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発表一覧
沼田 倫征（ぬまた ともゆき） データ更新日：2023.11.27

准教授　／　 農学研究院 生命機能科学部門 生命機能科学部門　生物機能分子化学講座


学会発表等
1. 宇田敬史朗、沼田倫征、石野園子、山上健、松本俊介、中島崇、石野良純, 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis由来NurA-HerA複合体の構造解析
, 第23回極限環境生物学会年会, 2022.11.
2. 佐藤星賢，石野園子，松本俊介，中島崇，山上健，石野良純，沼田倫征, 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis由来エンドヌクレアーゼⅣの調製法の確立と立体構造解析, 日本農芸化学会2022年度西日本支部大会, 2022.09.
3. 吉村萌由，中野華歩，松本俊介，石野園子，石野良純，沼田倫征, メタゲノムから発見した新規な小型Casタンパク質の機能構造解析, 日本農芸化学会2022年度西日本支部大会, 2022.09.
4. 亀甲理，松本俊介，石野園子，松本裕之，野口真大，沼田倫征，石野良純, 温泉試料メタゲノムから見出された新規Casタンパク質の機能解析, 日本農芸化学会2022年度西日本支部大会, 2022.09.
5. 沼田倫征, III型CRISPR-Casエフェクターの構造と機能, 第34回日本Archaea研究会, 2022.07.
6. 石原一輝、石野園子、石野良純、沼田倫征, Vibrio parahaemolyticusに由来するトランスポゾンの配列特異的なDNA転移に関する研究
, 第59回化学関連支部合同九州大会, 2022.07, The CRISPR-associated transposons are transferred in a sequence-specific manner of the CRISPR RNA (crRNA). However, the transfer mechanism and physiological role of these transposons remain to be elucidated. Here, we reconstituted the in vivo transposition using the factors from Vibrio parahaemolyticus and showed that the transposons were transferred into the genome of Escherichia coli via crRNA-guided targeting..
7. 石原一輝、石野園子、石野良純、沼田倫征, Vibrio parahaemolyticusが持つCASTによるDNA転移の分子機構の解析, 令和4年度日本生化学会 九州支部例会, 2022.06.
8. Keisuke Oki, Mariko Nagata, Takeshi Yamagami, Tomoyuki Numata, Sonoko Ishino, Takuji Oyama, and Yoshizumi Ishino., Structural and functional analysis of the interaction between family D-DNA polymerase and CMG-like helicase in the replisome of Thermococcus kodakarensis., 第45回日本分子生物学会年会, 2021.12.
9. 沖 啓輔、永田麻梨子、山上 健、真柳 浩太、白井　剛、大山拓次、安達成彦、沼田倫征、松本俊介、石野園子、石野良純, Thermococcus kodakarensisのDNA複製複合体レプリソームの機能的構造変換機構, 極限環境生物学会2021年度（第22回）年会, 2021.11.
10. 松尾桃子、山上 健、石野園子、沼田倫征、石野良純, Thermococcus kodakarensisのミスマッチ特異的ヌクレアーゼEndoMSに結合するタンパク質の発見, 第45回日本分子生物学会年会, 2021.12.
11. 佐々木敏貴、沖 啓輔、松本俊介、真柳浩太、山上 健、石野園子、沼田倫征、石野良純, 超好熱性アーキアPyrococcus furiosus由来のCMG 様複製ヘリカーゼ複合体の構造と機能, 第45回日本分子生物学会年会, 2021.12.
12. 梶川涼夏、石野園子、山上　健、沼田倫征、石野良純, 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisのSMCタンパク質の機能解析, 第44回日本分子生物学会年会, 2020.12.
13. 宮元梨紅、石野園子、松見理恵、山上　健、沼田倫征、石野良純, 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisはoriC依存のDNA複製能を有するか?, 第44回日本分子生物学会年会, 2020.12.
14. 池西智憲、石野園子、山上　健、沼田倫征、石野良純, 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisのDNAトポイソメラーゼVIの調製確立と性質解析, 第44回日本分子生物学会年会, 2020.12.
