2026/04/13 更新

お知らせ

 

写真a

サワフジ　リカイ
澤藤 りかい
SAWAFUJI RIKAI
所属
比較社会文化研究院 環境変動部門 講師
アジア埋蔵文化財研究センター （併任）
地球社会統合科学府 地球社会統合科学専攻（併任）
職名
講師
ホームページ
外部リンク

研究分野

  • ライフサイエンス / 自然人類学

  • ライフサイエンス / 自然人類学

  • 人文・社会 / 考古学

  • ライフサイエンス / 生態学、環境学

  • 人文・社会 / 文化財科学

  • 人文・社会 / 家政学、生活科学

  • 人文・社会 / 博物館学

▼全件表示

学位

  • 博士（理学） （ 2017年6月 東京大学 ）

経歴

  • 九州大学 大学院比較社会文化研究院 環境変動部門 講師 

    2024年12月 - 現在

    　 詳細を見る

    国名：日本国

  • コペンハーゲン大学 GLOBE Institute 外来研究員 

    2021年9月 - 2024年9月

  • 日本学術振興会  特別研究員（CPD） 

    2020年10月 - 2024年11月

研究テーマ・研究キーワード

  • 研究テーマ： 文化財科学

    研究キーワード： 文化財科学

    研究期間： 2025年

  • 研究テーマ： 古代プロテオミクス

    研究キーワード： 古代プロテオミクス

    研究期間： 2025年

  • 研究テーマ： 古代DNA

    研究キーワード： 古代DNA

    研究期間： 2025年

  • 研究テーマ： 生物考古学

    研究キーワード： 生物考古学

    研究期間： 2025年

  • 研究テーマ： 自然人類学

    研究キーワード： 自然人類学

    研究期間： 2025年

  • 研究テーマ： 生物考古学における新たな手法の開発

    研究キーワード： 生物考古学、古代DNA、古代タンパク質

    研究期間： 2024年12月 - 現在

  • 研究テーマ： 生物考古学

    研究キーワード： 生物考古学

    研究期間： 2024年12月 - 現在

論文

  • From bones to sediments: Ancient human DNA from open-air archaeological sites 査読

    Sawafuji, R; Sawaura, R; Yokoo, M; Kumaki, T; Thomasen, NA; Tsutaya, T; Pedersen, MW

    JOURNAL OF ARCHAEOLOGICAL SCIENCE   189   2026年5月   （ ISSN:0305-4403 eISSN:1095-9238 ）

    　詳細を見る

  • A male Denisovan mandible from Pleistocene Taiwan 査読

    Tsutaya, T; Sawafuji, R; Taurozzi, AJ; Fagernäs, Z; Patramanis, I; Troché, G; Mackie, M; Gakuhari, T; Oota, H; Tsai, CH; Olsen, JV; Kaifu, Y; Chang, CH; Cappellini, E; Welker, F

    SCIENCE   388 ( 6743 )   176 - 180   2025年4月   （ ISSN:0036-8075 eISSN:1095-9203 ）

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Science  

    Denisovans are an extinct hominin group defined by ancient genomes of Middle to Late Pleistocene fossils from southern Siberia. Although genomic evidence suggests their widespread distribution throughout eastern Asia and possibly Oceania, so far only a few fossils from the Altai and Tibet are confidently identified molecularly as Denisovan. We identified a hominin mandible (Penghu 1) from Taiwan (10,000 to 70,000 years ago or 130,000 to 190,000 years ago) as belonging to a male Denisovan by applying ancient protein analysis. We retrieved 4241 amino acid residues and identified two Denisovan-specific variants. The increased fossil sample of Denisovans demonstrates their wider distribution, including warm and humid regions, as well as their shared distinct robust dentognathic traits that markedly contrast with their sister group, Neanderthals.

    DOI： 10.1126/science.ads3888

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  • From bones to sediments: ancient human DNA from open-air archaeological sites 査読

    Rikai Sawafuji, Ryohei Sawaura, Masaki Yokoo, Toshiaki Kumaki, Nils August Thomasen, Takumi Tsutaya, Mikkel Winther Pedersen

    Journal of Archaeological Science   2025年3月

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者,　責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1101/2025.03.19.643861

  • Tracing early pastoralism in Central Europe using sedimentary ancient DNA 査読

    Zampirolo G., Holman L.E., Sawafuji R., Ptáková M., Kovačiková L., Šída P., Pokorný P., Pedersen M.W., Walls M.

