2025/03/13 更新

お知らせ

 

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ナカムラ タカヒロ
中村 崇裕
NAKAMURA TAKAHIRO
所属
農学研究院 生命機能科学部門 教授
植物フロンティア研究センター (併任)
農学部 生物資源環境学科(併任)
生物資源環境科学府 生命機能科学専攻(併任)
職名
教授
連絡先
メールアドレス
電話番号
0928024721
プロフィール
植物における遺伝情報を含むオルガネラ、葉緑体、ミトコンドリア、核の間の協調的な遺伝子発現機構に関する研究を行っている。特に、オルガネラ遺伝子発現のRNAレベルでの制御に着目している。葉緑体やミトコンドリア機能の増強・調節による高機能植物の作出、カスタムRNA結合蛋白質の蛋白質工学的な利用、に関する研究および開発を行っている。 ゲノム編集に係る技術開発を行っている。
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研究分野

  • ライフサイエンス / ゲノム生物学

学位

  • 博士(理学)

経歴

  • (独)科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業 さきがけ研究者 エディットフォース株式会社 取締役 CSO(最高科学責任者)   

    (独)科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業 さきがけ研究者 エディットフォース株式会社 取締役 CSO(最高科学責任者)

  • なし   

研究テーマ・研究キーワード

  • 研究テーマ: 1. DNA/RNA編集 2. RNA結合タンパク質に関する研究とRNA調節酵素の開発 3. 植物における核と細胞質の相互作用に関する研究 4. オルガネラ遺伝子発現制御機構に関する研究 5. 細胞質雄性不稔に関する研究

    研究キーワード: 葉緑体、ミトコンドリア、RNA、植物、ゲノム編集

    研究期間: 2007年6月

受賞

  • 「大学発ベンチャー表彰2019」 科学技術振興機構理事長賞

    2019年7月   科学技術振興機構   PPRたんぱく質工学を利用した新たなゲノム編集技術で、DNA編集だけでなくRNA編集を統合できる技術としての将来性が高く、日本発のゲノム編集技術の事業化を外部機関との連携を活かして着実に進めている点が高く評価された。創薬、農業、食品など応用範囲は広く、世界初のRNA編集技術の実用化により、今後大きく成長することが期待される。

  • HK創造性開発資金 優秀特許表彰

    2018年1月   九州大学 農学研究院  

  • 平成28年度 九州大学 研究・産学連携活動表彰

    2016年10月   国立大学法人九州大学  

  • 平成22年度 九州大学 研究・産学連携活動表彰

    2010年10月   国立大学法人九州大学  

論文

  • Construction of a Versatile, Programmable RNA-Binding Protein Using Designer PPR Proteins and Its Application for Splicing Control in Mammalian Cells 招待 査読 国際誌

    Yusuke Yagi, Takamasa Teramoto, Shuji Kaieda, Takayoshi Imai, Tadamasa Sasaki, Maiko Yagi, Nana Maekawa, Takahiro Nakamura

    Cells   2022年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.3390/cells11223529

  • U-to-C RNA editing by synthetic PPR-DYW proteins in bacteria and human culture cells 査読 国際誌

    Mizuho Ichinose, Masuyo Kawabata, Yumi Akaiwa, Yasuka Shimajiri, Izumi Nakamura, Takayuki Tamai, Takahiro Nakamura, Yusuke Yagi, Bernard Gutmann

    Communications biology   2022年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  • Development of Genome Engineering Tools from Plant-Specific PPR Proteins Using Animal Cultured Cells. 招待 査読 国際誌

    Kobayashi T, Yagi Y, Nakamura T

    Methods Mol Biol.   1469   147 - 155   2016年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/978-1-4939-4931-1_11

  • Mitochondrial ORF79 levels determine the timing of pollen abortion in cytoplasmic male sterile 査読 国際誌

    Kazama T, Itabashi E, Fujii S, Nakamura T, Toriyama K

    The Plant Journal   85 ( 6 )   707 - 716   2016年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: doi: 10.1111/tpj.13135

  • The challenges faced by EditForce Inc., to go beyond genome editing 査読 国際誌

    Yagi Y, Shirakawa M, Nakamura T

    Nature   2015年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    EditForce Inc., established in May 2015, provides an alternative option to genome editing and a novel tool for versatile RNA editing at the genomic scale, called ‘transcriptome editing’, based on pentatricopeptide repeat (PPR) protein engineering technologies. Our core technologies have been invented at Kyushu University, Japan. The company is located in Fukuoka city in Kyushu, a southwestern island of Japan. EditForce is an innovative company in the post-genomic era. Our mission is to provide novel DNA/RNA operating tools to understand and modify various living entities and to translate our PPR technologies in various biological industries, including the pharmaceutical and agricultural industries.

  • Quantitative analysis of motifs contributing to the interaction between PLS-subfamily members and their target RNA sequences in plastid RNA editing 査読 国際誌

    Kenji Okuda, Harumi Shoki, Miho Arai, Toshiharu Shikanai, Ian Small, Takahiro Nakamura

    PLANT JOURNAL   80 ( 5 )   870 - 882   2014年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    In plant organelles, RNA editing alters specific cytidine residues to uridine in transcripts. Target cytidines are specifically recognized by pentatricopeptide repeat (PPR) proteins of the PLS subfamily, which have additional C-terminal E or E-DYW motifs. Recent in silico analysis proposed a model for site recognition by PLS-subfamily PPR proteins: one-PPR motif to one-nucleotide correspondence with the C-terminal last S motif aligning to the nucleotide at position -4 with respect to the editing site. Here we show quantitative biochemical data on site recognition by four PLS-subfamily proteins: CRR28 and OTP85 are DYW-class members while CRR21 and OTP80 are E-class members. The minimal RNA segments required for high affinity binding by these PPR proteins were experimentally determined. The results were generally consistent with the in silico based model. However, we clarified that several PPR motifs, including the C-terminal L2 and S motifs of CRR21 and OTP80, are dispensable for the RNA binding, suggesting distinct contributions of each PPR motif to site recognition. We also demonstrate that the DYW motif interacts with the target C and its 5′ proximal region (-3 to 0), whereas the E motif is not involved in binding.

    DOI: 10.1111/tpj.12687

  • The potential for manipulating RNA with pentatricopeptide repeat proteins 招待 査読 国際誌

    Yusuke Yagi, Takahiro Nakamura, Ian Small

    PLANT JOURNAL   78 ( 5 )   772 - 782   2014年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The pentatricopeptide repeat (PPR) protein family, particularly prevalent in plants, includes many sequence-specific RNA binding proteins involved in all aspects of organelle RNA metabolism including RNA stability, processing, RNA editing, and translation. PPR proteins consist of a tandem array of 2-30 PPR motifs each of which aligns to one nucleotide in the RNA target. The amino acid side-chains at 2-3 specific positions in each motif confer nucleotide specificity in a predictable and programmable manner. Thus, PPR proteins appear to provide an extremely promising opportunity to create custom RNA binding proteins with tailored specificity. We summarize recent progress in understanding RNA recognition by PPR proteins with a particular focus on potential applications of PPR-based tools for manipulating RNA, and on the challenges that remain to be overcome before these tools can be routinely used by the scientific community.

    DOI: 10.1111/tpj.12377

  • Heterogeneity of the 5 '-end in plant mRNA may be involved in mitochondrial translation

    Tomohiko Kazama, Yusuke Yagi, Kinya Toriyama, Takahiro Nakamura

    FRONTIERS IN PLANT SCIENCE   4   517   2013年12月

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    記述言語:英語  

    DOI: 10.3389/fpls.2013.00517

  • Pentatricopeptide repeat proteins involved in plant organellar RNA editing

    Yusuke Yagi, Makoto Tachikawa, Hisayo Noguchi, Soichiro Satoh, Junichi Obokata, Takahiro Nakamura

    RNA BIOLOGY   10 ( 9 )   2013年9月

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    記述言語:英語  

  • Elucidation of the RNA recognition code for pentatricopeptide repeat proteins involved in organelle RNA editing in plants. 査読 国際誌

    Yusuke Yagi, Shimpei Hayashi, Keiko Kobayashi, Takashi Hirayama, Takahiro Nakamura

    PLoS ONE   8 ( 3 )   e57286   2013年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Pentatricopeptide repeat (PPR) proteins are eukaryotic RNA-binding proteins that are commonly found in plants. Organelle transcript processing and stability are mediated by PPR proteins in a gene-specific manner through recognition by tandem arrays of degenerate 35-amino-acid repeating units, the PPR motifs. However, the sequence-specific RNA recognition mechanism of the PPR protein remains largely unknown. Here, we show the principle underlying RNA recognition for PPR proteins involved in RNA editing. The distance between the PPR-RNA alignment and the editable C was shown to be conserved. Amino acid variation at 3 particular positions within the motif determined recognition of a specific RNA in a programmable manner, with a 1-motif to 1-nucleotide correspondence, with no gap sequence. Data from the decoded nucleotide frequencies for these 3 amino acids were used to assign accurate interacting sites to several PPR proteins for RNA editing and to predict the target site for an uncharacterized PPR protein.

    DOI: 10.1371/journal.pone.0057286

  • Mechanistic Insight into Pentatricopeptide Repeat Proteins as Sequence-Specific RNA-Binding Proteins for Organellar RNAs in Plants 招待 査読 国際誌

    Takahiro Nakamura, Yusuke Yagi, Keiko Kobayashi

    Plant Cell Physiol   53 ( 7 )   2012年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The pentatricopeptide repeat (PPR) protein family is highly expanded in terrestrial plants. Arabidopsis contains 450 PPR genes, which represents 2% of the total protein-coding genes. PPR proteins are eukaryote-specific RNA-binding proteins implicated in multiple aspects of RNA metabolism of organellar genes. Most PPR proteins affect a single or small subset of gene(s), acting in a gene-specific manner. Studies over the last 10 years have revealed the significance of this protein family in coordinated gene expression in different compartments: the nucleus, chloroplast, and mitochondrion. Here, we summarize recent studies addressing the mechanistic aspect of PPR proteins.

  • Isolation of Arabidopsis ahg11, a weak ABA hypersensitive mutant defective in nad4 RNA editing 査読 国際誌

    Maki Murayama, Shimpei Hayashi1, Noriyuki Nishimura1, Mayumi Ishide, Keiko Kobayashi, Yusuke Yagi, Tadao Asami, Takahiro Nakamura, Kazuo Shinozaki, Takashi Hirayama

    J. Exp. Bot.   2012年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The phytohormone abscisic acid (ABA) plays pivotal roles in the regulation of developmental and environmental responses in plants. Identification of cytoplasmic ABA receptors enabled the elucidation of the main ABA signaling pathway, connecting ABA perception to either nuclear events or the action of several transporters. However, the physiological functions of ABA in cellular processes largely remain unknown. To obtain greater insight into the ABA response, we performed genetic screening to isolate ABA-related mutants of Arabidopsis and isolated several novel ABA-hypersensitive mutants. We further characterized one of those mutants—ahg11. Map-based cloning showed that AHG11 encodes a PPR type protein, which has potential roles in RNA editing. An AHG11-GFP fusion protein indicated that AHG11 mainly localized to the mitochondria. Consistent with this observation, the nad4 transcript, which normally undergoes RNA editing, lacks a single RNA editing event conferring a conversion of an amino acid residue in ahg11 mutants. The geminating ahg11 seeds have higher levels of reactive oxygen species responsive genes. Presumably partial impairment of mitochondrial function caused by an amino acid conversion in one of the Complex I components induces redox imbalance, which in turn confers abnormal response to the plant hormone.

