OHISHI HIROAKI
Organization
Medical Institute of Bioregulation Medical Research Center for High Depth Omics Assistant Professor
Graduate School of Systems Life Sciences Department of Systems Life Sciences（Joint Appointment）
Title
Assistant Professor
Contact information
Tel
0926426882
Profile
The use of fluorescence imaging in multispatial omics technologies represents a groundbreaking approach that allows for the observation of the localization of DNA, RNA, and proteins at the single-cell level. Efforts are being made to enhance the detection sensitivity of molecular species, aiming for the development of more precise technologies. This advancement facilitates the analysis of intricate and large-scale intranuclear biological phenomena. Furthermore, by integrating high-precision visualization techniques for the simultaneous imaging of specific gene transcription and gene loci, progress is being made in elucidating the mechanisms of transcriptional regulation by higher-order genome structures.
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ORCID
Research Interests・Research Keywords
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Research theme：The goal is to elucidate the gene transcription regulation mechanisms mediated by genome imprinting. Genome imprinting is a phenomenon where differences in gene expression levels between alleles arise due to differences in the epigenomes of males and females, particularly in DNA methylation. This regulatory mechanism is modulated by multiple factors, including the higher-order genome structure within the nucleus, transcriptional repressors, and transcription co-factors. To uncover the details of this molecular mechanism, research is being conducted using specific areas of live-cell imaging and multispatial omics technologies. Since disruptions in genome imprinting can lead to hereditary diseases, understanding its intricate control mechanisms lays the foundation for elucidating the pathophysiology of human diseases and developing therapeutic strategies.
Keyword：Genomic imprinting
Research period： 2023.3
Awards
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若手優秀発表賞
2023.6 日本細胞生物学会
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ポスター優秀研究員賞
2022.6 日本ゲノム編集学会
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最優秀ポスター賞
2014.7 第17回生医研リトリート2014
Papers
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Image Analysis Protocol for DNA/RNA/Immunofluorescence (IF)-seqFISH Data. International journal
Hiroaki Ohishi, Hiroshi Ochiai
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2856 419 - 432 2025 （ ISSN:1064-3745 ）
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Anti-phase clustering of regulatory factors shapes gene bursting
Bitong Li, Yew Yan Wong, Neftali Flores-Rodriguez, Tara Davidson, Matthew S Graus, Valeriia Smialkovska, Hiroaki Ohishi, Angelika Feldmann, Hiroshi Ochiai, Mathias Francois
bioRxiv 2024.9
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Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging to capture specific cell states Reviewed
Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Ryoma Bise, Kazufumi Hosoda, Yosuke Taniguchi, Hiroshi Ochiai, Hiroaki Ohishi, Kanta Ando, Ryoma Minami, Kaori Tanaka, Taro Tachibana, Seiichi Mori, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Masao Nagasaki, Seiichi Uchida, Hiroshi Kimura, Masashi Narita, Yasuyuki Ohkawa
Nature Communications 15 ( 1 ) 3657 2024.5 （ eISSN:2041-1723 ）
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Naoki Kubo, Ryuji Uehara, Shuhei Uemura, Hiroaki Ohishi, Kenjiro Shirane, Hiroyuki Sasaki
Nature Communications 15 ( 1 ) 3266 2024.4 （ eISSN:2041-1723 ）
