OCHIAI HIROSHI
Organization
Medical Institute of Bioregulation Medical Research Center for High Depth Omics Professor
Medical Institute of Bioregulation Medical Research Center for High Depth Omics（Joint Appointment）
Graduate School of Systems Life Sciences Department of Systems Life Sciences（Joint Appointment）
Graduate School of Medical Sciences Department of Medical Sciences（Joint Appointment）
Title
Professor
Contact information
Profile
Gene expression is primarily regulated by transcription. Transcription is now known to be a dynamic process that switches between an activated state, in which RNA is continuously synthesized, and an inactivated state, in which little or no RNA is synthesized. Our research aims to elucidate how transcriptional dynamics are regulated by using genome editing and live cell imaging.
External link
ORCID
Degree
-
PhD (Science), Hiroshima University, Mar. 2023
Research History
-
2021年4月 - 2023年2月 大学院統合生命科学研究科, 広島大学 2019年4月 - 2021年3月 大学院統合生命科学研究科, 広島大学 2015年10月1日 - 2019年3月31日 広島大学院理学研究科数理分子生命理学専攻, 科学技術振興機構 2013年4月1日 - 2015年9月30日 大学院理学研究科, 広島大学 2012年6月1日 - 2013年3月31日 原爆放射線医科学研究所, 広島大学 2011年4月1日 - 2012年5月31日 広島大学原爆放射線医科学研究所, 日本学術振興会 2009年4月1日 - 2011年3月31日 広島大学, 日本学術振興会
Research Interests・Research Keywords
-
Research theme：Elucidation of the regulatory mechanism of gene expression dynamics
Keyword：Gene, Transcription, Live cell imaging, Single-cell analysis, Genome editing
Research period： 2023.3
Awards
-
日本エピジェネティクス研究会第１６回年会 奨励賞
2023.6 日本エピジェネティクス研究会 生細胞単一遺伝子イメージングによる転写動態のエピジェネティック制御機構の解明
-
Distinguished Researcher
2021.10 Distinguished Researcher
-
広島大学大学院統合生命科学研究科 統合生命科学研究科奨励賞
2021.5 広島大学
-
平成28年度 広島大学長表彰
2016.11
-
広島大学エクセレントスチューデント・スカラーシップ
2008.6
-
広島大学理学部長表彰
2007.3
Papers
-
Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging to capture specific cell states
Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Ryoma Bise, Kazufumi Hosoda, Yosuke Taniguchi, Hiroshi Ochiai, Hiroaki Ohishi, Kanta Ando, Ryoma Minami, Kaori Tanaka, Taro Tachibana, Seiichi Mori, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Masao Nagasaki, Seiichi Uchida, Hiroshi Kimura, Masashi Narita, Yasuyuki Ohkawa
Nature Communications 2024.5
-
Transcription-coupled changes in higher-order genomic structure and transcription hub viscosity prolong enhancer-promoter connectivity
Hiroaki Ohishi, Soya Shinkai, Hitoshi Owada, Takeru Fujii, Kazufumi Hosoda, Shuichi Onami, Takashi Yamamoto, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Ochiai
bioRxiv 2023.11
-
Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging capturing specific cell state
Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Ryoma Bise, Kazufumi Hosoda, Yosuke Taniguchi, Hiroshi Ochiai, Hiroaki Ohishi, Kanta Ando, Ryoma Minami, Tachibana Taro, Kaori Tanaka, Seiichi Mori, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Masao Nagasaki, Seiichi Uchida, Hiroshi Kimura, Masashi Narita, Yasuyuki Ohkawa
bioRxiv 2023.10
-
STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity Reviewed
Hiroaki Ohishi, Seiru Shimada, Satoshi Uchino, Jieru Li, Yuko Sato, Manabu Shintani, Hitoshi Owada, Yasuyuki Ohkawa, Alexandros Pertsinidis, Takashi Yamamoto, Hiroshi Kimura, Hiroshi Ochiai
Nature Communications 13 7672 2022.12
-
Ribosomal protein L5 facilitates rDNA-bundled condensate and nucleolar assembly Reviewed International journal
Haruka Matsumori, Kenji Watanabe, Hiroaki Tachiwana, Tomoko Fujita, Yuma Ito, Makio Tokunaga, Kumiko Sakata-Sogawa, Hiroko Osakada, Tokuko Haraguchi, Akinori Awazu, Hiroshi Ochiai, Yuka Sakata, Koji Ochiai, Tsutomu Toki, Etsuro Ito, Ilya G Goldberg, Kazuaki Tokunaga, Mitsuyoshi Nakao, Noriko Saitoh
