stimulation. These results suggest that MCL is an FcRγ-coupled activating receptor that mediates the adjuvanticity ofTDM. •MCL is an ITAM-coupled TDM receptor that arises from gene duplication of Mincle•Innate and acquired immunity induced by TDM are impaired in MCL-deficient mice•MCL drives Mincle expression in dendritic cells upon TDM stimulation•MCL, but not Mincle, is critically involved in EAE induced by TDM adjuvant.

DOI： 10.1016/j.immuni.2013.03.010
C-type lectin MCL is an FcRγ-coupled receptor that mediates the adjuvanticity of mycobacterial cord factor. 国際誌

38 ( 5 ) 1050 - 62 2013年5月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Cord factor, also called trehalose-6,6'-dimycolate (TDM), is a potent mycobacterial adjuvant. We herein report that the C-type lectin MCL (also called Clec4d) is a TDM receptor that is likely to arise from gene duplication of Mincle (also called Clec4e). Mincle is known to be an inducible receptor recognizing TDM, whereas MCL was constitutively expressed in myeloid cells. To examine the contribution of MCL in response to TDM adjuvant, we generated MCL-deficient mice. TDM promoted innate immune responses, such as granuloma formation, which was severely impaired in MCL-deficient mice. TDM-induced acquired immune responses, such as experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE), was almost completely dependent on MCL, but not Mincle. Furthermore, by generating Clec4e(gfp) reporter mice, we found that MCL was also crucial for driving Mincle induction upon TDM stimulation. These results suggest that MCL is an FcRγ-coupled activating receptor that mediates the adjuvanticity of TDM.

DOI： 10.1016/j.immuni.2013.03.010
β-Catenin signaling regulates Foxa2 expression during endometrial hyperplasia formation. 査読国際誌

2012年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/onc.2012.376
A polymorphism of the POLG2 gene is genetically associated with the invasiveness of urinary bladder cancer in Japanese males. 査読国際誌

Chanavee Ratanajaraya, Hiroyuki Nishiyama, Meiko Takahashi, Takahisa Kawaguchi, Ryoichi Saito, Yoshiki Mikami, Mikita Suyama, Mark Lathrop, Ryo Yamada, Osamu Ogawa, Fumihiko Matsuda

Journal of Human Genetics 56 ( 8 ) 572 - 576 2011年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/jhg.2011.60
A polymorphism of the POLG2 gene is genetically associated with the invasiveness of urinary bladder cancer in Japanese males. 国際誌

Chanavee Ratanajaraya, Hiroyuki Nishiyama, Meiko Takahashi, Takahisa Kawaguchi, Ryoichi Saito, Yoshiki Mikami, Mikita Suyama, Mark Lathrop, Ryo Yamada, Osamu Ogawa, Fumihiko Matsuda

Journal of human genetics 56 ( 8 ) 572 - 6 2011年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/jhg.2011.60
A network of conserved co-occurring motifs for the regulation of alternative splicing. 国際誌

Mikita Suyama, Eoghan D Harrington, Svetlana Vinokourova, Magnus von Knebel Doeberitz, Osamu Ohara, Peer Bork

Nucleic acids research 38 ( 22 ) 7916 - 26 2010年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/gkq705
Transcriptome complexity in a genome-reduced bacterium 査読

Science 326 ( 5957 ) 1268 - 1271 2009年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1126/science.1176951
Transcriptome complexity in a genome-reduced bacterium. 国際誌

Science (New York, N.Y.) 326 ( 5957 ) 1268 - 71 2009年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1126/science.1176951
Functional and comparative genomics analyses of pmp22 in medaka fish 査読

Junji Itou, Mikita Suyama, Yukio Imamura, Tomonori Deguchi, Kazuhiro Fujimori, Shunsuke Yuba, Yutaka Kawarabayasi, Takashi Kawasaki

BMC Neuroscience 10 2009年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/1471-2202-10-60
Functional and comparative genomics analyses of pmp22 in medaka fish. 国際誌

Junji Itou, Mikita Suyama, Yukio Imamura, Tomonori Deguchi, Kazuhiro Fujimori, Shunsuke Yuba, Yutaka Kawarabayasi, Takashi Kawasaki

BMC neuroscience 10 60 - 60 2009年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/1471-2202-10-60
Selective maintenance of Drosophila tandemly arranged duplicated genes during evolution 査読

Carlos Quijano, Pavel Tomancak, Jesus Lopez-Marti, Mikita Suyama, Peer Bork, Marco Milan, David Torrents, Miguel Manzanares

Genome biology 9 ( 12 ) 2008年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/gb-2008-9-12-r176
Non-random retention of protein-coding overlapping genes in Metazoa 査読

BMC genomics 9 2008年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/1471-2164-9-174
Non-random retention of protein-coding overlapping genes in Metazoa. 国際誌

BMC genomics 9 174 - 174 2008年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1186/1471-2164-9-174
Identification and analysis of genes and pseudogenes within duplicated regions in the human and mouse genomes 査読

Mikita Suyama, Eoghan Harrington, Peer Bork, David Torrents

PLoS Computational Biology 2 ( 6 ) 627 - 636 2006年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1371/journal.pcbi.0020076
PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments. 国際誌

Mikita Suyama, David Torrents, Peer Bork

Nucleic acids research 34 ( Web Server issue ) W609-12 2006年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
PAL2NAL Robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments 査読

Mikita Suyama, David Torrents, Peer Bork

Nucleic acids research 34 ( WEB. SERV. ISS. ) W609 - W612 2006年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/gkl315
Identification and analysis of genes and pseudogenes within duplicated regions in the human and mouse genomes. 国際誌

Mikita Suyama, Eoghan Harrington, Peer Bork, David Torrents

PLoS computational biology 2 ( 6 ) e76 2006年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Molecular cloning and characterization of an enzyme hydrolyzing p-nitrophenyl α-D-glucoside from Bacillus stearothermophilus SA0301 査読

70 ( 2 ) 495 - 499 2006年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Bacillus stearothermophilus SA0301 produces an extracellular oligo-1,6-glucosidase (bsO16G) that also hydrolyzes p-nitrophenyl α-D-glucoside (Tonozuka et al., J. Appl. Glycosci., 45, 397-400 (1998)). We cloned a gene for an enzyme hydrolyzing p-nitrophenyl α-D-glucoside, which was different from the one mentioned above, from B. stearothermophilus SA0301. The k₀/K_m values of bsO16G for isomaltotriose and isomaltose were 13.2 and 1.39 s^-1·mM^-1 respectively, while the newly cloned enzyme did not hydrolyze isomaltotriose, and the k₀/K_m value for isomaltose was 0.81 s ^-1·mM^-1. The primary structure of the cloned enzyme more closely resembled those of trehalose-6-phosphate hydrolases than those of oligo-1,6-glucosidases, and the cloned enzyme hydrolyzed trehalose 6-phosphate. An open reading frame encoding a protein homologous to the trehalose-specific IIBC component of the phopshotransferase system was also found upstream of the gene for this enzyme.

DOI： 10.1271/bbb.70.495
Molecular cloning and characterization of an enzyme hydrolyzing p-nitrophenyl alpha-D-glucoside from Bacillus stearothermophilus SA0301. 国際誌

Atsushi Kobayashi, Takashi Tonozuka, Kimihiko Sato, Mikita Suyama, Jun Sasaki, Batbold Nyamdawaa, Masayoshi Sakaguchi, Yoshiyuki Sakano

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 70 ( 2 ) 495 - 9 2006年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Palindromic repetitive DNA elements with coding potential in Methanocaldococcus jannaschii 査読

Mikita Suyama, Warren C. Lathe, Peer Bork

FEBS Letters 579 ( 24 ) 5281 - 5286 2005年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.febslet.2005.08.051
Palindromic repetitive DNA elements with coding potential in Methanocaldococcus jannaschii. 国際誌

Mikita Suyama, Warren C Lathe 3rd, Peer Bork

FEBS letters 579 ( 24 ) 5281 - 6 2005年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome 査読

Nature 437 ( 7055 ) 69 - 87 2005年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature04072
Generation and annotation of the DNA sequences of human chromosomes 2 and 4 査読