    Current Biology   34 ( 20 )   4650 - 4661.e4   2024年9月   （ ISSN:0960-9822 ）

    　詳細を見る

    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Current Biology  

    Central European forests have been shaped by complex human interactions throughout the Holocene, with significant changes following the introduction of domesticated animals in the Neolithic (∼7.5–6.0 ka before present [BP]). However, understanding early pastoral practices and their impact on forests is limited by methods for detecting animal movement across past landscapes. Here, we examine ancient sedimentary DNA (sedaDNA) preserved at the Velký Mamuťák rock shelter in northern Bohemia (Czech Republic), which has been a forested enclave since the early Holocene. We find that domesticated animals, their associated microbiomes, and plants potentially gathered for fodder have clear representation by the Late Neolithic, around 6.0 ka BP, and persist throughout the Bronze Age into recent times. We identify a change in dominant grazing species from sheep to pigs in the Bronze Age (∼4.1–3.0 ka BP) and interpret the impact this had in the mid-Holocene retrogressions that still define the structure of Central European forests today. This study highlights the ability of ancient metagenomics to bridge archaeological and paleoecological methods and provide an enhanced perspective on the roots of the “Anthropocene.”

    DOI： 10.1016/j.cub.2024.08.047

    Scopus

  • East and Southeast Asian hominin dispersal and evolution: A review 査読

    Sawafuji R., Tsutaya T., Takahata N., Pedersen M.W., Ishida H.

    Quaternary Science Reviews   333   108669 - 108669   2024年6月   （ ISSN:0277-3791 ）

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者,　責任著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Quaternary Science Reviews  

    East and Southeast Asia have served as significant habitats for diverse hominins for more than one million years. This has been demonstrated by numerous studies over the past decade that have reported new discoveries, ages, morphological evidence, and ancient biomolecules from fossils. This has revolutionized our understanding of their evolution and dispersal. However, the existing literature lacks a comprehensive overview that combines insights from different scientific disciplines that are needed to address the still-uncertain or contentious aspects of this field. Here, we provide a synthesis of the timing and distribution of the different hominins that lived in East and Southeast Asia. We then review two biomolecular methods, ancient proteomics and sedimentary ancient DNA, which hold great promise for revealing hominin history in this area.

    DOI： 10.1016/j.quascirev.2024.108669

    Scopus

  • Palaeoproteomic investigation of an ancient human skeleton with abnormal deposition of dental calculus 査読 国際誌

    Uchida-Fukuhara Y., Shimamura S., Sawafuji R., Nishiuchi T., Yoneda M., Ishida H., Matsumura H., Tsutaya T.

    Scientific Reports   14 ( 1 )   5938 - 5938   2024年3月

    　詳細を見る

    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Scientific Reports  

    Detailed investigation of extremely severe pathological conditions in ancient human skeletons is important as it could shed light on the breadth of potential interactions between humans and disease etiologies in the past. Here, we applied palaeoproteomics to investigate an ancient human skeletal individual with severe oral pathology, focusing our research on bacterial pathogenic factors and host defense response. This female skeleton, from the Okhotsk period (i.e., fifth to thirteenth century) of Northern Japan, poses relevant amounts of abnormal dental calculus deposition and exhibits oral dysfunction due to severe periodontal disease. A shotgun mass-spectrometry analysis identified 81 human proteins and 15 bacterial proteins from the calculus of the subject. We identified two pathogenic or bioinvasive proteins originating from two of the three “red complex” bacteria, the core species associated with severe periodontal disease in modern humans, as well as two additional bioinvasive proteins of periodontal-associated bacteria. Moreover, we discovered defense response system-associated human proteins, although their proportion was mostly similar to those reported in ancient and modern human individuals with lower calculus deposition. These results suggest that the bacterial etiology was similar and the host defense response was not necessarily more intense in ancient individuals with significant amounts of abnormal dental calculus deposition.

    DOI： 10.1038/s41598-024-55779-y

    Scopus

    PubMed

  • 近世の日本本土におけるヒトの食事　炭素窒素安定同位体比についてのメタアナリシス(Human diet of premodern mainland Japan: a meta-analysis of carbon and nitrogen stable isotope ratios) 査読

    Tsutaya Takumi, Doi Naomi, Katagiri Chiaki, Sawafuji Rikai, Yoneda Minoru

    Anthropological Science   132 ( 1 )   27 - 38   2024年1月   （ ISSN:0918-7960 ）

    　詳細を見る

    記述言語：英語   出版者・発行元：(一社)日本人類学会  

  • Perspectives and Future Developments Within Sedimentary DNA Research 招待 査読

    Luke E. Holman, Yi Wang, Rikai Sawafuji, Laura S. Epp, Kristine Bohmann, Mikkel Winther Pedersen

    Tracking Environmental Change Using Lake Sediments   393 - 416   2023年12月   （ ISSN:1571-5299 ISBN:9783031437984, 9783031437991 eISSN:2215-1672 ）

    　詳細を見る

    掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：Springer International Publishing  

    DOI： 10.1007/978-3-031-43799-1_13

  • Early Pastoralism in Central European Forests: Insights from Ancient Environmental Genomics 査読

    Giulia Zampirolo, Luke E. Holman, Rikai Sawafuji, Michaela Ptáková, Lenka Kovačiková, Petr Šída, Petr Pokorný, Mikkel Winther Pedersen, Matthew Walls

    2023年12月

    　詳細を見る

  • Human diet of premodern mainland Japan: a meta-analysis of carbon and nitrogen stable isotope ratios 査読

    Tsutaya T., Doi N., Katagiri C., Sawafuji R., Yoneda M.

