Structural Insight Into the Recognition of Pathogen-Derived Phosphoglycolipids by C-type Lectin Receptor DCAR 査読 国際誌

Zakaria Omahdi, #Yuto Horikawa, Masamichi Nagae, Kenji Toyonaga, Akihiro Imamura, Koichi Takato, Takamasa Teramoto, Hideharu Ishida, Yoshimitsu Kakuta, Sho Yamasaki

The Journal of Biological Chemistry   2020年3月

Structural basis for the broad substrate specificity of the human tyrosylprotein sulfotransferase-1. 査読 国際誌

Tanaka S, Nishiyori T, Kojo H, Otsubo R, Tsuruta M, Kurogi K, Liu MC, Suiko M, Sakakibara Y, Kakuta Y

Scientific Reports   2017年8月

A rationally engineered yeast pyruvyltransferase Pvg1p introduces sialylation-like properties in neo-human-type complex oligosaccharide. 査読 国際誌

Yujiro Higuchi, Yoshinaga S, Tateno H, Hirabaysshi J, Nakakita S, Kenakiyo M, Kakuta Y, Takegawa K

Scientific Reports   ( 6 )   2016年5月

The crystal structure of novel chondroitin lyase ODV-E66, a baculovirus envelope protein 査読 国際誌

Kawaguchi Y, Sugiura N, Kimata K, Kimura M, Kakuta Y

FEBS Letters   2013年12月

Crystal structure of human tyrosylprotein sulfotransferase-2 reveals the mechanism of protein tyrosine sulfation reaction 査読 国際誌

Teramoto T, Fujikawa Y, Kawaguchi Y, Kurogi K, Soejima M, Adachi R, Nakanishi Y, Mishiro-Sato E, Liu MC, Sakakibara Y, Suiko M, Kimura M, Kakuta Y

Nature Communications   2013年3月

Glucuronyltransferase activity of KfiC from Escherichia coli strain K5 requires association of KfiA: KfiC and KfiA are essential enzymes for production of K5 polysaccharide, N-acetylheparosan. 査読 国際誌

Sugiura N, Baba Y, Kawaguchi Y, Iwatani T, Suzuki K, Kusakabe T, Yamagishi K, Kimata K, Kakuta Y, Watanabe H.

The Journal of Biological Chemistry   285 ( 3 )   2010年1月

On the similar spatial arrangement of active site residues in PAPS-dependent and phenolic sulfate-utilizing sulfotransferases. 査読 国際誌

Teramoto T, Adachi R, Sakakibara Y, Liu MC, Suiko M, Kimura M, Kakuta Y.

FEBS Lett.   2009年9月

Snapshot of a Michaelis complex in a sulfuryl transfer reaction: Crystal structure of a mouse sulfotransferase, mSULT1D1, complexed with donor substrate and accepter substrate. 査読 国際誌

Teramoto T, Sakakibara Y, Liu MC, Suiko M, Kimura M, Kakuta Y.

Biochem Biophys Res Commun.   2009年5月

Structural basis for the broad range substrate specificity of a novel mouse cytosolic sulfotransferase--mSULT1D1. 査読 国際誌

Teramoto T, Sakakibara Y, Liu MC, Suiko M, Kimura M, Kakuta Y.

Biochem Biophys Res Commun.   2009年1月

Crystal structure of chondroitin polymerase from Escherichia coli K4. 査読 国際誌

Osawa T, Sugiura N, Shimada H, Hirooka R, Tsuji A, Shirakawa T, Fukuyama K, Kimura M, Kimata K, Kakuta Y.

Biochem Biophys Res Commun.   2009年1月

Crystal structure of archaeal toxin-antitoxin RelE-RelB complex with implications for toxin activity and antitoxin effects. 査読 国際誌

Takagi H, Kakuta Y, Okada T, Yao M, Tanaka I, Kimura M.

Nature structural & molecular biology   12 ( 4 )   327 - 331   2005年4月

Crystal structure of the alginate (poly alpha-l-guluronate) lyase from Corynebacterium sp. at 1.2 A resolution. 査読 国際誌

Osawa T, Matsubara Y, Muramatsu T, Kimura M, Kakuta Y.

The Journal of Molecular Biology   345 ( 5 )   1111 - 1118   2005年2月

The crystal structure of exonuclease RecJ bound to Mn2+ ion suggests how its characteristic motifs are involved in exonuclease activity. 査読 国際誌

Yamagata A., Kakuta Y., Masui R., Fukuyama K.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.   2002年4月

Crystal structure of sulfotransferase domain of human heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotransferase 1. 査読 国際誌

Kakuta, Y., Sueyoshi, T., Negishi, M., and Pedersen, L.C.

The Journal of Biological Chemistry   1999年1月

Conserved structural motifs of the sulfotransferase family. 査読 国際誌

Kakuta, Y., Pedersen, L.C., Pedersen, L.G., and Negishi, M.

Trends in Biochemical Sciences   1998年1月

Crystal structure of estrogen sulphotransferase. 査読 国際誌

Kakuta Y, Pedersen LG, Carter CW, Negishi M, Pedersen LC.

