応用力学研究所 地球環境力学部門

自然科学一般 / 大気水圏科学、環境・農学 / 環境影響評価、環境・農学 / 環境動態解析

数理学研究院 解析部門

自然科学一般 / 応用数学、統計数学、自然科学一般 / 数理物理、物性基礎、自然科学一般 / 幾何学、自然科学一般 / 代数学

情報基盤研究開発センター

ナノテク・材料 / 高分子材料、自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

工学研究院 エネルギー量子工学部門

自然科学一般 / 数理物理、物性基礎、自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理、ものづくり技術（機械・電気電子・化学工学） / 流体工学、自然科学一般 / 数理物理、物性基礎、ものづくり技術（機械・電気電子・化学工学） / 流体工学、自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

システム情報科学研究院 I&Eビジョナリー特別部門

自然科学一般 / 数理物理、物性基礎

数理学研究院 解析部門

自然科学一般 / 基礎解析学、自然科学一般 / 数学基礎

基幹教育院 自然科学理論系部門

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論

理学研究院 物理学部門

自然科学一般 / 数理物理、物性基礎、自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理、自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

理学研究院 地球惑星科学部門

自然科学一般 / 固体地球科学

基幹教育院 自然科学実験系部門

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理