2024/10/28 更新

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ムラタ　アサコ
村田 亜沙子
MURATA ASAKO
所属
総合理工学研究院 物質科学部門 准教授
総合理工学府 総合理工学専攻（併任）
職名
准教授
連絡先
メールアドレス
電話番号
0925838845
プロフィール
核酸（DNA/RNA）を主な研究対象にしたケミカルバイオロジー研究を展開しています。核酸に結合する低分子を探索・開発したり、そのような低分子を核酸が関連する生命化学反応・生命現象の調節・制御に応用することを目指しています。
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研究分野

  • ナノテク・材料 / 生体化学

  • ナノテク・材料 / ケミカルバイオロジー

学位

  • 博士 (生命科学)

経歴

  • 九州大学 大学院総合理工学研究院 准教授

    2022年4月 - 現在

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    国名：日本国

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  • 大阪大学 産業科学研究所 准教授

    2019年12月 - 2022年3月

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    国名：日本国

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  • ベイラー医科大学 生化学・分子生物学科 博士研究員（2006.6–2008.2） 京都大学 化学研究所 特任研究員（2008.3–2010.2） 京都大学 物質-細胞統合システム拠点（iCeMS）研究員（2010.3） 京都大学 物質-細胞統合システム拠点（iCeMS）特定研究員（2010.4–2010.6） 大阪大学 産業科学研究所 特任研究員（2010.6–2012.11） 大阪大学 産業科学研究所 助教（2012.12–2019.12） 大阪大学 産業科学研究所 准教授（2019.12–2022.3）

研究テーマ・研究キーワード

  • 研究テーマ：小分子化合物

    研究キーワード：小分子化合物

    研究期間： 2024年

  • 研究テーマ：マイクロRNA

    研究キーワード：マイクロRNA

    研究期間： 2024年

  • 研究テーマ：RNA構造・機能制御

    研究キーワード：RNA構造・機能制御

    研究期間： 2024年

  • 研究テーマ：RNA

    研究キーワード：RNA

    研究期間： 2024年

  • 研究テーマ：● 低分子が結合しうるRNAモチーフの探索手法の開発 ● 低分子-RNA結合ペアの大規模データを解析することによる、RNA結合低分子の分子デザイン指針の獲得および低分子-RNAペア予測モデル構築

    研究キーワード：RNA、低分子（化合物）、RNA構造、網羅的探索、ビッグデータ、情報解析、機械学習

    研究期間： 2021年4月

  • 研究テーマ：●低分子が誘起する新奇RNA立体構造の実証

    研究キーワード：RNA、低分子（化合物）、RNA構造、複合体、構造解析

    研究期間： 2021年4月

  • 研究テーマ：●RNAウイルスのフレームシフトシグナルを標的とした低分子スクリーニング

    研究キーワード：RNAウイルス、−1リボソーマルフレームシフト、翻訳フレームシフト、低分子（化合物）、化合物スクリーニング

    研究期間： 2020年4月

  • 研究テーマ：●小分子で駆動する－１リボソーマルフレームシフト（翻訳フレームシフト）とタンパク質の輸送局在制御への応用

    研究キーワード：－１リボソーマルフレームシフト、翻訳フレームシフト、小分子、タンパク質局在・輸送

    研究期間： 2015年4月 - 2021年3月

  • 研究テーマ：●低分子によるマイクロRNA生成効率の調節

    研究キーワード：マイクロRNA、低分子（化合物）、切断反応、Dicer、マイクロRNA生合成、マイクロRNA前駆体プロセシング

    研究期間： 2011年4月 - 2022年3月

  • 研究テーマ：●マイクロRNA前駆体に結合する低分子化合物同定を目指した、蛍光ディスプレイスメントアッセイによる大規模化合物スクリーニング

    研究キーワード：スクリーニング、低分子（化合物）、化合物ライブラリー、マイクロRNA前駆体、蛍光ディスプレイスメントアッセイ

    研究期間： 2010年5月 - 2015年3月

論文

  • Method for Identifying Sequence Motifs in Pre-miRNAs for Small-Molecule Binding 国際誌

    Takashima, Y; Murata, A; Iida, K; Sugai, A; Hagiwara, M; Nakatani, K

    ACS CHEMICAL BIOLOGY   17 ( 10 )   2817 - 2827   2022年9月   （ ISSN:1554-8929 eISSN:1554-8937 ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：ACS Chemical Biology  

    Non-coding RNAs are emerging targets for drug development because they are involved in various cellular processes. However, there are a few reliable design strategies for small molecules that can target RNAs. This paper reports a simple and efficient method to comprehensively analyze RNA motifs that can be bound by a specific small molecule. The method involves Dicer-mediated pre-miRNA cleavage and subsequent analysis of the reaction products by high-throughput sequencing. A pre-miRNA mutant library containing a randomized region at the Dicer deavage site was used as the substrate for the reaction. Sequencing analysis of the products of the reaction carried out in the presence or absence of a synthetic small molecule identified the pre-miRNA mutants whose Dicer-mediated deavage was significantly altered b y the addition of the small molecule. The binding of the small molecule to the identified pre-miRNA mutants was confirmed by surface plasmon resonance, demonstrating the feasibility of our method.

    DOI： 10.1021/acschembio.2c00452

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  • Premature translation termination mediated non-ER stress induced ATF6 activation by a ligand-dependent ribosomal frameshifting circuit 査読 国際共著 国際誌

    Hsu H.T., Murata A., Dohno C., Nakatani K., Chang K.Y.

    Nucleic Acids Research   50 ( 9 )   5369 - 5383   2022年5月   （ ISSN:0305-1048 eISSN:1362-4962 ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nucleic Acids Research  

    The -1 programmed ribosomal frameshifting (-1 PRF) has been explored as a gene regulatory circuit for synthetic biology applications. The -1 PRF usually uses an RNA pseudoknot structure as the frameshifting stimulator. Finding a ligand-responsive pseudoknot with efficient -1 PRF activity is time consuming and is becoming a bottleneck for its development. Inserting a guanine to guanine (GG)-mismatch pair in the 5 '-stem of a small frameshifting pseudoknot could attenuate -1 PRF activity by reducing stem stability. Thus, a ligand-responsive frameshifting pseudoknot can be built using GG-mismatch-targeting small molecules to restore stem stability. Here, a pseudoknot requiring stem-loop tertiary interactions for potent frameshifting activity was used as the engineering template. This considerably amplified the effect of mismatch destabilization, and led to creation of a mammalian -1 PRF riboswitch module capable of mediating premature translation termination as a synthetic regulatory mode. Application of the synthetic circuit allowed ligand-dependent ATF6N mimic formation for the activation of protein folding-related genes involved in the unfolded protein response without an ER-stress inducing agent. With the availability of mismatch-targeting molecules, the tailored module thus paves the way for various mismatch plug-ins to streamline highly efficient orthogonal ligand-dependent -1 PRF stimulator development in the synthetic biology toolbox.

    DOI： 10.1093/nar/gkac257

    Web of Science

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  • A small-molecule fluorescence probe ANP77 for sensing RNA internal loop of C, U and A/CC motifs and their binding molecules 査読 国際誌

    Bimolendu Das, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    Nucleic Acids Research   49 ( 15 )   8462 - 8470   2021年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gkab650

  • Small Molecule-Induced Dimerization of Hairpin RNA Interfered with the Dicer Cleavage Reaction. 査読 国際誌

    Asako Murata, Yuki Mori, Yue Di, Ayako Sugai, Bimolendu Das, Yusuke Takashima, Kazuhiko Nakatani

    Biochemistry   60 ( 4 )   245 - 249   2021年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acs.biochem.0c00920

  • A slipped-CAG DNA-binding small molecule induces trinucleotide-repeat contractions in vivo. 査読 国際誌

    Masayuki Nakamori, Gagan B Panigrahi, Stella Lanni, Terence Gall-Duncan, Hideki Hayakawa, Hana Tanaka, Jennifer Luo, Takahiro Otabe, Jinxing Li, Akihiro Sakata, Marie-Christine Caron, Niraj Joshi, Tanya Prasolava, Karen Chiang, Jean-Yves Masson, Marc S Wold, Xiaoxiao Wang, Marietta Y W T Lee, John Huddleston, Katherine M Munson, Scott Davidson, Mehdi Layeghifard, Lisa-Monique Edward, Richard Gallon, Mauro Santibanez-Koref, Asako Murata, Masanori P Takahashi, Evan E Eichler, Adam Shlien, Kazuhiko Nakatani, Hideki Mochizuki, Christopher E Pearson

    Nature genetics   52 ( 2 )   146 - 159   2020年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/s41588-019-0575-8

  • Modulating RNA secondary and tertiary structures by mismatch binding ligands 招待 査読 国際誌

    Murata Asako, Nakamori Masayuki, Nakatani Kazuhiko

    METHODS   167   78 - 91   2019年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.ymeth.2019.05.006

  • Inhibition of pre-miRNA-136 processing by Dicer with small molecule BzDANP suggested the formation of ternary complex of pre-miR-136-BzDANP-Dicer 査読 国際誌

    Otabe Takahiro, Nagano Konami, Kawai Gota, Murata Asako, Nakatani Kazuhiko

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY   27 ( 10 )   2140 - 2148   2019年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bmc.2019.03.031

  • Small synthetic molecule-stabilized RNA pseudoknot as an activator for-1 ribosomal frameshifting 査読 国際誌

    Matsumoto Saki, Caliskan Neva, Rodnina Marina V, Murata Asako, Nakatani Kazuhiko

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   46 ( 16 )   8079 - 8089   2018年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/nar/gky689

  • BzDANP, a Small-Molecule Modulator of Pre-miR-29a Maturation by Dicer 査読 国際誌

    Asako Murata, Takahiro Otabe, Jinhua Zhang, Kazuhiko Nakatani

    ACS CHEMICAL BIOLOGY   11 ( 10 )   2790 - 2796   2016年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1021/acschembio.6b00214

  • Exploratory Study on the RNA-Binding Structural Motifs by Library Screening Targeting pre-miRNA-29a 査読 国際誌

