2024/10/02 更新

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ヤマガミ　タケシ
山上 健
YAMAGAMI TAKESHI
所属
農学研究院 生命機能科学部門 助教
農学部 生物資源環境学科（併任）
生物資源環境科学府 生命機能科学専攻（併任）
職名
助教
連絡先
メールアドレス
プロフィール
アーキア(古細菌)のDNA複製修復機構の解明を行っている。トポイソメラーゼの研究を行っている。
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研究分野

  • ライフサイエンス / 応用生物化学

学位

  • 博士（農学）

経歴

  • - Research Associate, Faculty of Agriculture,

    1992年

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  • - 九州大学農学研究科助手

    1992年

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  • 社団法人岡山県農業開発研究所

    社団法人岡山県農業開発研究所

  • 九州大学

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学歴

  • 九州大学   農学研究科   遺伝子資源工学

    - 1991年

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    国名： 日本国

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  • 九州大学

    - 1991年

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  • 岡山大学   農学研究科   農芸化学

    - 1988年

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    国名： 日本国

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  • 岡山大学

    - 1988年

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  • 岡山大学   農学部   農芸化学

    - 1986年

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    国名： 日本国

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  • 岡山大学

    - 1986年

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研究テーマ・研究キーワード

  • 研究テーマ：たんぱく質化学

    研究キーワード：たんぱく質化学

    研究期間： 2024年

  • 研究テーマ：Protein Chemistry

    研究キーワード：Protein Chemistry

    研究期間： 2024年

  • 研究テーマ：アーキアのDNAポリメラーゼに関する研究

    研究キーワード：DNAポリメラーゼ

    研究期間： 2023年6月

  • 研究テーマ：アーキアのトポイソメラーゼに関する研究

    研究キーワード：トポイソメラーゼ

    研究期間： 2022年6月

  • 研究テーマ：アーキアのレプリソームに関する研究

    研究キーワード：アーキア

    研究期間： 2020年11月

  • 研究テーマ：アーキアのDNAポリメラーゼに関する研究

    研究キーワード：DNAポリメラーゼ

    研究期間： 2008年4月 - 2010年3月

  • 研究テーマ：メタゲノムを利用した新規DNAポリメラーゼの創製

    研究キーワード：DNAポリメラーゼ、メタゲノム

    研究期間： 2004年4月

  • 研究テーマ：アラビドプシスエチレン合成酵素に関する研究

    研究キーワード：Arabidopsis, ethylene, ACC synthase

    研究期間： 2002年3月 - 2002年2月

  • 研究テーマ：アーキアのDNA複製に関する研究

    研究キーワード：アーキア、古細菌、DNA複製

    研究期間： 2002年3月

  • 研究テーマ：植物キチナーゼの構造と機能に関する研究

    研究キーワード：chitinase, plant, amino acid sequence

    研究期間： 1989年4月 - 2000年2月

論文

  • A longer finger-subdomain of family A DNA polymerases found by metagenomic analysis strengthens DNA binding and primer extension abilities. 査読 国際誌

    Yamagami, T., Matsukawa, H., Tsunekawa, S., Kawarabayasi, Y., Ishino, S., and Ishino, Y.

    Gene   2015年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016

  • Mutant Taq DNA polymerases with improved elongation ability as a useful reagent for genetic engineering. 査読 国際誌

    Yamagami, T., Ishino, S., Kawarabayasi, Y., and Ishino, Y.

    Front Microbiol.   2014年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Biochemical diversity among the 1-amino-cyclopropane-1-carboxylic acid synthase isozymes encoded by Arabidopsis gene family 査読 国際誌

    Yamagami T., A. Tsuchisaka, K. Yamada, W. F. Haddon, L. A. Harden, and A. Theologis

    J. Biol. Chem.   2003年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Positions of disulfide bonds in rye (Secale cereale) seed chitinase-a 査読

    Yamagami, T., G. Funatsu, and M. Ishiguro

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   64 ( 6 )   1313 - 1316   2000年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.64.1313

