2024/10/08 更新

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トミマツ　コウスケ
富松 航佑
TOMIMATSU KOSUKE
所属
生体防御医学研究所 附属高深度オミクスサイエンスセンター 助教
システム生命科学府 システム生命科学専攻（併任）
職名
助教
連絡先
メールアドレス
電話番号
0926424534
外部リンク

研究分野

  • ライフサイエンス / 遺伝学

  • ライフサイエンス / 腫瘍生物学

  • ライフサイエンス / 細胞生物学

  • ライフサイエンス / システムゲノム科学

経歴

  • 九州大学 生体防御医学研究所 助教

    2021年10月 - 現在

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研究テーマ・研究キーワード

  • 研究テーマ：Epigenetics

    研究キーワード：Epigenetics

    研究期間： 2024年

  • 研究テーマ：Chromatin

    研究キーワード：Chromatin

    研究期間： 2024年

  • 研究テーマ：Cellular Senescence

    研究キーワード：Cellular Senescence

    研究期間： 2024年

  • 研究テーマ：単一細胞解像度の空間マルチオミクス法開発

    研究キーワード：単一細胞解析, 空間オミクス

    研究期間： 2022年6月

論文

  • Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging to capture specific cell states 査読 国際誌

    ＠Kosuke Tomimatsu1, ＃Takeru Fujii, ＠Ryoma Bise, Kazufumi Hosoda, ＠Yosuke Taniguchi, ＠Hiroshi Ochiai, ＠Hiroaki Ohishi, ＠Kanta Ando, @Ryoma Minami, @Kaori Tanaka, Taro Tachibana, Seiichi Mori, @Akihito Harada, @Kazumitsu Maehara, @Masao Nagasaki, @Seiichi Uchida, Hiroshi Kimura, Masashi Narita, @Yasuyuki Ohkawa.

    NATURE COMMUNICATIONS   15 ( 1 )   3657   2024年5月   （ eISSN:2041-1723 ）

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nature Communications  

    Cell states are regulated by the response of signaling pathways to receptor ligand-binding and intercellular interactions. High-resolution imaging has been attempted to explore the dynamics of these processes and, recently, multiplexed imaging has profiled cell states by achieving a comprehensive acquisition of spatial protein information from cells. However, the specificity of antibodies is still compromised when visualizing activated signals. Here, we develop Precise Emission Canceling Antibodies (PECAbs) that have cleavable fluorescent labeling. PECAbs enable high-specificity sequential imaging using hundreds of antibodies, allowing for reconstruction of the spatiotemporal dynamics of signaling pathways. Additionally, combining this approach with seq-smFISH can effectively classify cells and identify their signal activation states in human tissue. Overall, the PECAb system can serve as a comprehensive platform for analyzing complex cell processes.

    DOI： 10.1038/s41467-024-47989-9

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  • Locus-specific induction of gene expression from heterochromatin loci during cellular senescence 査読 国際共著 国際誌

    Kosuke Tomimatsu, Dóra Bihary, Ioana Olan, Aled J. Parry, Stefan Schoenfelder, Adelyne S. L. Chan, Guy St. C. Slater, Yoko Ito, Peter J. Rugg-Gunn, Kristina Kirschner, Camino Bermejo-Rodriguez, Tomomi Seko, Hiroyuki Kugoh, Ken Shiraishi, Koji Sayama, Hiroshi Kimura, Peter Fraser, Masako Narita, Shamith A. Samarajiwa, Masashi Narita

    NATURE AGING   2 ( 1 )   31 - +   2021年12月   （ eISSN:2662-8465 ）

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nature Aging  

    <title>Abstract</title> Cellular senescence is a fate-determined state, accompanied by reorganization of heterochromatin. While lineage-appropriate genes can be temporarily repressed through facultative heterochromatin, stable silencing of lineage-inappropriate genes often involves the constitutive heterochromatic mark, histone H3K9me3. The fate of these heterochromatic genes during the chromatin reorganization accompanying senescence is unclear. Here we show a small number of lineage-inappropriate genes are derepressed in senescent cells from H3K9me3 regions that gain open chromatin marks. DNA FISH experiments reveal that these gene loci, which are tightly condensed at the nuclear periphery in proliferative cells, are physically decompacted during senescence. Among these gene loci, <italic>NLRP3</italic> is predominantly expressed in immune cells, such as macrophages, where it resides within an open topologically associated domain (TAD). In contrast, <italic>NLRP3</italic> is derepressed in senescent fibroblasts, potentially due to the local disruption of the H3K9me3-rich TAD that contains it. The role of NLRP3 has been implicated in the amplification of inflammatory cytokine signalling in senescence and aging, underscoring the functional relevance of gene induction from ‘permissive’ H3K9me3 regions in senescent cells.

