理学研究院 化学部門

（併任）理学部 化学科, 理学府 化学専攻

ナノテク・材料 / 基礎物理化学、ナノテク・材料 / ナノ構造化学、自然科学一般 / 半導体、光物性、原子物理

理学研究院 物理学部門

（併任）加速器・ビーム応用科学センター, 理学部 物理学科, 理学府 物理学専攻

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする実験

理学研究院 物理学部門

（併任）先端素粒子物理研究センター, 理学部 物理学科, 理学府 物理学専攻

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする実験

マス・フォア・インダストリ研究所 基礎理論研究部門

（併任）理学部 数学科, 数理学府 数理学専攻, マス・フォア・イノベーション連係学府

自然科学一般 / 応用数学、統計数学、自然科学一般 / 代数学

システム情報科学研究院 情報知能工学部門

（併任）工学部 電気情報工学科, システム情報科学府 情報理工学専攻

情報通信 / 統計科学、情報通信 / 数理情報学、自然科学一般 / 応用数学、統計数学

農学研究院 附属国際農業教育・研究推進センター

（併任）生物資源環境科学府 環境農学専攻, 農学部 生物資源環境学科

環境・農学 / 農業環境工学、農業情報工学、自然科学一般 / 応用数学、統計数学

総合理工学研究院 物質科学部門

（併任）総合理工学府 総合理工学専攻, 工学部 融合基礎工学科

自然科学一般 / 磁性、超伝導、強相関系

基幹教育院 自然科学理論系部門

（併任）理学府 物理学専攻

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論、自然科学一般 / 天文学

理学研究院 地球惑星科学部門

（併任）国際宇宙惑星環境研究センター, 理学部 地球惑星科学科, 理学府 地球惑星科学専攻

自然科学一般 / 宇宙惑星科学、自然科学一般 / 天文学、自然科学一般 / 大気水圏科学、自然科学一般 / 固体地球科学、社会基盤（土木・建築・防災） / 防災工学

比較社会文化研究院 環境変動部門

（併任）アジア埋蔵文化財研究センター, 総合研究博物館, 共創学部 共創学科, 地球社会統合科学府 地球社会統合科学専攻

自然科学一般 / 固体地球科学