  • Complete amino acid sequence of chitinase-1 and -2 from bulbs of genus Tulipa, 査読

    Yamagami, T. and M. Ishiguro

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   62 ( 6 )   1253 - 1257   1998年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.62.1253

  • Family D DNA polymerase interacts with GINS to promote CMG-helicase in the archaeal replisome

    Oki, K; Nagata, M; Yamagami, T; Numata, T; Ishino, S; Oyama, T; Ishino, Y

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   50 ( 7 )   3601 - 3615   2022年4月   （ ISSN:0305-1048 eISSN:1362-4962 ）

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    記述言語：英語   出版者・発行元：Nucleic Acids Research  

    Genomic DNA replication requires replisome assembly. We show here the molecular mechanism by which CMG (GAN-MCM-GINS)-like helicase cooperates with the family D DNA polymerase (PolD) in Thermococcus kodakarensis. The archaeal GINS contains two Gins51 subunits, the C-terminal domain of which (Gins51C) interacts with GAN. We discovered that Gins51C also interacts with the N-terminal domain of PolD's DP1 subunit (DP1N) to connect two PolDs in GINS. The two replicases in the replisome should be responsible for leading-and lagging-strand synthesis, respectively. Crystal structure analysis of the DP1N-Gins51C-GAN ternary complex was provided to understand the structural basis of the connection between the helicase and DNA polymerase. Site-directed mutagenesis analysis supported the interaction mode obtained from the crystal structure. Furthermore, the assembly of helicase and replicase identified in this study is also conserved in Eukarya. PolD enhances the parental strand unwinding via stimulation of ATPase activity of the CMG-complex. This is the first evidence of the functional connection between replicase and helicase in Archaea. These results suggest that the direct interaction of PolD with CMG-helicase is critical for synchronizing strand unwinding and nascent strand synthesis and possibly provide a functional machinery for the effective progression of the replication fork.

    DOI： 10.1093/nar/gkab799

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  • Genetic and Biochemical Characterizations of aLhr1 Helicase in the Thermophilic Crenarchaeon Sulfolobus acidocaldarius. 査読 国際誌

    Suzuki, S., Kurosawa, N., Yamagami, T., Matsumoto, S., Numata, T., Ishino, S., and Ishino, Y.

    Catalysts   12   2022年4月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Genetic and Biochemical Characterizations of aLhr1 Helicase in the Thermophilic Crenarchaeon <i>Sulfolobus acidocaldarius</i> 査読

    Suzuki, S; Kurosawa, N; Yamagami, T; Matsumoto, S; Numata, T; Ishino, S; Ishino, Y

    CATALYSTS   12 ( 1 )   2022年1月   （ eISSN:2073-4344 ）

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Catalysts  

    Homologous recombination (HR) refers to the process of information exchange between homologous DNA duplexes and is composed of four main steps: end resection, strand invasion and formation of a Holliday junction (HJ), branch migration, and resolution of the HJ. Within each step of HR in Archaea, the helicase-promoting branch migration is not fully understood. Previous biochemical studies identified three candidates for archaeal helicase promoting branch migration in vitro: Hjm/Hel308, PINA, and archaeal long helicase related (aLhr) 2. However, there is no direct evidence of their involvement in HR in vivo. Here, we identified a novel helicase encoded by Saci_0814, isolated from the thermophilic crenarchaeon Sulfolobus acidocaldarius; the helicase dissociated a synthetic HJ. Notably, HR frequency in the Saci_0814-deleted strain was lower than that of the parent strain (5-fold decrease), indicating that Saci_0814 may be involved in HR in vivo. Saci_0814 is classified as an aLhr1 under superfamily 2 helicases; its homologs are conserved among Archaea. Purified protein produced in Escherichia coli showed branch migration activity in vitro. Based on both genetic and biochemical evidence, we suggest that aLhr1 is involved in HR and may function as a branch migration helicase in S. acidocaldarius.