    添付ファイル： TomimatsuNatAging2021.pdf

    DOI： 10.1038/s43587-021-00147-y

    Web of Science

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    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s43587-021-00147-y

  • Tracking chromatin structure changes by single-cell multi-epigenomics with RNA polymerase II binding profiles

    Yasuyuki Ohkawa, Akihito Harada, Takeru Fujii, Kosuke Tomimatsu, Michiko Kato, Miho Ito, Kazumitsu Maehara, Shoko Sato, Hitoshi Kurumizaka, Yuko Sato, Hiroshi Kimura

    ResearchSquare   2024年6月

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    出版者・発行元：Research Square Platform LLC  

    Abstract <p>Transcription factor-bound chromatin structures regulate cell lineages in multicellular organisms. Single-cell epigenomics has the potential to reveal lineage determination on chromatin structure, but the methodology is still in development. Here, we develop single-cell combinatorial-indexing multi-target Chromatin Integration Labeling followed by sequencing (sci-mtChIL-seq) as a single-cell multi-epigenomics approach, which enables simultaneous single-cell analysis of both RNA polymerase II binding to chromatin and epigenomic factors such as transcription factors/histones. We apply sci-mtChIL-seq to analyze the binding dynamics of skeletal-muscle-specific transcription factor MyoD during mouse embryonic myogenesis. Based on RNA polymerase II-bound gene profiles, single-cells are efficiently classified into myogenic-clusters and ordered pseudotemporally. MyoD exhibits genome-wide binding in the muscle-progenitor-cell population, but in myocytes, this transitions toward enrichment in muscle-specific genes on active chromatin. Thus, sci-mtChIL-seq can be a powerful tool to analyze epigenomic dynamics in cell fate determination.</p>

    DOI： 10.21203/rs.3.rs-4503255/v1

    researchmap

    その他リンク： https://www.researchsquare.com/article/rs-4503255/v1.html

  • Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging capturing specific cell state

    Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Ryoma Bise, Kazufumi Hosoda, Yosuke Taniguchi, Hiroshi Ochiai, Hiroaki Ohishi, Kanta Ando, Ryoma Minami, Kaori Tanaka, Taro Tachibana, Seiichi Mori, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Masao Nagasaki, Seiichi Uchida, Hiroshi Kimura, Masashi Narita, Yasuyuki Ohkawa

    bioRxiv   2023年10月

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    担当区分：筆頭著者   出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory  

    Abstract

    Cell states are regulated by the response of signaling pathways to receptor ligand-binding and inter-cellular interactions. High-resolution imaging has been attempted to explore the dynamics of these processes and, recently, multiplexed imaging has profiled cell states by achieving a comprehensive acquisition of spatial protein information from cells. However, the specificity of antibodies is still compromised when visualizing activated signals. Here, we developed Precise Emission Canceling Antibodies (PECAbs) that have cleavable fluorescent labeling. PECAbs enable high-specificity sequential imaging using hundreds of antibodies, allowing for reconstruction of the spatiotemporal dynamics of signaling pathways. Additionally, combining this approach with seq-smFISH can effectively classify cells and identify their signal activation states in human tissue. Overall, the PECAb system can serve as a comprehensive platform for analyzing complex cell processes.

    DOI： 10.1101/2023.10.17.561810

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  • 特集 クロマチンによる転写制御機構の最前線 Ⅴ.クロマチンと転写制御に関する新技術 クロマチン構造における転写制御の理解に向けた技術開発

    原田 哲仁, 富松 航佑, 武 千湄, 大川 恭行

    生体の科学   74 ( 3 )   255 - 259   2023年6月   （ ISSN:03709531 eISSN:18835503 ）

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    出版者・発行元：株式会社医学書院  

    DOI： 10.11477/mf.2425201685

    CiNii Research

  • nudt7遺伝子枯渇はゼブラフィッシュの初期発生においてトランスクリプトーム変化を引き起こす(nudt7 gene depletion causes transcriptomic change in early development of zebrafish) 招待

    Bhandari Sushil, Hong KwangHeum, Miyawaki-Kuwakado Atsuko, Tomimatsu Kosuke, Kim Yong-Il, Nam In-Koo, Sagerstroem Charles G., Nakamura Mako, Choe Seong-Kyu

    The Journal of Biochemistry   173 ( 1 )   53 - 63   2023年1月   （ ISSN:0021-924X ）

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    記述言語：英語   出版者・発行元：(公社)日本生化学会  

    mRNA分解に関与するペルオキシソームNUDT19のパラログであるペルオキシソームNUDT7に注目した。ゼブラフィッシュ(ZF)胚を用いた。トランスクリプトームデータでは、Nudtファミリーが発生中のZF胚において接合体遺伝子活性化(ZGA)周辺部位で高度発現されていた。従って、ZFのnudt7遺伝子の産物はペルオキシソームに局在し、初期胚形成で高度に発現するとの計算機予測を確認できた。CRISPR/Cas9系によるnudt7遺伝子の枯渇は発生に影響しなかったが、ZGAの転写率は低下した。H3K27ac ChIP-seq分析では、この転写の減少がH3K27acレベルのゲノム全体の減少と相関していた。以上より、ペルオキシソームNudt7は活性クロマチンのH3K27acドメイン形成を介して、ZGAの転写調節に関与すると考えられた。

  • nudt7 gene depletion causes transcriptomic change in early development of zebrafish 査読 国際誌

    Bhandari, S; Hong, K; Miyawaki-Kuwakado, A; Tomimatsu, K; Kim, YI; Nam, IK; Sagerström, CG; Nakamura, M; Choe, SK

    JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   173 ( 1 )   53 - 63   2022年10月   （ ISSN:0021-924X eISSN:1756-2651 ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Biochemistry  

