研究者詳細 - 髙橋大樹

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タカハシ　ダイキ

髙橋大樹

TAKAHASHI DAIKI

所属

農学研究院環境農学部門助教

研究分野

ライフサイエンス / 進化生物学
ライフサイエンス / 生態学、環境学
ライフサイエンス / 多様性生物学、分類学

経歴

九州大学大学院農学研究院助教

2024年11月 - 現在
東北大学大学院農学研究科特任助教

2024年4月 - 2024年10月
東北大学大学院農学研究科日本学術振興会特別研究員（PD）

2021年4月 - 2024年3月
京都大学大学院人間・環境学研究科日本学術振興会特別研究員（DC1）

2018年4月 - 2021年3月

学歴

京都大学大学院人間・環境学研究科

2016年4月 - 2021年3月

受賞

奨励賞

2023年3月日本植物分類学会

論文

Deer grazing drove an assemblage-level evolution of plant dwarfism in an insular system 査読国際共著

Takahashi, D; Suyama, Y; Fukushima, K; Setoguchi, H; Sakaguchi, S

Journal of Ecology 112 ( 6 ) 1383 - 1396 2024年6月（ ISSN:0022-0477 eISSN:1365-2745 ）

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担当区分：筆頭著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/1365-2745.14309

Web of Science
Demographic history and conservation aspects of two relict shrubs (Daphnimorpha spp., Thymelaeaceae) showing disjunct and restricted distribution in the southern part of Japan 査読国際共著

Takahashi, D; Suyama, Y

Tree Genetics & Genomes 19 ( 5 ) 2023年10月（ ISSN:1614-2942 eISSN:1614-2950 ）

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担当区分：筆頭著者,　責任著者掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s11295-023-01618-6

Web of Science
Geographic and subsequent biotic isolations led to a diversity anomaly of section Heterotropa (genus Asarum: Aristolochiaceae) in insular versus continental regions of the Sino-Japanese Floristic Region 査読国際共著

Takahashi, D; Feng, Y; Sakaguchi, S; Isagi, Y; Qiu, YX; Li, P; Lu, RS; Lu, CT; Chung, SW; Lin, YS; Chen, YC; Nagano, AJ; Kawaguchi, L; Setoguchi, H

Journal of Biogeography 48 ( 8 ) 1917 - 1929 2021年8月（ ISSN:0305-0270 eISSN:1365-2699 ）

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/jbi.14121

Web of Science

CiNii Research
Unraveling enigmatic disjunctions: Population genetic analysis points to independent origins of rare rhododendrons in the Rhododendron keiskei complex (Ericaceae) 査読国際共著

Sakaguchi, S.; Choi, H.; Yoichi, W; Takahashi, D.; Hirota, S.K.; Maki, M.; Murakami, S.; Harada, T.; Kobayashi, N.; Kurashige, Y.; Song, J.; Choi, H.; Kim S.

TAXON 2024年11月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/tax.13288
Multidisciplinary assessment of a restored mangrove ecosystem in Guanabara Bay, Brazil: linking science and conservation 査読国際共著

dos Santos, AA; Nunes-Freitas, AF; Tompson, CM; Barbosa, G; Takahashi, D; Suyama, Y;. Lira, CF

Wetlands Ecology and Management 2024年9月（ ISSN:0923-4861 eISSN:1572-9834 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s11273-024-10012-5

Web of Science
Chloroplast genome-based genetic resources via genome skimming for the subalpine forests of Japan and adjacent regions 査読

Worth J.R.P., Kikuchi S., Kanetani S., Takahashi D., Aizawa M., Marchuk E.A., Choi H.J., Polezhaeva M.A., Sheiko V.V., Ueno S.

Ecology and Evolution 14 ( 7 ) e11584 2024年7月（ ISSN:2045-7758 eISSN:2045-7758 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Ecology and Evolution

