DNA hypomethylation characterizes genes encoding tissue-dominant functional proteins in liver and skeletal muscle 査読

Hideki Maehara, Toshiya Kokaji, Atsushi Hatano, Yutaka Suzuki, Masaki Matsumoto, Keiichi I. Nakayama, Riku Egami, Takaho Tsuchiya, Haruka Ozaki, Keigo Morita, Masaki Shirai, Dongzi Li, Akira Terakawa, Saori Uematsu, Ken-ichi Hironaka, Satoshi Ohno, Hiroyuki Kubota, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Takashi Ito, Shinya Kuroda

Scientific Reports   13 ( 1 )   19118   2023年11月

The Epigenetic Legacy of Maternal Protein Restriction: Renal Ptger1 DNA Methylation Changes in Hypertensive Rat Offspring 査読

Huijuan Jia, Moe Miyoshi, Xuguang Li, Kyohei Furukawa, Lila Otani, Katsuhiko Shirahige, Fumihito Miura, Takashi Ito, Hisanori Kato

Nutrients   15 ( 18 )   3957 - 3957   2023年9月

A highly efficient scheme for library preparation from single-stranded DNA 査読

Fumihito Miura, Hideaki Kanzawa-Kiriyama, Osamu Hisano, Miki Miura, Yukiko Shibata, Noboru Adachi, Tsuneo Kakuda, Ken-ichi Shinoda, Takashi Ito

Scientific Reports   13 ( 1 )   13913   2023年8月

A genetic screen identifies BEND3 as a regulator of bivalent gene expression and global DNA methylation 査読

Nucleic Acids Research   51   2023年8月

A genome-wide screen reveals new regulators of the 2-cell-like cell state 査読

Nature Structural & Molecular Biology   30 ( 8 )   1105 - 1118   2023年7月

Crucial role of iron in epigenetic rewriting during adipocyte differentiation mediated by JMJD1A and TET2 activity 査読

Tomohiro Suzuki, Tetsuro Komatsu, Hiroshi Shibata, Akiko Tanioka, Diana Vargas, Reika Kawabata-Iwakawa, Fumihito Miura, Shinnosuke Masuda, Mayuko Hayashi, Kyoko Tanimura-Inagaki, Sumiyo Morita, Junki Kohmaru, Koji Adachi, Masayuki Tobo, Hideru Obinata, Tasuku Hirayama, Hiroshi Kimura, Juro Sakai, Hideko Nagasawa, Hideyuki Itabashi, Izuho Hatada, Takashi Ito, Takeshi Inagaki

Nucleic Acids Research   51 ( 12 )   6120 - 6142   2023年5月

Identification, expression, and purification of DNA cytosine 5-methyltransferases with short recognition sequences 査読

Fumihito Miura, Miki Miura, Yukiko Shibata, Yoshikazu Furuta, Keisuke Miyamura, Yuki Ino, Asmaa M. A. Bayoumi, Utako Oba, Takashi Ito

BMC Biotechnology   22 ( 1 )   33   2022年11月

Post-bisulfite Adaptor Tagging with a Highly Efficient Single-Stranded DNA Ligation Technique 招待 査読

Fumihito Miura, Takashi Ito

Methods in Molecular Biology   2594   45 - 57   2022年10月

Persistent epigenetic alterations in transcription factors after a sustained virological response in hepatocellular carcinoma 査読

Keishi Sugimachi, Hiromitsu Araki, Hideyuki Saito, Takaaki Masuda, Fumihito Miura, Kentaro Inoue, Tomonari Shimagaki, Yohei Mano, Tomohiro Iguchi, Masaru Morita, Yasushi Toh, Tomoharu Yoshizumi, Takashi Ito, Koshi Mimori

JGH Open   2022年10月

Post-bisulfite Adaptor Tagging Based on an ssDNA Ligation Technique (tPBAT) 招待 査読

Fumihito Miura, Yukiko Shibata, Miki Miura, Takashi Ito

Methods in Molecular Biology   2577   21 - 37   2022年9月

Clonal germinal center B cells function as a niche for T-cell lymphoma 査読

Manabu Fujisawa, Tran Bich Nguyen, Yoshiaki Abe, Yasuhito Suehara, Kota Fukumoto, Sakurako Suma, Kenichi Makishima, Chihiro Kaneko, Yen Thi Minh Nguyen, Kensuke Usuki, Kentaro Narita, Kosei Matsue, Naoya Nakamura, Shumpei Ishikawa, Fumihito Miura, Takashi Ito, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki, Seiya Mizuno, Satoru Takahashi, Shigeru Chiba, Mamiko Sakata-Yanagimoto

Blood   140 ( 18 )   1937 - 1950   2022年8月

An efficient procedure for the recovery of DNA from formalin-fixed paraffin-embedded tissue sections 査読

Utako Oba, Kenichi Kohashi, Yuhei Sangatsuda, Yoshinao Oda, Koh-Hei Sonoda, Shouichi Ohga, Koji Yoshimoto, Yasuhito Arai, Shinichi Yachida, Tatsuhiro Shibata, Takashi Ito, Fumihito Miura

Biology Methods and Protocols   7 ( 1 )   2022年7月

GET pathway mediates transfer of mislocalized tail-anchored proteins from mitochondria to the ER

Shunsuke Matsumoto, Suzuka Ono, Saori Shinoda, Chika Kakuta, Satoshi Okada, Takashi Ito, Tomoyuki Numata, Toshiya Endo

Journal of Cell Biology   221 ( 6 )   e202104076   2022年6月

A GCDGC-specific DNA (cytosine-5) methyltransferase that methylates the GCWGC sequence on both strands and the GCSGC sequence on one strand 査読

Yoshikazu Furuta, Fumihito Miura, Takahiro Ichise, Shouta M. M. Nakayama, Yoshinori Ikenaka, Tuvshinzaya Zorigt, Mai Tsujinouchi, Mayumi Ishizuka, Takashi Ito, Hideaki Higashi

PLOS ONE   17 ( 3 )   e0265225 - e0265225   2022年3月

Short single-stranded DNAs with putative non-canonical structures comprise a new class of plasma cell-free DNA 査読

Osamu Hisano, Takashi Ito, Fumihito Miura

BMC Biology   19 ( 1 )   225 - 225   2021年12月

Pan-cancer methylome analysis for cancer diagnosis and classification of cancer cell of origin 査読

Dai Shimizu, Kenzui Taniue, Yusuke Matsui, Hiroshi Haeno, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Mitsuko Fukunaga, Kenji Shiraishi, Yuji Miyamoto, Seiichi Tsukamoto, Aya Komine, Yuta Kobayashi, Akihiro Kitagawa, Yukihiro Yoshikawa, Kuniaki Sato, Tomoko Saito, Shuhei Ito, Takaaki Masuda, Atsushi Niida, Makoto Suzuki, Hideo Baba, Takashi Ito, Nobuyoshi Akimitsu, Yasuhiro Kodera, Koshi Mimori

Cancer Gene Therapy   2021年11月

Neuronal activation modulates enhancer activity of genes for excitatory synaptogenesis through de novo DNA methylation 査読

Tomonori KAMEDA, Hideyuki NAKASHIMA, Takumi TAKIZAWA, Fumihito MIURA, Takashi ITO, Kinichi NAKASHIMA, Takuya IMAMURA

Journal of Reproduction and Development   Online ahead of print.   2021年10月

The Evolving Genomic Landscape of Esophageal Squamous Cell Carcinoma Under Chemoradiotherapy