    The Nudt family has been identified as enzymes performing Coenzyme A to 3'5'-ADP + 4'-phospho pantetheine catalysis. The members of this family have been shown to be particularly involved in lipid metabolism, while their involvement in gene regulation through regulating transcription or mRNA metabolism has also been suggested. Here, we focused on peroxisomal NUDT7, possessing enzymatic activity similar to that of its paralog, peroxisomal NUDT19, which is involved in mRNA degradation. No reports have been published about the Nudt family in zebrafish. Our transcriptomic data showed that the Nudt family members are highly expressed around zygotic gene activation (ZGA) in developing zebrafish embryos. Therefore, we confirmed the computational prediction that the products of the nudt7 gene in zebrafish were localized in the peroxisome and highly expressed in early embryogenesis. The depletion of nudt7 genes by the CRISPR/Cas9 system did not affect development; however, it decreased the rate of transcription in ZGA. In addition, H3K27ac ChIP-seq analysis demonstrated that this decrease in transcription was correlated with the genome-wide decrease of H3K27ac level. This study suggests that peroxisomal Nudt7 functions in regulating transcription in ZGA via formation of the H3K27ac domain in active chromatin.

    DOI： 10.1093/jb/mvac086

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  • Unusual nucleosome formation and transcriptome influence by the histone H3mm18 variant 査読 国際誌

    Hirai, S; Tomimatsu, K; Miyawaki-Kuwakado, A; Takizawa, Y; Komatsu, T; Tachibana, T; Fukushima, Y; Takeda, Y; Negishi, L; Kujirai, T; Koyama, M; Ohkawa, Y; Kurumizaka, H

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   50 ( 1 )   72 - 91   2021年12月   （ ISSN:0305-1048 eISSN:1362-4962 ）

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nucleic Acids Research  

    Histone H3mm18 is a non-allelic H3 variant expressed in skeletal muscle and brain in mice. However, its function has remained enigmatic. We found that H3mm18 is incorporated into chromatin in cells with low efficiency, as compared to H3.3. We determined the structures of the nucleosome core particle (NCP) containing H3mm18 by cryo-electron microscopy, which revealed that the entry/exit DNA regions are drastically disordered in the H3mm18 NCP. Consistently, the H3mm18 NCP is substantially unstable in vitro. The forced expression of H3mm18 in mouse myoblast C2C12 cells markedly suppressed muscle differentiation. A transcriptome analysis revealed that the forced expression of H3mm18 affected the expression of multiple genes, and suppressed a group of genes involved in muscle development. These results suggest a novel gene expression regulation system in which the chromatin landscape is altered by the formation of unusual nucleosomes with a histone variant, H3mm18, and provide important insight into understanding transcription regulation by chromatin.

    DOI： 10.1093/nar/gkab1137

    Web of Science

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  • Transcriptome analysis of gene expression changes upon enzymatic dissociation in skeletal myoblasts. 査読 国際誌

    Atsuko Miyawaki-Kuwakado, Qianmei Wu, Akihito Harada, Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa

    Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms   2021年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/gtc.12870

  • Epigenetic effects induced by the ectopic expression of Pax7 in 3T3-L1. 査読 国際誌

    Alaa Elgaabari, Atsuko Miyawaki-Kuwakado, Kosuke Tomimatsu, Qianmei Wu, Kosuke Tokunaga, Wakana Izumi, Takahiro Suzuki, Ryuichi Tatsumi, Mako Nakamura

    Journal of biochemistry   2021年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/jb/mvab030

  • Genome-wide analysis of chromatin structure changes upon MyoD binding in proliferative myoblasts during the cell cycle. 査読 国際誌

    Qianmei Wu, Takeru Fujii, Akihito Harada, Kosuke Tomimatsu, Atsuko Miyawaki-Kuwakado, Masatoshi Fujita, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa

    Journal of biochemistry   2021年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/jb/mvab001

  • Modeling population size independent tissue epigenomes by ChIL-seq with single-thin sections 査読

    Kazumitsu Maehara, Kosuke Tomimatsu, Akihito Harada, Kaori Tanaka, Shoko Sato, Seiji Okada, Tetsuya Handa, Hitoshi Kurumizaka, Hiroshi Kimura, Yasuyuki Ohkawa

    Molecular Systems Biology   2020年12月

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    記述言語：英語  

    DOI： 10.1101/2020.12.18.423434

  • Long non-coding RNA MANCR is a target of BET bromodomain protein BRD4 and plays a critical role in cellular migration and invasion abilities of prostate cancer 査読 国際誌

    Masayuki Nagasawa, Kosuke Tomimatsu, Koji Terada, Kenta Kondo, Kazuko Miyazaki, Masaki Miyazaki, Daisuke Motooka, Daisuke Okuzaki, Tetsuya Yoshida, Susumu Kageyama, Hiroshi Kawamoto, Akihiro Kawauchi, Yasutoshi Agata

    Biochemical and Biophysical Research Communications   2020年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • NOTCH-mediated non-cell autonomous regulation of chromatin structure during senescence. 査読 国際誌

    Parry AJ, Hoare M, Bihary D, Hansel-Hertcsh R, Smith S, Tomimatsu K, Mannion E, Smith A, D'Santos P, Russell A, Balasubramanian S, Kimura H, Samarajiwa SA, Narita M

    Nature Communications   2018年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Multiple expression cassette exchange via TP901-1, R4, and Bxb1 integrase systems on a mouse artificial chromosome 査読

    Kosuke Tomimatsu, Kenji Kokura, Tadashi Nishida, Yuki Yoshimura, Yasuhiro Kazuki, Masashi Narita, Mitsuo Oshimura, Tetsuya Ohbayashi

