応用力学研究所 地球環境力学部門

自然科学一般 / 大気水圏科学

理学研究院 地球惑星科学部門

自然科学一般 / 地球生命科学

数理学研究院 解析部門

自然科学一般 / 数学基礎

先導物質化学研究所 物質基盤化学部門

ナノテク・材料 / 生体化学、ナノテク・材料 / 無機・錯体化学、自然科学一般 / 数理物理、物性基礎、ナノテク・材料 / 基礎物理化学

マス・フォア・インダストリ研究所 基礎理論研究部門

自然科学一般 / 応用数学、統計数学、自然科学一般 / 幾何学

マス・フォア・インダストリ研究所 基礎理論研究部門

自然科学一般 / 数理解析学、自然科学一般 / 数学基礎、自然科学一般 / 応用数学、統計数学、自然科学一般 / 基礎解析学

理学研究院 物理学部門

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする実験

総合理工学研究院 環境理工学部門

社会基盤（土木・建築・防災） / 水工学、社会基盤（土木・建築・防災） / 防災工学、環境・農学 / 環境影響評価、自然科学一般 / 大気水圏科学

理学研究院 物理学部門

自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論、自然科学一般 / 素粒子、原子核、宇宙線、宇宙物理にする理論

基幹教育院 自然科学理論系部門

自然科学一般 / 幾何学、自然科学一般 / 幾何学