    Takeo Fukuzumi, Asako Murata, Haruo Aikawa, Yasue Harada, Kazuhiko Nakatani

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL   21 ( 47 )   16859 - 16867   2015年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/chem.201502913

  • Live-Cell Imaging of Endogenous mRNAs with a Small Molecule 査読 国際誌

    Shin-ichi Sato, Mizuki Watanabe, Yousuke Katsuda, Asako Murata, Dan Ohtan Wang, Motonari Uesugi

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   54 ( 6 )   1855 - 1858   2015年2月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/anie.201410339

  • A Chemical Probe that Labels Human Pluripotent Stem Cells 査読 国際誌

    Nao Hirata, Masato Nakagawa, Yuto Fujibayashi, Kaori Yamauchi, Asako Murata, Itsunari Minami, Maiko Tomioka, Takayuki Kondo, Ting-Fang Kuo, Hiroshi Endo, Haruhisa Inoue, Shin-ichi Sato, Shin Ando, Yoshinori Kawazoe, Kazuhiro Aiba, Koh Nagata, Eihachiro Kawase, Young-Tae Chang, Hirofumi Suemori, Koji Eto, Hiromitsu Nakauchi, Shinya Yamanaka, Norio Nakatsuji, Kazumitsu Ueda, Motonari Uesugi

    CELL REPORTS   6 ( 6 )   1165 - 1174   2014年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.celrep.2014.02.006

  • Fluorescent indicator displacement assay of ligands targeting 10 microRNA precursors 査読 国際誌

    Asako Murata, Yasue Harada, Takeo Fukuzumi, Kazuhiko Nakatani

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY   21 ( 22 )   7101 - 7106   2013年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bmc.2013.09.007

  • Xanthone derivatives as potential inhibitors of miRNA processing by human Dicer: Targeting secondary structures of pre-miRNA by small molecules 査読 国際誌

    Asako Murata, Takeo Fukuzumi, Shiori Umemoto, Kazuhiko Nakatani

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   23 ( 1 )   252 - 255   2013年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bmcl.2012.10.108

  • Small-molecule fluorescent probes for specific RNA targets 査読 国際誌

    Asako Murata, Shin-ichi Sato, Yoshinori Kawazoe, Motonari Uesugi

    Chemical Communications   47 ( 16 )   4712 - 4712   2011年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1039/c1cc10393h

  • Marine Natural Product Aurilide Activates the OPA1-Mediated Apoptosis by Binding to Prohibitin 査読 国際誌

    Shin-ichi Sato, Asako Murata, Tsubasa Orihara, Takashi Shirakawa, Kiyotake Suenaga, Hideo Kigoshi, Motonari Uesugi

    CHEMISTRY & BIOLOGY   18 ( 1 )   131 - 139   2011年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.chembiol.2010.10.017

  • A machine learning approach toward generating the focused molecule library targeting CAG repeat DNA 査読 国際誌

    Chen Q., Yamada T., Murata A., Sugai A., Matsushita Y., Nakatani K.

    Digital Discovery   3 ( 2 )   243 - 248   2024年1月   （ ISSN:2635-098X ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Digital Discovery  

    <jats:p>This study evaluates a machine learning-based classification method with surface plasmon resonance (SPR) labeled data to create a focused molecule library. Our model increased the probability of hits from 5.2&#37;...</jats:p>

    DOI： 10.1039/D3DD00160A

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  • A new small molecule DoNA binding to CAG repeat RNA 査読 国際誌

    Chen, QW; Yamada, T; Miyagawa, K; Murata, A; Shoji, M; Nakatani, K

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY   98   117580   2023年12月   （ ISSN:0968-0896 eISSN:1464-3391 ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Bioorganic and Medicinal Chemistry  

    We here report a new molecule DoNA binding to a CAG repeat RNA. DoNA is a dimer of the NA molecule that we previously reported. NA binds with high affinity to a CAG repeat DNA but not significantly to a CAG repeat RNA. Binding analyses using SPR and CSI-TOF MS indicated a significant increase in the affinity of DoNA to a single stranded CAG repeat RNA compared to NA. Systematic investigation of the RNA motifs bound by DoNA using hairpin RNA models revealed that DoNA binds to the CAG units at overhang and terminal positions, and notably, it binds to the structurally flexible internal and hairpin loop region.

    DOI： 10.1016/j.bmc.2023.117580

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  • FUS regulates RAN translation through modulating the G-quadruplex structure of GGGGCC repeat RNA in C9orf72-linked ALS/FTD 査読 国際誌

    Fujino Y., Ueyama M., Ishiguro T., Ozawa D., Ito H., Sugiki T., Murata A., Ishiguro A., Gendron T., Mori K., Tokuda E., Taminato T., Konno T., Koyama A., Kawabe Y., Takeuchi T., Furukawa Y., Fujiwara T., Ikeda M., Mizuno T., Mochizuki H., Mizusawa H., Wada K., Ishikawa K., Onodera O., Nakatani K., Petrucelli L., Taguchi H., Nagai Y.

    eLife   12   2023年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：eLife  

    Abnormal expansions of GGGGCC repeat sequence in the noncoding region of the C9orf72 gene is the most common cause of familial amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia (C9-ALS/FTD). The expanded repeat sequence is translated into dipeptide repeat proteins (DPRs) by noncanonical repeat-associated non-AUG (RAN) translation. Since DPRs play central roles in the pathogenesis of C9-ALS/FTD, we here investigate the regulatory mechanisms of RAN translation, focusing on the effects of RNA-binding proteins (RBPs) targeting GGGGCC repeat RNAs. Using C9-ALS/FTD model flies, we demonstrated that the ALS/FTD-linked RBP FUS suppresses RAN translation and neurodegeneration in an RNA-binding activity-dependent manner. Moreover, we found that FUS directly binds to and modulates the G-quadruplex structure of GGGGCC repeat RNA as an RNA chaperone, resulting in the suppression of RAN translation in vitro. These results reveal a previously unrecognized regulatory mechanism of RAN translation by G-quadruplex-targeting RBPs, providing therapeutic insights for C9-ALS/FTD and other repeat expansion diseases.

    DOI： 10.7554/eLife.84338

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  • Inhibitory Effects of Mismatch Binding Molecules on the Repair Reaction of Uracil-Containing DNA 査読

    Ulhusna, A; Murata, A; Nakatani, K

    BIOCHEMISTRY   61 ( 22 )   2522 - 2530   2022年10月   （ ISSN:0006-2960 eISSN:1520-4995 ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Biochemistry  

    The stable R-loop formed during transcription induces enzyme-mediated deamination of cytosine, and the uracil in the DNA produced activates the base excision repair (BER) pathway. DNA cleavage involved in the BER pathway is thought to be one of the possible causes of trinucleotide repeat instability. Here, we performed an in vitro assay to investigate the effect of a DNA-binding small molecule, naphthyridine carbamate dimer (NCD), on BER enzyme reactions. The gel electrophoretic mobility shift assay (EMSA) and thermal melting analysis revealed the binding of NCD to a 5 '-XGG-3 '/5 '-XGG-3 ' triad (X = C or U or apurinic/ apyrimidinic site), which is a mimic of a BER enzyme substrate. Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) of the reaction products of these substrates with hSMUG1 and APE1 enzymes in the presence of NCD showed that NCD interfered with the repair reaction in the 5 '-XGG-3 '/5 '-XGG-3 ' triad. These findings would broaden the potential of small molecules in modulating trinucleotide repeat instability.

    DOI： 10.1021/acs.biochem.2c00344

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  • HT-SELEX-based identification of binding pre-miRNA hairpin-motif for small molecules 査読 国際誌

    Mukherjee S., Murata A., Ishida R., Sugai A., Dohno C., Hamada M., Krishna S., Nakatani K.

    Molecular Therapy Nucleic Acids   27   165 - 174   2022年3月   （ ISSN:2162-2531 ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Molecular Therapy Nucleic Acids  

    Selective targeting of biologically relevant RNAs with small molecules is a long-standing challenge due to the lack of clear understanding of the binding RNA motifs for small molecules. The standard SELEX procedure allows the identification of specific RNA binders (aptamers) for the target of interest. However, more effort is needed to identify and characterize the sequence-structure motifs in the aptamers important for binding to the target. Herein, we described a strategy integrating high-throughput (HT) sequencing with conventional SELEX followed by bioinformatic analysis to identify aptamers with high binding affinity and target specificity to unravel the sequence-structure motifs of pre-miRNA, which is essential for binding to the recently developed new water-soluble small-molecule CMBL3aL. To confirm the fidelity of this approach, we investigated the binding of CMBL3aL to the identified motifs by surface plasmon resonance (SPR) spectroscopy and its potential regulatory activity on dicer-mediated cleavage of the obtained aptamers and endogenous pre-miRNAs comprising the identified motif in its hairpin loop. This new approach would significantly accelerate the identification prothe compound of interest and would contribute to increase the spectrum of biomedical application.

    DOI： 10.1016/j.omtn.2021.11.021

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  • Mismatch binding ligand upregulated back-splicing reaction producing circular RNA in a cellular model 査読 国際誌

    Ni L., Yamada T., Murata A., Nakatani K.

    Chemical Communications   58 ( 22 )   3629 - 3632   2022年3月   （ ISSN:1359-7345 eISSN:1364-548X ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Chemical Communications  

    Circular RNA (circRNA) is a covalently closed single-stranded RNA produced from pre-mRNAs via back-splicing reaction, an alternative form of splicing. Here, we show naphthyridine carbamate dimer (NCD) upregulating the production of a circRNA from a pre-mRNA containing NCD-binding site UGGAA/UGGAA in cells, demonstrating the feasibility of small-molecule mediated circRNA production.

    DOI： 10.1039/d1cc06936e

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  • 2-Amino-1,8-naphthyridine Dimer (ANP77), a High-Affinity Binder to the Internal Loops of C/CC and T/CC Sites in Double-Stranded DNA 査読

    Das B., Nagano K., Kawai G., Murata A., Nakatani K.

