モリ トシフミ
森 俊文
MORI TOSHIFUMI
所属
先導物質化学研究所 分子集積化学部門 准教授
総合理工学府 総合理工学専攻（併任）
職名
准教授
連絡先
プロフィール
溶液内で分子は絶えず揺らぎ、様々な構造の間を行き来している。このような環境下で、有機化学反応や酵素反応は起こり、また高分子は立体構造を形成して機能を獲得する。実験からは直接見ることが困難なこのような多様な分子の動きを、当研究室では計算機によるシミュレーションを用いることで詳しく調べ、理解することを目標にしている。特に、ダイナミクスに着目することで、溶液内化学反応から、高分子の立体構造の形成過程、機能発現へといたる分子機構を明らかにする研究を進めている。同時に、この多様な過程を解析するために、理論化学の手法開発を行っている。これらの知見を蓄積することで、触媒・機能性高分子の改良への展開を目指す。
ホームページ
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https://kyushu-u.pure.elsevier.com/ja/persons/toshifumi-mori
研究者プロファイリングツール （九州大学Pure）
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https://theoc.cm.kyushu-u.ac.jp
先導物質化学研究所（大学院総合理工学府 計算分子機能研究室） 森研究室ホームページ
ORCID
学位
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博士（理学）
経歴
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2008年4月 - 2010年3月 日本学術振興会特別研究員 (DC2) 2010年4月 - 2012年9月 Stanford大学 博士研究員 2012年10月 - 2013年11月 Wisconsin大学Madison校 博士研究員 （2013年4月 - 2013年11月 日本学術振興会海外特別研究員） 2013年12月 - 2020年9月 分子科学研究所 助教 2014年4月 - 2020年9月 総合研究大学院大学 助教
研究テーマ・研究キーワード
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研究テーマ：凝縮系における反応と機能発現に関わる機能ダイナミクスの分子起源
研究キーワード：理論化学、分子シミュレーション、凝縮系反応、構造ダイナミクス
研究期間： 2021年5月
受賞
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奨励賞
2018年9月 分子科学会 気相および凝縮系における反応のダイナミクスの理論的解明
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若手招待講演賞
2017年9月 日本生物物理学会 Pin1 の酵素反応におけるタンパク質ダイナミクスの重要性
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14th ICQC ポスター賞
2012年6月 Beyond Minimum Energy Conical Intersections: Paths in Conical Intersection Seam Space and their Role in Nonadiabatic Dynamics
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第５回分子科学討論会優秀講演賞
2011年9月 分子科学会 エチレンの光化学反応におけるRydberg状態の研究 ~第一原理計算によるダイナミクスと光イオン化スペクトルについて~
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WATOC 2008 ポスター賞
2008年9月 The Reaction of a Grignard Reagent with Acetone in Solution: A Theoretical Study
論文
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Molecular Insights into the Intrinsic Dynamics and Their Roles During Catalysis in Pin1 Peptidyl-prolyl Isomerase 査読 国際誌
Toshifumi Mori, Shinji Saito
The Journal of Physical Chemistry B 126 5185 - 5193 2022年7月
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Conformational Excitation and Nonequilibrium Transition Facilitate Enzymatic Reactions: Application to Pin1 Peptidyl-Prolyl Isomerase 査読 国際誌
Toshifumi Mori, Shinji Saito
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS 10 ( 3 ) 474 - 480 2019年2月
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Carbamoylarylation of Alkenes with N-Aryl Oxamic Acids Involving 1,4-Aryl Migration Via C(aryl)–N Bond Cleavage
2024年4月
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Conformational Dynamics in Proteins: Entangled Slow Fluctuations and Nonequilibrium Reaction Events
Junichi Ono, Yoshihiro Matsumura, Toshifumi Mori, Shinji Saito
The Journal of Physical Chemistry B 2023年12月
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Tuning the ATP–ATP and ATP–disordered protein interactions in high ATP concentration by altering water models 査読 国際誌
2023年7月
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Structural and Dynamic Alteration of Glycated Human Serum Albumin in Schiff Base and Amadori Adducts: A Molecular Simulation Study
Sirin Sittiwanichai, Deanpen Japrung, Toshifumi Mori, Prapasiri Pongprayoon
The Journal of Physical Chemistry B 2023年6月
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Bifunctional 1-Hydroxypyrene Photocatalyst for Hydrodesulfurization via Reductive C(Aryl)–S Bond Cleavage
25 ( 18 ) 3293 - 3297 2023年5月
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Near‐Infrared and Dual Emissions of Diphenylamino Group‐Substituted Malachite Green Derivatives
2022年8月
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Photoinduced Divergent Deaminative Borylation and Hydrodeamination of Primary Aromatic Amines
Akira Shiozuka, Kohei Sekine, Takumi Toki, Kyohei Kawashima, Toshifumi Mori, Yoichiro Kuninobu
Organic Letters 2022年6月