    Anthropological Science   132 ( 1 )   27 - 38   2023年   （ ISSN:0918-7960 eISSN:1348-8570 ）

    　詳細を見る

    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Anthropological Science  

    The development of the modern industrialized food production system has resulted in a homogeneous human diet worldwide. However, it is not clear whether a developed food production system led to a homogenized human diet also in ancient societies. Due to the lack of large archaeological datasets, we know little about the chronological trends and ancient circumstances of dietary homoge-nization. Here we compiled carbon and nitrogen stable isotope ratios, indicators of palaeodiet, of adult human skeletons from premodern mainland Japan (AD 1603–1868, n = 318) to investigate chronological changes in diet. Comparison with datasets from Japan in modern, premodern (Edo), and foraging (Jomon) periods showed that the human diet was rapidly homogenized isotopically in modern times. Premodern people in Japan typically obtained dietary proteins from C3 crops and fish, and the estab-lishment of agriculture created a new isotope dietary niche compared with the foraging period. Domi-nant protein contributions from agricultural C3 crops cultivated with organic fertilizers and/or rice that are grown in paddy fields with denitrification increased premodern human nitrogen isotope ratios without increasing their carbon isotope ratios. Diet differed according to the social status of individuals or the availability of foods, and a unique diet can be seen in people in higher social classes such as the Shogun family. Meta-analysis of stable isotope ratios of archaeological human skeletons enables a comprehensive understanding of human dietary change through time and regional variations.

    DOI： 10.1537/ase.230718

    Scopus

  • Genomic ancestry, diet and microbiomes of Upper Palaeolithic hunter-gatherers from San Teodoro cave 査読

    Scorrano G., Nielsen S.H., Vetro D.L., Sawafuji R., Mackie M., Margaryan A., Fotakis A.K., Martínez-Labarga C., Fabbri P.F., Allentoft M.E., Carra M., Martini F., Rickards O., Olsen J.V., Pedersen M.W., Cappellini E., Sikora M.

    Communications Biology   5 ( 1 )   2022年11月   （ eISSN:2399-3642 ）

    　詳細を見る

    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Communications Biology  

    Recent improvements in the analysis of ancient biomolecules from human remains and associated dental calculus have provided new insights into the prehistoric diet and genetic diversity of our species. Here we present a multi-omics study, integrating metagenomic and proteomic analyses of dental calculus, and human ancient DNA analysis of the petrous bones of two post-Last Glacial Maximum (LGM) individuals from San Teodoro cave (Italy), to reconstruct their lifestyle and the post-LGM resettlement of Europe. Our analyses show genetic homogeneity in Sicily during the Palaeolithic, representing a hitherto unknown Italian genetic lineage within the previously identified Villabruna cluster. We argue that this lineage took refuge in Italy during the LGM, followed by a subsequent spread to central-western Europe. Analysis of dental calculus showed a diet rich in animal proteins which is also reflected on the oral microbiome composition. Our results demonstrate the power of this approach in the study of prehistoric humans and will enable future research to reach a more holistic understanding of the population dynamics and ecology.

    DOI： 10.1038/s42003-022-04190-2

    Scopus

    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s42003-022-04190-2

  • ホモ属の拡散と生息時期―アジア東部を中心に― 査読

    澤藤りかい, 蔦谷匠, 石田肇

    Ａｎｔｈｒｏｐｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ （Ｊａｐａｎｅｓｅ Ｓｅｒｉｅｓ）   130 ( 1 )   55 - 74   2022年   （ ISSN:1344-3992 eISSN:1348-8813 ）

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：一般社団法人 日本人類学会  

    アジア東部は更新世の後半においてホモ属の多様性が高かった地域であり，ホモ・エレクトス，ホモ・フロレシエンシス，ホモ・ルゾネンシスなど様々なホモ属が生息していた。また，デニソワ洞窟の指骨の古代DNA分析から同定されたデニソワ人や，中期–後期更新世に中国地域に生息していた様々なホミニン，台湾沖の海底から見つかった澎湖人など，他の種との系統関係が不明なものもある。一方で，ホモ・サピエンスは21–6万年前頃と6万年前以降にアフリカから他の地域へと拡散し，アジア東部へと到達した。多様なホモ属とホモ・サピエンスはアジア東部で共存していたのだろうか。本研究では，ネアンデルタール人やホモ・サピエンスも含め，アジア東部において様々なホモ属が，どの地域にいつ生息していたのかに焦点を当て，特に人類化石の出土している遺跡について，現時点で最新の知見をレビューする。また，化石記録だけでなく，デニソワ人やネアンデルタール人，ホモ・サピエンスの遺伝的情報や拡散時期などに関しても概説し，現時点での知見を整理する。最後に，今後ホモ属の系統推定や分類群同定に使われるであろう新たな手法（古代プロテオミクス・土壌の古代DNA）について述べる。