    Journal of Organic Chemistry   87 ( 1 )   340 - 350   2021年12月   （ ISSN:00223263 ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Organic Chemistry  

    Small molecules targeting DNA regions with structural fluctuation are an important class of molecule as chemical probes for studying the role of these structures in biological systems and the development of neurological disorders. The molecule ANP77 we described here, where a three-atom linker connects two 2-amino-1,8-naphthyridines at the C7 position, was found to form stacked structure with protonation of naphthyridine at low pH, and bound to the internal loop consisting of C/CC and T/CC in double-stranded DNA with affinities of 4.8 and 34.4 nM, respectively. Mass spectrometry and isothermal titration calorimetry analyses determined the stoichiometry for the binding as 1:1, and chemical footprinting with permanganate and NMR structural analysis revealed that the T in the T/CC was forced to flip out toward an extrahelical position upon ANP77 binding. Protonated stacked ANP77 interacted with two adjacent cytosines through hydrogen bonding and occupied the position in the duplex by flipping out the C or T opposite CC. Finally, this study demonstrated the potential of ANP77 for binding to the sequences of biological significance with the TG(T/C)CC repeat of the PIG3 promoter and the telomere repeat CCCTAA.

    DOI： 10.1021/acs.joc.1c02383

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  • Speeding drug discovery targeting RNAs: An iterative “RNA selection-compounds screening cycle“ for exploring RNA-small molecule pairs 査読 国際誌

    36   116070 - 116070   2021年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    RNA is an emerging target of next-generation drug development. Recently, new small molecules targeting RNAs were discovered by several pharmaceutical companies. Methods have been reported to identify small molecules targeting a specific RNA sequence and structural motif, however, because of diverse sequence and structural motifs potentially present in the druggable functional RNAs, large sets of structure-activity relationships (SARs) information of small molecule - RNA interactions will be required for the acceleration and efficient startup of the discovery programs toward unprecedented RNA targets. Here we describe our iterative RNA selection and compounds screening to accumulate rich information about small molecules - RNA interaction. The RNAs that selectively bind to the initial molecular target, compound 1 from our in-house chemical library (JT-library), was isolated using in vitro selection technique from a hairpin-structured RNA library mimicking precursor microRNA (pre-miRNA). Then, we engineered pre-let-7f-2 to create its mutant that can bind to compound 1 by embedding the in vitro selected RNA motif for compound 1 in the hairpin loop region. The obtained mutant pre-let-7f-2-loop-mt was used as a target for screening 316 analogs of compound 1. A surface plasmon resonance (SPR) -based screening was performed against pre-let-7f-2-loop-mt-immobilized sensor surface and we obtained four compounds that can bind to the RNA. Among these four compounds, three compounds showed higher affinity to pre-let-7f-2-loop-mt than the parental compound 1, which suggests the feasibility of our strategy for gathering the SAR information on small molecule - RNA interactions. We demonstrated only one cycle of RNA selection and compounds screening in the present study, but can continue this cycle with the selected molecule to gain new RNAs and even new RNA motifs and gather much SAR information with improved accuracy.

    DOI： 10.1016/j.bmc.2021.116070

  • The dimeric form of 1,3-diaminoisoquinoline derivative rescued the mis-splicing of Atp2a1 and Clcn1 genes in myotonic dystrophy type 1 mouse model. 査読 国際誌

    Kazuhiko Nakatani, Jun Matsumoto, Masayuki Nakamori, Tatsumasa Okamoto, Asako Murata, Chikara Dohno

    Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)   26 ( 63 )   14305 - 14309   2020年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/chem.202001572

  • RT-Hpro-PCR: A MicroRNA Detection System Using a Primer with a DNA Tag 査読 国際誌

    Takei Fumie, Akiyama Misaki, Murata Asako, Sugai Ayako, Nakatani Kazuhiko, Yamashita Ichiro

    CHEMBIOCHEM   21 ( 4 )   477 - 480   2019年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/cbic.201900382

  • Structural insights into synthetic ligands targeting A–A pairs in disease-related CAG RNA repeats 査読 国際誌

    Mukherjee, S, Błaszczyk, L, Rypniewski, W, Falschlunger, C, Micura, R, Murata, A, Dohno, C, Nakatani, K, Kiliszek, A

    47 ( 20 )   10906 - 10913   2019年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    The trinucleotide repeat expansion disorders (TREDs) constitute of a group of >40 hereditary neurodegenerative human diseases associated with abnormal expansion of repeated sequences, such as CAG repeats. The pathogenic factor is a transcribed RNA or protein whose function in the cell is compromised. The disorders are progressive and incurable. Consequently, many ongoing studies are oriented at developing therapies. We have analyzed crystal structures of RNA containing CAG repeats in complex with synthetic cyclic mismatch-binding ligands (CMBLs). The models show well-defined interactions between the molecules in which the CMBLs mimic nucleobases as they form pseudo-canonical base pairs with adenosine residues and engage in extensive stacking interactions with neighboring nucleotides. The binding of ligands is associated with major structural changes of the CAG repeats, which is consistent with results of biochemical studies. The results constitute an early characterization of the first lead compounds in the search for therapy against TREDs. The crystallographic data indicate how the compounds could be further refined in future biomedical studies.

    DOI： 10.1093/nar/gkz832

  • A Dimeric 2,9-Diamino-1,10-phenanthroline Derivative Improves Alternative Splicing in Myotonic Dystrophy Type 1 Cell and Mouse Models 査読 国際誌

    Li Jinxing, Nakamori Masayuki, Matsumoto Jun, Murata Asako, Dohno Chikara, Kiliszek Agnieszka, Taylor Katarzyna, Sobczak Krzysztof, Nakatani Kazuhiko

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL   24 ( 68 )   18115 - 18122   2018年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/chem.201804368

  • Synthesis of Naphthyridine Dimers with Conformational Restriction and Binding to DNA and RNA 査読 国際誌

    Kazuhiko Nakatani, Nozomi Natsuhara, Yuki Mori, Sanjukta Mukherjee, Bimolendu Das, Asako Murata

    CHEMISTRY-AN ASIAN JOURNAL   12 ( 23 )   3077 - 3087   2017年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/asia.201701293

  • Synthetic ligand promotes gene expression by affecting GC sequence in promoter 査読 国際誌

    Saki Matsumoto, Kei Iida, Asako Murata, Masatsugu Denawa, Masatoshi Hagiwara, Kazuhiko Nakatani

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   27 ( 15 )   3391 - 3394   2017年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bmcl.2017.06.006

  • A Ligand That Targets CUG Trinucleotide Repeats 査読 国際誌

    Jinxing Li, Jun Matsumoto, Li-Ping Bai, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL   22 ( 42 )   14881 - 14889   2016年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/chem.201602741

  • Naphthyridine-Benzoazaquinolone: Evaluation of a Tricyclic System for the Binding to (CAG)(n) Repeat DNA and RNA 査読 国際誌

    Jinxing Li, Akihiro Sakata, Hanping He, Li-Ping Bai, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani

    CHEMISTRY-AN ASIAN JOURNAL   11 ( 13 )   1971 - 1981   2016年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/asia.201600527

  • Synthesis of 8-Substituted Adenine and Adenosine Libraries and the Binding to pre-miR-29a 査読 国際誌

    Takeo Fukuzumi, Haruo Aikawa, Yasue Harada, Ayako Sugai, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN   87 ( 9 )   1013 - 1015   2014年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1246/bcsj.20140137

  • Formation of a Ligand- Assisted Complex of Two RNA Hairpin Loops 査読 国際誌

    Changfeng Hong, Takahiro Otabe, Saki Matsumoto, Chikara Dohno, Asako Murata, Masaki Hagihara, Kazuhiko Nakatani

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL   20 ( 18 )   5282 - 5287   2014年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/chem.201304683

  • In vitro selection of RNA aptamers for a small-molecule dye 招待 国際誌

    Asako Murata, Shin-Ichi Sato

    Methods in Molecular Biology   1111   17 - 28   2014年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/978-1-62703-755-6_2

  • Ligand-inducible formation of RNA pseudoknot 査読 国際誌

    Saki Matsumoto, Changfeng Hong, Takahiro Otabe, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   23 ( 12 )   3539 - 3541   2013年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bmcl.2013.04.037

  • Structure-Activity Studies on the Fluorescent Indicator in a Displacement Assay for the Screening of Small Molecules Binding to RNA 査読 国際誌

    Shiori Umemoto, Seongwang Im, Jinhua Zhang, Masaki Hagihara, Asako Murata, Yasue Harada, Takeo Fukuzumi, Takahiro Wazaki, Shin-ichi Sasaoka, Kazuhiko Nakatani

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL   18 ( 32 )   9999 - 10008   2012年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/chem.201103932

  • 10 海洋天然物オーリライドの標的タンパク質決定(口頭発表の部)

    佐藤 慎一, 村田 亜沙子, 折原 翼, 白川 貴詩, 末永 聖武, 木越 英夫, 上杉 志成

    天然有機化合物討論会講演要旨集   ( 53 )   55 - 60   2011年9月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（その他学術会議資料等）  

    Determination of the molecular targets of natural products has had profound impacts on studies of complex cellular machinery. Natural products are often coevolved with proteins targets and thereby likely to exhibit high selectivity to the human counterparts of those targets. Here we report isolation of a selective protein target of aurilide, a potent cytotoxic marine natural product. The ability of aurilide at low concentrations to induce apoptosis in human cancer cells has encouraged a range of biological analyses. Nonetheless, its mechanism of action has remained unknown. To identify the target of this potent cytotoxic molecule, we biochemically isolated a selective aurilide -binding protein, prohibitin 1 (PHB1). Our mechanistic analyses indicate that the interaction of aurilide with PHB1 in mitochondria activates the proteolytic processing of optic atrophy 1 (OPA1), leading to mitochondrial fragmentation and apoptosis.

