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TOMIMATSU KOSUKE
 
Organization
Medical Institute of Bioregulation Medical Research Center for High Depth Omics Assistant Professor
Graduate School of Systems Life Sciences Department of Systems Life Sciences(Joint Appointment)
Title
Assistant Professor
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0926424534
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Research Areas

  • Life Science / Genetics

  • Life Science / Tumor biology

  • Life Science / Cell biology

  • Life Science / System genome science

Research History

  • Medical Institute of Bioregulation, Kyushu University Assistant Professor

    2021.10 - Present

      More details

Research Interests・Research Keywords

  • Research theme:Epigenetics

    Keyword:Epigenetics

    Research period: 2024

  • Research theme:Chromatin

    Keyword:Chromatin

    Research period: 2024

  • Research theme:Cellular Senescence

    Keyword:Cellular Senescence

    Research period: 2024

  • Research theme:Development of spatial multi-omics methods for single cell resolution

    Keyword:Single cell analysis, Spatial omics

    Research period: 2022.6

Papers

  • Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging to capture specific cell states Reviewed International journal

    Nature Communications   15 ( 1 )   3657   2024.5   eISSN:2041-1723

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    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1038/s41467-024-47989-9

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  • Locus-specific induction of gene expression from heterochromatin loci during cellular senescence Reviewed International coauthorship International journal

    Kosuke Tomimatsu, Dóra Bihary, Ioana Olan, Aled J. Parry, Stefan Schoenfelder, Adelyne S. L. Chan, Guy St. C. Slater, Yoko Ito, Peter J. Rugg-Gunn, Kristina Kirschner, Camino Bermejo-Rodriguez, Tomomi Seko, Hiroyuki Kugoh, Ken Shiraishi, Koji Sayama, Hiroshi Kimura, Peter Fraser, Masako Narita, Shamith A. Samarajiwa, Masashi Narita

    Nature Aging   2 ( 1 )   31 - +   2021.12   eISSN:2662-8465

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)   Publisher:Springer Science and Business Media LLC  

    <title>Abstract</title>
    Cellular senescence is a fate-determined state, accompanied by reorganization of heterochromatin. While lineage-appropriate genes can be temporarily repressed through facultative heterochromatin, stable silencing of lineage-inappropriate genes often involves the constitutive heterochromatic mark, histone H3K9me3. The fate of these heterochromatic genes during the chromatin reorganization accompanying senescence is unclear. Here we show a small number of lineage-inappropriate genes are derepressed in senescent cells from H3K9me3 regions that gain open chromatin marks. DNA FISH experiments reveal that these gene loci, which are tightly condensed at the nuclear periphery in proliferative cells, are physically decompacted during senescence. Among these gene loci, <italic>NLRP3</italic> is predominantly expressed in immune cells, such as macrophages, where it resides within an open topologically associated domain (TAD). In contrast, <italic>NLRP3</italic> is derepressed in senescent fibroblasts, potentially due to the local disruption of the H3K9me3-rich TAD that contains it. The role of NLRP3 has been implicated in the amplification of inflammatory cytokine signalling in senescence and aging, underscoring the functional relevance of gene induction from ‘permissive’ H3K9me3 regions in senescent cells.

    File: TomimatsuNatAging2021.pdf

    DOI: 10.1038/s43587-021-00147-y

    Web of Science

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    researchmap

    Other Link: https://www.nature.com/articles/s43587-021-00147-y

  • Tracking chromatin structure changes by single-cell multi-epigenomics with RNA polymerase II binding profiles

    Yasuyuki Ohkawa, Akihito Harada, Takeru Fujii, Kosuke Tomimatsu, Michiko Kato, Miho Ito, Kazumitsu Maehara, Shoko Sato, Hitoshi Kurumizaka, Yuko Sato, Hiroshi Kimura

    ResearchSquare   2024.6

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    Publisher:Research Square Platform LLC  

    Abstract <p>Transcription factor-bound chromatin structures regulate cell lineages in multicellular organisms. Single-cell epigenomics has the potential to reveal lineage determination on chromatin structure, but the methodology is still in development. Here, we develop single-cell combinatorial-indexing multi-target Chromatin Integration Labeling followed by sequencing (sci-mtChIL-seq) as a single-cell multi-epigenomics approach, which enables simultaneous single-cell analysis of both RNA polymerase II binding to chromatin and epigenomic factors such as transcription factors/histones. We apply sci-mtChIL-seq to analyze the binding dynamics of skeletal-muscle-specific transcription factor MyoD during mouse embryonic myogenesis. Based on RNA polymerase II-bound gene profiles, single-cells are efficiently classified into myogenic-clusters and ordered pseudotemporally. MyoD exhibits genome-wide binding in the muscle-progenitor-cell population, but in myocytes, this transitions toward enrichment in muscle-specific genes on active chromatin. Thus, sci-mtChIL-seq can be a powerful tool to analyze epigenomic dynamics in cell fate determination.</p>