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Transcription-coupled changes in higher-order genomic structure and transcription hub viscosity prolong enhancer-promoter connectivity
Hiroaki Ohishi, Soya Shinkai, Hitoshi Owada, Takeru Fujii, Kazufumi Hosoda, Shuichi Onami, Takashi Yamamoto, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Ochiai
bioRxiv 2023.11
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Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging capturing specific cell state
Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Ryoma Bise, Kazufumi Hosoda, Yosuke Taniguchi, Hiroshi Ochiai, Hiroaki Ohishi, Kanta Ando, Ryoma Minami, Tachibana Taro, Kaori Tanaka, Seiichi Mori, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Masao Nagasaki, Seiichi Uchida, Hiroshi Kimura, Masashi Narita, Yasuyuki Ohkawa
bioRxiv 2023.10
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Combined and differential roles of ADD domains of DNMT3A and DNMT3L on DNA methylation landscapes in mouse germ cells
Naoki Kubo, Ryuji Uehara, Shuhei Uemura, Hiroaki Ohishi, Kenjiro Shirane, Hiroyuki Sasaki
bioRxiv 2023.9
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The DNMT3A ADD domain is required for efficient de novo DNA methylation and maternal imprinting in mouse oocytes Reviewed
Ryuji Uehara, Wan Kin Au Yeung, Keisuke Toriyama, Hiroaki Ohishi, Naoki Kubo, Hidehiro Toh, Isao Suetake, Kenjiro Shirane, Hiroyuki Sasaki
PLOS Genetics 19 ( 8 ) e1010855 - e1010855 2023.8
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Organization of transcription and 3D genome as revealed by live-cell imaging. Reviewed International journal
Hiroshi Ochiai, Hiroaki Ohishi, Yuko Sato, Hiroshi Kimura
Current opinion in structural biology 81 102615 - 102615 2023.5
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STREAMING-Tag System: Technology to Enable Visualization of Transcriptional Activity and Subnuclear Localization of Specific Endogenous Genes. International journal
Hiroaki Ohishi, Hiroshi Ochiai
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2577 103 - 122 2023 （ ISSN:10643745 ）
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STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity Reviewed
Hiroaki Ohishi, Seiru Shimada, Satoshi Uchino, Jieru Li, Yuko Sato, Manabu Shintani, Hitoshi Owada, Yasuyuki Ohkawa, Alexandros Pertsinidis, Takashi Yamamoto, Hiroshi Kimura, Hiroshi Ochiai
Nature Communications 2022.12
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STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity
Hiroaki Ohishi, Seiru Shimada, Satoshi Uchino, Jieru Li, Yuko Sato, Manabu Shintani, Hitoshi Owada, Yasuyuki Ohkawa, Alexandros Pertsinidis, Takashi Yamamoto, Hiroshi Kimura, Hiroshi Ochiai
bioRxiv 2022.1
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The DNMT3A PWWP domain is essential for the normal DNA methylation landscape in mouse somatic cells and oocytes. Reviewed International journal
Kanako Kibe, Kenjiro Shirane, Hiroaki Ohishi, Shuhei Uemura, Hidehiro Toh, Hiroyuki Sasaki
PLoS genetics 17 ( 5 ) e1009570 2021.5
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Ddhd1 knockout mouse as a model of locomotive and physiological abnormality in familial spastic paraplegia. Reviewed International journal
Takuya Morikawa, Hiroaki Ohishi, Kengo Kosaka, Tomofumi Shimojo, Akihiro Nagano, Itsuki Taniguchi, Ryuta Fujioka, Kosei Moriyama, Motoko Unoki, Masatomo Takahashi, Motonao Nakao, Yoshihiro Izumi, Takeshi Bamba, Hiroyuki Sasaki, Shiroh Miura, Hiroki Shibata
Bioscience reports 41 ( 2 ) 2021.2
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Characterization of genetic-origin-dependent monoallelic expression in mouse embryonic stem cells. Reviewed International journal