    DOI： 10.24496/tennenyuki.53.0_55

  • Biochemical Target Isolation for Novices: Affinity-Based Strategies 査読 国際誌

    Shin-ichi Sato, Asako Murata, Takashi Shirakawa, Motonari Uesugi

    CHEMISTRY & BIOLOGY   17 ( 6 )   616 - 623   2010年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.chembiol.2010.05.015

  • Synthesis of a novel ester analog of nucleic acids bearing a serine backbone 査読 国際誌

    Asako Murata, Takeshi Wada

    Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters   16 ( 11 )   2933 - 2936   2006年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bmcl.2006.02.076

  • A novel linker for solid-phase synthesis cleavable under neutral conditions 査読 国際誌

    Asako Murata, Takeshi Wada

    Tetrahedron Letters   47 ( 13 )   2147 - 2150   2006年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.tetlet.2006.01.135

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講演・口頭発表等

  • Exploring Target RNA Motifs for Small Molecules: Approach Using Dicer-Mediated Cleavage of Pre-miRNA-Like Library 招待

    Asia 3 Roundtable on Nucleic Acids 2023  2023年11月 

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    開催年月日： 2023年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Exploring Target RNA Motifs for Small Molecules: Approach Using Dicer-Mediated Cleavage of Pre-miRNA-Like Library

  • Interaction between a small molecule, NA, and an RNA with the ACG/AUA internal loop 国際会議

    Aina Fujiwara, Qingwen Chen, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani, Gota Kawai

    2023年11月 

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    開催年月日： 2023年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Interaction between a small molecule, NA, and an RNA with the ACG/AUA internal loop

  • Interaction between a small molecule, NA, and an RNA with the ACG/AUA internal loop 国際会議

    Aina Fujiwara, Qingwen Chen, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani, Gota Kawai

    第50回国際核酸化学シンポジウム  2023年11月 

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    開催年月日： 2023年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：宮崎   国名：日本国  

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  • Machine learning assisted classification of small molecules targeting CAG repeat DNA 国際会議

    Qingwen Chen, Takeshi Yamada, Asako Murata, Yasuyuki Matsushita, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Machine learning assisted classification of small molecules targeting CAG repeat DNA

  • A Fluorescence Probe ANP77 for Sensing RNA Internal Loops and Their Binding Molecules 国際会議

    Bimolendu Das, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    A Fluorescence Probe ANP77 for Sensing RNA Internal Loops and Their Binding Molecules

  • A rapid method for obtaining the interacting pairs of RNA-small molecule and its statistical analysis 国際会議

    Yusuke Takashima, Asako Murata, Ayako Sugai, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    A rapid method for obtaining the interacting pairs of RNA-small molecule and its statistical analysis

  • Evaluation of the effect of small-molecule binding to mRNA on ribosomal frameshifting in SARS-CoV-2 国際会議

    Asako Murata, Hiyori Fujii, Risa Anami, Ayako Sugai, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Evaluation of the effect of small-molecule binding to mRNA on ribosomal frameshifting in SARS-CoV-2

  • A Fluorescence Probe ANP77 for Sensing RNA Internal Loops and Their Binding Molecules 国際会議

    Bimolendu Das, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    第49回国際核酸化学シンポジウム  2022年11月 

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京-葛飾   国名：日本国  

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  • Machine learning assisted classification of small molecules targeting CAG repeat DNA 国際会議

    Qingwen Chen, Takeshi Yamada, Asako Murata, Yasuyuki Matsushita, Kazuhiko Nakatani

    第49回国際核酸化学シンポジウム  2022年11月 

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京-葛飾   国名：日本国  

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  • Evaluation of the effect of small-molecule binding to mRNA on ribosomal frameshifting in SARS-CoV-2 国際会議

    Asako Murata, Hiyori Fujii, Risa Anami, Ayako Sugai, Kazuhiko Nakatani

    第49回国際核酸化学シンポジウム  2022年11月 

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京-葛飾   国名：日本国  

    researchmap

  • A rapid method for obtaining the interacting pairs of RNA-small molecule and its statistical analysis 国際会議

    Yusuke Takashima, Asako Murata, Ayako Sugai, Kazuhiko Nakatani

    第49回国際核酸化学シンポジウム  2022年11月 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京-葛飾   国名：日本国  

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  • Comprehensive analysis of small molecule-target RNA pairs toward profiling small-molecule binders of RNA 招待

    Asako Murata, Yusuke Takashima, Ayumu Asai, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Comprehensive analysis of small molecule-target RNA pairs toward profiling small-molecule binders of RNA

  • RNAを標的とする低分子の探索と応用 招待

    村田亜沙子

    核酸化学若手フォーラム2021 

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：日本語  

    開催地：Online   国名：その他  

  • Comprehensive Analysis of Dicer Substrates by High-Throughput Sequencing Identified New Target RNA Motifs for Small Molecules 招待

    Asako Murata, Yusuke Takashima, Kei Iida, Ayako Sugai, Masatoshi Hagiwara, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2020年12月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Comprehensive Analysis of Dicer Substrates by High-Throughput Sequencing Identified New Target RNA Motifs for Small Molecules

  • 小分子による–1リボソーマルフレームシフト誘起とタンパク質の輸送・局在制御への応用 招待

    村田亜沙子, 松本咲, 洪昌峰, 中谷和彦

    第38回分子生物学会年会 第88回日本生化学会 合同大会 

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    開催年月日： 2015年12月

    記述言語：日本語  

    開催地：兵庫-神戸   国名：日本国  

  • RNAの構造・機能を制御する小分子化合物の開発 招待

    村田亜沙子

    日本化学会第94春季年会 

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    開催年月日： 2014年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：愛知-名古屋   国名：日本国  

  • Fluorescent indicator displacement assay for the discovery of RNA-binding ligands 招待

    Asako Murata, Yasue Harada, Takeo Fukuzumi, Shiori Umemoto, Seongwang Im, Masaki Hagihara, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2011年12月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Fluorescent indicator displacement assay for the discovery of RNA-binding ligands

  • Exploring Target RNA Motifs for Small Molecules: Approach Using Dicer-Mediated Cleavage of Pre-miRNA-Like Library 招待

    村田亜沙子

    Asia 3 Roundtable on Nucleic Acids 2023  2023年11月 

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    開催年月日： 2023年11月

    記述言語：英語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（指名）  

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  • Evaluation of APOBEC-catalyzed cytosine deamination for the repeat DNAs with binding small molecules binding 国際会議

    Luyan Zhang, Tomonori Shibata, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    2023年11月 

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    開催年月日： 2023年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Evaluation of APOBEC-catalyzed cytosine deamination for the repeat DNAs with binding small molecules binding

  • Evaluation of APOBEC-catalyzed cytosine deamination for the repeat DNAs with binding small molecules binding 国際会議

    Luyan Zhang, Tomonori Shibata, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    第50回国際核酸化学シンポジウム  2023年11月 

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    開催年月日： 2023年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：宮崎   国名：日本国  

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  • Inhibition of the Activity of Base Excision Repair Enzymes by Mismatch Binding Ligand Binding to Uracil-containing DNA 国際会議

    Anisa Ulhusna, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Inhibition of the Activity of Base Excision Repair Enzymes by Mismatch Binding Ligand Binding to Uracil-containing DNA

  • Evaluation of APOBEC-catalyzed cytosine deamination for the repeat DNAs 国際会議

    Luyan Zhang, Tomonori Shibata, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Evaluation of APOBEC-catalyzed cytosine deamination for the repeat DNAs

  • Evaluation of APOBEC-catalyzed cytosine deamination for the repeat DNAs 国際会議

    Luyan Zhang, Tomonori Shibata, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    第49回国際核酸化学シンポジウム  2022年11月 

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京-葛飾   国名：日本国  

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  • Inhibition of the Activity of Base Excision Repair Enzymes by Mismatch Binding Ligand Binding to Uracil-containing DNA 国際会議

    Anisa Ulhusna, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    第49回国際核酸化学シンポジウム  2022年11月 

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    開催年月日： 2022年11月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京-葛飾   国名：日本国  

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  • The binding motif of naphthyridine-azaquinolone dimer (NAD) in CAG-repeat RNA

    Qingwen Chen, Takeshi Yamada, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2022年3月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    The binding motif of naphthyridine-azaquinolone dimer (NAD) in CAG-repeat RNA

  • Modulation of APOBEC-catalyzed cytosine deamination by a small molecule binding to DNA

    Luyan Zhang, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2022年3月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Modulation of APOBEC-catalyzed cytosine deamination by a small molecule binding to DNA

  • Modulation of APOBEC-catalyzed cytosine deamination by a small molecule binding to DNA

    Luyan Zhang, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    日本化学会第102春季年会  2022年3月 

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    開催年月日： 2022年3月

    記述言語：英語  

    開催地：Online  

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  • The binding motif of naphthyridine-azaquinolone dimer (NAD) in CAG-repeat RNA

    Qingwen Chen, Takeshi Yamada, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    日本化学会第102春季年会  2022年3月 

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    開催年月日： 2022年3月

    記述言語：英語  

    開催地：Online  

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  • Using machine learning to classify and extract features of small-molecule libraries targeting DNA and RNA 国際会議

    Qingwen Chen, Yasuyuki Matsushita, Asako Murata, Takeshi Yamada, Ayako Sugai, Kazuhiko Nakatani

    The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem2021) 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Using machine learning to classify and extract features of small-molecule libraries targeting DNA and RNA

  • Exploration and Identification for Small-molecules RNA binding motif by Dicer cleavage reaction and high throughput sequencing 国際会議

    Yusuke Takashima, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem2021) 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Exploration and Identification for Small-molecules RNA binding motif by Dicer cleavage reaction and high throughput sequencing

  • Regulation of circular RNA biogenesis using nucleic acid binding small molecule in cellular environment 国際会議

    Lu Ni, Takeshi Yamada, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem2021) 

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    開催年月日： 2021年12月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Regulation of circular RNA biogenesis using nucleic acid binding small molecule in cellular environment

  • qPCR-based Screening Methods for Small Molecules that Modulate Dicer-mediated pre-miR-182/31/30d Processing 国際会議

    Muhammad Nurrohman Sidiq, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    qPCR-based Screening Methods for Small Molecules that Modulate Dicer-mediated pre-miR-182/31/30d Processing

  • An RNA internal loop of C, U and A/CC motifs specific fluorescence probe ANP77 国際会議

    Bimolendu Das, Asako Murata, and Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    An RNA internal loop of C, U and A/CC motifs specific fluorescence probe ANP77

  • Cell-based screening of chemical libraries for small molecules that target SARS-CoV-2 frameshifting signal 国際会議

    Risa Anami, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Cell-based screening of chemical libraries for small molecules that target SARS-CoV-2 frameshifting signal

  • Computer-aided classification of small molecules targeting CAG-repeat DNA 国際会議

    Qingwen Chen, Asako Murata, Takeshi Yamada, Ayako Sugai, Yasuyuki Matsushita, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Computer-aided classification of small molecules targeting CAG-repeat DNA

  • Development of Exploration Method and Informatics analysis for small molecule-RNA pairs. 国際会議

    Yusuke Takashima, Asako Murata, Kei Iida, Masatoshi Hagiwara, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Development of Exploration Method and Informatics analysis for small molecule-RNA pairs.