Nature structural biology   1997年11月

KIF22 regulates mitosis and proliferation of chondrocyte cells

Kawaue, H; Matsubara, T; Nagano, K; Ikedo, A; Rojasawasthien, T; Yoshimura, A; Nakatomi, C; Imai, Y; Kakuta, Y; Addison, WN; Kokabu, S

ISCIENCE   27 ( 7 )   110151   2024年7月   （ eISSN:2589-0042 ）

Crystal structure of activating sulfotransferase SgdX2 involved in biosynthesis of secondary metabolite sungeidine

Mori, T; Teramoto, T; Kakuta, Y

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   711   149891   2024年6月   （ ISSN:0006-291X eISSN:1090-2104 ）

Crystal structure of activating sulfotransferase SgdX2 involved in biosynthesis of secondary metabolite sungeidine 査読 国際誌

#Takahiro Mori, @Takamasa Teramoto, @Yoshimitsu Kakuta

Biochemical and Biophysical Research Communications   2024年4月

A new type of sulfation reaction: C-sulfonation for α,β-unsaturated carbonyl groups by a novel sulfotransferase SULT7A1

Kurogi, K; Sakakibara, Y; Hashiguchi, T; Kakuta, Y; Kanekiyo, M; Teramoto, T; Fukushima, T; Bamba, T; Matsumoto, J; Fukusaki, E; Kataoka, H; Suiko, M

PNAS NEXUS   3 ( 3 )   pgae097   2024年2月   （ eISSN:2752-6542 ）

Disassembly and reassembly of the non-conventional thermophilic C-phycocyanin 査読 国際誌

Hung Khac Nguyen, Takuo Minato, Takamasa Teramoto, Seiji Ogo, Yoshimitsu Kakuta, Ki-Seok Yoon

Journal of Bioscience and Bioengineering   2024年1月

Crystal structure of Arabidopsis thaliana sulfotransferase SOT16 involved in glucosinolate biosynthesis 査読 国際誌

#Yuka Iwamoto, @Seira Saito, @Takamasa Teramoto, @Akiko Maruyama-Nakashita, @Yoshimitsu Kakuta

Biochemical and Biophysical Research Communications   677   149 - 154   2023年10月

Crystal structure of adenosine 5'-phosphosulfate kinase isolated from Archaeoglobus fulgidus 査読 国際誌

#Tomoya Kawakami, @Takamasa Teramoto, @Yoshimitsu Kakuta

Biochemical and Biophysical Research Communications   643   105 - 110   2023年2月

The crystal structure of mouse SULT2A8 reveals the mechanism of 7α-hydroxyl, bile acid sulfation 査読 国際誌

562   15 - 20   2021年7月

Pentatricopeptide repeats of protein-only RNase P use a distinct mode to recognize conserved bases and structural elements of pre-tRNA 査読 国際誌

Takamasa Teramoto, Kipchumba J Kaitany, Yoshimitsu Kakuta, Makoto Kimura, Carol A Fierke, Traci M Tanaka Hall

Nucleic Acids Res   48 ( 21 )   11815 - 11826   2020年12月

Biochemical and structural characterization of a thermostable Dps protein with His-type ferroxidase centers and outer metal-binding sites 査読 国際誌

Minato, Takuo; Teramoto, Takamasa; Kakuta, Yoshimitsu; Ogo, Seiji; Yoon, Ki-Seok

FEBS Open Bio   2020年3月

Evaluation of the Influence of Halogenation on the Binding of Bisphenol A to the Estrogen-Related Receptor γ 査読 国際誌

2020年2月

Functional implication of archaeal homologues of human RNase P protein pair Pop5 and Rpp30. 査読 国際誌

Hamasaki M, Hazeyama K, Iwasaki F, Ueda T, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M

Journal of Biochemistry   159 ( 1 )   31 - 40   2016年1月

Mutation of the gene encoding the ribonuclease P RNA in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis causes decreased growth rate and impaired process. 査読 国際誌

Ueda T, Ishino S, Suematsu K, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M

Biochem Biophys Res Commun.   468 ( 4 )   660 - 665   2015年12月

Archaeal ribonuclease P proteins have potential for biotechnological applications where precise hybridization of nucleic acids is needed. 査読 国際誌

Miyanoshita M, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M

Biosci Biotechnol Biochem.   79 ( 12 )   2014 - 2017   2015年6月

On archaeal homologs of the human RNase P proteins Pop5 and Rpp30 in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis. 査読 国際誌

Suematsu K, Ueda T, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M

Biosci Biotechnol Biochem.   2015年2月

Enhancement of RNA annealing and strand displacement found in archaeal ribonuclease P proteins is conserved in Escherichia coli protein C5 and yeast protein Rpr2 査読 国際誌

Furutani T, Hazeyama K, Ueda T, Tomita S, Imai T, Gao X, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M

Biosci Biotechnol Biochem.   2014年10月

Characterization of putative toxin/antitoxin systems in Vibrio parahaemolyticus. 査読 国際誌

Hino M, Zhang J, Takagi H, Miyoshi T, UchiumiT, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M

J Appl Microbiol.   2014年9月

Pentatricopeptide repeat motifs in the processing enzyme PRORP1 in Arabidopsis thaliana play a crucial role in recognition of nucleotide bases at TψC loop in precursor tRNAs 査読 国際誌

2014年8月

Tamavidin 2-HOT, a highly thermostable biotin-binding protein 査読 国際誌

Takakura Y, Suzuki J, Oka N, Kakuta Y

Journal of Biotechnology   2014年1月

Characterization of the peripheral structures of archaeal RNase P RNA from Pyrococcus horikoshii OT3 査読 国際誌

Ueda T, Yamaguchi H, Miyanoshita M, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M

The Journal of Biochemistry   2014年1月

Extra-structural elements in the RNA recognition motif in archaeal Pop5 play a crucial role in the activation of RNase P RNA from Pyrococcus horikoshii OT3 査読 国際誌

Hazeyama K, Ishihara M, Ueda T, Nishimoto E, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M

Biochemical and Biophysical Research Communications   2013年11月

A distinct binding mode of archaeal ribonuclease P proteins to RNA 査読 国際誌

Ishihara M, Nishimoto E, Yamashita S, Kakuta Y, Kimura M

Biosci Biotechnol Biochem. 76(12):2335-7.   2012年12月

Single-molecular enzymatic elongation of hyaluronan polymers visualized by high-speed atomic force microscopy 査読 国際誌

