KIKUTAKE CHIE
Organization
Medical Institute of Bioregulation Research Center for Systems Immunology Assistant Professor
Graduate School of Systems Life Sciences Department of Systems Life Sciences（Joint Appointment）
Title
Assistant Professor
Profile
「非コード領域におけるドライバー変異の探索」
がんは細胞の成長や増殖、細胞周期の調節不全を伴う細胞集団のことである。様々な要因により遺伝子上に変異が生じ、そして蓄積していくことでやがてがんが発症する。がんの進化過程では数多くの遺伝子変異が生じるが、その中でも特にがんの発生や進行に直接関与する遺伝子変異はがん治療における薬剤ターゲットとなりうるため、これまで数多くのがん関連遺伝子変異が同定されてきた。しかし、このような変異情報によってがんについての十分な情報が得られたとは言えない。なぜなら、これまでに同定された変異は主としてゲノム全長の約2％を占めるコード領域における変異であり、残りの98％を占める非コード領域における変異もまたがんの要因となり得るにもかかわらず非常に多くの変異を含むためにあまり研究が進んでいないからである。
そこで本研究では、非コード領域におけるがん関連変異を探索するため、変異のホットスポットに着目した。独立な複数のサンプルにおいてランダムに変異が生じると仮定した場合、同一箇所に変異が生じる可能性は極めて低い。したがって、ホットスポットを含む領域は、遺伝子の発現制御をはじめとする何らかの機能を持っていると考えられる。COSMICデータベースとTCGAデータベースを用いて、非コード領域に存在する21,574のホットスポット変異を抽出した。この中から、エピゲノムデータおよびクロマチン立体構造データを用いて580のがん関連非コードホットスポット変異候補を同定した。この変異の1つは、TEAD1プロモーターと相互作用すると考えられているRREB1結合部位に位置していた。本研究により、この変異がRREB1の候補エンハンサー領域への結合を破壊し、TEAD1発現レベルを増加させる可能性があることが示唆された。
「クロマチン構造に基づく新規がん関連変異の探索」
オープンクロマチン領域とは、ゲノム上で局所的にクロマチン構造が開いた領域のことである。これまでの研究により、オープンクロマチン領域では近傍領域よりも変異の発生が少ないことが示されている。しかし、オープンクロマチン領域内では、必ずしも一様に変異が少ないわけではない。一部のがん種では、オープンクロマチン領域内の制御領域において高度に変異が蓄積していることが知られている。がん細胞のオープンクロマチン領域における変異の分布や、特定の制御領域における変異解析に関する研究はいくつかあるが、変異に富むオープンクロマチン領域の機能的意義についてはまだ十分に研究されていない。この理由の1つは、利用可能なゲノムデータが十分ではなかったことである。近年、TCGAやPCAWGなどの巨大ながんゲノムプロジェクトにより、大規模ながんゲノムデータの使用が可能となった。そこで本研究ではこれらのデータを用いて、変異に富むオープンクロマチン領域のもつ機能について網羅的な解析を行った。本研究により、いくつかのがん種では、オープンクロマチン領域の変異は制御領域の割合、及びゲノム増幅との関連があることが分かった。GO解析により、変異に富むオープンクロマチン領域の標的遺伝子は、特に強くがんの病態と関連していた。さらに、変異に富むオープンクロマチン領域への変異を多くもつ患者は、有意に予後不良であることが示された。これらの結果は、変異に富むオープンクロマチン領域が様々ながんにおいて制御因子として機能し、予後予測マーカーとして利用できる可能性を示唆している。
Homepage
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http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/labo/bioinfo/
Division of Bioinformatics, Medical Institute of Bioregulation
External link
Degree
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Science
Research Interests・Research Keywords
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Research theme：Human cancer cells often consist of heterogeneous populations with various mutations. The combination of mutations in cancer cells varies depending on patients and/or each cancer cell. Cancer develops from mutations in some driver genes and accumulates various genetic mutations through cell growth, leading to intratumor heterogeneity. Intratumoral heterogeneity can be an obstacle to accurate diagnosis and efficient treatment. Therefore, using large-scale data and statistical methods, I analyze how this intratumor heterogeneity is formed and how it evolves.