La Deana W. Hillier, Tina A. Graves, Robert S. Fulton, Lucinda A. Fulton, Kymberlie H. Pepin, Patrick Minx, Caryn Wagner-McPherson, Dan Layman, Kristine Wylie, Mandeep Sekhon, Michael C. Becker, Ginger A. Fewell, Kimberly D. Delehaunty, Tracie L. Miner, William E. Nash, Colin Kremitzki, Lachlan Oddy, Hui Du, Hui Sun, Holland Bradshaw-Cordum, Johar Ali, Jason Carter, Matt Cordes, Anthony Harris, Amber Isak, Andrew Van Brunt, Christine Nguyen, Feiyu Du, Laura Courtney, Joelle Kalicki, Philip Ozersky, Scott Abbott, Jon Armstrong, Edward A. Belter, Lauren Caruso, Maria Cedroni, Marc Cotton, Teresa Davidson, Anu Desai, Glendoria Elliott, Thomas Erb, Catrina Fronick, Tony Gaige, William Haakenson, Krista Haglund, Andrea Holmes, Richard Harkins, Kyung Kim, Scott S. Kruchowski, Cynthia Madsen Strong, Neenu Grewal, Ernest Goyea, Shunfang Hou, Andrew Levy, Scott Martinka, Kelly Mead, Michael D. McLellan, Rick Meyer, Jennifer Randall-Maher, Chad Tomlinson, Sara Dauphin-Kohlberg, Amy Kozlowicz-Reilly, Neha Shah, Sharhonda Swearengen-Shahid, Jacqueline Snider, Joseph T. Strong, Johanna Thompson, Martin Yoakum, Shawn Leonard, Charlene Pearman, Lee Trani, Maxim Radionenko, Jason E. Waligorski, Chunyan Wang, Susan M. Rock, Aye Mon Tin-Wollam, Rachel Maupin, Phil Latreille, Michael C. Wendl, Shiaw Pyng Yang, Craig Pohl, John W. Wallis, John Spieth, Tamberlyn A. Bieri, Nicolas Berkowicz, Joanne O. Nelson, John Osborne, Li Ding, Rekha Meyer, Aniko Sabo, Yoram Shotland, Prashant Sinha, Patricia E. Wohldmann, Lisa L. Cook, Matthew T. Hickenbotham, James Eldred, Donald Williams, Thomas A. Jones, Xinwei She, Francesca D. Ciccarelli, Elisa Izaurralde, James Taylor, Jeremy Schmutz, Richard M. Myers, David R. Cox, Xiaoqiu Huang, John D. McPherson, Elaine R. Mardis, Sandra W. Clifton, Wesley C. Warren, Asif T. Chinwalla, Sean R. Eddy, Marco A. Marra, Ivan Ovcharenko, Terrence S. Furey, Webb Miller, Evan E. Eichler, Peer Bork, Mikita Suyama, David Torrents, Robert H. Waterston, Richard K. Wilson

Nature 434 ( 7034 ) 724 - 731 2005年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature03466
Generation and annotation of the DNA sequences of human chromosomes 2 and 4. 国際誌

Ladeana W Hillier, Tina A Graves, Robert S Fulton, Lucinda A Fulton, Kymberlie H Pepin, Patrick Minx, Caryn Wagner-McPherson, Dan Layman, Kristine Wylie, Mandeep Sekhon, Michael C Becker, Ginger A Fewell, Kimberly D Delehaunty, Tracie L Miner, William E Nash, Colin Kremitzki, Lachlan Oddy, Hui Du, Hui Sun, Holland Bradshaw-Cordum, Johar Ali, Jason Carter, Matt Cordes, Anthony Harris, Amber Isak, Andrew van Brunt, Christine Nguyen, Feiyu Du, Laura Courtney, Joelle Kalicki, Philip Ozersky, Scott Abbott, Jon Armstrong, Edward A Belter, Lauren Caruso, Maria Cedroni, Marc Cotton, Teresa Davidson, Anu Desai, Glendoria Elliott, Thomas Erb, Catrina Fronick, Tony Gaige, William Haakenson, Krista Haglund, Andrea Holmes, Richard Harkins, Kyung Kim, Scott S Kruchowski, Cynthia Madsen Strong, Neenu Grewal, Ernest Goyea, Shunfang Hou, Andrew Levy, Scott Martinka, Kelly Mead, Michael D McLellan, Rick Meyer, Jennifer Randall-Maher, Chad Tomlinson, Sara Dauphin-Kohlberg, Amy Kozlowicz-Reilly, Neha Shah, Sharhonda Swearengen-Shahid, Jacqueline Snider, Joseph T Strong, Johanna Thompson, Martin Yoakum, Shawn Leonard, Charlene Pearman, Lee Trani, Maxim Radionenko, Jason E Waligorski, Chunyan Wang, Susan M Rock, Aye-Mon Tin-Wollam, Rachel Maupin, Phil Latreille, Michael C Wendl, Shiaw-Pyng Yang, Craig Pohl, John W Wallis, John Spieth, Tamberlyn A Bieri, Nicolas Berkowicz, Joanne O Nelson, John Osborne, Li Ding, Rekha Meyer, Aniko Sabo, Yoram Shotland, Prashant Sinha, Patricia E Wohldmann, Lisa L Cook, Matthew T Hickenbotham, James Eldred, Donald Williams, Thomas A Jones, Xinwei She, Francesca D Ciccarelli, Elisa Izaurralde, James Taylor, Jeremy Schmutz, Richard M Myers, David R Cox, Xiaoqiu Huang, John D McPherson, Elaine R Mardis, Sandra W Clifton, Wesley C Warren, Asif T Chinwalla, Sean R Eddy, Marco A Marra, Ivan Ovcharenko, Terrence S Furey, Webb Miller, Evan E Eichler, Peer Bork, Mikita Suyama, David Torrents, Robert H Waterston, Richard K Wilson

Nature 434 ( 7034 ) 724 - 31 2005年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Complex genomic rearrangements lead to novel primate gene function 査読

Francesca D. Ciccarelli, Christian von Mering, Mikita Suyama, Eoghan D. Harrington, Elisa Izaurralde, Peer Bork

Genome Research 15 ( 3 ) 343 - 351 2005年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1101/gr.3266405
Complex genomic rearrangements lead to novel primate gene function. 国際誌

Francesca D Ciccarelli, Christian von Mering, Mikita Suyama, Eoghan D Harrington, Elisa Izaurralde, Peer Bork

Genome research 15 ( 3 ) 343 - 51 2005年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
BLAST2GENE A comprehensive conversion of BLAST output into independent genes and gene fragments 査読

Mikita Suyama, David Torrents, Peer Bork

Bioinformatics 20 ( 12 ) 1968 - 1970 2004年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/bth172
[Genome database].

Mikita Suyama

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 49 ( 11 Suppl ) 1841 - 6 2004年8月

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
BLAST2GENE: a comprehensive conversion of BLAST output into independent genes and gene fragments. 国際誌

Mikita Suyama, David Torrents, Peer Bork

Bioinformatics (Oxford, England) 20 ( 12 ) 1968 - 70 2004年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Genome database 査読

Mikita Suyama

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 49 ( 11 Suppl ) 1841 - 1846 2004年8月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution 査読国際誌

Hillier LW et al.

Nature 432 2004年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution 査読

Nature 428 ( 6982 ) 493 - 520 2004年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature02426
Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution. 国際誌

Nature 428 ( 6982 ) 493 - 521 2004年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
A genome-wide survey of human pseudogenes 査読

David Torrents, Mikita Suyama, Evgeny Zdobnov, Peer Bork

Genome Research 13 ( 12 ) 2559 - 2567 2003年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1101/gr.1455503
A genome-wide survey of human pseudogenes. 国際誌

David Torrents, Mikita Suyama, Evgeny Zdobnov, Peer Bork

Genome research 13 ( 12 ) 2559 - 67 2003年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
The DNA sequence of human chromosome 7 査読

La Deana W. Hillier, Robert S. Fulton, Lucinda A. Fulton, Tina A. Graves, Kymberlie H. Pepin, Caryn Wagner-McPherson, Dan Layman, Jason Maas, Sara Jaeger, Rebecca Walker, Kristine Wylie, Mandeep Sekhon, Michael C. Becker, Michelle D. O'Laughlin, Mark E. Schaller, Ginger A. Fewell, Kimberly D. Delehaunty, Tracie L. Miner, William E. Nash, Matt Cordes, Hui Du, Hui Sun, Jennifer Edwards, Holland Bradshaw-Cordum, Johar Ali, Stephanie Andrews, Amber Isak, Andrew Van Brunt, Christine Nguyen, Feiyu Du, Betty Lamar, Laura Courtney, Joelle Kalicki, Philip Ozersky, Lauren Bielicki, Kelsi Scott, Andrea Holmes, Richard Harkins, Anthony Harris, Cynthia Madsen Strong, Shunfang Hou, Chad Tomlinson, Sara Dauphin-Kohlberg, Amy Kozlowicz-Reilly, Shawn Leonard, Theresa Rohlfing, Susan M. Rock, Aye Mon Tin-Wollam, Amanda Abbott, Patrick Minx, Rachel Maupin, Catrina Strowmatt, Phil Latreille, Nancy Miller, Doug Johnson, Jennifer Murray, Jeffrey P. Woessner, Michael C. Wendl, Shiaw Pyng Yang, Brian R. Schultz, John W. Wallis, John Spieth, Tamberlyn A. Bieri, Joanne O. Nelson, Nicolas Berkowicz, Patricia E. Wohldmann, Lisa L. Cook, Matthew T. Hickenbotham, James Eldred, Donald Williams, Joseph A. Bedell, Elaine R. Mardis, Sandra W. Clifton, Stephanie L. Chissoe, Marco A. Marra, Christopher Raymond, Eric Haugen, Will Gillett, Yang Zhou, Rose James, Karen Phelps, Shawn Iadanoto, Kerry Bubb, Elizabeth Simms, Ruth Levy, James Clendenning, Rajinder Kaul, W. James Kent, Terrence S. Furey, Robert A. Baertsch, Michael R. Brent, Evan Keibler, Paul Flicek, Peer Borkk, Mikita Suyamak, Jeffrey A. Bailey, Matthew E. Portnoy, David Torrentsk, Asif T. Chinwalla, Warren R. Gish, Sean R. Eddy, John D. McPherson, Maynard V. Olson, Evan E. Eichler, Eric D. Green, Robert H. Waterston, Richard K. Wilson