    DOI： 10.3390/catal12010034

    Web of Science

    Scopus

    researchmap

  • Family D DNA polymerase interacts with GINS to promote CMG-helicase in the archaeal replisome. 査読 国際誌

    Oki, K., Nagata, M., Yamagami, T., Numata, T., Ishino, S., Oyama, O., and Ishino, Y.

    Nucleic Acids Res.   49   2021年6月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • DNA polymerase D temporarily connects primase to the CMG-like helicase before interacting with proliferating cell nuclear antigen. 査読 国際誌

    Oki, K., Yamagami, T., Nagata, M., Mayanagi, K., Shirai T., Adachi, N., Numata, T., Ishino, S., and Ishino, Y.

    Nucleic Acids Res.   49   4599 - 4612   2021年4月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Two conformations of DNA polymerase D-PCNA-DNA, an archaeal replisome complex, revealed by cryo-electron microscopy 招待 査読 国際誌

    Mayanagi, K., Oki, K., Miyazaki, N., Ishino, S., Yamagami, T., Morikawa, K., Iwasaki, K., Kohda, D., Shirai, T., and Ishino, Y

    BMC Biol.   2020年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Replication protein A complex in Thermococcus kodakarensis interacts with DNA polymerases and helps their effective strand synthesis 招待 査読 国際誌

    Nagata, M., Ishino, S., Yamagami, T., and Ishino, Y.

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   83   695 - 704   2018年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Elucidating functions of DP1 and DP2 subunits from the Thermococcus kodakarensis family D DNA polymerase 招待 査読 国際誌

    Takashima, N., Ishino, S., Oki, K., Takafuji, M., Yamagami, T., Matsuo, R., Mayanagi, K., and Ishino, Y.

    Extremophiles   23   161 - 172   2018年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Two Family B DNA Polymerases From Aeropyrum pernix, Based on Revised Translational Frames 招待 査読 国際誌

    Daimon, K., Ishino, S., Imai, N., Nagumo, S., Yamagami, T., Matsukawa, H. and Ishino, Y.

    Frontiers in Molecular Biosciences   5   3389   2018年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Possible function of the second RecJ-like protein in stalled replication fork repair by interacting with Hef 招待 査読 国際誌

    Nagata, M., Ishino, S., Yamagami, T., Simons, J-R., Kanai, T., Atomi, H., and Ishino, Y.

    Sci Rep.   7   16949   2017年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • The Cdc45/RecJ-like protein forms a complex with GINS and MCM, and is important for DNA replication in Thermococcus kodakarensis 招待 査読 国際誌

    Nagata, M., Ishino, S., Yamagami, T., Ogino, H., Simons, J-R., Kanai, T., Atomi, H., and Ishino, Y.

    Nucleic Acids Res.   45   10693 - 10705   2017年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Identification of a mismatch-specific endonuclease in hyperthermophilic Archaea 招待 査読 国際誌

    Ishino, S., Nishi, Y., Oda, S., Uemori, T., Sagara, T., Takatsu, N., Yamagami, T., Shirai, T., and Ishino, Y.

    Nucleic Acids Res.   44   2977 - 2986   2016年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Atomic structure of an archaeal GAN suggests its dual roles as an exonuclease in DNA repair and a CMG component in DNA replication 招待 査読 国際誌

    Nucleic Acids, Res   44   9509 - 9517   2016年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • PCNA is involved in the EndoQ-mediated DNA repair process in Thermococcales 招待 査読 国際誌

    Shiraishi, M., Ishino, S., Yoshida, K., Yamagami, T., Cann, I., and Ishino, Y.

    Sci. Rep.   6   25532   2016年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • A novel endonuclease that may be responsible for damaged DNA base repair in Pyrococcus furious 招待 査読 国際誌

    Shiraishi, M., Ishino, S., Yamagami, T., Egashira, Y., Kiyonari, S., and Ishino, Y.

    Nucleic Acids Res.   43   2858 - 2863   2015年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • EndoQ and EndoV work individually for damaged DNA base repair in Pyrococcus furious 招待 査読 国際誌

    Ishino, S, Makita, N, Shiraishi, M, Yamagami, T, and Ishino, Y.