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Explaining reaction coordinates of alanine dipeptide isomerization obtained from deep neural networks using Explainable Artificial Intelligence (XAI) 査読 国際誌
Takuma Kikutsuji, Yusuke Mori, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics 156 ( 15 ) 154108 - 154108 2022年4月
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Learning reaction coordinates via cross-entropy minimization: Application to alanine dipeptide 査読
Yusuke Mori, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 153 ( 5 ) 2020年8月
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Dissecting the Dynamics during Enzyme Catalysis: A Case Study of Pin1 Peptidyl-Prolyl Isomerase 査読
Toshifumi Mori, Shinji Saito
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 16 ( 5 ) 3396 - 3407 2020年5月
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Excited state non-adiabatic dynamics of the smallest polyene, trans 1,3-butadiene. II. Ab initio multiple spawning simulations 査読
Journal of Chemical Physics 148 ( 16 ) 164303 2018年4月
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Excited state non-adiabatic dynamics of the smallest polyene, trans 1,3-butadiene. I. Time-resolved photoelectron-photoion coincidence spectroscopy. 査読
The Journal of chemical physics 148 ( 16 ) 164302 2018年4月
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Structure and dynamics of solvent molecules inside the polytheonamide B channel in different environments: A molecular dynamics study 査読
Mahroof Kalathingal, Takashi Sumikama, Toshifumi Mori, Shigetoshi Oiki, Shinji Saito
Physical Chemistry Chemical Physics 20 ( 5 ) 3334 - 3348 2018年2月
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The critical role of dimer formation in monosaccharides binding to human serum albumin 査読
Prapasiri Pongprayoon, Toshifumi Mori
Physical Chemistry Chemical Physics 20 ( 5 ) 3249 - 3257 2018年2月
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Molecular Mechanism Behind the Fast Folding/Unfolding Transitions of Villin Headpiece Subdomain: Hierarchy and Heterogeneity 査読
Toshifumi Mori, Shinji Saito
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 120 ( 45 ) 11683 - 11691 2016年11月
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3D-RISM-MP2 Approach to Hydration Structure of Pt(II) and Pd(II) Complexes: Unusual H-Ahead Mode vs Usual O-Ahead One 査読
Shinji Aono, Toshifumi Mori, Shigeyoshi Sakaki
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 12 ( 3 ) 1189 - 1206 2016年3月
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Atomic-scale origins of slowness in the cyanobacterial circadian clock 査読
Jun Abe, Takuya B. Hiyama, Atsushi Mukaiyama, Seyoung Son, Toshifumi Mori, Shinji Saito, Masato Osako, Julie Wolanin, Eiki Yamashita, Takao Kondo, Shuji Akiyama
SCIENCE 349 ( 6245 ) 312 - 316 2015年7月
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Dynamic heterogeneity in the folding/unfolding transitions of FiP35 査読
Toshifumi Mori, Shinji Saito
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 142 ( 13 ) 135101 2015年4月
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Molecular Simulation of Water and Hydration Effects in Different Environments: Challenges and Developments for DFTB Based Models 査読
Puja Goyal, Hu-Jun Qian, Stephan Irle, Xiya Lu, Daniel Roston, Toshifumi Mori, Marcus Elstner, Qiang Cui
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 118 ( 38 ) 11007 - 11027 2014年9月
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Integrated Hamiltonian Sampling: A Simple and Versatile Method for Free Energy Simulations and Conformational Sampling 査読
Toshifumi Mori, Robert J. Hamers, Joel A. Pedersen, Qiang Cui
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 118 ( 28 ) 8210 - 8220 2014年7月
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Photochemical Dynamics of Ethylene Cation C2H4+ 査読
Baptiste Joalland, Toshifumi Mori, Todd J. Martinez, Arthur G. Suits
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS 5 ( 8 ) 1467 - 1471 2014年4月