  • Effect of Guanine-guanine Mismatch Binding Ligand on Repair Enzymes' reactions in vitro 国際会議

    Anisa Ul'Husna, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Effect of Guanine-guanine Mismatch Binding Ligand on Repair Enzymes' reactions in vitro

  • Identification of small molecules that can bind to the SARS-CoV-2 frameshifting signal by SPR-based screening of chemical libraries 国際会議

    Hiyori Fujii, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Identification of small molecules that can bind to the SARS-CoV-2 frameshifting signal by SPR-based screening of chemical libraries

  • Modulation of cytosine deamination catalyzed by Deoxycytidine Deaminase APOBEC by binding of small molecule to DNA 国際会議

    Luyan Zhang, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Modulation of cytosine deamination catalyzed by Deoxycytidine Deaminase APOBEC by binding of small molecule to DNA

  • Regulation of circular RNA biogenesis via nucleic acid binding small molecule in cells 国際会議

    Lu Ni, Takeshi Yamada, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年11月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Regulation of circular RNA biogenesis via nucleic acid binding small molecule in cells

  • Regulation of circRNA expression in cell via RNA binding small molecule 国際会議

    Takeshi Yamada, Lu Ni, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    IS3NA-IRT virtual symposium 2021 

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    開催年月日： 2021年8月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Regulation of circRNA expression in cell via RNA binding small molecule

  • Machine learning-based classification in small molecules targeting CAG-repeat DNA

    Qingwen Chen, Yasuyuki Matsushita, Asako Murata, Takeshi Yamada, Ayako Sugai, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年8月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Machine learning-based classification in small molecules targeting CAG-repeat DNA

  • Screening of small molecules that interfere dicer-mediated processing of pre-miR-182/31/30d

    Muhammad Nurrohman Sidiq, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年6月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Screening of small molecules that interfere dicer-mediated processing of pre-miR-182/31/30d

  • Synthesis and the properties of naphthyridine-azaquinolone dimer (NAD) tatgeting CAG-repeat RNA

    Qingwen Chen, Takeshi Yamada, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Synthesis and the properties of naphthyridine-azaquinolone dimer (NAD) tatgeting CAG-repeat RNA

  • Cell-basedスクリーニングによる SARS-CoV-2のフレームシフトシグナルを標的とする小分子の探索

    阿南梨紗, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第101春季年会 

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：Online   国名：その他  

  • Dicer切断産物のハイスループットシーケンシングによる RNA-小分子結合モチーフの同定

    高島裕介, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第101春季年会 

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：Online   国名：その他  

  • Regulation of circular RNA biogenesis via RNA binding small molecule

    Lu Ni, Takeshi Yamada, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

    Regulation of circular RNA biogenesis via RNA binding small molecule

  • SARS-CoV-2フレームシフトシグナルを標的とする低分子化合物の表面プラズモン共鳴(SPR)アッセイによるスクリーニング

    藤井陽和, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第101春季年会 

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    開催年月日： 2021年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：Online   国名：その他  

  • Synthesis and the properties of NA Dimer

    Qingwen Chen, Takeshi Yamada, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2020年3月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Synthesis and the properties of NA Dimer

  • Dicer切断反応を指標としたRNA結合分子標的配列の網羅的解析

    髙島 裕介, 村田 亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第100春季年会 

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    開催年月日： 2020年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：千葉-野田   国名：日本国  

  • Controlling -1 ribosomal frameshifting by small molecules in cells 国際会議

    Asako Murata, Saki Matsumoto, Neva Caliskan, Marina V. Rodnina, Kazuhiko Nakatani

    The 23rd SANKEN INTERNATIONAL SYMPOSIUM 

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    開催年月日： 2020年1月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Controlling -1 ribosomal frameshifting by small molecules in cells

  • Kinetic analysis of the inhibitory effect of BzDANP on Dicer cleavage of pre-miR-136 国際会議

    Asako Murata, Takahiro Otabe, Konami Nagano, Gota Kawai, Ayako Sugai, Kazuhiko Nakatani

    The Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019) 

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    開催年月日： 2019年7月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Kinetic analysis of the inhibitory effect of BzDANP on Dicer cleavage of pre-miR-136

  • Structural insights into synthetic ligands targeting A-A pairs in disease-related CAG RNA repeats 国際会議

    Sanjukta Mukherjee, Leszek Blaszczyk, Wojciech Rypniewski, Christoph Falschlunger, Ronald Micura, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani, Agnieszka Kiliszek

    The 24th Annual Meeting of the RNA Society (RNA 2019) 

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    開催年月日： 2019年6月

    記述言語：英語  

    国名：ポーランド共和国  

    Structural insights into synthetic ligands targeting A-A pairs in disease-related CAG RNA repeats

  • Exploration of RNA sequences in pre-miRNA affecting the efficiency of Dicer cleavage reactions by the small molecules binding 国際会議

    Yusuke Takashima, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    The 24th Annual Meeting of the RNA Society (RNA 2019) 

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    開催年月日： 2019年6月

    記述言語：英語  

    国名：ポーランド共和国  

    Exploration of RNA sequences in pre-miRNA affecting the efficiency of Dicer cleavage reactions by the small molecules binding

  • Dicer切断を阻害するRNA結合分子標的配列の網羅的解析

    高島裕介, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第99春季年会 

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    開催年月日： 2019年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：兵庫-岡本   国名：日本国  

  • Synthetic small molecule-stabilized RNA pseudoknot as an activator for –1 ribosomal frameshifting 国際会議

    第45回国際核酸化学シンポジウム 

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    開催年月日： 2018年11月

    記述言語：英語  

    開催地：京都   国名：日本国  

  • Development of Isoquinoline Ligand Binding to r(CUG) Repeats 国際会議

    Jun Matsumoto, Jinxing Li, Masayuki Nakamori, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2018年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Development of Isoquinoline Ligand Binding to r(CUG) Repeats

  • Development of Isoquinoline Ligand Binding to r(CUG) Repeats 国際会議

    Jun Matsumoto, Jinxing Li, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani

    XXIII International Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic acids (IRT2018) 

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    開催年月日： 2018年8月

    記述言語：英語  

    国名：アメリカ合衆国  

    Development of Isoquinoline Ligand Binding to r(CUG) Repeats

  • Rational design of CUG repeat binging molecule targeting Myotonic Dystrophy type 1

    Jun Matsumoto, Jinxing Li, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2018年6月

    記述言語：日本語  

    国名：日本国  

    Rational design of CUG repeat binging molecule targeting Myotonic Dystrophy type 1

  • Novel isoquinoline derivatives that inhibit MBNL1-CUG repeat interaction in Myotonic Dystrophy type1 国際会議

    Jun Matsumoto, Jinxing Li, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2017年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Novel isoquinoline derivatives that inhibit MBNL1-CUG repeat interaction in Myotonic Dystrophy type1

  • A Novel Riboswitch Strategy by Utilize Mismatch Binding Ligand (MBL)

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    開催年月日： 2017年6月

    記述言語：日本語  

    国名：日本国  

    A Novel Riboswitch Strategy by Utilize Mismatch Binding Ligand (MBL)

  • Designing small molecules targeting CUG repeats causing Myotonic Dystrophy type 1 国際会議

    Jinxing Li, Jun Matsumoto, Bai Li-Ping, Asako Murata, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani

    The 22nd Annual Meeting of the RNA Society (RNA2017) 

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    開催年月日： 2017年5月 - 2017年6月

    記述言語：英語  

    国名：チェコ共和国  

    Designing small molecules targeting CUG repeats causing Myotonic Dystrophy type 1

  • In vitro selection of pre-miR-29a loop mutant against the cyclic mismatch binding ligand (CMBL) 国際会議

    Sanjukta Mukherjee, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2016年9月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    In vitro selection of pre-miR-29a loop mutant against the cyclic mismatch binding ligand (CMBL)

  • 小分子化合物によるマイクロRNA生成阻害の速度論的解析

    小田部尭広, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本ケミカルバイオロジー学会 第11回年会 

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    開催年月日： 2016年6月

    記述言語：日本語  

    開催地：京都   国名：日本国  

  • CAGリピートDNAおよびRNAを標的とした ナフチリジンーアザキノロン誘導体の開発と 転写および翻訳への阻害効果

    阪田彬裕, 村田亜沙子, 李金星, 松本咲, Li-ping BAI, 堂野主税, 小比賀聡, 中谷和彦

    日本薬学会第136年会 

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    開催年月日： 2016年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：神奈川-横浜   国名：日本国  

  • Ligand-inducible –1 ribosomal frameshifting in the cells

    松本咲, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第96春季年会 

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    開催年月日： 2016年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：京都   国名：日本国  

  • SPR-based in vitro selection of pre-miRNA loop mutant molecules that bind to the restrained naphthyridine dimer 国際会議

    Yuki Mori, Yue Di, Ayako Sugai, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem2015) 