    FEBS OPEN BIO   7 ( 3 )   306 - 317   2017年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1002/2211-5463.12169

  • Multiple expression cassette exchange via TP901-1, R4, and Bxb1 integrase systems on a mouse artificial chromosome 査読 国際誌

    Kosuke Tomimatsu, Kenji Kokura, Tadashi Nishida, Yuki Yoshimura, Yasuhiro Kazuki, Masashi Narita, Mitsuo Oshimura, Tetsuya Ohbayashi

    FEBS Open Bio   2017年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • NOTCH1 mediates a switch between two distinct secretomes during senescence 査読

    Matthew Hoare, Yoko Ito, Tae-Won Kang, Michael P. Weekes, Nicholas J. Matheson, Daniel A. Patten, Shishir Shetty, Aled J. Parry, Suraj Menon, Rafik Salama, Robin Antrobus, Kosuke Tomimatsu, William Howat, Paul J. Lehner, Lars Zender, Masashi Narita

    NATURE CELL BIOLOGY   18 ( 9 )   979 - 992   2016年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1038/ncb3397

  • NOTCH1 mediates a switch between two distinct secretomes during senescence 査読 国際誌

    Matthew Hoare, Yoko Ito, Tae-Won Kang, Michael P. Weekes, Nicholas J. Matheson, Daniel A. Patten, Shishir Shetty, Aled J. Parry, Suraj Menon, Rafik Salama, Robin Antrobus, Kosuke Tomimatsu, William Howat, Paul J. Lehner, Lars Zender, Masashi Narita

    Nature Cell Biology   2016年9月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Translating the effects of mTOR on secretory senescence 招待 査読 国際誌

    Kosuke Tomimatsu, Masashi Narita

    Nature Cell Biology   2015年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Translating the effects of mTOR on secretory senescence 招待 査読

    Kosuke Tomimatsu, Masashi Narita

    NATURE CELL BIOLOGY   17 ( 10 )   1230 - 1232   2015年10月

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    記述言語：英語  

    DOI： 10.1038/ncb3244

  • Phenotype Specific Analyses Reveal Distinct Regulatory Mechanism for Chronically Activated p53 査読

    Kristina Kirschner, Shamith A. Samarajiwa, Jonathan M. Cairns, Suraj Menon, Pedro A. Perez-Mancera, Kosuke Tomimatsu, Camino Bermejo-Rodriguez, Yoko Ito, Tamir Chandra, Masako Narita, Scott K. Lyons, Andy G. Lynch, Hiroshi Kimura, Tetsuya Ohbayashi, Simon Tavare, Masashi Narita

    PLOS GENETICS   11 ( 3 )   e1005053   2015年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pgen.1005053

  • Phenotype Specific Analyses Reveal Distinct Regulatory Mechanism for Chronically Activated p53 査読 国際誌

    Kristina Kirschner, Shamith A. Samarajiwa, Jonathan M. Cairns, Suraj Menon, Pedro A. Perez-Mancera, Kosuke Tomimatsu, Camino Bermejo-Rodriguez, Yoko Ito, Tamir Chandra, Masako Narita, Scott K. Lyons, Andy G. Lynch, Hiroshi Kimura, Tetsuya Ohbayashi, Simon Tavare, Masashi Narita

    Plos Genetics   2015年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Antigen-specific in vitro immunization: A source for human monoclonal antibodies 招待 査読 国際誌

    Kosuke Tomimatsu, Sanetaka Shirahata

    Methods in Molecular Biology   2014年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • A rapid screening and production method using a novel mammalian cell display to isolate human monoclonal antibodies 査読

    Kosuke Tomimatsu, Shin-Ei Matsumoto, Hayato Tanaka, Makiko Yamashita, Hidekazu Nakanishi, Kiichiro Teruya, Saiko Kazuno, Tomoya Kinjo, Takeki Hamasaki, Ken-Ichi Kusumoto, Shigeru Kabayama, Yoshinori Katakura, Sanetaka Shirahata

    Biochemical and Biophysical Research Communications   441 ( 1 )   59 - 64   2013年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2013.10.007

  • A rapid screening and production method using a novel mammalian cell display to isolate human monoclonal antibodies 査読 国際誌

    Kosuke Tomimatsu, Shin-Ei Matsumoto, Hayato Tanaka, Makiko Yamashita, Hidekazu Nakanishi, Kiichiro Teruya, Saiko Kazuno, Tomoya Kinjo, Takeki Hamasaki, Ken-Ichi Kusumoto, Shigeru Kabayama, Yoshinori Katakura, Sanetaka Shirahata

    Biochemical and Biophysical Research Communications   2013年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Redistribution of the Lamin B1 genomic binding profile affects rearrangement of heterochromatic domains and SAHF formation during senescence 査読 国際誌

    Genes and Development   2013年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  • Redistribution of the Lamin B1 genomic binding profile affects rearrangement of heterochromatic domains and SAHF formation during senescence 査読

    Genes and Development   27 ( 16 )   1800 - 1808   2013年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1101/gad.217281.113

  • Extension of the Lifespan of Caenorhabditis elegans by the Use of Electrolyzed Reduced Water 査読

    Hanxu Yan, Huaize Tian, Tomoya Kinjo, Takeki Hamasaki, Kosuke Tomimatsu, Noboru Nakamichi, Kiichiro Teruya, Shigeru Kabayama, Sanetaka Shirahata

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   74 ( 10 )   2011 - 2015   2010年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.100250