The Japanese subalpine zone is dominated by an ecologically important forest biome, subalpine coniferous forest, constituting a distinct assemblage of cold-tolerant angiosperm and conifer species. While being relatively intact compared to other forest biomes in Japan, subalpine coniferous forests are under significant threat from deer browsing, global warming and small population size effects. However, there is a severe lack of genetic resources available for this biome's major constituent plant species. This study aimed to develop chloroplast genome-based genetic resources for 12 widespread subalpine tree and shrub species (7 angiosperms and 5 conifers) via genome skimming of whole-genomic DNA using short reads (100–150 bp in length). For 10 species, whole chloroplast genomes were assembled via de novo-based methods from 4 to 10 individuals per species sampled from across their ranges in Japan and, for non-Japanese endemic species, elsewhere in northeast Asia. A total of 566 single nucleotide polymorphisms for Japanese samples and 768 for all samples (varying from 2 to 202 per species) were identified which were distributed in geographically restricted lineages in most species. In addition, between 9 and 58 polymorphic simple sequence repeat regions were identified per species. For two Ericaceae species (Rhododendron brachycarpum and Vaccinium vitis-idaea) characterised by large chloroplast genomes, de novo assembly failed, but single nucleotide polymorphisms could be identified using reference mapping. These data will be useful for genetic studies of species taxonomic relationships, investigating phylogeographic patterns within species, developing chloroplast-based markers for conservation genetic studies and has potential application for studies of environmental and ancient DNA.

DOI： 10.1002/ece3.11584

Web of Science

Scopus

PubMed
Genomic and morphological data reveal a critically endangered new species from the Atlantic Forest, Paepalanthus salimenae (Eriocaulaceae) 査読国際共著

Cabrini, M; Lira, C; Suyama, Y; Takahashi, D; Ishikawa, N; Paglia, I; Trovó, M

Phytotaxa 655 ( 2 ) 173 - 186 2024年6月（ ISSN:1179-3155 eISSN:1179-3163 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.11646/phytotaxa.655.2.5

Web of Science
Insights from genetic research: SNP analyses confirm white clover naturalization in Brazil 査読国際共著

Alencar, AS; Suyama, Y; Takahashi, D; Mansano, VF; Lira, CF

Genetic Resources and Crop Evolution 2024年5月（ ISSN:0925-9864 eISSN:1573-5109 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s10722-024-02020-4

Web of Science
eDNA metabarcoding analysis reveals the consequence of creating ecosystem-scale refugia from deer grazing for the soil microbial communities 査読

Kadowaki, K; Honjo, MN; Nakamura, N; Kitagawa, Y; Ishihara, MI; Matsuoka, S; Tachiki, Y; Fukushima, K; Sakaguchi, S; Mizuki, I; Fujiki, D; Sakai, M; Takayanagi, A; Yamasaki, M; Tokuchi, N; Takahashi, D; Nagasawa, K; Masuda, K

Environmental DNA 5 ( 6 ) 1732 - 1742 2023年11月（ ISSN:2637-4943 eISSN:2637-4943 ）

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1002/edn3.498

Web of Science
Comparative reproductive ecology of two sister Asarum species (Aristolochiaceae) in relation to the evolution of elongated floral appendage 査読国際共著

Takahashi, D; Sakaguchi, S; Teramine, T; Setoguchi, H

Plant Biology 24 ( 6 ) 987 - 997 2022年8月（ ISSN:1435-8603 eISSN:1438-8677 ）

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/plb.13456

Web of Science

PubMed

その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1111/plb.13456
Stable persistence of relict populations involved evolutionary shifts of reproductive characters in the genus Tanakaea (Saxifragaceae) 査読国際共著

Takahashi, D; Isagi, Y; Li, P; Qiu, YX; Setoguchi, H; Suyama, Y; Matsuo, A; Tsunamoto, Y; Sakaguchi, S

Journal of Systematics and Evolution 60 ( 6 ) 1405 - 1416 2022年5月（ ISSN:1674-4918 eISSN:1759-6831 ）

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1111/jse.12849

Web of Science
Ribes fujisanense (Grossulariaceae): A New Obligate Epiphytic Species of Gooseberry Discovered in Central Japan 査読国際共著

Sakaguchi S.; Oishi M.; Takahashi D.; Matsuo A.; Hirota S. K.;, Suyama Y.; Setoguchi H.