    DOI: 10.1093/jxb/ers188

  • Identification and characterization of the RNA binding surface of the pentatricopeptide repeat protein 査読 国際誌

    Kobayashi K, Kawabata M, Hisano K, Kazama T, Matsuoka K, Sugita M, Nakamura T

    Nucleic Acids Res.   40   2012年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    葉緑体とミトコンドリアの遺伝子発現は核にコードされる遺伝子によって転写後のRNAのレベルで大きく制御されている。最近の研究で、植物で特有に大きなファミリーを形成するPPR蛋白質が配列特異的なRNA結合蛋白質として、前述のオルガネラRNA代謝に重要な役割を担うことが明らかになってきた。PPR蛋白質中の複数のPPRモチーフ(35アミノ酸)の繰り返しがRNA結合に働くと推測されているが、その詳細は明らかでない。我々はここに、PPR蛋白質のRNA結合の分子基盤を示した。まず、Pfamにおけるモチーフの定義がPPRモチーフのRNA結合ユニットとしての働きを正しく示すことを明らかにした。また、2個のPPRモチーフからなる一連の組換え蛋白質を用いた生化学的、計算科学的な解析から、5個のアミノ酸(1、4、8、12、ii(-2))がPPRモチーフのRNA結合表面を形成することを明らかにした。SELEX法などにより、配列特異的なRNA結合を解析したところ、PPRとRNAの相互作用の親和性、配列特異性に関わることをいくつかの特徴的なアミノ酸を見いだした。

  • Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts 査読 国際誌

    Okuda K, Chateigner-Boutin AL, Nakamura T, Delannoy E, Sugita M, Myouga F, Motohashi R, Shinozaki K, Small I, Shikanai T

    Plant Cell   21   2009年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  • A conserved DYW domain of the pentatricopeptide repeat protein possesses a novel endo-ribonuclease activity 査読 国際誌

    Nakamura T, Sugita M

    FEBS Lett.   582   2008年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  • Suppression mechanism of mitochondrial ORF79 accumulation by Rf1 protein in BT-type cytoplasmic male sterile rice 査読 国際誌

    Kazama T, Nakamura T, Watanabe M, Sugita M, Toriyama K

    Plant J.   55   2008年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  • A pentatricopeptide repeat protein is a site recognition factor in chloroplast RNA editing 査読 国際誌

    Okuda K, Nakamura T, Sugita M, Shimizu T, Shikanai T

    J. Biol. Chem.   281   2006年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  • Engineering rice Nramp5 modifies cadmium and manganese uptake selectivity using yeast assay system 査読

    Inoue, J., Teramoto, T., Kazama, T., Nakamura, T.

    Front Plant Sci.   15   1482099   2024年10月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.3389/fpls.2024.1482099

    リポジトリ公開URL: https://hdl.handle.net/2324/7341501

  • Translational enhancement of target endogenous mRNA in mammalian cells using programmable RNA‐binding pentatricopeptide repeat proteins 査読 国際誌

    Ning Ping, Sayuri Hara‐Kuge, Yusuke Yagi, Tomohiko Kazama & Takahiro Nakamura

    Scientific Reports   14   251   2024年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-023-50776-z

  • Translational enhancement of target endogenous mRNA in mammalian cells using programmable RNA-binding pentatricopeptide repeat proteins

    Ping N., Hara-Kuge S., Yagi Y., Kazama T., Nakamura T.

    Scientific Reports   14 ( 1 )   251   2023年12月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Scientific Reports  

    Programmable protein scaffolds are invaluable in the development of genome engineering tools. The pentatricopeptide repeat (PPR) protein is an attractive platform for RNA manipulation because of its programmable RNA-binding selectivity, which is determined by the combination of amino acid species at three specific sites in the PPR motif. Translation is a key RNA regulatory step that determines the final gene expression level and is involved in various human diseases. In this study, designer PPR protein was used to develop a translational enhancement technique by fusion with the translation initiation factor eIF4G. The results showed that the PPR-eIF4G fusion protein could activate the translation of endogenous c-Myc and p53 mRNAs and control cell fate, indicating that PPR-based translational enhancement is a versatile technique applicable to various endogenous mRNAs in mammalian cells. In addition, the translational enhancement was dependent on both the target position and presence of eIF4G, suggesting the presence of an unknown translation activation mechanism.

    DOI: 10.1038/s41598-023-50776-z

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  • Understanding RNA editing and its use in gene editing 招待 査読 国際誌

    Ruchika, Takahiro Nakamura

    3   100021   2022年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.1016/j.ggedit.2022.100021

  • U-to-C RNA editing by synthetic PPR-DYW proteins in bacteria and human culture cells

    Ichinose, M; Kawabata, M; Akaiwa, Y; Shimajiri, Y; Nakamura, I; Tamai, T; Nakamura, T; Yagi, Y; Gutmann, B

    COMMUNICATIONS BIOLOGY   5 ( 1 )   968   2022年9月   eISSN:2399-3642

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Communications Biology  

    Programmable RNA editing offers significant therapeutic potential for a wide range of genetic diseases. Currently, several deaminase enzymes, including ADAR and APOBEC, can perform programmable adenosine-to-inosine or cytidine-to-uridine RNA correction. However, enzymes to perform guanosine-to-adenosine and uridine-to-cytidine (U-to-C) editing are still lacking to complete the set of transition reactions. It is believed that the DYW:KP proteins, specific to seedless plants, catalyze the U-to-C reactions in mitochondria and chloroplasts. In this study, we designed seven DYW:KP domains based on consensus sequences and fused them to a designer RNA-binding pentatricopeptide repeat (PPR) domain. We show that three of these PPR-DYW:KP proteins edit targeted uridine to cytidine in bacteria and human cells. In addition, we show that these proteins have a 5′ but not apparent 3′ preference for neighboring nucleotides. Our results establish the DYW:KP aminase domain as a potential candidate for the development of a U-to-C editing tool in human cells.

    DOI: 10.1038/s42003-022-03927-3

    Web of Science

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  • Temperature-dependent fasciation mutants provide a link between mitochondrial RNA processing and lateral root morphogenesis 査読 国際誌

    Kurataka Otsuka, Akihito Mamiya, Mineko Konishi, Mamoru Nozaki, Atsuko Kinoshita, Hiroaki Tamaki, Masaki Arita, Masato Saito, Kayoko Yamamoto, Takushi Hachiya, Ko Noguchi, Takashi Ueda, Yusuke Yagi, Takehito Kobayashi, Takahiro Nakamura, Yasushi Sato, Takashi Hirayama, Munetaka Sugiyama

    eLife   10   e61611   2021年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.7554/eLife.61611

  • Comprehensive Prediction of Target RNA Editing Sites for PLS-Class PPR Proteins in Arabidopsis thaliana 査読

    Takehito Kobayashi, Yusuke Yagi, Takahiro Nakamura

    Plant and Cell Physiology   60 ( 4 )   862 - 874   2019年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Hundreds of RNA editing events, that is conversion of cytidines (Cs) to uridines (Us), have been observed in the mitochondrial and plastid transcriptome in vascular plants. Defects of C-to-U RNA editing affect a wide variety of physiological processes. These editing sites are recognized by pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily proteins. PPR proteins are sequence-specific RNA binding proteins that participate in multiple aspects of organellar RNA metabolism. They are categorized into P and PLS subclasses, where PLS-class proteins are largely identified as RNA editing PPRs. Elucidating the principle involved in PPR-RNA recognition, the so-called PPR code, has enhanced our understanding of the recognition of RNA editing sites, thereby enabling prediction of target RNA editing sites for uncharacterized PLS-class proteins. Computational PPR-RNA prediction in RNA editing can be applied to the study of PPR-deficient plants that are genetically isolated from physiological abnormalities. However, the use of PPR-RNA prediction in RNA editing is still restricted due to ambiguous procedures and prediction reliability. Here, we refined the PPR code dataset, and the reliability of the computational prediction was quantitatively evaluated using known RNA editing PPRs. With this knowledge, a computational analysis was conducted in the 'PPR-to-editing site' and 'editing site-to-PPR' directions, against 199 PLS-class proteins and 499 organelle RNA editing sites in Arabidopsis thaliana. We propose 52 plausible PPR-RNA pairs for uncharacterized proteins and editing sites. The presented data will facilitate the study of organellar RNA editing involved in diverse physiological processes in A. thaliana.

    DOI: 10.1093/pcp/pcy251

  • Targeted knock-in of an scFv-Fc antibody gene into the hprt locus of Chinese hamster ovary cells using CRISPR/Cas9 and CRIS-PITCh systems 査読

    Kawabe Yoshinori, Shinya Komatsu, Shodai Komatsu, Mai Murakami, Akira Ito, Tetsushi Sakuma, Takahiro Nakamura, Takashi Yamamoto, Masamichi Kamihira

    Journal of Bioscience and Bioengineering   125 ( 5 )   599 - 605   2018年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Chinese hamster ovary (CHO) cells have been used as host cells for the production of pharmaceutical proteins. For the high and stable production of target proteins, the transgene should be integrated into a suitable genomic locus of host cells. Here, we generated knock-in CHO cells, in which transgene cassettes without a vector backbone sequence were integrated into the hprt locus of the CHO genome using clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 and CRISPR-mediated precise integration into target chromosome (CRIS-PITCh) systems. We investigated the efficiency of targeted knock-in of transgenes using these systems. As a practical example, we generated knock-in CHO cells producing an scFv-Fc antibody using the CRIS-PITCh system mediated by microhomology sequences for targeting. We found that the CRIS-PITCh system can facilitate targeted knock-in for CHO cell engineering.

    DOI: 10.1016/j.jbiosc.2017.12.003

  • Targeted knock-in of an scFv-Fc antibody gene into the hprt locus of Chinese hamster ovary cells using CRISPR/Cas9 and CRIS-PITCh systems 招待 査読 国際誌

    Yoshinori Kawabe, Shinya Komatsu, Shodai Komatsu, Mai Murakami, Akira Ito, Tetsushi Sakuma, Takahiro Nakamura, Takashi Yamamoto, Masamichi Kamihira

    J. Biosci. Bioeng.   125 ( 5 )   599 - 605   2018年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.jbiosc.2017.12.003

  • Recent progress toward RNA manipulation with engineered pentatricopeptide repeat proteins

    Takayoshi Imai, Yusuke Yagi, Takahiro Nakamura

    Applied RNA Bioscience   151 - 160   2018年4月

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    記述言語:英語  

    Pentatricopeptide repeat (PPR) proteins are RNA-binding proteins that are widely distributed in plants. They contain 2 to 30 repeating units of ~35-amino acid PPR motifs. They are known to play important roles in RNA processing, RNA editing, and translational regulation. Recent studies on the RNA recognition mode of PPR proteins revealed that one PPR motif interacts with one nucleotide. In addition, it was revealed that amino acids at three specific positions in a single motif serve to specify its binding base. Thus, mutation of these amino acids can cause a modification of the binding specificity of PPR motifs. Indeed, the engineered PPR motifs fused with various effector domains are shown to bind to and manipulate RNAs in a controlled manner. In this review, we summarize the recent progress in structural studies on PPR motifs. We focus on their RNA recognition mode and discuss the potentials of PPR as novel, versatile tools for RNA manipulation.

    DOI: 10.1007/978-981-10-8372-3_10

  • Mitochondrial ORF79 levels determine pollen abortion in cytoplasmic male sterile rice 査読

    Tomohiko Kazama, Etsuko Itabashi, Shinya Fujii, Takahiro Nakamura, Kinya Toriyama

    Plant Journal   85 ( 6 )   707 - 716   2016年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Cytoplasmic male sterility (CMS) is an important agricultural trait characterized by lack of functional pollen, and caused by ectopic and defective mitochondrial gene expression. The pollen function in CMS plants is restored by the presence of nuclear-encoded restorer of fertility (Rf) genes. Previously, we cloned Rf2, which restores the fertility of Lead Rice (LD)-type CMS rice. However, neither the function of Rf2 nor the identity of the mitochondrial gene causing CMS has been determined in LD-CMS rice. Here, we show that the mitochondrial gene orf79 acts as a CMS-associated gene in LD-CMS rice, similar to its role in BT-CMS rice originating from Chinsurah Boro II, and Rf2 weakly restores fertility in BT-CMS rice. We also show that RF2 promotes degradation of atp6-orf79 RNA in a different manner from that of RF1, which is the Rf gene product in BT-CMS rice. The amount of ORF79 protein in LD-CMS rice was one-twentieth of the amount in BT-CMS rice. The difference in ORF79 protein levels probably accounts for the mild and severe pollen defects in LD-CMS and BT-CMS rice, respectively. In the presence of Rf2, accumulation of ORF79 was reduced to almost zero and 25% in LD-CMS and BT-CMS rice, respectively, which probably accounts for the complete and weak fertility restoration abilities of Rf2 in LD-CMS and BT-CMS rice, respectively. These observations indicate that the amount of ORF79 influences the pollen fertility in two strains of rice in which CMS is induced by orf79.