Mori T, Hirose A, Hagiwara T, Ohtsuka M, Kakuta Y, Kimata K, Okahata Y

J Am Chem Soc. 134(50):20254-7.   2012年12月

The structural basis for a coordinated reaction catalyzed by a bifunctional glycosyltransferase in chondroitin biosynthesis. 査読 国際誌

Sobhany M, Kakuta Y, Sugiura N, Kimata K, Negishi M

J Biol Chem. 287(43):36022-8.   2012年10月

Structural basis for catalytic activity of a silkworm Delta-class glutathione transferase 査読 国際誌

Yamamoto K, Usuda K, Kakuta Y, Kimura M, Higashiura A, Nakagawa A, Aso Y, Suzuki M

Biochim Biophys Acta. 2012 Oct;1820(10):1469-74.   2012年10月

Loss-of-function mutation in bi-functional marine bacterial sialyltransferase 査読 国際誌

Kajiwara H, Katayama S, Kakuta Y, Okino N, Ito M, Mine T, Yamamoto T

Biosci Biotechnol Biochem. 2012;76(9):1639-44.   2012年9月

Crystal structure of the rice branching enzyme I (BEI) in complex with maltopentaose 査読 国際誌

Chaen K, Noguchi J, Omori T, Kakuta Y, Kimura M

Biochem Biophys Res Commun. 2012 424(3):508-11.   2012年8月

Kinetics of iterative carbohydrate transfer to polysaccharide catalyzed by chondroitin polymerase on a highly sensitive flow-type 27 MHz quartz-crystal microbalance 査読 国際誌

2012年6月

Thermodynamic analysis of a multifunctional RNA-binding protein, PhoRpp38, in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3. 査読 国際誌

Oshima K, Nakashima T, Kakuta Y, Tsumoto K, Kimura M

Biosci Biotechnol Biochem. 2012;76(6):1252-5.   2012年6月

Crystallization and X-ray diffraction analysis of chondroitin lyase from baculovirus: envelope protein ODV-E66. 査読 国際誌

Kawaguchi Y, Sugiura N, Onishi M, Kimata K, Kimura M, and Kakuta Y.

Acta. Crystallogr. Sect F   68   2012年2月

Crystal structure of sulfotransferase STF9 from Mycobacterium avium. 査読 国際誌

Hossain MM, Moriizumi Y, Tanaka S, Kimura M, Kakuta Y.

Mol Cell Biochem.   ( 361 )   2012年2月

Structural modeling of RNase P RNA from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3. 査読 国際誌

Zwieb C, Nakao Y, Nakashima H, Takagi H, Goda S, Andersen E.S, Kakuta Y, and Kimura M.

Biochem Biophys Res Commun.   in press   2011年10月

Molecular cloning, expression, and functional analysis of a predicted sulfotransferase STF9 from Mycobacterium avium. 査読 国際誌

Hossain MM, Moriizumi Y, Tanaka S, Kimura M, Kakuta Y.

Mol Cell Biochem.   350 ( (1-2) )   2011年10月

Crystallographic survey of active sites of an unclassified glutathione transferase from Bombyx mori.

Kakuta Y, Usuda K, Nakashima T, Kimura M, Aso Y, Yamamoto K.

Biochim Biophys Acta.   in press   2011年7月

The Contribution of Peripheral Stem-Loops to the Catalytic Activity of Archaeal RNase P RNA from Pyrococcus horikoshii OT3. 査読 国際誌

Hara T, Terada A, Yamaguchi H, Nakashima T, Kakuta Y, Kimura M.

Biosci Biotechnol Biochem.   75(4)   2011年5月

Crystal structure of the branching enzyme I (BEI) from Oryza sativa L with implications for catalysis and substrate binding. 査読 国際誌

Noguchi J, Chaen K, Vu NT, Akasaka T, Shimada H, Nakashima T, Nishi A, Satoh H, Omori T, Kakuta Y, Kimura M.

Glycobiology   ( 8 )   2011年4月

The structural mechanism of the inhibition of archaeal RelE toxin by its cognate RelB antitoxin. 査読 国際誌

Shinohara M, Guo JX, Mori M, Nakashima T, Takagi H, Nishimoto E, Yamashita S, Tsumoto K, Kakuta Y, Kimura M.

Biochem Biophys Res Commun.   400   2010年9月

Structure of the newly found green turtle egg-white ribonuclease. 査読 国際誌

Katekaew S, Kuaprasert B, Torikata T, Kakuta Y, Kimura M, Yoneda K, Araki T.

Acta. Crystallogr. Sect F   66   2010年6月

Zebrafish as a model for the study of the phase II cytosolic sulfotransferases. 査読 国際誌

Liu TA, Bhuiyan S, Liu MY, Sugahara T, Sakakibara Y, Suiko M, Yasuda S, Kakuta Y, Kimura M, Williams FE, Liu MC.

Curr. Drug Metab.   6   2010年6月

Expression and functional analysis of a predicted AtsG arylsulfatase identified from Mycobacterium tuberculosis genomic data. 査読 国際誌

Hossain MM, Kawarabayasi Y, Kimura M, Kakuta Y.

J Biochem.   146 ( 6 )   2009年12月

Crystal structure of alpha/beta-galactoside alpha2,3-sialyltransferase from a luminous marine bacterium, Photobacterium phosphoreum 査読 国際誌

Iwatani T, Okino N, Sakakura M, Kajiwara H, Takakura Y, Kimura M, Ito M, Yamamoto T, Kakuta Y.

FEBS Lett.   2009年6月

Mechanistic insights into the hydrolysis and synthesis of ceramide by neutral ceramidase. 査読 国際誌

Inoue T, Okino N, Kakuta Y, Hijikata A, Okano H, Goda HM, Tani M, Sueyoshi N, Kambayashi K, Matsumura H, Kai Y, Ito M.