Life Science Alliance 5 ( 7 ) e202101045 2022.3
-
iPSC reprogramming-mediated aneuploidy correction in autosomal trisomy syndromes Reviewed International journal
Silvia Natsuko Akutsu, Tatsuo Miyamoto, Daiju Oba, Keita Tomioka, Hiroshi Ochiai, Hirofumi Ohashi, Shinya Matsuura
PLoS One 17 ( 3 ) e0264965 2022.3
-
Single-gene imaging links genome topology, promoter–enhancer communication and transcription control Reviewed
2020.9
-
Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells. Reviewed International journal
Hiroshi Ochiai, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Akihito Harada, Yukiko Shimizu, Kenta Nakano, Noriko Saitoh, Zhe Liu, Takashi Yamamoto, Tadashi Okamura, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Kimura, Itoshi Nikaido
Science Advances 6 ( 25 ) eaaz6699 2020.6
-
Insufficiency of ciliary cholesterol in hereditary Zellweger syndrome Reviewed
Tatsuo Miyamoto, Kosuke Hosoba, Takeshi Itabashi, Atsuko H Iwane, Silvia Natsuko Akutsu, Hiroshi Ochiai, Yumiko Saito, Takashi Yamamoto, Shinya Matsuura
The EMBO Journal e103499 2020.5
-
PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics Reviewed International journal
Soya Shinkai, Masaki Nakagawa, Takeshi Sugawara, Yuichi Togashi, Hiroshi Ochiai, Ryuichiro Nakato, Yuichi Taniguchi, Shuichi Onami
NAR Genomics and Bioinformatics 2 ( 2 ) lqaa020 2020.3
-
Role of dynamic nuclear deformation on genomic architecture reorganization Reviewed
Sungrim Seirin-Lee, Fumitaka Osakada, Junichi Takeda, Satoshi Tashiro, Ryo Kobayashi, Takashi Yamamoto, Hiroshi Ochiai
PLOS Computational Biology 15 ( 9 ) e1007289 - e1007289 2019.9
-
Single-Molecule Nanoscopy Elucidates RNA Polymerase II Transcription at Single Genes in Live Cells Reviewed
Jieru Li, Ankun Dong, Kamola Saydaminova, Hill Chang, Guanshi Wang, Hiroshi Ochiai, Takashi Yamamoto, Alexandros Pertsinidis
Cell 178 491 - 506 2019.5
-
Dynamic changes in the interchromosomal interaction of early histone gene loci during development of sea urchin Reviewed
Masaya Matsushita, Hiroshi Ochiai, Ken-ichi T. Suzuki, Sayaka Hayashi, Takashi Yamamoto, Akinori Awazu, Naoaki Sakamoto
JOURNAL OF CELL SCIENCE 130 ( 24 ) 4097 - 4107 2017.12
-
Ligation-mediated PCR with a back-to-back adapter reduces amplification bias resulting from variations in GC content Reviewed
Satoru Ishihara, Naoe Kotomura, Naoki Yamamoto, Hiroshi Ochiai
ANALYTICAL BIOCHEMISTRY 531 ( 15 ) 37 - 44 2017.8
-
Simultaneous live imaging of the transcription and nuclear position of specific genes Reviewed
Hiroshi Ochiai, Takeshi Sugawara, Takashi Yamamoto
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 43 ( 19 ) e127 2015.10
-
The Microtubule-Depolymerizing Activity of a Mitotic Kinesin Protein KIF2A Drives Primary Cilia Disassembly Coupled with Cell Proliferation Reviewed
Tatsuo Miyamoto, Kosuke Hosoba, Hiroshi Ochiai, Ekaterina Royba, Hideki Izumi, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Brian David Dynlacht, Shinya Matsuura
CELL REPORTS 10 ( 5 ) 664 - 673 2015.2
-
Stochastic promoter activation affects Nanog expression variability in mouse embryonic stem cells Reviewed
Hiroshi Ochiai, Takeshi Sugawara, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto
SCIENTIFIC REPORTS 4 7125 2014.11
-
TALEN-mediated single-base-pair editing identification of an intergenic mutation upstream of BUB1B as causative of PCS ( MVA) syndrome Reviewed
Hiroshi Ochiai, Tatsuo Miyamoto, Akinori Kanai, Kosuke Hosoba, Tetsushi Sakuma, Yoshiki Kudo, Keiko Asami, Atsushi Ogawa, Akihiro Watanabe, Tadashi Kajii, Takashi Yamamoto, Shinya Matsuura