15. 市川貴大、佐々木琢也、山上　健、沼田倫征、石野園子、石野良純, アーキアのミスマッチ修復酵素Endonuclease MSと酸化損傷修復酵素8-oxoguanine glycosylaseによるDNA修復機構の研究, 極限環境生物学会2020年度（第21回）年会, 2019.10.
16. 原田明佳、永田麻梨子、沖　啓輔、松見理恵、金井　保、跡見晴幸、沼田倫征、石野園子、石野良純, 超好熱性アーキアにおける損傷塩基修復経路に関する研究, 極限環境生物学会2020年度（第21回）年会, 2020.10.
17. 池西智憲、石野園子、山上健、沼田倫征、石野良純 , 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisのDNAトポイソメラーゼVIの調製法確立と性質解明
, 令和2年度　日本生化学会九州支部例会, 2020.05.
18. 宮元梨紅、石野園子、松見理恵、山上健、沼田倫征、石野良純, 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisはoriC依存のDNA複製開始能を有するか？
, 令和2年度　日本生化学会九州支部例会, 2020.05.
19. 梶川涼夏、石野園子、山上健、沼田倫征、石野良純　, 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisのSMCタンパク質の機能解析, 令和2年度　日本生化学会九州支部例会, 2019.05.
20. 原田明佳、永田麻梨子、沖啓輔、松見理恵、金井保、跡見晴幸、沼田倫征、石野園子、石野良純, アーキアの損傷塩基修復経路の生化学的、遺伝学的研究, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
21. 吉田直人、沖 啓輔、松見理恵、石野園子、沼田倫征、山上 健、石野良純, 超好熱性アーキアMethanopyrus kandleri由来ファミリー D DNAポリメラーゼの生化学的解析, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
22. 田中志門、石野園子、沼田倫征、山上 健、石野良純, 超好熱性アーキア由来ファミリー B3 DNAポリメラーゼの性質比較, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
23. 市川貴大、佐々木琢也、山上 健、沼田倫征、石野園子、石野良純, アーキアのミスマッチ修復酵素Endonuclease MSとの相互作用因子として見出され た8-Oxoguanine glycosylaseの機能解析, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
24. 峯 渉、山上 健、沼田倫征、石野園子、石野良純, 損傷塩基特異的Endonuclease MSによる二本鎖切断末端の可能な構造変換機構, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
25. 瀬戸口勇登、山上 健、沖 啓輔、沼田倫征、石野園子、石野良純, クレンアーキオタにおいてレプリソームを構成する未知タンパク質の探索, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
26. 鈴木匠爾、黒沢則夫、山上 健、沼田倫征、石野園子、石野良純, 好熱性アーキアにおけるDNA修復に働く新規ヘリカーゼ様タンパク質の機能解析, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
27. 沖 啓輔、山上 健、永田麻梨子、真柳浩太、沼田倫征、石野園子、石野良純, PolD上での相互作用因子スウィッチングによるアーキア特有のレプリソーム機能変換機構の提唱, 第42回日本分子生物学会年会, 2019.12.
28. Takahiro Ichikawa, Enzo Petracco, Hanae Kudo, Takeshi Yamagami, Tomoyuki Numata, Yoshizumi Ishino, and Sonoko Ishino, The nucS homologs in the genomes of hyperthermophilic archaea encode active mismatch-specific endonuclease, EndoMS, 15th International Congress on Thermophiles 2019, 2019.09.
29. Meika Harada, Mariko Nagata, Keisuke Oki, Rie Matsumi, Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi, Tomoyuki Numata, Miyako Shiraishi, Sonoko Ishino, and Yoshizumi Ishino, Reconstitution of endonuclease Q-mediated and endonuclease V-mediated repair pathways for deaminated base repair in the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis, 15th International Congress on Thermophiles 2019, 2019.09.
30. Wataru Mine, Hanae Kudo, Takeshi Yamagami, Tomoyuki Numata, Patrick Forterre, Mart Krupovic, Yoshizumi Ishino, and Sonoko Ishino, Study on diversity of mismatch repair system in archaea, 15th International Congress on Thermophiles 2019, 2019.09.
31. Keisuke Oki, Mariko Nagata, Sonoko Ishino, Takeshi Yamagami, Tomoyui Numata, Kouta Mayanagi, and Yoshizumi Ishino, Interactions of helicase, DNA polymerase, and primase to form functional replisome in the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis, 15th International Congress on Thermophiles 2019, 2019.09.