Hidenari Hirata, Atsushi Niida, Nobuyuki Kakiuchi, Ryutaro Uchi, Keishi Sugimachi, Takaaki Masuda, Tomoko Saito, Shun-Ichiro Kageyama, Yushi Motomura, Shuhei Ito, Tadamasa Yoshitake, Daisuke Tsurumaru, Yusuke Nishimuta, Akira Yokoyama, Takanori Hasegawa, Kenichi Chiba, Yuichi Shiraishi, Junyan Du, Fumihito Miura, Masaru Morita, Yasushi Toh, Masakazu Hirakawa, Yoshiyuki Shioyama, Takashi Ito, Tetsuo Akimoto, Satoru Miyano, Tatsuhiro Shibata, Masaki Mori, Yutaka Suzuki, Seishi Ogawa, Kousei Ishigami, Koshi Mimori

Cancer Research   81 ( 19 )   4926 - 4938   2021年10月

Transcriptome dynamics during cholesterol-induced transdifferentiation of human coronary artery smooth muscle cells: A Gene Ontology-centric clustering approach 査読

Kentaro Inoue, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Takashi Ito

Biochemistry and Biophysics Reports   27   101061   2021年9月

Simple-to-use CRISPR-SpCas9/SaCas9/AsCas12a vector series for genome editing in Saccharomyces cerevisiae 査読

Satoshi Okada, Goro Doi, Shitomi Nakagawa, Emiko Kusumoto, Takashi Ito

G3 Genes|Genomes|Genetics   11   jkab304   2021年8月

Hoxa10 mediates positional memory to govern stem cell function in adult skeletal muscle 査読

Kiyoshi Yoshioka, Hiroshi Nagahisa, Fumihito Miura, Hiromitsu Araki, Yasutomi Kamei, Yasuo Kitajima, Daiki Seko, Jumpei Nogami, Yoshifumi Tsuchiya, Narihiro Okazaki, Akihiko Yonekura, Seigo Ohba, Yoshinori Sumita, Ko Chiba, Kosei Ito, Izumi Asahina, Yoshihiro Ogawa, Takashi Ito, Yasuyuki Ohkawa, Yusuke Ono

Science Advances   7 ( 24 )   eabd7924 - eabd7924   2021年6月

Maintenance DNA methylation in pre-meiotic germ cells regulates meiotic prophase by facilitating homologous chromosome pairing 査読

Yuki Takada, Ruken Yaman-Deveci, Takayuki Shirakawa, Jafar Sharif, Shin-ichi Tomizawa, Fumihito Miura, Takashi Ito, Michio Ono, Kuniko Nakajima, Yoko Koseki, Fuyuko Shiotani, Kei-ichiro Ishiguro, Kazuyuki Ohbo, Haruhiko Koseki

Development   148 ( 10 )   2021年5月

Catalytically inactive Cas9 impairs DNA replication fork progression to induce focal genomic instability 査読

Goro Doi, Satoshi Okada, Takehiro Yasukawa, Yuki Sugiyama, Siqin Bala, Shintaro Miyazaki, Dongchon Kang, Takashi Ito

Nucleic Acids Research   2021年1月

Identification of genes associated with endometrial cell ageing 査読

Teruhiko Kawamura, Hiroyuki Tomari, Ichiro Onoyama, Hiromitsu Araki, Masafumi Yasunaga, Cui Lin, Keiko Kawamura, Natsuko Yokota, Sachiko Yoshida, Hiroshi Yagi, Kazuo Asanoma, Kenzo Sonoda, Katsuko Egashira, Takashi Ito, Kiyoko Kato

Molecular Human Reproduction   2020年12月

Reconstitution of the oocyte transcriptional network with transcription factors 査読

Nobuhiko Hamazaki, Hirohisa Kyogoku, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Chisako Horikawa, Norio Hamada, So Shimamoto, Orie Hikabe, Kinichi Nakashima, Tomoya S. Kitajima, Takashi Ito, Harry G. Leitch, Katsuhiko Hayashi

Nature   589 ( 7841 )   264 - 269   2020年12月

Limited rejuvenation of aged hematopoietic stem cells in young bone marrow niche 査読

Wakako Kuribayashi, Motohiko Oshima, Naoki Itokawa, Shuhei Koide, Yaeko Nakajima-Takagi, Masayuki Yamashita, Satoshi Yamazaki, Bahityar Rahmutulla, Fumihito Miura, Takashi Ito, Atsushi Kaneda, Atsushi Iwama

Journal of Experimental Medicine   218 ( 3 )   e20192283   2020年11月

Base-resolution methylomes of gliomas bearing histone H3.3 mutations reveal a G34 mutant-specific signature shared with bone tumors 査読

Yuhei Sangatsuda, Fumihito Miura, Hiromitsu Araki, Masahiro Mizoguchi, Nobuhiro Hata, Daisuke Kuga, Ryusuke Hatae, Yojiro Akagi, Takeo Amemiya, Yutaka Fujioka, Yasuhito Arai, Akihiko Yoshida, Tatsuhiro Shibata, Koji Yoshimoto, Koji Iihara, Takashi Ito

Scientific Reports   10 ( 1 )   16162   2020年9月

NSD1-deposited H3K36me2 directs de novo methylation in the mouse male germline and counteracts Polycomb-associated silencing 査読

Kenjiro Shirane, Fumihito Miura, Takashi Ito, Matthew C. Lorincz

Nature Genetics   52 ( 10 )   1088 - 1098   2020年9月

DNA methylation is reconfigured at the onset of reproduction in rice shoot apical meristem 査読

Asuka Higo, Noriko Saihara, Fumihito Miura, Yoko Higashi, Megumi Yamada, Shojiro Tamaki, Tasuku Ito, Yoshiaki Tarutani, Tomoaki Sakamoto, Masayuki Fujiwara, Tetsuya Kurata, Yoichiro Fukao, Satoru Moritoh, Rie Terada, Toshinori Kinoshita, Takashi Ito, Tetsuji Kakutani, Ko Shimamoto, Hiroyuki Tsuji

Nature Communications   11 ( 1 )   4079   2020年8月

Tet2 and Tet3 in B cells are required to repress CD86 and prevent autoimmunity 査読

Shinya Tanaka, Wataru Ise, Takeshi Inoue, Ayako Ito, Chisato Ono, Yoshihito Shima, Shuhei Sakakibara, Manabu Nakayama, Kentaro Fujii, Ikuo Miura, Jafar Sharif, Haruhiko Koseki, Pandelakis A. Koni, Indu Raman, Quan-Zhen Li, Masato Kubo, Katsunori Fujiki, Ryuichiro Nakato, Katsuhiko Shirahige, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Takashi Ito, Eiryo Kawakami, Yoshihiro Baba, Tomohiro Kurosaki

Nature Immunology   21 ( 8 )   950 - 961   2020年6月

ATF7-Dependent Epigenetic Changes Are Required for the Intergenerational Effect of a Paternal Low-Protein Diet 査読

Keisuke Yoshida, Toshio Maekawa, Nhung Hong Ly, Shin-ichiro Fujita, Masafumi Muratani, Minami Ando, Yuki Katou, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Katsuhiko Shirahige, Mariko Okada, Takashi Ito, Bruno Chatton, Shunsuke Ishii

Molecular Cell   78 ( 3 )   445 - 458.e6   2020年5月

Base-Resolution Methylome of Retinal Pigment Epithelial Cells Used in the First Trial of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Based Autologous Transplantation 査読

Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Akira Watanabe, Chikako Morinaga, Fumiyo Kitaoka, Yuko Kitano, Noriko Sakai, Yumiko Shibata, Motoki Terada, So Goto, Shinya Yamanaka, Masayo Takahashi, Takashi Ito

Stem Cell Reports   13 ( 4 )   761 - 774   2019年10月

Highly efficient single-stranded DNA ligation technique improves low-input whole-genome bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging 査読

Fumihito Miura, Yukiko Shibata, Miki Miura, Yuhei Sangatsuda, Osamu Hisano, Hiromitsu Araki, Takashi Ito