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    開催年月日： 2015年12月

    記述言語：英語  

    国名：アメリカ合衆国  

    SPR-based in vitro selection of pre-miRNA loop mutant molecules that bind to the restrained naphthyridine dimer

  • A small-molecule inhibitor of pre-miR-29 maturation 国際会議

    Asako Murata, Takahiro Otabe, Jinhua Zhang, Kazuhiko Nakatani

    The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem2015) 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2015年12月

    記述言語：英語  

    国名：アメリカ合衆国  

    A small-molecule inhibitor of pre-miR-29 maturation

  • Analysis of binding of naphthyridine-azaquinolone derivatives to CAG repeats RNA 国際会議

    Akihiro Sakata, Jinxing Li, Hanping He, Asako Murata, Chikara Dohno, Satoshi Obika, Kazuhiko Nakatani

    The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem2015) 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2015年12月

    記述言語：英語  

    国名：アメリカ合衆国  

    Analysis of binding of naphthyridine-azaquinolone derivatives to CAG repeats RNA

  • CAGリピートRNAを標的としたナフチリジン-アザキノロン誘導体の機能評価

    阪田彬裕, 村田亜沙子, 李金星, 松本咲, Li-ping BAI, 堂野主税, 小比賀聡, 中谷和彦

    日本核酸医薬学会第１回年会 

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    開催年月日： 2015年11月 - 2015年12月

    記述言語：日本語  

    開催地：京都   国名：日本国  

  • 小分子誘起型–1リボソームフレームシフトによる遺伝子発現制御システムの開発

    松本咲, 村田亜沙子, 中谷和彦

    「細胞を創る」研究会 

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    開催年月日： 2015年11月

    記述言語：日本語  

    開催地：大阪-吹田   国名：日本国  

  • Regulation of gene expression by ligand-inducible –1 ribosomal frameshifting 国際会議

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    開催年月日： 2015年10月

    記述言語：英語  

    開催地：Berlin   国名：ドイツ連邦共和国  

  • Synthesis and Binding Property of Naphthyridine-Azaquinolone Derivatives Targeting (CAG)n Repeat RNA 国際会議

    Akihiro Sakata, Jinxing Li, Hanping He, Li-ping Bai, Asako Murata, Chikara Dohno, Satoshi Obika, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2015年9月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Synthesis and Binding Property of Naphthyridine-Azaquinolone Derivatives Targeting (CAG)n Repeat RNA

  • Small molecule-Loop Interaction that interferes the maturation on process of pre-miRNA by Dicer 国際会議

    Yuki Mori, Yue Di, Ayako Sugai, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2015年9月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Small molecule-Loop Interaction that interferes the maturation on process of pre-miRNA by Dicer

  • CAGリピートDNAおよびRNAとナフチリジンーアザキノロン誘導体とのSPRによる結合評価

    阪田 彬裕, 李 金星, Hanping He, Li-ping Bai, 村田 亜沙子, 堂野 主税, 小比賀 聡, 中谷和彦

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    開催年月日： 2015年7月

    記述言語：日本語  

    開催地：神奈川-横浜   国名：日本国  

  • マイクロRNA前駆体結合分子の探索

    相川春夫, 福澄岳雄, 原田恭枝, 須貝亜矢子, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本ケミカルバイオロジー学会 第10回年会 

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    開催年月日： 2015年6月

    記述言語：日本語  

    開催地：宮城-仙台   国名：日本国  

  • Regulation of gene expression by ligand-inducible –1 ribosomal frameshifting 国際会議

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    開催年月日： 2015年5月

    記述言語：英語  

    開催地：Wisconsin   国名：アメリカ合衆国  

  • In vitro selection of pre-miRNA loop mutant molecules that bind to the restrained naphthyridine dimer 国際会議

    Asako Murata, Yuki Mori, Yue Di, Ayako Sugai, Kazuhiko Nakatani

    The 20th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2015) 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2015年5月

    記述言語：英語  

    国名：アメリカ合衆国  

    In vitro selection of pre-miRNA loop mutant molecules that bind to the restrained naphthyridine dimer

  • 小分子で制御するリボソームフレームシフトを用いた遺伝子発現制御

    松本咲, 村田亜沙子, 洪昌峰, 中谷和彦

    日本化学会第95春季年会 

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    開催年月日： 2015年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：千葉-船橋   国名：日本国  

  • BzDANPによるRNAプロセシング阻害の速度論的解析

    小田部尭広, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第95春季年会 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2015年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：千葉-船橋   国名：日本国  

  • RNA結合性小分子の創成を指向したエンタルピー駆動型分子の設計と合成

    夏原望, 邸玥, Sanjukta Mukherjee, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第95春季年会 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2015年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：千葉-船橋   国名：日本国  

  • SPRを用いたin vitro selectionによるRND(the restrained naphthyridine dimer)結合性RNAアプタマーの探索

    森友紀, 邸玥, 須貝亜矢子, 李金星, 小田部尭広, 相川春夫, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第95春季年会 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2015年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：千葉-船橋   国名：日本国  

  • Synthesis of circular mismatch binding ligands and their binding properties to DNA and RNA

    Sanjukta Mukherjee, Nozomi Natsuhara, Yuki, Mori, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2015年3月

    記述言語：日本語  

    国名：日本国  

    Synthesis of circular mismatch binding ligands and their binding properties to DNA and RNA

  • 小分子とトリヌクレオチドリピートDNAおよびRNAとのSPRによる結合評価

    阪田彬裕, 李金星, 何漢平, 小比賀聡, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本薬学会第135年会 

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    開催年月日： 2015年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：兵庫-神戸   国名：日本国  

  • Suppression of miR-29a maturation by synthetic ligand 国際会議

    Takahiro Otabe, Jinxin Li, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2014年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Suppression of miR-29a maturation by synthetic ligand

  • In vitro selection of pre-miR-29a loop mutant library against the restrained naphthyridine dimer 国際会議

    Yuki Mori, Yue Di, Ayako Sugai, Takahiro Otabe, Jinxin Li, Haruo Aikawa, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    　詳細を見る

    開催年月日： 2014年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    In vitro selection of pre-miR-29a loop mutant library against the restrained naphthyridine dimer

  • Regulation of –1ribosomal frameshifting by ligand-induced RNA pseudoknot formation 国際会議

    　詳細を見る

    開催年月日： 2014年8月

    記述言語：英語  

    開催地：Poznan   国名：ポーランド共和国  

  • 小分子によるリボソームフレームシフトの制御

    松本咲, 村田亜沙子, 洪昌峰, 中谷和彦

    日本ケミカルバイオロジー学会 第9回年会 

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    開催年月日： 2014年6月

    記述言語：日本語  

    開催地：大阪-豊中   国名：日本国  

  • 8位アリール置換型アデニン誘導体の合成とpre-miR-29aに対する結合評価

    相川春夫, 福澄岳雄, 原田恭枝, 須貝亜矢子, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本ケミカルバイオロジー学会 第9回年会 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2014年6月

    記述言語：日本語  

    開催地：大阪-豊中   国名：日本国  

  • 小分子によるmiR-29a成熟過程の阻害

    小田部尭広, 村田亜沙子, 武井史恵, 中谷和彦

    日本ケミカルバイオロジー学会 第9回年会 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2014年6月

    記述言語：日本語  

    開催地：大阪-豊中   国名：日本国  

  • Synthesis and Evaluation of 8-substituted Adenine Derivatives as RNA Binding Molecules 国際会議

    Haruo Aikawa, Takeo Fukuzumi, Asako Murata, Yasue Harada, Kazuhiko Nakatani

    The 19th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2014 ) 

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    開催年月日： 2014年6月

    記述言語：英語  

    国名：カナダ  

    Synthesis and Evaluation of 8-substituted Adenine Derivatives as RNA Binding Molecules

  • 配座を制限したナフチリジン誘導体の合成と核酸への結合評価

    松本惇, 邸玥, 李金星, 津田哲哉, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第94春季年会 

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    開催年月日： 2014年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：愛知-名古屋   国名：日本国  

  • 小分子によるRNAシュードノット構造の形成とフレームシフトの制御への応用

    松本咲, 洪昌峰, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第94春季年会 

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    開催年月日： 2014年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：愛知-名古屋   国名：日本国  

  • 小分子によるマイクロRNA前駆体のプロセシング阻害

    小田部尭広, 村田亜沙子, 武井史恵, 中谷和彦

    日本化学会第94春季年会 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2014年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：愛知-名古屋   国名：日本国  

  • 核酸に結合する小分子のエンタルピー駆動型分子設計と合成

    夏原望, 邸玥, 津田哲哉, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第94春季年会 

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    開催年月日： 2014年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：愛知-名古屋   国名：日本国  

  • Regulation of Ribosomal Frameshifting by Ligand-inducible Formation of RNA Pseudoknot 国際会議

    Saki Matsumoto, Asako Murata, Changfeng Hong, Kazuhiko Nakatani

    The 17th SANKEN international Symposium 2013/ The 12th SANKEN Nanotechnology Symposium 

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    開催年月日： 2014年1月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Regulation of Ribosomal Frameshifting by Ligand-inducible Formation of RNA Pseudoknot

  • Synthesis of RNA bulge binding small molecule and application to inhibitor of Dicer cleavage reaction 国際会議

    Takahiro Otabe, Asako Murata, Fumie Takei, Kazuhiko Nakatani

    The 1st Osaka University - EPFL International Symposium 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2013年12月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Synthesis of RNA bulge binding small molecule and application to inhibitor of Dicer cleavage reaction

  • Development of potential small-molecule inhibitors of pre-miRNA processing 国際会議

    Asako Murata, Ayako Sugai, Yasue Harada, Takahiro Otabe, Takeo Fukuzumi, Kazuhiko Nakatani

    The 1st Osaka University - EPFL International Symposium 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2013年12月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Development of potential small-molecule inhibitors of pre-miRNA processing

  • Synthesis of the restrained naphthyridine dimer and the exploration for binding RNA by in vitro selection 国際会議