    DOI: 10.21203/rs.3.rs-4503255/v1

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    Other Link: https://www.researchsquare.com/article/rs-4503255/v1.html

  • Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging capturing specific cell state

    Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Ryoma Bise, Kazufumi Hosoda, Yosuke Taniguchi, Hiroshi Ochiai, Hiroaki Ohishi, Kanta Ando, Ryoma Minami, Kaori Tanaka, Taro Tachibana, Seiichi Mori, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Masao Nagasaki, Seiichi Uchida, Hiroshi Kimura, Masashi Narita, Yasuyuki Ohkawa

    bioRxiv   2023.10

     More details

    Authorship:Lead author   Publisher:Cold Spring Harbor Laboratory  

    Abstract

    Cell states are regulated by the response of signaling pathways to receptor ligand-binding and inter-cellular interactions. High-resolution imaging has been attempted to explore the dynamics of these processes and, recently, multiplexed imaging has profiled cell states by achieving a comprehensive acquisition of spatial protein information from cells. However, the specificity of antibodies is still compromised when visualizing activated signals. Here, we developed Precise Emission Canceling Antibodies (PECAbs) that have cleavable fluorescent labeling. PECAbs enable high-specificity sequential imaging using hundreds of antibodies, allowing for reconstruction of the spatiotemporal dynamics of signaling pathways. Additionally, combining this approach with seq-smFISH can effectively classify cells and identify their signal activation states in human tissue. Overall, the PECAb system can serve as a comprehensive platform for analyzing complex cell processes.

    DOI: 10.1101/2023.10.17.561810

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  • 特集 クロマチンによる転写制御機構の最前線 Ⅴ.クロマチンと転写制御に関する新技術 クロマチン構造における転写制御の理解に向けた技術開発

    原田 哲仁, 富松 航佑, 武 千湄, 大川 恭行

    生体の科学   74 ( 3 )   255 - 259   2023.6   ISSN:03709531 eISSN:18835503

     More details

    Publisher:株式会社医学書院  

    DOI: 10.11477/mf.2425201685

    CiNii Research

  • nudt7遺伝子枯渇はゼブラフィッシュの初期発生においてトランスクリプトーム変化を引き起こす(nudt7 gene depletion causes transcriptomic change in early development of zebrafish) Invited

    Bhandari Sushil, Hong KwangHeum, Miyawaki-Kuwakado Atsuko, Tomimatsu Kosuke, Kim Yong-Il, Nam In-Koo, Sagerstroem Charles G., Nakamura Mako, Choe Seong-Kyu

    The Journal of Biochemistry   173 ( 1 )   53 - 63   2023.1   ISSN:0021-924X

     More details

    Language:English   Publisher:(公社)日本生化学会  

    mRNA分解に関与するペルオキシソームNUDT19のパラログであるペルオキシソームNUDT7に注目した。ゼブラフィッシュ(ZF)胚を用いた。トランスクリプトームデータでは、Nudtファミリーが発生中のZF胚において接合体遺伝子活性化(ZGA)周辺部位で高度発現されていた。従って、ZFのnudt7遺伝子の産物はペルオキシソームに局在し、初期胚形成で高度に発現するとの計算機予測を確認できた。CRISPR/Cas9系によるnudt7遺伝子の枯渇は発生に影響しなかったが、ZGAの転写率は低下した。H3K27ac ChIP-seq分析では、この転写の減少がH3K27acレベルのゲノム全体の減少と相関していた。以上より、ペルオキシソームNudt7は活性クロマチンのH3K27acドメイン形成を介して、ZGAの転写調節に関与すると考えられた。

  • nudt7 gene depletion causes transcriptomic change in early development of zebrafish. Reviewed International journal

    Sushil Bhandari, KwangHeum Hong, Atsuko Miyawaki-Kuwakado, Kosuke Tomimatsu, Yong-Il Kim, In-Koo Nam, Charles G Sagerstrom, Mako Nakamura, Seong-Kyu Choe

    Journal of biochemistry   173 ( 1 )   53 - 63   2022.10   ISSN:0021-924X eISSN:1756-2651

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    The Nudt family has been identified as enzymes performing Coenzyme A to 3'5'-ADP + 4'-phospho pantetheine catalysis. The members of this family have been shown to be particularly involved in lipid metabolism, while their involvement in gene regulation through regulating transcription or mRNA metabolism has also been suggested. Here, we focused on peroxisomal NUDT7, possessing enzymatic activity similar to that of its paralog, peroxisomal NUDT19, which is involved in mRNA degradation. No reports have been published about the Nudt family in zebrafish. Our transcriptomic data showed that the Nudt family members are highly expressed around zygotic gene activation (ZGA) in developing zebrafish embryos. Therefore, we confirmed the computational prediction that the products of the nudt7 gene in zebrafish were localized in the peroxisome and highly expressed in early embryogenesis. The depletion of nudt7 genes by the CRISPR/Cas9 system did not affect development; however, it decreased the rate of transcription in ZGA. In addition, H3K27ac ChIP-seq analysis demonstrated that this decrease in transcription was correlated with the genome-wide decrease of H3K27ac level. This study suggests that peroxisomal Nudt7 functions in regulating transcription in ZGA via formation of the H3K27ac domain in active chromatin.