32. Tomoyuki Numata, Crystal structure of the type III CRISPR-Cas Cmr complex bound to a target analog, 15th International Congress on Thermophiles 2019, 2019.09.
33. Connelly, C., Numata, T., Boer, R., Moon, M., Sinniah, R., Ferre-D'Amare, A. and Schneekloth, J., Chemical and structural insights into developing synthetic ligands for a PreQ1 riboswitch, 256th National Meeting and Exposition of the American-Chemical-Society (ACS) - Nanoscience, Nanotechnology and Beyond, 2018.08.
34. Tomoyuki Numata, Colleen M. Connelly, John S. Schneekloth Jr., Adrian R. Ferré-D'Amaré, Structure-guided discovery of small molecules targeting the PreQ1 riboswitch, 23rd Annual Meeting of the RNA Society, 2018.06.
35. Numata, T., Connelly, C.M., Schneekloth, J.S. and Ferré-D'Amaré, A.R., Structure-guided discovery of small molecules targeting the PreQ1 riboswitch, Sixteenth Annual NHLBI DIR Research Retreat, 2018.04.
36. Kenjyo Miyauchi, Takuya Sakashita, Tomoyuki Numata and Tsutomu Suzuki, Involvement of sulfur relay system in the biogenesis of cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine (ct6A) of tRNA, The 21st Annual Meeting of the RNA Society, 2016.06.
37. 沼田倫征, RNAサイレンシングに関わるCRISPR-Cas系Cmr複合体の作動原理の解明, 微生物学の新たな発展、ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
38. 沼田倫征, 標的アナログと結合したCRISPR-Cas系Cmr複合体の結晶構造, BMB2015, 2015.12.
39. 沼田倫征, RNAのサイレンシングを誘導するCRISPR-Cas系複合体の作動原理, 第34回アグリバイオセミナー, 2015.12.
40. 沼田倫征, 標的類似核酸と結合したCRISPR-Cas系Cmr複合体の結晶構造, 平成27年度日本結晶学会年会, 2015.10.
41. 沼田倫征, RNAのサイレンシングに関わるCRISPR-Cas系Cmr複合体の結晶構造, 第39回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム, 2015.09.
42. 沼田倫征、大澤拓生, CRISPR-Cas系Cmr複合体の再構成・結晶化・X線回折データの測定, 第39回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム, 2015.09.
43. 沼田倫征, 標的アナログと結合したCRISPR-Cas Cmr複合体の結晶構造, 第17回日本RNA学会年会, 2015.07.
44. 沼田倫征、大澤拓生, 標的アナログと結合したCRISPR-Cas Cmr複合体の結晶構造, 第15回日本蛋白質科学会年会, 2015.06.
45. 沼田倫征、宮内健常、大澤拓生、鈴木勉, N6-スレオニルカルバモイルアデノシンの環化反応を触媒するtRNA修飾酵素CsdLの機能構造解析, 第3回物構研サイエンスフェスタ, 2015.03.
46. 沼田倫征, tRNA転写後修飾メカニズムの分子的基盤解明, 日本農芸化学会2014年度第2回関東支部例会, 2014.11.
47. 沼田倫征、宮内健常、大澤拓生、鈴木勉, N6-スレオニルカルバモイルアデノシンの環化反応を触媒するtRNA修飾酵素CsdLの機能構造解析, 第38回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム, 2014.09.
48. 沼田倫征、宮内健常、大澤拓生、鈴木勉, N6-スレオニルカルバモイルアデノシンの環化を触媒するtRNA修飾酵素の結晶構造, 第14回日本蛋白質科学会年会, 2014.06.
49. 宮内健常、坂下卓矢、木村聡、沼田倫征、鈴木勉, Cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine (ct6A)の生合成における硫黄リレー系の関与, 第16回日本RNA学会年会, 2014.07.
50. 沼田倫征, tRNA転写後修飾メカニズムの分子的基盤解明, 日本農芸化学会2014年度大会, 2014.03.