J Biol Chem.   2009年4月

Tamavidins--novel avidin-like biotin-binding proteins from the Tamogitake mushroom. 査読 国際誌

Takakura Y, Tsunashima M, Suzuki J, Usami S, Kakuta Y, Okino N, Ito M, Yamamoto T.

FEBS J.   2009年3月

Structure of an archaeal homolog of the human protein complex Rpp21-Rpp29 that is a key core component for the assembly of active ribonuclease P. 査読 国際誌

Honda T, Kakuta Y, Kimura K, Saho J, Kimura M.

J Mol Biol.   2008年12月

Tributyltin-binding protein type 1 has a distinctive lipocalin-like structure and is involved in the excretion of tributyltin in Japanese flounder, Paralichthys olivaceus. 査読 国際誌

Satone H, Oshima Y, Shimasaki Y, Tawaratsumida T, Oba Y, Takahashi E, Kitano T, Kawabata S, Kakuta Y, Honjo T.

Aquat Toxicol.   2008年12月

The Chondroitin Polymerase K4CP and the Molecular Mechanism of Selective Bindings of Donor Substrates to Two Active Sites. 査読 国際誌

Sobhany M, Kakuta Y, Sugiura N, Kimata K, Negishi M.

J Biol Chem.   2008年11月

Biochemical and Crystallographic Characterization of the Starch Branching Enzyme I (BEI) from Oryza sativa L. 査読 国際誌

Vu NT, Shimada H, Kakuta Y, Nakashima T, Ida H, Omori T, Nishi A, Satoh H, Kimura M.

Biosci Biotechnol Biochem.   2008年11月

Crystal structure of mSULT1D1, a mouse catecholamine sulfotransferase. 査読 国際誌

Teramoto T, Sakakibara Y, Inada K, Kurogi K, Liu MC, Suiko M, Kimura M, Kakuta Y.

FEBS Lett.   2008年11月

Crystal structure of the covalent intermediate of human cytosolic beta-glucosidase 査読 国際誌

Noguchi J, Hayashi Y, Baba Y, Okino N, Kimura M, Ito M, Kakuta Y.

Biochem Biophys Res Commun.   2008年9月

ERRgamma tethers strongly bisphenol A and 4-alpha-cumylphenol in an induced-fit manner. 査読

Matsushima A, Teramoto T, Okada H, Liu X, Tokunaga T, Kakuta Y, Shimohigashi Y.

Biochem Biophys Res Commun.   2008年8月

Crystal structure and functional analysis of an archaeal chromatin protein Alba from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3. 査読 国際誌

Hada K, Nakashima T, Osawa T, Shimada H, Kakuta Y, Kimura M.

Biosci Biotechnol Biochem.   2008年3月

Crystal structure of Vibrionaceae Photobacterium sp. JT-ISH-224 alpha-2,6-sialyltransferase in a ternary complex with donor product CMP and acceptor substrate lactose: catalytic mechanism and substrate recognition. 査読 国際誌

Kakuta Y, Okino N, Kajiwara H, Ichikawa M, Takakura Y,Ito M, Yamamoto T

Glycobiology   2008年1月

Crystal structure of an archaeal Ski2p-like protein from Pyrococcus horikoshii OT3. 査読 国際誌

Zhang X, Nakashima T, Kakuta Y, Yao M, Tanaka I, Kimura M.

Protein Sci.   2008年1月

Structural Evidence for Endocrine Disruptor Bisphenol A Binding to Human Nuclear Receptor ERR{gamma} 査読 国際誌

Matsushima A, Kakuta Y, Teramoto T, Koshiba T, Liu X, Okada H, Tokunaga T, Kawabata SI, Kimura M, Shimohigashi Y.

J Biochem (Tokyo)   2007年10月

Klotho-related Protein Is a Novel Cytosolic Neutral beta-Glycosylceramidase. 査読 国際誌

Hayashi Y, Okino N, Kakuta Y, Shikanai T, Tani M, Narimatsu H, Ito M.

J Biol Chem.   2007年10月

Crystal Structure of Tapes japonica Lysozyme with Substrate Analogue: STRUCTURAL BASIS OF THE CATALYTIC MECHANISM AND MANIFESTATION OF ITS CHITINASE ACTIVITY ACCOMPANIED BY QUATERNARY STRUCTURAL CHANGE. 査読 国際誌

Goto T, Abe Y, Kakuta Y, Takeshita K, Imoto T, Ueda T.

J Biol Chem.   2007年9月

Purification, crystallization and preliminary crystallographic characterization of the alpha 2,6-sialyltransferase from Photobacterium sp. JT-ISH-224. 査読 国際誌

Okino N, Kakuta Y, Kajiwara H, Ichikawa M, Takakura Y, Ito M, Yamamoto T.

Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun.   2007年8月

Crystal structures of the Nicotiana glutinosa ribonuclease NT in complex with nucleoside monophosphates. 査読 国際誌

Kawano S, Kakuta Y, Nakashima T, Kimura M.

J Biochem (Tokyo).   2006年9月

A fifth protein subunit Ph1496p elevates the optimum temperature for the ribonuclease P activity from Pyrococcus horikoshii OT3 査読 国際誌

Fukuhara H, Kifusa M, Watanabe M, Terada A, Honda T, Numata T, Kakuta Y, Kimura M.

J Biochem (Tokyo)   2006年5月

Crystal structure of protein Ph1481p in complex with protein Ph1877p of archaeal RNase P from Pyrococcus horikoshii OT3: implication of dimer formation of the holoenzyme 査読 国際誌

Kawano S, Nakashima T, Kakuta Y, Tanaka I, Kimura M

J. Mol Biol.   2006年3月

Crystal Structure of a Ribonuclease P Protein Ph1601p from Pyrococcus horikoshii OT3: An Archaeal Homologue of Human Nuclear Ribonuclease P Protein Rpp21 査読 国際誌

Kakuta Y, Ishimatsu I, Numata T, Kimura K, Yao M, Tanaka I, Kimura M.