    DOI: 10.1093/jb/mvac086

    Web of Science

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    researchmap

  • Unusual nucleosome formation and transcriptome influence by the histone H3mm18 variant. Reviewed International journal

    Seiya Hirai, Kosuke Tomimatsu, Atsuko Miyawaki-Kuwakado, Yoshimasa Takizawa, Tetsuro Komatsu, Taro Tachibana, Yutaro Fukushima, Yasuko Takeda, Lumi Negishi, Tomoya Kujirai, Masako Koyama, Yasuyuki Ohkawa, Hitoshi Kurumizaka

    Nucleic acids research   50 ( 1 )   72 - 91   2021.12   ISSN:0305-1048 eISSN:1362-4962

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1093/nar/gkab1137

    Web of Science

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    PubMed

  • Transcriptome analysis of gene expression changes upon enzymatic dissociation in skeletal myoblasts. Reviewed International journal

    Atsuko Miyawaki-Kuwakado, Qianmei Wu, Akihito Harada, Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa

    Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms   2021.5

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1111/gtc.12870

  • Epigenetic effects induced by the ectopic expression of Pax7 in 3T3-L1. Reviewed International journal

    Alaa Elgaabari, Atsuko Miyawaki-Kuwakado, Kosuke Tomimatsu, Qianmei Wu, Kosuke Tokunaga, Wakana Izumi, Takahiro Suzuki, Ryuichi Tatsumi, Mako Nakamura

    Journal of biochemistry   2021.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1093/jb/mvab030

  • Genome-wide analysis of chromatin structure changes upon MyoD binding in proliferative myoblasts during the cell cycle. Reviewed International journal

    Qianmei Wu, Takeru Fujii, Akihito Harada, Kosuke Tomimatsu, Atsuko Miyawaki-Kuwakado, Masatoshi Fujita, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa

    Journal of biochemistry   2021.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1093/jb/mvab001

  • Modeling population size independent tissue epigenomes by ChIL-seq with single-thin sections Reviewed

    Kazumitsu Maehara, Kosuke Tomimatsu, Akihito Harada, Kaori Tanaka, Shoko Sato, Seiji Okada, Tetsuya Handa, Hitoshi Kurumizaka, Hiroshi Kimura, Yasuyuki Ohkawa

    Molecular Systems Biology   2020.12

     More details

    Language:English  

    DOI: 10.1101/2020.12.18.423434

  • Long non-coding RNA MANCR is a target of BET bromodomain protein BRD4 and plays a critical role in cellular migration and invasion abilities of prostate cancer Reviewed International journal

    Masayuki Nagasawa, Kosuke Tomimatsu, Koji Terada, Kenta Kondo, Kazuko Miyazaki, Masaki Miyazaki, Daisuke Motooka, Daisuke Okuzaki, Tetsuya Yoshida, Susumu Kageyama, Hiroshi Kawamoto, Akihiro Kawauchi, Yasutoshi Agata

    Biochemical and Biophysical Research Communications   2020.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • NOTCH-mediated non-cell autonomous regulation of chromatin structure during senescence. Reviewed International journal

    Parry AJ, Hoare M, Bihary D, Hansel-Hertcsh R, Smith S, Tomimatsu K, Mannion E, Smith A, D'Santos P, Russell A, Balasubramanian S, Kimura H, Samarajiwa SA, Narita M

    Nature Communications   2018.11

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • Multiple expression cassette exchange via TP901-1, R4, and Bxb1 integrase systems on a mouse artificial chromosome Reviewed

    Kosuke Tomimatsu, Kenji Kokura, Tadashi Nishida, Yuki Yoshimura, Yasuhiro Kazuki, Masashi Narita, Mitsuo Oshimura, Tetsuya Ohbayashi

    FEBS OPEN BIO   7 ( 3 )   306 - 317   2017.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/2211-5463.12169

  • Multiple expression cassette exchange via TP901-1, R4, and Bxb1 integrase systems on a mouse artificial chromosome Reviewed International journal

    Kosuke Tomimatsu, Kenji Kokura, Tadashi Nishida, Yuki Yoshimura, Yasuhiro Kazuki, Masashi Narita, Mitsuo Oshimura, Tetsuya Ohbayashi

    FEBS Open Bio   2017.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • NOTCH1 mediates a switch between two distinct secretomes during senescence Reviewed

    Matthew Hoare, Yoko Ito, Tae-Won Kang, Michael P. Weekes, Nicholas J. Matheson, Daniel A. Patten, Shishir Shetty, Aled J. Parry, Suraj Menon, Rafik Salama, Robin Antrobus, Kosuke Tomimatsu, William Howat, Paul J. Lehner, Lars Zender, Masashi Narita

