2024/10/02 更新

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コバヤシ　ヨシアキ
小林 芳明
KOBAYASHI YOSHIAKI
所属
生体防御医学研究所 附属高深度オミクスサイエンスセンター 助教
職名
助教
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研究分野

  • ライフサイエンス / 分子生物学

学位

  • 博士（理学） （ 2021年3月 東京大学 ）

経歴

  • 九州大学 生体防御医学研究所 附属高深度オミクスサイエンスセンター 遺伝子発現動態学分野 助教（特定プロジェクト教員） 

    2024年4月 - 現在

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  • 東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 特任研究員 

    2021年4月 - 2024年3月

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    国名：日本国

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学歴

  • 東京大学   大学院理学系研究科   生物科学専攻　博士課程

    2018年4月 - 2021年3月

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    国名：日本国

  • 東京大学   大学院理学系研究科   生物科学専攻　修士課程

    2016年4月 - 2018年3月

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    国名：日本国

研究テーマ・研究キーワード

  • 研究テーマ： 空間オミクス

    研究キーワード： sequential FISH (seq-FISH)

    研究期間： 2024年4月 - 現在

  • 研究テーマ： 核酸医薬

    研究キーワード： siRNA

    研究期間： 2016年4月 - 2024年3月

  • 研究テーマ： 核酸医薬

    研究キーワード： microRNA

    研究期間： 2016年4月 - 2024年3月

論文

  • Synthesis of 2′-formamidonucleoside phosphoramidites for suppressing the seed-based off-target effects of siRNAs 査読

    Kohei Nomura, Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Jiro Kondo, Ting Shi, Hirotaka Murase, Kosuke Nakamoto, Yasuaki Kimura, Naoko Abe, Kumiko Ui-Tei, Hiroshi Abe

    Nucleic Acids Research   2024年9月   （ ISSN:0305-1048 eISSN:1362-4962 ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)  

    <jats:title>Abstract</jats:title>
    <jats:p>In this study, we report the synthesis of 2′-formamidonucleoside phosphoramidite derivatives and their incorporation into siRNA strands to reduce seed-based off-target effects of small interfering RNAs (siRNAs). Formamido derivatives of all four nucleosides (A, G, C and U) were synthesized in 5–11 steps from commercial compounds. Introducing these derivatives into double-stranded RNA slightly reduced its thermodynamic stability, but X-ray crystallography and CD spectrum analysis confirmed that the RNA maintained its natural A-form structure. Although the introduction of the 2′-formamidonucleoside derivative at the 2nd position in the guide strand of the siRNA led to a slight decrease in the on-target RNAi activity, the siRNAs with different sequences incorporating 2′-formamidonucleoside with four kinds of nucleobases into any position other than 2nd position in the seed region revealed a significant suppression of off-target activity while maintaining on-target RNAi activity. This indicates that 2′-formamidonucleosides represent a promising approach for mitigating off-target effects in siRNA therapeutics.</jats:p>

    DOI： 10.1093/nar/gkae741

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  • SNPD-CRISPR: Single Nucleotide Polymorphism-Distinguishable Repression or Enhancement of a Target Gene Expression by CRISPR System

    Shohei Maruyama, Takashi Kusakabe, Xinyi Zou, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Qingbo S. Wang, Kumiko Ui-Tei

    Methods in Molecular Biology   49 - 62   2023年   （ ISSN:1064-3745 ISBN:9781071630150 eISSN:1940-6029 ）

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    記述言語：英語   掲載種別：論文集(書籍)内論文   出版者・発行元：Springer US  

    DOI： 10.1007/978-1-0716-3016-7_4

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  • A 2′-modified uridine analog, 2′-O-(methylthiomethoxy)methyl uridine, for siRNA applications 査読 国際誌

    Lyu Fangjie, Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Rintaro Baba, Naoko Abe, Haruka Hiraoka, Fumitaka Hashiya, Zhaoma Shu, Kumiko Ui-Tei, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe

    Bioorganic &amp; Medicinal Chemistry Letters   74   128939 - 128939   2022年10月   （ ISSN:0960-894X ）