Biochemistry   44 ( 36 )   12086 - 12093   2005年9月

Crystal structure of Escherichia coli YfhJ protein, a member of the ISC machinery involved in assembly of iron-sulfur clusters. 査読 国際誌

Shimomura Y, Takahashi Y, Kakuta Y, Fukuyama K.

Proteins.   60 ( 3 )   566 - 569   2005年8月

Overproduction, purification and preliminary X-ray diffraction analysis of a sulfotransferase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv. 査読 国際誌

Tanaka S, Moriizumi Y, Kimura M, Kakuta Y.

Acta Crystallograph Sect F Struct Biol Cryst Commun.   61   33 - 35   2005年1月

Crystal structure of archaeal ribonuclease P protein Ph1771p from Pyrococcus horikoshii OT3: an archaeal homolog of eukaryotic ribonuclease P protein Rpp29. 査読 国際誌

Numata T, Ishimatsu I, Kakuta Y, Tanaka I, Kimura M.

RNA.   10 ( 9 )   1423 - 1432   2004年9月

Amino acids conserved at the C-terminal half of the ribonuclease T2 family contribute to protein stability of the enzymes. 査読 国際誌

Kimura K, Numata T, Kakuta Y, Kimura M.

Biosci Biotechnol Biochem.   68 ( 8 )   1748 - 1757   2004年8月

Crystal structure of the regulatory subunit of archaeal initiation factor 2B (aIF2B) from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3: a proposed structure of the regulatory subcomplex of eukaryotic IF2B 査読 国際誌

Kakuta Y, Tahara M, Maetani S, Yao M, Tanaka I, Kimura M.

Biochem. Biophys. Res. Commun   319 ( 3 )   725 - 732   2004年7月

Crystal structure of the ribonuclease P protein Ph1877p from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3. 査読 国際誌

Takagi H, Watanabe M, Kakuta Y, Kamachi R, Numata T, Tanaka I, Kimura M.

Biochem Biophys Res Commun.   319 ( 3 )   787 - 794   2004年7月

Overproduction, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of probable ATP sulfurylase from Thermus thermophilus HB8 査読 国際誌

Taguchi Y, Hoseki J, Kakuta Y, Fukuyama K.

Acta. Crystallogr. D   2003年9月

Crystal Structures of the Quinone Oxidoreductase from Thermus thermophilus HB8 and Its Complex with NADPH: Implication for NADPH and Substrate Recognition 査読 国際誌

Shimomura Y, Kakuta Y, Fukuyama K.

J. Bacteriol.   185 ( 14 )   4211 - 4218   2003年7月

Crystal Structures of the Ribonuclease MC1 Mutants N71T and N71S in Complex with 5’-GMP: Structural Basis for Alterations in Substrate Specificity 査読 国際誌

42 ( 18 )   5270 - 5278   2003年5月

Heparan sulphate N-sulphotransferase activity: reaction mechanism and substrate recognition 査読 国際誌

Kakuta Y, Li L, Pedersen LC, Pedersen LG, Negishi M.

Biochem. Soc. Trans   2003年4月

Guanine binding site of the Nicotiana glutinosa ribonuclease NW revealed by X-ray crystallography. 査読 国際誌

Kawano S., Kakuta Y., and Kimura M.

Biochemistry   41 ( 51 )   15195 - 15202   2002年1月

Atomic resolution structures of oxidized [4Fe-4S] ferredoxin from Bacillus thermoproteolyticus in two crystal forms: systematic distortion of [4Fe-4S] cluster in the protein. 査読 国際誌

Fukuyama K., Okada T., Kakuta Y., Takahashi Y.

Journal of Molecular Biology   2002年1月

Crystal Structure of Rat Apo-Heme Oxygenase-1 (HO-1): Mechanism of Heme Binding in HO-1 Inferred from Structural Comparison of the Apo and Heme Complex Forms. 査読 国際誌

Sugishima M., Sakamoto H., Kakuta Y., Omata Y., Hayashi S., Noguchi M., Fukuyama K.

Biochemistry   2002年1月

Overexpression, purification and characterization of RecJ protein from Thermus thermophilus HB8 and its core domain. 査読 国際誌

Yamagata A., Masui R., Kakuta Y., Kuramitsu S., Fukuyama K.

Nucleic Acids Research   2001年1月

Crystal structure of the Escherichia coli Fdx, an Adrenodoxin-type Ferredoxin Involved in the Assembly of Iron-Sulfur Clusers. 査読 国際誌

Kakuta Y., Horio T., Takahashi Y., and Fukuyama K.

Biochemistry   2001年1月

Structure-Function Modeling of the Interactions of N-Alkyl-N-hydroxyanilines with Rat Hepatic Aryl Sulfotransferase IV. 査読 国際誌

King RS, Sharma V., Pedersen L.C., Kakuta Y., Negishi M., and Duffel MW.

Chem Res Toxicol   2000年1月

Crystal structure of rat heme oxygenase-1 in complex with heme. 査読 国際誌

Sugishima M., Omata Y., Kakuta Y., Sakamoto H., Noguchi M., and Fukuyama K.

FEBS Letter   2000年1月

Substrate gating confers steroid specificity to estrogen sulfotransferase. 査読 国際誌

Petrotchenko EV, Doerflein ME, Kakuta Y., Pedersen L.C., and Negishi M.

The Journal of Biological Chemistry   1999年1月

3'-Phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding site of flavonol 3-sulfotransferase srudied by affinity chromatography and 31P NMR. 査読 国際誌

Marsolais, F., Laviolette, M., Kakuta, Y., Negishi, M., Pedersen, L.C., Auger, M., and Varin, L.