    DOI: 10.1111/tpj.13135

  • Homologous Recombination-Independent Large Gene Cassette Knock-in in CHO Cells Using TALEN and MMEJ-Directed Donor Plasmids. 査読 国際誌

    Sakuma T, Takenaga M, Kawabe Y, Nakamura T, Kamihira M, Yamamoto T

    Int J Mol Sci.   16 ( 10 )   23849 - 23866   2015年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.3390/ijms161023849

  • Pentatricopeptide repeat motifs in the processing enzyme PRORP1 in Arabidopsis thaliana play a crucial role in recognition of nucleotide bases at T psi C loop in precursor tRNAs 査読 国際誌

    Takayoshi Imai, Takahiro Nakamura, Maeda, Taku, Xuzhu Gao, Yoshimitsu Kakuta, Takashi Nakashima, makoto kimura

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   450 ( 4 )   1541 - 1546   2014年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.bbrc.2014.07.030

  • Two DYW Subclass PPR Proteins are Involved in RNA Editing of ccmFc and atp9 Transcripts in the Moss Physcomitrella patens: First Complete Set of PPR Editing Factors in Plant Mitochondria

    Mizuho Ichinose, Chieko Sugita, Yusuke Yagi, Takahiro Nakamura, Mamoru Sugita

    PLANT AND CELL PHYSIOLOGY   54 ( 11 )   1907 - 1916   2013年11月

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    記述言語:英語  

    DOI: 10.1093/pcp/pct132

  • Pentatricopeptide repeat proteins involved in plant organellar RNA editing 査読

    Yusuke Yagi, Makoto Tachikawa, Hisayo Noguchi, Soichirou Satoh, Junichi Obokata, Takahiro Nakamura

    RNA biology   10 ( 9 )   1236 - 1242   2013年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    C-to-U RNA editing has been widely observed in organellar RNAs in terrestrial plants. Recent research has revealed the significance of a large, plant-specific family of pentatricopeptide repeat (PPR) proteins for RNA editing and other RNA processing events in plant mitochondria and chloroplasts. PPR protein is a sequence-specific RNA-binding protein that identifies specific C residues for editing. Discovery of the RNA recognition code for PPR motifs, including verification and prediction of the individual RNA editing site and its corresponding PPR protein, expanded our understanding of the molecular function of PPR proteins in plant organellar RNA editing. Using this knowledge and the co-expression database, we have identified two new PPR proteins that mediate chloroplast RNA editing. Further, computational target assignment using the PPR RNA recognition codes suggests a distinct, unknown mode-of-action, by which PPR proteins serve a function beyond site recognition in RNA editing.

    DOI: 10.4161/rna.24908

  • Mechanistic insight into pentatricopeptide repeat proteins as sequence-specific RNA-binding proteins for organellar RNAs in plants 査読

    Takahiro Nakamura, Yusuke Yagi, Keiko Kobayashi

    Plant and Cell Physiology   53 ( 7 )   1171 - 1179   2012年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The pentatricopeptide repeat (PPR) protein family is highly expanded in terrestrial plants. Arabidopsis contains 450 PPR genes, which represents 2 of the total protein-coding genes. PPR proteins are eukaryote-specific RNA-binding proteins implicated in multiple aspects of RNA metabolism of organellar genes. Most PPR proteins affect a single or small subset of gene(s), acting in a gene-specific manner. Studies over the last 10 years have revealed the significance of this protein family in coordinated gene expression in different compartments: the nucleus, chloroplast and mitochondrion. Here, we summarize recent studies addressing the mechanistic aspect of PPR proteins.

    DOI: 10.1093/pcp/pcs069

  • Identification and characterization of the RNA binding surface of the pentatricopeptide repeat protein 査読

    Keiko Kobayashi, Masuyo Kawabata, Keizo Hisano, Tomohiko Kazama, Ken Matsuoka, Mamoru Sugita, Takahiro Nakamura

    Nucleic Acids Research   40 ( 6 )   2712 - 2723   2012年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The expressions of chloroplast and mitochondria genes are tightly controlled by numerous nuclear-encoded proteins, mainly at the post-transcriptional level. Recent analyses have identified a large, plant-specific family of pentatricopeptide repeat (PPR) motif-containing proteins that are exclusively involved in RNA metabolism of organelle genes via sequence-specific RNA binding. A tandem array of PPR motifs within the protein is believed to facilitate the RNA interaction, although little is known of the mechanism. Here, we describe the RNA interacting framework of a PPR protein, Arabidopsis HCF152. First, we demonstrated that a Pfam model could be relevant to the PPR motif function. A series of proteins with two PPR motifs showed significant differences in their RNA binding affinities, indicating functional differences among PPR motifs. Mutagenesis and informatics analysis putatively identified five amino acids organizing its RNA binding surface [the 1st, 4th, 8th, 12th and 'ii'(-2nd) amino acids] and their complex connections. SELEX (Systematic evolution of ligands by exponential enrichment) and nucleobase preference assays determined the nucleobases with high affinity for HCF152 and suggested several characteristic amino acids that may be involved in determining specificity and/or affinity of the PPR/RNA interaction.

    DOI: 10.1093/nar/gkr1084

  • A plastid protein NUS1 is essential for build-up of the genetic system for early chloroplast development under cold stress conditions 査読 国際誌

    Kusumi K, Sakata C, Nakamura T, Kawasaki S, Yoshimura A, Iba K

    Plant J.   68   2011年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    原色素体(plastid)から葉緑体(chloroplast)への分化の過程で、色素体の遺伝子発現システムは、光合成を可能とする葉緑体のそれに大きく変化する。イネのv1(virescent1)変異体では、低温状態で葉緑体分化が損なわれる。我々は本論文で、v1遺伝子を同定し、この遺伝子が葉緑体局在のNUS1蛋白質をコードすることを明らかにした。NUS1のC末端側は、原核生物でリボソームRNAの転写に働く転写集結抑制因子と良く似た構造を有す。また、NUS1は葉緑体成熟途中で特異的に発現していた。RNA免疫沈降実験、およびゲルシフト法により、NUS1は16S rRNAの上流領域を含むいくつかの葉緑体RNAと結合することを明らかにした。NUS1変異体では、低温下での葉緑体形成途中で、葉緑体中のrRNAの成熟および蓄積が損なわれており、その結果、葉緑体遺伝子の転写および翻訳の広範囲にわたる異常が観察された。以上の結果は、NUS1が低温ストレス状態での原色素体から葉緑体への分化において、その遺伝子発現系の構築に重要な役割を果たすことを示唆している。

    DOI: 10.1111/j.1365-313X.2011.04755.x

  • Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts 査読

    Kenji Okuda, Anne Laure Chateigner-Boutin, Takahiro Nakamura, Etienne Delannoy, Mamoru Sugita, Fumiyoshi Myouga, Reiko Motohashi, Kazuo Shinozaki, Ian Small, Toshiharu Shikanai

    Plant Cell   21 ( 1 )   146 - 156   2009年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The plant-specific DYW subclass of pentatricopeptide repeat proteins has been postulated to be involved in RNA editing of organelle transcripts. We discovered that the DYW proteins CHLORORESPIRATORY REDUCTION22 (CRR22) and CRR28 are required for editing of multiple plastid transcripts but that their DYW motifs are dispensable for editing activity in vivo. Replacement of the DYW motifs of CRR22 and CRR28 by that of CRR2, which has been shown to be capable of endonucleolytic cleavage, blocks the editing activity of both proteins. In return, the DYW motifs of neither CRR22 nor CRR28 can functionally replace that of CRR2. We propose that different DYW family members have acquired distinct functions in the divergent processes of RNA maturation, including RNA cleavage and RNA editing.

    DOI: 10.1105/tpc.108.064667

  • A conserved DYW domain of the pentatricopeptide repeat protein possesses a novel endoribonuclease activity 査読

    Takahiro Nakamura, Mamoru Sugita

    FEBS Letters   582 ( 30 )   4163 - 4168   2008年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Many plant pentatricopeptide repeat (PPR) proteins are known to contain a highly conserved C-terminal DYW domain whose function is unknown. Recently, the DYW domain has been proposed to play a role in RNA editing in plant organelles. To address this possibility, we prepared recombinant DYW proteins and tested their cytidine deaminase activity. However, we could not detect any activity in the assays we used. Instead, we found that the recombinant DYW domains possessed endoribonuclease activity and cleaved before adenosine residues in the RNA molecule. Some DYW-containing PPR proteins may catalyze site-specific cleavage of target RNA species.

    DOI: 10.1016/j.febslet.2008.11.017

  • Suppression mechanism of mitochondrial ORF79 accumulation by Rf1 protein in BT-type cytoplasmic male sterile rice 査読

    Tomohiko Kazama, Takahiro Nakamura, Masao Watanabe, Mamoru Sugita, Kinya Toriyama

    Plant Journal   55 ( 4 )   619 - 628   2008年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    In BT-type cytoplasmic male sterile rice (Oryza sativa L.) with Chinsurah Boro II cytoplasm, cytoplasmic male sterility (CMS) is caused by an accumulation of the cytotoxic peptide ORF79. The ORF79 protein is expressed from a dicistronic gene atp6-orf79, which exists in addition to the normal atp6 gene in the BT-type mitochondrial genome. The CMS is restored by a PPR (pentatricopeptide-repeat) gene, Rf1, via RNA processing. However, it has not yet been elucidated how the accumulation of ORF79 is reduced by the action of the Rf1 protein. Here, we report that the level of processed orf79 transcripts in the restorer line was reduced to 50% of the unprocessed atp6-orf79 transcripts in the CMS line. Ninety percent of the processed orf79 transcripts, which remained after degradation, were not associated with the ribosome for translation. Our data suggests that the processing of atp6-orf79 transcripts diminishes the expression of orf79 by the translational reduction and degradation of the processed orf79 transcripts.

    DOI: 10.1111/j.1365-313X.2008.03529.x

  • A cyanobacterial non-coding RNA, Yfr1, is required for growth under multiple stress conditions 査読

    Takahiro Nakamura, Kumiko Naito, Naoto Yokota, Chieko Sugita, Mamoru Sugita

    Plant and Cell Physiology   48 ( 9 )   1309 - 1318   2007年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Small, regulatory, non-coding RNA (ncRNA) is involved in various cell functions in both prokaryotes and eukaryotes. However, information on ncRNA in cyanobacteria is still scarce. We studied ncRNA genes by computational screening to compare the intergenic regions of the Synechococcus elongatus PCC 6301 genome with the genomes of three freshwater cyanobacteria. We identified an ncRNA gene in S. elongatus, which has been previously described as yfr1 in marine cyanobacteria. The S. elongatus yfr1 gene is 65 nucleotides long and is positioned between guaB and trxA. We found a high conservation of the yfr1 gene in most cyanobacterial lineages. A yfr1-deficient mutant showed reduced growth under various stress conditions, e.g. oxidative stress and high salt stress conditions, and showed unusual accumulation of sbtA mRNA. A gel shift assay demonstrated interaction of the Yfr1 RNA with sbtA mRNA in vitro. This suggests that the sbtA transcript is a target RNA for the Yfr1 RNA.

    DOI: 10.1093/pcp/pcm098

  • A pentatricopeptide repeat protein is a site recognition factor in chloroplast RNA editing 査読

    Kenji Okuda, Takahiro Nakamura, Mamoru Sugita, Toshiyuki Shimizu, Toshiharu Shikanai

    Journal of Biological Chemistry   281 ( 49 )   37661 - 37667   2006年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    In higher plants, RNA editing is a post-transcriptional process that converts C to U in organelle mRNAs. We have previously shown that an Arabidopsis thaliana crr4 mutant is defective with respect to RNA editing for creating the translational initial codon of the plastid ndhD gene (the ndhD-1 site). CRR4 contains 11 pentatricopeptide repeat motifs but does not contain any domains that are likely to be involved in the editing activity. The green fluorescent protein fused to the putative transit peptide of CRR4 targeted the plastid. The recombinant CRR4 expressed in Escherichia coli specifically bound to the 25 nucleotides of the upstream and the 10 nucleotides of the downstream sequences surrounding the editing site of ndhD-1. The target C nucleotide of this editing is not essential for the binding of CRR4. Taken together with the genetic evidence, we conclude that the pentatricopeptide repeat protein CRR4 is a sequence-specific RNA-binding protein that acts as a site recognition factor in plastid RNA editing.