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 111 ( 4 ) 1461 - 1466 2014.1
-
Repeating pattern of non-RVD variations in DNA-binding modules enhances TALEN activity Reviewed
Tetsushi Sakuma, Hiroshi Ochiai, Takehito Kaneko, Tomoji Mashimo, Daisuke Tokumasu, Yuto Sakane, Ken-Ichi Suzuki, Tatsuo Miyamoto, Naoaki Sakamoto, Shinya Matsuura, Takashi Yamamoto
Scientific Reports 3 3379 2013.11
-
High efficiency TALENs enable F0 functional analysis by targeted gene disruption in Xenopus laevis embryos Reviewed
Ken-ichi T. Suzuki, Yukiko Isoyama, Keiko Kashiwagi, Tetsushi Sakuma, Hiroshi Ochiai, Naoaki Sakamoto, Nobuaki Furuno, Akihiko Kashiwagi, Takashi Yamamoto
BIOLOGY OPEN 2 ( 5 ) 448 - 452 2013.5
-
Efficient TALEN construction and evaluation methods for human cell and animal applications
Tetsushi Sakuma, Sayaka Hosoi, Knut Woltjen, Ken-Ichi Suzuki, Keiko Kashiwagi, Housei Wada, Hiroshi Ochiai, Tatsuo Miyamoto, Narudo Kawai, Yasunori Sasakura, Shinya Matsuura, Yasushi Okada, Atsuo Kawahara, Shigeo Hayashi, Takashi Yamamoto
Genes to Cells 18 ( 4 ) 315 - 326 2013.4
-
Equarin is involved as an FGF signaling modulator in chick lens differentiation Reviewed
Xiaohong Song, Yuya Sato, Athary Felemban, Ayako Ito, Mahmud Hossain, Hiroshi Ochiai, Takashi Yamamoto, Kiyotoshi Sekiguchi, Hideaki Tanaka, Kunimasa Ohta
DEVELOPMENTAL BIOLOGY 368 ( 1 ) 109 - 117 2012.8
-
Non-transgenic genome modifications in a hemimetabolous insect using zinc-finger and TAL effector nucleases Reviewed
Takahito Watanabe, Hiroshi Ochiai, Tetsushi Sakuma, Hadley W. Horch, Naoya Hamaguchi, Taro Nakamura, Tetsuya Bando, Hideyo Ohuchi, Takashi Yamamoto, Sumihare Noji, Taro Mito
NATURE COMMUNICATIONS 3 1017 2012.8
-
Zinc-finger nuclease-mediated targeted insertion of reporter genes for quantitative imaging of gene expression in sea urchin embryos Reviewed
Hiroshi Ochiai, Naoaki Sakamoto, Kazumasa Fujita, Masatoshi Nishikawa, Ken-ichi Suzuki, Shinya Matsuura, Tatsuo Miyamoto, Tetsushi Sakuma, Tatsuo Shibata, Takashi Yamamoto
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 109 ( 27 ) 10915 - 10920 2012.7
-
Efficient targeted mutagenesis of the chordate Ciona intestinalis genome with zinc-finger nucleases Reviewed
Narudo Kawai, Hiroshi Ochiai, Tetsushi Sakuma, Lixy Yamada, Hitoshi Sawada, Takashi Yamamoto, Yasunori Sasakura
DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION 54 ( 5 ) 535 - 545 2012.6
-
Targeted disruption of exogenous EGFP gene in medaka using zinc-finger nucleases Reviewed
Satoshi Ansai, Hiroshi Ochiai, Yuta Kanie, Yasuhiro Kamei, Yuki Gou, Takeshi Kitano, Takashi Yamamoto, Masato Kinoshita
DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION 54 ( 5 ) 546 - 556 2012.6
-
HpSumf1 is involved in the activation of sulfatases responsible for regulation of skeletogenesis during sea urchin development Reviewed
Tetsushi Sakuma, Kazuya Ohnishi, Kazumasa Fujita, Hiroshi Ochiai, Naoaki Sakamoto, Takashi Yamamoto
DEVELOPMENT GENES AND EVOLUTION 221 ( 3 ) 157 - 166 2011.8
-
Targeted mutagenesis in the sea urchin embryo using zinc-finger nucleases Reviewed
Hiroshi Ochiai, Kazumasa Fujita, Ken-ichi Suzuki, Masatoshi Nishikawa, Tatsuo Shibata, Naoaki Sakamoto, Takashi Yamamoto
GENES TO CELLS 15 ( 8 ) 875 - 885 2010.8
-
Dicer is Required for the Normal Development of Sea Urchin, Hemicentrotus pulcherrimus Reviewed
Yuka Okamitsu, Takashi Yamamoto, Takayoshi Fujii, Hiroshi Ochiai, Naoaki Sakamoto
ZOOLOGICAL SCIENCE 27 ( 6 ) 477 - 486 2010.6
-
Role of the Nanos Homolog During Sea Urchin Development Reviewed
Takayoshi Fujii, Naoaki Sakamoto, Hiroshi Ochiai, Kazumasa Fujita, Yuka Okamitsu, Noriko Sumiyoshi, Takuya Minokawa, Takashi Yamamoto