  • Production of Human Monoclonal Antibodies against Fc epsilon RI alpha by a Method Combining in Vitro Immunization with Phage Display 査読

    Kosuke Tomimatsu, Shin-ei Matsumoto, Makiko Yamashita, Kiichiro Teruya, Yoshinori Katakura, Shigeru Kabayama, Sanetaka Shirahata

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   73 ( 7 )   1465 - 1469   2009年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.80640

  • Generation of human monoclonal antibodies against Propionibacterium acnes by applying the phage display method to human peripheral blood mononuclear cells immunized in vitro 査読

    Yeon Suk Jung, Shin-Ei Matsumoto, Yoshinori Katakura, Makiko Yamashita, Kosuke Tomimatsu, Shigeru Kabayama, Kiichiro Teruya, Sanetaka Shirahata

    CYTOTECHNOLOGY   57 ( 2 )   169 - 175   2008年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s10616-008-9138-z

  • A rapid and efficient strategy to generate antigen-specific human monoclonal antibody by in vitro immunization and the phage display method 査読

    Shin-ei Matsumoto, Makiko Yamashita, Yoshinori Katakura, Yoshihiro Aiba, Kosuke Tomimatsu, Shigeru Kabayama, Kiichiro Teruya, Sanetaka Shirahata

    JOURNAL OF IMMUNOLOGICAL METHODS   332 ( 1-2 )   2 - 9   2008年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jim.2007.12.005

  • Anti-peptide antibody production elicited by in vitro immunization of human peripheral blood mononuclear cells 査読

    Takashi Tamura, Kosuke Tomimatsu, Yoshinori Katakura, Makiko Yamashita, Shin-ei Matsumoto, Yoshihiro Aiba, Yeon Suk Jung, Yoshiichi Abe, Tsukasa Fujiki, Kiichiro Teruya, Sanetaka Shirahata

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   71 ( 12 )   2871 - 2875   2007年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.60460

  • Propionibacterium acnes acts as an adjuvant in in vitro immunization of human peripheral blood mononuclear cells 査読

    Yeon Suk Jung, Shin-ei Matsumoto, Makiko Yamashita, Kosuke Tomimatsu, Kiichiro Teruya, Yoshinori Katakura, Sanetaka Shirahata

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY   71 ( 8 )   1963 - 1969   2007年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1271/bbb.70159

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書籍等出版物

  • 生化学９６巻３号 ことばのページ 転写ハブ

    富松航佑, 原田哲仁（ 担当： 分担執筆）

    日本生化学会  2024年6月 

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  • 月刊 Precision Medicine 病理/組織画像評価法の潮流

    富松航佑

    北隆館  2023年7月 

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    記述言語：その他  

  • 月刊 Precision Medicine 病理/組織画像評価法の潮流

    富松航佑（ 担当： 分担執筆 範囲: 組織を構成する細胞状態の解明に向けたエピゲノム解析技術の開発）

    北隆館  2023年7月 

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  • 生体の科学[特集]クロマチンによる転写制御機構の最前線

    原田哲仁, 富松航佑, 武千湄, 大川恭行

    公益財団法人金原一郎記念医学医療振興財団／医学書院  2023年6月 

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    記述言語：その他  

  • 生体の科学[特集]クロマチンによる転写制御機構の最前線

    原田哲仁, 富松航佑, 武千湄, 大川恭行（ 担当： 分担執筆 範囲: クロマチン構造における転写制御の理解に向けた技術開発）

    公益財団法人金原一郎記念医学医療振興財団／医学書院  2023年6月 

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  • エピゲノムで新たな解明が進む「先天性疾患」

    富松航佑, 大川恭行

    株式会社 メディカルドゥ  2021年4月 

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    記述言語：その他  

  • ダイレクトリプログラミング 再生医療の新展開

    富松航佑, 大川恭行

    (株)エヌ・ティー・エス  2020年8月 

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    記述言語：その他  

  • ダイレクトリプログラミング 再生医療の新展開 分担執筆, 範囲:単一細胞エピゲノム解析技術の開発

    富松航佑、大川恭行（ 担当： 共著）

    エヌ・ティー・エス  2020年8月 

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    記述言語：日本語   著書種別：学術書

  • ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES. Use of animal cells and display methods for production of monoclonal antibodies

    Kosuke Tomimatsu, Sanetaka Shirahata（ 担当： 共著）

    WILEY online library  2012年4月 

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    記述言語：英語   著書種別：学術書

  • バイオ医薬の開発技術とシーズ

    富松航佑、白畑實隆（ 担当： 共著）

    CMC出版  2009年9月 

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    記述言語：日本語   著書種別：学術書

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講演・口頭発表等

  • Precise immunofluorescence canceling enables highly multiplexed imaging to analyze senescence dynamics

    Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Yasuyuki Okawa

    FASEB Science Research conferences, Transcription, Chromatin, and Epigenetics in Aging, Melbourne Florida, USA  2024年9月 

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    開催年月日： 2024年9月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Spatial multi-omics reveals dynamics of cell state 招待

    2023年9月 

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    開催年月日： 2024年5月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

    国名：日本国  

  • Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging capturing specific cell state 国際会議

    Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Yasuyuki Ohkawa

    8th International Cell Senescence Association meeting  2023年10月 

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    開催年月日： 2023年10月

    記述言語：英語  

    国名：その他  

  • Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging capturing specific cell state

    Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Yasuyuki Ohkawa

    8th International Cell Senescence Association (ICSA), Minneapolis, USA  2023年10月 

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    開催年月日： 2023年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 単一細胞レベルでタンパク質の空間プロファイルする連続免疫染色法の開発

    富松航佑、藤井健、備瀬竜馬、落合博、大石裕晃、細田一史、内田誠一、大川恭行

    日本エピジェネティクス研究会  2022年6月 

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    開催年月日： 2022年6月

    記述言語：日本語  

    開催地：福岡   国名：日本国  

  • Aberrant gene expression from linage-specific silenced loci during senescence.