Nature 424 ( 6945 ) 157 - 164 2003年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature01782
The DNA sequence of human chromosome 7. 国際誌

Ladeana W Hillier, Robert S Fulton, Lucinda A Fulton, Tina A Graves, Kymberlie H Pepin, Caryn Wagner-McPherson, Dan Layman, Jason Maas, Sara Jaeger, Rebecca Walker, Kristine Wylie, Mandeep Sekhon, Michael C Becker, Michelle D O'Laughlin, Mark E Schaller, Ginger A Fewell, Kimberly D Delehaunty, Tracie L Miner, William E Nash, Matt Cordes, Hui Du, Hui Sun, Jennifer Edwards, Holland Bradshaw-Cordum, Johar Ali, Stephanie Andrews, Amber Isak, Andrew Vanbrunt, Christine Nguyen, Feiyu Du, Betty Lamar, Laura Courtney, Joelle Kalicki, Philip Ozersky, Lauren Bielicki, Kelsi Scott, Andrea Holmes, Richard Harkins, Anthony Harris, Cynthia Madsen Strong, Shunfang Hou, Chad Tomlinson, Sara Dauphin-Kohlberg, Amy Kozlowicz-Reilly, Shawn Leonard, Theresa Rohlfing, Susan M Rock, Aye-Mon Tin-Wollam, Amanda Abbott, Patrick Minx, Rachel Maupin, Catrina Strowmatt, Phil Latreille, Nancy Miller, Doug Johnson, Jennifer Murray, Jeffrey P Woessner, Michael C Wendl, Shiaw-Pyng Yang, Brian R Schultz, John W Wallis, John Spieth, Tamberlyn A Bieri, Joanne O Nelson, Nicolas Berkowicz, Patricia E Wohldmann, Lisa L Cook, Matthew T Hickenbotham, James Eldred, Donald Williams, Joseph A Bedell, Elaine R Mardis, Sandra W Clifton, Stephanie L Chissoe, Marco A Marra, Christopher Raymond, Eric Haugen, Will Gillett, Yang Zhou, Rose James, Karen Phelps, Shawn Iadanoto, Kerry Bubb, Elizabeth Simms, Ruth Levy, James Clendenning, Rajinder Kaul, W James Kent, Terrence S Furey, Robert A Baertsch, Michael R Brent, Evan Keibler, Paul Flicek, Peer Bork, Mikita Suyama, Jeffrey A Bailey, Matthew E Portnoy, David Torrents, Asif T Chinwalla, Warren R Gish, Sean R Eddy, John D McPherson, Maynard V Olson, Evan E Eichler, Eric D Green, Robert H Waterston, Richard K Wilson

Nature 424 ( 6945 ) 157 - 64 2003年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
DomCut Prediction of inter-domain linker regions in amino acid sequences 査読

Mikita Suyama, Osamu Ohara

Bioinformatics 19 ( 5 ) 673 - 674 2003年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/btg031
DomCut: prediction of inter-domain linker regions in amino acid sequences. 国際誌

Mikita Suyama, Osamu Ohara

Bioinformatics (Oxford, England) 19 ( 5 ) 673 - 4 2003年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
The human genome Genes, pseudogenes, and variation on chromosome 7 査読

R. H. Waterston, L. W. Hillier, L. A. Fulton, R. S. Fulton, T. A. Graves, K. H. Pepin, P. Bork, M. Suyama, D. Torrents, A. T. Chinwalla, E. R. Mardis, J. D. McPherson, R. K. Wilson

Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology 68 13 - 22 2003年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1101/sqb.2003.68.13
Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome 査読

Nature 420 ( 6915 ) 520 - 562 2002年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/nature01262
Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome. 国際誌

Nature 420 ( 6915 ) 520 - 62 2002年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Comparative genome and proteome analysis of Anopheles gambiae and Drosophila melanogaster 査読

Evgeny M. Zdobnov, Christian Von Mering, Ivica Letunic, David Torrents, Mikita Suyama, Richard R. Copley, George K. Christophides, Dana Thomasova, Robert A. Holt, G. Mani Subramanian, Hans Michael Mueller, George Dimopoulos, John H. Law, Michael A. Wells, Ewan Birney, Rosane Charlab, Aaron L. Halpern, Elena Kokoza, Cheryl L. Kraft, Zhongwu Lai, Suzanna Lewis, Christos Louis, Carolina Barillas-Mury, Deborah Nusskern, Gerald M. Rubin, Steven L. Salzberg, Granger G. Sutton, Pantelis Topalis, Ron Wides, Patrick Wincker, Mark Yandell, Frank H. Collins, Jose Ribeiro, William M. Gelbart, Fotis C. Kafatos, Peer Bork

Science 298 ( 5591 ) 149 - 159 2002年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1126/science.1077061
Comparative genome and proteome analysis of Anopheles gambiae and Drosophila melanogaster. 国際誌

Evgeny M Zdobnov, Christian von Mering, Ivica Letunic, David Torrents, Mikita Suyama, Richard R Copley, George K Christophides, Dana Thomasova, Robert A Holt, G Mani Subramanian, Hans-Michael Mueller, George Dimopoulos, John H Law, Michael A Wells, Ewan Birney, Rosane Charlab, Aaron L Halpern, Elena Kokoza, Cheryl L Kraft, Zhongwu Lai, Suzanna Lewis, Christos Louis, Carolina Barillas-Mury, Deborah Nusskern, Gerald M Rubin, Steven L Salzberg, Granger G Sutton, Pantelis Topalis, Ron Wides, Patrick Wincker, Mark Yandell, Frank H Collins, Jose Ribeiro, William M Gelbart, Fotis C Kafatos, Peer Bork

Science (New York, N.Y.) 298 ( 5591 ) 149 - 59 2002年10月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Site-directed removal of N-glycosylation sites in BST-1/CD157 Effects on molecular and functional heterogeneity 査読

S. Yamamoto-Katayama, A. Sato, M. Ariyoshi, M. Suyama, K. Ishihara, T. Hirano, H. Nakamura, K. Morikawa, H. Jingami

Biochemical Journal 357 ( 2 ) 385 - 392 2001年7月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1042/0264-6021:3570385
Evolution of prokaryotic gene order Genome rearrangements in closely related species 査読

Mikita Suyama, Peer Bork

Trends in Genetics 17 ( 1 ) 10 - 13 2001年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/S0168-9525(00)02159-4
TAP (NXF1) belongs to a multigene family of putative RNA export factors with a conserved modular architecture 査読

A. Herold, M. Suyama, J. P. Rodrigues, I. C. Braun, U. Kutay, M. Carmo-Fonseca, P. Bork, E. Izaurralde

Molecular and cellular biology 20 ( 23 ) 8996 - 9008 2000年12月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1128/MCB.20.23.8996-9008.2000
Re-annotating the Mycoplasma pneumoniae genome sequence Adding value, function and reading frames 査読

Nucleic acids research 28 ( 17 ) 3278 - 3288 2000年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
HUGE A database for human large proteins identified in the Kazusa cDNA sequencing project 査読

Reiko Kikuno, Takahiro Nagase, Mikita Suyama, Mina Waki, Makoto Hirosawa, Osamu Ohara

Nucleic acids research 28 ( 1 ) 331 - 332 2000年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Prediction of structural domains of TAP reveals details of its interaction with p15 and nucleoporins 査読

Mikita Suyama, Tobias Doerks, Isabelle C. Braun, Michael Sattler, Elisa Izaurralde, Peer Bork

EMBO Reports 1 ( 1 ) 53 - 58 2000年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/embo-reports/kvd009
HUGE A database for human large proteins identified by Kazusa cDNA sequencing project 査読

Mikita Suyama, Takahiro Nagase, Osamu Ohara

Nucleic acids research 27 ( 1 ) 338 - 339 1999年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/nar/27.1.338
Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro 査読