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Elsevier BV  

    The medicinal applications of siRNAs have been intensively examined but are still hindered by their low molecular stability under biological conditions and off-target effects, etc. The introduction of chemical modifications to the nucleoside is a promising strategy for solving these limitations. Herein, we describe the development of a new uridine analog, U*, that has a (methylthiomethoxy)methoxy group at the 2' position. The phosphoramidite reagent corresponding to U* was easily synthesized and the RNA oligonucleotides containing U* were stably prepared using a standard protocol for oligonucleotide synthesis. The introduction of U* into the siRNA resulted in positive or negative effects on the targeted gene silencing in a position-dependent manner, and the positive effects were attributed to the improved stability under biological conditions. The thermodynamic analysis of the U*-modified RNAs revealed a slight destabilization of the dsRNA, based depending on which U was strategically utilized to restrain the off-target effects of the siRNA. This study describes a rare example of nucleoside analogs with a large substitution at the 2'-position in the context of an siRNA application and is informative for the development of other analogs to further improve the molecular properties of siRNAs for medicinal applications.

    DOI： 10.1016/j.bmcl.2022.128939

    PubMed

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  • Knockdown of 15-bp Deletion-Type v-raf Murine Sarcoma Viral Oncogene Homolog B1 mRNA in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Cells Repressed Cell Growth In Vitro and Tumor Volume In Vivo 招待 査読 国際誌

    Jiaxuan Song*, Yoshiaki Kobayashi* (*co-first author), Yoshimasa Asano, Atsushi Sato, Hiroaki Taniguchi, Kumiko Ui-Tei

    Cancers   14 ( 13 )   3162 - 3162   2022年6月   （ eISSN:2072-6694 ）

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI AG  

    Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is predicted to become the second-most common cause of death within the next 10 years. Due to the limited efficacy of available therapies, the survival rate of PDAC patients is very low. Oncogenic BRAF mutations are one of the major causes of PDAC, specifically the missense V600E and L485–P490 15-bp deletion mutations. Drugs targeting the V600E mutation have already been approved by the United States Food and Drug Administration. However, a drug targeting the deletion mutation at L485–P490 of the BRAF gene has not been developed to date. The BxPC-3 cell line is a PDAC-derived cell line harboring wild-type KRAS and L485–P490 deleted BRAF genes. These cells are heterozygous for BRAF, harboring both wild-type BRAF and BRAF with the 15-bp deletion. In this study, siRNA was designed for the targeted knockdown of 15-bp deletion-type BRAF mRNA. This siRNA repressed the phosphorylation of extracellular-signal-regulated kinase proteins downstream of BRAF and suppressed cell growth in vitro and in vivo. Furthermore, siRNAs with 2′-O-methyl modifications at positions 2–5 reduce the seed-dependent off-target effects, as confirmed by reporter and microarray analyses. Thus, such siRNA is a promising candidate therapy for 15-bp deletion-type BRAF-induced tumorigenesis.

    DOI： 10.3390/cancers14133162

    PubMed

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  • Thermodynamic Stabilities in the siRNA Seed and Non- seed Regions Regulate Off-target Effect in Opposite Direction 査読

    Kobayashi Y, Tian S, Ui-Tei K

    Research Aspects in Biological Science Vol. 2   2   117 - 130   2022年5月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.9734/bpi/rabs/v2/6153f

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  • The siRNA Off-Target Effect Is Determined by Base-Pairing Stabilities of Two Different Regions with Opposite Effects 査読