    Kosuke Tomimatsu, Aled Parry, Dora Bihary, Ioana Olan, Guy Slater, Stephen Schoenfelder, Peter Fraser, Peter Rugg-Gunn, Hiroshi Kimura, Shamith A Samarajiwa, Masashi Narita

    Healthy Ageing;From Molecules to Organisms, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK  2018年1月 

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    開催年月日： 2018年2月

    会議種別：ポスター発表  

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  • 空間マルチオミクスによる細胞型と状態の特徴量解析 招待

    富松航佑

    第3回ゲノム生物物理学セミナー  2022年8月 

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    記述言語：その他  

    国名：その他  

  • 空間マルチオミクスによる細胞状態と空間分布特徴の解析 招待

    富松航佑

    日本分子生物学会  2022年11月 

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    記述言語：その他  

    国名：その他  

  • 細胞状態変化を計測するためのマルチオミクス技術開発 招待

    富松航佑

    日本エピジェネティクス研究会  2023年6月 

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    記述言語：その他  

    国名：その他  

  • 細胞状態のダイナミクスを解析する空間マルチオミクス技術の開発 招待

    富松航佑

    第46回日本分子生物学会年会 シンポジウム 高深度オミクスで迫る生命システムダイナミクス  2023年12月 

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    記述言語：その他  

    国名：その他  

  • 細胞状態変化を計測するマルチオミクス技術開発 招待

    富松航佑

    第46回日本分子生物学会年会 バイオテクノロジーセミナー  2023年12月 

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    記述言語：その他   会議種別：口頭発表（一般）  

    国名：その他  

  • 細胞状態変化を計測するマルチオミクス技術開発 招待

    富松航佑

    第46回日本分子生物学会年会 バイオテクノロジーセミナー  2023年12月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 細胞状態変化を計測するためのマルチオミクス技術開発 招待

    富松航佑

    第16回日本エピジェネティクス研究会年会  2023年6月 

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    会議種別：公開講演，セミナー，チュートリアル，講習，講義等  

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  • 細胞状態のダイナミクスを解析する空間マルチオミクス技術の開発 招待

    富松航佑

    第46回日本分子生物学会年会 シンポジウム 高深度オミクスで迫る生命システムダイナミクス  2023年12月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 空間マルチオミクスによる細胞状態のダイナミクス解析(Spatial multi-omics reveals dynamics of cell state)

    富松 航佑, 大川 恭行

    日本癌学会総会記事  2023年9月  (一社)日本癌学会

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    記述言語：英語  

  • 空間マルチオミクスによる細胞状態と空間分布特徴の解析 招待

    富松航佑

    日本分子生物学会  2022年11月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 空間マルチオミクスによる細胞型と状態の特徴量解析 招待

    富松航佑

    第3回ゲノム生物物理学セミナー  2022年8月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 空間マルチオミクスによる加齢性筋萎縮機構の解明～細胞老化の時空間解析法の開発～ 招待

    富松航佑

    老化の多面的理解に向けた融合の場  2024年7月 

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    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 空間オミクスによる骨格筋組織老化機序の解明

    富松 航佑, 大川 恭行

    日本筋学会学術集会プログラム・抄録集  2022年8月  (一社)日本筋学会

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    記述言語：日本語  

  • 単一細胞レベルでタンパク質の空間プロファイルする連続免疫染色法の開発

    富松航佑

    第15回日本エピジェネティクス研究会年会  2022年6月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • Spatial multi-omics reveals dynamics of cell state 招待

    Kosuke Tomimatsu

    第82回日本癌学会学術総会  2023年9月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • seqIFのトリセツ: DIYで実施する 招待

    富松航佑

    千里ライフサイエンス振興財団G73 空間オミクス解析に関する技術講習  2024年6月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • seqIF: 細胞状態を高解像で捉える連続免染技術 招待

    富松航佑

    千里ライフサイエンス振興財団G73 空間オミクス解析に関する技術講習  2024年6月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • Development of spatial multi-omics methods to measure cell states in cancer tissues 招待

    Kosuke Tomimatsu

    第83回日本癌学会学術総会  2024年9月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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MISC

  • 【病理/組織画像評価法の潮流】組織を構成する細胞状態の解明に向けたエピゲノム解析技術の開発

    富松 航佑, 大川 恭行

    Precision Medicine   6 ( 8 )   617 - 622   2023年7月   （ ISSN:2434-3625 ）

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：(株)北隆館  

    組織はヘテロな細胞集団が協調的に働くことで,形態及び機能の恒常性を維持している。その機構を解明するためには,細胞の転写制御に関わるエピゲノム情報の取得が必要となる。近年の1細胞解析技術の発展により細胞毎のエピゲノム状態を解析することは可能となってきているが,とりわけヒト検体のような希少サンプルを用いた解析には,限られたマテリアルからより多くの情報を引き出す高感度な解析手法が求められる。本項では,これら技術開発の動向と,免疫染色を組み合わせた我々のエピゲノム解析技術開発の取り組みについて紹介する。(著者抄録)