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An Explicit Consideration of Desolvation is Critical to Binding Free Energy Calculations of Charged Molecules at Ionic Surfaces 査読
Toshifumi Mori, Robert J. Hamers, Joel A. Pedersen, Qiang Cui
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 9 ( 11 ) 5059 - 5069 2013年11月
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Exploring the Conical Intersection Seam: The Seam Space Nudged Elastic Band Method. 査読
Journal of chemical theory and computation 9 ( 2 ) 1155 - 1163 2013年2月
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Between ethylene and polyenes - the non-adiabatic dynamics of cis-dienes 査読
Thomas S. Kuhlman, William J. Glover, Toshifumi Mori, Klaus B. Moller, Todd J. Martinez
FARADAY DISCUSSIONS 157 193 - 212 2012年4月
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Role of Rydberg States in the Photochemical Dynamics of Ethylene 査読
Toshifumi Mori, William J. Glover, Michael S. Schuurman, Todd J. Martinez
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 116 ( 11 ) 2808 - 2818 2012年3月
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Conical intersections of free energy surfaces in solution: Effect of electron correlation on a protonated Schiff base in methanol solution 査読
Toshifumi Mori, Katsuhiro Nakano, Shigeki Kato
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 133 ( 6 ) 064107 2010年8月
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Dynamic electron correlation effect on conical intersections in photochemical ring-opening reaction of cyclohexadiene: MS-CASPT2 study 査読
Toshifumi Mori, Shigeki Kato
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 476 ( 1-3 ) 97 - 100 2009年7月
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Grignard Reagents in Solution: Theoretical Study of the Equilibria and the Reaction with a Carbonyl Compound in Diethyl Ether Solvent 査読
Toshifumi Mori, Shigeki Kato
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 113 ( 21 ) 6158 - 6165 2009年5月
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Analytical RISM-MP2 free energy gradient method: Application to the Schlenk equilibrium of Grignard reagent 査読
Toshifumi Mori, Shigeki Kato
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 437 ( 1-3 ) 159 - 163 2007年3月
講演・口頭発表等
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Dissecting the heterogeneous dynamics of proteins during folding and catalysis 招待 国際会議
Toshifumi Mori
Telluride Science Research Center Protein Dynamics Workshop 2023 2023年7月
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Role of dynamics in conformational transitions and functions of biomolecules 招待
2022年3月
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Theoretical study on the role of dynamics during enzyme catalysis 招待 国際会議
Toshifumi Mori
Pure and Applied Chemistry International Conference 2024 2024年1月
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深層学習モデルのハイパーパラメータチューニングによる溶液内反応の反応座標探索
#佐藤拓海, 川島恭平, @岡崎 圭一, @金 鋼, @松林 伸幸, 森 俊文
第37回分子シミュレーション討論会 2023年4月
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高濃度ATPの自己会合とATP-タンパク質相互作用に水モデルが与える影響の理論解析
森 俊文, @吉田 紀生
第17回分子科学討論会 2023年9月
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Theoretical study on the role of protein conformational dynamics during enzyme catalysis 招待 国際会議
2023年9月
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Bridging the gap between static and dynamic reaction mechanisms in enzyme catalysis 招待 国際会議
Toshifumi Mori
Multi-scale Molecular Dynamics Simulation and Machine Learning of Biomolecular Systems Workshop 2023年8月
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タンパク質の変性状態に対する溶媒環境の影響の理論的解析 招待
森 俊文
「凝縮系の理論化学」研究会 2023年3月
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酵素反応における反応ダイナミクスと反応座標の解明
森 俊文
第36回分子シミュレーション討論会 2022年12月
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Elucidating the Role of Dynamics During Enzyme Catalysis using Molecular Simulations 招待 国際会議
Toshifumi Mori
7th International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University 2022年12月