DEVELOPMENTAL DYNAMICS 238 ( 10 ) 2511 - 2521 2009.10
-
Suppressor of Hairless (Su(H)) is Required for Foregut Development in the Sea Urchin Embryo Reviewed
Koji Karasawa, Naoaki Sakamoto, Kazumasa Fujita, Hiroshi Ochiai, Takayoshi Fujii, Koji Akasaka, Takashi Yamamoto
ZOOLOGICAL SCIENCE 26 ( 10 ) 686 - 690 2009.10
-
The Ars insulator facilitates I-SceI meganuclease-mediated transgenesis in the sea urchin embryo Reviewed
Hiroshi Ochiai, Naoaki Sakamoto, Kenichi Suzuki, Koji Akasaka, Takashi Yamamoto
DEVELOPMENTAL DYNAMICS 237 ( 9 ) 2475 - 2482 2008.9
-
Analysis of cis-regulatory elements controlling spatio-temporal expression of T-brain gene in sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus Reviewed
Hiroshi Ochiai, Naoaki Sakamoto, Asuka Momiyama, Koji Akasaka, Takashi Yamamoto
MECHANISMS OF DEVELOPMENT 125 ( 1-2 ) 2 - 17 2008.1
-
Detection of Multiple Fluorescent Dyes Using Liquid Crystal Variable Retarder and Sparse Modeling
Kazuma Fujiwara, Takuya Funatomi, Kazuya Kitano, Yuki Fujimura, Yasuhiro Mukaigawa, Hiroshi Ochiai
Electronic Imaging 36 ( 15 ) 161 2024.1
Books
-
実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ エピゲノムをもっと見るためのクロマチン解析実践プロトコール (大川恭行，宮成悠介／編)
落合 博
羊土社 2020.12
-
実験医学別冊 完全版 ゲノム編集実験スタンダード CRISPR-Cas9の設計・作製と各生物種でのプロトコールを徹底解説 (山本 卓，佐久間哲史／編)
落合 博
羊土社 2019.12
-
医療応用をめざすゲノム編集 最新動向から技術・倫理的課題まで 真下 知士/金田 安史編
落合 博（ Role： Sole author）
化学同人 2018.6
-
Genome Editing in Animals
Hiroshi Ochiai, Takashi Yamamoto
Springer New York 2017.6
-
All Aboutゲノム編集 “革命的技術”はいかにして私たちの研究・医療・産業を変えるのか？ 真下知士，山本 卓／編
落合 博
羊土社 2016.10
-
実験医学別冊「論文だけではわからない ゲノム編集成功の秘訣Q&A―TALEN，CRISPR/Cas9の極意」(山本 卓 編)
落合 博
羊土社 2015.11
-
実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ 今すぐ始めるゲノム編集
落合 博
羊土社 2014.3
Presentations
-
空間オミクス技術で切り開く生命現象の高深度理解 Invited
落合 博
2024医療・健康ユニットシンポジウム 2024.3
-
遺伝子発現における転写バースト ～細胞レベルでの影響と制御機構～ Invited
落合 博
第1回WS「未踏探索における個性と集団の役割」 2024.2
-
Regulation of gene expression dynamics in pluripotent stem cells revealed by imaging analysis Invited
Hiroshi Ochiai
RIKEN BDR Seminar 2024.1
-
転写バーストサイクル過程で変化する高次ゲノム構造 Invited
落合 博
第61回日本生物物理学会年会 2023.11
-
Unveiling the dynamics of transcriptional regulation through spatial multimodal molecular imaging Invited International conference
Hiroshi Ochiai
2023.10
-
高次ゲノム構造とタンパク質凝集体形成による転写動態制御 Invited
落合 博
令和５年遺伝研究会 クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御 2023.10
-
単一遺伝子イメージングによって明らかにする転写動態制御 Invited
第82回日本癌学会学術総会 2023.9
-
Chromatin structure and transcriptional dynamics: insights from chromatin tracing Invited
Hiroshi Ochiai
UBC Genomics and Genome Engineering Workshop 2023.9
-
生細胞単一遺伝子イメージングによる転写動態のエピジェネティック制御機構の解明 Invited
落合 博
第16回日本エピジェネティクス研究会年会 2023.6
-
Higher-order genomic structure changes during the transcriptional bursting Invited
2023.5
-
マウス多能性幹細胞における転写動態制御機構の解明 Invited
落合 博
第4回ゲノム生物物理学セミナー 2023.3
-
遺伝子発現動態の定量的理解 Invited
落合 博
定量生物学の会 第十回年会 2022.12
-
哺乳類細胞における転写バースト制御機構の解明 Invited
落合 博
新規モデル生物開発センター公開セミナー：ゲノム編集テクニカルセミナーIII 2021.2
-
Unveiling transcriptional dynamics in pluripotent stem cells through imaging analysis Invited
Hiroshi Ochiai
RIKEN IMS Seminar 2024.2
-
TALEN-mediated single-base-pair editing reveals the functional significance of an intergenic single nucleotide variant
International Symposium on RNAi and Genome Editing Research, Tokushima University 2014.3
-
TALEN-mediated single-base-pair editing in PCS syndrome
3rd International Genome Engineering & Genome Editing-2014 Meeting on 'Synthetic Biology to Zinc Finger Nucleases & CRISPRs Regulation', Waltham, MA(USA) 2014.5
-
Stochastic promoter activation affects gene expression variability in murine embryonic stem cells Invited