    NATURE CELL BIOLOGY   18 ( 9 )   979 - 992   2016.9

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1038/ncb3397

  • NOTCH1 mediates a switch between two distinct secretomes during senescence Reviewed International journal

    Matthew Hoare, Yoko Ito, Tae-Won Kang, Michael P. Weekes, Nicholas J. Matheson, Daniel A. Patten, Shishir Shetty, Aled J. Parry, Suraj Menon, Rafik Salama, Robin Antrobus, Kosuke Tomimatsu, William Howat, Paul J. Lehner, Lars Zender, Masashi Narita

    Nature Cell Biology   2016.9

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • Translating the effects of mTOR on secretory senescence Invited Reviewed International journal

    Kosuke Tomimatsu, Masashi Narita

    Nature Cell Biology   2015.10

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • Translating the effects of mTOR on secretory senescence Invited Reviewed

    Kosuke Tomimatsu, Masashi Narita

    NATURE CELL BIOLOGY   17 ( 10 )   1230 - 1232   2015.10

     More details

    Language:English  

    DOI: 10.1038/ncb3244

  • Phenotype Specific Analyses Reveal Distinct Regulatory Mechanism for Chronically Activated p53 Reviewed

    Kristina Kirschner, Shamith A. Samarajiwa, Jonathan M. Cairns, Suraj Menon, Pedro A. Perez-Mancera, Kosuke Tomimatsu, Camino Bermejo-Rodriguez, Yoko Ito, Tamir Chandra, Masako Narita, Scott K. Lyons, Andy G. Lynch, Hiroshi Kimura, Tetsuya Ohbayashi, Simon Tavare, Masashi Narita

    PLOS GENETICS   11 ( 3 )   e1005053   2015.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1371/journal.pgen.1005053

  • Phenotype Specific Analyses Reveal Distinct Regulatory Mechanism for Chronically Activated p53 Reviewed International journal

    Kristina Kirschner, Shamith A. Samarajiwa, Jonathan M. Cairns, Suraj Menon, Pedro A. Perez-Mancera, Kosuke Tomimatsu, Camino Bermejo-Rodriguez, Yoko Ito, Tamir Chandra, Masako Narita, Scott K. Lyons, Andy G. Lynch, Hiroshi Kimura, Tetsuya Ohbayashi, Simon Tavare, Masashi Narita

    Plos Genetics   2015.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • Antigen-specific in vitro immunization: A source for human monoclonal antibodies Invited Reviewed International journal

    Kosuke Tomimatsu, Sanetaka Shirahata

    Methods in Molecular Biology   2014.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • A rapid screening and production method using a novel mammalian cell display to isolate human monoclonal antibodies Reviewed

    Kosuke Tomimatsu, Shin-Ei Matsumoto, Hayato Tanaka, Makiko Yamashita, Hidekazu Nakanishi, Kiichiro Teruya, Saiko Kazuno, Tomoya Kinjo, Takeki Hamasaki, Ken-Ichi Kusumoto, Shigeru Kabayama, Yoshinori Katakura, Sanetaka Shirahata

    Biochemical and Biophysical Research Communications   441 ( 1 )   59 - 64   2013.11

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1016/j.bbrc.2013.10.007

  • A rapid screening and production method using a novel mammalian cell display to isolate human monoclonal antibodies Reviewed International journal

    Kosuke Tomimatsu, Shin-Ei Matsumoto, Hayato Tanaka, Makiko Yamashita, Hidekazu Nakanishi, Kiichiro Teruya, Saiko Kazuno, Tomoya Kinjo, Takeki Hamasaki, Ken-Ichi Kusumoto, Shigeru Kabayama, Yoshinori Katakura, Sanetaka Shirahata

    Biochemical and Biophysical Research Communications   2013.11

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • Redistribution of the Lamin B1 genomic binding profile affects rearrangement of heterochromatic domains and SAHF formation during senescence Reviewed International journal

    Genes and Development   2013.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  • Redistribution of the Lamin B1 genomic binding profile affects rearrangement of heterochromatic domains and SAHF formation during senescence Reviewed

    Genes and Development   27 ( 16 )   1800 - 1808   2013.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1101/gad.217281.113

  • Extension of the Lifespan of Caenorhabditis elegans by the Use of Electrolyzed Reduced Water Reviewed

    Hanxu Yan, Huaize Tian, Tomoya Kinjo, Takeki Hamasaki, Kosuke Tomimatsu, Noboru Nakamichi, Kiichiro Teruya, Shigeru Kabayama, Sanetaka Shirahata

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   74 ( 10 )   2011 - 2015   2010.10

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1271/bbb.100250

  • Production of Human Monoclonal Antibodies against Fc epsilon RI alpha by a Method Combining in Vitro Immunization with Phage Display Reviewed

    Kosuke Tomimatsu, Shin-ei Matsumoto, Makiko Yamashita, Kiichiro Teruya, Yoshinori Katakura, Shigeru Kabayama, Sanetaka Shirahata

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   73 ( 7 )   1465 - 1469   2009.7