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タンパク質の変性状態における構造ダイナミクスと溶媒環境依存性の理論的解析 招待
森 俊文
第60回日本生物物理学会年会 2022年9月
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凝縮系反応の動的機構と反応座標の理論的解明 招待
森 俊文
「化学反応経路探索のニューフロンティア 2022」シンポジウム 2022年9月
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森 俊文
京都大学福井謙一記念研究センターオンラインシンポジウム 2022年1月
MISC
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最近の研究から「酵素反応の静的・動的分子構造の解明に向けて」
@森 俊文
分子シミュレーション学会会誌「アンサンブル」 2021年4月
所属学協会
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分子科学会
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日本生物物理学会
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分子シミュレーション学会
委員歴
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分子科学会 顕彰委員会委員 国内
2023年10月 - 2025年9月
学術貢献活動
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分子シミュレーション学会会誌「アンサンブル」
2023年1月 - 2026年12月
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ポスター賞代表選考委員（「液相および生体関連分子」分野）
第15回分子科学討論会 （ オンライン（札幌） ） 2021年9月 - 2022年9月
共同研究・競争的資金等の研究課題
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酵素の構造ダイナミクスと活性制御の分子機構の理論的解明
研究課題/領域番号：22H02035 2022年 - 2025年
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B)
担当区分：研究代表者 資金種別：科研費
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令和４年度学術研究活動助成事業
2022年
資金種別：寄附金
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キラル分子を光学活性体として得る革新的手法DYASINの開発
研究課題/領域番号：20H05677 2020年 - 2025年
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(S)
担当区分：研究分担者 資金種別：科研費
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酵素反応の動的機構の理論的解明
研究課題/領域番号：18K05049 2018年 - 2020年
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
担当区分：研究代表者 資金種別：科研費
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タンパク質の構造変化と化学反応が織り成す協働的な反応機構の解明
研究課題/領域番号：16H00856 2016年 - 2017年
日本学術振興会・文部科学省 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型）
担当区分：研究代表者 資金種別：科研費
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タンパク質の動的構造と機能発現ダイナミクスの分子論的解明
研究課題/領域番号：15K17813 2015年 - 2017年
科学研究費助成事業 若手研究(A,B)
担当区分：研究代表者 資金種別：科研費
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天然変性タンパク質の動的構造と機能発現機構の分子論的解明
研究課題/領域番号：26888019 2014年
日本学術振興会 科学研究費助成事業 研究活動スタート支援
担当区分：研究代表者 資金種別：科研費
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溶液内における有機金属反応の理論的研究
研究課題/領域番号：08J01112 2008年 - 2009年
日本学術振興会 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費
資金種別：科研費
担当授業科目
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計算化学
2023年6月 - 2023年8月 夏学期
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総合理工学修士演習
2023年4月 - 2024年3月 通年
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総合理工学修士演習
2023年4月 - 2024年3月 通年
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総合理工学修士実験
2023年4月 - 2024年3月 通年
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機能有機化学
2023年4月 - 2023年6月 春学期
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計算化学
2022年6月 - 2022年8月 夏学期
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総合理工学修士実験
2022年4月 - 2023年3月 通年
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総合理工学修士演習
2022年4月 - 2023年3月 通年
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有機機器分析
2022年4月 - 2022年6月 春学期
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機能有機化学
2022年4月 - 2022年6月 春学期
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計算化学
2021年6月 - 2021年8月 夏学期
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有機機器分析
2021年4月 - 2021年6月 春学期
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機能有機化学
2021年4月 - 2021年6月 春学期
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機能有機化学
2020年10月 - 2021年3月 後期
FD参加状況
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2022年1月 役割：参加 名称：先導研FD
主催組織：部局
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2021年1月 役割：講演 名称：先導物質化学研究所 R2年度 第一回ファカルティディベロップメント
主催組織：部局
他大学・他機関等の客員・兼任・非常勤講師等
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2022年 奈良先端科学技術大学院大学 区分:非常勤講師 国内外の区分:国内
学期、曜日時限または期間：12月
海外渡航歴
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2012年10月 - 2013年11月
滞在国名1：アメリカ合衆国 滞在機関名1：University of Wisconsin, Madison
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2010年4月 - 2012年9月
滞在国名1：アメリカ合衆国 滞在機関名1：Stanford大学