Takahiro Nagase, Ken Ichi Ishikawa, Mikita Suyama, Reiko Kikuno, Makoto Hirosawa, Nobuyuki Miyajima, Ayako Tanaka, Hirokazu Kotani, Nobuo Nomura, Osamu Ohara

DNA Research 6 ( 1 ) 63 - 70 1999年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/6.1.63
Purification and some properties of an extracellular oligo-1,6-glucosidase from Bacillus stearothermophilus SA0301 査読国際誌

Tonozuka T, Sato K, Sakaguchi M, Suyama M, Sekine K, Sakano Y

Journal of Applied Glycoscience 45 1998年6月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
A method for comparing circular genomes from gene locations Application to mitochondrial genomes 査読

Katsuhisa Horimoto, Mikita Suyama, Hiroyuki Toh, Kentaro Mori, Jinya Otsuka

Bioinformatics 14 ( 9 ) 789 - 802 1998年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/14.9.789
Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro 査読

Takahiro Nagase, Ken Ichi Ishikawa, Mikita Suyama, Reiko Kikuno, Nobuyuki Miyajima, Ayako Tanaka, Hirokazu Kotani, Nobuo Nomura, Osamu Ohara

DNA Research 5 ( 5 ) 277 - 286 1998年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/5.5.277
Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. X. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which can code for large proteins in vitro 査読

Ken Ichi Ishikawa, Takahiro Nagase, Mikita Suyama, Nobuyuki Miyajima, Ayako Tanaka, Hirokazu Kotani, Nobuo Nomura, Osamu Ohara

DNA Research 5 ( 3 ) 169 - 176 1998年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/5.3.169
Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro 査読

Takahiro Nagase, Ken Ichi Ishikawa, Mikita Suyama, Reiko Kikuno, Makoto Hirosawa, Nobuyuki Miyajima, Ayako Tanaka, Hirokazu Kotani, Nobuo Nomura, Osamu Ohara

DNA Research 5 ( 6 ) 355 - 364 1998年1月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/dnares/5.6.355
Comparison of protein structures using 3D profile alignment 査読

Mikita Suyama, Yo Matsuo, Ken Nishikawa

Journal of Molecular Evolution 44 ( SUPPL. 1 ) S163 - S173 1997年3月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/PL00000065
Searching for common sequence patterns among distantly related proteins 査読

Mikita Suyama, Takaaki Nishioka, Jun'ichi Oda

Protein Engineering, Design and Selection 8 ( 11 ) 1075 - 1080 1995年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/protein/8.11.1075
Searching for amino acid sequence motifs among enzymes The enzyme-reaction database 査読

Mikita Suyama, Atsushi Ogiwara, Takaaki Nishioka, Jun'ichi Oda

Bioinformatics 9 ( 1 ) 9 - 15 1993年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/bioinformatics/9.1.9

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書籍等出版物

よくわかるバイオインフォマティクス入門（藤博幸編）　第６章「ゲノム解析」

須山幹太（担当：共著）

講談社 2018年12月

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担当ページ：pp.83-96. 記述言語：日本語著書種別：学術書
再生医療・細胞治療のための細胞加工物評価技術（監修：佐藤陽治）　「次世代シーケンシングによる細胞のゲノム安定性評価」

斉藤大助，須山幹太，小原收（担当：共著）

シーエムシー出版 2016年7月

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担当ページ：pp.86-97. 記述言語：日本語著書種別：学術書

講演・口頭発表等

Detection and interpretation of regulatory mutations 国際会議

Mikita Suyama

International Symposium on Frontiers in Bioinformatics 2016年6月

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開催年月日： 2016年6月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：ドイツ連邦共和国
Exome sequencing 招待国際会議

Mikita Suyama

Computational Biology: Genomes to Systems (EMBO Practical Course) 2016年6月

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開催年月日： 2016年6月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：ドイツ連邦共和国
ラットゲノム解析のためのターゲットキャプチャキットの開発とその応用招待

須山幹太

第9回ラットリソースリサーチ研究会 2016年1月

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開催年月日： 2016年1月

記述言語：日本語

開催地：京都国名：日本国
ChromContact: A Web Tool for Analyzing Spatial Contact of Chromosomes from Hi-C data 国際会議

T. Sato, M. Suyama

Annual Meeting of International Human Epigenome Consortium (IHEC) 2015 2015年11月

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開催年月日： 2015年11月

記述言語：英語

国名：日本国
Linkage analysis of Heterogeneity in methylation status of adjacent CpG sites 国際会議

Daisuke Saito, Mikita Suyama

Annual Meeting of International Human Epigenome Consortium (IHEC) 2015 2015年11月

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開催年月日： 2015年11月

記述言語：英語

国名：日本国
Linkage disequilibrium analysis of allelic heterogeneity in DNA methylation 国際会議

Daisuke Saito, Mikita Suyama

The 25th Hot Spring Harbor International Symposium 2015年11月

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開催年月日： 2015年11月

記述言語：英語

国名：日本国
Understanding genomic features from their structural aspects 招待国際会議

Mikita Suyama

The 25th Hot Spring Harbor International Symposium 2015年11月

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開催年月日： 2015年11月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：日本国
クロマチンの構造とがん招待

須山幹太

第７４回日本癌学会学術総会 2015年10月

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開催年月日： 2015年10月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：名古屋国名：日本国
ラット拡張エクソーム解析の為のプローブデザイン

吉原美奈子, 小原收, 庫本高志, 須山幹太

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
RNA-seqデータを利用したヒストン修飾領域同定法

佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太

CREST「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」研究領域・第３回領域会議 2014年1月

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記述言語：日本語

開催地：福岡国名：日本国
ピーク検出プログラムのロバスト性を評価する方法

佐藤哲也, 須山幹太

第8回日本エピジェネティクス研究年会 2014年5月

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記述言語：日本語

開催地：東京国名：日本国
8-オキソグアニンのゲノムワイドな分布の解析から明らかになったその核内空間配置との関連

吉原　美奈子, 将麗, 赤塚　慎也, 豊國　伸哉, 須山幹太

第37回日本分子生物学会年会 2014年11月

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記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
ChIP-seqデータ解析で用いられるピーク検出プログラムのロバスト性評価法

佐藤哲也, 須山幹太

第37回日本分子生物学会年会 2013年12月

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記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
Genome-wide profiling of 8-oxoguanine reveals its association with spatial positioning in nucleus. 国際会議

M. Yoshihara, L. Jiang, S. Akatsuka, S. Toyokuni, M. Suyama

The 4D Nucleome 2014 2014年12月

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記述言語：英語

国名：日本国
環境DNAから多種多様な生物種を同定する新規手法

佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太

日本生態学会第62回全国大会 2015年3月

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記述言語：日本語

開催地：鹿児島国名：日本国
Hi-Cデータ検索サーバ「ChromContact」の開発

佐藤哲也, 須山幹太

第9回日本エピジェネティクス研究会年会 2015年5月

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記述言語：日本語

国名：日本国
隣接CpGサイトの連鎖に注目したメチル化状態不均質性の解析

斉藤大助, 須山幹太

第9回日本エピジェネティクス研究会年会 2015年5月

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記述言語：日本語

開催地：東京国名：日本国
Hi-Cデータ検索サーバ「ChromContact」の利用

佐藤　哲也, 須山幹太

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
ハイブリッド系統マウスのHi-Cデータに基づく相同染色体の核内配置の解析

伊波大志, 須山幹太

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
個人ゲノムおよびトランスクリプトームデータを用いたアレル特異的転写の解析

戌亥海, 須山幹太

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
ERRFI1遺伝子のエンハンサークラスターに存在する一塩基多型と乾癬の発症リスク

久保田直人，須山幹太

第41回日本分子生物学会年会 2018年7月

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開催年月日： 2019年11月 - 2018年11月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
ショウジョウバエの複眼形成におけるyki mRNAの多段階制御の分子メカニズムと生物学的意義の解明

梅河内隆成，越田大夢，山田百子，臼井一馬，佐藤哲也，須山幹太，伊藤恵美，大川恭行，山口政光，ヘンリークラウス，吉田英樹

第39回日本分子生物学会年会 2019年7月

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開催年月日： 2019年7月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
Cluster analysis of chromatin state profiles in differentiating human trophoblast cells. 国際会議

Daisuke Saito, Tetsuya Sato, Hidehiro Toh, Hiroaki Okae, Takahiro Arima, Hiroyuki Sasaki, Mikita Suyama

International Symposium on Epigenome 2019 2019年2月

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開催年月日： 2019年2月

記述言語：英語

国名：日本国
Understanding gene regulation using chromosome conformation and epigenome data. 国際会議

Mikita Suyama

2019年1月

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開催年月日： 2019年1月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：日本国
多次元の指標を用いた腫瘍内不均一性と予後との関連解析

菊竹智恵，須山幹太

第41回日本分子生物学会年会 2018年11月

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開催年月日： 2018年11月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
個人ゲノムデータ及びトランスクリプトームデータを用いたエクソン活性化の網羅的探索