    Yue Di, Takahiro Otabe, Jinxing Li, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    　詳細を見る

    開催年月日： 2013年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Synthesis of the restrained naphthyridine dimer and the exploration for binding RNA by in vitro selection

  • Inhibition of hairpin RNA processing by Dicer using RNA-binding small molecules 国際会議

    Asako Murata, Ayako Sugai, Izumi Kohyama, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani

    Technologies for Medical Diagonosis and Therapy (G4 Meeting) 

    　詳細を見る

    開催年月日： 2013年10月

    記述言語：英語  

    国名：台湾  

    Inhibition of hairpin RNA processing by Dicer using RNA-binding small molecules

  • 小分子で誘起されたRNAシュードノット構造によるフレームシフト機構の制御

    松本咲, 洪昌峰, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本ケミカルバイオロジー学会 第8回年会 

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    開催年月日： 2013年6月

    記述言語：日本語  

    開催地：東京   国名：日本国  

  • Translational regulation by ligand-inducible formation of RNA pseudoknot 国際会議

    Saki Matsumoto, Changfeng Hong, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

    The 18th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2013) 

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    開催年月日： 2013年6月

    記述言語：英語  

    国名：スイス連邦  

    Translational regulation by ligand-inducible formation of RNA pseudoknot

  • Suppression of miR-29a maturation by ligand binding 国際会議

    Takahiro Otabe, Asako Murata, Fumie Takei, Kazuhiko Nakatani

    The 18th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2013) 

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    開催年月日： 2013年6月

    記述言語：英語  

    国名：スイス連邦  

    Suppression of miR-29a maturation by ligand binding

  • Targeting secondary structures of pre-miRNA by small molecules : Development of potential inhibitors of pre-miRNA processing 国際会議

    Asako Murata, Ayako Sugai, Takeo Fukuzumi, Shiori Umemoto, Chikara Dohno, Kazuhiko Nakatani

    The 18th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2013) 

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    開催年月日： 2013年6月

    記述言語：英語  

    国名：スイス連邦  

    Targeting secondary structures of pre-miRNA by small molecules : Development of potential inhibitors of pre-miRNA processing

  • RNA結合性化合物を用いたマイクロRNA前駆体プロセシングの調節

    村田亜沙子, 福澄岳雄, 梅本詩織, 神山いづみ, 堂野主税, 中谷和彦

    日本化学会第93春季年会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：滋賀-草津   国名：日本国  

  • G-Gミスマッチ結合性リガンドで誘起されるシュードノット構造を用いた遺伝発現制御システムの開発

    松本咲, 洪昌峰, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第93春季年会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：滋賀-草津   国名：日本国  

  • RNAに結合する小分子のエンタルピー駆動型分子設計と合成

    夏原望, 邸玥, 津田哲哉, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第93春季年会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：滋賀-草津   国名：日本国  

  • RNAに結合する小分子のエントロピー駆動型分子設計と合成

    邸玥, 李金星, 津田哲哉, 村田亜沙子, 中谷和彦

    日本化学会第93春季年会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：滋賀-草津   国名：日本国  

  • RNAバルジ結合性小分子の合成とDicer切断反応の阻害剤としての利用

    小田部尭広, 村田亜沙子, 武井史恵, 中谷和彦

    日本化学会第93春季年会 

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    開催年月日： 2013年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：滋賀-草津   国名：日本国  

  • Translation regulation of gene expression by small molecule-induced pseudoknot formation 国際会議

    Saki Matsumoto, Changfeng Hong, Asako Murata, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2012年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Translation regulation of gene expression by small molecule-induced pseudoknot formation

  • Synthesis of Small Molecule Library for pre-miRNA Secondary Structures 国際会議

    Takeo Fukuzumi, Asako Murata, Yasue Harada, Kazuhiko Nakatani

    The 12th International Kyoto Conference on New Aspects of Organic Chemistry (IKCOC-12) 

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    開催年月日： 2012年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Synthesis of Small Molecule Library for pre-miRNA Secondary Structures

  • Synthesis of Small Molecule Library for pre-miRNA Secondary Structures 国際会議

    Takeo Fukuzumi, Asako Murata, Yasue Harada, Kazuhiko Nakatani

    The 17th Annual Meeting of the RNA Society (RNA 2012) 

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    開催年月日： 2012年5月 - 2012年6月

    記述言語：英語  

    国名：アメリカ合衆国  

    Synthesis of Small Molecule Library for pre-miRNA Secondary Structures

  • High-throughput Screening of Chemical Libraries for the Discovery of RNA-binding Compounds 国際会議

    Asako Murata, Yasue Harada, Takeo Fukuzumi, Shiori Umemoto, Seongwang Im, Masaki Hagihara, Kazuhiko Nakatani

    The 17th Annual Meeting of the RNA Society (RNA 2012) 

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    開催年月日： 2012年5月 - 2012年6月

    記述言語：英語  

    国名：アメリカ合衆国  

    High-throughput Screening of Chemical Libraries for the Discovery of RNA-binding Compounds

  • 大規模化合物ライブラリーのスクリーニングによる，RNA結合性化合物の探索

    村田亜沙子, 原田恭枝, 福澄岳雄, 梅本詩織, 任仙光, 萩原正規, 中谷和彦

    日本化学会第92春季年会 

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    開催年月日： 2012年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：神奈川-横浜   国名：日本国  

  • RNAを標的とする創薬を指向した小分子ライブラリーの合成

    福澄岳雄, 村田亜沙子, 原田恭枝, 中谷和彦

    日本化学会第92春季年会 

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    開催年月日： 2012年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：神奈川-横浜   国名：日本国  

  • Evaluation of Xanthone and Thioxanthone Derivatives as Fluorescent Displacement Assay Indicator Based on Their Structure-Binding Studies to RNA 国際会議

    Shiori Umemoto, Seongwang Im, Jinhua Zhang, Masaki Hagihara, Asako Murata, Yasue Harada, Takeo Fukuzumi, Takahiro Wazaki, Shinichi Sasaoka, Kazuhiko Nakatani

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    開催年月日： 2011年11月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Evaluation of Xanthone and Thioxanthone Derivatives as Fluorescent Displacement Assay Indicator Based on Their Structure-Binding Studies to RNA

  • キサントン誘導体のRNA 小分子間相互作用を検出するディスプレイスメントアッセイ指示薬としての評価

    梅本詩織, 任仙光, 村田亜沙子, 福澄岳雄, 原田恭枝, 笹岡眞一, 和崎隆博, 中谷和彦

    第５回バイオ関連化学シンポジウム 

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    開催年月日： 2011年9月

    記述言語：日本語  

    開催地：茨城-つくば   国名：日本国  

  • Development of a method for detecting small molecule-miRNA interactions

    Asako Murata, Yasue Harada, Takeo Fukuzumi, Shiori Umemoto, Seongwang Im, Masaki Hagihara, Kazuhiko Nakatani

    The 16th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2011) 

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    開催年月日： 2011年6月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Development of a method for detecting small molecule-miRNA interactions

  • マイクロＲＮＡ-低分子化合物の相互作用を検出するアッセイ法の開発

    村田亜沙子, 原田恭枝, 福澄岳雄, 梅本詩織, 任仙光, 萩原正規, 中谷和彦

    日本化学会第91春季年会 

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    開催年月日： 2011年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：神奈川-横浜   国名：日本国  

  • RNAを標的とする小分子ライブラリーの合成

    福澄岳雄, 村田亜沙子, 原田恭枝, 任仙光, 中谷和彦

    日本化学会第91春季年会 

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    開催年月日： 2011年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：神奈川-横浜   国名：日本国  

  • Small molecule-based FRET probes for specific RNA targets 国際会議

    Asako Murata, Shinichi Sato, Yoshinori Kawazoe, Motonari Uesugi

    The 5th Japan-Korea Chemical Biology Symposium 

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    開催年月日： 2010年1月

    記述言語：英語  

    国名：日本国  

    Small molecule-based FRET probes for specific RNA targets

  • 中性条件下切り出し可能なリンカーを用いたセリン骨格を有する新規核酸類縁ポリエステルの固相合成

    村田亜沙子, 西郷和彦, 和田猛

    日本化学会第86春季年会 

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    開催年月日： 2006年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：千葉-船橋   国名：日本国  

  • 中性条件下切り出し可能なリンカーを用いたセリン骨格を有する新規核酸類縁ポリエステルの固相合成

    村田亜沙子, 西郷和彦, 和田猛

    第42回ペプチド討論会 

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    開催年月日： 2005年10月

    記述言語：日本語  

    開催地：大阪-豊中   国名：日本国  

  • 中性条件下切り出し可能なリンカーを用いたセリン骨格を有する新規核酸類縁ポリエステルの固相合成

    村田亜沙子, 西郷和彦, 和田猛

    日本化学会第85春季年会 

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    開催年月日： 2005年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：神奈川-横浜   国名：日本国  

  • セリン骨格を有する新規核酸類縁ポリエステルの固相合成

    和田猛, 村田亜沙子, 常山俊和, 西郷和彦

    第40回ペプチド討論会 

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    開催年月日： 2003年10月

    記述言語：日本語  

    開催地：千葉-木更津   国名：日本国  

  • セリン骨格を有する新規核酸類縁ポリエステルの固相合成

    和田猛, 村田亜沙子, 常山俊和, 西郷和彦

    日本化学会第83春季年会 

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    開催年月日： 2003年3月

    記述言語：日本語  

    開催地：東京-西早稲田   国名：日本国  

  • FUSはRNAシャペロンとしてC9orf72関連ALS/FTDのRAN翻訳と神経変性を抑制する(FUS suppresses RAN translation and neurodegeneration as an RNA chaperone in C9orf72-linked ALS/FTD)

    Fujino Yuzo, Ueyama Morio, Ishiguro Taro, Ozawa Daisaku, Ito Hayato, Murata Asako, Tokuda Eiichi, Furukawa Yoshiaki, Mizuno Toshiki, Mochizuki Hideki, Mizusawa Hidehiro, Wada Keiji, Ishikawa Kinya, Onodera Osamu, Nakatani Kazuhiko, Taguchi Hideki, Nagai Yoshitaka