    Biochimie   118   264 - 269   2015年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Multiple interactions of the intrinsically disordered region between the helicase and the nuclease domains of the archaeal Hef protein 招待 査読 国際誌

    Ishino, S., Yamagami, T., Kitamura, M., Kodera, N., Mori, T., Sugiyama, S., Ando, T., Goda, N., Tenno, T,, Hiroaki, H., and Ishino, Y

    J. Biol. Chem.   289   21627 - 21636   2014年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • The OsGEN-L protein from Oryza sativa possesses Holliday junction resolvase activity as well as 5'-flap endonuclease activity 招待 査読

    Yang, Y., Ishino, S., Yamagami, T., Kumamaru, T., Satoh, H., and Ishino, Y.

    J. Biochem.   151   317 - 327   2012年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Comparative analyses of the two PCNAs from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis 査読 国際誌

    Kuba, Y., Ishino, S., Yamagami, T., Tokuhara, M., Kanai, T., Fujikane, R.,Daiyasu., Atomi, H., Ishino, Y.

    Genes Cells   17   923 - 937   2012年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Cdc6/Orc1 from Pyrococcus furiosus may act as the origin recognition protein and Mcm helicase recruiter 招待 査読 国際誌

    Akita, M., Adachi, A, Takemura, K., Yamagami, T., Matsunaga, F., and Ishino, Y.

    Genes Cells   15   537 - 552   2010年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • A useful strategy to construct DNA polymerases with different properties by using genetic resources from environmental DNA 査読

    Matsukawa, H., Yamagami, T.,Kawarabayasi, Y., Miyashita, Y., Takahashi, M., and Ishino, Y.

    Genes Genet. Syst.   84   3 - 13   2009年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Localized melting of duplex DNA by Cdc6/Orc1 at the DNA replication origin in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus 招待 査読 国際誌

    Matsunaga, F., Takemura, K., Akita, M., Adachi, A., Yamagami, T., and Ishino, Y.

    Extremophiles   14   21 - 31   2009年1月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Molecular cloning, functional expression, and mutagenesis of cDNA encoding class I chitinase from rye (Secale cereale) 査読

    Ohnuma., T., Taira, T., Yamagami, T., and Ishiguro, M.

    Biosci. Biotech. Biochem.   68 ( 3 )   324 - 332   2004年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Mutational analysis of amino acid residues involved in catalytic activity of a family 18 chitinase from tulip bulbs 査読

    Suzukawa K., T. Yamagami, T. Ohnuma, H. Hirakawa, S. Kuhara, Y, Aso, and M. Ishiguro

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   67 ( 2 )   341 - 346   2003年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Efficient production of recombinant plant chitinase with Novagen's E. coli Origami(DE3) strain 国際誌

    Ohnuma T., M. Yagi, T. Taira, T. Yamagami, and M. Ishiguro,

    inNovations   2003年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Molecular cloning, functional expression, and mutagenesis of cDNA encoding rye seed chitinase-c 査読

    Ohnuma T., M. Yagi, T. Yamagami, T. Taira, Y. Aso, and M. Ishiguro,

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   66 ( 2 )   277 - 284   2002年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Antifungal activity of rye seed chitinases: Different binding manner of class I and class II chitinases to the fungal cell walls 査読

    Taira T., T. Ohnuma, T. Yamagami, Y. Aso, M. Ishiguro, and M. Ishihara

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   66 ( 5 )   970 - 977   2002年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Localization, accumulation, and antifungal activity of chitinases in rye seed, 査読

    Taira T., T. Yamagami, Y. Aso, M. Ishiguro, and M. Ishihara

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   65 ( 12 )   2710 - 2718   2001年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.65.2710

  • Modification of tryptophan residues of plant class III chitinases involved in enzyme activity

    Ishiguro M., T. Yamagami, M. Tanigawa, K. Tsutsumi, G. Funatsu, T. Ohnuma, and Y. Aso,

    J. Fac. Agr. Kyushu Univ.   46 ( 1 )   243 - 250   2001年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Cloning, sequencing, and expression of the tulip bulb chitinase-1 cDNA 査読

    Yamagami, T., K. Tsutsumi, and M. Ishiguro

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   64 ( 7 )   1394 - 1401   2000年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.64.1394

  • Complete amino acid sequence of chitinase-A from leaves of pokeweed (Phytolacca americana) 招待 査読 国際誌

    Yamagami T, Tanigawa M, Ishiguro M, Funatsu G.