  • 【クロマチンによる転写制御機構の最前線】クロマチンと転写制御に関する新技術　クロマチン構造における転写制御の理解に向けた技術開発

    原田 哲仁, 富松 航佑, 武 千び, 大川 恭行

    生体の科学   74 ( 3 )   255 - 259   2023年6月   （ ISSN:0370-9531 ）

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    記述言語：日本語   出版者・発行元：(公財)金原一郎記念医学医療振興財団  

    ＜文献概要＞ヒトのほぼすべての種類の細胞は同一のゲノムを持つ。この同一のゲノムを持つ異なる種類の細胞の特性と機能は,遺伝子が存在するクロマチン構造の転写における選択性により支配されている。したがって,転写はRNAポリメラーゼIIによりゲノムDNAからRNAが合成されるプロセスという側面に加えて,異なるエピゲノム状態を判別し,適切な遺伝子発現を選択する過程と言える。近年の1細胞解析技術の高感度化,高深度化に伴い,細胞の型のみならず,細胞状態変化まで遺伝子発現の総体であるトランスクリプトームで区別可能になりつつある。一方で,これら細胞の状態変化が可塑的な範囲か,あるいは細胞型として不可逆的な変化を示したのかは判定が困難である。改めて,クロマチンレベルの遺伝子発現解析の重要性が高まっていると言えよう。本稿では,転写の場であるクロマチン構造変化と転写を測定する試みについて代表的な技術を紹介したい。

産業財産権

特許権   出願件数: 1件   登録件数: 0件
実用新案権   出願件数: 0件   登録件数: 0件
意匠権   出願件数: 0件   登録件数: 0件
商標権   出願件数: 0件   登録件数: 0件

所属学協会

  • 日本エピジェネティクス研究会

    2019年4月

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  • 日本エピジェネティクス研究会

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 新しい細胞外マトリックス蛋白SVEP1の心不全病態形成における役割・意義の解明

    研究課題/領域番号：24K02454  2024年4月 - 2027年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    坂田 泰彦, 富松 航佑, 北井 豪, 菊地 和, 竹田 浩之, 畠山 金太, 長崎 正朗, 伊藤 慎

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    資金種別：科研費

    本研究では新しい細胞外マトリックス蛋白SVEP1に関して①心不全コホートにおける外部検証・血漿エクソソーム解析、②SVEP1発現機序解明のための全ゲノム解析、③SVEP1パートナー因子同定のためのハイスループット蛋白アレイ（HTS）解析、④各心臓構成細胞の細胞間コミュニケーション解明のための高解像度空間オミクス解析、⑤創薬ライブラリを活用したシーズ探索のためのHTS解析、⑥組織特異的SVEP1遺伝子欠損マウスにおける検証を行い、心不全の病態形成におけるSVEP1の役割・意義の解明と創薬シーズの創出を行う。

    CiNii Research

  • 子宮・卵巣癌肉腫の３次元空間エピゲノム解析による肉腫組織生成の分子機序の解明

    研究課題/領域番号：24K02334  2024年4月 - 2027年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    森 誠一, 富松 航佑, 後藤 理, 阿部 彰子, 外岡 暁子

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    資金種別：科研費

    子宮・卵巣癌肉腫の肉腫出現の分子機構や予後不良の原因は不明である。本研究では癌肉腫において肉腫が生じる分子機構を解明する目的で、臨床検体を用いた空間エピゲノム解析を行う。これまでに蓄積したゲノム・エピゲノムデータを利活用しながら、臨床検体を用いて、3次元イメージ解析、多重連続免疫染色/FISH、ChIL-seqを行い、肉腫の 3次元空間分布、肉腫分化のトリガー、EMTの実行分子、特定の間葉系細胞への分化機構を解析し、肉腫生成の分子機構を探索する。本研究により、予後不良の原因が明らかとなり、新規診断・治療法の開発につながることが期待される。

    CiNii Research

  • 子宮体癌とその前癌病変である内膜増殖症の空間的エピゲノム解析

    研究課題/領域番号：23K08858  2023年 - 2025年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    後藤 理, 富松 航佑, 丸山 玲緒

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    担当区分：研究分担者  資金種別：科研費

    子宮体癌は国内外で増加傾向にあり、その早期発見と予防は喫緊の課題である。前癌病変である内膜増殖症および異型内膜増殖症と、腺癌は、子宮内に連続して併存することが多い。段階的悪性化の機序として PTEN などのドライバー変異や DNA メチル化の寄与などが報告されているが、大部分は不明である。本研究では、ゲノムワイドに多種類の転写因子や修飾ヒストンの結合部位を同定することができる ChIL (Chromatin Integration Labeling) 法、および、多種類の抗体による多重免疫染色法を用いて、空間的エピゲノム解析を行い、子宮体癌の腫瘍形成過程におけるエピゲノム異常を同定する。

    CiNii Research

  • 空間マルチオミクス解析による急性冠症候群の発症機序解明

    研究課題/領域番号：23K07520  2023年 - 2025年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    大塚 文之, 富松 航佑, 坂田 泰彦, 長崎 正朗, 野口 暉夫, 畠山 金太