Hiroshi Ochiai, Takeshi Sugawara, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto
CSHL meeting, NUCLEAR ORGANIZATION & FUNCTION, CSHL, NY 2014.8
-
内在遺伝子の核内挙動および転写活性の同時ライブイメージング Invited
落合 博, 菅原武志, 山本卓
第32回 染色体ワークショップ・第13回 核ダイナミクス研究会, 広島 2014.12
-
Simultaneous live-imaging of gene position and its transcriptional activity in mouse embryonic stem cells Invited
Hiroshi Ochiai, Takeshi Sugawara, Takashi Yamamoto
4D nucleome, Hiroshima 2014.12
-
ライブイメージングを利用した多能性幹細胞の性質的多様性の理解
落合 博
第２５４回 発生研セミナー, 熊本大学 2015.6
-
Simultaneous Live Imaging of the Transcription and Nuclear Position of Specific Genes Invited
Hiroshi Ochiai
International Symposium on Chromatin Structure, Dynamics, and Function, Awaji, Japan 2015.8
-
遺伝子の転写活性と各内局在の同時ライブイメージング
落合 博
第七回 光イメージング若手の会「光塾」, 広島大学 2015.9
-
Simultaneous live imaging of the transcription and nuclear position of specific genes
2015 TIC (Transcription Imaging Consortium) meeting, Janelia Research Campus (VA), USA 2015.9
-
間期細胞核ダイナミクスとヘテロクロマチン領域の集合
落合 博
平成２７年度遺伝研研究会 「クロマチン・細胞核構造の形成とダイナミクスによるゲノム機能制御」 2015.10
-
Simultaneous live imaging of a specific gene's transcription and dynamics.
Ochiai H, Sugawara T, Yamamoto T
2015.12
-
Active nuclear dynamics promotes heterochromatin clustering Invited
The 4th International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics 2015.12
-
Relationship between nuclear dynamics and gene expression noise in pluripotent stem cell
Hiroshi Ochiai
2016.6
-
A challenging interdisciplinary approach to elucidate a mystery of remodeling process in nuclear architecture (Part II: Experiment)
Hiroshi Ochiai
JSMB2016 2016.9
-
Single Base Pair Genome-Editing Technology and Its Future Applications
2016.10
-
Dynamic nuclear deformation induces nuclear architecture remodeling
Hiroshi Ochiai, Seirin S. Lee
2016.11
-
細胞核の動的変形による核構造の再編成 Invited
落合 博
第34回 染色体ワークショップ 第15回 核ダイナミクス研究会 2017.1
-
特定内在遺伝子の転写活性および核内局在のライブイメージング
落合 博
産総研 中国センター シンポジウム ~生命科学の革新的展開~ 2017.2
-
多能性幹細胞における遺伝子発現量多様性の制御機構
落合 博
日本大学文理学部生命科学科セミナー 細胞核機能の発現と制御 2017.6
-
Relationship between kinetics of higher-order genomic structure and transcriptional activity
2017.9
-
高次ゲノム構造の核内動態と転写活性との関係
落合 博
2017年度生命科学系学会合同年次大会（ConBio2017） 2017.12
-
マウス胚性幹細胞における内因性遺伝子発現ノイズの制御機構の包括的解析
落合 博, 梅田 茉奈, 林 哲太郎, 芳村 美佳, 原田 哲仁, 大川 恭行, 山本 卓, 二階堂 愛
第12回日本エピジェネティクス研究会年会 2018.5
-
ゲノム編集技術の応用から探るゲノム高次構造
落合 博
第18回日本抗加齢医学会総会 2018.5
-
マウス胚性幹細胞における遺伝子発現量多様性の制御機構の包括的解析
落合 博
第91回日本生化学会大会 2018.9
-
細胞多様性決定要因の網羅解析技術の開発
落合 博
第41回日本分子生物学会年会 2018.11
-
ゲノム構造再編成における動的核変形の役割
落合 博, 李 聖林, 小坂田 文隆, 竹田 淳一
第41回日本分子生物学会年会 2018.11
-
転写バーストに由来する遺伝子発現量多様性
落合 博, 林哲太郎, 梅田茉奈, 芳村美佳, 原田哲仁, 新井哲也, 中野堅太, 清水有紀子, 山本 卓, 岡村匡史, 大川恭行, 二階堂愛
第36回 染色体ワークショップ・第17回 核ダイナミクス研究会 2019.1
-
CRISPR ライブラリスクリーニングによる転写バースト関連遺伝子の探索
落合 博, 山本 卓
日本ゲノム編集学会 第４回大会 2019.6
-
Transcriptional bursting induces gene expression heterogeneity in mouse embryonic stem cells Invited International conference
Hiroshi Ochiai
Single Molecule & Chromatin Symposium 2019.11
-
Transcriptional bursting induces gene expression heterogeneity in mES cells Invited International conference
Hiroshi Ochiai
Chromosome Dynamics 2019 2019.12
-
分子の動きを「見る」ためのゲノム編集技術 Invited
落合 博
第4回 広島大学先端科学セミナー「“ゲノム編集”で未来社会を拓く」 2020.12
-
クロマチン潜在能による転写バースト制御 Invited
第43回日本分子生物学会年会 2020.12
-
CRISPR-Cas9 による原始内胚葉分化レポーターマウス胚性幹細胞の樹立
大和田 一志, 落合 博, 山本 卓
日本ゲノム編集学会第６回大会 2021.6
-
Single-gene imaging reveals the relationship between the transcriptional activity of single genes and the formation of transcriptional regulatory factor clusters
Hiroaki Ohishi, Seiru Shimada, Satoshi Uchino, Li Jieru, Yuko Sato, Alexandros Pertsinidis, Takashi Yamamoto, Hiroshi Kimura, Hiroshi Ochiai.
