理学研究院 化学部門
(併任)理学府 化学専攻, 理学部 化学科
自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理
数理学研究院 解析部門
(併任)数理学府 数理学専攻, 理学部 数学科
自然科学一般 / 数理解析学
理学研究院 地球惑星科学部門
(併任)理学府 地球惑星科学専攻, 理学部 地球惑星科学科
自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論、自然科学一般 / 宇宙惑星科学、自然科学一般 / 天文学
理学研究院 物理学部門
(併任)理学府 物理学専攻, 理学部 物理学科
自然科学一般 / 数理物理、物性基礎
マス・フォア・インダストリ研究所 リエゾン戦略部門
(併任)マス・フォア・イノベーション連係学府, 数理学府 数理学専攻, 理学部 数学科
自然科学一般 / 応用数学、統計数学
基幹教育院 自然科学実験系部門
(併任)理学府 化学専攻
ナノテク・材料 / 基礎物理化学、自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理
総合理工学研究院 環境理工学部門
(併任)国際宇宙惑星環境研究センター, 工学部 融合基礎工学科, 総合理工学府 総合理工学専攻
エネルギー / プラズマ科学、自然科学一般 / 宇宙惑星科学、自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論
数理学研究院 代数幾何部門
(併任)数理学府 数理学専攻, 理学部 数学科
自然科学一般 / 代数学
理学研究院 附属地震火山観測研究センター
(併任)理学研究院 附属地震火山観測研究センター
自然科学一般 / 固体地球科学
理学研究院 物理学部門
(併任)理学府 物理学専攻, 理学部 物理学科
自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論