    DOI: 10.1074/jbc.M608184200

  • Transcript profiling in plastid arginine tRNA-CCG gene knockout moss Construction of Physcomitrella patens plastid DNA microarray 査読

    Takahiro Nakamura, C. Sugiura, Y. Kobayashi, M. Sugita

    Plant Biology   7 ( 3 )   258 - 265   2005年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The moss Physcomitrella patens is a newly established model plant that is widely used for the characterization of gene function by targeted gene knockout or over-expression. The target gene disruption occurs in both the nuclear and chloroplast genomes. We applied DNA microarray technology to the P. patens plastid genome for large-scale analysis of transcripts. A microarray was constructed containing 108 DNA fragments to detect all annotated plastid genes. We analyzed the transcript profile in a knockout transformant for the arginine tRNA gene, trnR-CCG, and confirmed previous results that rbcL and psal transcripts accumulate in similar levels to wild-type moss, and accD transcript level is higher than those of wild-type moss. Additionally, the plastid DNA microarray revealed that most plastid genes were expressed at similar levels in wild-type and transformant mosses. This indicates that tmR-CCG is not essential for the expression of plastid genes.

    DOI: 10.1055/s-2005-865620

  • Chloroplast RNA-binding and pentatricopeptide repeat proteins 査読

    Takahiro Nakamura, G. Schuster, M. Sugiura, M. Sugita

    Biochemical Society Transactions   32 ( 4 )   571 - 574   2004年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Chloroplast gene expression is mainly regulated at the post-transcriptional level by numerous nuclear-encoded RNA-binding protein factors. In the present study, we focus on two RNA-binding proteins: cpRNP (chloroplast ribonucleoprotein) and PPR (pentatricopeptide repeat) protein. These are suggested to be major contributors to chloroplast RNA metabolism. Tobacco cpRNPs are composed of five different proteins containing two RNA-recognition motifs and an acidic N-terminal domain. The cpRNPs are abundant proteins and form heterogeneous complexes with most ribosome-free mRNAs and the precursors of tRNAs in the stroma. The complexes could function as platforms for various RNA-processing events in chloroplasts. It has been demonstrated that cpRNPs contribute to RNA stabilization, 3′-end formation and editing. The PPR proteins occur as a superfamily only in the higher plant species. They are predicted to be involved in RNA/DNA metabolism in chloroplasts or mitochondria. Nuclear-encoded HCF152 is a chloroplast-localized protein that usually has 12 PPR motifs. The null mutant of Arabidopsis, hcf152, is impaired in the 5′-end processing and splicing of petB transcripts. HCF152 binds the petB exon-intron junctions with high affinity. The number of PPR motifs controls its affinity and specificity for RNA. It has been suggested that each of the highly variable PPR proteins is a gene-specific regulator of plant organellar RNA metabolism.

    DOI: 10.1042/BST0320571

  • Chloroplast RNA-binding and pentatricopeptide repeat proteins 査読 国際誌

    Nakamura T, Schuster G, Sugiura M, Sugita M

    Biochem. Soc. Trans.   32   2004年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  • RNA-binding properties of HCF152, an Arabidopsis PPR protein involved in the processing of chloroplast RNA 査読

    Takahiro Nakamura, Karin Meierhoff, Peter Westhoff, Gadi Schuster

    European Journal of Biochemistry   270 ( 20 )   4070 - 4081   2003年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The nonphotosynthetic mutant of Arabidopsis hcf152 is impaired in the processing of the chloroplast polycistronic transcript, psbB-psbT-psbH-petB-petD, resulting in non-production of the essential photosynthetic cytochrome b6f complex. The nucleus-encoded HCF152 gene was identified to encode a pentatricopeptide repeat (PPR) protein composed primarily of 12 PPR motifs, similar to other proteins of this family that were identified in mutants defected in chloroplast gene expression. To understand the molecular mechanism of how HCF152 modulates chloroplast gene expression, the molecular and biochemical properties should be revealed. To this end, HCF152 and several truncated versions were produced in bacteria and analyzed for RNA-binding and protein-protein interaction. It was found that two HCF152 polypeptides bind to form a homodimer, and that this binding is impaired by a single amino acid substitute near the carboxyl terminus, replacing leucine with proline. Recombinant HCF152 bound with higher affinity RNA molecules, resembling the petB exon-intron junctions, as well as several other molecules. The highest affinity was found to RNA composed of the poly(A) sequence. When truncated proteins composed of different numbers of PPR motifs were analyzed for RNA-binding, it was found that two PPR motifs were required for RNA-binding, but had very low affinity. The affinity to RNA increased significantly when proteins composed of more PPR motifs were analyzed, displaying the highest affinity with the full-length protein composed of 12 PPR motifs. Together, our data characterized the nuclear-encoded HCF152 to be a chloroplast RNA-binding protein that may be involved in the processing or stabilization of the petB transcript by binding to the exonintron junctions.

    DOI: 10.1046/j.1432-1033.2003.03796.x

  • Array-based analysis on tobacco plastid transcripts Preparation of a genomic microarray containing all genes and all intergenic regions 査読

    Takahiro Nakamura, Yumiko Furuhashi, Keiko Hasegawa, Hiroshi Hashimoto, Kazufumi Watanabe, Junichi Obokata, Mamoru Sugita, Masahiro Sugiura

    Plant and Cell Physiology   44 ( 8 )   861 - 867   2003年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The plastid genome of higher plants includes about 120 genes. We adopted genomic array technologies to the tobacco plastid genome. A microarray was constructed, consisting of 220 DNA fragments that cover the whole genome sequence. Each DNA fragment corresponds to a single known gene or an intergenic region. We evaluated reliability of this microarray by comparing the plastid RNA level in light- or dark-grown tobacco seedlings. The transcripts encoding photosynthetic subunits increased significantly in light-grown tissues as expected. Furthermore, we found unexpected signals in several intergenic regions, suggesting the existence of novel transcripts in tobacco plastids.

    DOI: 10.1093/pcp/pcg101

  • HCF152, an Arabidopsis RNA binding pentatricopeptide repeat protein involved in the processing of chloroplast psbB-psbT-psbH-petB-petD RNAs 査読

    Karin Meierhoff, Susanne Felder, Takahiro Nakamura, Nicole Bechtold, Gadi Schuster

    Plant Cell   15 ( 6 )   1480 - 1495   2003年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The psbB-psbT-psbH-petB-petD operon of higher plant chloroplasts is a heterogeneously composed transcriptional unit that undergoes complex RNA processing events until the mature oligocistronic RNAs are formed. To identify the nucleus-encoded factors required for the processing and expression of psbB-psbT-psbH-petB-petD transcripts, we performed mutational analysis using Arabidopsis. The allelic nuclear mutants hcf152-1 and hcf152-2 were identified that are affected specifically in the accumulation of the plastidial cytochrome b6f complex. In both mutants, reduced amounts of spliced petB RNAs (encoding the cytochrome b6 subunit) were detected, thus explaining the observed protein deficiencies. Additionally, mutant hcf152-1 is affected in the accumulation of transcripts cleaved between the genes psbH and petB. As a result of a close T-DNA insertion, the HCF152 gene was cloned and its identity confirmed by complementation of homozygous mutant plants. HCF152 encodes a pentatricopeptide repeat (PPR) protein with 12 putative PPR motifs that is located inside the chloroplast. The protein shows a significant structural, but not primary, sequence similarity to the maize protein CRP1, which is involved in the processing and translation of the chloroplast petD and petA RNAs. In addition, we found that HCF152 is an RNA binding protein that binds certain areas of the petB transcript. The protein possibly exists in the chloroplast as a homodimer and is not associated with other proteins to form a high molecular mass complex.

  • Nuclear-encoded proteins involved in function of chloroplast RNAs 査読

    Takahiro Nakamura, Mamoru Sugita

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   48 ( 15 Suppl )   2168 - 2175   2003年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  • Chloroplast ribonucleoproteins function as a stabilizing factor of ribosome-free mRNAs in the stroma 査読

    Takahiro Nakamura, Masaru Ohta, Masahiro Sugiura, Mamoru Sugita

    Journal of Biological Chemistry   276 ( 1 )   147 - 152   2001年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Post-transcriptional RNA processing is an important step in the regulation of chloroplast gene expression, and a number of chloroplast ribonucleoproteins (cpRNPs) are likely to be involved in this process. The major tobacco cpRNPs are composed of five species: cp28, cp29A, cp29B, cp31, and cp33 and these are divided into three groups (I, II, and III). By immunoprecipitation, gel filtration, and Western blot analysis, we demonstrated that these cpRNPs are abundant stromal proteins that exist as complexes with ribosome-free mRNAs. Many ribosome-free psbA mRNAs coprecipitate with cpRNPs, indicating that the majority of stromal psbA mRNAs are associated with cpRNPs. In addition, an in vitro mRNA degradation assay indicated that exogenous psbA mRNA is more rapidly degraded in cpRNP-depleted extracts than in nondepleted extracts. When the depleted extract was reconstituted with recombinant cpRNPs, the psbA mRNA in the extract was protected from degradation to a similar extent as the psbA mRNA in the nondepleted extract. Moreover, restoration of the stabilizing activity varied following addition of individual group-specific cpRNPs alone or in combination. When the five cpRNPs were supplemented in the depleted extract, full activity was restored. We propose that these cpRNPs act as stabilizing factors for nonribosome-bound mRNAs in the stroma.

    DOI: 10.1074/jbc.M008817200

  • Quantitative Analysis of Transiently Expressed mRNA in Particle-Bombarded Tobacco Seedlings 査読

    Tetsuya Miyamoto, Takahiro Nakamura, Issei Nagao, Junichi Obokata

    Plant Molecular Biology Reporter   18 ( 2 )   101 - 107   2000年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    This study demonstrates that quantitative RT-PCR can be used to measure transient expression of genes introduced into plant cells by particle bombardment. An expression construct for β-glucuronidase was introduced into tobacco seedlings by particle bombardment followed by real-time quantitative RT-PCR of β-glucuronidase mRNA using a fluorogenic TaqMan probe. β-glucuronidase mRNA expression peaked within 2 h after gene transfer. β-glucuronidase protein activity was maximally elevated in plant cells 8 h after gene transfer and remained elevated for up to 50 h. This method is very sensitive, quantitating the target GUS transcript in 10 pg total RNA.

    DOI: 10.1007/BF02824017

  • Chloroplast ribonucleoproteins are associated with both mRNAs and intron-containing precursor tRNAs 査読

    Takahiro Nakamura, Masaru Ohta, Masahiro Sugiura, Mamoru Sugita

    FEBS Letters   460 ( 3 )   437 - 441   1999年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Tobacco chloroplasts possess five conserved ribonucleoproteins (cpRNPs). To elucidate the function of cpRNPs we analyzed their localization and target nucleic acid molecules in chloroplasts. Immunoprecipitation of the stromal extract and Northern analysis revealed that cpRNPs are associated in vivo with not only various species of chloroplast mRNAs but also intron-containing precursor (pre-) tRNAs. This observation strongly suggests that cpRNPs are involved in RNA processing, including mRNA stability and pre-tRNA splicing.

    DOI: 10.1016/S0014-5793(99)01390-3

  • Chloroplast ribonucleoproteins (RNPs) as phosphate acceptors for casein kinase II Purification by ssDNA-cellulose column chromatography 査読

    Motoki Kanekatsu, Akiyoshi Ezumi, Takahiro Nakamura, Kenzo Ohtsuki

    Plant and Cell Physiology   36 ( 8 )   1649 - 1656   1995年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Using ssDNA-cellulose column chromatography, a 34 kDa ribonucleoprotein (p34) has been purified from a 0.4 M KCl crude extract of spinach chloroplasts as an effective phosphate acceptor for casein kinase II (CK-II) in vitro. Monomeric and oligomeric CK-IIs were copurified with p34 by the column chromatography and the kinases were separated from p34 by means of Mono Q column chromatography. It was found that (i) the purified p34 (pi 4.9) was phosphorylated specifically by CK-II in vitro; and (ii) similar polypeptides, such as p35 (pI 4.7) and p39 (pI 4.9) in maize and p33 (pI 4.7) in liverwort, were detected as ssDNA-binding chloroplast proteins phosphorylated by CK-II in vitro. The findings suggest that (i) RNPs that function as phosphate acceptors for CK-II exist commonly in chloroplasts among plant cells; and (ii) the physiological activity of RNPs is regulated by their specific phosphorylation by CK-II in chloroplasts.