    臨床神経学  2023年9月  (一社)日本神経学会

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    記述言語：英語  

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MISC

  • 次世代を担う女性研究者 マイクロRNA前駆体を標的とする低分子化合物の探索研究

    村田亜沙子

    化学工業   2016年4月

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    記述言語：日本語  

  • アカデミア創薬研究の今を知る《注目の標的からの創薬展開》6.顕在化した創薬標的マイクロRNA(miRNA)

    村田亜沙子, 中谷和彦

    実験医学   2014年2月

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    記述言語：その他  

  • 生理活性物質による創薬標的同定のコツ

    佐藤慎一, 村田亜沙子, 白川貴詩, 上杉志成

    実験医学別冊 創薬研究のためのタンパク質・プロテオミクス解析   2010年7月

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    記述言語：日本語  

  • ケミカルジェネティクス:化学が教えてくれる生命機能 海洋天然物のケミカルジェネティクス

    佐藤慎一, 村田亜沙子, 上杉志成

    細胞工学   2009年4月

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    記述言語：日本語  

  • iPS細胞誕生後 iPS細胞作製を効率化する化合物

    村田亜沙子, 上杉志成

    現代化学   2008年10月

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    記述言語：その他  

  • Identification of the Cardiac Beta-Adrenergic Receptor Protein: Solubilization and Purification by Affinity Chromatography

    2007年10月

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    記述言語：その他  

    Identification of the Cardiac Beta-Adrenergic Receptor Protein: Solubilization and Purification by Affinity Chromatography

  • ゲノムを臨床につなげる薬の世界 生物医学研究を加速するケミカルゲノミクス

    村田亜沙子, 佐藤慎一, 上杉志成, 上杉志成

    最新医学   2007年9月

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    記述言語：その他  

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産業財産権

特許権   出願件数: 1件   登録件数: 1件
実用新案権   出願件数: 0件   登録件数: 0件
意匠権   出願件数: 0件   登録件数: 0件
商標権   出願件数: 0件   登録件数: 0件

所属学協会

  • 日本核酸化学会

    2018年 - 現在

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  • 日本ケミカルバイオロジー学会

    2012年 - 現在

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  • 日本化学会

    2002年12月 - 現在

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  • 日本核酸化学会

  • 日本ケミカルバイオロジー学会

  • 日本化学会

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学術貢献活動

  • Organizing committee 国際学術貢献

    The 17th SANKEN international Symposium 2013/The 12th SANKEN Nanotechnology Symposium  （ Japan ） 2014年1月

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    種別：大会・シンポジウム等 

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 低分子化合物-RNA相互作用の迅速スクリーニング法とAIを活用した相互作用予測モデル構築

    2021年7月 - 2023年6月

    九州大学（日本） 

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    担当区分：研究代表者 

    ＲＮＡが次世代の創薬標的として注目されている。しかし、ＲＮＡを標的とした低分子創薬研究はほとんど進んでいない。これは、低分子とそれが結合するＲＮＡ、すなわち「低分子化合物－ＲＮＡぺア」の少なさに起因して、ＲＮＡを標的とする低分子の分子設計指針が未整備であるためである。本事業では、これを解決する技術として、技術Ａ：「低分子化合物−ＲＮＡペア」データ収集のための迅速スクリーニング法、および、技術Ｂ：ＲＮＡ標的低分子デザインのための「低分子化合物−ＲＮＡペア」予測法を開発する。

  • 低分子化合物－RNAペアの網羅的探索手法の確立と獲得ビッグデータの情報科学解析

    2021年4月 - 2025年3月

    九州大学（日本） 

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    担当区分：研究代表者 

    RNAが次世代の創薬標的として注目を集めている。RNAの働きが細胞の機能維持調節や疾患などに関わることが分かってきたことが背景にある。しかし、RNAを標的とした低分子創薬研究にはボトルネックがある。1) 低分子化合物-RNAペアの具体例が極めて少なく、2) RNAに結合する 低分子化合物の設計指針が不足していることである。この課題を解決し、RNA標的低分子創薬研究を加速するために、本研究では「酵素Dicerに よるRNA切断反応と次世代シーケンサーを利用した低分子化合物-RNAペアの網羅的探索手法」を確立、低分子化合物-RNAペアのビッグデータ獲 得とデータ科学・情報科学的解析を行う。

  • 低分子化合物－RNAペアの網羅的探索手法の確立と獲得ビッグデータの情報科学解析

    研究課題/領域番号：23K21158  2021年4月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    村田 亜沙子, 浅井 歩

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    資金種別：科研費

    RNAが次世代の創薬標的として注目を集めている。RNAの働きが細胞の機能維持調節や疾患などに関わることが分かってきたことがその背景にある。
    しかし、RNAを標的とした低分子創薬研究にはボトルネックがある。1) 低分子化合物-RNAペアの具体例が極めて少なく、2) RNAに結合する低分子化合物の設計指針が不足していることである。この課題を解決し、RNA標的低分子創薬研究を加速するために、本研究では「酵素DicerによるRNA切断反応と次世代シーケンサーを利用した低分子化合物-RNAペアの網羅的探索手法」を確立、低分子化合物-RNAペアのビッグデータ獲得とデータ科学・情報科学的解析を行う。

    CiNii Research

  • 低分子が誘起する新奇RNA立体構造の実証

    2021年4月 - 2024年3月

    九州大学（日本） 

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    担当区分：研究代表者 

    本研究は、低分子で誘起される新奇RNA立体構造の実証を目的とする。本研究の目的達成のために、低分子NAと標的RNAとの結合評価、および、種々の構造解析手法を用いたNA-標的RNA複合体の立体構造解析を行う。さらに、低分子NAで誘起される新奇RNA立体構造のRNA編集反応における反応活性制御への応用を検討する。

  • RNA標的のケモインフォマティクス

    2021年4月 - 2024年3月

    九州大学（日本） 

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    担当区分：研究代表者 

    RNAの機能不全が種々の疾患に関わることが分かっており、RNAは次世代の創薬標的として注目されている。しかしRNAを標的とした低分子創薬はほとんど進んでいない。その理由として、RNAに結合する低分子と分子設計指針の少なさが挙げられる。本研究では、低分子-RNAペア（低分子とそれが結合するRNA）の網羅的探索法を開発し、低分子-RNAペアのビックデータ解析により、RNA標的薬の設計指針を獲得する。

  • RNA標的のケモインフォマティクス

    2021年 - 2027年

    科学技術振興機構（JST）創発的研究支援事業

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    担当区分：研究代表者  資金種別：受託研究

  • 低分子化合物－RNAペアの網羅的探索手法の確立と獲得ビッグデータの情報科学解析

    研究課題/領域番号：21H02079  2021年 - 2024年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • 低分子が誘起する新奇RNA立体構造の実証

    研究課題/領域番号：21K19050  2021年 - 2023年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究（萌芽）

    村田 亜沙子

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    本研究は、低分子NA(Naphthyridine Azaquinolone)で誘起される新奇RNA立体構造の実証を目的とする。本研究の目的達成のために、NAと標的RNAとの結合評価、および、種々の構造解析手法を用いたNA-標的RNA複合体の立体構造解析を行う。さらに、NAで誘起される新奇RNA立体構造の、RNA編集反応における反応活性制御への応用を検討する。

    CiNii Research

  • 低分子化合物-RNA相互作用の迅速スクリーニング法とAIを活用した相互作用予測モデル構築

    2021年 - 2023年

    新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）官民による若手研究者発掘支援事業（マッチングサポートフェーズ）

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    担当区分：研究代表者  資金種別：受託研究

  • 小分子で駆動する－１リボソームフレームシフトとタンパク質の輸送局在制御への応用

    研究課題/領域番号：18K05355  2018年 - 2020年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • －１リボソーマルフレームシフトによる細胞内タンパク質の輸送・局在制御

    研究課題/領域番号：15K01820  2015年 - 2018年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • リピート結合分子をプローブとしたトリヌクレオチドリピート病の化学生物学研究

    研究課題/領域番号：26000007  2014年 - 2018年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別推進研究

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    担当区分：研究分担者  資金種別：科研費

  • 小分子化合物によるマイクロRNA生成効率の調節

    研究課題/領域番号：25750393  2013年 - 2015年

    科学研究費助成事業  若手研究(B)

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • ８位置換プリン化合物ライブラリーの合成とリボスイッチリエンジニアリング

    研究課題/領域番号：23241073  2011年 - 2014年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

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    担当区分：連携研究者  資金種別：科研費

  • 非内在性マイクロＲＮＡの創成と遺伝子発現制御

    研究課題/領域番号：23710270  2011年 - 2012年

    科学研究費助成事業  若手研究(B)

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

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教育活動概要

  • 核酸は遺伝情報の貯蔵、伝達を担う重要な生体分子である。なかでもRNAはその多様な機能や役割、疾患との関連から創薬標的としても注目されている。そのような背景のもと、核酸を標的とする分子とその相互作用の解析研究を通じて、核酸を対象にしたケミカルバイオロジー、化学、生命科学の知識や技術を指導する。生体分子の機能や細胞内の役割を解明するには、生命科学に化学の視点を加えることが重要である。そのような分野横断的な領域に研究を展開し、新しい分野を開拓していける研究者の育成を目指す。

担当授業科目

  • 核酸化学

    2023年10月 - 2023年12月   秋学期

  • 基幹教育セミナー

    2023年6月 - 2023年8月   夏学期

  • 総合理工学修士演習

    2023年4月 - 2024年3月   通年

  • 総合理工学修士演習

    2023年4月 - 2024年3月   通年

  • 総合理工学修士実験

    2023年4月 - 2024年3月   通年

  • 基幹教育セミナー

    2024年6月 - 2024年8月   夏学期

  • 核酸化学

    2024年6月 - 2024年8月   夏学期

  • 材料機能創製特論第八 di

    2024年4月 - 2024年9月   前期

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