    Biosci Biotechnol Biochem.   62 ( 4 )   825 - 828   1998年4月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Identification of the aspartic acid residue located at or near substrate-binding site of rye seed chitinase-c 査読

    Yamagami, T. and G. Funatsu

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   62 ( 2 )   383 - 385   1998年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.62.383

  • Isolation and characterization of chitinase isoforms from the bulbs of four species of the genus tulipa 査読

    Yamagami, T., T. Taira, Y. Mine, Y. Aso and M. Ishiguro

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   62 ( 3 )   584 - 587   1998年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.62.584

  • Complete amino acid sequence of chitinase-a from bulbs of gladiolus (Gladiolus gandavenis), 査読

    Yamagami, T., Y. Mine and M. Ishiguro

    Biosci. Biotechnol. Biochem.   62 ( 2 )   386 - 389   1998年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.62.386

  • Purification and characterization of two chitinase isoforms from the bulbs of gladiolus (Gladiolus gandavensis) 招待 査読

    Yamagami, T., Mine, Y., Aso, Y., and Ishiguro, M.

    Biosci. Biotech. Biochem.   61 ( 11 )   2140 - 2142   1997年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Involvements of Trp23 in the Chitin-binding and of Trp131 in the Chitinase Activity of Rye Seed Chitinase-a 招待 査読

    Yamagami T, Funatsu G.

    Biosci Biotechnol Biochem.   61 ( 11 )   1819 - 1825   1997年6月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Limited proteolysis and reduction-carboxymethylation of rye seed chitinase-a: role of the chitin-binding domain in its chitinase action 招待 査読

    Yamagami T, Funatsu G.

    Biosci Biotechnol Biochem.   60 ( 7 )   1081 - 1086   1996年7月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Identification of the tryptophan residue located at the substrate-binding site of rye seed chitinase-c 招待 査読

    Yamagami T, Funatsu G.

    Biosci Biotechnol Biochem.   59   1076 - 1081   1995年10月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • The complete amino acid sequence of chitinase-B from the leaves of pokeweed (Phytolacca americana) 招待 査読

    Tanigawa M, Yamagami T, Funatsu G.

    Biosci Biotechnol Biochem.   59 ( 5 )   841 - 847   1995年5月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Purification and characterization of two chitinases from the leaves of pokeweed (Phytolacca americana) 招待 査読

    Ohta M, Yamagami T, Funatsu G.

    Biosci Biotechnol Biochem.   59 ( 4 )   656 - 661   1995年4月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Partial purification and characterzation of DOPA quinone imine conversion factor from larval hemolymph of the solkworm, Bambyx mori 招待 査読

    Aso, Y., Yamamoto, K., Yoshinaga, T., Yamamoto, H., and Yamagami, T.

    Biosci. Biotech. Biochem.   59 ( 2 )   277 - 281   1995年2月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • The complete amino acid sequence of chitinase-a from the seeds of rye (Secale cereal) 招待 査読

    Yamagami T, Funatsu G.

    Biosci Biotechnol Biochem.   58 ( 2 )   322 - 329   1994年2月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • The complete amino acid sequence of chitinase-c from the seeds of rye (Secale cereal) 招待 査読

    Yamagami T, Funatsu G.

    Biosci Biotechnol Biochem.   57 ( 11 )   1854 - 1861   1993年11月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Purification and some properties of three chitinases from the seeds of rye (Secale cereale) 招待 査読

    Yamagami T, Funatsu G.