    Yoshiaki Kobayashi, Shen Tian, Kumiko Ui-Tei

    Genes   13 ( 2 )   319 - 319   2022年2月   （ eISSN:2073-4425 ）

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI AG  

    In RNA interference (RNAi), small interfering RNA (siRNA) suppresses the expression of its target mRNA with a perfect complementary sequence. In addition, siRNA also suppresses the expression of unintended mRNAs with partially complementary sequences mainly within the siRNA seed region (nucleotides 2–8). This mechanism is highly similar to microRNA (miRNA)-mediated RNA silencing, and known as the siRNA-mediated off-target effect. Previously, we revealed that the off-target effect is induced through stable base-pairing between the siRNA seed region and off-target mRNAs, but not induced through unstable base-pairing. However, in our recent study, we found that the siRNA seed region consists of two functionally different domains: nucleotides 2–5, essential for off-target effects, and nucleotides 6–8, involved in both RNAi and off-target effects. In this study, we investigated the most responsible region for the off-target effect by conducting a comprehensive analysis of the thermodynamic properties of all possible siRNA subregions that involved a machine learning technique using a random sampling procedure. As a result, the thermodynamic stability of nucleotides 2–5 showed the highest positive correlation with the off-target effect, and nucleotides 8–14 showed the most negative correlation. Thus, it is revealed that the siRNA off-target effect is determined by the base-pairing stabilities of two different subregions with opposite effects.

    DOI： 10.3390/genes13020319

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  • siRNA Seed Region Is Divided into Two Functionally Different Domains in RNA Interference in Response to 2′-OMe Modifications 査読

    Yoshiaki Kobayashi and Daiki Fukuhara and Dai Akase and Misako Aida and Kumiko Ui-Tei

    ACS Omega   7 ( 2 )   2398 - 2410   2022年1月   （ ISSN:2470-1343 eISSN:2470-1343 ）

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})  

    DOI： 10.1021/acsomega.1c06455

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  • Selection of Chemical Modifications in the siRNA Seed Region That Repress Off-Target Effect

    Yoshiaki Kobayashi;Kengo Miyamoto;Misako Aida;Kumiko Ui-Tei

    Methods in Molecular Biology   17 - 30   2021年4月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/978-1-0716-1298-9_2

  • A robust model for quantitative prediction of the silencing efficacy of wild-type and A-to-I edited miRNAs 査読

    Shen Tian, Goro Terai, Yoshiaki Kobayashi, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Kiyoshi Asai, Kumiko Ui-Tei

    RNA Biology   17 ( 2 )   264 - 280   2019年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1080/15476286.2019.1678364

  • Chemical Modification of the siRNA Seed Region Suppresses Off-Target Effects by Steric Hindrance to Base-Pairing with Targets 査読

    Hanna Iribe;Kengo Miyamoto;Tomoko Takahashi;Yoshiaki Kobayashi;Jastina Leo;Misako Aida;Kumiko Ui-Tei

    ACS Omega   2 ( 5 )   2055 - 2064   2017年5月

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書籍等出版物

  • 核酸医薬 : モダリティ・合成・分析・DDSの最新動向

    浅野吉政, 小林芳明, 程久美子（担当：分担執筆 範囲:第1章モダリテイ 第２節siRNAとmicroRNA）

    エヌ・ティー・エス  2024年4月    （ ISBN:9784860438869 ）

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    総ページ数：2, 8, 324, 8p, 図版14p   記述言語：日本語  

    CiNii Books

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  • 核酸医薬・mRNA医薬の製造分析の基礎と基盤技術開発

    小林芳明, 程久美子（担当：分担執筆 範囲:オフターゲット効果を回避する siRNA 医薬の分子設計）

    シーエムシー・リサーチ  2023年2月    （ ISBN:9784910581347 ）

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    総ページ数：xvi, 290p   記述言語：日本語  

    CiNii Books

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講演・口頭発表等

  • Development of SNPD-siKRAS which specifically represses KRAS gene with single nucleotide mutation.

    Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Hiroaki Taniguchi, Kumiko Ui-Tei

    第 8 回日本核酸医薬学会  2023年7月 

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    開催年月日： 2023年7月

    会議種別：ポスター発表  

    開催地：名古屋大学豊田講堂  

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  • Specific knockdown of KRAS mutant gene using SNPD-siRNA repressed cell proliferation of pancreatic cancer cells in vitro and in vivo

    Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Atsushi Sato, Hiroaki Taniguchi, Kumiko Ui-Tei

    CBI学会2022年大会  2022年10月 

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    開催年月日： 2022年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    国名：日本国  

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  • The siRNA Seed Region Is Composed of Two Functionally Different Domains Which Have Different Effects On RNA Interference and Off-target Activities in Response to 2´-OMe Modifications. 国際会議