Keyword：cancer, genomics, bioinformatics, statistics
Research period： 2019.4
Papers
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MUC1-C Is a Common Driver of Acquired Osimertinib Resistance in NSCLC. International journal
Naoki Haratake, Hiroki Ozawa, Yoshihiro Morimoto, Nami Yamashita, Tatsuaki Daimon, Atrayee Bhattacharya, Keyi Wang, Ayako Nakashoji, Hideko Isozaki, Mototsugu Shimokawa, Chie Kikutake, Mikita Suyama, Asato Hashinokuchi, Kazuki Takada, Tomoyoshi Takenaka, Tomoharu Yoshizumi, Tetsuya Mitsudomi, Aaron N Hata, Donald Kufe
Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer 19 ( 3 ) 434 - 450 2024.3
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Modeling embryo-endometrial interface recapitulating human embryo implantation International journal
Shun Shibata, Shun Endo, Luis A. E. Nagai, Eri H. Kobayashi, Akira Oike, Norio Kobayashi, Akane Kitamura, Takeshi Hori, Yuji Nashimoto, Ryuichiro Nakato, Hirotaka Hamada, Hirokazu Kaji, Chie Kikutake, Mikita Suyama, Masatoshi Saito, Nobuo Yaegashi, Hiroaki Okae, Takahiro Arima
Science Advances 10 ( 8 ) eadi4819 2024.2
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Pan-cancer analysis of whole-genome doubling and its association with patient prognosis. Reviewed International journal
Chie Kikutake, Mikita Suyama
BMC cancer 23 ( 1 ) 619 - 619 2023.7
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Possible involvement of silent mutations in cancer pathogenesis and evolution. Reviewed International journal
Chie Kikutake, Mikita Suyama
Scientific reports 13 ( 1 ) 7593 - 7593 2023.5
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Increased neutrophils in inflammatory bowel disease accelerate the accumulation of amyloid plaques in the mouse model of Alzheimer's disease. Reviewed International journal
Ryusei Kaneko, Ako Matsui, Mahiro Watanabe, Yoshihiro Harada, Mitsuhiro Kanamori, Natsumi Awata, Mio Kawazoe, Tomoaki Takao, Yutaro Kobayashi, Chie Kikutake, Mikita Suyama, Takashi Saito, Takaomi C Saido, Minako Ito
Inflammation and regeneration 43 ( 1 ) 20 - 20 2023.3
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Identification of a drug-response gene in multiple myeloma through longitudinal single-cell transcriptome sequencing. Reviewed International journal
Toru Masuda, Shojiro Haji, Yasuhiro Nakashima, Mariko Tsuda, Daisaku Kimura, Akiko Takamatsu, Norifusa Iwahashi, Hironobu Umakoshi, Motoaki Shiratsuchi, Chie Kikutake, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Yoshihiro Ogawa
iScience 25 ( 8 ) 104781 - 104781 2022.8
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The microRNA cluster C19MC confers differentiation potential into trophoblast lineages upon human pluripotent stem cells. Reviewed International journal
Nature communications 13 ( 1 ) 3071 - 3071 2022.6
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Pan-cancer analysis of mutations in open chromatin regions and their possible association with cancer pathogenesis. Reviewed International journal
Chie Kikutake, Mikita Suyama
Cancer medicine 2022.4
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Genome-wide identification of exon extension/shrinkage events induced by splice-site-creating mutations. Reviewed International journal
Zhuo Qu, Narumi Sakaguchi, Chie Kikutake, Mikita Suyama
RNA biology 19 ( 1 ) 1143 - 1152 2022.1
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Identification of SLC38A7 as a Prognostic Marker and Potential Therapeutic Target of Lung Squamous Cell Carcinoma. Reviewed International journal
Naoki Haratake, Qingjiang Hu, Tatsuro Okamoto, Tomoko Jogo, Gouji Toyokawa, Fumihiko Kinoshita, Tomoyoshi Takenaka, Tetsuzo Tagawa, Norifumi Iseda, Shinji Itoh, Yuichi Yamada, Yoshinao Oda, Mototsugu Shimokawa, Chie Kikutake, Mikita Suyama, Motoko Unoki, Hiroyuki Sasaki, Masaki Mori
Annals of surgery 2021.6
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Pan-cancer analysis of non-coding recurrent mutations and their possible involvement in cancer pathogenesis. Reviewed International journal
Chie Kikutake, Minako Yoshihara, Mikita Suyama
NAR cancer 3 ( 1 ) zcab008 2021.3
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Ryota Matsuda, Yoshihiro Miyasaka, Yoshihiro Ohishi, Takeo Yamamoto, Kiyoshi Saeki, Naoki Mochidome, Atsushi Abe, Keigo Ozono, Koji Shindo, Takao Ohtsuka, Chie Kikutake, Masafumi Nakamura, Yoshinao Oda
Annals of surgery 271 ( 5 ) 941 - 948 2020.5