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書籍等出版物

  • 植物由来の核酸結合モジュール, PPRタンパク質を利用したDNA/RNA編集技術の開発

    田村泰造、中村崇裕(担当:共著)

    2021年3月 

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    担当ページ:Vol.59 No.3 Page. 113 - 121   記述言語:日本語   著書種別:学術書

    DOI: 化学と生物

  • ゲノム編集食品「DNA切断酵素、RNA操作技術」

    中村崇裕(担当:共著)

    NTS出版  2021年2月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

  • 最新のゲノム編集技術と用途応用「ゲノム編集関連技術の開発動向とその産業利用」

    太田 賢,中村崇裕(担当:共著)

    シーエムシー出版  2021年2月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

  • B&I「国産ゲノム編集技術プラットフォームの確立」

    中村崇裕、刑部敬史、加藤義雄(担当:共著)

    バイオインダストリー協会  2021年1月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

  • 実験医学 コラム「RNA編集ツールとしてのPPR技術の開発」

    西光悦、八木祐介、中村崇裕(担当:共著)

    羊土社  2019年5月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

  • 月間細胞「PPRタンパク質を用いた新規なRNA操作技術」

    佐々木忠将、八木祐介、中村崇裕(担当:共著)

    北隆館  2019年2月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

  • ゲノム編集とその医療応用

    田村泰造、中村崇裕

    2018年6月 

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    記述言語:日本語  

  • 実験医学増刊・All aboutゲノム編集

    中村 崇裕(担当:共著)

    2016年4月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

  • 進化するゲノム編集技術

    中村 崇裕(担当:共著)

    株式会社エヌ・ティー・エス  2015年9月 

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    記述言語:日本語   著書種別:学術書

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講演・口頭発表等

  • PPRタンパク質を利用したトランスクリプトーム編集技術の開発 招待

    中村崇裕

    オルガネラワークショップ  2024年3月 

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    開催年月日: 2024年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:神戸   国名:日本国  

  • PPR protein-based transcriptome editing 招待 国際会議

    Takahiro Nakamura

    JAACT  2023年11月 

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    開催年月日: 2023年11月 - 2023年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:Nagoya   国名:日本国  

  • PPR蛋白質を利用したDNA/RNA編集技術の開発、および事業化 招待

    中村崇裕

    All 九州アカデミア x MEDISCOセミナー  2023年11月 

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    開催年月日: 2023年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:on line   国名:日本国  

  • 「ゲノム編集産業化実証ラボ」のご紹介

    中村崇裕

    九州農業week  2023年5月 

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    開催年月日: 2023年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:熊本   国名:日本国  

  • 「ゲノム編集産業化実証ラボ」の紹介 招待

    中村崇裕

    福岡・久留米発!地域バイオコミュニティの発展と成長  2023年1月 

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    開催年月日: 2023年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京   国名:日本国  

  • PPR蛋白質を利用したDNA/RNA編集技術の開発 招待

    中村崇裕

    第38回 日本植物バイオテクノロジー学会(つくば)大会シンポジウム  2022年6月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年6月

    記述言語:日本語  

    国名:日本国  

  • ゲノム編集産業化プラットフォーム ・国産ゲノム編集技術とその産業化を目指して 招待

    中村崇裕

    「福岡バイオコミュニティ」の挑戦  2021年11月 

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    開催年月日: 2021年11月

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:東京   国名:日本国  

  • 国産ゲノム編集技術プラットフォームの構築 招待

    中村崇裕

    植物化学シンポジウム  2021年11月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年11月

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    国名:日本国  

  • NEDOスマートセルPJにおけるゲノム編集技術の開発 招待

    中村崇裕

    日本ゲノム編集学会会員特別セミナー 「ゲノム編集の研究動向」  2021年3月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:on line   国名:日本国  

  • 大学発ゲノム編集技術の産業化における諸課題 招待

    中村崇裕

    JBAシンポジウム「ゲノム編集技術の社会実装に伴う諸問題にどう対処すべきか?」  2020年10月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:on line   国名:日本国  

  • PPRタンパク質を利用したDNA/RNA編集技術の開発 招待

    中村崇裕

    プロジェクト横断型公開シンポジウム 「植物のゲノム編集基盤技術開発の現状と展望」  2020年2月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  • Designer RNA binding protein based on PPR protein, as a new modality for targeted therapy 国際会議

    T Nakamura, Y Yagi

    ESCGT2019  2019年10月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:BArcelona, Spain   国名:スペイン  

  • PPR蛋白質を利用したDNA/RNA編集技術の開発 招待

    中村崇裕

    JADCI/JSHDR2019  2019年9月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:福岡   国名:日本国  

  • PPR蛋白質の配列特異的なRNAとの結合の理解と利用 招待

    中村崇裕

    日本育種学会・シンポジウム  2019年9月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:奈良   国名:日本国  

  • PPR蛋白質を利用したDNA/RNA編集技術の開発 招待

    中村崇裕

    農芸化学回西日本支部例会  2019年5月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:熊本   国名:日本国  

  • PPR技術で創るDNA/RNA編集技術 招待 国際会議

    中村崇裕

    国際医薬品開発展  2019年3月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  • PPR蛋白質を利用したDNA/RNA編集技術の開発 招待

    中村崇裕

    産学官連携秋季シンポジウム  2018年12月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2018年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  • 国産ゲノム・RNA編集技術の医療での展開 招待

    @中村崇裕

    革新的医薬・核酸医薬の開発  2018年1月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2018年1月

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:福岡   国名:日本国  

  • PPR motif as a New DNA/RNA Binding Module for Genome/Transcriptome Editing 招待 国際会議

    @中村崇裕

    AFELiSA  2017年11月 

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    開催年月日: 2017年11月

    記述言語:英語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:福岡   国名:日本国  

  • DNA、RNAの両方を操作する次世代型ゲノム編集技術の開発 招待

    @中村崇裕

    第58回ヒューマンサイエンス・バイオインターフェース  2017年5月 

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    開催年月日: 2017年5月 - 2018年5月

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:東京   国名:日本国  

  • 第9回DNA鑑定学会 招待

    中村 崇裕

    植物科学シンポジウム2016 植物科学とイノベーション  2016年12月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京   国名:日本国  

  • PPRタンパク質を用いたDNA/RNA操作技術の開発 招待

    中村 崇裕

    第9回DNA鑑定学会  2016年11月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京   国名:日本国  

  • PPRタンパク質を用いたDNA/RNA操作技術の開発 招待

    中村 崇裕

    日本植物学会 第80回大会理事会主催シンポジウム  2016年9月 

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    開催年月日: 2016年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:沖縄   国名:日本国  

  • PPR motif as a new module for genome and transcriptome editing-from organelle biology to protein engineering- 招待 国際会議

    Takahiro Nakamura

    2016年2月 

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    開催年月日: 2016年2月

    記述言語:英語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:Fukuoka   国名:日本国  

    The pentatricopeptide repeat (PPR) protein family is a eukaryotic specific protein family that is specially expanded in plant (~500), whereas very few in other organisms (five in yeast and six in human). Most PPR proteins are gene-specific regulators of mitochondria and chloroplast gene expression, suggesting that PPR protein is evolved for control of endosymbiotic organelle genome. PPR proteins function as sequence-specific RNA/DNA binding proteins in various RNA/DNA metabolisms including RNA cleavage, splicing, RNA editing, and translation, through recognition by tandem arrays of degenerate 35-amino-acid repeating units, the PPR motifs. Recently, we have cracked the RNA/DNA recognition code: one PPR motif corresponds to one nucleotide, and amino acid variances at three particular positions confer the nucleotide specificity with programmable manner, and further above principles could be applied for both RNA- and DNA-binding PPR proteins. Our finding opened another possibility, the use of PPR motif on “genome editing” (DNA manipulation) and “transcriptome editing” (RNA manipulation). I would like to present current perspective about PPR protein family in endosymbiotic genome regulation, and our recent activities of PPR engineering for genome and transcriptome editing.

  • PPRタンパク質を利用した次世代型ゲノム編集技術 招待

    中村 崇裕

    第8回DNA鑑定学会大会  2015年12月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京   国名:日本国  

    様々な生物のゲノム配列情報が明らかになり、ゲノム機能の解明などの従来の還元的な生物学に加えて、新しい生命システムの構築などの構成的な生物学が加速しつつある。このため、数十億塩基対から構成されるゲノム中の目的の1つの遺伝子、もしくはゲノムから転写される目的の1つのRNAを特異的に操作・改変する技術が求められている。最近、設計可能な人工ヌクレアーゼなどを用いた革新的なDNA操作技術であるゲノム編集が確立し、ゲノム中の特定の遺伝子の破壊や外来遺伝子の狙った位置への導入が可能になり、その利用が大きく期待されているが、その基本技術は全て海外で特許化されており、産業利用を視野に入れた独自の国産技術の確立が望まれる。一方、生物の複雑さや種の独自性に、多様な選択的スプライシングや非常に多くの蛋白質非コードRNAが大きく関わることが示唆されているが、ゲノム編集と対となるような汎用的なRNA操作技術は確立されていない。 我々は植物に多く含まれるPPRタンパク質を材料に、DNAおよびRNAそれぞれの操作技術の開発を行っている。PPRタンパク質は、35アミノ酸からなるPPRモチーフの連続で構成され、配列特異的なRNAまたはDNA結合蛋白質として働く。我々は、PPRタンパク質のDNA/RNA認識コードを解明し、特定の配列に結合する人工のDNA結合タンパク質およびRNA結合タンパク質、それぞれを設計するための基礎知的基盤を確立した。本講演では、既存のゲノム編集技術、およびPPRタンパク質を利用したRNA/DNA操作技術の開発の現状と可能性について紹介します。

  • PPR motif as a New DNA/RNA Binding Modulefor Genome/transcriptome Editing 招待 国際会議

    Takahiro Nakamura

    International Symposium on Plant Genome Engineering  2015年11月 

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    開催年月日: 2015年11月

    記述言語:英語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:Tukuba   国名:日本国  

    Determination of complete genome sequences (DNA) and the transcriptome (RNA) for a wide variety of organisms have opened a new biological era for understanding of the complex genetic functions that define living entities. New technologies have recently emerged that enable targeted editing of genomes in diverse systems, by using designer nucleases with programmable, sequence-specific DNA binding modules of ZF finger and TALE protein, and a guide RNA-based CRISPR/CAS9 system. These advances are driving new approaches to many areas including agriculture, biotechnology and studies of genome structure and function. In contract, versatile, programmable RNA binding module that enables manipulation of a single specific RNA in the living cell, is not available to date. The PPR (pentatricopeptide repeat) motif-containing protein, that organizes a large family in plants, is a sequence-specific RNA or DNA binding protein involving in multiple aspects of organelle RNA/DNA metabolisms including RNA stability, processing, RNA editing, and transcription. PPR proteins consist of a tandem array of PPR motifs (degenerated 35 amino acids) in variety repeat length (2-27 repeats). Recently, we cracked the RNA/DNA recognition code: one PPR motif corresponds to one nucleotide, and amino acid variances at three particular positions confer the nucleotide specificity with programmable manner, and the code can be shared between RNA- and DNA-binding PPR proteins. Here we show our recent progress and future perspective of the PPR protein engineering for genome and transcriptome editing.

  • PPR motif as a New DNA/RNA Binding Modulefor Genome/transcriptome Editing 招待

    Takahiro Nakamura

    Conference on Transposition and Genome Engineering 2015  2015年11月 

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    開催年月日: 2015年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:Nara   国名:日本国  

    Recently established genome editing technologies using ZF, TALE and CRISPR/Cas9 are driving new approaches to many areas of biotechnology and studies of genome structure and function. In contract, versatile, programmable RNA binding module that enables manipulation of a specific RNA in the living cell, is not available to date. The PPR (pentatricopeptide repeat) motif-containing protein, that organizes a large family in plants, is a sequence-specific RNA/DNA binding protein involving in multiple aspects of organelle gene expression. PPR proteins consist of a tandem array of PPR motifs (35 amino acids) in variety repeat length (2-27 repeats). Using Biochemical and informatics approaches, we successfully cracked the RNA/DNA recognition code: one PPR motif corresponds to one nucleotide, and amino acid variances at three particular positions confer the nucleotide specificity with programmable manner, and further above principles could be applied for both RNA- and DNA-binding PPR proteins. Our finding facilitates the use of PPR motif on “genome editing” (DNA manipulation) and “transcriptome editing” (RNA manipulation). We would like to show our recent progress and future perspective for the PPR protein engineering for genome and transcriptome editing.

