農学研究院 附属国際農業教育・研究推進センター

環境・農学 / 農業環境工学、農業情報工学、自然科学一般 / 応用数学、統計数学

総合理工学研究院 物質科学部門

自然科学一般 / 磁性、超伝導、強相関系

基幹教育院 自然科学理論系部門

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論、自然科学一般 / 天文学

理学研究院 地球惑星科学部門

自然科学一般 / 宇宙惑星科学、自然科学一般 / 天文学、自然科学一般 / 大気水圏科学、自然科学一般 / 固体地球科学、社会基盤（土木・建築・防災） / 防災工学

比較社会文化研究院 環境変動部門

自然科学一般 / 固体地球科学

応用力学研究所 附属海洋プラスチック研究センター

環境・農学 / 環境動態解析、自然科学一般 / 大気水圏科学

システム情報科学研究院 情報学部門

情報通信 / 知能情報学、自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論

時空量子連携研究機構

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論

数理学研究院 代数幾何部門

自然科学一般 / 代数学

理学研究院 物理学部門

自然科学一般 / 磁性、超伝導、強相関系