Nucleic Acids Research   47 ( 15 )   e85   2019年9月

Pioneer Factor NeuroD1 Rearranges Transcriptional and Epigenetic Profiles to Execute Microglia-Neuron Conversion. 査読 国際誌

Taito Matsuda, Takashi Irie, Shutaro Katsurabayashi, Yoshinori Hayashi, Tatsuya Nagai, Nobuhiko Hamazaki, Aliya Mari D Adefuin, Fumihito Miura, Takashi Ito, Hiroshi Kimura, Katsuhiko Shirahige, Tadayuki Takeda, Katsunori Iwasaki, Takuya Imamura, Kinichi Nakashima

Neuron   101 ( 3 )   472 - 485   2019年2月

Epigenetic landscape influences the liver cancer genome architecture 査読

Natsuko Hama, Yasushi Totoki, Fumihito Miura, Kenji Tatsuno, Mihoko Saito-Adachi, Hiromi Nakamura, Yasuhito Arai, Fumie Hosoda, Tomoko Urushidate, Shoko Ohashi, Wakako Mukai, Nobuyoshi Hiraoka, Hiroyuki Aburatani, Takashi Ito, Tatsuhiro Shibata

Nature Communications   9 ( 1 )   1643   2018年12月

Maternal Protein Restriction Alters the Renal Ptger1 DNA Methylation State in SHRSP Offspring. 査読 国際誌

Moe Miyoshi, Masayuki Sato, Kenji Saito, Lila Otani, Katsuhiko Shirahige, Fumihito Miura, Takashi Ito, Huijuan Jia, Hisanori Kato

Nutrients   10 ( 10 )   1436   2018年10月

Mapping of histone-binding sites in histone replacement-completed spermatozoa. 査読 国際誌

Keisuke Yoshida, Masafumi Muratani, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Yuki Katou, Katsuhiko Shirahige, Takashi Ito, Shunsuke Ishii

Nature Communications   9 ( 1 )   3885 - 3885   2018年9月

Triazole linking for preparation of a next-generation sequencing library from single-stranded DNA 査読

Fumihito Miura, Tomoko Fujino, Kanako Kogashi, Yukiko Shibata, Miki Miura, Hiroyuki Isobe, Takashi Ito

Nucleic Acids Research   46 ( 16 )   e95 - e95   2018年9月

DMS-seq for In Vivo Genome-Wide Mapping of Protein-DNA Interactions and Nucleosome Centers 査読

Taichi Umeyama, Takashi Ito

Current Protocols in Molecular Biology   123 ( 1 )   e60 - e60   2018年7月

Epigenome mapping of human normal purified hepatocytes: personal epigenome variation and genome–epigenome correlation 査読

10 ( 7 )   955 - 979   2018年7月

Post-bisulfite adaptor tagging for PCR-free whole-genome bisulfite sequencing. 招待 査読 国際誌

Fumihito Miura, Takashi Ito

Methods in Molecular Biology   1708   123 - 136   2018年1月

The AP-1 transcription factor JunB is required for Th17 cell differentiation 査読

Soh Yamazaki, Yoshihiko Tanaka, Hiromitsu Araki, Akira Kohda, Fumiyuki Sanematsu, Tomoko Arasaki, Xuefeng Duan, Fumihito Miura, Takaharu Katagiri, Ryodai Shindo, Hiroyasu Nakano, Takashi Ito, Yoshinori Fukui, Shogo Endo, Hideki Sumimoto

Scientific Reports   7 ( 1 )   17402   2017年12月

DMS-Seq for In Vivo Genome-wide Mapping of Protein-DNA Interactions and Nucleosome Centers 査読

21 ( 1 )   289 - 300   2017年10月

DNA Methylome Analysis Identifies Transcription Factor-Based Epigenomic Signatures of Multilineage Competence in Neural Stem/Progenitor Cells 査読

Tsukasa Sanosaka, Takuya Imamura, Nobuhiko Hamazaki, MuhChyi Chai, Katsuhide Igarashi, Maky Ideta-Otsuka, Fumihito Miura, Takashi Ito, Nobuyuki Fujii, Kazuho Ikeo, Kinichi Nakashima

Cell Reports   20 ( 12 )   2992 - 3003   2017年9月

Software updates in the Illumina HiSeq platform affect whole-genome bisulfite sequencing 査読

Hidehiro Toh, Kenjiro Shirane, Fumihito Miura, Naoki Kubo, Kenji Ichiyanagi, Katsuhiko Hayashi, Mitinori Saitou, Mikita Suyama, Takashi Ito, Hiroyuki Sasaki

BMC GENOMICS   18 ( 1 )   2017年1月

Epigenome landscape of human normal purified hepatocytes: analysis by the International Human Epigenome Consortium (IHEC) 査読

Eri Arai, Fumihito Miura, Yasushi Totoki, Satoshi Yamashita, Ying Tian, Masahiro Gotoh, Hidenori Ojima, Hiroyuki Nakagawa, Yoriko Takahashi, Hiromi Nakamura, Natsuko Hama, Mamoru Kato, Hiroshi Kimura, Yutaka Suzuki, Takashi Ito, Tatsuhiro Shibata, Yae Kanai

CANCER RESEARCH   76   2016年7月

DNA Methylation Errors in Cloned Mouse Sperm by Germ Line Barrier Evasion 査読

Tasuku Koike, Takuya Wakai, Yuko Jincho, Akihiko Sakashita, Hisato Kobayashi, Eiji Mizutani, Sayaka Wakayama, Fumihito Miura, Takashi Ito, Tomohiro Kono

BIOLOGY OF REPRODUCTION   94 ( 6 )   2016年6月

A strategy for absolute proteome quantification with mass spectrometry by hierarchical use of peptide-concatenated standards 査読

Keiji Kito, Mitsuhiro Okada, Yuko Ishibashi, Satoshi Okada, Takashi Ito

PROTEOMICS   16 ( 10 )   1457 - 1473   2016年5月

The adaptor protein p40(phox) as a positive regulator of the superoxide-producing phagocyte oxidase (vol 21, pg 6312, 2002) 査読

Futoshi Kuribayashi, Hiroyuki Nunoi, Kaori Wakamatsu, Shohko Tsunawaki, Kazuki Sato, Takashi Ito, Hideki Sumimoto

EMBO JOURNAL   35 ( 3 )   369 - 370   2016年2月

Changepoint detection in base-resolution methylome data reveals a robust signature of methylated domain landscape 査読

Takao Yokoyama, Fumihito Miura, Hiromitsu Araki, Kohji Okamura, Takashi Ito

BMC GENOMICS   16 ( 1 )   594   2015年8月

DNA methylation and gene expression in Mimulus guttatus 査読

Jack M. Colicchio, Fumihito Miura, John K. Kelly, Takashi Ito, Lena C. Hileman

BMC GENOMICS   16 ( 1 )   507   2015年7月

Highly sensitive targeted methylome sequencing by post-bisulfite adaptor tagging 査読

Fumihito Miura, Takashi Ito

DNA RESEARCH   22 ( 1 )   13 - 18   2015年2月

Detecting protein-DNA interactions using a modified yeast one-hybrid system 国際誌

Kazuhisa Ota, Shu-Ying Feng, Takashi Ito

METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY   1164   39 - 50   2014年7月

Synthetic Gene Circuit-Mediated Monitoring of Endogenous Metabolites: Identification of GAL11 as a Novel Multicopy Enhancer of S-Adenosylmethionine Level in Yeast 査読

Taichi Umeyama, Satoshi Okada, Takashi Ito

ACS SYNTHETIC BIOLOGY   2 ( 8 )   425 - 430   2013年8月

Regional DNA methylation differences between humans and chimpanzees are associated with genetic changes, transcriptional divergence and disease genes 査読