    DOI： 10.1537/asj.220214

    CiNii Research

  • Ethics of DNA research on human remains: five globally applicable guidelines 国際共著

    2021年10月

  • Comparison of Periodontal Bacteria of Edo and Modern Periods Using Novel Diagnostic Approach for Periodontitis With Micro-CT

    2021年9月

    　詳細を見る

    担当区分：責任著者  

  • Fecal proteomics as a novel method to study mammalian behavior and physiology 国際共著

    2021年3月

  • Ancient DNA analysis of food remains in human dental calculus from the Edo period, Japan

    2020年3月

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者,　責任著者  

  • 質量分析を利用したプロテオミクスの考古学・古人類学における応用

    2020年

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者  

  • 歯石の生物考古学 : DNAとプロテオミクスを中心に (特集 ヒトの骨考古学) -- (進歩する分析手法)

    2018年5月

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者,　責任著者  

  • Proteomic profiling of archaeological human bone 国際共著

    2017年6月

    　詳細を見る

    担当区分：筆頭著者  

  • Emulsion PCR-coupled target enrichment: An effective fishing method for high-throughput sequencing of poorly preserved ancient DNA 国際共著

    2013年10月

▼全件表示

書籍等出版物

  • 達人直伝マイクロバイオーム研究実践プロトコール : サンプル調製やデータ解析で陥りがちなピットフォールを攻略し、ヒト微生物叢の本来の姿を捉える

    服部, 正平（担当：分担執筆 範囲:古代サンプルのマイクロバイオーム解析）

    羊土社  2025年7月    （ ISBN:9784758122832 ）

    　詳細を見る

    総ページ数：204p   記述言語：日本語  

    CiNii Books

講演・口頭発表等

  • 古代の病原体DNA解析–その動向と評価について– 招待

    澤藤りかい

    人文学のための古代DNAセミナー  2022年1月 

    　詳細を見る

    会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

    開催地：オンライン  

  • 古代DNAと人類の肉食

    澤藤りかい

    第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会連合大会  2022年9月 

    　詳細を見る

    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

  • サキタリ洞遺跡における古代土壌DNA解析 国際共著

    澤藤りかい, 澤浦亮平, 山崎真治, 藤田祐樹, Mikkel W. Pedersen

    第78回日本人類学会大会  2024年10月 

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：大阪府大阪市  

  • Sedimentary ancient DNA analysis of Hamanaka 2 site, Rebun Island, Hokkaido, Japan. 国際共著 国際会議

    Sawafuji, R, Leipe, C, Weber, A, Kato, H, Ishida, H, Pedersen, M

    The 9th World Archaeological Congress WAC9  2022年7月 

    　詳細を見る

    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：Prague   国名：チェコ共和国  

  • Ancient Human DNA Analysis From Sediment Surrounding Human Bones. 国際会議

    Sawafuji, R, Sawaura, R, Yokoo M

    The 22st Indo-Pacific Prehistory Association, IPPA22  2022年11月 

    　詳細を見る

    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：Chiang Mai   国名：タイ王国  

MISC

  • 古代の病原体DNA 解析―その動向と評価について―

    澤藤 りかい

    文明動態学   2   56 - 64   2023年3月   （ ISSN:2436-8326 ）

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：岡山大学文明動態学研究所  

    DOI： 10.18926/64203

    CiNii Research

  • 肉食をめぐる人類学：第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会大会連合大会シンポジウム報告

    本郷 峻, 近藤 祉秋, 澤藤 りかい, 早川 卓志, 山口 晴香

    霊長類研究   advpub   2023年   （ ISSN:0912-4047 eISSN:1880-2117 ）

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本霊長類学会  

    DOI： 10.2354/psj.39.012

    CiNii Research

  • 学会大会における高校生向けアウトリーチ活動の実践例の紹介： 研究者との対話による課題発見型のアプローチ

    松本 卓也, 伊藤 毅, 渡部 裕介, 澤藤 りかい, 中川 尚史

    霊長類研究   38 ( 2 )   111 - 116   2022年12月   （ ISSN:0912-4047 eISSN:1880-2117 ）

    　詳細を見る

    記述言語：日本語   出版者・発行元：一般社団法人 日本霊長類学会  

    DOI： 10.2354/psj.38.022

    CiNii Research

  • Corrigendum: Comparison of Periodontal Bacteria of Edo and Modern Periods Using Novel Diagnostic Approach for Periodontitis With Micro-CT (Front. Cell. Infect. Microbiol., (2021), 11, 723821, 10.3389/fcimb.2021.723821)

    Shiba T., Komatsu K., Sudo T., Sawafuji R., Saso A., Ueda S., Watanabe T., Nemoto T., Kano C., Nagai T., Ohsugi Y., Katagiri S., Takeuchi Y., Kobayashi H., Iwata T.