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1271/bbb.80640

  • Generation of human monoclonal antibodies against Propionibacterium acnes by applying the phage display method to human peripheral blood mononuclear cells immunized in vitro Reviewed

    Yeon Suk Jung, Shin-Ei Matsumoto, Yoshinori Katakura, Makiko Yamashita, Kosuke Tomimatsu, Shigeru Kabayama, Kiichiro Teruya, Sanetaka Shirahata

    CYTOTECHNOLOGY   57 ( 2 )   169 - 175   2008.6

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1007/s10616-008-9138-z

  • A rapid and efficient strategy to generate antigen-specific human monoclonal antibody by in vitro immunization and the phage display method Reviewed

    Shin-ei Matsumoto, Makiko Yamashita, Yoshinori Katakura, Yoshihiro Aiba, Kosuke Tomimatsu, Shigeru Kabayama, Kiichiro Teruya, Sanetaka Shirahata

    JOURNAL OF IMMUNOLOGICAL METHODS   332 ( 1-2 )   2 - 9   2008.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1016/j.jim.2007.12.005

  • Anti-peptide antibody production elicited by in vitro immunization of human peripheral blood mononuclear cells Reviewed

    Takashi Tamura, Kosuke Tomimatsu, Yoshinori Katakura, Makiko Yamashita, Shin-ei Matsumoto, Yoshihiro Aiba, Yeon Suk Jung, Yoshiichi Abe, Tsukasa Fujiki, Kiichiro Teruya, Sanetaka Shirahata

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   71 ( 12 )   2871 - 2875   2007.12

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1271/bbb.60460

  • Propionibacterium acnes acts as an adjuvant in in vitro immunization of human peripheral blood mononuclear cells Reviewed

    Yeon Suk Jung, Shin-ei Matsumoto, Makiko Yamashita, Kosuke Tomimatsu, Kiichiro Teruya, Yoshinori Katakura, Sanetaka Shirahata

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   71 ( 8 )   1963 - 1969   2007.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1271/bbb.70159

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Books

  • 生化学96巻3号 ことばのページ 転写ハブ

    富松航佑, 原田哲仁( Role: Contributor)

    日本生化学会  2024.6 

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  • 月刊 Precision Medicine 病理/組織画像評価法の潮流

    富松航佑

    北隆館  2023.7 

     More details

    Language:Others  

  • 月刊 Precision Medicine 病理/組織画像評価法の潮流

    富松航佑( Role: Contributor組織を構成する細胞状態の解明に向けたエピゲノム解析技術の開発)

    北隆館  2023.7 

     More details

  • 生体の科学[特集]クロマチンによる転写制御機構の最前線

    原田哲仁, 富松航佑, 武千湄, 大川恭行

    公益財団法人金原一郎記念医学医療振興財団/医学書院  2023.6 

     More details

    Language:Others  

  • 生体の科学[特集]クロマチンによる転写制御機構の最前線

    原田哲仁, 富松航佑, 武千湄, 大川恭行( Role: Contributorクロマチン構造における転写制御の理解に向けた技術開発)

    公益財団法人金原一郎記念医学医療振興財団/医学書院  2023.6 

     More details

  • エピゲノムで新たな解明が進む「先天性疾患」

    富松航佑, 大川恭行

    株式会社 メディカルドゥ  2021.4 

     More details

    Language:Others  

  • ダイレクトリプログラミング 再生医療の新展開

    富松航佑, 大川恭行

    (株)エヌ・ティー・エス  2020.8 

     More details

    Language:Others  

  • ダイレクトリプログラミング 再生医療の新展開 分担執筆, 範囲:単一細胞エピゲノム解析技術の開発

    富松航佑、大川恭行( Role: Joint author)

    エヌ・ティー・エス  2020.8 

     More details

    Language:Japanese   Book type:Scholarly book

  • ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES. Use of animal cells and display methods for production of monoclonal antibodies

    Kosuke Tomimatsu, Sanetaka Shirahata( Role: Joint author)

    WILEY online library  2012.4 

     More details

    Language:English   Book type:Scholarly book

  • バイオ医薬の開発技術とシーズ

    富松航佑、白畑實隆( Role: Joint author)

    CMC出版  2009.9 

     More details

    Language:Japanese   Book type:Scholarly book

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Presentations

  • Precise immunofluorescence canceling enables highly multiplexed imaging to analyze senescence dynamics

    Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Yasuyuki Okawa

    FASEB Science Research conferences, Transcription, Chromatin, and Epigenetics in Aging, Melbourne Florida, USA  2024.9 

     More details

    Event date: 2024.9

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

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  • Spatial multi-omics reveals dynamics of cell state Invited

    2023.9 

     More details

    Event date: 2024.5

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

  • Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging capturing specific cell state International conference

    Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Yasuyuki Ohkawa

    8th International Cell Senescence Association meeting  2023.10 

     More details

    Event date: 2023.10

    Language:English  

    Country:Other  

  • Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging capturing specific cell state

    Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Yasuyuki Ohkawa

    8th International Cell Senescence Association (ICSA), Minneapolis, USA  2023.10 

     More details

    Event date: 2023.10

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

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  • 単一細胞レベルでタンパク質の空間プロファイルする連続免疫染色法の開発

    富松航佑、藤井健、備瀬竜馬、落合博、大石裕晃、細田一史、内田誠一、大川恭行

    日本エピジェネティクス研究会  2022.6 

     More details

    Event date: 2022.6

    Language:Japanese  

    Venue:福岡   Country:Japan  

  • Aberrant gene expression from linage-specific silenced loci during senescence.