Kei Fukuda, Kenji Ichiyanagi, Yoichi Yamada, Yasuhiro Go, Toshifumi Udono, Seitaro Wada, Toshiyuki Maeda, Hidenobu Soejima, Naruya Saitou, Takashi Ito, Hiroyuki Sasaki

JOURNAL OF HUMAN GENETICS   58 ( 7 )   446 - 454   2013年7月

Mouse Oocyte Methylomes at Base Resolution Reveal Genome-Wide Accumulation of Non-CpG Methylation and Role of DNA Methyltransferases

Kenjiro Shirane, Hidehiro Toh, Hisato Kobayashi, Fumihito Miura, Hatsune Chiba, Takashi Ito, Tomohiro Kono, Hiroyuki Sasaki

PLoS Genetics   9 ( 4 )   e1003439 - e1003439   2013年4月

High-resolution DNA methylome analysis of primordial germ cells identifies gender-specific reprogramming in mice 査読

Hisato Kobayashi, Takayuki Sakurai, Fumihito Miura, Misaki Imai, Kentaro Mochiduki, Eikichi Yanagisawa, Akihiko Sakashita, Takuya Wakai, Yutaka Suzuki, Takashi Ito, Yasuhisa Matsui, Tomohiro Kono

GENOME RESEARCH   23 ( 4 )   616 - 627   2013年4月

The WD40 protein Morg1 facilitates Par6–aPKC binding to Crb3 for apical identity in epithelial cells

200 ( 5 )   635 - 650   2013年3月

Amplification-free whole-genome bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging 査読

Fumihito Miura, Yusuke Enomoto, Ryo Dairiki, Takashi Ito

NUCLEIC ACIDS RESEARCH   40 ( 17 )   e136   2012年9月

Translation Initiation: A Regulatory Role for Poly(A) Tracts in Front of the AUG Codon in Saccharomyces cerevisiae 査読

Xuhua Xia, Vivian MacKay, Xiaoquan Yao, Jianhua Wu, Fumihito Miura, Takashi Ito, David R. Morris

GENETICS   189 ( 2 )   469 - U511   2011年10月

A yeast one-hybrid system to screen for methylated DNA-binding proteins 査読

Shu-Ying Feng, Kazuhisa Ota, Takashi Ito

NUCLEIC ACIDS RESEARCH   38 ( 20 )   e189   2010年11月

MafB protein stability is regulated by the JNK and ubiquitin-proteasome pathways 査読

Hiroshi Tanahashi, Keiji Kito, Takashi Ito, Katsuji Yoshioka

ARCHIVES OF BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS   494 ( 1 )   94 - 100   2010年2月

Remodeling of the SCF complex-mediated ubiquitination system by compositional alteration of incorporated F-box proteins 査読

Mitsunori Kato, Keiji Kito, Kazuhisa Ota, Takashi Ito

PROTEOMICS   10 ( 1 )   115 - 123   2010年1月

Circular permutation of ligand-binding module improves dynamic range of genetically encoded FRET-based nanosensor 査読

Satoshi Okada, Kazuhisa Ota, Takashi Ito

PROTEIN SCIENCE   18 ( 12 )   2518 - 2527   2009年12月

NMR Structure of the Heterodimer of Bem1 and Cdc24 PB1 Domains from Saccharomyces Cerevisiae 査読

Kenji Ogura, Tsubasa Tandai, Sosuke Yoshinaga, Yoshihiro Kobashigawa, Hiroyuki Kumeta, Takashi Ito, Hideki Sumimoto, Fuyuhiko Inagaki

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   146 ( 3 )   317 - 325   2009年9月

Absolute quantification of the budding yeast transcriptome by means of competitive PCR between genomic and complementary DNAs 査読

Fumihito Miura, Noriko Kawaguchi, Mikio Yoshida, Chihiro Uematsu, Keiji Kito, Yoshiyuki Sakaki, Takashi Ito

BMC GENOMICS   9   574   2008年11月

A proteomic screen reveals the mitochondrial outer membrane protein Mdm34p as an essential target of the F-box protein Mdm30p 査読

Kazuhisa Ota, Keiji Kito, Satoshi Okada, Takashi Ito

GENES TO CELLS   13 ( 10 )   1075 - 1085   2008年10月

A parallel affinity purification method for selective isolation of polyubiquitinated proteins 査読

Kazuhisa Ota, Keiji Kito, Shun-ichiro Iemura, Tohru Natsume, Takashi Ito

PROTEOMICS   8 ( 15 )   3004 - 3007   2008年8月

Discrimination between stable and dynamic components of protein complexes by means of quantitative proteomics 査読

Keiji Kito, Noriko Kawaguchi, Satoshi Okada, Takashi Ito

PROTEOMICS   8 ( 12 )   2366 - 2370   2008年6月

Mass spectrometry-based approaches toward absolute quantitative proteomics 査読

Keiji Kito, Takashi Ito

CURRENT GENOMICS   9 ( 4 )   263 - 274   2008年6月

Proteomic analysis of in vivo 14-3-3 interactions in the yeast Saccharomyces cerevisiae 査読

Kazue Kakiuchi, Yoshio Yamauchi, Masato Taoka, Maki Iwago, Tomoko Fujita, Takashi Ito, Si-Young Song, Akira Sakai, Toshiaki Isobe, Tohru Ichimura

BIOCHEMISTRY   46 ( 26 )   7781 - 7792   2007年7月

A synthetic protein approach toward accurate mass spectrometric quantification of component stoichiometry of multiprotein complexes 査読

Keiji Kito, Kazuhisa Ota, Tomoko Fujita, Takashi Ito

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH   6 ( 2 )   792 - 800   2007年2月

Regulation of N-cadherin-based cell-cell interaction by JSAP1 scaffold in PC12h cells 査読

Munkhuu Bayarsaikhan, Takahisa Takino, Davaakhuu Gantulga, Hiroshi Sato, Takashi Ito, Katsuji Yoshioka

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   353 ( 2 )   357 - 362   2007年2月

A novel Cdc42-interacting domain of the yeast polarity establishment protein Bem1 - Implications for modulation of mating pheromone signaling 査読

Yoshihiro Yamaguchi, Kazuhisa Ota, Takashi Ito

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   282 ( 1 )   29 - 38   2007年1月

High-throughput fluorescence labelling of full-length cDNA products based on a reconstituted translation system 査読

Yuko Kawahashi, Nobuhide Doi, Yo Oishi, Chizuru Tsuda, Hideaki Takashima, Tomoya Baba, Hirotada Mori, Takashi Ito, Hiroshi Yanagawa

JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   141 ( 1 )   19 - 24   2007年1月

A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome 査読

Fumihito Miura, Noriko Kawaguchi, Jun Sese, Atsushi Toyoda, Masahira Hattori, Shinichi Morishita, Takashi Ito

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   103 ( 47 )   17846 - 17851   2006年11月

A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q: Comparison with chromosome 21q 査読

Yoichi Yamada, Tomoyo Shirakawa, Todd D. Taylor, Kohji Okamura, Hidenobu Soejima, Michiko Uchiyama, Tsuyoshi Iwasaka, Tsunehiro Mukai, Ken-Ichiro Muramoto, Yoshiyuki Sakaki, Takashi Ito

DNA SEQUENCE   17 ( 4 )   300 - 306   2006年8月

Diverse DNA methylation statuses at alternative promoters of human genes in various tissues 査読

Jieun Cheong, Yoichi Yamada, Riu Yamashita, Takuma Irie, Akinori Kanai, Hiroyuki Wakaguri, Kenta Nakai, Takashi Ito, Izumu Saito, Smuio Sugano, Yutaka Suzuki

DNA RESEARCH   13 ( 4 )   155 - 167   2006年8月

A novel strategy to design highly specific PCR primers based on the stability and uniqueness of 3 '-end subsequences 査読