Hiroaki Ohishi, Wan Kin Au Yeung, Motoko Unoki, Kenji Ichiyanagi, Kei Fukuda, Shoji Maenohara, Kenjiro Shirane, Hatsune Chiba, Takashi Sado, Hiroyuki Sasaki
Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 25 ( 1 ) 54 - 64 2020.1
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Poorly controlled diabetes during pregnancy and lactation activates the Foxo1 pathway and causes glucose intolerance in adult offspring. Reviewed International journal
Yukihiro Inoguchi, Kenji Ichiyanagi, Hiroaki Ohishi, Yasutaka Maeda, Noriyuki Sonoda, Yoshihiro Ogawa, Toyoshi Inoguchi, Hiroyuki Sasaki
Scientific reports 9 ( 1 ) 10181 - 10181 2019.7
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Zfp281 Shapes the Transcriptome of Trophoblast Stem Cells and Is Essential for Placental Development. Reviewed International journal
Takashi Ishiuchi, Hiroaki Ohishi, Tetsuya Sato, Satoshi Kamimura, Masayoshi Yorino, Shusaku Abe, Atsushi Suzuki, Teruhiko Wakayama, Mikita Suyama, Hiroyuki Sasaki
Cell reports 27 ( 6 ) 1742 - 1754 2019.5
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Role of UHRF1 in de novo DNA methylation in oocytes and maintenance methylation in preimplantation embryos. Reviewed International journal
Shoji Maenohara, Motoko Unoki, Hidehiro Toh, Hiroaki Ohishi, Jafar Sharif, Haruhiko Koseki, Hiroyuki Sasaki
PLoS genetics 13 ( 10 ) e1007042 2017.10
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Potential role for S100A4 in the disruption of the blood-brain barrier in collagen-induced arthritic mice, an animal model of rheumatoid arthritis. Reviewed International journal
T Nishioku, K Furusho, A Tomita, H Ohishi, S Dohgu, H Shuto, A Yamauchi, Y Kataoka
Neuroscience 189 286 - 92 2011.8
Books
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イメージングによる空間配置情報を保持した1細胞トランスクリプトーム解析ーseqFISH＋
大石 裕晃
羊土社 2020.12
Presentations
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胚性幹細胞における単アリル性発現遺伝子はゲノム及び付随したエピゲノムによって制御される
大石 裕晃, 鵜木 元香, 一柳 健司, 福田 渓, 白根 健次郎, 前之原 章司, 佐渡 敬, 佐々木 裕之
生命科学系学会合同年次大会 2017.12
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胚性幹細胞における単アレル性発現遺伝子の由来とその転写制御
大石 裕晃, 鵜木 元香, 福田 渓, 堀 恭平, 前之原 章司, 千葉 初音, 佐渡 敬, 佐々木 裕之
日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 2015.12
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胎児期および授乳期の血糖コントロール不良の母体糖尿病への暴露は仔の成長後の耐糖能と肝代謝に影響を与える
井口 志洋, 一柳 健司, 大石 裕晃, 井口 登與志, 佐々木 裕之
日本体質医学会雑誌 2019.2
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胎児期および授乳期の血糖コントロール不良の母体糖尿病への暴露は仔の成長後の耐糖能と肝代謝に影響を与える
井口 志洋, 一柳 健司, 大石 裕晃, 井口 登與志, 佐々木 裕之
日本体質医学会雑誌 2018.8
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血糖コントロール不良の母体糖尿病が仔の耐糖能異常および肝代謝にもたらす影響
井口 志洋, 一柳 健司, 大石 裕晃, 前田 泰孝, 園田 紀之, 小川 佳宏, 井口 登與志, 佐々木 裕之
日本臨床分子医学会学術総会プログラム・抄録集 2018.4
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血糖コントロール不良の母体糖尿病は仔の耐糖能異常および肝臓における代謝関連遺伝子の発現変化を性差をもって引き起こす
井口 志洋, 一柳 健司, 大石 裕晃, 前田 泰孝, 園田 紀之, 小川 佳宏, 井口 登與志, 佐々木 裕之
糖尿病 2018.4
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母体糖尿病が仔の表現型および遺伝子発現へ与える長期的な影響
井口 志洋, 一柳 健司, 大石 裕晃, 前田 泰孝, 小川 佳宏, 井口 登與志, 佐々木 裕之
生命科学系学会合同年次大会 2017.12
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DDHD1の新規責任変異の同定とCRISPR/Cas9によるDdhd1ノックアウトマウスの作成
森川 拓弥, 三浦 史郎, 大石 裕晃, 藤岡 竜太, 森山 耕成, 小坂 健悟, 下條 智史, 柴田 弘紀
生命科学系学会合同年次大会 2017.12
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マウス卵子のDNAメチル化確立におけるDnmt3aのADDドメインの役割の解明
鳥山 敬祐, 白根 健次郎, 大石 裕晃, 佐々木 裕之
生命科学系学会合同年次大会 2017.12
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マウス卵子及び体細胞のDNAメチル化確立におけるDnmt3a PWWPドメインの役割
木部 加奈子, 白根 健次郎, 大石 裕晃, 佐々木 裕之
生命科学系学会合同年次大会 2017.12
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母体糖尿病が仔の表現型および遺伝子発現へ与える長期的な影響
井口 志洋, 一柳 健司, 大石 裕晃, 前田 泰孝, 小川 佳宏, 井口 登與志, 佐々木 裕之
日本内分泌学会雑誌 2017.4
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母体糖尿病が仔の表現型および遺伝子発現へ与える長期的な影響