    Biosci Biotechnol Biochem.   57 ( 4 )   643 - 647   1993年4月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Helical configuration of lutein aggregate dispersed in liposomes of phosphatidyl choline and digalactocyldiglyceride 招待 査読

    Takagi, S., Yamagami, T., Takeda, K., and Takagi, T.

    Agric. Biol. Chem.   51   1567 - 1572   1987年10月

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    記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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講演・口頭発表等

  • Thermococcus kodakarensis由来ファミリーD DNAポリメラーゼの調整法の改良とその生化学的解析

    山上　健、沖啓輔、高島夏希、高藤三加、真柳浩太、石野園子、石野良純

    日本分子生物学会  2019年12月 

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    開催年月日： 2019年12月

    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

    国名：日本国  

    ファミリーD DNAポリメラーゼ (PolD) は、アーキア特有の酵素であり、クレンアーキオタ以外のサブドメインでホモログ遺伝子が見つかっている。アーキア細胞内では、PolDは、ファミリーB DNAポリメラーゼ (PolB) と共に必須の複製酵素であると予想されてきたが、近年、一部のユリアーキオタにおいて、polB破壊株が得られたという報告が相次いだことから、アーキアの複製酵素としての可能性がより高まった。我々は、超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisのPolDについて、その構造と機能を詳細に理解するために研究を進めている。PolDおよびその構成タンパク質であるDP1、DP2について、精製法の検討を行ってきた。すでに報告している方法 (Extremophiles, 23, 161 (2019))をさらに改良し、基材との弱い相互作用を期待し、親水性ビニルポリマーを基材としたTOYOPEARL Phenyl-650S（疎水性）、ヘパリン（親和性）および親水性ポリマーを基材としたYMC BioPro SmartSep Q（陰イオン交換）カラムを用いて高純度にタンパク質の精製を行った。その結果、疎水クロマトでは、DP1-DP2複合体がきれいなピークとして溶出し、陰イオン交換クロマト後のサンプルで、より高純度に精製されていることがSDS-PAGEで確認された。次に、DP2の各ドメインタンパク質を同様に精製し、DP1との結合およびDNAとの結合を調べた結果、DP1とDP2-C-terminal domain (-CTD)が結合し、その複合体はprimed-DNAに結合することがわかった。現在、複合体の結晶化を試みるとともに、電子顕微鏡単粒子解析によって、PolDの全体構造およびPolDがDNA上で作用する際の構造モデル構築を目指している。

  • クレンアーキオータクレンアーキオータ門において機能的にヘリカーゼとプライマーゼプライマーゼを連結するタンパク質の検索

    山上　健、瀬戸口勇登、沖　啓輔、石野園子、石野良純

    日本分子生物学会  2018年12月 

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    開催年月日： 2018年12月

    記述言語：日本語  

    開催地：横浜市   国名：日本国  

  • 温泉土壌メタゲノム情報を利用した新規DNAポリメラーゼの創製

    山上 健

    日本分子生物学会  2008年12月 

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    開催年月日： 2008年12月

    記述言語：日本語   会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

    開催地：横浜市   国名：日本国  

  • チューリップ (Tulipa tarda) 球根キチナーゼ(TBC-2)の全アミノ酸配列

    山上　健, 石黒正恒

    日本農芸化学会大会  1998年4月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：名古屋   国名：日本国  

  • チューリップ球根キチナーゼ(TBC-1)のトリプトファン残基の化学修飾

    堤　一貴, 山上　健, 麻生陽一, 石黒正恒

    日本農芸化学会大会  1998年4月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：名古屋   国名：日本国  

  • 植物クラスIキチナーゼに関する研究（その1）:Cys-richドメインに対する抗体の性質

    平良東紀, 山上　健, 麻生陽一, 石黒正恒

    日本農芸化学会大会  1998年4月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：名古屋   国名：日本国  

  • ライ麦種子キチナーゼの局在性と種子登熟過程における変動

    平良東紀，山上　健，麻生陽一，石黒正恒

    日本農芸化学会大会  1999年3月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：福岡   国名：日本国  