F Miura, C Uematsu, Y Sakaki, T Ito

BIOINFORMATICS   21 ( 24 )   4363 - 4370   2005年12月

Comparative genomics approach toward critical determinants for the imprinting of an evolutionarily conserved gene Impact 査読

K Okamura, Y Sakaki, T Ito

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   329 ( 3 )   824 - 830   2005年4月

The yeast eIF4E-associated protein Eap1p attenuates GCN4 translation upon TOR-inactivation 査読

R Matsuo, H Kubota, T Obata, K Kito, K Ota, T Kitazono, S Ibayashi, T Sasaki, M Iida, T Ito

FEBS LETTERS   579 ( 11 )   2433 - 2438   2005年4月

An evolutionary scenario for genomic imprinting of Impact lying between nonimprinted neighbors 査読

K Okamura, Y Yamada, Y Sakaki, T Ito

DNA RESEARCH   11 ( 6 )   381 - 390   2004年12月

Mass spectrometry-based proteomics for quantitative description of cellular events 査読

K Kito, T Ito

CURRENT GENOMICS   5 ( 8 )   629 - 635   2004年12月

Analysis of gene network regulating yeast multidrug resistance by artificial activation of transcription factors: involvement of Pdr3 in salt tolerance 査読

M Onda, K Ota, T Chiba, Y Sakaki, T Ito

GENE   332 ( 1-2 )   51 - 59   2004年5月

Transcriptomic and proteomic analysis of a 14-3-3 gene-deficient yeast 査読

T Ichimura, H Kubota, T Goma, N Mizushima, Y Ohsumi, M Iwago, K Kakiuchi, HU Shekhar, T Shinkawa, M Taoka, T Ito, T Isobe

BIOCHEMISTRY   43 ( 20 )   6149 - 6158   2004年5月

SKIP modifies gene expression by affecting both transcription and splicing 査読

K Nagai, T Yamaguchi, T Takami, A Kawasumi, M Aizawa, N Masuda, M Shimizu, S Tominaga, T Ito, T Tsukamoto, T Osumi

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   316 ( 2 )   512 - 517   2004年4月

Scaffold protein JSAP1 is transported to growth cones of neurites independent of JNK signaling pathways in PC12h cells 査読

S Sato, M Ito, T Ito, K Yoshioka

GENE   329 ( 1-2 )   51 - 60   2004年3月

A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 21q 査読

Y Yamada, H Watanabe, F Miura, H Soejima, M Uchiyama, T Iwasaka, T Mukai, Y Sakaki, T Ito

GENOME RESEARCH   14 ( 2 )   247 - 266   2004年2月

A yeast one-hybrid system to detect methylation-dependent DNA-protein interactions 査読

SY Feng, K Ota, Y Yamada, N Sawabu, T Ito

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   313 ( 4 )   922 - 925   2004年1月

Identification of a five-pass transmembrane protein family localizing in the Golgi apparatus and the ER 査読

A Shakoori, G Fujii, S Yoshimura, M Kitamura, K Nakayama, T Ito, H Ohno, N Nakamura

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   312 ( 3 )   850 - 857   2003年12月

Molecular recognition in dimerization between PB1 domains 査読

Y Noda, M Kohjima, T Izaki, K Ota, S Yoshinaga, F Inagaki, T Ito, H Sumimoto

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   278 ( 44 )   43516 - 43524   2003年10月

The PB1 domain and the PC motif-containing region are structurally similar protein binding modules 査読

S Yoshinaga, M Kohjima, K Ogura, M Yokochi, R Takeya, T Ito, H Sumimoto, F Inagaki

EMBO JOURNAL   22 ( 19 )   4888 - 4897   2003年10月

Rapamycin-induced translational derepression of GCN4 mRNA involves a novel mechanism for activation of the eIF2α kinase GCN2 査読

278 ( 23 )   20457 - 20460   2003年6月

Phosphorylation of p47(phox) directs phox homology domain from SH3 domain toward phosphoinositides, leading to phagocyte NADPH oxidase activation 査読

T Ago, F Kuribayashi, H Hiroaki, R Takeya, T Ito, D Kohda, H Sumimoto

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   100 ( 8 )   4474 - 4479   2003年4月

A functional single-nucleotide polymorphism in the human cytidine deaminase gene contributing to ara-C sensitivity 査読

LJ Yue, Y Saikawa, K Ota, M Tanaka, R Nishimura, T Uehara, H Maeba, T Ito, T Sasaki, S Koizumi

PHARMACOGENETICS   13 ( 1 )   29 - 38   2003年1月

The adaptor protein p40(phox) as a positive regulator of the superoxide-producing phagocyte oxidase 査読

F Kuribayashi, H Nunoi, K Wakamatsu, S Tsunawaki, K Sato, T Ito, H Sumimoto

EMBO JOURNAL   21 ( 23 )   6312 - 6320   2002年12月

Extraction of knowledge on protein-protein interaction by association rule discovery (vol 18, pg 705, 2002) 査読

T Oyama, K Kitano, K Satou, T Ito

BIOINFORMATICS   18 ( 8 )   1151 - 1151   2002年8月

Roles for the two-hybrid system in exploration of the yeast protein interactome 査読

T Ito, K Ota, H Kubota, Y Yamaguchi, T Chiba, K Sakuraba, M Yoshida

MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS   1 ( 8 )   561 - 566   2002年8月

Extraction of knowledge on protein-protein interaction by association rule discovery 査読

T Oyama, K Kitano, K Satou, T Ito

BIOINFORMATICS   18 ( 5 )   705 - 714   2002年5月

OPR, PC and AM: all in the PB1 family 査読

CP Ponting, T Ito, J Moscat, MT Diaz-Meco, F Inagaki, H Sumimoto

TRENDS IN BIOCHEMICAL SCIENCES   27 ( 1 )   10 - 10   2002年1月

Exploring the protein interactome using comprehensive two-hybrid projects 査読

T Ito, T Chiba, M Yoshida

TRENDS IN BIOTECHNOLOGY   19 ( 10 )   S23 - S27   2001年10月

Differential display analysis of mutants for the transcription factor Pdr1p regulating multidrug resistance in the budding yeast 査読

F Miura, T Yada, K Nakai, Y Sakaki, T Ito

FEBS LETTERS   505 ( 1 )   103 - 108   2001年9月

The PX domain as a novel phosphoinositide-binding module 査読

T Ago, R Takeya, H Hiroaki, F Kuribayashi, T Ito, D Kohda, H Sumimoto

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   287 ( 3 )   733 - 738   2001年9月

Discovery of a novel compound: insight into mechanisms for acrylamide-induced axonopathy and colchicine-induced apoptotic neuronal cell death 査読

Y Nakagawa-Yagi, DK Choi, N Ogane, S Shimada, M Seya, T Momoi, T Ito, Y Sakaki

BRAIN RESEARCH   909 ( 1-2 )   8 - 19   2001年8月

Structure and ligand recognition of the PB1 domain: a novel protein module binding to the PC motif 査読

H Terasawa, Y Noda, T Ito, H Hatanaka, S Ichikawa, K Ogura, H Sumimoto, F Inagaki

EMBO JOURNAL   20 ( 15 )   3947 - 3956   2001年8月

Novel modular domain PB1 recognizes PC motif to mediate functional protein-protein interactions 査読

T Ito, Y Matsui, T Ago, K Ota, H Sumimoto

EMBO JOURNAL   20 ( 15 )   3938 - 3946   2001年8月

Multiplex polymerase chain reaction (PCR) with color-tagged module-shuffling primers for comparing gene expression levels in various cells 査読