    Kosuke Tomimatsu, Aled Parry, Dora Bihary, Ioana Olan, Guy Slater, Stephen Schoenfelder, Peter Fraser, Peter Rugg-Gunn, Hiroshi Kimura, Shamith A Samarajiwa, Masashi Narita

    Healthy Ageing;From Molecules to Organisms, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK  2018.1 

     More details

    Event date: 2018.2

    Presentation type:Poster presentation  

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  • 空間マルチオミクスによる細胞型と状態の特徴量解析 Invited

    富松航佑

    第3回ゲノム生物物理学セミナー  2022.8 

     More details

    Language:Others  

    Country:Other  

  • 空間マルチオミクスによる細胞状態と空間分布特徴の解析 Invited

    富松航佑

    日本分子生物学会  2022.11 

     More details

    Language:Others  

    Country:Other  

  • 細胞状態変化を計測するためのマルチオミクス技術開発 Invited

    富松航佑

    日本エピジェネティクス研究会  2023.6 

     More details

    Language:Others  

    Country:Other  

  • 細胞状態のダイナミクスを解析する空間マルチオミクス技術の開発 Invited

    富松航佑

    第46回日本分子生物学会年会 シンポジウム 高深度オミクスで迫る生命システムダイナミクス  2023.12 

     More details

    Language:Others  

    Country:Other  

  • 細胞状態変化を計測するマルチオミクス技術開発 Invited

    富松航佑

    第46回日本分子生物学会年会 バイオテクノロジーセミナー  2023.12 

     More details

    Language:Others   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Other  

  • 細胞状態変化を計測するマルチオミクス技術開発 Invited

    富松航佑

    第46回日本分子生物学会年会 バイオテクノロジーセミナー  2023.12 

     More details

    Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

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  • 細胞状態変化を計測するためのマルチオミクス技術開発 Invited

    富松航佑

    第16回日本エピジェネティクス研究会年会  2023.6 

     More details

    Presentation type:Public lecture, seminar, tutorial, course, or other speech  

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  • 細胞状態のダイナミクスを解析する空間マルチオミクス技術の開発 Invited

    富松航佑

    第46回日本分子生物学会年会 シンポジウム 高深度オミクスで迫る生命システムダイナミクス  2023.12 

     More details

    Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

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  • 空間マルチオミクスによる細胞状態のダイナミクス解析(Spatial multi-omics reveals dynamics of cell state)

    富松 航佑, 大川 恭行

    日本癌学会総会記事  2023.9  (一社)日本癌学会

     More details

    Language:English  

  • 空間マルチオミクスによる細胞状態と空間分布特徴の解析 Invited

    富松航佑

    日本分子生物学会  2022.11 

     More details

    Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

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  • 空間マルチオミクスによる細胞型と状態の特徴量解析 Invited

    富松航佑

    第3回ゲノム生物物理学セミナー  2022.8 

     More details

    Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

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  • 空間マルチオミクスによる加齢性筋萎縮機構の解明~細胞老化の時空間解析法の開発~ Invited

    富松航佑

    老化の多面的理解に向けた融合の場  2024.7 

     More details

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

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  • 空間オミクスによる骨格筋組織老化機序の解明

    富松 航佑, 大川 恭行

    日本筋学会学術集会プログラム・抄録集  2022.8  (一社)日本筋学会

     More details

    Language:Japanese  

  • 単一細胞レベルでタンパク質の空間プロファイルする連続免疫染色法の開発

    富松航佑

    第15回日本エピジェネティクス研究会年会  2022.6 

     More details

    Presentation type:Poster presentation  

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  • Spatial multi-omics reveals dynamics of cell state Invited

    Kosuke Tomimatsu

    2023.9 

     More details

    Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

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  • seqIFのトリセツ: DIYで実施する Invited

    富松航佑

    千里ライフサイエンス振興財団G73 空間オミクス解析に関する技術講習  2024.6 

     More details

    Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

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  • seqIF: 細胞状態を高解像で捉える連続免染技術 Invited

    富松航佑

    千里ライフサイエンス振興財団G73 空間オミクス解析に関する技術講習  2024.6 

     More details

    Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

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  • Development of spatial multi-omics methods to measure cell states in cancer tissues Invited