Cold Spring Harbor Laboratory Meeting, Mechanisms of Eukaryotic Transcription 2021.8
-
Relationship between higher-order genome structural dynamics and transcriptional dynamics Invited
Hiroshi Ochiai
2021.9
-
遺伝子発現量の細胞間多様性を誘引する転写バースト制御機構の解明 Invited
落合 博
東大黒田研究室セミナー 2021.11
-
Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting revealed by single cell analysis Invited
Hiroshi Ochiai
The 2nd ASHBi SignAC Workshop, Integrating Single-cell Analysis and Mathematics 2021.12
-
STREAMING-tag system: A novel technology to analyze the spatiotemporalrelationship between transcriptional regulators and transcriptionaldynamics at the single gene level Invited
Hiroshi Ochiai
The 30th Hot Spring Harbor International Symposium -Chromatin Potential in Development and Differentiation - 2022.1
-
超解像イメージングから解き明かす転写動態と転写制御因子クラスターの関係性 Invited
落合 博
日本顕微鏡学会 第78回学術講演会 2022.5
-
イメージングによる転写動態制御機構の解明 Invited
落合 博
国⽴遺伝学研究所研究会「染⾊体安定維持研究会」 2022.7
-
高次ゲノム構造と転写ダイナミクス Invited
落合 博
一般財団法人 染色体学会 第73 回（2022 年度）年会 2022.10
-
高次ゲノム構造と転写の動態 Invited
落合 博
令和4年遺伝研究会 クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御 2022.10
-
Revealing regulatory mechanisms of transcriptional dynamics by single-gene imaging system Invited
Hiroshi Ochiai
Single Molecule & Chromatin meeting 2022 2022.11
-
遺伝子発現動態の定量的理解 Invited
落合 博
定量生物学の会 第十回年会 2022.12
-
単一遺伝子イメージングから解き明かす転写活性依存的な転写制御因子凝集体の形成 Invited
第45回日本分子生物学会年会 2022.12
-
Transcriptional dynamics regulated by non-genomic codes Invited
Hiroshi Ochiai
The 1st International Symposium on REPLICATION of NON GENOME 2022.12
-
Localization of transcriptional regulator condensates in transcriptional bursting revealed by STREAMING-tag system Invited
Hiroshi Ochiai
Cretan RNA Salon Seminar Series 2023.1
-
Multimodal chromatin tracing法による転写動態に伴う高次ゲノム構造変化の解明 Invited
落合 博
第46回 日本分子生物学会年会 2023.11
MISC
-
特定RNA分子／DNA領域のライブイメージング技術
大石裕晃, 落合 博
生体の科学 2023.6
-
揺らぎが奏でる生命機能
落合 博
月刊細胞 2023.2
-
CRISPR-Cas9システムによる特定遺伝子座ライブイメージング
大石 裕晃, 落合 博
実験医学 2021.5
-
哺乳類細胞における転写バーストの網羅解析：遺伝子発現量の細胞間多様性の理解に向けて
生物物理 2021.5
-
ライブイメージングによる1細胞動態解析
大石 裕晃, 落合 博
医学のあゆみ 2021.3
-
CRISPR ライブラリーを利用した機能解析
落合 博
月刊「細胞」 2019.2
-
高次クロマチン構造のライブイメージング
落合 博
生体の科学 2017.6
-
新規一塩基置換導入法による高発がん性遺伝病の原因変異の同定
落合 博, 松浦 伸也
医学のあゆみ 2015.1
-
Efficient TALEN construction and evaluation methods for human cell and animal applications Reviewed
Tetsushi Sakuma, Sayaka Hosoi, Knut Woltjen, Ken-ichi Suzuki, Keiko Kashiwagi, Housei Wada, Hiroshi Ochiai, Tatsuo Miyamoto, Narudo Kawai, Yasunori Sasakura, Shinya Matsuura, Yasushi Okada, Atsuo Kawahara, Shigeo Hayashi, Takashi Yamamoto
GENES TO CELLS 2013.4
-
ゲノム編集技術を用いた遺伝子発現の定量的イメージング
落合 博, 柴田達夫, 山本 卓
細胞工学 2013.4
-
TALE nuclease (TALEN)を用いた培養細胞におけるゲノム編集
落合 博, 佐久間哲史, 松浦伸也, 山本 卓
実験医学 2013.1
-
創薬研究を加速する空間オミクス技術
落合 博, 大川 恭行
実験医学増刊 あなたのラボから薬を生み出す アカデミア創薬の実践 All JAPAN体制の先端技術支援を利用した創薬の最前線 2024.1
-
ヒト培養細胞における1本鎖DNAを用いた簡便な放射線感受性候補SNP導入法の開発
宮本 達雄, 柳原 啓見, 落合 博, 山本 卓, 松浦 伸也
広島医学 2016.4
-
ゲノム編集法を用いた放射線感受性の個人差を規定する遺伝的素因の同定
宮本 達雄, Royba Ekaterina, Akutsu Silvia Natsuko, 柳原 啓見, 落合 博, 工藤 美樹, 田代 聡, 山本 卓, 松浦 伸也
放射線生物研究 2015.9
-
Genome editing using zinc-finger nucleases (ZFNs) and transcription activator-like effector nucleases (TALENs) Reviewed
Hiroshi Ochiai, Takashi Yamamoto
Targeted Genome Editing Using Site-Specific Nucleases: ZFNs, TALENs, and the CRISPR/Cas9 System 2015.1
Industrial property rights
| Patent | Number of applications: 0 | Number of registrations: 0 |
| Utility model | Number of applications: 0 | Number of registrations: 0 |
| Design | Number of applications: 0 | Number of registrations: 0 |