  • PPRモチーフを利用したカスタムDNA/RNA結合タンパク質の設計とゲノム編集での利用 招待

    中村 崇裕

    第6回Molecular Cardiovascular Conference II  2015年9月 

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    開催年月日: 2015年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:福岡   国名:日本国  

    近年、設計可能な人工ヌクレアーゼなどを用いて、ゲノム中の特定の遺伝子を破壊したり、外来遺伝子を狙った位置に導入する「ゲノム編集」技術が確立し、先天的な疾患に関連する遺伝子の改変などの応用展開が期待されている。しかし、ゲノム編集の基幹技術は全て海外で特許化されており、かつ特許権の帰属が複雑なため、国産のゲノム編集技術の確立が望まれる。 一方、ゲノムプロジェクトによって、多様な選択的スプライシングや膨大な量の蛋白質非コードRNAが発見され、ゲノム情報の発現におけるRNAの生物学的重要性が再認識された。RNA段階の制御と様々な後天的な疾患との関連が示唆されている。しかし、ゲノム編集と対となるようなRNA操作技術は確立されていない。 植物に多く含まれるPPR (pentatricopeptide repeat) 蛋白質は、35アミノ酸からなるPPRモチーフの連続で構成され、配列特異的なRNAまたはDNA結合蛋白質として働く。我々は、1つのPPRモチーフが1つの塩基に対応すること、結合塩基がモチーフ中の3箇所のアミノ酸によりコード化できること、DNAおよびRNA結合型PPRモチーフが同じ動作原理で核酸を認識すること、を見いだした。すなわち、PPRモチーフをモジュール化・集積することで、RNAとDNAの両方について、特定の配列に結合する蛋白質分子を設計することができる。本講演では、現存のゲノム編集技術、および純国産のDNA/RNA結合モジュールであるPPRモチーフについて、開発の現状と可能性について紹介します。

  • PPRタンパク質を利用したDNA/RNA操作技術の開発 招待

    中村 崇裕

    第5回合成生物学シンポジウム  2015年8月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:神戸   国名:日本国  

    様々な生物のゲノム配列情報が明らかになり、ゲノム機能の解明などの従来の還元的な生物学に加えて、新しい生命システムの構築などの構成的な生物学が加速しつつある。このため、数十億塩基対から構成されるゲノム中の目的の1つの遺伝子、もしくはゲノムから転写される目的の1つのRNAを特異的に操作・改変する技術が求められている。最近、設計可能な人工ヌクレアーゼなどを用いた革新的なDNA操作技術であるゲノム編集が確立し、ゲノム中の特定の遺伝子の破壊や外来遺伝子の狙った位置への導入が可能になり、その利用が大きく期待されているが、その基本技術は全て海外で特許化されており、産業利用を視野に入れた独自の国産技術の確立が望まれる。一方、生物の複雑さや種の独自性に、多様な選択的スプライシングや非常に多くの蛋白質非コードRNAが大きく関わることが示唆されているが、ゲノム編集と対となるような汎用的なRNA操作技術は確立されていない。 我々は植物に多く含まれるPPRタンパク質を材料に、DNAおよびRNAそれぞれの操作技術の開発を行っている。PPRタンパク質は、35アミノ酸からなるPPRモチーフの連続で構成され、配列特異的なRNAまたはDNA結合蛋白質として働く。我々は、PPRタンパク質のDNA/RNA認識コードを解明し、特定の配列に結合する人工のDNA結合タンパク質およびRNA結合タンパク質、それぞれを設計するための基礎知的基盤を確立した。本シンポジウムでは、既存のゲノム編集技術、およびPPRタンパク質を利用したRNA/DNA操作技術の開発の現状と可能性について紹介します。

  • PPR Motifs and Their Engineering 招待 国際会議

    Takahiro Nakamura

    Gordon Research Conference, Reengineering Photosynthetic Organelles  2015年1月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:Ventura, CA   国名:アメリカ合衆国  

  • PPRタンパク質を用いたゲノム編集技術開発 招待

    中村 崇裕

    植物ゲノム編集ワークショップ  2014年11月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:倉敷   国名:日本国  

  • ゲノム編集と新しいDNA/RNA結合モジュール、PPRモチーフ 招待

    中村 崇裕

    第51回 化学関連支部合同九州大会  2014年6月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:小倉   国名:日本国  

  • ゲノム編集と新しいDNA/RNA結合モジュール、PPRモチーフ 招待

    中村 崇裕

    第32回 日本動物工学会 シンポジウム 「日本のバイオ医薬品開発を支える先端技術」  2014年6月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京   国名:日本国  

  • ゲノム編集の新しいDNA/RNA結合モジュール、PPRモチーフ 招待

    中村 崇裕

    ゲノム編集ワークショップ「ゲノム編集の現状と可能性」  2014年5月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:福岡   国名:日本国  

  • PPR motif: オルガネラ研究からRNA/DNA操作ツールの開発へ 招待

    中村 崇裕, 八木祐介

    第55回日本植物生理学会年会  2014年3月 

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    開催年月日: 2014年3月

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:富山   国名:日本国  

  • ゲノム編集の現状、およびPPRを用いた国産技術開発の取組

    中村 崇裕

    植物バイオテク懇話会  2013年7月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:京都   国名:日本国  

  • 植物オルガネラの遺伝子発現に働くPPR蛋白質、そのRNA認識基盤 招待

    中村 崇裕

    「植物ミトコンドリア研究の新展開」、岡山大学資源植物科学研究所 共同利用・共同研究拠点ワークショップ  2013年1月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年1月

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:岡山   国名:日本国  

  • Molecular basis for the RNA recognition of the pentatricopeptide repeat (PPR) protein 招待 国際会議

    Takahiro Nakamura

    The 2nd Meeting on RNA and Biofunctions-Asia Study “RNA Biofunctions and Viruses”  2013年1月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年1月

    記述言語:英語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:Fukuoka   国名:日本国  

  • Molecular basis for the RNA recognition of the pentatricopeptide repeat protein 招待 国際会議

    Takahiro Nakamura

    Frontiers in Plant RNA research 2012  2012年10月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年10月

    記述言語:英語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:Sapporo   国名:日本国  

  • PPR蛋白質のRNA認識に機能するアミノ酸の解析

    小林啓子、久野恵三、川畑万寿代、松岡健、中村崇裕

    第55回日本植物生理学会年会  2012年3月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年3月

    会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:京都産業大学   国名:日本国  

  • Pentatricopeptide repeat (PPR) モチーフのRNA認識コード

    八木 祐介、林晋平、小林 啓子、平山隆志、中村崇裕

    第55回日本植物生理学会年会  2012年3月 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年3月

    会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:京都産業大学   国名:日本国  

  • 任意のRNA配列に結合、切断する蛋白質の設計方法 招待

    中村崇裕

    JST主催・九州大学 新技術説明会  2012年1月 

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    開催年月日: 2012年1月

    会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:東京都千代田区、JST・東京本部別館   国名:日本国  

  • 植物で大きなファミリーを形成するPPR蛋白質の配列特異的なRNA認識メカニズムとその利用 招待

    中村 崇裕

    東京理科大学 総合研究機構、RNA科学総合研究センター 公開シンポジウム「RNA科学の現状と将来」  2012年6月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  • 植物ミトコンドリア遺伝子発現の分子基盤解明と育種への応用 招待

    中村 崇裕

    日本育種学会  2012年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:京都   国名:日本国  

  • 植物オルガネラ遺伝子発現を司るPPR蛋白質、そのRNA認識の分子基盤 招待

    中村 崇裕

    国立遺伝学研究所 研究集会 「生殖とオルガネラ:細胞質における遺伝情報の次世代への伝達・分配」  2012年12月 

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    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

    開催地:三島   国名:日本国  

  • ゲノム編集と植物育種における現状 招待

    中村 崇裕

    九州農業研究発表会  2014年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:福岡   国名:日本国  

  • ゲノム編集の概念と技術の現状 招待

    中村 崇裕

    平成26年度日本水産学会秋季大会 ミニシンポジウム 水産物におけるゲノム編集の現状と展望  2014年9月 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:福岡   国名:日本国  

  • PPR motif as a new RNA/DNA binding module for genome editing 招待 国際会議

    Takahiro Nakamura

    JAACT2014 Symposium  2014年11月 

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    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:Kokura, Kita-kyushu   国名:日本国  

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産業財産権

特許権   出願件数: 14件   登録件数: 4件
実用新案権   出願件数: 0件   登録件数: 0件
意匠権   出願件数: 0件   登録件数: 0件
商標権   出願件数: 0件   登録件数: 0件

所属学協会

  • 日本植物生理学会

  • 農芸化学会

  • ゲノム編集学会

委員歴

  • 日本農芸化学会西日本支部   参与   国内

    2021年4月 - 2024年3月   

  • ゲノム編集学会   将来計画委員会   国内

    2016年4月 - 2024年3月   

学術貢献活動

  • 学術論文等の審査

    役割:査読

    2023年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:5

  • 日本学術振興会・科学研究費助成事業・審査員

    役割:審査・評価

    2022年4月 - 2025年3月

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    種別:審査・学術的助言 

  • 学術論文等の審査

    役割:査読

    2022年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:4

  • 大会長

    日本ゲノム編集学会・第6回大会  ( 九州大学馬出キャンパス ) 2021年6月

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    種別:大会・シンポジウム等 

    参加者数:100

  • JST・未来社会創業事業/評価委員

    役割:審査・評価

    2021年4月 - 2026年3月

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    種別:審査・学術的助言 

  • 戦略的創造研究推進事業(社会技術研究開発)「ゲノム倫理」研究会研究会会員

    役割:審査・評価

    JST  2021年3月 - 2025年3月

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    種別:審査・学術的助言 

  • 学術論文等の審査

    役割:査読

    2021年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:8

  • JST未来創造事業 研究開発運営会議委員

    役割:審査・評価

    JST  2020年6月 - 2025年3月

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    種別:審査・学術的助言 

  • 学術論文等の審査

    役割:査読

    2020年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:3

  • 学術論文等の審査

    役割:査読

    2019年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:6

  • 学術論文等の審査

    役割:査読

    2018年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:10

  • 学術論文等の審査

    役割:査読

    2017年

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    種別:査読等 

    外国語雑誌 査読論文数:7

  • 特許出願技術動向調査—ゲノム編集及び遺伝子治療関連技術—、有識者委員

    役割:審査・評価

    特許庁  2016年4月 - 2017年3月

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    種別:審査・学術的助言 

  • Organizer 国際学術貢献

    JAACT2014, Symposiumm "Impact of genome editing technologies on animal cell engineering"  ( Kokura, Kitashushu Japan ) 2014年11月

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    種別:大会・シンポジウム等 

    参加者数:200

  • オーガナイザー

    第55回日本植物生理学会シンポジウム「植物の個体制御におけるRNA機能」  ( 富山 ) 2014年3月

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    種別:大会・シンポジウム等 

    参加者数:200

  • オーガナイザー

    「植物ミトコンドリア研究の新展開」、岡山大学資源植物科学研究所 共同利用・共同研究拠点ワークショップ  ( 岡山 ) 2013年1月

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    種別:大会・シンポジウム等 

    参加者数:100

  • 「イノベーション創出基礎的研究推進事業」書類審査専門委員

    役割:審査・評価

    (独)農業・食品産業技術総合研究機構 生物系特定産業技術研究支援センター  2011年4月 - 2012年3月

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    種別:審査・学術的助言 

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共同研究・競争的資金等の研究課題

  • PPRタンパク質を利用したトランスクリプトーム編集技術の開発

    研究課題/領域番号:23K23874  2024年4月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    中村 崇裕

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    資金種別:科研費

    ポスト・ゲノム(DNA)編集として、RNAを操作するトランスクリプトーム編集が注目され始めている。我々の研究室では、PPR(Pentatricopeptide Repeat)タンパク質のRNA認識機構を解明し、任意の配列に結合する人工RNA結合タンパク質の設計、トランスクリプトーム編集への利用、医療応用を進めている。本申請では未だ技術的に未成熟な「翻訳制御」に着目し、同技術の動物培養細胞、動物個体への適用を進めることによって医療応用にむけたProof-of-conceptを獲得するとともに、これまでの研究で示唆された未知の翻訳開始機構の解明に取り組む。