    Yoshiaki Kobayashi, Daiki Fukuhara, Dai Akase, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei

    The Fourth RAS Initiative Symposium  2022年10月 

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    開催年月日： 2022年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

    開催地：Frederick, MD   国名：アメリカ合衆国  

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  • 1塩基の違いを区別して特異的に抑制するsingle-nucleotide polymorphism-distinguishable siRNA (SNPD-siRNA)の開発とその機能解析 招待

    小林芳明, 佐藤淳, 浅野吉政, 谷口博昭, 程久美子

    日本核酸医薬学会第7回年会・若手シンポジウム  2022年7月 

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    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • The siRNA seed region is divided into two functionally different domains in RNA interference in response to 2´-OMe modifications.

    Yoshiaki Kobayashi, Daiki Fukuhara, Dai Akase, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei

    第23回日本RNA学会年会  2022年7月 

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    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • Development and characterization of SNPD-siKRAS which specifically represses KRAS gene with single nucleotide mutation.

    Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Hiroaki Taniguchi, Kumiko Ui-Tei

    第 46 回日本分子生物学会年会  2023年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸ポートアイランド  

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  • Development and verification of a single nucleotide mutation-distinguishable siRNA for PIK3CA (SNPD-siPIK3CA).

    Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei

    第 8 回日本核酸医薬学会  2023年7月 

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    開催年月日： 2023年7月

    会議種別：ポスター発表  

    開催地：名古屋大学豊田講堂  

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  • The 2'-formamide modification in the siRNA seed region avoids off-target effects by steric hindrance.

    Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei

    第 8 回日本核酸医薬学会  2023年7月 

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    開催年月日： 2023年7月

    会議種別：ポスター発表  

    開催地：名古屋大学豊田講堂  

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  • Development of single nucleotide mutation-distinguishable siRNA for PIK3CA (SNPD-siPIK3CA) and its effects on cancer cells. 国際会議

    Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei

    CSHL Asia, The Now and Future of RNA Therapeutics  2023年6月 

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    開催年月日： 2023年6月

    会議種別：ポスター発表  

    開催地：AWAJI   国名：日本国  

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  • Reducing Off-Target Effects of siRNA by Introducing 2'-Formamide Modification in the Seed Region. 国際会議

    Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei

    CSHL Asia, The Now and Future of RNA Therapeutics  2023年6月 

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    開催年月日： 2023年6月

    会議種別：ポスター発表  

    開催地：AWAJI   国名：日本国  

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  • A new technology of siRNA that specifically represses the growth of human pancreatic cancer by reducing the mutated KRAS expression. 国際会議

    Kumiko Ui-Tei, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Hiroaki Taniguchi

    The 28th Annual Meeting of the RNA Society  2023年5月 

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    開催年月日： 2023年5月 - 2023年6月

    会議種別：ポスター発表  

    国名：シンガポール共和国  

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  • Prediction of Structural Change of siRNA by 2'-formamide, a Newly-synthesized Chemical Modification, via Density Functional Theory.

    Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Dai Akase, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei

    CBI 学会 2022 年大会  2022年10月 

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    開催年月日： 2022年10月

    会議種別：ポスター発表  

    開催地：タワーホール船堀  

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  • プロモーター領域における一塩基 変異を識別して TERT 遺伝子の発現を制御する CRISPR システムの構築

    Hiromu Matsui, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei

    第 45 回日本分子生物学会  2022年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：幕張メッセ  

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  • がん原遺伝子の一塩基多型を 識別する小分子干渉 RNA (SNPD-siPIK3CA)のがん細胞に対する効果の検証

    Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei

    第 45 回日本分子生物学会  2022年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：幕張メッセ  

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  • がんの原因となる融合遺伝子を特異的に抑制する小分子干渉 RNA の開発

    Soto Okubo, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei

    第 45 回日本分子生物学会  2022年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：幕張メッセ  

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  • Thermodynamic and Structural Impacts of Chemical Modifications in the siRNA Seed Region on Off-Target Effects.

    Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei

    第25回日本RNA学会  2024年6月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • The promising chemical modifications in the siRNA seed region that can avoid off-target effects by steric hindrance or thermodynamic stability.

    Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei

    第 46 回日本分子生物学会年会  2023年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸ポートアイランド  

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  • siRNAシード領域の化学修飾がオフターゲット効果に与える影響の熱力学的および立体構造的解析

    Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei

    第 9 回日本核酸医薬学会  2024年7月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：仙台国際センター  

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  • siRNAs discriminate single nucleotide differences in PIK3CA.

    Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei

    第25回日本RNA学会  2024年6月 

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    会議種別：ポスター発表  

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  • PIK3CAがん原遺伝子の一塩基多型を識別する小分子干渉RNA (SNPD-siRNA)の開発

    大山隼礼, 小林芳明, 程久美子

    日本核酸医薬学会第7回年会  2022年8月 

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  • PIK3CA がん原遺伝子の一塩基多型を識別する小分子干渉 RNA （SNPD-siPIK3CA）の開発と有効性 の検討

    Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei

    第 9 回日本核酸医薬学会  2024年7月 

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    開催地：仙台国際センター  

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  • Identification of kinase for TNRC6A that regulates miRNA-mediated RNA silencing.

    Shen Li, Masataka Suzawa, Efe Begar, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei

    第 22 回 東京大学生命科学シンポジウム(BIO-UT)  2023年6月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：東京大学 駒場キャン パス  

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  • Development of siRNA specific for PIK3CA proto-oncogene with single-nucleotide mutation and its effect on cancer cell proliferation.

    Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei

    第 46 回日本分子生物学会年会  2023年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸ポートアイランド  

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  • Development of a CRISPR-Cas9 system that targets only harmful bacteria or metabolites.

    Ryuichi Ono, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei

    第 46 回日本分子生物学会年会  2023年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸ポートアイランド  

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  • Development of a CRISPR system that distinguishes single nucleotide mutations in the TERT promoter to suppress carcinogenesis.

    Taku Yunomae, Hiromu Matsui, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei

    第 46 回日本分子生物学会年会  2023年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：神戸ポートアイランド  

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  • CRISPR-Cas9 システムによる塩基配列特異的な腸内細菌叢制御 の検証

    Ryuichi Ono, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei

    第 45 回日本分子生物学会  2022年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：幕張メッセ  

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  • Cell-derived Xenograftモデルを用いたKRASやBRAFの変異部位を対象としたsiRNAの有効性の検証

    浅野吉政, 小林芳明, 佐藤淳, 谷口博昭, 程久美子

    日本核酸医薬学会第7回年会  2022年8月 

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  • 2’位化学修飾核酸の導入による siRNA の標的特異性の向上

    野村 浩平, 成鎮, 村瀬 裕貴, 中本 航介, 木村 康明, 阿部奈保子, 小林芳明, 程 久美子, 近藤 次郎, 阿部 洋

    第 9 回日本核酸医薬学会 若手シンポジウム  2024年7月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    開催地：仙台国際センター  

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  • 2’-formamide修飾をseed領域にもつsiRNAは塩基の向きを変えることで off-target効果を減弱させる

    安成鎮, 小林芳明, 野村浩平, 木村康明, 阿部洋, 赤瀬大, 相田美砂子, 程 久美子

    日本核酸医薬学会第7回年会・若手シンポジウム  2022年7月 

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    会議種別：口頭発表（招待・特別）  

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  • 2’-formamide 修飾を seed 領域にもつ siRNA は 2 つの異なるメカニズムによって off-target 効果を減弱させる

    Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Dai Akase, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei

    第 45 回日本分子生物学会  2022年12月 

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    会議種別：ポスター発表  

    開催地：幕張メッセ  

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MISC

  • siRNAが働く仕組みと医薬品としての研究開発の現状—Mechanisms of RNA interference and the current status of research and development of siRNA drugs

    小林 芳明, 浅野 吉政, 程 久美子

    循環器内科 = Cardioangiology / 循環器内科編集委員会 編   93 ( 3 )   346 - 354   2023年3月   （ ISSN:1884-2909 ）