| Trademark | Number of applications: 0 | Number of registrations: 0 |
Professional Memberships
-
THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN
-
THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
-
The Japanese society for Genome Editing
-
The Japanese Society for Epigenetics
Academic Activities
-
企画立案・運営等 International contribution
シンポジウム 2SBP「高次ゲノム構造揺らぎとその機能」の開催 （ 名古屋 ） 2023.11
-
企画立案・運営等
令和５年遺伝研究会 クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御 （ 国立遺伝学研究所 ） 2023.10
-
不明
ワークショップ S2「基礎技術セッション」の開催 2023.6 - Present
-
不明
新学術領域・学術変革A合同 若手の会 2022 （ SORA-RINKU (大阪) ） 2022.10 - 2022.11
-
企画立案・運営等
令和4年遺伝研究会 クロマチン・細胞核構造の動的変換とゲノム機能制御 （ 国立遺伝学研究所 ） 2022.10
-
Journal of Biochemistry International contribution
2022.1 - 2024.12
-
不明
第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会 （ オンライン ） 2021.12
-
文部科学省 学術調査官（科学研究費補助金担当）
Role(s)： Review, evaluation
文部科学省 研究振興局 2021.8 - 2023.7
-
不明
ワークショップ 1PW-04「1細胞解析から紐解くクロマチンポテンシャル」の開催 （ オンライン ） 2020.12
-
企画立案・運営等
ワークショップ「クロマチン動態のイメージング・定量解析による核機能理解」の開催 2017.12
-
企画立案・運営等
シンポジウム「ゲノム機能制御の多階層的理解 ~クロマチンの分子構造から核内動態まで~」の開催 （ 神戸ポートピアホテル ） 2017.9
Research Projects
-
哺乳類初期発生における細胞可塑性を制御するエピコードの解読
Grant number：24H02326 2024 - 2028
日本学術振興会・文部科学省 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(A)
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
-
マルチモーダル時空間統合オミクス解析による哺乳類細胞運命制御基盤の理解
2023 - 2028
戦略的創造研究推進事業 (文部科学省)
Authorship：Principal investigator Grant type：Contract research
-
転写動態制御を担うゲノムモダリティ要因の理解
Grant number：23H04286 2023 - 2024
日本学術振興会・文部科学省 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(A)
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
-
高次定量イメージングによる転写動態制御機構の解明
2023
自然科学研究助成
Authorship：Principal investigator Grant type：Contract research
-
転写活性状態を制御する高次ゲノム構造形成因子の同定
2023
公益財団法人 武田科学振興財団 生命科学研究助成
Authorship：Principal investigator Grant type：Contract research
-
高次ゲノム構造動態と遺伝子発現の連関解明
Grant number：22H02609 2022 - 2024
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B)
Grant type：Scientific research funding
-
姉妹染色分体間の非ゲノム情報複製と転写動態の連関性解明
Grant number：22H04694 2022 - 2023
日本学術振興会・文部科学省 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型）
Grant type：Scientific research funding
-
不活性化X染色体の決定におけるゲノムモダリティ制御要因の解明
Grant number：21H05753 2021 - 2022
日本学術振興会・文部科学省 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(A)
Grant type：Scientific research funding
-
細胞ポテンシャル測定システムの開発
2020 - 2021
科学技術振興費(主要5分野) (文部科学省)
Grant type：Contract research
-
高次ゲノム構造が織りなす複雑な遺伝子発現制御動態の解明
Grant number：19K06612 2019 - 2021
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
Grant type：Scientific research funding
-
増幅遺伝子のコピー数の制御機構の解明
Grant number：19K22566 2019 - 2020
日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的研究（萌芽）
Grant type：Scientific research funding
-
核内RNAボディによるクロマチン制御機構の解明
2018 - 2022
日本学術振興会・文部科学省 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型）
Grant type：Scientific research funding
-
遺伝子発現制御と高次ゲノム構造動態の関係解明
Grant number：16H01407 2016 - 2017
日本学術振興会・文部科学省 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型）
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
-
細胞多様性決定要因の網羅解析技術の開発
2015 - 2018
科学技術振興費(主要5分野) (文部科学省)
Authorship：Principal investigator Grant type：Contract research
-
遺伝子核内配置－転写同時ライブイメージングを利用した多能性幹細胞不均一性の解明
Grant number：15K18467 2015 - 2017
科学研究費助成事業 若手研究(A,B)
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
-
Stochastic promoter activation affects Nanog expression variability in mouse embryonic stem cells
2015
Authorship：Principal investigator Grant type：On-campus funds, funds, etc.