坂口愛美，須山幹太

第41回日本分子生物学会年会 2018年11月

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開催年月日： 2018年11月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
一細胞トランスクリプトーム解析による胎仔型ライディッヒ前駆細胞の探索

井上実紀，馬場崇，齋藤大助，大川恭行，須山幹太，諸橋憲一郎

第41回日本分子生物学会年会 2018年11月

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開催年月日： 2018年11月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
ゲノムデータに基づく近交系ラット２５系統の系統関係の解析

金賢正，吉原美奈子，須山幹太

第41回日本分子生物学会年会 2018年11月

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開催年月日： 2018年11月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
Understanding gene regulation using chromosome conformation and epigenomic data. 国際会議

Naoto Kubota, Tetsuya Sato, Mikita Suyama

2018年10月

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開催年月日： 2018年10月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：日本国
Pan-cancer analysis of intratumor heterogeneity associated with patient prognosis using multidimensional measures. 国際会議

Chie Kikutake, Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Mikita Suyama

2018年10月

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開催年月日： 2018年10月

記述言語：英語

国名：日本国
腫瘍内不均一性が予後に及ぼす影響

菊竹智恵，須山幹太

第77回日本癌学会学術総会 2018年9月

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開催年月日： 2018年9月

記述言語：日本語

開催地：大阪国名：日本国
Pan-cancer analysis of intratumor heterogeneity associated with prognosis of patients. 国際会議

Chie Kikutake, Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Mikita Suyama

2018年8月

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開催年月日： 2018年8月

記述言語：英語

国名：アメリカ合衆国
Exploring molecular basis of phenotype-genotype links using chromosome conformation data. 国際会議

Mikita Suyama

2018年5月

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開催年月日： 2018年5月 - 2018年6月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：スウェーデン王国
ラットゲノム解析ツール招待

須山幹太

2017年度遺伝研研究会「マウスとラットで拓く新しい比較実験動物学」 2017年12月

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開催年月日： 2017年12月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：三島国名：日本国
Phylogenetic analysis of 25 inbred rat strains

2017年12月

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開催年月日： 2017年12月

記述言語：英語

国名：日本国
foxL3制御から見えた，生殖細胞の性決定機構について国際会議

菊池真理子，津田弥与，齋藤大助，重信秀治，須山幹太，西村俊哉，田中実

ConBio2017 生命科学系学会合同年次大会 2017年12月

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開催年月日： 2017年12月

記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
痙直型脳性麻痺発症に関与するDMRT3遺伝子エンハンサーの同定

久保田直人，横山俊史，星信彦，須山幹太

ConBio2017 生命科学系学会合同年次大会 2017年12月

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開催年月日： 2017年12月

記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
クロマチンリモデリングの異常によって発症するASDの分子病態

片山雄太，西山正章，昌子浩孝，大川恭行，川村淳生，佐藤哲也，須山幹太，内匠透，宮川剛，中山敬一

ConBio2017 生命科学系学会合同年次大会 2017年12月

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開催年月日： 2017年12月

記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
乳がんにおけるHMCN1変異の腫瘍内不均一性の解析

菊竹智恵，須山幹太

ConBio2017 生命科学系学会合同年次大会 2017年12月

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開催年月日： 2017年12月

記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
新規エンクソン獲得の網羅的探索

坂口愛美，須山幹太

ConBio2017 生命科学系学会合同年次大会 2017年12月

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開催年月日： 2017年12月

記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
外生殖器を用いた組織特異的性差エンハンサーのin vivo評価系の確立

松下祥子，鈴木堅太郎，佐藤哲也，日野信次朗，梶岡大暉，Alvin Acebedo，中尾光喜，須山幹太，山田源

ConBio2017 生命科学系学会合同年次大会 2017年12月

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開催年月日： 2017年12月

記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
Identification of DMRT3 gene enhancer involved in the pathogenesis of spastic cerebral palsy 国際会議

Naoto Kubota, Mikita Suyama

The 27th Hot Spring Harbor International Symposium 2017: Frontiers in Stem Cell Research and Reprogramming 2017年10月

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開催年月日： 2017年10月 - 2017年11月

記述言語：英語

国名：日本国
Cluster analysis using chromatin state profiles in trophoblast cell lineage 国際会議

Mikita Suyama

Annual Meeting of International Human Epigenome Consortium 2017年10月

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開催年月日： 2017年10月

記述言語：英語

国名：ドイツ連邦共和国
Understanding gene regulation by using high-resolution Hi-C data 招待

Mikita Suyama

2017年9月

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開催年月日： 2017年9月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：日本国
Design and application of a target capture sequencing of exons and conserved non-coding sequences for the rat 国際会議

Minako Yoshihara, Osamu Ohara, Takashi Kuramoto, Mikita Suyama

15th Annual Meeting of the Complex Trait Community in collaboration with the 10th Annual Meeting of Rat Genomics and Models 2017年6月

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開催年月日： 2017年6月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：アメリカ合衆国
ChromContactウェブサーバによる高解像度Hi-Cデータの活用招待

須山幹太

第11回日本エピジェネティクス研究会年会 2017年5月

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開催年月日： 2017年5月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：東京国名：日本国
拡張エクソーム解析による制御配列変異の検出招待

須山幹太

国立成育医療研究センター　特別セミナー 2017年3月

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開催年月日： 2017年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：東京国名：日本国
Hi-Cデータを活用した遺伝子発現制御の理解招待

須山幹太

よこはまNMR研究会第56回ワークショップ「ヌクレオームとビッグデータ」 2017年3月

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開催年月日： 2017年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：横浜国名：日本国
Role of Ad4BP/SF-1 in regulating NADPH production in Y-1 cells

2016年11月

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開催年月日： 2016年11月 - 2016年12月

記述言語：日本語

国名：日本国
発生期におけるクロマチンリモデリング異常は自閉症の原因となる

片山雄太，西山正章，昌子浩孝，大川恭行，川村敦生，佐藤哲也，須山幹太，内匠透，宮川剛，中山敬一

第39回日本分子生物学会年会 2016年11月

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開催年月日： 2016年11月 - 2016年12月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
核内受容体Ad4BP/SF-1によるステロイドホルモン産生の全制御

馬場崇，大竹博之，井上実紀，佐藤哲也，石原康宏，宮林香奈子，嶋雄一，山崎岳，須山幹太，Choi Man-Ho，大川恭行，諸橋憲一郎

第39回日本分子生物学会年会 2016年11月

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開催年月日： 2016年11月 - 2016年12月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
個人ゲノムおよびトランスクリプトームデータを用いたナンセンス変異依存mRNA分解機構（NMD）の解析

戌亥海，須山幹太

第39回日本分子生物学会年会 2016年11月

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開催年月日： 2016年11月 - 2016年12月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
Hi-Cデータに基づく相同染色体の核内空間配置の解析

伊波大志，斉藤大助，吉原美奈子，佐藤哲也，須山幹太

第39回日本分子生物学会年会 2016年11月

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開催年月日： 2016年11月 - 2016年12月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
生殖細胞の性決定機構〜FOXL3制御因子の探索〜

菊地真理子，西村俊哉，斉藤大助，須山幹太，重信秀治，田中実

第39回日本分子生物学会年会 2016年11月

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開催年月日： 2016年11月 - 2016年12月

記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
Using Hi-C data to understand gene regulation 招待

2016年11月

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開催年月日： 2016年11月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：日本国
Analysis of nonsense-mediated mRNA decay (NMD) using genomic and transcriptomic data 国際会議

Kai Inui, Mikita Suyama

The Annual Meeting of Am. Soc. Hum. Genet. 2016 2016年10月

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開催年月日： 2016年10月

記述言語：英語

国名：カナダ
ゲノムの構造的あるいは遺伝的なゆらぎと機能

須山幹太

実験，理論，データ科学の融合による遺伝分子動態の理解へ向けて 2016年9月

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開催年月日： 2016年9月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：名古屋国名：日本国
Subcellular localization of yki mRNAs is regulated by stem-loop in the 3'UTR 国際会議

Takanari Umegawachi, Hiromu Koshida, Momoko Yamada, Kazuma Usui, Tetsuya Sato, Megumi Ito, Yasuyuki Ohkawa, Mikita Suyama, Masamitsu Yamaguchi, Henry Krause, Hideki Yoshida

RNA 2016 2016年6月

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開催年月日： 2016年6月 - 2016年7月

記述言語：英語

国名：日本国
Analysis of nonsense-mediated mRNA decay (NMD) using genomic and transcriptomic data 国際会議

Kai Inui, Mikita Suyama

RNA 2016 2016年6月

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開催年月日： 2016年6月 - 2016年7月

記述言語：英語

国名：日本国
胎仔ライディッヒ細胞の分化と代謝

井上実紀, 嶋雄一, 宮林香奈子, 佐藤哲也, 馬場崇, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎

第２３回日本ステロイドホルモン学会学術集会 2016年1月

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開催年月日： 2016年1月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：倉敷国名：日本国
Characterization of transcript variants expressed in Alzheimer's disease brain with human transcriptome array and deep RNA sequencing analyses: The Hisayama Study 国際会議

Nona Abolhassani, Masaaki Hokama, Daisuke Saitou, Mikita Suyama, Toru Iwaki, Yutaka Kiyohara, Yusaku Nakabeppu

2nd Zing Neurodegeneration Conference 2015年12月

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開催年月日： 2015年12月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：メキシコ合衆国
Integrative analysis of reference epigenomes for endometrium 国際会議

J. Tomikawa, A. Masuda, N. Katoh, H. Okae, T. Sato, H. Toh, M. Suyama, T. Arima, H. Sasaki, K. Kato, S. Takeda, K. Nakabayashi, K. Hata

Annual Meeting of International Human Epigenome Consortium (IHEC) 2015 2015年11月

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開催年月日： 2015年11月

記述言語：英語

国名：日本国
Software updates in the Illumina HiSeq platform affect whole-genome bisulfite sequencing 国際会議

Hidehiro Toh, Kenjiro Shirane, Fumihito Miura, Naoki Kubo, Kenji Ichiyanagi, Mikita Suyama, Takashi Ito, Hiroyuki Sasaki

Annual Meeting of International Human Epigenome Consortium (IHEC) 2015 2015年11月

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開催年月日： 2015年11月

記述言語：英語

国名：日本国
Integrative analysis obtained from three different approaches demonstrates insulin signaling impairment associated with AEBP1 up-regulation in AD brains; The Hisayama Study 国際会議

Nona Abolhassani, Masaaki Hokama, Daisuke Saitou, Masahiro Shijo, Hideomi Hamasaki, Mikita Suyama, Toru Iwaki, Yutaka Kiyohara, Yusaku Nakabeppu

The 25th Hot Spring Harbor International Symposium 2015年11月

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開催年月日： 2015年11月

記述言語：英語

国名：日本国
Characterization of transcript variants expressed in Alzheimer's disease brains with human transcriptome array and deep RNA sequencing analyses: The Hisayama Study

Nona Abolhassani, Masaaki Hokama, Daisuke Saitou, Mikita Suyama, Toru Iwaki, Yutaka Kiyohara, Yusaku Nakabeppu

The 38th Annual Meeting of the Japan Neuroscience Society 2015年7月

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開催年月日： 2015年7月

記述言語：英語会議種別：口頭発表（一般）

国名：日本国
遺伝子発現情報を利用したヒストン修飾領域同定法

佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太

第７回日本エピジェネティクス研究会年会 2013年5月

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開催年月日： 2013年5月

記述言語：日本語

開催地：奈良県新公会堂国名：日本国
ショウジョウバエ転写因子DREFを中心とした転写制御ネットワーク：DREFの標的としてのHippo経路関連遺伝子の同定

藤原俊介, 堀井健志, 平塚賢, 大川恭行, 佐藤哲也, 須山幹太, 吉田英樹, 山口政光

第35回日本分子生物学会年会 2012年12月

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開催年月日： 2012年12月

記述言語：日本語

開催地：福岡国名：日本国
機能的な転写因子結合領域の特徴

佐藤哲也, 須山幹太

第35回日本分子生物学会年会 2012年12月

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開催年月日： 2012年12月

記述言語：日本語

開催地：福岡国名：日本国
組織特異的転写因子Ad4BP/SF-1による解糖系遺伝子群の転写を介したグルコース代謝制御

馬場崇, 大竹博之, 佐藤哲也, 宮林香奈子, 宍戸祐里菜, 嶋雄一, 木村宏, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎

第35回日本分子生物学会年会 2012年12月

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開催年月日： 2012年12月

記述言語：日本語会議種別：シンポジウム・ワークショップパネル（公募）

開催地：福岡国名：日本国
成獣ライディッヒ細胞における新規Ad4BP/SF-1標的遺伝子の同定

大竹博之, 馬場崇, 佐藤哲也, 嶋雄一, 宮林香奈子, 木村宏, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎

第35回日本分子生物学会年会 2012年12月

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開催年月日： 2012年12月

記述言語：日本語

開催地：福岡国名：日本国
mRNA新規小胞体標的化機構の分子メカニズムの解明

梅河内隆成, 臼井一馬, 佐藤哲也, 須山幹太, 大川恭行, 山口政光, 吉田英樹

第35回日本分子生物学会年会 2012年12月

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開催年月日： 2012年12月

記述言語：日本語

開催地：福岡国名：日本国
ショウジョウバエヒストンメチル基転移酵素dG9aは複眼形態形成過程においてEGFR経路の制御に関与する

嶋路耕平, 小西貴大, 田中伸太朗, 木村宏, 大川恭行, 佐藤哲也, 須山幹太, 吉田英樹, 山口政光

第35回日本分子生物学会年会 2012年12月

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開催年月日： 2012年12月

記述言語：日本語

開催地：福岡国名：日本国
Deviation from co-transcriptional splicing in the regions involved in alternative splicing.

2012年12月

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開催年月日： 2012年12月

記述言語：日本語

国名：日本国
Difference in splicing mechanisms between alternative and constitutive exons

Computational Biology Research Center Workshop 2012 2012年10月

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開催年月日： 2012年10月 - 2012年11月

記述言語：日本語会議種別：シンポジウム・ワークショップパネル（公募）

国名：日本国
Mechanistic analysis of transcription by using RNA-seq data. 国際会議

Mikita Suyama

Frontiers in Bioinformatics 2012年10月

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開催年月日： 2012年10月

記述言語：英語会議種別：シンポジウム・ワークショップパネル（公募）

国名：スペイン
比較ゲノム解析・ChIP-seq解析によるモチーフ同定の実際招待

須山幹太

JSBi・第３回アグリバイオインフォマティクス研究会「モチーフ解析の最前線 2012年10月

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開催年月日： 2012年10月

記述言語：日本語会議種別：シンポジウム・ワークショップパネル（公募）

開催地：東京国名：日本国
次世代シーケンサーデータを用いた転写のリードスルーの解析

岩田浩明, 佐藤哲也, 須山幹太

日本遺伝学会第84回大会 2012年9月

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開催年月日： 2012年9月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：福岡国名：日本国
ChIP-Seqデータを用いた核内受容体共役因子の探索

佐藤哲也，須山幹太

第34回日本分子生物学会年会 2011年12月

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開催年月日： 2011年12月

国名：日本国
RNA-Seq解析による胎仔型および成獣型ライディッヒ細胞特異的発現マーカー遺伝子の検索

宮林香奈子，嶋雄一，馬場崇，大竹博之，佐藤哲也，大川恭行，須山幹太，諸橋憲一郎

第34回日本分子生物学会年会 2011年12月

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開催年月日： 2011年12月

開催地：パシフィコ横浜国名：日本国
ChIP-Seq法によるAd4BP/SF-1の標的遺伝子の同定

馬場崇，大竹博之，宮林香奈子，嶋雄一，佐藤哲也，木村宏，大川恭行，須山幹太，諸橋憲一郎

第34回日本分子生物学会年会 2011年12月

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開催年月日： 2011年12月

開催地：パシフィコ横浜国名：日本国
Identification of cis-regulatory elements by using genome alignment and high-throughput data. 招待国際会議

Mikita Suyama

The 4th Global COE International Symposium 2009 joint with the 19th Hot Spring Harbor Symposium "Molecular Evolution and Bioinformatics" 2009年11月

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開催年月日： 2009年11月

会議種別：口頭発表（一般）

国名：日本国
遺伝子発現情報を利用したヒストン修飾領域同定法

須山幹太, 佐藤哲也, 大川恭行

第７回日本エピジェネティクス研究会年会 2013年5月

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記述言語：日本語

開催地：奈良国名：日本国
ゲノム情報解析にもとづく性差構築機構の解明

須山幹太

新学術領域研究「性差構築の分子基盤」第５回領域会議 2013年9月

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記述言語：日本語

開催地：佐賀国名：日本国
Ad4BP/SF-1レギュロンによる統括的なステロイドホルモン産生制御

馬場崇, 大竹博之, 宮林香奈子, 宍戸祐里菜, 嶋雄一, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎

第２１回日本ステロイドホルモン学会学術集会 2013年11月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

国名：日本国
成獣ライディッヒ細胞における新規Ad4BP/SF-1標的遺伝子の同定

大竹博之, 馬場崇, 佐藤哲也, 嶋雄一, 宮林香奈子, 木村宏, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎

第２１回日本ステロイドホルモン学会学術集会 2013年11月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：大阪国名：日本国
好塩基球・好酸球におけるSLPIの制御機構の解明