    CiNii Research

  • グアユールのゴム生産向上に向けた農業技術研究

    2022年7月 - 2024年12月

    共同研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • ゲノム編集産業化プラットフォーム構築に関する業務委託

    2022年4月 - 2025年3月

    受託研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • PPRタンパク質を利用したトランスクリプトーム編集技術の開発

    研究課題/領域番号:22H02611  2022年 - 2024年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    中村 崇裕

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    担当区分:研究代表者  資金種別:科研費

    ポスト・ゲノム(DNA)編集として、RNAを操作するトランスクリプトーム編集が注目され始めている。本研究では、PPRタンパク質を利用したトランスクリプトーム編集への利用、医療応用を進める。特に、「翻訳制御」に着目し、これまでの研究で示唆された未知の翻訳開始機構の解明、医療応用にむけたProof-of-conceptの獲得、に取り組む。

    CiNii Research

  • バイオDX産学共創拠点

    2022年 - 2024年

    COI-NEXT

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    担当区分:研究分担者  資金種別:受託研究

  • ゲノム編集産業利用の実証プラットフォームの構築

    2021年10月 - 2022年3月

    受託研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • バイオ医薬品生産細胞構築の統合アニマルセル・エンジニアリングシステムの開発

    研究課題/領域番号:20H00322  2020年 - 2023年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    上平 正道, 西島 謙一, 中村 崇裕, 河邉 佳典, 花井 泰三

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    担当区分:研究分担者  資金種別:科研費

    これまで開発したバイオ医薬品や細胞医薬品生産のための機能細胞作製技術をベースとして、細胞デザイン、遺伝子回路の設計・作製、細胞加工、細胞選別・増幅、機能評価、評価結果に基づいた改良サイクルへのフィードバックから構成されるセル・エンジニアリングサイクルによって、システム化された動物細胞の機能改変技術を確立する。新たなセル・エンジニアリング技術として、デザインされたホスト細胞の開発、人工遺伝子発現制御システムの開発、人工染色体を使ったトランスジェニックニワトリ作製、トランスジェニックニワトリ作製のための初期胚操作技術の開発に取り組み、これらを応用したバイオ医薬品生産を検討する

    CiNii Research

  • 新規ゲノム工学技術の開発

    2019年4月 - 2025年3月

    共同研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • 高活性型PPRヌクレアーゼの開発

    2017年4月 - 2021年3月

    共同研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • ゲノム編集による革新的な有用細胞・生物作成技術の創出

    2016年 - 2020年

    JST-OPERA

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    担当区分:研究分担者  資金種別:受託研究

  • DNA結合型PPRタンパク質の体系的な解析

    研究課題/領域番号:16H05067  2016年 - 2018年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

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    担当区分:研究代表者  資金種別:科研費

  • PPR技術の免疫化学療法への適用に関する研究

    2015年12月 - 2019年3月

    共同研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • PPRタンパク質を利用した次世代型ゲノム編集技術の研究用試薬を目的とした開発に関する共同研究

    2015年4月 - 2017年3月

    共同研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • PPRモチーフを利用したカスタムRNA結合蛋白質の研究用試薬を目的とした開発

    2014年8月 - 2016年8月

    共同研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • CHO細胞の性能向上のためのゲノム編集技術の開発:ゲノム編集技術を用いたCHO細胞のRNA操作技術の開発

    2014年8月 - 2015年2月

    受託研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • ゲノム編集技術と開花促進技術の基盤技術の確立と高度化

    2014年 - 2018年

    SIP(戦略的イノベーション創造プログラム)

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    担当区分:研究分担者  資金種別:受託研究

  • 植物の共生オルガネラ制御におけるPPRシステムの解析

    研究課題/領域番号:26117718  2014年 - 2015年

    日本学術振興会・文部科学省  科学研究費助成事業  新学術領域研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:科研費

  • PPRコードを利用した細胞質雄性不稔の稔性回復因子の同定と創成

    研究課題/領域番号:25293319  2013年 - 2015年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

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    担当区分:研究代表者  資金種別:科研費

  • RNA編集を利用した植物ミトコンドリア遺伝子解析手法の確立

    研究課題/領域番号:25660296  2013年 - 2014年

    科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:科研費

  • PPRモチーフをRNA結合モジュールに用いたトランスクリプトーム編集技術の開発

    2013年

    P&P 「ゲノム・エピゲノム研究拠点形成」

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    担当区分:研究代表者  資金種別:学内資金・基金等

  • RNA編集を利用したミトコンドリア点変異株の収集と解析

    2012年 - 2013年

    科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:科研費

  • 種特異的なPPR蛋白質によるオルガネラ制御機構の解析

    2012年 - 2013年

    日本学術振興会・文部科学省  科学研究費助成事業  新学術領域研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:科研費

  • PPRモチーフを利用したカスタムRNA結合蛋白質の設計

    2012年 - 2013年

    科学技術新興機構・研究成果展開事業 研究成果最適展開支援プログラムA-STEP

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    担当区分:研究代表者  資金種別:受託研究

  • ライフサイエンス研究奨励/ゲノム編集の新しい核酸結合モジュールとしてのPPR蛋白質に関する研究

    2012年

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    資金種別:寄附金

  • ゲノム編集技術の新しい核酸結合モジュールとしてのPPR蛋白質に関する研究

    2012年

    P&P平成23~25年度・Aタイプ 「ゲノム・エピゲノム研究拠点形成」

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    担当区分:研究代表者  資金種別:学内資金・基金等

  • ダイコンの雄性不稔回復遺伝子の機能

    2011年4月 - 2012年3月

    共同研究

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    担当区分:研究代表者  資金種別:その他産学連携による資金

  • 植物オルガネラ遺伝情報を維持・制御するPPR蛋白質のRNA認識コードの網羅的解析

    研究課題/領域番号:22681028  2010年 - 2012年

    科学研究費助成事業  若手研究(A)

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    担当区分:研究代表者  資金種別:科研費

  • ダイコンの雄性不稔・稔性回復システムの分子機構とその多様性形成メカニズムの解明

    研究課題/領域番号:22380008  2010年 - 2012年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

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    担当区分:研究分担者  資金種別:科研費

  • 植物ミトコンドリア遺伝子発現の分子基盤解明と育種への応用

    2009年 - 2011年

    イノベーション創出基礎的研究推進事業(技術シーズ開発型、若手研究者育成枠)

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    担当区分:研究代表者  資金種別:受託研究

  • 食シグナルバイオロジーに支援された植物サイエンスの拠点形成

    2007年 - 2011年

    SSPにかかる経費

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    担当区分:研究代表者  資金種別:学内資金・基金等

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教育活動概要

  • (大学院)
    生物機能分子化学
    (基幹教育)
    分子生物学
    (国際コース)
    Molecular Biology

担当授業科目

  • Molecular Biosciences

    2024年4月 - 2024年9月   前期

  • 分子生物学

    2024年4月 - 2024年9月   前期

  • IUP Molecular Biology

    2024年4月 - 2024年6月   春学期

  • Molecular Biosciences

    2023年4月 - 2023年9月   前期

  • 分子生物学

    2023年4月 - 2023年9月   前期

  • G30 Molecular Biology

    2023年4月 - 2023年9月   前期

  • 分子生物学

    2022年4月 - 2022年9月   前期

  • Molecular Biosciences

    2022年4月 - 2022年9月   前期

  • G30 Molecular Biology

    2022年4月 - 2022年9月   前期

  • 分子生物学

    2021年4月 - 2021年9月   前期

  • G30 Molecular Biology

    2021年4月 - 2021年9月   前期

  • Molecular Biosciences

    2021年4月 - 2021年9月   前期

  • 生物機能分子化学Ⅰ

    2021年4月 - 2021年9月   前期

  • G30 Molecular Biology

    2020年4月 - 2020年9月   前期

  • 特別講義科目「Challenges in agricultural science and technology of plants」

    2020年4月 - 2020年9月   前期

  • 生物機能分子化学Ⅰ

    2020年4月 - 2020年9月   前期

  • Molecular Bioscience

    2020年4月 - 2020年9月   前期

  • 理系ディシプリン科目「分子生物学」

    2020年4月 - 2020年9月   前期

  • 理系ディシプリン科目「分子生物学」

    2019年4月 - 2019年9月   前期

  • G30 Molecular Biology

    2019年4月 - 2019年9月   前期

  • Molecular Bioscience

    2018年4月 - 2018年9月   前期

  • 理系ディシプリン科目「分子生物学」

    2018年4月 - 2018年9月   前期

  • G30 Molecular Biology

    2018年4月 - 2018年9月   前期

  • 生物機能分子化学Ⅰ

    2018年4月 - 2018年9月   前期

  • 遺伝子組換え生物の利用と制御

    2017年10月 - 2018年3月   後期

  • アカデミックフロンティア

    2017年4月 - 2017年9月   前期

  • 遺伝子組換え生物の利用と制御

    2016年4月 - 2016年9月   前期

  • G30 Molecular Biology

    2016年4月 - 2016年9月   前期

  • 生物機能分子化学講座コア科目「蛋白質化学特論」

    2016年4月 - 2016年9月   前期

  • 理系ディシプリン科目「分子生物学」

    2016年4月 - 2016年9月   前期

  • 理系ディシプリン科目「分子生物学」

    2015年4月 - 2015年9月   前期

  • 生物機能分子化学講座コア科目「蛋白質化学特論」

    2015年4月 - 2015年9月   前期

  • 生物化学

    2014年10月 - 2015年3月   後期

  • 生物機能分子化学講座コア科目「蛋白質化学特論」

    2014年4月 - 2014年9月   前期

  • G30 Molecular Biology

    2014年4月 - 2014年9月   前期

  • 特別講義科目「Challenges in agricultural science and technology of plants」

    2013年4月 - 2013年9月   前期

  • G30 Molecular Biology

    2013年4月 - 2013年9月   前期

  • 生物産業創成学コース・生物産業創成学特論「植物バイオテクノロジーと産業」

    2011年10月 - 2012年3月   後期

  • 植物栄養学

    2011年4月 - 2011年9月   前期

  • 生物機能分子化学演習第一

    2024年10月 - 2025年3月   後期

  • 生物機能分子化学演習第二

    2024年10月 - 2025年3月   後期

  • Master's Thesis

    2024年4月 - 2025年3月   通年

  • 生物機能分子化学特別研究第二

    2024年4月 - 2025年3月   通年

  • 生物機能分子化学特別研究第一

    2024年4月 - 2025年3月   通年

  • 生物機能分子化学プロジェクト演習

    2024年4月 - 2025年3月   通年

  • 修士論文

    2024年4月 - 2025年3月   通年

  • Seminar in a Specified Field Ⅱ

    2024年4月 - 2025年3月   通年

  • Master's Thesis Research Ⅱ

    2024年4月 - 2025年3月   通年

  • 分子生物学

    2024年4月 - 2024年9月   前期

  • Molecular Biology Ⅰ

    2024年4月 - 2024年6月   春学期

  • 生物機能分子化学Ⅰ(E科目)

    2024年4月 - 2024年6月   春学期

  • 生物機能分子化学Ⅰ(国際コース)