-
細胞核内ライブイメージングを利用した多能性幹細胞不均一性の解明
2015
「発生医学の共同研究拠点」(熊本大学)共同研究課題
Authorship：Principal investigator Grant type：On-campus funds, funds, etc.
-
ゲノム編集法を用いた放射線感受性の個人差を規定する遺伝的素因の同定
2014 - 2016
科学研究費助成事業
Grant type：Competitive funding other than Grants-in-Aid for Scientific Research
-
新規な一塩基置換導入法の確立と疾患関連SNPの機能解析への応用
Grant number：25830138 2013 - 2014
科学研究費助成事業 若手研究(A,B)
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
-
革新的一塩基置換導入法の確立とヒト遺伝病解析への応用
2013
平成25年度笹川科学研究助成
Authorship：Principal investigator Grant type：On-campus funds, funds, etc.
-
高効率一塩基置換法の確立
2013
H24年度第２回「産学連携若手研究者支援プログラム」
Authorship：Principal investigator Grant type：On-campus funds, funds, etc.
-
発光イメージングを利用したDNA修復経路の破綻による神経症状発症機構の解明
Grant number：11J02843 2011 - 2013
日本学術振興会 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
-
多細胞生物における細胞間の遺伝子発現のゆらぎとその制御に関する研究
Grant number：09J01990 2009 - 2010
日本学術振興会 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
Class subject
-
生命医科学II
2023.4 - 2023.9 First semester
Visiting, concurrent, or part-time lecturers at other universities, institutions, etc.
-
2023 広島大学・ゲノム編集イノベーションセンター Classification:Affiliate faculty Domestic/International Classification:Japan
Social Activities
-
日本医学会連合 ゲノム編集解説ウェブサイト 執筆協力
日本医学会連合 2023.6
-
「みんな違ってそれでいい：細胞の個性を考える」質問対応・研究室訪問
フロムページ オンライン 2022.7
-
GET TO KNOW OUR DPs & DRs
Hiroshima University 2022.4
-
みんな違ってそれでいい：細胞の個性を考える
フロムページ 2021.11
-
ゲノム編集技術
広島大学 オンライン 2021.9
-
Scientists identify the molecules responsible for transcriptional bursting
RIKEN 2020.9
-
Simultaneous live imaging of a specific gene's transcription, dynamics
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2014.1
Media Coverage
-
細胞多様化の一因明らかに 再生医療へ応用期待
中国新聞(朝刊) 2020.8
-
ゲノム編集と生細胞イメージング技術による1細胞・1分子生物学の発展
ゲノム編集学会メールマガジン 第10号 (2019.12) 2019.12
-
Math shows why animals can see at night
ScienceDaily 2019.9
-
遺伝子の核内動態と細胞の個性をひもとく
日経バイオテク 2015.11
-
Live Imaging of a Specific Gene's Transcription and Dynamics
MDT Medical Design Technology 2015.6
-
広島大が標的遺伝子の細胞内位置と活性を同時に可視化するROLEX技術、CRISPR/dCas9を活用
日経バイオテクONLINE 2015.6
-
Simultaneous live imaging of a specific gene's transcription and dynamics
Eurekalert! 2015.6
-
Simultaneous live imaging of a specific gene's transcription and dynamics
Phys.org 2015.6
-
マウス胚性幹細胞における確率的なプロモーター活性化がNanog発現のばらつきに影響を与える
2014.11
-
【山本研ゲノム編集アップデイト(3)】Wageningen大、DNAガイドを介した新規DNA切断現象を原核生物で発見
日経バイオテク 2014.3
-
広島大と理研が人工ヌクレアーゼZFNで遺伝子挿入、ウニ初期胚1細胞の遺伝子発現を可視化
日経バイオテクONLINE 2012.6