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A Prediction Model for Detrusor Underactivity Based on Symptoms and Noninvasive Test Parameters in Men with Lower Urinary Tract Symptoms: An Analysis from a Large Group of Patients Undergoing Pressure Flow Studies. Reviewed
Namitome R, Takei M, Takahashi R, Kikutake C, Yokomizo A, Yamaguchi O, Eto M
The Journal of urology 101097JU0000000000000616 2019.10
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Chie Kikutake, Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Mikita Suyama
Oncotarget 9 ( 102 ) 37689 - 37699 2018.12
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Concomitant Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Is an Independent Predictive Factor for the Occurrence of New Cancer in the Remnant Pancreas. Reviewed
Matsuda R, Miyasaka Y, Ohishi Y, Yamamoto T, Saeki K, Mochidome N, Abe A, Ozono K, Shindo K, Ohtsuka T, Kikutake C, Nakamura M, Oda Y
Annals of surgery 2018.10
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Chie Kikutake, Minako Yoshihara, Tetsuya Sato, Daisuke Saito, Mikita Suyama
Oncotarget 9 ( 70 ) 33337 - 33347 2018.9
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Genome-wide survey of codons under diversifying selection in a highly recombining bacterial species, Helicobacter pylori Reviewed
Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, Shinpei Morimoto, Chie Kikutake, Sho Komukai, Dorota Matelska, Stanislaw Dunin-Horkawicz, Janusz M. Bujnicki, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
DNA RESEARCH 23 ( 2 ) 135 - 143 2016.4
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Identification of Epigenetic Biomarkers of Lung Adenocarcinoma through Multi-Omics Data Analysis Reviewed
Chie Kikutake, Koji Yahara
PLOS ONE 11 ( 4 ) e0152918 2016.4
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Chie Kikutake, Masaaki Shinohara, Hisanori Takagi, Takashi Nakashima, Makoto Kimura
Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 73 ( 12 ) 2766 - 2768 2009.12
Presentations
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Indelを含めたスプライス部位形成変異によるexon extension/shrinkageイベントの網羅的探索
#曲 酌, @Narumi Sakaguchi, @Chie Kikutake, @Mikita Suyama
第46回日本分子生物学会年会 2023.12
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がんの進化に関与しうるサイレント変異の網羅的解析
第46回日本分子生物学会年会 2023.12
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個人ゲノム及びトランスクリプトームデータを用いたスプライスサイト変異によるスプライシングパターン変化の解析
第46回日本分子生物学会年会 2023.12
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Pan-cancer analysis of the association between silent mutation and cancer pathogenesis がんにおける"隠れた伏兵"silent mutationの意義に迫る
第45回日本分子生物学会年会 2022.11
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Pan-cancer analysis of whole-genome doubling and its association with prognosis of patients. WGDに基づくがんの進化過程の予測と新祈願関連因子の探索
@Chie Kikutake, @Mikita Suyama
第81回日本がん学会学術総会 2022.9
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Pan-cancer analysis of mutations in open chromatin regions and their possible association with cancer pathogenesis Invited International conference
@Chie Kikutake
The 30th Hot Spring Harbor International Symposium 2022.1
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がんにおけるオープンクロマチン領域内ゲノム異常と予後との関連
@菊竹智恵，@須山幹太
第4４回日本分子生物学会年会 2021.12
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Exploration for novel cancer-associated mutations based on chromatin structure.
@Chie Kikutake, @Mikita Suyama
2021.10
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Pan-cancer analysis for mutation hotspot in non-coding elements.
2020.12
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Pan-cancer analysis for mutation hotspots in non-coding elements.
@Chie Kikutake, @Mikita Suyama
2020.10
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Pan-cancer analysis for mutation hotspots in non-coding elements. International conference
@Chie Kikutake, @Mikita Suyama
2020.2
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がんゲノムデータを用いた非コード領域における変異ホットスポットの網羅的解析
@菊竹智恵， @須山幹太
第42回日本分子生物学会年会 2019.12
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がんの進化過程を利用した新規バイオマーカーの同定
第78回日本がん学会学術総会 2019.9
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Pan-cancer analysis for mutations hotspots in non-coding elements
2019.9
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腫瘍内不均一性を基にしたがんの予後解析
@菊竹智恵， @須山幹太
第3回学際的がん研究夏の学校＠別府 2019.7
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Pan-cancer analysis of intratumor heterogeneity associated with patient prognosis.