C Uematsu, J Nishida, K Okano, F Miura, T Ito, Y Sakaki, H Kambara

NUCLEIC ACIDS RESEARCH   29 ( 16 )   84   2001年8月

Solution structure of the PX domain, a target of the SH3 domain 査読

H Hiroaki, T Ago, T Ito, H Sumimoto, D Kohda

NATURE STRUCTURAL BIOLOGY   8 ( 6 )   526 - 530   2001年6月

Budding Yeast GCN1 Binds the GI Domain to Activate the eIF2α Kinase GCN2 査読

276 ( 20 )   17591 - 17596   2001年5月

A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome 査読

T Ito, T Chiba, R Ozawa, M Yoshida, M Hattori, Y Sakaki

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   98 ( 8 )   4569 - 4574   2001年4月

Human homologues of the Caenorhabditis elegans cell polarity protein PAR6 as an adaptor that links the small GTPases Rac and Cdc42 to atypical protein kinase C 査読

Y Noda, R Takeya, S Ohno, S Naito, T Ito, H Sumimoto

GENES TO CELLS   6 ( 2 )   107 - 119   2001年2月

Comparative genome analysis of the mouse imprinted gene IMPACT and its nonimprinted human homolog IMPACT: Toward the structural basis for species-specific imprinting 査読

K Okamura, Y Hagiwara-Takeuchi, T Li, TH Vu, M Hirai, M Hattori, Y Sakaki, AR Hoffman, T Ito

GENOME RESEARCH   10 ( 12 )   1878 - 1889   2000年12月

A novel G-protein-coupled receptor gene expressed in striatum 査読

K Mizushima, Y Miyamoto, F Tsukahara, M Hirai, Y Sakaki, T Ito

GENOMICS   69 ( 3 )   314 - 321   2000年11月

GI domain-mediated association of the eukaryotic initiation factor 2α kinase GCN2 with its activator GCN1 is required for general amino acid control in budding yeast 査読

275 ( 27 )   20243 - 20246   2000年7月

A new ETV6/TEL partner gene, ARG (ABL-related gene or ABL2), identified in an AML-M3 cell line with a t(1;12)(q25;p13) translocation 査読

Y Iijima, T Ito, T Oikawa, M Eguchi, M Eguchi-Ishimae, N Kamada, K Kishi, S Asano, Y Sakaki, Y Sato

BLOOD   95 ( 6 )   2126 - 2131   2000年3月

Toward a protein-protein interaction map of the budding yeast: A comprehensive system to examine two-hybrid interactions in all possible combinations between the yeast proteins 査読

T Ito, K Tashiro, S Muta, R Ozawa, T Chiba, M Nishizawa, K Yamamoto, S Kuhara, Y Sakaki

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   97 ( 3 )   1143 - 1147   2000年2月

Mechanism for phosphorylation-induced activation of the phagocyte NADPH oxidase protein p47(phox) - Triple replacement of serines 303, 304, and 328 with aspartates disrupts the SH3 domain-mediated intramolecular interaction in p47phox, thereby activating the oxidase 査読

T Ago, H Nunoi, T Ito, H Sumimoto

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   274 ( 47 )   33644 - 33653   1999年11月

Developmentally-regulated expression of mNapor encoding an apoptosis-induced ELAV-type RNA binding protein 査読

DK Choi, T Ito, F Tsukahara, M Hirai, Y Sakaki

GENE   237 ( 1 )   135 - 142   1999年9月

Spatiotemporal, allelic, and enforced expression of Ximpact, the Xenopus homolog of mouse imprinted gene Impact 査読

Y Yamada, Y Hagiwara, K Shiokawa, Y Sakaki, T Ito

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   256 ( 1 )   162 - 169   1999年3月

Fluorescent differential display analysis of gene expression in apoptotic neuroblastoma cells 査読

DK Choi, T Ito, Y Mitsui, Y Sakaki

GENE   223 ( 1-2 )   21 - 31   1998年11月

Involvement of dendritic cell response to resistance of stomach carcinogenesis caused by N-methyl-N '-nitro-N-nitrosoguanidine in rats 査読

M Oka, C Furihata, K Kitoh, M Yamamoto, M Tatematsu, M Ichinose, K Miki, T Ito, Y Sakaki, K Reske

CANCER RESEARCH   58 ( 18 )   4107 - 4112   1998年9月

Anionic amphiphile-independent activation of the phagocyte NADPH oxidase in a cell-free system by p47(phox) and p67(phox), both in C terminally truncated forms - Implication for regulatory Src homology 3 domain-mediated interactions 査読

K Hata, T Ito, K Takeshige, H Sumimoto

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   273 ( 7 )   4232 - 4236   1998年2月

The PC motif: a novel and evolutionarily conserved sequence involved in interaction between p40(phox) and p67(phox), SH3 domain-containing cytosolic factors of the phagocyte NADPH oxidase 査読

R Nakamura, H Sumimoto, K Mizuki, K Hata, T Ago, S Kitajima, K Takeshige, Y Sakaki, T Ito

EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   251 ( 3 )   583 - 589   1998年2月

Functional modules and expression of mouse p40(phox) and p67(phox), SH3-domain-containing proteins - Involved in the phagocyte NADPH oxidase complex 査読

K Mizuki, K Kadomatsu, K Hata, T Ito, QW Fan, Y Kage, Y Fukumaki, Y Sakaki, K Takeshige, H Sumimoto

EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   251 ( 3 )   573 - 582   1998年2月

Isolation and expression study of a maternally expressed novel Xenopus gene Xem1 encoding a putative evolutionarily conserved membrane protein 査読

N Adati, T Ito, Y Sakaki, K Shiokawa

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   238 ( 3 )   899 - 904   1997年9月

Screening for imprinted genes by allelic message display: Identification of a paternally expressed gene Impact on mouse chromosome 18 査読

Y Hagiwara, M Hirai, K Nishiyama, Kanazawa, I, T Ueda, Y Sakaki, T Ito

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   94 ( 17 )   9249 - 9254   1997年8月

Differentially expressed MHC class II-associated invariant chain in rat stomach pyloric mucosa with N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine exposure 査読

C Furihata, M Oka, M Yamamoto, T Ito, M Ichinose, K Miki, M Tatematsu, Y Sakaki, K Reske

CANCER RESEARCH   57 ( 8 )   1416 - 1418   1997年4月

Rare occurrence of ras and p53 gene mutations in mouse stomach tumors induced by N-methyl-N-nitrosourea 査読

C Furihata, M Tatematsu, M Saito, S Ishida, H Nakanishi, K Inada, H Tei, M Hattori, T Ito, Y Sakaki

JAPANESE JOURNAL OF CANCER RESEARCH   88 ( 4 )   363 - 368   1997年4月

Fluorescent differential display analysis of gene expression in differentiating neuroblastoma cells 査読

K Kito, T Ito, Y Sakaki

GENE   184 ( 1 )   73 - 81   1997年1月

Assembly and activation of the phagocyte NADPH oxidase - Specific interaction of the N-terminal Src homology 3 domain of p47(phox) with p22(phox) is required for activation of the NADPH oxidase 査読

H Sumimoto, K Hata, K Mizuki, T Ito, Y Kage, Y Sakaki, Y Fukumaki, M Nakamura, K Takeshige

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   271 ( 36 )   22152 - 22158   1996年9月

An SH3 domain-mediated interaction between the phagocyte NADPH oxidase factors p40(phox) and p47(phox) 査読

T Ito, R Nakamura, H Sumimoto, K Takeshige, Y Sakaki

FEBS LETTERS   385 ( 3 )   229 - 232   1996年5月

DIFFERENTIAL DISPLAY ANALYSIS OF GENE-EXPRESSION IN DEVELOPING EMBRYOS OF XENOPUS-LAEVIS 査読

N ADATI, T ITO, C KOGA, K KITO, Y SAKAKI, K SHIOKAWA

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE STRUCTURE AND EXPRESSION   1262 ( 1 )   43 - 51   1995年5月

MAPPING OF REGIONS OF PHYSICAL DELETION ON CHROMOSOME 16Q IN PROSTATE-CANCER CELLS BY FLUORESCENCE IN-SITU HYBRIDIZATION (FISH) 査読