  • チューリップ球根キチナーゼの部位特異的変異

    鈴川啓輔、大沼貴之、山上　健、石黒正恒

    日本農芸化学会西日本支部大会  2000年9月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：沖縄   国名：日本国  

  • チューリップ球根キチナーゼ遺伝子のクローニング，発現および変異

    鈴川啓輔，山上　健，堤　一貴，石黒正恒

    日本農芸化学会大会  2000年4月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京   国名：日本国  

  • ライ麦キチナーゼ遺伝子のクローニング

    大沼貴之、山上　健、麻生陽一、石黒正恒

    日本農芸化学会西日本支部大会  2000年9月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：沖縄   国名：日本国  

  • チューリップ球根キチナーゼの部位特異的変異

    鈴川啓輔，大沼貴之，山上　健，麻生陽一，石黒正恒

    日本農芸化学会大会  2001年3月 

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    開催地：東京   国名：日本国  

  • ライ麦種子キチナーゼの抗カビ活性

    平良東記、大沼貴之、山上　健、麻生陽一、石原昌信、石黒正恒

    日本農芸化学会関西、西日本、中四国合同大会  2001年10月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：岡山   国名：日本国  

  • ライ麦種子キチナーゼ遺伝子のクローニングと大腸菌による発現

    大沼貴之，八木美佳子，山上　健，麻生陽一，石黒正恒

    日本農芸化学会大会  2001年3月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：東京   国名：日本国  

  • ライ麦種子クラスIキチナーゼの真菌細胞壁への結合と抗真菌活性

    平良 東紀,大沼 貴之,山上 健,麻生 陽一,石原 昌信,石黒 正恒

    日本農芸化学会大会  2002年3月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台   国名：日本国  

  • ライ麦種子クラスI型キチナーゼ（RSC-a）の大腸菌での発現および組換え型RSC-aの性質

    日本農芸化学会大会  2002年3月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：仙台   国名：日本国  

  • DNA複製因子PCNA-RFC間の機能的相互作用解析

    服部辰彦、山上　健、麻生陽一、石野園子、大山拓次、森川耿右、石野良純

    日本分子生物学会年会  2003年12月 

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    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

    開催地：神戸   国名：日本国  

  • DNA複製因子PCNA-RFC間の機能的相互作用解析

    服部辰彦、山上　健、麻生陽一、石野良純

    日本農芸化学会関西、西日本、中四国支部合同大会  2003年9月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：鹿児島   国名：日本国  

  • 新規DNA複製関連因子の探索

    吉永亜耶、山上　健、麻生陽一、石野良純

    日本農芸化学会西日本支部大会  2003年9月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：鹿児島   国名：日本国  

  • 大腸菌および酵母Two-hybridシステムを用いた古細菌DNA複製開始複合体と相互作用するタンパク質因子の検索

    山上　健、吉永亜耶、石野良純

    日本分子生物学会年会  2003年12月 

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    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

    開催地：神戸   国名：日本国  

  • 超好熱性アーキアPyrococcus furiosus由来DNAリガーゼの性質解析

    高山耕平、藤兼亮輔、山上　健、麻生陽一、石野良純

    日本農芸化学会関西、西日本、中四国支部合同大会  2003年9月 

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    会議種別：口頭発表（一般）  

    開催地：鹿児島   国名：日本国  

  • 超好熱性古細菌Pyrococcus furiosus由来family D DNA polymeraseの機能及び構造解析

    當利和夫、藤兼亮輔、山上　健、品川日出夫、石野良純

    日本分子生物学会年会  2003年12月 

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    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

    開催地：神戸   国名：日本国  

  • 温泉土壌メタゲノム情報を利用したTaqポリメラーゼの創製

    山上　健、興梠聖哉、田島秀二、河原林　裕、石野良純

    日本分子生物学会  2007年12月 

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    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

    開催地：横浜市   国名：日本国  

  • 温泉土壌メタゲノム情報を利用したTaqポリメラーゼの創製

    山上　健、興梠聖哉、田島秀二、河原林裕、石野良純

    日本分子生物学会  2007年12月 

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    会議種別：シンポジウム・ワークショップ パネル（公募）  