    Frontiers in Cellular and Infection Microbiology   12   2022年4月

    　詳細を見る

    出版者・発行元：Frontiers in Cellular and Infection Microbiology  

    ERROR IN FIGURE/TABLE Error in Figures In the original article, there were mistakes in Figures 2 and 4 as published. The DRA number for modern samples without periodontitis in Figures 2 and 4 was incorrect. The correct number is DRA008582. The corrected Figures 2 and 4 appear below. The authors apologize for this error and state that this does not change the scientific conclusions of the article in any way. TEXT CORRECTION In the original article, there was an error. The original article stated that “DRA012487” in the section of Data Availability Statement. This has been corrected to “DRA011882”. The corrected Data Availability Statement appears below. The datasets generated for this study can be found in the DNA Data Bank of Japan (http://www.ddbj.nig.ac.jp/) with the following accession number: DRA011882. The authors apologize for the error and state that it does not change the scientific conclusions of the article in any way. The original article has been updated.

    DOI： 10.3389/fcimb.2022.871340

    Scopus

所属学協会

  • sedaDNA Scientific Society

  • Indo-Pacific Prehistory Association (IPPA)

  • 日本文化財科学会

  • 日本人類学会

委員歴

  • 日本人類学会   代議員   国内

    2022年10月 - 2024年9月   

    　 詳細を見る

    団体区分：学協会

学術貢献活動

  • 学術論文等の審査 国際学術貢献

    役割：査読

    2024年12月 - 現在

    　詳細を見る

    種別：査読等 

    外国語雑誌　査読論文数：4

その他

  • 台湾からデニソワ人 —台湾最古の人類化石はデニソワ人男性の下顎骨だった—

    2025年4月

    　詳細を見る

    https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/1236/

  • 【プレスリリース】江戸時代の人骨から口腔内細菌叢を解析 ―歯石DNAから江戸時代の口腔内細菌群を特定―

    2021年9月

    　詳細を見る

    https://www.soken.ac.jp/news/7118/

  • 【プレスリリース】ウンチは宝の山：生態学研究の新手法「糞プロテオミクス分析」

    2021年3月

    　詳細を見る

    https://www.soken.ac.jp/news/6964/

  • プレスリリース：江戸の庶民は何を食べていた？ ～江戸時代の歯石DNAから当時の食物を復元～

    2020年3月

    　詳細を見る

    https://www.u-ryukyu.ac.jp/news/11420/

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 古代プロテオーム解析による分子古病理学の確立

    研究課題/領域番号：24H00096  2024年4月 - 2029年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    蔦谷 匠, 小金渕 佳江, 西内 巧, 長岡 朋人, 澤藤 りかい

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    考古遺物に残存する古代タンパク質を網羅的に同定する古代プロテオーム解析を利用し、過去の病理プロセス復元のための体系的なシステムを樹立し応用する。過去に生きた個人の歯石、古人骨、糞石について分析を実施し、感染症や疾患の痕跡を効果的に同定する手法を洗練させるとともに、方法を適用して、日本や世界の考古学的・人類学的課題に答えることを目指す。

    CiNii Research

  • 生物考古学創生：分野横断的手法から探る近世大坂の都市住民のライフヒストリーの構築

    研究課題/領域番号：23K25412  2024年4月 - 2028年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    長岡 朋人, 澤藤 りかい, 大庭 重信, 山本 太郎, 岡本 珠織, 蔦谷 匠

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    ２０２３～２０２４年度は資料の整理と形態学的分析、２０２５～２０２６年度は資料の分析を中心とした。２０２６年度以降はデータベース化や分析結果の論文執筆を行う計画である。２０２４年度の人類学会では研究の経過を公開シンポジウムで発表をする。

    CiNii Research

  • 過去の病原体ゲノム解析の効率的解析方法の開発と応用

    研究課題/領域番号：24K00154  2024年4月 - 2028年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    澤藤 りかい, 長岡 朋人, 覚張 隆史

