NOJIMA TAKAYUKI
Organization
Medical Institute of Bioregulation Research Center for Systems Immunology Associate Professor
Medical Institute of Bioregulation Research Center for Systems Immunology（Concurrent）
Title
Associate Professor
Contact information
Tel
0926426295
Profile
生体防御医学研究所で腫瘍防御学分野を担当しています。できたばかりのRNA（新生RNA）を解析し、ゲノム作動原理を解き明かすことを目標としています。がんなどの病気のクロマチン環境での転写やRNAプロセシング制御を調べ、革新的な治療法開発に貢献します。
Homepage
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https://pol2-nascentrna.net/
NOJIMA LAB, Cancer Genome Regulation, MiB
External link
ORCID
Degree
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Ph.D.
Research History
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東京医科歯科大学大学院 疾患生命科学研究部 (特任助教 2006-2010) Sir William Dunn School of Pathology, University of Oxford (Post-doc 2010-2014) Sir William Dunn School of Pathology, University of Oxford (Senior research fellow 2014-2021)
Research Interests・Research Keywords
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Research theme：1. Mechanism of transcription termination 2. Mechanism of premature transcription termination and function of its long noncoding RNA 3. Regulation of RNA splicing 4. Noncoding genome transcription under cellular senescence and cancer chromatin
Keyword：RNA polymerase II, splicing, transcription termination, cancer, cellular senescence
Research period： 2021.2 - 2025.1
Awards
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令和５年度科学技術分野の文部科学大臣表彰科学技術賞（科学技術振興部門）
2023.4 文部科学省 超高解像度新生RNA解析法の開発とゲノム転写制御の研究
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ベストポスター賞
2018.1
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Exceptional Achievement Award
2014.9 University of Oxford
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海外リサーチアワード
2013.9 かなえ医薬振興財団
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海外留学リサーチフェローシップ
2010.9 上原記念生命科学財団
Papers
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NELF coordinates Pol II transcription termination and DNA replication initiation International journal
#Chihiro Nakayama, @Yasukazu Daigaku, @Yuki Aoi, Qi Fang, @Hiroshi Kimura, @Ali Shilatifard, @Michael Tellier, Takayuki Nojima
BioRxiv [Preprint] 2024.1
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PTBP1-activated co-transcriptional splicing controls epigenetic status of pluripotent stem cells Invited Reviewed International journal
@Iannone Camilla, @Kainov Yaroslav; @Zhuravskaya Anna, @Hamid Fursham, Nojima, Takayuki, @Makeyev Eugene V
MOLECULAR CELL 83 ( 2 ) 203 - + 2023.1 （ ISSN:1097-2765 eISSN:1097-4164 ）
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CDK9 and PP2A regulate RNA polymerase II transcription termination and coupled RNA maturation Invited Reviewed International journal
@Tellier, Michael; @Zaborowska, Justyna; @Neve, Jonathan; @Nojima, Takayuki; @Hester, Svenja; @Fournier, Marjorie; @Furger, Andre; @Murphy, Shona
EMBO REPORTS 23 ( 10 ) e54520 2022.10 （ ISSN:1469-221X eISSN:1469-3178 ）
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Mechanisms of lncRNA biogenesis as revealed by nascent transcriptomics Invited Reviewed International journal
Nojima, Takayuki; @Proudfoot, Nick J.
NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY 23 ( 6 ) 389 - 406 2022.6 （ ISSN:1471-0072 eISSN:1471-0080 ）
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POINT technology illuminates the processing of polymerase-associated intact nascent transcripts Reviewed International journal
Molecular Cell 2021.5
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DNA-directed termination of mammalian RNA polymerase II.