Biochemistry   1999年1月

A quantum mechanical study of the transfer of biological sulfate. 査読 国際誌

Bartolotti, L., Kakuta, Y., Pedersen, L.C., Negishi, M., and Pedersen, L.G.

Theochem-Journal of Molecular Structure.   1999年1月

Crystal structure of human catecholamine sulfotransferase. 査読 国際誌

Bidwell LM, McManus ME, Gaedigk A, Kakuta Y., Negishi M., Pedersen L., and Martin JL.

Journal of Molecular Biology   1999年1月

The sulfuryl transfer mechanism: Crystal structure of a vanadate complex of estrogen sulfotransferase and mutational analysis. 査読 国際誌

Kakuta, Y., Petrotchenko E.V., Pedersen, L.C., and Negishi, M.

The Journal of Biological Chemistry   1998年1月

A role of Lys614 in the sulfotransferase activity of human heparan sulfate N-deacetylase/N-sulfotranferase. 査読 国際誌

Sueyoshi, T., Kakuta, Y., Pedersen, L.C., Frances, E.W., Pedersen, L.G., and Negishi, M.

FEBS Letter   1998年1月

Mouse steroid sulfotransferases: substrate specificity and preliminary X-ray crystallographic analysis. 査読 国際誌

Kakuta, Y., Pedersen, L.C., Chae, K., Song, W., Leblanc, D., London, R., Carter, C.W., and Negishi, M.

Biochemical Pharmacology   1998年1月

Glycine-15 in the bend between two alpha-helices can explain the thermostability of DNA binding protein HU from Bacillus stearothermophilus. 査読 国際誌

Kawamura S, Kakuta Y, Tanaka I, Hikichi K, Kuhara S, Yamasaki N, Kimura M.

Biochemistry.   35 ( 4 )   1195 - 1200   1996年1月

1H NMR study on substituent distribution of cellulose diacetate 査読 国際誌

Hikichi, K., Kakuta, Y., and Katoh, T.

Polymer Journal   1995年1月

13C-NMR relaxation study on mobility of the DNA-binding arm of HU. 査読 国際誌

Kakuta Y, Hojo H, Aimoto S, Tanaka I, Hikichi K.

J Biochem (Tokyo).   1994年11月

Development of a Linker with an Enhanced Stability for the Preparation of Peptide Thioesters and Its Application to the Synthesis of Stable-Isotope-Labelled HU-Type DNA-Binding Protein 査読 国際誌

Hojo H., Kwon Y.,Kakuta Y.,Tsuda S.,Tanaka I.,Hikichi K., and Aimoto S.

Bull. Chem. Soc. Jpn   1993年9月

植物リボヌクレアーゼの基質認識機構

沼田　倫征、 河野　慎、 角田　佳充、 木村　誠

化学と生物   2003年1月

Structure and Function of Sulfotransferases

Negishi, M., Pedersen, L.G., Petrotchenko, E., Shevtsov, S., Gorokho, A., Kakuta, Y., Pedersen, L.C.

Archives of Biochemistry and Biophysics   2001年1月

スルホトランスフェラーゼの構造生物学

角田佳充、Lars C. Pedersen, 根岸 正彦

日本結晶学会誌   2000年9月

日本蛋白質科学会

日本農芸化学会

日本生化学会九州支部   幹事   国内

2007年11月 - 2008年10月   

日本農芸化学会   代議員   国内

2007年4月 - 2008年3月   

日本農芸化学会西日本支部   幹事   国内

2003年1月 - 2004年12月   

グリコサミノグリカン糖鎖伸長反応メカニズムの解明

研究課題/領域番号：25440029  2013年 - 2015年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

真菌類の糖脂質代謝酵素の構造と機能に関する研究

研究課題/領域番号：24380058  2012年 - 2014年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

リボ核タンパク質複合体酵素の構造活性相関と耐熱性

研究課題/領域番号：22380062  2010年 - 2012年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

宇宙環境を利用した高品質タンパク質結晶生成と精密立体構造の解析

2009年10月 - 2010年9月

受託研究

ヘパロサン糖鎖生合成酵素複合体における連続した糖転移反応効率化メカニズムの解明

研究課題/領域番号：21570115  2009年 - 2011年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

スフィンゴ糖脂質代謝マシーナリの構造と機能及び応用に関する研究

研究課題/領域番号：21380066  2009年 - 2011年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

高効率な部位特異的硫酸化タンパク質生産法の開発

2009年

JST　シーズ発掘試験研究

核内受容体ERRgammaを介したビスファノールＡの低用量効果の解明

研究課題/領域番号：19201012  2007年 - 2009年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

リボ核タンパク質複合体酵素の作用機構に関する研究

研究課題/領域番号：19380060  2007年 - 2009年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

新しいエンド型・エキソ型グリコサラミダーゼの構造と機能及び応用に関する研究

研究課題/領域番号：19380061  2007年 - 2008年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

硫酸転移酵素による多様な生体異物認識の立体構造基盤解明

研究課題/領域番号：19570106  2007年 - 2008年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

:

研究課題/領域番号：17570094  2005年 - 2006年

Japan Society for the Promotion of Science  Grants-in-Aid for Scientific Research  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

不明

2002年 - 2003年

科学研究費助成事業  若手研究(B)