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    近年古人骨からの病原体ゲノム解析の研究が増加しているが、日本を含めたアジア圏では研究例は極めて少ない。この理由の一つは、温暖な地域では骨の保存状態が良好でない傾向があること、また骨のどの部位にどのような病原体がよく保存されているか不明瞭なことが挙げられる。本研究では梅毒・結核・コレラなど様々な感染症が流行した江戸時代末期の豊富な古人骨資料をもとに、実際にどのような感染症の病原体が得られるのか、各感染症が骨のどの部位に残りやすいのか、付着する土壌からも病原体のゲノム解析を行うことは可能かなどを検討する。この検討により効率的な病原体ゲノム解析を目指し、古人骨の破壊を最小限に抑える手法を開発する。

    CiNii Research

  • メタゲノムサンプルにおける動植物の分類群同定法の開発

    研究課題/領域番号：23K17514  2023年6月 - 2026年3月

    科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

    澤藤 りかい

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    本研究では、古代のメタゲノムサンプル（歯石・土壌など様々な生物のゲノムを含む試料）から動植物の分類群の確実な同定を行う。特に動植物に関しては、食物や環境など得られる情報が多い一方で、確実な分類群の同定は現段階で難しい側面がある。DNAの濃縮を組み合わせ、古代DNAの特徴（デアミネーション）を確認することで、動物・植物の確実な同定を行い、花粉分析や炭化物の種同定と同程度の信頼性を持つ種同定を目指す。また、この手法を様々な試料に応用することで、食物や古環境のより詳細な復元が可能になり、考古学や文化財科学、人類学などの分野に貢献できると考えられる。

    CiNii Research

  • 古代アンデスのワリ帝国の社会構成と地方社会の実態

    研究課題/領域番号：23H00032  2023年4月 - 2028年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    渡部 森哉, 長岡 朋人, 澤藤 りかい, 蔦谷 匠, 清家 大樹

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    南米アンデス地域では後15-16世紀にインカ帝国が台頭した。それは支配者集団であるインカ族が80以上の他の民族集団を支配した国であった。そのインカ帝国の祖型は、後8-10世紀に台頭したワリ帝国であったとされる。本研究では、アンデス最初の帝国ワリの社会構成の特徴と地方社会の実態を、土器をはじめとする物質文化と人骨そのものの分析から明らかにすることを目的とする。発掘調査を実施したペルー北部の4つの遺跡からの出土遺物を、ワリ帝国の首都ワリ遺跡のデータと比較検討する。人骨の形態分析、DNA分析、タンパク質分析、同位体分析、歯石分析、土壌分析など多角的に実施し、人間集団の多様性を判定する指標を確立する。

    CiNii Research

  • 古代土壌DNAを用いた遺跡の居住環境の復元

    研究課題/領域番号：22KJ1413  2023年3月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    澤藤 りかい, 澤藤 りかい

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    過去のヒトの居住環境を、古代土壌DNAを用いて分析・復元する手法を確立する。具体的には 、遺構の各区画(炉・トイレ・ゴミ捨て場・柱跡 ・水田跡など)から土壌を採取し、DNA抽出・配列解析(ショットガンシーケンス)を行う。これによって、各区画の使われ方によってDNA構成に どのような違いが出てくるのか(各区画のマーカーとなるDNAの探索)、古代土壌DNAから当時の食物・住居の素材・寄生虫などの衛生環境の情報 が得られるのか、を検証する。

    CiNii Research

  • パレオゲノミクス解析プラットフォーム開発とその応用

    研究課題/領域番号：20H05822  2020年11月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  学術変革領域研究(A)

    中込 滋樹, 覚張 隆史, 澤藤 りかい, 和久 大介, 石谷 孔司

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    古代中国内外との文化的ハイブリディティ形成過程において、社会の最小単位である個人が他地域文明の個人とどの様に接触し、その交流が各地域文化内でどの様に社会的に受容されていたか、その実態は未だ不明な点が多い。また、西方からの古代中国への文化的インパクトが生じる過程では、もともと中国にはいなかった家畜・野生種・微生物も併せて侵入してきたと考えられる。これら多様な生物群の伝播ルートは、未だその実態を示す直接的な証拠は得られていない。本計画研究では、大規模な古代ゲノムデータ解析を可能とする専用プラットフォームを構築することで、古代中国文明形成期における中国内外のハイブリディティの可視化を試みる。

    CiNii Research

  • 糞石ゲノム解析による縄文人の栄養・衛生・健康状態のマルチプロファイリング

    研究課題/領域番号：21K19289 

    太田 博樹, 梅崎 昌裕, 澤藤 りかい, 和久 大介, 熊谷 真彦

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    古人骨ゲノム解析および現代人糞便ゲノム解析の技術を融合し糞石ゲノム解析の技術的を確立する。縄文人および弥生人の栄養・衛生・健康状態を多角的に描き出すこと（multi-profiling）を目的とし、3つの課題「Task I キャプチャー・ベイトのデザイン」「Task II 種同定用データベースの構築」「Task III 糞石ゲノム評価法の確立」に取り組む。確立された技術を用いて縄文~弥生時代の遺跡から出土した糞石のゲノム解析に挑戦する。