Davidson L, Rouvière JO, Sousa-Luís R, Nojima T, Proudfoot NJ, Jensen TH, West S
Genes & development 2024.11 （ ISSN:0890-9369 ）
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Wilton, J; de Mendonca, FL; Pereira-Castro, I; Tellier, M; Nojima, T; Costa, AM; Freitas, J; Murphy, S; Oliveira, MJ; Proudfoot, NJ; Moreira, A
FRONTIERS IN IMMUNOLOGY 14 2023.6 （ ISSN:1664-3224 ）
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Simultaneous studies of gene expression and alternative polyadenylation in primary human immune cells Reviewed International journal
@Joana Wilton, @Michael Tellier, @Takayuki Nojima, @Angela M Costa, @Maria Jose Oliveira, Alexandra Moreira
Methods in Enzymology 2021.6
Presentations
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The end of RNA synthesis Invited
2023.10
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POINTing towards transcription termination Invited International conference
Takayuki Nojima
2022.1
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Mechanism of Co-transcriptional RNA splicing Invited
Takayuki Nojima
2021.11
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End of RNA synthesis Invited International conference
Takayuki Nojima
2021.10
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新生RNA解析で理解するゲノム作動 Invited
野島孝之
染色体安定維持研究会 2023.7
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Mechanism of RNA transcription termination and its biological role
2022.2
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Transcription termination: Forgotten mechanism in RNA synthesis cycle Invited
2022.7
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新生RNAライフサイクルを理解する Invited
野島孝之
金沢創発数理セミナー 2022.4
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新生RNA解析で理解するゲノム転写 Invited
野島孝之
金沢大学がん進展制御研究所 異分野融合セミナー 2022.1
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ゲノム転写と新生RNAライフサイクル Invited
野島孝之
大阪大学 生命機能セミナー 2021.4
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細胞内外環境を感知するゲノム作動ネットワークの新局面 リードスルーRNA転写による細胞周期の停止
野島 孝之, Qi Fang, 大学 保一, 中山 千尋, Yuki Aoi, Ali Shilatifard, Michael Tellier
日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 2023.10 (公社)日本生化学会
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中山 千尋, Kopczynska Magda, Kamieniarz-Gdula Kinga, 野島 孝之
日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 2023.10 (公社)日本生化学会
MISC
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Mechanism of lncRNA biogenesis as revealed by nascent transcriptomics Reviewed
Takayuki Nojima, @Nicholas J Proudfoot
Nature Reviews Molecular Cell Biology 2022.3
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Nojima T., Proudfoot N.J.
Nature Reviews Molecular Cell Biology 23 ( 12 ) 853 2022.12 （ ISSN:14710072 ）
Professional Memberships
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日本生化学会
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日本RNA学会
Academic Activities
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世話人
日本生化学会 （ 福岡 ） 2023.11
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世話人
RNAフロンティアミーティング2023 （ 熊本 ） 2023.10
Research Projects
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Mechanism of transcription termination defect caused by cellular stresses
Grant number：24K01957 2024 - 2026
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
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DNA複製・RNA転写コンフリクトのゲノム科学的解析
2024 - 2026
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B)
Authorship：Coinvestigator(s) Grant type：Scientific research funding
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DNA損傷により惹起されるゲノム変異非依存的な新規ネオアンチゲン発生機構の解明
2024 - 2025
日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的研究（萌芽）
Authorship：Coinvestigator(s) Grant type：Scientific research funding
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Grant number：23K18232 2023.6 - 2025.3
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
Grant type：Scientific research funding
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Grant number：23K27156 2023.4 - 2026.3
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
大学 保一, 野島 孝之
Grant type：Scientific research funding
真核生物では、複製開始点が染色体上に多数存在し、周辺の遺伝子上では複製フォークと転写装置間の衝突・干渉（複製・転写コンフリクト）を完全に回避する事はできない。複製フォークとRNAポリメラーゼの相互干渉は、ゲノム不安定性の要素の１つとして着目されてきたが、現在までの知見からは、複製・転写コンフリクトが起きやすい領域がゲノム上にどのように分布するかは明らかになっておらず、該当領域を探索する解析方法も確立されていない。本研究では、その領域で複製・転写コンフリクトの生成・解消に関わる因子の解析を進めつつ、染色体不安定を誘引する複製・転写コンフリクトの特徴を明らかにする。
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がん機能性⾮コードRNAの発現を左右する転写終結機構の分⼦解剖と医学的応⽤
2023
Grant type：Donation