    Kosuke Tomimatsu

    2024.9 

     More details

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

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MISC

  • 【病理/組織画像評価法の潮流】組織を構成する細胞状態の解明に向けたエピゲノム解析技術の開発

    富松 航佑, 大川 恭行

    Precision Medicine   6 ( 8 )   617 - 622   2023.7   ISSN:2434-3625

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    Language:Japanese   Publisher:(株)北隆館  

    組織はヘテロな細胞集団が協調的に働くことで,形態及び機能の恒常性を維持している。その機構を解明するためには,細胞の転写制御に関わるエピゲノム情報の取得が必要となる。近年の1細胞解析技術の発展により細胞毎のエピゲノム状態を解析することは可能となってきているが,とりわけヒト検体のような希少サンプルを用いた解析には,限られたマテリアルからより多くの情報を引き出す高感度な解析手法が求められる。本項では,これら技術開発の動向と,免疫染色を組み合わせた我々のエピゲノム解析技術開発の取り組みについて紹介する。(著者抄録)

  • 【クロマチンによる転写制御機構の最前線】クロマチンと転写制御に関する新技術 クロマチン構造における転写制御の理解に向けた技術開発

    原田 哲仁, 富松 航佑, 武 千び, 大川 恭行

    生体の科学   74 ( 3 )   255 - 259   2023.6   ISSN:0370-9531

     More details

    Language:Japanese   Publisher:(公財)金原一郎記念医学医療振興財団  

    <文献概要>ヒトのほぼすべての種類の細胞は同一のゲノムを持つ。この同一のゲノムを持つ異なる種類の細胞の特性と機能は,遺伝子が存在するクロマチン構造の転写における選択性により支配されている。したがって,転写はRNAポリメラーゼIIによりゲノムDNAからRNAが合成されるプロセスという側面に加えて,異なるエピゲノム状態を判別し,適切な遺伝子発現を選択する過程と言える。近年の1細胞解析技術の高感度化,高深度化に伴い,細胞の型のみならず,細胞状態変化まで遺伝子発現の総体であるトランスクリプトームで区別可能になりつつある。一方で,これら細胞の状態変化が可塑的な範囲か,あるいは細胞型として不可逆的な変化を示したのかは判定が困難である。改めて,クロマチンレベルの遺伝子発現解析の重要性が高まっていると言えよう。本稿では,転写の場であるクロマチン構造変化と転写を測定する試みについて代表的な技術を紹介したい。

Industrial property rights

Patent   Number of applications: 1   Number of registrations: 0
Utility model   Number of applications: 0   Number of registrations: 0
Design   Number of applications: 0   Number of registrations: 0
Trademark   Number of applications: 0   Number of registrations: 0

Professional Memberships

  • 日本エピジェネティクス研究会

    2019.4

      More details

  • 日本エピジェネティクス研究会

Research Projects

  • Elucidation of the roles of a new extracellular matrix protein SVEP1 in the pathogenesis of heart failure

    Grant number:24K02454  2024.4 - 2027.3

    Grants-in-Aid for Scientific Research  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

      More details

    Grant type:Scientific research funding

    CiNii Research

  • Mechanism of sarcomagenesis by 3-d epigenome analysis of gynecological carcinosarcoma

    Grant number:24K02334  2024.4 - 2027.3

    Grants-in-Aid for Scientific Research  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

      More details

    Grant type:Scientific research funding

    CiNii Research

  • 子宮体癌とその前癌病変である内膜増殖症の空間的エピゲノム解析

    Grant number:23K08858  2023 - 2025

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    後藤 理, 富松 航佑, 丸山 玲緒

      More details

    Authorship:Coinvestigator(s)  Grant type:Scientific research funding

    子宮体癌は国内外で増加傾向にあり、その早期発見と予防は喫緊の課題である。前癌病変である内膜増殖症および異型内膜増殖症と、腺癌は、子宮内に連続して併存することが多い。段階的悪性化の機序として PTEN などのドライバー変異や DNA メチル化の寄与などが報告されているが、大部分は不明である。本研究では、ゲノムワイドに多種類の転写因子や修飾ヒストンの結合部位を同定することができる ChIL (Chromatin Integration Labeling) 法、および、多種類の抗体による多重免疫染色法を用いて、空間的エピゲノム解析を行い、子宮体癌の腫瘍形成過程におけるエピゲノム異常を同定する。

    CiNii Research

  • 空間マルチオミクス解析による急性冠症候群の発症機序解明

    Grant number:23K07520  2023 - 2025

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    大塚 文之, 富松 航佑, 坂田 泰彦, 長崎 正朗, 野口 暉夫, 畠山 金太

      More details

    Authorship:Coinvestigator(s)  Grant type:Scientific research funding

    本研究では、ヒト剖検例における冠動脈プラーク組織を用い、単一細胞トランスクリプトームと空間プロテオームを同時に解析する空間マルチオミクス解析により、冠動脈プラー
    ク破綻の病態を単一細胞レベルで解析することを第一の目標とする。また、得られた知見に基づき、冠動脈疾患患者の血液試料を用いて急性冠症候群の発症予測に有用となり得る血中バイオマーカーの探索を行う。