#Chie Kikutake, #Mikita Suyama
The 22nd Retreat 2019 2019.7
Professional Memberships
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Japanese cancer association
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The Molecular Biology Society of Japan
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Medical Artificial Intelligence
Academic Activities
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Screening of academic papers
Role(s)： Peer review
2023
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Screening of academic papers
Role(s)： Peer review
2022
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Screening of academic papers
Role(s)： Peer review
2021
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Screening of academic papers
Role(s)： Peer review
2019
Research Projects
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がんにおける伏兵“サイレント変異”の意義に迫る
2023
数理・データサイエンスに関する教育・研究支援プログラム
Authorship：Principal investigator Grant type：On-campus funds, funds, etc.
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非コード領域における新規ドライバー変異の同定
Grant number：20K15780 2020 - 2022
日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
Class subject
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最新トピックスから学ぶ生命科学入門
2023.12 - 2024.2 Winter quarter
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バイオインフォマティクス
2023.10 - 2023.12 Fall quarter
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生命医科学特論Ⅱ
2023.6 - 2023.8 Summer quarter
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最新トピックスから学ぶ生命科学入門
2022.12 - 2023.2 Winter quarter
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バイオインフォマティクス
2022.10 - 2022.12 Fall quarter
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生命医科学特論Ⅱ
2022.6 - 2022.8 Summer quarter
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最新トピックスから学ぶ生命科学入門
2021.12 - 2022.2 Winter quarter
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バイオインフォマティクス
2021.10 - 2021.12 Fall quarter
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生命医科学特論II
2021.6 - 2021.8 Summer quarter
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最新トピックスから学ぶ生命科学入門
2020.10 - 2021.3 Second semester
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バイオインフォマティクス
2020.10 - 2020.12 Fall quarter
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生命医科学特論II
2020.4 - 2020.9 First semester
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最新トピックスから学ぶ生命科学入門
2019.10 - 2020.3 Second semester
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バイオインフォマティックス
2019.10 - 2019.12 Fall quarter
FD Participation
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2023.9 Role：Participation Title：M2Bシステムの使い方 ～Moodleのバージョンアップによる変更点を中心に紹介します～（9/13）
Organizer：University-wide
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2023.9 Role：Participation Title：M2Bシステムの使い方 ～Moodleのバージョンアップによる変更点を中心に紹介します～（9/13）
Organizer：University-wide
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2023.8 Role：Participation Title：令和５年度４部局合同男女共同参画ＦＤ
Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]
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2023.8 Role：Participation Title：令和５年度４部局合同男女共同参画ＦＤ
Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]
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2022.12 Role：Participation Title：医学系学府教育ＦＤ「医学系大学院プログラムの進化と深化をめざして」
Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]
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2021.12 Role：Participation Title：医学系学府教育ＦＤ「学術論文の購読と投稿とこれから」
Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]
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2021.9 Role：Participation Title：JST 次世代研究者挑戦的研究プログラム 説明会
Organizer：University-wide
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2021.7 Role：Participation Title：生体防御医学研究所FD
Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]
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2019.4 Role：Participation Title：平成３１年度 第１回全学ＦＤ（新任教員の研修）
Organizer：University-wide
Social Activities
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近年の医学生物学系の研究において、バイオインフォマティクス（生命情報科学：大規模生物データの解析技術のこと）は必要不可欠である。しかしながら、バイオインフォマティクスを習得した研究者の数は極めて少ないため、初心者が困ったときに気軽に相談したり議論したりできる環境が殆どない。そこで2019年４月より、九州内でバイオインフォマティクスに携わるあらゆる人材の交流を目的として「Kyushu Bioinformatics Community (KBC)」を立ち上げ、運営を行っている。具体的には、2ヶ月に1回のペースで実際に集まって勉強会を実施し、バイオインフォマティクスの勉強のきっかけを提供すると共に、皆の「分からない」を皆で解決することを目的としている。 本活動は２０１９年度に限定するものではなく、現在も継続して活動を行っている。
2019