    CiNii Research

  • 人骨から読み解く日本列島人の食生活―食物の変遷と多様性の復元―

    研究課題/領域番号：20H01370 

    澤藤 りかい, 佐宗 亜衣子, 須藤 毅顕, 長岡 朋人, 太田 博樹, 小林 宏明, 蔦谷 匠, 福原 瑶子, 根本 昂, 芝 多佳彦

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    本研究では、生前摂取していた食物品目リストを個人ごとに復元できる新手法（歯石DNA分析）を日本各地の古人骨に適用し、縄文から江戸時代までの食物の変遷を高解像度に調べる。さらに、同じ古人骨資料に対して安定同位体分析、口内細菌叢分析、形態分析を実施することで、食物カテゴリーごとの摂取割合や、口腔内の健康状態も評価する。すべての時代や地域を通じて一貫した手法で、性・年齢・社会階層などと紐付けられる個体レベルの食性の情報を得て、その健康影響も調べることで、これまでの歴史学や考古学の成果よりも高い解像度で、日本列島人の食性の変遷と多様性を明らかにする。

    CiNii Research

  • 元素・DNA分析による土坑用途の研究-考古学・人類学・民俗学と自然科学の融合-

    研究課題/領域番号：21K00989 

    渡邉 正巳, 熊木 俊朗, 澤藤 りかい, 瀬戸 浩二

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    酸性土壌の多い我が国では、「墓」に「遺骸」が残存することはまれである。
    古墳、墳丘墓などの埋葬施設に付随した土坑（あるいは一般的な土坑・土坑群）について、それが「墓」であるか否かの判断は、考古学はもとより人類学、民俗学の見地から大きな課題である。
    本研究では土壌中の微量元素であるP(リン)濃度分布と、生物（あるいは部位）によりその割合が異なるC(炭素)濃度、N(窒素)濃度比分布(PCN元素分析)から、「遺骸」痕跡を明らかにするための手法確立を目的とした。また、土壌DNA分析を行い、PCN元素分析との相互の検証を行うものである。

    CiNii Research

  • 南米アンデスの初期帝国ワリの成立と地方支配に関する研究

    研究課題/領域番号：19H01396 

    渡部 森哉, 長岡 朋人, 澤藤 りかい

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    南米アンデス地域に後9－10世紀に台頭した初期帝国ワリの地方支配の実態を解明し、帝国の成立と発展のメカニズムを理解する。帝国の特徴である人間集団の多様性を、土器、図像、埋葬形態などの物質文化から再構成し、それを出土人骨そのものの分析結果と比較検討する。ペルー北部高地のテルレン＝ラ・ボンバ遺跡の発掘調査を実施する。他に計5遺跡の出土人骨、動物骨を対象とし、形態学的分析、同位体分析、DNA分析を行う。ワリ帝国期における統一性の強化と多様性の増加という一見矛盾するように思われる特徴を、同一メカニズムの異なった側面の現れとしてモデル化し、人類史における帝国の成立と展開に関する理論的考察を行う。

    CiNii Research

  • 古人骨のプロテオミクス・ホルモン分析による妊娠マーカー検出法の開発

    研究課題/領域番号：19K01134 

    木下 こづえ, 澤藤 匠, 澤藤 りかい, 安達 登

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    本研究では、（1）妊娠経験既知の現代人より提供された親知らずの歯髄に残存するタンパク質・ホルモンを分析し、妊娠出産に関わるマーカーを同定する。（2）こうして確立した分析系を応用し、過去の妊娠出産を古人骨から復元できるか確かめる。妊娠出産の際には母体の分子生理状態が変化するため、タンパク質を網羅的に調べるプロテオクミス分析や、特定のホルモンの濃度を調べる分析によって、妊娠状態を区別できると期待される。本研究は、あまり応用されてこなかったタンパク質やホルモンに着目し、古人骨では直接復元の方法がなかった妊娠経験の推定にアプローチする挑戦性の高いものである。

    CiNii Research

  • 古代プロテオミクスの基盤・拠点整備のための海外共同研究

    研究課題/領域番号：20KK0166 

    太田 博樹, 海部 陽介, 澤藤 りかい, 蔦谷 匠

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    太田（代表）の研究室を古代プロテオミクス研究の日本における拠点とすることを目指す。本研究は、古代プロテオミクス解析の開発者であるコペンハーゲン大学のエンリコ・カペリニ准教授とこの分野の第1人者であるフリド・ウエルカーとの共同研究として進める。古代サンプルを扱う際には、現生サンプルには無い特別のケアが必要である。本研究では、これまでにこうした特別なケアを学んできた精鋭2名の若手研究者と太田（代表）が一定期間コペンハーゲン大学におもむき研究活動を実施する。こうして日本国内に古代プロテオミクス技術を移転し、日本が古代プロテオミクスの研究分野で国際的な存在感を発揮する土台を作る。