不明

2000年 - 2001年

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

生物機能分子化学プロジェクト演習

2024年4月 - 2024年9月   前期

基礎生化学I

2024年4月 - 2024年6月   春学期

生物化学I

2023年10月 - 2023年12月   秋学期

生物物理化学特論

2023年10月 - 2023年12月   秋学期

生物物理化学特論

2023年10月 - 2023年12月   秋学期

生物物理化学Ⅱ

2023年6月 - 2023年8月   夏学期

科学英語

2023年4月 - 2024年3月   通年

生物機能分子化学Ⅱ

2023年4月 - 2023年9月   前期

応用生命化学発展実験

2023年4月 - 2023年9月   前期

生物機能分子化学プロジェクト演習

2023年4月 - 2023年9月   前期

基礎生化学I

2023年4月 - 2023年6月   春学期

生物物理化学Ⅰ

2023年4月 - 2023年6月   春学期

基礎生化学Ⅰ

2023年4月 - 2023年6月   春学期

生物化学I

2022年10月 - 2022年12月   秋学期

生物物理化学特論

2022年10月 - 2022年12月   秋学期

生物化学Ⅰ

2022年10月 - 2022年12月   秋学期

生物物理化学特論

2022年10月 - 2022年12月   秋学期

生物物理化学Ⅱ

2022年6月 - 2022年8月   夏学期

科学英語

2022年4月 - 2023年3月   通年

生物機能分子化学Ⅱ

2022年4月 - 2022年9月   前期

応用生命化学発展実験

2022年4月 - 2022年9月   前期

生物機能分子化学プロジェクト演習

2022年4月 - 2022年9月   前期

基礎生化学I

2022年4月 - 2022年6月   春学期

生物物理化学Ⅰ

2022年4月 - 2022年6月   春学期

基礎生化学Ⅰ

2022年4月 - 2022年6月   春学期

生物化学I

2021年10月 - 2021年12月   秋学期

生物化学Ⅰ

2021年10月 - 2021年12月   秋学期

生物物理化学特論

2021年10月 - 2021年12月   秋学期

生物物理化学特論

2021年10月 - 2021年12月   秋学期

科学英語

2021年4月 - 2022年3月   通年

基礎生化学

2021年4月 - 2021年9月   前期

生物物理化学

2021年4月 - 2021年9月   前期

基礎生化学

2021年4月 - 2021年9月   前期

生物機能分子化学Ⅱ

2021年4月 - 2021年9月   前期

生物機能分子化学プロジェクト演習

2021年4月 - 2021年9月   前期

応用生命化学発展実験

2021年4月 - 2021年9月   前期

生物化学

2020年10月 - 2021年3月   後期

生物化学

2020年10月 - 2021年3月   後期

専門英語

2020年10月 - 2021年3月   後期

Life Engineering, Advanced Course Ⅹ

2020年10月 - 2020年12月   秋学期

生物物理化学特論

2020年10月 - 2020年12月   秋学期

構造生物学特論

2020年10月 - 2020年12月   秋学期

分析化学実験

2020年4月 - 2021年3月   通年

応用生命化学実験

2020年4月 - 2021年3月   通年

科学英語

2020年4月 - 2021年3月   通年

生物物理化学

2020年4月 - 2020年9月   前期

生物物理化学

2020年4月 - 2020年9月   前期

基礎生化学

2020年4月 - 2020年9月   前期

応用生命化学発展実験

2020年4月 - 2020年9月   前期

生物機能分子化学Ⅱ

2020年4月 - 2020年9月   前期

生物機能分子化学プロジェクト演習

2020年4月 - 2020年9月   前期

生物物理化学特論

2020年4月 - 2020年9月   前期

基礎生化学

2020年4月 - 2020年9月   前期

生物化学

2019年10月 - 2020年3月   後期

生物化学

2019年10月 - 2020年3月   後期

応用生命化学発展実験

2019年10月 - 2020年3月   後期

学術英語３・個別テーマ

2019年10月 - 2020年3月   後期

Life Engineering, Advanced Course Ⅹ

2019年10月 - 2019年12月   秋学期

構造生物学特論

2019年10月 - 2019年12月   秋学期

生物物理化学特論

2019年10月 - 2019年12月   秋学期

酵素化学特論

2019年10月 - 2019年12月   秋学期

応用生命化学実験

2019年4月 - 2020年3月   通年

卒業研究（応用生命化学分野）

2019年4月 - 2020年3月   通年

分析化学実験

2019年4月 - 2020年3月   通年

科学英語

2019年4月 - 2020年3月   通年

実地見学

2019年4月 - 2020年3月   通年

応用生命化学発展実験

2019年4月 - 2020年3月   通年

生物物理化学

2019年4月 - 2019年9月   前期

応用生命化学実験

2019年4月 - 2019年9月   前期

生物物理化学

2019年4月 - 2019年9月   前期

実地見学（応用生命化学分野）

2019年4月 - 2019年9月   前期

科学英語（応用生命化学分野）

2019年4月 - 2019年9月   前期

基礎生化学

2019年4月 - 2019年9月   前期

生物物理化学特論

2019年4月 - 2019年9月   前期

生物機能分子化学プロジェクト演習

2019年4月 - 2019年9月   前期

生物機能分子化学Ⅱ

2019年4月 - 2019年9月   前期

応用生命化学発展実験

2019年4月 - 2019年9月   前期

基礎生化学

2019年4月 - 2019年9月   前期

生物化学実験

2018年10月 - 2019年3月   後期

生物化学

2018年10月 - 2019年3月   後期

生物化学

2018年10月 - 2019年3月   後期

生物物理化学特論

2018年10月 - 2018年12月   秋学期

構造生物学特論

2018年10月 - 2018年12月   秋学期

生体高分子学特論

2018年4月 - 2018年9月   前期

生物物理化学

2018年4月 - 2018年9月   前期

基礎生化学

2018年4月 - 2018年9月   前期

生物物理化学

2018年4月 - 2018年9月   前期

基礎生化学