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がんクロマチン環境における非コードRNA産生機構の解明
2022 - 2024
金沢大学がん進展制御研究所 共同研究助成
Authorship：Principal investigator Grant type：Contract research
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研究助成/スプライシング阻害が引き起こす未成熟転写終結機構とそれ由来非コードRNA代謝物の細胞機能の解明
2022
Grant type：Donation
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研究助成/非コードRNAを創出するがん特異的な転写終結機構の解明
2022
Grant type：Donation
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研究助成/非コードRNA異常産生を防ぐ転写終結機構の解明
2022
Grant type：Donation
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自然研究科学助成/非コードRNA産生を制御する転写終結機構の解明
2022
Grant type：Donation
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生命科学研究助成/非コードRNA機能を調節する転写終結機構の解明
2022
Grant type：Donation
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PIセットアップ研究助成/非コードRNA発現をON/OFFにする転写終結機構の解明とその医学的応用
2022
Grant type：Donation
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基礎医学医療研究助成金/未成熟転写終結を介する非コードRNA代謝物の産生機構と生物学的機能の解明
2022
Grant type：Donation
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基礎科学研究助成/遺伝子代謝産物の長さを決定する未成熟転写終結機構の解明
2022
Grant type：Donation
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研究助成/転写終結機構の解明とそれ由来代謝物の医学的応用
2022
Grant type：Donation
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非コードゲノム転写とRNAプロセシング
2021.2 - 2025.1
九州大学
Authorship：Principal investigator
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新生RNAライフサイクルを制御する転写終結機構の解明
2021 - 2027
JST
Authorship：Principal investigator Grant type：Contract research
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Grant number：19K24692 2021 - 2023
日本学術振興会 科学研究費助成事業 帰国発展研究
野島 孝之
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
本研究では、細胞核内で起こるRNA polymerase II (Pol II) 転写装置とRNAプロセシング装置のクロストークや非コードゲノム転写制御機構の解明を目標としている。また、RNAプロセシング機構が破綻している腎臓がんなどの疾患細胞モデルを用いて、その異常ゲノム転写-RNAプロセシング制御を解析する。このアプローチにより、基礎的なゲノム転写制御機構とがん細胞増殖や細胞分化の解明に貢献する。
<BR>
昨年度に開発した新生RNA解析法（Polymerase-Intact Nascent Transcript、POINT法）を用いて、転写制御の分子機構を解析した。特に、がん患者で多く変異している遺伝子の機能解析から、特定のクロマチン制御因子が効率の良い転写終結に必要であることがわかった。また、転写スピード制御因子も同様に転写終結に必要であることがわかった。これらの因子は、制御している遺伝子群が異なることから、転写終結の特異性があることがわかった。
<BR>
共同研究の成果として、選択的RNAスプライシング制御因子であるPTBP1が、転写と共役したスプライシング制御を介してDNAメチル化遺伝子DNMT3Bの発現を制御し、神経細胞特異的なエピジェネティクスに重要であることを示した（Iannone et al., Molecular Cell 2023）。また、Pol II CTD リン酸化制御と転写終結の詳細な分子機構も明らかにした（Tellier et al., EMBO Reports 2022）。 -
クロマチンコンパクション機構の解明
2021 - 2022
QRプログラム （わかばチャレンジ）
Authorship：Principal investigator Grant type：On-campus funds, funds, etc.
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研究助成/抗がん化合物で誘導される“未成熟”転写終結制御機構とそれ由来長鎖非コードRNAの生理学的機能解析
2021
Grant type：Donation
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研究助成/ゲノム転写終結が制御する非コードRNA産生機構の解明とその医学的応用
2021
Grant type：Donation
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ヘルペスウイルス感染による宿主選択的スプライシング制御と免疫回避機構
Grant number：20790353 2008 - 2009
科学研究費助成事業 若手研究(B)
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
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悪性腫瘍特異的なRNA選択的スプライシングを制御する抗がん剤の開発
Grant number：21200074 2008 - 2009
日本学術振興会・文部科学省 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型）
Authorship：Principal investigator Grant type：Scientific research funding
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ヘルペスウイルスRNAの核外輸送制御機構の解明
2008 - 2009
科学研究費助成事業 特定領域研究
Authorship：Coinvestigator(s) Grant type：Scientific research funding
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イントロンレスRNAの核外輸送の分子メカニズム
2007 - 2008
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B)
Authorship：Coinvestigator(s) Grant type：Scientific research funding
Class subject
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医学部ウォーミングアッププログラム
2022.10 - 2023.3 Second semester
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医学部生命科学入門
2022.10 - 2023.3 Second semester
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医学部生命科学入門
2021.10 - 2022.3 Second semester
FD Participation
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2022.3 Role：Panelist Title：令和３年度馬出地区４部局合同男女共同参画FD
Organizer：[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]
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2021.12 Role：Participation Title：教養科目としての統合科学：ビッグヒストリーで紡ぐ社会と自然科学
Organizer：University-wide
Acceptance of Foreign Researchers, etc.
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九州大学
Acceptance period： 2022.6 - 2023.3 （Period）：1 month or more
Nationality：Canada
Business entity：On-campus funds
Travel Abroad
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2010.9 - 2021.1
Staying countory name 1：United Kingdom Staying institution name 1：University of Oxford