    CiNii Research

  • 多面的新手法による中近世日本人のライフヒストリーの復元：生物考古学の新展開を探る

    研究課題/領域番号：19K06868 

    蔦谷 匠, 矢野 航, 澤藤 りかい, 長岡 朋人, 岡本 珠織

    　 詳細を見る

    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    本研究は，中近世日本人をターゲットとし，都市環境や社会動態に重点を置きながら，数理解析，幾何学的形態測定学，電子顕微鏡観察，同位体食性分析，DNA・プロテオミクス解析などの多面的な角度から分析を行い，人々の生活史や社会動態，その背景にある人類集団を包含する生態環境の関係をダイナミックな視点から追求する。

    CiNii Research

▼全件表示

教育活動概要

  • 大学院では生物考古学・自然人類学などの分野の基礎知識とその動向を教え、体系的に学べる授業を心がけている。また生物学の基礎知識がない学生も基本的な知識から教育し、最先端の技術まで理解を繋げられるようにプログラムを組んでいる。

担当授業科目

  • Fundamentals in Bioarchaeology Ⅷ

    2025年12月 - 2026年2月   冬学期

  • フィールドに学ぶＢ

    2025年12月 - 2026年2月   冬学期

  • 生物考古学Ⅳ

    2025年12月 - 2026年2月   冬学期

  • 生物考古学Ⅷ

    2025年12月 - 2026年2月   冬学期

  • Fundamentals in Bioarchaeology Ⅳ

    2025年12月 - 2026年2月   冬学期

  • 先史学入門

    2025年10月 - 2026年3月   後期

  • Fundamentals in Bioarchaeology Ⅶ

    2025年10月 - 2025年12月   秋学期

  • 生物考古学Ⅲ

    2025年10月 - 2025年12月   秋学期

  • 生物考古学Ⅶ

    2025年10月 - 2025年12月   秋学期

  • Fundamentals in Bioarchaeology Ⅲ

    2025年10月 - 2025年12月   秋学期

  • 生物考古学Ⅱ

    2025年6月 - 2025年8月   夏学期

  • 生物考古学Ⅵ

    2025年6月 - 2025年8月   夏学期

  • Fundamentals in Bioarchaeology Ⅵ

    2025年6月 - 2025年8月   夏学期

  • Fundamentals in Bioarchaeology Ⅱ

    2025年6月 - 2025年8月   夏学期

  • 生物考古学Ⅰ

    2025年4月 - 2025年6月   春学期

  • 生物考古学Ⅴ

    2025年4月 - 2025年6月   春学期

  • Fundamentals in Bioarchaeology Ⅴ

    2025年4月 - 2025年6月   春学期

  • Fundamentals in Bioarchaeology Ⅰ

    2025年4月 - 2025年6月   春学期

▼全件表示

FD参加状況

  • 2020年6月   役割：参加   名称：Towards a More Inclusive Kyushu University: On-Campus, Off-Campus and Beyond

    主催組織：全学

その他部局等における各種委員・役職等

  • 学府 広報・情報化推進委員会

社会貢献活動

  • デンマーク自然史博物館特別展「ネアンデルタール」ガイドツアー

    役割：講師,　企画

    デンマーク日本人会  2023年1月

  • 文系・理系の垣根を超えて 〜自然人類学の魅力〜

    役割：講師

    吉祥女子中学校・高等学校  教養講座  2022年12月

  • 古代人のみえない食

    役割：講師

    日本人類学会・日本霊長類学会連合大会公開コロキアム, 第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会連合大会.  ヒト屋/サル屋と高校生の対面議論  2022年9月

  • 歯石・土壌の古代DNA解析

    役割：講師

    喜界島サンゴ礁科学研究所  礼文島と喜界島 北と南の島での研究・教育・地域交流への誘い  2020年12月

メディア報道

  • ［サイエンス・フォーカス］歴史を読み解く＜下＞髪頼み 江戸の食探る…古書籍から採取・分析 新聞・雑誌

    読売新聞  読売新聞  2020年5月

    　詳細を見る

    執筆者：本人以外 

  • 歯石が語る、江戸の食生活 栗やカボチャや歯磨き粉、ＤＮＡ抽出 琉球大・東大など研究チーム 新聞・雑誌

    朝日新聞  朝日新聞  2020年4月

    　詳細を見る

    執筆者：本人以外 

海外渡航歴

  • 2021年9月 - 2024年9月

    滞在国名1：デンマーク王国   滞在機関名1：コペンハーゲン大学