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    担当区分：研究分担者  資金種別：科研費

    本研究では、ヒト剖検例における冠動脈プラーク組織を用い、単一細胞トランスクリプトームと空間プロテオームを同時に解析する空間マルチオミクス解析により、冠動脈プラー
    ク破綻の病態を単一細胞レベルで解析することを第一の目標とする。また、得られた知見に基づき、冠動脈疾患患者の血液試料を用いて急性冠症候群の発症予測に有用となり得る血中バイオマーカーの探索を行う。

    CiNii Research

  • 空間マルチオミクスによる加齢性筋萎縮機構の解明

    2023年 - 2025年

    科学研究費助成事業  創成的基礎研究費

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • 個体老化における老化細胞蓄積のメカニズム解明

    研究課題/領域番号：23K24795  2022年4月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    富松 航佑

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    資金種別：科研費

    個体老化の顕著な表現型は，骨格筋機能低下に伴う運動，代謝機能の棄損である．これら加齢に伴う骨格筋機能の低下は加齢性筋萎縮（サルコペニア）と定義され，死亡率との高い相関性から積極的な介入研究の必要性が示されてきた．従来の研究ではサルコペニアは，成体骨格筋に存在する骨格筋幹細胞の数が激減することで骨格筋の再生が困難となることが示唆されてきた．一方で，増殖せずに組織内で保持されているはずの幹細胞数が老化に伴い減少するメカニズムについて未だ不明な点が多い．本研究では，個体老化に伴う組織全体の骨格筋幹細胞数の減少を幹細胞ニッチの機能破綻に着目し，老化細胞の形成と伝播の観点から解明を試みる．

    CiNii Research

  • 個体老化における老化細胞蓄積のメカニズム解明

    研究課題/領域番号：22H03538  2022年 - 2024年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • 空間的エピゲノム解析を用いた子宮体がんの腫瘍形成過程の解明と早期診断・予防のための新規バイオマーカーの同定

    2022年 - 2024年

    科学研究費助成事業  厚生労働科学研究費補助金 (厚生労働省)

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    担当区分：研究分担者  資金種別：科研費以外の競争的資金

  • 空間オミクスによるシグナル伝達経路の擬似追跡法の確立

    研究課題/領域番号：22K19314  2022年 - 2023年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的研究（萌芽）

    富松 航佑

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

    生体を構成する細胞は、細胞外環境からのシグナル伝達と、応答する遺伝子発現により状態が制御される。組織内におけるシグナルと遺伝子発現の因果関係の解析には細胞の位置情報と、シグナル伝達の活性化状態をはじめとするタンパク質情報、トランスクリプトーム情報が必要である。しかしながらこれらの同時解析は未だ報告されていない。本研究では独自の空間プロテオーム法を開発し、空間トランスクリプトーム法と組み合わせることで、単一細胞レベルでの空間マルチオミクス解析を可能にする手法を構築する。取得されるデータから、細胞の擬似時間追跡によりシグナル伝達と遺伝子発現変動の特徴的な点及び、周囲の細胞の状態を解析可能となる。

    CiNii Research

  • SATB1による異所的なスーパーエンハンサー形成と乳がん悪性化機構の解明

    2019年 - 2021年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(C)

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • カニクイザルのがんモデル作出とがん免疫細胞療法への応用

    2018年 - 2019年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  研究活動スタート支援

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • 新規「レインボーレポーターシステム」その遺伝子資源・動物資源の開発

    2012年 - 2014年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • 細胞に変化の痕跡を記録する、多色発光-蛍光を用いたレポーティングシステムの作製

    2011年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  研究活動スタート支援

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • 動物細胞を用いた新規完全ヒト抗体ディスプレイ法の開発

    2009年 - 2010年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

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    担当区分：研究代表者  資金種別：科研費

  • SATB1による異所的なスーパーエンハンサー形成と乳がん悪性化機構の解明

    研究課題/領域番号：19K07664 

    富松 航佑

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    資金種別：科研費

    SATB1はゲノムのオーガナイザーと呼ばれ、核内におけるDNAの構造変化に寄与する。この遺伝子は悪性化した乳がん細胞で顕著に発現し、がんの転移に関連する遺伝子の発現を促している事が報告されている。これらの遺伝子座の幾つかはスーパーエンハンサー(SE)と呼ばれる高密度エンハンサーの集合体を形成し、強力な遺伝子発現誘導が起こっている事が予想されるが、本来形成されない部位でのSE形成機構は明らかになっていない。そこで本研究では悪性化した乳がん細胞に高発現するSATB1と、その異所的なSE形成との関連性を明らかにする。

    CiNii Research

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FD参加状況

  • 2024年4月   役割：参加   名称：職場における落とし穴

    主催組織：部局

  • 2022年2月   役割：参加   名称：未来を担う若手研究者のキャリアパス〜国内外での研究、仕事と家庭、エトセトラ〜

    主催組織：部局

社会貢献活動

  • 空間オミクス解析に関する技術講習

    役割：パネリスト,　司会,　講師,　企画

    千里ライフサイエンス振興財団  G73空間オミクス解析に関する技術講習  2024年6月

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  • 高大連携事業 平成30年度膳所高校基礎医学講座

    役割：講師

    滋賀医科大学  2018年8月

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    種別：出前授業

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  • 高大連携事業 平成30年度膳所高校基礎医学講座

    滋賀医科大学  2018年8月

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    対象： 社会人・一般,　学術団体,　企業,　市民団体,　行政機関