Acta Phytotaxonomica et Geobotanica 73 ( 1 ) 49 - 56 2022年2月（ ISSN:1346-7565 eISSN:2189-7042 ）

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記述言語：英語出版者・発行元：日本植物分類学会

DOI： 10.18942/apg.202109

CiNii Research
Phylogeographic analysis of Saxifraga fortunei complex (Saxifragaceae) reveals multiple origins of morphological and ecological variations in the Japanese Archipelago 査読国際共著

Magota, K; Sakaguchi, S; Lee, JS; Yamamoto, M; Takahashi, D; Nagano, AJ; Setoguchi, H

MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION 163 2021年10月（ ISSN:1055-7903 eISSN:1095-9513 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1016/j.ympev.2021.107230

Web of Science

PubMed
Functional Traits Divergence in Parallelly Evolved Rheophytic Populations of Solidago virgaurea L. Complex (Asteraceae) in Japan 査読国際共著

Sakaguchi, S; Abe, A; Nagasawa, K; Takahashi, D; Setoguchi, H; Maki, M; Kyan, R; Nishino, T; Ishikawa, N; Hirota, SK; Suyama, Y; Ito, M

ACTA PHYTOTAXONOMICA ET GEOBOTANICA 72 ( 2 ) 93 - 111 2021年6月（ ISSN:1346-7565 eISSN:2189-7042 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：日本植物分類学会

DOI： 10.18942/apg.202012

Web of Science

CiNii Research
Inferring historical survivals of climate relicts: the effects of climate changes, geography, and population-specific factors on herbaceous hydrangeas 査読国際共著

Sakaguchi, S; Asaoka, Y; Takahashi, D; Isagi, Y; Imai, R; Nagano, AJ; Qiu, YX; Li, P; Lu, RS; Setoguchi, H

HEREDITY 126 ( 4 ) 615 - 629 2021年4月（ ISSN:0018-067X eISSN:1365-2540 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1038/s41437-020-00396-4

Web of Science

PubMed
Pre-quaternary diversification and glacial demographic expansions of Cardiocrinum (Liliaceae) in temperate forest biomes of Sino-Japanese Floristic Region 査読国際共著

Lu, R; Chen, Y; Tamaki, I; Sakaguchi, S; Ding, Y; Takahashi, D; Li, P; Isaji, Y; Chen, J; Qiu Y.

Molecular Phylogenetics and Evolution 143 106693 2020年2月（ ISSN:1055-7903 eISSN:1095-9513 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.ympev.2019.106693

DOI： 10.3390/d13050185_references_DOI_UPCvQBDBhI4af0tTEZHzkYuVuli

Web of Science

PubMed

CiNii Research
Development and characterization of EST-SSR markers in creeping mazus (Mazus miquelii), and cross-amplification in five related species 査読国際共著

Yamamoto, M; Takahashi, D; Yu, CC; Setoguchi, H

TAIWANIA 65 ( 2 ) 249 - 252 2020年（ ISSN:0372-333X ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.6165/tai.2020.65.249

Web of Science
京都府芦生にてフガクスズムシソウ (ラン科) を記録する査読国際共著

阪口翔太, 福本繁, 長澤耕樹, 増田和俊, 髙橋大樹, 瀬戸口浩彰, 古田卓, 岸本泰典, 平塚健一, 船津慧, 石原正恵

植物地理・分類研究 68 ( 2 ) 81 - 88 2020年

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.18942/CHIRIBUNRUI.0682-01
Genetic data reveals a complex history of multiple admixture events in presently allopatric wild gingers (Asarum spp.) showing intertaxonomic clinal variation in calyx lobe length 査読国際共著

Takahashi, D.; Teramine, T.; Sakaguchi, S.; Setoguchi H.

Molecular Phylogenetics and Evolution 137 146 - 155 2019年8月（ ISSN:1055-7903 eISSN:1095-9513 ）

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Elsevier BV

DOI： 10.1016/j.ympev.2019.05.003

Web of Science

PubMed

CiNii Research
Development and characterization of EST-SSR markers for Saxifraga fortunei var. incisolobata (Saxifragaceae) 査読国際共著

Magota, K; Takahashi, D; Setoguchi, H

Applications in Plant Sciences 7 ( 7 ) 2019年7月（ ISSN:2168-0450 eISSN:2168-0450 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Wiley

DOI： 10.1002/aps3.11275

Web of Science

PubMed

CiNii Research
Speciation and subsequent secondary contact in two edaphic endemic primroses driven by Pleistocene climatic oscillation 査読国際共著

Yamamoto M.; Takahashi, D.; Horita, K.; Setoguchi H.

Heredity 124 ( 1 ) 93 - 107 2019年6月（ ISSN:0018-067X eISSN:1365-2540 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

DOI： 10.1038/s41437-019-0245-8

Web of Science

PubMed

CiNii Research

その他リンク： http://www.nature.com/articles/s41437-019-0245-8
Relationships among Flower Color Polymorphism, Feeding by Visiting Insects, and Seed Production in Hepatica nobilis var. japonica 査読国際共著

Kameoka, S.; Murai, Y.; Ohashi, K.; Sakio, H.; Abe, H.; Takahashi, D.; Nagasawa, K.; Setoguchi H.

