理学研究院 物理学部門

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする実験、自然科学一般 / 半導体、光物性、原子物理

マス・フォア・インダストリ研究所 数学テクノロジー先端研究部門

自然科学一般 / 数理解析学

数理学研究院 代数幾何部門

自然科学一般 / 代数学

応用力学研究所 附属大気海洋環境研究センター

自然科学一般 / 大気水圏科学、環境・農学 / 環境動態解析

エネルギー研究教育機構

ナノテク・材料 / 基礎物理化学、ナノテク・材料 / ナノ材料科学、ものづくり技術（機械・電気電子・化学工学） / 材料力学、機械材料、自然科学一般 / 磁性、超伝導、強相関系、ナノテク・材料 / 機能物性化学

基幹教育院 自然科学実験系部門

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする実験

理学研究院 物理学部門

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

マス・フォア・インダストリ研究所 オーストラリア分室

自然科学一般 / 数理解析学、自然科学一般 / 応用数学、統計数学、自然科学一般 / 半導体、光物性、原子物理

農学研究院 附属国際農業教育・研究推進センター

自然科学一般 / 地球生命科学

数理学研究院 解析部門

情報通信 / 統計科学、自然科学一般 / 応用数学、統計数学