ML CHER, T ITO, N WEIDNER, PR CARROLL, RH JENSEN

JOURNAL OF UROLOGY   153 ( 1 )   249 - 254   1995年1月

FLUORESCENT DIFFERENTIAL DISPLAY - ARBITRARILY PRIMED RT-PCR FINGERPRINTING ON AN AUTOMATED DNA SEQUENCER 査読

T ITO, K KITO, N ADATI, Y MITSUI, H HAGIWARA, Y SAKAKI

FEBS LETTERS   351 ( 2 )   231 - 236   1994年9月

Expression of the α2-macroglobulin-encoding gene in rat brain and cultured astrocytes 査読

141 ( 2 )   155 - 162   1994年4月

SEQUENCE-TAGGED NOTI SITES OF HUMAN CHROMOSOME-21 - SEQUENCE-ANALYSIS AND MAPPING 査読

M HATTORI, A TOYODA, H ICHIKAWA, T ITO, H OHGUSU, N OISHI, T KANO, S KUHARA, M OHKI, Y SAKAKI

GENOMICS   17 ( 1 )   39 - 44   1993年7月

PULSED-FIELD POLYACRYLAMIDE-GEL ELECTROPHORESIS - BASIC PHENOMENA AND APPLICATIONS 査読

T ITO, H HOHJOH, Y SAKAKI

ELECTROPHORESIS   14 ( 4 )   278 - 282   1993年4月

TRIPLEX AFFINITY CAPTURE OF A SINGLE COPY CLONE FROM A YEAST GENOMIC LIBRARY 査読

T ITO, CL SMITH, CR CANTOR

NUCLEIC ACIDS RESEARCH   20 ( 13 )   3524 - 3524   1992年7月

AFFINITY CAPTURE ELECTROPHORESIS FOR SEQUENCE-SPECIFIC DNA PURIFICATION 査読

T ITO, CL SMITH, CR CANTOR

GENETIC ANALYSIS-BIOMOLECULAR ENGINEERING   9 ( 3 )   96 - 99   1992年6月

SEQUENCE-SPECIFIC DNA PURIFICATION BY TRIPLEX AFFINITY CAPTURE 査読

T ITO, CL SMITH, CR CANTOR

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   89 ( 2 )   495 - 498   1992年1月

PHOTOPROTEIN AEQUORIN - USE AS A REPORTER ENZYME IN STUDYING GENE-EXPRESSION IN MAMMALIAN-CELLS 査読

H TANAHASHI, T ITO, S INOUYE, FI TSUJI, Y SAKAKI

GENE   96 ( 2 )   249 - 255   1990年12月

Nuclear factors interacting with an interleukin-6 responsive element of rat α2-macroglobulin gene 査読

17 ( 22 )   9425 - 9435   1989年11月

Structure of the rat α2-macroglobulin-coding gene 査読

77 ( 2 )   333 - 340   1989年4月

A NOVEL PROCEDURE FOR SELECTIVE CLONING OF NOTI LINKING FRAGMENTS FROM MAMMALIAN GENOMES 査読

T ITO, Y SAKAKI

NUCLEIC ACIDS RESEARCH   16 ( 19 )   9177 - 9184   1988年10月

Nuclear matrix association regions of rat α2-macroglobulin gene 査読

149 ( 2 )   449 - 454   1987年12月

A nuclear factor which interacts with an AT-cluster in the first intron of rat α2-macroglobulin gene 査読

147 ( 2 )   824 - 830   1987年9月

バイサルファイト変換で全ゲノムＤＮＡメチル化を定量する　ＰＢＡＴ法　　次世代シークエンス解析スタンダード　（二階堂愛編）

三浦史仁、伊藤隆司（ 担当： 共著）

羊土社  2014年9月 

ヒドロキシメチル化ＤＮＡ解析法　イラストで徹底理解するエピジェネティクスキーワード事典　（牛島俊和、眞貝洋一編）　pp.268-274

三浦 史仁, 伊藤 隆司（ 担当： 共著）

羊土社  2013年11月 

Epigenome sequencing approaches toward comprehensive analysis of DNA methylation and in vivo protein–DNA interactions 招待 国際会議

2016年7月 

エピゲノムを測る 招待

伊藤 隆司

CRESTシンポジウム「トランスオミクスによる生命システムの解明」  2016年3月 

エピゲノムシーケンシングの新手法 招待

伊藤 隆司

大阪大学蛋白質研究所セミナー「エピジェネティクス －分子機構から高次機能まで－」  2015年12月 

次世代シーケンシングによる高感度一塩基解像度メチローム解析 招待

伊藤 隆司

第２８回バイオメディカル分析科学シンポジウム（BMAS2015）  2015年8月 

PBATによる高感度メチロームシーケンシング 招待

伊藤 隆司

第４２回日本毒性学会学術年会シンポジウム「in vitroとin vivoの接点から探るエピジェネティック毒性」  2015年7月 

Sequencing the methylome with high sensitivity 招待

Takashi Ito

Riken Epigenetics in Kobe 2015  2015年2月 

Sequencing the methylome with high sensitivity 招待 国際会議

Takashi Ito

International Symposium on Tumor Biology in Kanazawa  2014年11月 

Highly Sensitive Methylome Sequencing by Post-Bisulfite Adaptor Tagging: Whole-Genome and Targeted Approaches 招待 国際会議

Takashi Ito

International Human Epigenome Consortium Science Day  2014年10月 

トランスオミクスのためのエピゲノム計測の極微量化と多重化 招待

伊藤 隆司

第３６回日本分子生物学会年会ワークショップ「トランスオミクスへ向けた定量生物学」  2013年12月 

Ultra-low input amplification-free whole-genome bisulfite sequencing: a step toward single-cell methylome analysis 招待 国際会議

Frontiers of Single Cell Analysis  2013年9月 

Highly efficient whole-genome and targeted bisulfite sequencing by post-bisulfite adaptor tagging 招待 国際会議

The 10th International Workshop on Advanced Genomics  2013年5月 

ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム　副統括

役割：審査・評価

JST バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)  2019年11月 - 2020年3月

組織委員・座長 国際学術貢献

2019年6月

学術論文等の審査

役割：査読

2019年

学術論文等の審査

役割：査読

2018年

組織委員 国際学術貢献

2017年6月

座長 国際学術貢献

2017年6月

科学研究費委員会　審査・評価第二部会　総合生物小委員会　副幹事

役割：審査・評価

日本学術振興会  2017年1月 - 2017年12月

学術論文等の審査

役割：査読

2017年

産業技術総合研究所研究領域（生命工学領域）評価委員

役割：審査・評価

産業技術総合研究所  2015年10月 - 2018年3月

戦略的創造研究推進事業（CREST）「環境変動に対する植物の頑健性の解明と応用に向けた基盤技術の創出」領域アドバイザー

役割：審査・評価

科学技術振興機構  2015年7月 - 2023年3月

組織委員 国際学術貢献

2015年5月

バイオサイエンスデータベースセンター運営委員会

役割：審査・評価

科学技術振興機構  2014年4月 - 2019年10月

ライフサイエンスデータベース統合推進事業　統合化推進プログラム　アドバイザー

役割：審査・評価

2014年4月 - 2019年10月

科学研究費委員会専門委員

役割：審査・評価

日本学術振興会  2013年12月 - 2014年11月

座長（Chairmanship） 国際学術貢献

2013年5月

組織委員 国際学術貢献

2013年5月

ライフサイエンスデータベース統合推進事業「基盤技術開発プログラム」研究アドバイザー

役割：審査・評価

日本科学技術振興機構  2011年4月 - 2013年3月

「後天的ゲノム修飾のメカニズムを活用した創薬基盤技術開発」運営会議委員

役割：審査・評価

新エネルギー・産業技術総合開発機構  2010年10月 - 2015年9月

不活性化Cas9によるゲノム不安定性誘導機構の解明とそれに基づく構造多型の操作

研究課題/領域番号：19K22397  2019年 - 2020年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究（萌芽）