松葉慎太郎, 和田俊樹, 武田和也, 佐藤哲也, 須山幹太, 高井俊行, 中村晃

第６３回日本アレルギー学会秋季学術大会 2013年11月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：東京国名：日本国
好塩基球・好酸球におけるSLPIの制御機構の解明

松葉慎太郎, 和田俊樹, 武田和也, 佐藤哲也, 須山幹太, 高井俊行, 中村晃

第６３回日本アレルギー学会秋季学術大会 2013年11月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：東京国名：日本国
ショウジョウバエ血球細胞の腫瘍化をおこすmxc突然変異の原因遺伝子産物の標的遺伝子群同定と転写制御

粟根理恵, 佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太, 井上喜博

第３６回日本分子生物学会年会 2013年12月

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記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
RNA-seqデータを利用したヒストン修飾領域同定法

佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太

第３６回日本分子生物学会年会 2013年12月

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記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
Ad4BP/SF-1レギュロンによる統括的な細胞内代謝制御

馬場崇, 大竹博之, 佐藤哲也, 宮林香奈子, 嶋雄一, 八木美佳子, 康東天, 須山幹太

第３６回日本分子生物学会年会 2013年12月

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記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
Cbx2/M33ノックアウトマウス成長期における長管骨形成異常

福井由宇子, 馬場崇, 大竹博之, 佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎, 深見真紀

第３６回日本分子生物学会年会 2013年12月

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記述言語：日本語

開催地：神戸国名：日本国
胎仔型ライディッヒ細胞における遺伝子発現プロファイルの経時的変化

宮林香奈子, 嶋雄一, 佐藤哲也, 馬場崇, 大竹博之, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎

第17回日本生殖内分泌学会学術集会 2013年12月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：東京国名：日本国
A pitfall in whole-genome bisulfite sequencing using Illumina HiSeq. 国際会議

H. Toh, K. Shirane, F. Miura, N. Kubo, K. Ichiyanagi, M. Suyama, T. Ito, H. Sasaki

IHEC Annual Meeting 2014年10月

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記述言語：英語

国名：カナダ
Role of histone methyltransferase dG9a during Drosophila embryogenesis - genome-wide identification of target genes

2014年11月

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記述言語：日本語

国名：日本国
ショウジョウバエのがん抑制遺伝子であるmxc遺伝子産物の標的遺伝子群同定と転写制御

粟根理恵, 尾関智彦, 佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太, 井上喜博

第37回日本分子生物学会年会 2014年11月

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記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
A genome-wide screen for mRNAs targeting the ER in SRP-independent manner, and analysis on subcellular localization of yki mRNA

2014年11月

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記述言語：日本語

国名：日本国
セルトリ細胞における性染色体構成に依存した遺伝子発現制御機構の解明

宍戸祐里菜, 馬場崇, 大竹博之, 佐藤哲也, 宮林香奈子, 嶋雄一, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎

第37回日本分子生物学会年会 2014年11月

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記述言語：日本語

開催地：横浜国名：日本国
ICF症候群の新規原因候補遺伝子の同定

伊藤雄哉, 新田洋久, 鵜木元香, Velasco Guillaume, Francastel Claire, E. Thijssen Peter, M. van der Maarel Silvere, 久保田健夫, 須山幹太, 佐々木裕之

第9回日本エピジェネティクス研究会年会 2015年5月

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記述言語：日本語

開催地：東京国名：日本国
新生仔マウスの精原幹細胞の形成と分化における全ゲノムDNAメチル化およびトランスクリプトーム解析

久保直樹, 藤英博, 白根健次郎, 白川峰征, 小林久人, 佐藤哲也, 曾根秀利, 佐藤康人, 富澤信一, 鶴崎美徳, 柴田弘紀, 才津浩智, 鈴木穣, 松本直通, 須山幹太, 河野友宏, 大保和之, 佐々木裕之

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
ショウジョウバエヒストンメチル基転移酵素G9aの機能解析

嶋路耕平, 小西貴大, 田中伸太朗, 吉田英樹, 加藤容子, 大川恭行, 佐藤哲也, 須山幹太, 木村宏, 山口政光

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
Investigation of molecular mechanism of yki mRNA targeted to the endoplasmic reticulum in SRP-independent pathway

2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
胎仔精巣におけるライディッヒ前駆細胞の単離とその分化誘導系の確立

井上実紀, 嶋雄一, 宮林香奈子, 佐藤哲也, 馬場崇, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
Functional analysis of Sortilin in plasmacytoid dendritic cells

2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
セルトリ細胞における性染色体構成に起因したクロマチン構造変化とその影響評価

宍戸祐里菜, 馬場崇, 佐藤哲也, 宮林香奈子, 嶋雄一, 大川恭行, 金井克晃, 須山幹太, 諸橋憲一郎

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
イルミナHiSeqにおけるソフトウェアのアップデートが全ゲノムバイサルファイトシークエンシングに及ぼす影響

藤英博, 白根健次郎, 三浦史仁, 久保直樹, 一柳健司, 須山幹太, 伊藤隆司, 佐々木裕之

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
原発性免疫不全症"ICF症候群"の原因遺伝子ZBTB24とCDCA7の機能解析

伊藤雄哉, 新田洋久, 鵜木元香, 大石裕晃, Peter E. Thijssen, Guillaume Velasco, 吉原美奈子, 須山幹太, Claire Francastel, Silvere M. Van Der Maarel, 佐々木裕之

BMB2015(第38回日本分子生物学会年会第88回日本生化学会大会合同大会) 2015年12月

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記述言語：日本語

国名：日本国
ヒト膜貫通タンパク質を由来とする新規酸性環境標的化ペプチドの探索

宗川彰毅, 谷戸謙太, 新居輝樹, 岸村顕広, 菊竹智恵, 須山幹太, 森健, 片山佳樹

日本バイオマテリアル学会大会予稿集 2023年10月日本バイオマテリアル学会

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記述言語：日本語
ヒト・プロテオームからの酸性環境標的化ペプチドの探索

宗川彰毅, 谷戸謙太, 新居輝樹, 岸村顕広, 菊竹智恵, 須山幹太, 森健, 片山佳樹

日本バイオマテリアル学会大会予稿集 2022年11月日本バイオマテリアル学会

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記述言語：日本語
SHRにおける食塩嗜好性メカニズムの探索

並河徹, Reza Fahadur, 吉原美奈子, 須山幹太, 硲哲崇

日本内分泌学会雑誌 2022年3月 (一社)日本内分泌学会

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記述言語：日本語
p53機能欠損細胞におけるトリフルリジン誘導性DNA複製ストレスによる細胞毒性効果のメカニズム(Mechanisms of cytotoxicity of trifluridine-induced DNA replication stress in p53 deficient cells)

飯森真人, 若狹武司, 野中謙太朗, 菊竹智恵, 須山幹太, 小武内尚, 松岡和明, 沖英次, 前原喜彦, 北尾洋之

日本癌学会総会記事 2022年9月 (一社)日本癌学会

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記述言語：英語
B細胞発生と活性化　EMC1(ER膜複合体サブユニット1)のCa2+流入とB細胞発生における必須機能(B cell Development and Activation　Essential function for EMC1(ER membrane complex subunit1) in Ca2+ influx and B cell development)

Kawata Kazuhiko, Kikutake Chie, Suyama Mikita, Baba Yoshihiro

日本免疫学会総会・学術集会記録 2022年11月 (NPO)日本免疫学会

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記述言語：英語
B細胞におけるケモカイン受容体のCa2+流入と生合成におけるEMC1(ER membrane complex subunit1)の本質的な機能(Essential function of EMC1(ER membrane complex subunit1) in Ca2+ influx and biogenesis of chemokine receptors in B cell)

Kawata Kazuhiko, Kikutake Chie, Suyama Mikita, Baba Yoshihiro

日本免疫学会総会・学術集会記録 2023年12月 (NPO)日本免疫学会

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記述言語：英語
経時的シングルセルトランスクリプトーム解析を用いた多発性骨髄腫における新規薬剤感受性遺伝子の同定(Identification of novel drug-sensitive genes in multiple myeloma through longitudinal single-cell transcriptome sequencing)

増田徹, 土師正二郎, 中嶋康博, 津田麻理子, 木村大作, 高松明子, 白土基明, 菊竹智恵, 須山幹太, 大川恭行, 小川佳宏

International Journal of Myeloma 2022年5月 (一社)日本骨髄腫学会

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記述言語：英語
膵疾患の新規バイオマーカーの最新の話題　Cell free DNAを用いた切除不能膵癌患者のバイオマーカー探索

安森翔, 藤森尚, 菊竹智恵, 寺松克人, 須山幹太, 小川佳宏

膵臓 2023年7月 (一社)日本膵臓学会

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記述言語：日本語

▼全件表示

MISC

多発性骨髄腫の経時的single cell RNA-seqによる新規薬剤耐性遺伝子の同定

土師正二郎, 小川佳宏, 須山幹太, 中嶋康博, 増田徹

大和証券ヘルス財団研究業績集 ( 46 ) 98 - 102 2023年3月

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記述言語：日本語出版者・発行元：(公財)大和証券ヘルス財団