井口 志洋, 一柳 健司, 大石 裕晃, 前田 泰孝, 小川 佳宏, 井口 登與志, 佐々木 裕之
糖尿病 2017.4
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原発性免疫不全症"ICF症候群"の原因遺伝子ZBTB24とCDCA7の機能解析
伊藤 雄哉, 新田 洋久, 鵜木 元香, 大石 裕晃, Thijssen Peter E., Velasco Guillaume, 吉原 美奈子, 須山 幹太, Francastel Claire, Van Der Maarel Silvere M., 佐々木 裕之
日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 2015.12
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Transcriptional regulation of monoallelically expressed genes in ground-state embryonic stem cells
Hiroaki Ohishi, Motoko Unoki, Kei Fukuda, Shoji Maenohara, Kyohei Hori, Hatsune Chiba, Takashi Sado, Hiroyuki Sasaki
GENES & GENETIC SYSTEMS 2015.12
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卵子形成過程および初期胚発生におけるUhrf1の重要性
前之原 章司, 鵜木 元香, 小倉 淳郎, 井上 貴美子, 山縣 一夫, 堀 真由子, Sharif Jafar, 古関 明彦, 藤 英博, 大石 裕晃, 植田 幸嗣, 佐々木 裕之
日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 2015.12
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Zfp57 is Essential for Transcriptional Regulation of Monoallelic Gene Expression in Ground-State Embryonic Stem Cells
Hiroaki Ohishi, Motoko Unoki, Kei Fukuda, Takashi Sado, Hiroyuki Sasaki
GENES & GENETIC SYSTEMS 2014.12
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コラーゲン誘導関節炎マウスのパンヌスにおけるCyclophilin AとCD147の発現増加とその局在
三浦 哲平, 西奥 剛, 大石 裕晃, 津曲 康輔, 山内 淳史, 首藤 英樹, 片岡 泰文
日本薬学会年会要旨集 2011.3
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転写活性化状態における遺伝子周辺の粘性上昇がエンハンサーとプロモーターの接触時間を延長させる.
大石裕晃, 新海創也, 大和田一志, 藤井健, 細田一史, 大浪修一, 山本卓, 大川恭行, 落合博
第41 回染色体ワークショップ・第 22 回核ダイナミクス研究会 2024.1
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転写バーストにおける高次ゲノム構造と転写制御関連因子クラスターの空間的関係.
大石裕晃、新海創也、大和田一志、大浪修一、山本卓、大川恭行、落合博
第46回日本分子生物学会年会 2023.12
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STREAMING-tagによる転写活性と転写制御関連因子の時空間的な関連性の解明.
大石 裕晃、島田 聖瑠、内野 哲志、Jieru Li、佐藤 優子、新谷 学文、大和田 一志、大川 恭行、Pertsinidis Alexandros、山本 卓、木村 宏、落合 博
第75回日本細胞生物学会大会 2023.6
MISC
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特定RNA分子／DNA領域のライブイメージング技術
大石 裕晃, 落合 博
生体の科学 2023.6
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【CRISPR最新ツールボックス 高効率・高精度なゲノム編集から遺伝子座の制御・検出まであなたの研究を拡張する!】CRISPR-Cas9システムによる特定遺伝子座ライブイメージング
大石 裕晃, 落合 博
実験医学 2021.5
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【1細胞解析-技術と応用】技術 ライブイメージングによる1細胞動態解析
大石 裕晃, 落合 博
医学のあゆみ 2021.3
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Transcriptional regulation of monoallelically expressed genes in ground-state embryonic stem cells
Hiroaki Ohishi, Motoko Unoki, Kei Fukuda, Shoji Maenohara, Kyohei Hori, Hatsune Chiba, Takashi Sado, Hiroyuki Sasaki
GENES & GENETIC SYSTEMS 2015.12
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Zfp57 is Essential for Transcriptional Regulation of Monoallelic Gene Expression in Ground-State Embryonic Stem Cells
Hiroaki Ohishi, Motoko Unoki, Kei Fukuda, Takashi Sado, Hiroyuki Sasaki
GENES & GENETIC SYSTEMS 2014.12
Professional Memberships
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日本分子生物学会
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日本細胞生物学会
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日本ゲノム編集学会
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日本エピジェネティクス研究会
Research Projects
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蛍光イメージングによる時空間的なゲノムインプリンティング制御機構の解明
Grant number：22K15084 2022 - 2024
日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究
Grant type：Scientific research funding
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新規ＫＲＡＢ－ＺＮＦ タンパク質によるエピジェネティック修飾の維持伝達機構の解明
Grant number：14J03854 2014 - 2015
日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究
Grant type：Scientific research funding
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ゲノムインプリンティングにおいてＵＨＲＦ１が果たす役割の解明
Grant number：24613005 2012 - 2014
日本学術振興会 科学研究費助成事業 若手研究
Grant type：Scientific research funding