先進メチローム解析の支援と高度化

2017年6月 - 2022年3月

次世代エピゲノム解析技術の開発とその応用

研究課題/領域番号：17H06305  2017年 - 2021年

日本学術振興会・文部科学省  科学研究費助成事業  新学術領域研究

先進メチローム解析の支援と高度化

2017年 - 2021年

創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業

CRISPRを利用した4Dヌクレオーム解析

研究課題/領域番号：17H01407  2017年 - 2020年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

染色体機能要素のリコーディングによる遺伝子ゲノム操作の革新

研究課題/領域番号：17K19355  2017年 - 2018年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究（萌芽）

新しい原理に基づくヌクレオソーム中心と転写因子結合部位の網羅的統合解析

研究課題/領域番号：16K14642  2016年 - 2017年

科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

サブシングルセル解析による二倍体メチロームの解明

研究課題/領域番号：15K14420  2015年 - 2016年

科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

CRISPRを利用したエピゲノムの読み出しと書き込み

研究課題/領域番号：26250038  2014年 - 2017年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

メチローム解析の高度化と支援

2014年 - 2016年

研究開発施設共用等促進費補助金・創薬等支援技術基盤プラットフォーム

ＤＮＡメチル化紋様形成機構の構成的理解：合成エピゲノミクスへの挑戦

研究課題/領域番号：26640131  2014年

科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

高感度エピゲノム解析のためのマイクロ化学システム開発

2013年 - 2017年

研究成果展開事業 先端計測分析技術・機器開発プログラム

人工遺伝子回路によって誘導される適応現象のトランスオミクス解析

研究課題/領域番号：25640110  2013年

科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

ヒト消化器上皮細胞の標準エピゲノム解析と解析技術開発

2011年 - 2016年

戦略的創造研究推進事業 (文部科学省)

５ヒドロキシメチルシトシンの解析：ゲノムワイドマッピングと結合タンパク質の探索

研究課題/領域番号：23310130  2011年 - 2013年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

細胞解析研究革新のための高性能エピゲノムシーケンス技術の開発

2009年 - 2013年

革新的タンパク質・細胞解析研究イニシアティブ 革新的細胞解析研究プログラム（セルイノベーション）

生化学

2022年4月 - 2023年3月   通年

分子医学概論

2022年4月 - 2022年9月   前期

生命の科学Ａ

2022年4月 - 2022年9月   前期

細胞生物学

2022年4月 - 2022年9月   前期

基礎生物学

2022年4月 - 2022年9月   前期

人体構造と機能Ⅲ

2022年4月 - 2022年9月   前期

医学研究特論Ⅱ

2022年4月 - 2022年9月   前期

健康の科学

2021年10月 - 2022年3月   後期

生化学

2021年4月 - 2022年3月   通年

人体構造と機能Ⅲ

2021年4月 - 2021年9月   前期

基礎生物学

2021年4月 - 2021年9月   前期

細胞生物学

2021年4月 - 2021年9月   前期

生化学

2020年4月 - 2021年3月   通年

人体構造と機能Ⅲ

2020年4月 - 2020年9月   前期

細胞生物学

2020年4月 - 2020年9月   前期

基礎生物学

2020年4月 - 2020年9月   前期

生化学

2019年10月 - 2020年3月   後期

生化学

2019年4月 - 2020年3月   通年

分子生物学概論

2019年4月 - 2019年9月   前期

生命の科学Ａ

2019年4月 - 2019年9月   前期

人体構造と機能Ⅲ

2019年4月 - 2019年9月   前期

生化学

2018年10月 - 2019年3月   後期

生化学

2018年4月 - 2019年3月   通年

分子生物学概論

2018年4月 - 2018年9月   前期

人体構造と機能Ⅲ

2018年4月 - 2018年9月   前期

生化学

2017年10月 - 2018年3月   後期

生化学

2017年4月 - 2018年3月   通年

人体構造と機能Ⅲ

2017年4月 - 2017年9月   前期

分子生物学概論

2017年4月 - 2017年9月   前期

生命の科学A

2017年4月 - 2017年6月   春学期

生化学

2016年10月 - 2017年3月   後期

生化学

2016年4月 - 2017年3月   通年

分子生物学概論

2016年4月 - 2016年9月   前期

人体構造と機能Ⅲ

2016年4月 - 2016年9月   前期

生化学

2015年10月 - 2016年3月   後期

生化学

2015年4月 - 2016年3月   通年

分子生物学概論

2015年4月 - 2015年9月   前期

人体構造と機能Ⅲ

2015年4月 - 2015年9月   前期

生命の科学A

2015年4月 - 2015年9月   前期

生化学

2014年4月 - 2015年3月   通年

2020年12月   役割：参加   名称：医学研究と倫理

主催組織：部局

2020年8月   役割：司会   名称：医学教育分野別認証について

主催組織：部局

2019年12月   役割：参加   名称：研究の倫理とコンプライアンス

主催組織：部局

2019年8月   役割：司会   名称：医学科入試面接試験

主催組織：部局

2018年12月   役割：司会   名称：リサーチマインドの涵養

主催組織：部局

2018年8月   役割：参加   名称：分野別認証

主催組織：部局

2017年12月   役割：参加   名称：大学院FD

主催組織：部局

2017年8月   役割：参加   名称：分野別認証

主催組織：部局

2016年12月   役割：参加   名称：九州大学の研究戦略

主催組織：部局

2016年10月   役割：参加   名称：男女共同参画

主催組織：全学

2016年8月   役割：参加   名称：分野別認証

主催組織：部局

2015年12月   役割：参加   名称：国際化への対応

主催組織：部局

2015年8月   役割：参加   名称：医学科・生命科学科の成績不振者

主催組織：部局

2014年12月   役割：参加   名称：英語教育・国際化への対応

主催組織：部局

2014年8月   役割：参加   名称：医学科・生命科学科の新カリキュラムにおける研究室配属

主催組織：部局

2013年12月   役割：参加   名称：大学院教育につなげる学部教育について

主催組織：部局

2015年  金沢大学　共通教育機構  区分:非常勤講師  国内外の区分:国内 

2015年  東京大学理学部生物情報科学科  区分:非常勤講師  国内外の区分:国内 

2014年  東京大学理学部生物情報科学科  区分:非常勤講師  国内外の区分:国内 

2014年  金沢大学　共通教育機構  区分:非常勤講師  国内外の区分:国内 

2013年  東京大学　大学院新領域創成科学研究科　情報生命科学専攻  区分:非常勤講師  国内外の区分:国内 

学期、曜日時限または期間：2013.10.1~2014.3.31

2013年  東京大学　大学院理学系研究科　生物化学専攻 東京大学　理学部　生物情報科学科  区分:兼任教員  国内外の区分:国内 

学期、曜日時限または期間：2013.10.1~2014.3.31

2021年1月 - 2022年12月   学部 教務委員会委員長

2020年3月 - 2022年12月   学部 プログラム評価委員会委員

2020年3月 - 2022年12月   学部 カリキュラム委員会委員

2019年1月 - 2020年12月   全学 教育企画委員会委員

2019年1月 - 2020年12月   研究院 副研究院長

2019年1月 - 2020年12月   学部 教務委員会委員長

2019年1月 - 2020年12月   研究院 基礎部門長

2018年4月 - 2018年12月   学府 大学院委員会委員長

2018年1月 - 2018年12月   研究院 副研究院長

2017年1月 - 2018年12月   研究院 基礎医学部門長

2015年4月 - 2017年3月   学府 大学院委員会委員

2015年4月 - 2017年3月   研究院 再任審査委員