所属学協会

日本バイオインフォマティクス学会
日本癌学会

委員歴

日本バイオインフォマティクス学会評議員国内

2008年4月 - 2010年3月

学術貢献活動

プログラム委員

第７４回日本癌学会学術総会（名古屋国際会議場） 2015年10月

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種別：大会・シンポジウム等
Organizer 国際学術貢献

EMBO Workshop: Computational Biology: From genomes to systems （ Okinawa, Japan Japan ） 2015年4月

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種別：大会・シンポジウム等

参加者数：30
Organizer 国際学術貢献

International Symposium of Frontiers in Bioinformatics （ Tokyo Institute of Technology Japan ） 2015年4月

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種別：大会・シンポジウム等

参加者数：100
Organizer 国際学術貢献

International Workshop on High-Throughput Sequence Analysis （ Okinawa Institute of Science and Technology Japan ） 2013年10月

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種別：大会・シンポジウム等

参加者数：50
プログラム委員

日本バイオインフォマティクス学会年会（神戸国際会議場） 2011年11月 - 2012年11月

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種別：大会・シンポジウム等

参加者数：300

共同研究・競争的資金等の研究課題

新たな減塩戦略につながる食塩嗜好性遺伝子の解明

研究課題/領域番号：23K21628 2021年4月 - 2025年3月

科学研究費助成事業基盤研究(B)

並河徹, 横田茂文, 須山幹太, 加藤規弘, 硲哲崇

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資金種別：科研費

本研究の目標は、SHRの食塩嗜好性遺伝子を同定し、塩味が好ましいと感じる遺伝的メカニズムを明らかにすること、その知見を活かして新たな発想にもとづく減塩法の開発につなげることである。本研究では、次世代シークエンス技術を応用した新たなSNPタイピング法を用いることで、従来の10倍の精度での解析を可能にし、候補遺伝子の迅速な同定を達成する。同時に、神経科学的な方法論を用いて、SHRとWKYの塩味に対する反応性の違いを詳細に分析し、得られた遺伝子情報を加味することで、食塩嗜好性の生理メカニズムを明らかにする。得られた情報はヒトでの遺伝解析に応用する。

CiNii Research
比較生物学的アプローチを用いた糖尿病における膵β細胞障害機構の解明

研究課題/領域番号：21H02390 2021年4月 - 2024年3月

科学研究費助成事業基盤研究(B)

横井伯英, 岡村匡史, 須山幹太

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資金種別：科研費

血糖を低下させる唯一のホルモンであるインスリンを分泌する膵臓のβ細胞の障害が糖尿病の基盤にあるが、その障害に関与する遺伝素因や障害の発症・進展の機構は明らかでない。本研究では、膵β細胞障害を呈するマウスおよびラットの糖尿病モデルを用いて、遺伝解析、各種オミクス解析ならびにゲノム編集技術により、膵β細胞障害機構の解明に挑む。本研究は、ヒト糖尿病における膵β細胞障害機構の解明や新規のメカニズムに基づく糖尿病治療薬の開発に直結するものである。

CiNii Research
Hi-Cデータを活用した疾患メカニズムの解釈

研究課題/領域番号：18H04717 2018年 - 2019年

日本学術振興会・文部科学省科学研究費助成事業新学術領域研究

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担当区分：研究代表者資金種別：科研費
拡張エクソーム解析による疾患モデルラットの原因変異の網羅的探索

研究課題/領域番号：17H03619 2017年 - 2019年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B)

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担当区分：研究代表者資金種別：科研費
生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究

2013年10月 - 2019年3月

日本

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担当区分：研究分担者
生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究/エピゲノムデータに基づく生殖系遺伝子発現制御機構の解明

2013年 - 2018年

科学研究費助成事業 JST CREST

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担当区分：研究分担者資金種別：科研費以外の競争的資金
性差構築の分子基盤

2010年6月 - 2015年3月

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担当区分：研究分担者
ゲノム情報解析にもとづく性差構築機構の解明

2010年 - 2014年

日本学術振興会・文部科学省科学研究費助成事業新学術領域研究

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担当区分：研究代表者資金種別：科研費
非コード領域の保存配列モチーフの同定とそこに見られる多型の解析

2009年 - 2011年

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C)

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担当区分：研究代表者資金種別：科研費
非コード領域の配列モチーフ検出システムの構築とそれに基づくゲノムアノテーション

2008年 - 2009年

科学研究費助成事業特定領域研究

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担当区分：研究代表者資金種別：科研費
哺乳類のゲノム比較による非コード領域の解析とそのデータの多型解析への応用

2007年

科学研究費助成事業若手研究(スタートアップ)

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担当区分：研究代表者資金種別：科研費

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担当授業科目

最新ﾄﾋﾟｯｸｽから学ぶ生命科学入門Ⅳ

2017年12月 - 2018年2月冬学期
最新ﾄﾋﾟｯｸｽから学ぶ生命科学入門Ⅳ

2017年12月 - 2018年2月冬学期
ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｯｸｽ

2017年10月 - 2018年3月後期
ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｯｸｽ

2017年10月 - 2018年3月後期
生命医科学Ⅱ

2017年10月 - 2017年12月秋学期
最新ﾄﾋﾟｯｸｽから学ぶ生命科学入門Ⅲ

2017年10月 - 2017年12月秋学期
Medical Life Sciences Ⅱ

2017年10月 - 2017年12月秋学期
生命医科学Ⅱ

2017年10月 - 2017年12月秋学期
最新ﾄﾋﾟｯｸｽから学ぶ生命科学入門Ⅲ

2017年10月 - 2017年12月秋学期
Medical Life Sciences Ⅱ

2017年10月 - 2017年12月秋学期
最新ﾄﾋﾟｯｸｽから学ぶ生命科学入門Ⅱ

2017年6月 - 2017年8月夏学期
最新ﾄﾋﾟｯｸｽから学ぶ生命科学入門Ⅱ

2017年6月 - 2017年8月夏学期
最新ﾄﾋﾟｯｸｽから学ぶ生命科学入門Ⅰ

2017年4月 - 2017年6月春学期
最新ﾄﾋﾟｯｸｽから学ぶ生命科学入門Ⅰ

2017年4月 - 2017年6月春学期
ゲノム医学情報学特論

2013年10月 - 2014年3月後期
生命科学概論

2013年10月 - 2014年3月後期
生体情報学

2013年10月 - 2014年3月後期
ゲノム医学情報学基礎

2013年4月 - 2013年9月前期
先端医工学

2012年10月 - 2013年3月後期
ゲノム医学情報学特論

2012年10月 - 2013年3月後期
ゲノム医学情報学基礎

2012年4月 - 2012年9月前期
先端医工学

2011年10月 - 2012年3月後期
先端医工学

2010年10月 - 2011年3月後期

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FD参加状況

2012年4月役割：参加名称：全学FD

主催組織：全学

他大学・他機関等の客員・兼任・非常勤講師等

2013年九州大学・医学部区分:非常勤講師国内外の区分:国内

学期、曜日時限または期間：後期
2013年沖縄科学技術大学院大学区分:集中講義国内外の区分:国内

学期、曜日時限または期間：9月30日-10月5日
2012年九州大学・医学部区分:非常勤講師国内外の区分:国内

学期、曜日時限または期間：後期
2011年九州大学・医学部区分:非常勤講師国内外の区分:国内

学期、曜日時限または期間：後期
2011年京都大学・医学研究科区分:非常勤講師国内外の区分:国内

学期、曜日時限または期間：後期
2010年九州大学・医学部区分:非常勤講師国内外の区分:国内

学期、曜日時限または期間：後期
2008年 EMBO Course 区分:客員教員国内外の区分:国外

学期、曜日時限または期間：8月10-16日

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国際教育イベント等への参加状況等

2016年6月

EMBO

EMBO Practical Course on Computation Biology

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開催国・都市名：Heidelberg, Germany

参加者数：50
2015年4月

European Molecular Biology Laboratory

EMBO Workshop: Computational Biology: From genomes to systems

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開催国・都市名：Okinawa, Japan

参加者数：30
2013年9月

Okinawa Institute of Science and Technology

Practical Workshop on High-Throughput Sequencing Data Analysis

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開催国・都市名：Okinawa, Japan

参加者数：50

海外渡航歴

2013年11月

滞在国名1：ドイツ連邦共和国滞在機関名1：Kaiserin Friedrich-Haus
2012年10月

滞在国名1：スペイン滞在機関名1：カタロニア工科大学

学内運営に関わる各種委員・役職等

2012年4月 - 2014年3月全学全学情報環境利用委員
2012年4月 - 2014年3月全学総合研究博物館運営委員