51. 沼田倫征 , tRNAのアンチコドンをアグマチンで化学修飾するしくみ
, 第37回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム, 2013.09.
52. Tsutomu Suzuki, Kenjyo Miyauchi, Takuya Sakashita, Satoshi Kimura and Tomoyuki Numata, Biogenesis and function of cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine (ct6A) as a widely distributed tRNA hypermodification, The 8th Annual Meeting of the RNA Society, 2013.06.
53. 沼田倫征、大澤拓生, CRISPR-Casシステムのエフェクター複合体を構成するCmr2-Cmr3複合体の結晶構造, 第13回日本蛋白質科学会年会, 2013.06.
54. 沼田倫征、大澤拓生、稲永英子、寺坂尚紘、木村聡、鈴木勉, tRNA修飾酵素TiaSによるtRNAIle2の認識機構, 第12回日本蛋白質科学会年会, 2012.06.
55. 大澤拓生、木村聡、寺坂尚紘、稲永英子、鈴木勉、沼田倫征, tRNAIle2アグマチニル化反応の構造的基盤, 第12回日本蛋白質科学会年会, 2012.06.
56. 大澤拓生、木村聡、寺坂尚紘、稲永英子、鈴木勉、沼田倫征, tRNAアグマチニル化反応の構造的基盤, 日本農芸化学会2012年度大会, 2012.03.
57. 沼田倫征、大澤拓生, tRNA修飾酵素TiaSによるtRNAIle2の特異的認識機構, 第29回PFシンポジウム, 2012.03.
58. 大澤拓生、沼田倫征, tRNAIle2アグマチニル化反応の構造的基盤, 第29回PFシンポジウム, 2012.03.
59. Suzuki, T., Kimura, S., Terasaka, N., Osawa, T. and Numata, T., Biogenesis and function of 2-agmatinylcytidine found at the wobble position of archaeal tRNAIle, 38th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry, 2011.11.
60. 大澤拓生、寺坂尚紘、木村聡、鈴木勉、沼田倫征, 古細菌tRNAIleのアンチコドン領域に存在するRNA修飾塩基の生合成機構解明, 第35回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム, 2011.09.
61. 大澤拓生、寺坂尚紘、木村聡、鈴木勉、沼田倫征, アーキアtRNAIleのアンチコドン領域に見られる新規RNA修飾塩基の生合成機構解明, 第34回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム, 2010.09.
62. 池内与志穂、木村 聡、寺坂尚紘、沼田倫征、大澤拓生、中村大吾、横川隆志、緒方俊彦、和田 猛、鈴木健夫、鈴木 勉, アーキアtRNAIleに見出された新規RNA修飾塩基アグマチジンの機能と生合成機構の解明, 第12回日本RNA学会年会, 2010.07.
63. 大澤拓生、稲永英子、沼田倫征, tRNA揺らぎ塩基の5-カルボキシメチルアミノメチル化修飾に関わる酵素GidAおよびMnmEの構造機能解析, 第10回日本蛋白質科学会年会, 2010.06.
64. Kimura, S., Ikeuchi, Y., Numata, T., Nakamura, D., Yokogawa, T., Nishikawa, K., Wada, T., Suzuki, T. and Suzuki, T., Novel wobble modification in tRNAIle responsible for decoding AUA codon in archaeal species; convergent evolution of the decoding system across domains of life, 23rd International tRNA workshop, 2010.01.
65. Suzuki, T., Numata, T., Osawa, T. and Suzuki, T., Requirements for in vitro formation of 5-carboxymethylaminometyluridine at the wobble position in Escherichia coli tRNAs, 23rd International tRNA workshop, 2010.01.
66. Suzuki, T., Numata, T., Osawa, T. and Suzuki, T., Requirements for in vitro formation of 5-carboxymethylaminometyluridine at the wobble position in Escherichia coli tRNAs, 第32回日本分子生物学会年会, 2009.12.
67. 大澤拓生、伊藤耕一、稲永英子、沼田倫征, tRNA揺らぎ塩基の5-カルボキシメチルアミノメチル化修飾に関わる酵素MnmEの結晶構造解析, 第9回日本蛋白質科学会年会, 2009.05.