Bulletin of the National Museum of Nature and Science Series B-Botany 45 ( 1 ) 17 - 27 2019年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Comparative chloroplast genomics of series Sakawanum in genus Asarum (Aristolochiaceae) to develop single nucleotide polymorphisms (SNPs) and simple sequence repeat (SSR) markers 査読国際共著

Takahashi, D.; Sakaguchi, S.; Isagi, Y.; Setoguchi H.;

Journal of Forest Research 23 ( 6 ) 387 - 392 2018年9月（ ISSN:1341-6979 eISSN:1610-7403 ）

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Informa UK Limited

DOI： 10.1080/13416979.2018.1518649

DOI： 10.1016/j.ympev.2019.05.003_references_DOI_Zi5zmZKQHkJHWuVI0agWuM7BcPd

Web of Science

CiNii Research

その他リンク： https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16H04831/
Floral morphology and pollinator fauna of sister species Primula takedana and P. hidakana in Hokkaido Island, Japan 査読国際共著

Yamamoto M.; Horita, K.; Takahashi, D.; Murai, Y.; Setoguchi H.

Bulletin of the National Museum of Nature and Science. Series B, Botany 44 ( 2 ) 97 - 103 2018年5月（ ISSN:1881-9060 ）

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記述言語：英語

CiNii Books

CiNii Research
Relative contributions of neutral and non-neutral processes to clinal variation in calyx lobe length in the series Sakawanum (Asarum: Aristolochiaceae) 査読国際共著

Takahashi D.; Teramine, T.; Sakaguchi, S.; Setoguchi H.

Annals of Botany 121 ( 1 ) 37 - 46 2017年11月（ ISSN:0305-7364 eISSN:1095-8290 ）

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)

DOI： 10.1093/aob/mcx122

DOI： 10.1080/13416979.2018.1518649_references_DOI_3F9m49X4JgPnEvX01tqqgzYFSqQ

Web of Science

PubMed

CiNii Research
Genetic structure of the clonal herb Tanakaea radicans (Saxifragaceae) at multiple spatial scales, revealed by nuclear and mitochondrial microsatellite markers 査読国際共著

Sakaguchi S.; Takahashi, D.; Setoguchi, H.; Isagi Y.

Plant Species Biology 33 ( 1 ) 81 - 87 2017年11月（ ISSN:0913-557X eISSN:1442-1984 ）

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記述言語：英語出版者・発行元：Wiley

DOI： 10.1111/1442-1984.12196

Web of Science

CiNii Research

その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1111/1442-1984.12196
Molecular phylogeny and taxonomic implications of Asarum (Aristolochiaceae) based on ITS and matK sequences 国際共著

Takahashi D.; Setoguchi H.

Plant Species Biology 33 ( 1 ) 28 - 41 2017年9月（ ISSN:0913-557X eISSN:1442-1984 ）

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Wiley

DOI： 10.1111/1442-1984.12189

DOI： 10.1080/13416979.2018.1518649_references_DOI_Y1M4adIuKKFggOKMZOJpwD9SsHs

Web of Science

CiNii Research

その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1111/1442-1984.12189
Development and characterization of EST-SSR markers in Asarum sakawanum var. stellatum and cross-amplification in related species 査読

Takahashi, D; Sakaguchi, S; Setoguchi, H

Plant Species Biology 32 ( 3 ) 256 - 260 2017年7月（ ISSN:0913-557X eISSN:1442-1984 ）

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者

DOI： 10.1111/1442-1984.12156

Web of Science
Application of a simplified method of chloroplast enrichment to small amounts of tissue for chloroplast genome sequencing 査読国際共著

Sakaguchi, S.; Ueno, S.; Tsumura, Y.; Setoguchi, H.; Ito, M.; Hattori, C.; Nozoe, S.; Takahashi, D.; Nakamasu, R.; Sakagami, T.; Lannuzel, G.; Fogliani, B.; Wulff, A. S.; L'Huillier, L.; Isagi Y.