    CiNii Research

  • 空間マルチオミクスによる加齢性筋萎縮機構の解明

    2023 - 2025

    科学研究費助成事業  創成的基礎研究費

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 個体老化における老化細胞蓄積のメカニズム解明

    Grant number:23K24795  2022.4 - 2025.3

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    富松 航佑

      More details

    Grant type:Scientific research funding

    個体老化の顕著な表現型は,骨格筋機能低下に伴う運動,代謝機能の棄損である.これら加齢に伴う骨格筋機能の低下は加齢性筋萎縮(サルコペニア)と定義され,死亡率との高い相関性から積極的な介入研究の必要性が示されてきた.従来の研究ではサルコペニアは,成体骨格筋に存在する骨格筋幹細胞の数が激減することで骨格筋の再生が困難となることが示唆されてきた.一方で,増殖せずに組織内で保持されているはずの幹細胞数が老化に伴い減少するメカニズムについて未だ不明な点が多い.本研究では,個体老化に伴う組織全体の骨格筋幹細胞数の減少を幹細胞ニッチの機能破綻に着目し,老化細胞の形成と伝播の観点から解明を試みる.

    CiNii Research

  • 個体老化における老化細胞蓄積のメカニズム解明

    Grant number:22H03538  2022 - 2024

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 空間的エピゲノム解析を用いた子宮体がんの腫瘍形成過程の解明と早期診断・予防のための新規バイオマーカーの同定

    2022 - 2024

    科学研究費助成事業  厚生労働科学研究費補助金 (厚生労働省)

      More details

    Authorship:Coinvestigator(s)  Grant type:Competitive funding other than Grants-in-Aid for Scientific Research

  • 空間オミクスによるシグナル伝達経路の擬似追跡法の確立

    Grant number:22K19314  2022 - 2023

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

    富松 航佑

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

    生体を構成する細胞は、細胞外環境からのシグナル伝達と、応答する遺伝子発現により状態が制御される。組織内におけるシグナルと遺伝子発現の因果関係の解析には細胞の位置情報と、シグナル伝達の活性化状態をはじめとするタンパク質情報、トランスクリプトーム情報が必要である。しかしながらこれらの同時解析は未だ報告されていない。本研究では独自の空間プロテオーム法を開発し、空間トランスクリプトーム法と組み合わせることで、単一細胞レベルでの空間マルチオミクス解析を可能にする手法を構築する。取得されるデータから、細胞の擬似時間追跡によりシグナル伝達と遺伝子発現変動の特徴的な点及び、周囲の細胞の状態を解析可能となる。

    CiNii Research

  • SATB1による異所的なスーパーエンハンサー形成と乳がん悪性化機構の解明

    2019 - 2021

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • カニクイザルのがんモデル作出とがん免疫細胞療法への応用

    2018 - 2019

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  研究活動スタート支援

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 新規「レインボーレポーターシステム」その遺伝子資源・動物資源の開発

    2012 - 2014

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 細胞に変化の痕跡を記録する、多色発光-蛍光を用いたレポーティングシステムの作製

    2011

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  研究活動スタート支援

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • 動物細胞を用いた新規完全ヒト抗体ディスプレイ法の開発

    2009 - 2010

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Scientific research funding

  • SATB1による異所的なスーパーエンハンサー形成と乳がん悪性化機構の解明

    Grant number:19K07664 

    富松 航佑

      More details

    Grant type:Scientific research funding

    SATB1はゲノムのオーガナイザーと呼ばれ、核内におけるDNAの構造変化に寄与する。この遺伝子は悪性化した乳がん細胞で顕著に発現し、がんの転移に関連する遺伝子の発現を促している事が報告されている。これらの遺伝子座の幾つかはスーパーエンハンサー(SE)と呼ばれる高密度エンハンサーの集合体を形成し、強力な遺伝子発現誘導が起こっている事が予想されるが、本来形成されない部位でのSE形成機構は明らかになっていない。そこで本研究では悪性化した乳がん細胞に高発現するSATB1と、その異所的なSE形成との関連性を明らかにする。

    CiNii Research

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FD Participation

  • 2024.4   Role:Participation   Title:職場における落とし穴

    Organizer:[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]

  • 2022.2   Role:Participation   Title:未来を担う若手研究者のキャリアパス〜国内外での研究、仕事と家庭、エトセトラ〜

    Organizer:[Undergraduate school/graduate school/graduate faculty]

Social Activities

  • 空間オミクス解析に関する技術講習

    Role(s): Panelist, Presenter, Lecturer, Planner

    千里ライフサイエンス振興財団  G73空間オミクス解析に関する技術講習  2024.6

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  • 高大連携事業 平成30年度膳所高校基礎医学講座

    Role(s): Lecturer

    滋賀医科大学  2018.8

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    Type:Visiting lecture

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  • 高大連携事業 平成30年度膳所高校基礎医学講座

    滋賀医科大学  2018.8

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    Audience: General, Scientific, Company, Civic organization, Governmental agency