68. 大澤拓生、伊藤耕一、稲永英子、沼田倫征, tRNAアンチコドンの修飾に関わる酵素GidAにおいて保存されているシステインは5-カルボキシメチルアミノメチルウリジン生合成に不可欠である, 第9回日本蛋白質科学会年会, 2009.05.
69. 大澤拓生、伊藤耕一、稲永英子、沼田倫征, tRNA揺らぎ塩基の修飾に関わる酵素の構造機能解析（2）, 日本農芸化学会2009年度大会, 2009.03.
70. 大澤拓生、伊藤耕一、稲永英子、沼田倫征, tRNA揺らぎ塩基の修飾に関わる酵素の構造機能解析（1）, 日本農芸化学会2009年度大会, 2009.03.
71. 沼田倫征、中西孝太郎、鈴木陽子、野間あきこ、池内与志穂、鈴木勉、深井周也、石谷隆一郎、濡木理, 非翻訳RNAの化学修飾の構造基盤, 第45回日本生物物理学会年会, 2007.12.
72. Numata, T., Ikeuchi, Y., Fukai, S., Suzuki, T., and Nureki, O., Snapshots of tRNA sulphuration via an adenylated intermediate, Fifth East Asian biophysics symposium & Forty-fourth annual meeting of the biophysical society of Japan, 2006.11.
73. Numata, T., Ikeuchi, Y., Fukai, S., Suzuki, T., and Nureki, O., Snapshots of tRNA sulphuration via an adenylated intermediate, International conference on aminoacyl-tRNA synthetases, 2006.10.
74. Oshikane, H., Sheppard, K., Fukai, S., Nakamura, Y., Ishitani, R., Numata, T., Sherrer, L.R., Feng, L., Schmitt, E., Panvert, M., Blanquet, S., Mechulam, Y., Söll, D. and Nureki, O., Structural basis of RNA-dependent recruitment of amino acid to the genetic code, International conference on aminoacyl-tRNA synthetases, 2006.10.
75. 池内与志穂、沼田倫征、深井周也、鴫直樹、加藤潤一、西村昭子、濡木理、鈴木勉, RNA 修飾に関わる硫黄リレーシステムの発見と反応機構の解析, 第8回日本RNA学会年会, 2006.07.
76. 沼田倫征、池内与志穂、深井周也、鈴木勉、濡木理, タンパク3000プロジェクト（転写・翻訳）拠点の成果（20）RNAチオ化修飾酵素MnmAによる硫黄導入の構造的基盤, 第6回日本蛋白質科学会年会, 2006.04.
77. 沼田倫征, RNAチオ化修飾酵素MnmAとtRNA複合体の結晶構造解析, 大阪大学蛋白質研究所セミナー, 2006.03.
78. 沼田倫征、池内与志穂、深井周也、鈴木勉、濡木理, RNAチオ化修飾機構の構造基盤, 文部科学省タンパク3000プロジェクト第3回産学連携フォーラム, 2006.02.
79. 沼田倫征、深井周也、池内与志穂、鈴木勉、濡木理, RNA修飾酵素MnmAによるtRNAチオ化修飾の構造基盤, 第28回日本分子生物学会年会, 2005.12.
80. 沼田倫征、深井周也、押鐘浩之、中村裕子、鈴木勉、濡木理, 離合集散するタンパク質・RNA 複合体, 第43回日本生物物理学会年会, 2005.11.
81. Numata, T., Fukai, S., Ikeuchi, Y., Suzuki, T. and Nureki, O., Crystal structure analyses of the enzymes responsible for the s2U modification at tRNA wobble base, 21st International tRNA workshop, 2005.12.
82. Numata, T., Nakanishi, K., Oshikane, H., Nakamura, Y., Fukai, S., Ikeuchi, Y., Suzuki, T., Schmitt, E., Blanquet, S., Mechulam, Y., Söll, D. and Nureki, O., Structural basis for nucleotide and aminoacyl-group modification on tRNAs, 21st International tRNA workshop, 2005.12.
83. 沼田倫征、深井周也、池内与志穂、鈴木勉、濡木理, tRNAのチオ化修飾に関与するTusBCD複合体の結晶構造解析, 第42回日本生物物理学会年会, 2004.12.


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