2018年4月 - 2018年9月   前期

生物化学

2017年10月 - 2018年3月   後期

生物化学

2017年10月 - 2018年3月   後期

酵素化学特論

2017年10月 - 2018年3月   後期

生体高分子学特論

2017年10月 - 2018年3月   後期

生物化学実験

2017年10月 - 2018年3月   後期

構造生物学特論

2017年10月 - 2017年12月   秋学期

修士論文

2017年4月 - 2018年3月   通年

生物機能分子化学プロジェクト演習

2017年4月 - 2018年3月   通年

生物機能分子化学特別研究第一

2017年4月 - 2018年3月   通年

生物機能分子化学特別研究第二

2017年4月 - 2018年3月   通年

生物物理化学

2017年4月 - 2017年9月   前期

生物物理化学

2017年4月 - 2017年9月   前期

基礎生化学

2017年4月 - 2017年9月   前期

蛋白質化学特論

2017年4月 - 2017年9月   前期

生体高分子学特論

2017年4月 - 2017年9月   前期

基礎生化学

2017年4月 - 2017年9月   前期

生物化学

2016年10月 - 2017年3月   後期

生物化学実験

2016年10月 - 2017年3月   後期

基礎生化学

2016年4月 - 2016年9月   前期

生物物理化学

2016年4月 - 2016年9月   前期

生体高分子学特論

2016年4月 - 2016年9月   前期

応用生物科学概要

2016年4月 - 2016年9月   前期

蛋白質化学特論

2016年4月 - 2016年9月   前期

Molecular Biology

2016年4月 - 2016年9月   前期

生物化学

2015年10月 - 2016年3月   後期

応用生物科学概要

2015年10月 - 2016年3月   後期

生物化学実験

2015年10月 - 2016年3月   後期

基礎生化学

2015年4月 - 2015年9月   前期

生体高分子学特論

2015年4月 - 2015年9月   前期

応用生物科学概要

2015年4月 - 2015年9月   前期

蛋白質化学特論

2015年4月 - 2015年9月   前期

Molecular Biology

2015年4月 - 2015年9月   前期

応用生物科学概要

2014年10月 - 2015年3月   後期

生物化学実験

2014年10月 - 2015年3月   後期

生物化学

2014年10月 - 2015年3月   後期

生体高分子学特論

2014年4月 - 2014年9月   前期

応用生物科学概要

2014年4月 - 2014年9月   前期

蛋白質化学特論

2014年4月 - 2014年9月   前期

Molecular Biology

2014年4月 - 2014年9月   前期

基礎化学Ｂ

2014年4月 - 2014年9月   前期

生物化学

2013年10月 - 2014年3月   後期

生物化学実験

2013年10月 - 2014年3月   後期

応用生物科学概要

2013年10月 - 2014年3月   後期

基礎化学Ｂ

2013年4月 - 2013年9月   前期

Molecular Biology

2013年4月 - 2013年9月   前期

蛋白質化学特論

2013年4月 - 2013年9月   前期

応用生物科学概要

2013年4月 - 2013年9月   前期

生体高分子学特論

2013年4月 - 2013年9月   前期

生物化学

2012年10月 - 2013年3月   後期

生物化学実験

2012年10月 - 2013年3月   後期

応用生物科学概要

2012年10月 - 2013年3月   後期

応用生物科学概要

2012年4月 - 2012年9月   前期

生体高分子学特論

2012年4月 - 2012年9月   前期

基礎化学Ｂ

2012年4月 - 2012年9月   前期

生物化学

2011年10月 - 2012年3月   後期

生物化学実験

2011年10月 - 2012年3月   後期

生体高分子学特論

2011年4月 - 2011年9月   前期

基礎化学Ｂ

2011年4月 - 2011年9月   前期

生物化学実験

2010年10月 - 2011年3月   後期

生物化学

2010年10月 - 2011年3月   後期

生体高分子学特論

2010年4月 - 2010年9月   前期

生物化学実験

2009年10月 - 2010年3月   後期

生物化学

2009年10月 - 2010年3月   後期

コアセミナー

2009年4月 - 2009年9月   前期

生物化学実験

2008年10月 - 2009年3月   後期

生物化学

2008年10月 - 2009年3月   後期

生体高分子学特論

2008年4月 - 2008年9月   前期

生物化学実験

2007年10月 - 2008年3月   後期

生物化学

2007年10月 - 2008年3月   後期

生体高分子特論

2007年10月 - 2008年3月   後期

生物化学

2006年10月 - 2007年3月   後期

コアセミナー

2006年4月 - 2006年9月   前期

蛋白質構造論

2006年4月 - 2006年9月   前期

生物化学

2005年10月 - 2006年3月   後期

生物化学

2004年10月 - 2005年3月   後期

生物化学

2003年10月 - 2004年3月   後期

生物化学

2002年10月 - 2003年3月   後期

2003年7月   役割：参加   名称：不明

主催組織：部局

2002年12月   役割：参加   名称：不明

主催組織：部局

九州大学「世界に羽ばたく未来創成科学者育成プロジェクト（QFC‐SP）」

2020年8月

出張講義

西南学院高等学校  2019年11月

九州大学「世界に羽ばたく未来創成科学者育成プロジェクト（QFC‐SP）」

2019年8月

九州大学「世界に羽ばたく未来創成科学者育成プロジェクト（FC‐SP）」

2018年8月

九州大学「世界に羽ばたく未来創成科学者育成プロジェクト（FC‐SP）」

2017年8月

九州大学「世界に羽ばたく未来創成科学者育成プロジェクト（FC‐SP）」

2016年8月

夏の学校

高等学校の生物及び化学の教諭対象  2016年6月

スーパーサイエンスハイスクール事業における蛋白質結晶学実験

修猷館高校  2006年7月

高校生受入プログラム

長崎東高校  2005年7月

高校生のための科学講演会

都城市  2003年11月

秋の学校（バイオインフォマティクス）

高等学校の生物及び化学の教諭対象  2003年10月

2013年3月

滞在国名1：フィリピン共和国   滞在機関名1：アテネオ・デ・マニラ大学