    2024年4月 - 2024年6月   春学期

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FD参加状況

  • 2025年1月   役割:参加   名称:DX化によって広がる研究の可能性

    主催組織:部局

  • 2024年12月   役割:講演   名称:競争的資金獲得に向けた農学研究院等FD

    主催組織:部局

  • 2024年12月   役割:参加   名称:性の多様性を考える研修会

    主催組織:全学

  • 2024年9月   役割:参加   名称:薬物依存対策研修会

    主催組織:全学

  • 2024年9月   役割:参加   名称:共創学部—その新しい取り組みと展望

    主催組織:全学

  • 2024年5月   役割:参加   名称:学部国際コース(IUP)の現状と Dual-Degree Programの運営について

    主催組織:部局

  • 2022年1月   役割:参加   名称:国費特別プログラム「未来の農を 描くビジョンデザイン実践プログラム」実施に向けて

    主催組織:部局

  • 2021年11月   役割:参加   名称:「人を対象とする生命科学・医学系研究に関する倫理指針」について

    主催組織:部局

  • 2021年7月   役割:参加   名称:科研費を獲りにいこう! 科研費獲得の技術と工夫

    主催組織:部局

  • 2020年9月   役割:参加   名称:科研費を獲りにいこう! 勝ち抜く気合と技術

    主催組織:部局

  • 2020年6月   役割:参加   名称:九州大学はどのような教育を目指していくのか         -教学マネジメント枠組みに則した教員活動評価に向けてー

    主催組織:部局

  • 2019年5月   役割:参加   名称:優良な博士人材の獲得と育成に向けて

    主催組織:部局

  • 2014年11月   役割:参加   名称:平成25年度博士課程教育リーディングプログラム「持続可能な社会を 開く決断科学大学院プログラム」について

    主催組織:部局

  • 2014年7月   役割:参加   名称:ハラスメント防止の要点

    主催組織:部局

  • 2014年3月   役割:参加   名称:第7回農学研究院FD

    主催組織:部局

  • 2013年11月   役割:参加   名称:JSPSグローバル人材育成推進事業(特色型)        ”国際的視野を持ったアグリバイオリーダーの育成” 事業について          -九大で農学を英語で学び、海外でアグリバイオを学ぶ-

    主催組織:部局

  • 2012年4月   役割:参加   名称:新任教員の研修

    主催組織:全学

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他大学・他機関等の客員・兼任・非常勤講師等

  • 2023年  広島大学  区分:集中講義  国内外の区分:国内 

  • 2017年  大阪府立大学 応用生命科学特別講義  区分:非常勤講師  国内外の区分:国内 

    学期、曜日時限または期間:集中講義

  • 2016年  大阪府立大学大学院生命環境科学研究科  区分:非常勤講師  国内外の区分:国内 

    学期、曜日時限または期間:2016年9月20日、11月26日

  • 2015年  大阪府立大学大学院生命環境科学研究科  区分:非常勤講師  国内外の区分:国内 

    学期、曜日時限または期間:平成27年 8月12日 ~ 平成27年 8月13日

社会貢献活動

  • ゲノム編集実証ラボの開設

    福岡バイオコミュニティ  久留米リサーチパーク   2022年10月

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    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:その他

    福岡バイオコミュニティ事業のもと、ゲノム編集の産業利用の加速を目的とした「ゲノム編集実証ラボ」を開設

  • 「九州大学学術研究都市」セミナーにて、「PPRタンパク質を利用したDNA/RNA編集技術の開発」について公演

    OPACK  東京  2019年11月

     詳細を見る

    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:講演会

  • 国際医薬品開発展・PPR技術で創るDNA/RNA編集技術

    国際医薬品開発展  東京ビッグサイト  2019年3月

     詳細を見る

    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:その他

  • 福岡県青少年科学館企画「これが福岡のサイエンスマンたちだ!」

    福岡県新産業振興課  2018年3月

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    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:その他

  • BioJapan主催者セミナー:Genome/Transcriptome Editing technologies, based on PPR protein engineering

    経産省  東京  2017年9月

     詳細を見る

    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:その他

  • Innovation Japan:DNA、RNAの両方を操作する第四世代ゲノム編集技術

    JST  東京  2017年8月

     詳細を見る

    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:その他

  • 日経バイオテク プロフェッショナルセミナー ゲノム編集が生み出す新ビジネス

    日経バイオテク  東京  2017年7月

     詳細を見る

    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:セミナー・ワークショップ

  • 次世代バイオ産業創出研究会「第4世代ゲノム編集技術 」

    久留米リサーチネットワーク  2017年4月

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    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:セミナー・ワークショップ

  • 「知の集積と活用の場」九州プラットフォーム「核酸結合型PPRタンパク質モジュールの強みとゲノム編集が切り拓く未来」

    Joint-IFF  2016年7月

     詳細を見る

    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:講演会

  • 九州キャリアイベント「研究者になろうと思った経緯、その後」

    リバネス  2016年7月

     詳細を見る

    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:講演会

  • システム生命科学 夏の学校、として高校教員向けに、ゲノム編集について講演

    九州大学 農学研究院  福岡  2015年6月

     詳細を見る

    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:講演会

  • PPR技術の産業化を目的としたベンチャー、EditForce株式会社、の設立

    EditForce株式会社  2015年5月

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    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:その他

    PPR技術の医療、農業、工業への応用を目的としたベンチャー企業を設立した

  • 九州大学テクノロジーフォーラムにて「PPRタンパク質を利用した次世代型ゲノム編集技術」として、産学連携を趣旨に講演

    九州大学  東京  2014年12月

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    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:セミナー・ワークショップ

  • サイエンスカフェ「モノ作りを支える植物細胞内の小さな工場」

    農芸化学会  福岡  2013年11月

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    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:講演会

  • アグリビジネス創出フェア 「PPRモチーフを核酸結合モジュールに用いた国産ゲノム編集技術の開発」

    農林水産省  東京  2013年10月

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    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:その他

  • 共進化社会創成拠点フォーラム 「PPRモチーフを用いた純国産ゲノム編集・トランスクリプトーム編集技術の開発」

    九州大学  東京  2013年3月

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    対象:社会人・一般, 学術団体, 企業, 市民団体, 行政機関

    種別:講演会

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メディア報道

  • 福岡をバイオの一大集積地に 新聞・雑誌

    化学工業日報  2022年12月

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    福岡をバイオの一大集積地に

  • ゲノム編集清貧 実用支援 新聞・雑誌

    化学工業日報  2022年11月

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    ゲノム編集清貧 実用支援

  • ゲノム編集実用化「橋渡し」 新聞・雑誌

    読売新聞  2022年11月

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    ゲノム編集実用化「橋渡し」

  • ゲノム編集活用へラボ開設 新聞・雑誌

    読売新聞  2022年10月

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    ゲノム編集活用へラボ開設

  • 遺伝子を自在に操作「ゲノム編集」の研究拠点が久留米に開設 テレビ・ラジオ番組

    NHK  2022年10月

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    遺伝子を自在に操作「ゲノム編集」の研究拠点が久留米に開設

  • 久留米市に「ゲノム編集」実証ラボ開設 テレビ・ラジオ番組

    テレビ西日本  2022年10月

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    久留米市に「ゲノム編集」実証ラボ開設

  • ゲノム編集産業化ネットワーク、編集技術の産業利用を後押し 新聞・雑誌

    日経バイオテク  2022年1月

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    ゲノム編集産業化ネットワーク、編集技術の産業利用を後押し

  • 国産化ゲノム編集技術、注目のPPRたんぱく質 新聞・雑誌

    化学工業日報  2020年10月

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    国産化ゲノム編集技術、注目のPPRたんぱく質

  • Focalpointにて技術の紹介 新聞・雑誌

    Nature  2019年10月

     詳細を見る

    Focalpointにて技術の紹介

  • 大学発ベンチャー表彰2019の受賞企業特集 新聞・雑誌

    産学官連携ジャーナル  2019年10月

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    大学発ベンチャー表彰2019の受賞企業特集

  • 遺伝子編集技術をもつ企業として大学初ベンチャーが紹介 新聞・雑誌

    日刊工業新聞  2019年7月

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    遺伝子編集技術をもつ企業として大学初ベンチャーが紹介

  • 解禁・ゲノム編集(4) いでよ国産技術 新聞・雑誌

    日本経済新聞  2019年3月

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    解禁・ゲノム編集(4) いでよ国産技術

  • 日本初の新規DNA/RNA操作技術の開発 新聞・雑誌

    産学官連携ジャーナル  2019年2月

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    日本初の新規DNA/RNA操作技術の開発

  • 日本発ゲノム編集ツールPPRは原核生物にも存在 新聞・雑誌

    日経バイオテクONLINE  2018年10月

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    日本発ゲノム編集ツールPPRは原核生物にも存在

  • ゲノム上書き、病をデリート(バイオ医療NEXT) 新聞・雑誌

    日経産業新聞  2018年10月

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    ゲノム上書き、病をデリート(バイオ医療NEXT)

  • 新バイオ技術始動 新聞・雑誌

    読売新聞  2017年8月

     詳細を見る

    新バイオ技術始動

  • ゲノム編集 日本出遅れ。九州大学が新しいゲノム編集技術を開発。 新聞・雑誌

    日本経済新聞  2017年4月

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    ゲノム編集 日本出遅れ。九州大学が新しいゲノム編集技術を開発。

  • 九大発VC 3億円調達へ、ゲノム編集を商業利用へ 新聞・雑誌

    2017年4月

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    九大発VC 3億円調達へ、ゲノム編集を商業利用へ

  • ゲノム編集 RNAに照準 新聞・雑誌

    日本経済産業新聞  2016年10月

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    ゲノム編集 RNAに照準

  • 第4世代のゲノム編集技術が招く新世界 新聞・雑誌

    日経バイオテクONLINE  2016年6月

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    第4世代のゲノム編集技術が招く新世界

  • 九州大学発 独自のDNA、RNA操作技術 新聞・雑誌

    Forbes Japan  2016年5月

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    九州大学発 独自のDNA、RNA操作技術

  • ゲノム編集 新聞・雑誌

    日本経済新聞  2016年1月

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    ゲノム編集

  • わが国初のゲノム編集ベンチャーの設立 新聞・雑誌

    日本経済新聞  2015年12月

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    わが国初のゲノム編集ベンチャーの設立

  • 我が国の第4世代のゲノム編集技術 新聞・雑誌

    日経バイオテク  2015年9月

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    我が国の第4世代のゲノム編集技術

  • ゲノム編集新世紀 新聞・雑誌

    日経バイオテク  2015年5月

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    ゲノム編集新世紀

  • 遺伝子の編集技術の確立 テレビ・ラジオ番組

    NHK  2013年4月

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    遺伝子の編集技術の確立

  • 九⼤と広⼤、DNA結合型PPRたんぱく質の特許を出願、ゲノム編集の国産技術開発へ 新聞・雑誌

    日経バイオテクonline  2013年4月

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    九⼤と広⼤、DNA結合型PPRたんぱく質の特許を出願、ゲノム編集の国産技術開発へ

  • PPRたんぱく質、RNA・DNA認識コード解明 新聞・雑誌

    日刊工業新聞  2013年4月

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    PPRたんぱく質、RNA・DNA認識コード解明

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政策形成、学術振興等への寄与活動

  • 2020年4月 - 2021年3月   国立国会図書館

    ゲノム編集の技術と影響、に関するレクチャー、執筆

  • 2019年5月 - 2024年3月   JST-RISTEX

    ゲノム倫理研究会 メンバー

  • 2018年6月 - 2018年12月   環境省

    カルタヘナ法におけるゲノム編集技術等検討会 専門委員

  • 2016年6月 - 2016年12月  

    平成28年度特許出願技術動向調査「ゲノム編集及び遺伝子治療関連技術」 専門委員

  • 2016年1月 - 2016年3月  

    経済産業省商務情報政策局生物化学産業化 研究開発事業にかかる第三者審査委員会

外国人研究者等の受け入れ状況

  • 受入れ期間: 2022年10月 - 2023年6月   (期間):1ヶ月以上

    国籍:インド

    専業主体:科学技術振興機構

海外渡航歴

  • 2019年10月

    滞在国名1:スペイン   滞在機関名1:International convention center, Barcelona

  • 2015年1月

    滞在国名1:アメリカ合衆国   滞在機関名1:Ventura, CA

学内運営に関わる各種委員・役職等

  • 2024年4月 - 2025年3月   研究院 生物機能分子化学・講座長、コース長

  • 2023年4月 - 2025年3月   研究院 広報委員会

  • 2022年4月 - 2026年3月   センター 植物フロンティア研究センター・センター長

  • 2022年4月 - 2025年3月   全学 未来社会デザイン統括本部サブユニットリーダー

  • 2021年4月 - 2025年3月   研究院 研究院長補佐

  • 2021年4月 - 2022年3月   研究院 生物機能分子化学・講座長、コース長

  • 2019年4月 - 2021年3月   全学 情報基盤研究開発センター 全国共同利用運営委員

  • 2018年4月 - 2022年3月   センター 植物フロンティア研究センター・副センター長

  • 2014年4月 - 2016年3月   全学 農学研究院 紀要・学芸雑誌編集委員会

  • 2012年5月 - 2018年3月   センター 生物環境調節センター運営委員会

  • 2012年4月 - 2020年3月   研究院 研究戦略委員会

  • その他 植物フロンティア研究センター長

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