    開催地：横浜市   国名：日本国  

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MISC

  • メタゲノムを利用した新規DNA合成酵素の創製

    @石野良純 、@山上　健、#松川博昭、#鬼塚尚子、#鍋　健吾、#興梠聖哉

    環境バイオテクノロジー学会誌, 7, 87-92.   2007年10月

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    記述言語：日本語   掲載種別：記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）  

産業財産権

特許権   出願件数: 7件   登録件数: 1件
実用新案権   出願件数: 0件   登録件数: 0件
意匠権   出願件数: 0件   登録件数: 0件
商標権   出願件数: 0件   登録件数: 0件

所属学協会

  • 日本生化学会

  • 日本農芸化学会

  • 日本分子生物学会

  • 日本蛋白質科学会

  • 日本農芸化学会

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  • 日本蛋白質科学会

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  • 日本生化学会

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  • 日本分子生物学会（国内）

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学術貢献活動

  • 座長（Chairmanship）

    日本農芸化学会西日本支部中大会  （ 長崎大学 ） 2008年9月

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    種別：大会・シンポジウム等 

  • 学術論文等の審査

    役割：査読

    2008年

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    種別：査読等 

    外国語雑誌　査読論文数：3

    日本語雑誌　査読論文数：0

    国際会議録　査読論文数：0

    国内会議録　査読論文数：0

  • 座長（Chairmanship）

    日本農芸化学会西日本支部中四国支部合同大会  （ 山口市 ） 2007年9月 - 2016年4月

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    種別：大会・シンポジウム等 

  • 学術論文等の審査

    役割：査読

    2006年

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    種別：査読等 

    外国語雑誌　査読論文数：2

    日本語雑誌　査読論文数：0

    国際会議録　査読論文数：0

    国内会議録　査読論文数：0

  • 福岡地区世話人

    第29回蛋白質の構造と機能に関する九州シンポジウム  （ 玄海ロイヤルホテル ） 2005年9月 - 2016年4月

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    種別：大会・シンポジウム等 

    参加者数：70

  • 座長（Chairmanship）

    日本農芸化学会西日本支部、中四国支部鹿児島合同大会  （ 鹿児島 ） 2003年10月 - 現在

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    種別：大会・シンポジウム等 

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教育活動概要

  • なし

担当授業科目

  • 分子細胞生物学

    2024年4月 - 2024年9月   前期

  • 分子細胞生物学

    2023年4月 - 2023年9月   前期

  • 分子細胞生物学

    2022年4月 - 2022年9月   前期

  • 分子細胞生物学

    2021年4月 - 2021年9月   前期

  • 分子細胞生物学

    2020年4月 - 2020年9月   前期

  • 分子細胞生物学

    2019年4月 - 2019年9月   前期

  • 実地見学（応用生命化学分野）

    2019年4月 - 2019年9月   前期

  • 実地見学（応用生命化学分野）

    2018年4月 - 2018年9月   前期

  • 分子細胞生物学

    2018年4月 - 2018年9月   前期

  • 現地見学

    2018年4月 - 2018年9月   前期

  • 分子細胞生物学

    2017年4月 - 2017年9月   前期

  • コアセミナー

    2012年4月 - 2012年9月   前期

  • コアセミナー

    2007年4月 - 2007年9月   前期

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FD参加状況

  • 2018年5月   役割：参加   名称：FD

    主催組織：部局

  • 2009年10月   役割：参加   名称：農学部FD

    主催組織：部局

  • 2008年4月   役割：参加   名称：農学部ＦＤ

    主催組織：部局

  • 2007年4月   役割：参加   名称：農学部ＦＤ

    主催組織：部局

  • 2006年7月   役割：参加   名称：不明

    主催組織：部局

社会貢献・国際連携活動概要

  • なし

海外渡航歴

  • 2000年3月 - 2002年2月

    滞在国名1：アメリカ合衆国   滞在機関名1：Plant Gene Expression Center, U. C. Berkeley