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語   出版者・発行元：科学評論社  

    CiNii Books

    CiNii Research

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  • KRAS遺伝子の1塩基変異を区別して特異的に抑制するSNPD-siKRASの開発と特性評価

    小林芳明, 浅野吉政, 谷口博昭, 程久美子

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   46th   2023年

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  • 一塩基変異によりがん原遺伝子として働くPIK3CA遺伝子を特異的に抑制するsiRNAの開発とそのがん細胞増殖抑制効果

    大山隼礼, 小林芳明, 浅野吉政, 合山進, 程久美子, 程久美子

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   46th   2023年

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  • ヒト腸内で有害な細菌及び代謝産物を特異的に除去できるCRISPR-Cas9システムの開発

    小野隆一, 小林芳明, 程久美子, 程久美子

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   46th   2023年

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  • TERTプロモーターにおける一塩基変異を識別し,発がんを抑制するCRISPRシステムの開発

    湯之前拓, 松井宏睦, 小林芳明, 程久美子, 程久美子

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   46th   2023年

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  • 1塩基変異を区別して遺伝子発現を抑制するSNPD-siRNAの分子設計

    程久美子, 小林芳明, 浅野吉政

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   45th   2022年

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  • プロモーター領域における一塩基変異を識別してTERT遺伝子の発現を制御するCRISPRシステムの構築

    松井宏睦, 小林芳明, UI-TEI Kumiko, UI-TEI Kumiko

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   45th   2022年

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  • がんの原因となる融合遺伝子を特異的に抑制する小分子干渉RNAの開発

    大久保壮途, 小林芳明, UI-TEI Kumiko, UI-TEI Kumiko

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   45th   2022年

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  • PIK3CAがん原遺伝子の一塩基多型を識別する小分子干渉RNA(SNPD-siPIK3CA)のがん細胞に対する効果の検証

    大山隼礼, 小林芳明, UI-TEI Kumiko

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)   45th   2022年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 複雑な細胞環境におけるsiRNA-AGO複合体の分子動態の解明

    研究課題/領域番号：21K20630  2021年8月 - 2023年3月

    科学研究費助成事業  研究活動スタート支援

    小林 芳明

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    資金種別：科研費

    siRNA-AGO2複合体の作用機序は、これまでin vitroな生化学的解析および構造解析により明らかにされてきた。しかしながら、実際の細胞内環境を反映した解析がほとんど行われていない。細胞内には多種のRNA結合タンパク質が存在しており、siRNA-AGO2複合体と競合的に働く可能性がある。そこで本研究では、細胞内のsiRNA-AGO2複合体をイメージングする手法を新たに開発し、多種のRNA結合タンパク質が存在する複雑な細胞環境における分子動態の解明を目指す。
    これまでの生化学的解析からsmall interfering RNA（siRNA）は、シード領域（5´末端から数えて2~8番目のヌクレオチド）で標的mRNAを認識することが明らかになっていたが、その位置による役割はよく分かっていなかった。申請者は、ヒト細胞を用いてsiRNAの活性を測定することで、siRNAのシード領域が2-5番ヌクレオチドと6-8番ヌクレオチドの2つの機能ドメインに分かれることを見出した。2-5番ヌクレオチドはRNAi活性には大きく寄与しないドメインである一方、6-8番ヌクレオチドはRNAi活性の程度を規定するドメインであることを明らかにした。
    この研究成果は、従来の生化学的解析のみでは明らかにできなかったsiRNAの作用機序を実際の細胞内環境を反映した解析により明らかにした。siRNA のシード領域のうち、6-8番ヌクレオチドはRNAi活性の程度を規定するドメインであることから、今後活性の強弱を制御する手法の開発が期待される。また、siRNAは薬としての応用が期待されているものの、その作用機序に立脚した医薬品の設計が不十分であることから、本成果はsiRNAの治療応用に向けた知見を広げるものであると示唆される。

FD参加状況

  • 2024年4月   役割：参加   名称：令和６年度 第１回全学FD（新任教員の研修）The 1st All-University FD (training for new faculty members) in FY2024

    主催組織：全学