Applications in Plant Sciences 5 ( 5 ) 1700002 2017年5月（ ISSN:2168-0450 eISSN:2168-0450 ）

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Wiley

DOI： 10.3732/apps.1700002

DOI： 10.1080/13416979.2018.1518649_references_DOI_MhRpry5EP0H92GZk4ZcaUGLzpYi

Web of Science

PubMed

CiNii Research

その他リンク： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.3732/apps.1700002

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共同研究・競争的資金等の研究課題

注目されないけど、実は日本海離島がすごい！？生物進化における古くて近い島の役割

研究課題/領域番号：24K01794 2024年4月 - 2028年3月

科学研究費助成事業基盤研究（B）

阿部晴恵, 高橋大樹, 指村奈穂子

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担当区分：研究分担者資金種別：科研費
屋久島高山域にて平行進化している矮小植物群の進化基盤の解明

研究課題/領域番号：23K14246 2023年4月 - 2025年3月

科学研究費助成事業若手研究

高橋大樹

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担当区分：研究代表者資金種別：科研費

屋久島高山帯では多くの分類群が普通型と比べて植物体サイズが著しく小型化していることが知られている。これまでの研究よりこれら矮小分類群は、ヤクシカからの採食を回避するために進化したことが示唆されている。一方で矮小化への自然選択の影響や、広範な分類群における平行進化が共通の遺伝的基盤に基づいているかなどは明らかになっていない。本研究課題では屋久島で矮小化している複数分類群の全ゲノム配列の決定を行い、矮小進化の遺伝的基盤の解明を目指す。

CiNii Research
日本産針葉樹全種の遺伝的多様性統合解析

研究課題/領域番号：23H00337 2023年4月 - 2025年3月

科学研究費助成事業基盤研究（A）

陶山佳久, 北村系子, 津村義彦, Worth James, 内山憲太郎, 青木裕一, 戸丸信弘, 岩泉正和, 高橋大樹, 逢沢峰昭, 玉城聡

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担当区分：研究分担者資金種別：科研費

日本産針葉樹を対象として、これまでに個々の研究者が収集して従来技術により分析してきたDNAサンプルを集約する。また、これまでの未着手種・地域分を新規・追加採取し、日本産針葉樹全種（39種）のほぼ全分布域を網羅する。これらから次世代DNA分析技術により高精度・高解像度な遺伝的多様性情報を取得してデータベースを構築するとともに、それらの個別解析・統合解析を実施する。統合解析では、共通評価軸によって各種の遺伝的多様性を種間比較する。また、地域集団の情報を全種で重ね合わせ、日本列島における日本産針葉樹の遺伝的多様性・分化の分布パターンを視覚化して統合解析する。

CiNii Research
集団ゲノミクス解析を用いたニューカレドニアの隠蔽種発見による植物保全遺伝学の展開

研究課題/領域番号：21KK0104 2021年10月 - 2027年3月

科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

陶山佳久, 井鷺裕司, 高橋大樹, 松尾歩

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資金種別：科研費

生物多様性ホットスポットとして知られるニューカレドニアにおいて、急速に失われつつある自然植生を構成する固有植物の現地分布調査および高精度な集団ゲノミクス解析を実施し、未だに知られていない隠蔽種・亜種・変種・地域系統の存在を効率的に発見する。これにより、植物分類学および進化生物学的成果のみならず、より正確な生物多様性評価のために寄与し、貴重な植物の保全のために貢献する。また、集団ゲノミクス分析技術によって我が国が世界各地の生物多様性保全に貢献する基盤を構築し、将来にわたる継続的な保全遺伝学的プロジェクトを実現するための人材育成を行う。

CiNii Research
屋久島高山帯における植物の矮小化要因の解明-ヤクシカの被食回避仮説の検証

研究課題/領域番号：22KJ0154 2021年4月 - 2024年3月

科学研究費助成事業特別研究員奨励費

高橋大樹

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担当区分：研究代表者資金種別：科研費

屋久島の高山帯では100分類群以上の植物が普通型と比べて著しく植物体サイズが小型化している。これら矮小分類群はヤクシカの採食を回避するために進化してきた可能性がこれまでの研究より示されているが、矮小進化に関わる分子基盤はこれまで明らかになっていない。本年度はキク科アキノキリンソウの矮小型分類群、イッスンキンカを対象として全ゲノム解析やQTL解析を行うことで矮小進化の分子基盤の解明を目指す。

CiNii Research
萼裂片長の地理的勾配を示すカンアオイ属サカワサイシン節の進化過程の解明

研究課題/領域番号：18J22919 2018年4月 - 2021年3月

科学研究費助成事業特別研究員奨励費

高橋大樹

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担当区分：研究代表者資金種別：科研費

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