コバヤシ ヨシアキ
小林 芳明
KOBAYASHI YOSHIAKI
ORCID
研究分野
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ライフサイエンス / 分子生物学
学位
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博士（理学） （ 2021年3月 東京大学 ）
経歴
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九州大学 生体防御医学研究所 附属高深度オミクスサイエンスセンター 遺伝子発現動態学分野 助教（特定プロジェクト教員）
2024年4月 - 現在
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東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 特任研究員
2021年4月 - 2024年3月
国名：日本国
学歴
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東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 博士課程
2018年4月 - 2021年3月
国名： 日本国
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東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 修士課程
2016年4月 - 2018年3月
国名： 日本国
研究テーマ・研究キーワード
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研究テーマ：空間オミクス
研究キーワード：sequential FISH (seq-FISH)
研究期間： 2024年4月 - 現在
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研究テーマ：核酸医薬
研究キーワード：siRNA
研究期間： 2016年4月 - 2024年3月
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研究テーマ：核酸医薬
研究キーワード：microRNA
研究期間： 2016年4月 - 2024年3月
論文
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Kohei Nomura, Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Jiro Kondo, Ting Shi, Hirotaka Murase, Kosuke Nakamoto, Yasuaki Kimura, Naoko Abe, Kumiko Ui-Tei, Hiroshi Abe
Nucleic Acids Research 2024年9月 （ ISSN:0305-1048 eISSN:1362-4962 ）
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Shohei Maruyama, Takashi Kusakabe, Xinyi Zou, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Qingbo S. Wang, Kumiko Ui-Tei
Methods in Molecular Biology 49 - 62 2023年 （ ISSN:1064-3745 ISBN:9781071630150 eISSN:1940-6029 ）
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A 2′-modified uridine analog, 2′-O-(methylthiomethoxy)methyl uridine, for siRNA applications 査読 国際誌
Lyu Fangjie, Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Rintaro Baba, Naoko Abe, Haruka Hiraoka, Fumitaka Hashiya, Zhaoma Shu, Kumiko Ui-Tei, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe
Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 74 128939 - 128939 2022年10月 （ ISSN:0960-894X ）
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Jiaxuan Song*, Yoshiaki Kobayashi* (*co-first author), Yoshimasa Asano, Atsushi Sato, Hiroaki Taniguchi, Kumiko Ui-Tei
Cancers 14 ( 13 ) 3162 - 3162 2022年6月 （ eISSN:2072-6694 ）
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Kobayashi Y, Tian S, Ui-Tei K
Research Aspects in Biological Science Vol. 2 2 117 - 130 2022年5月
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Yoshiaki Kobayashi, Shen Tian, Kumiko Ui-Tei
Genes 13 ( 2 ) 319 - 319 2022年2月 （ eISSN:2073-4425 ）
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Yoshiaki Kobayashi and Daiki Fukuhara and Dai Akase and Misako Aida and Kumiko Ui-Tei
ACS Omega 7 ( 2 ) 2398 - 2410 2022年1月 （ ISSN:2470-1343 eISSN:2470-1343 ）
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Selection of Chemical Modifications in the siRNA Seed Region That Repress Off-Target Effect
Yoshiaki Kobayashi;Kengo Miyamoto;Misako Aida;Kumiko Ui-Tei
Methods in Molecular Biology 17 - 30 2021年4月
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A robust model for quantitative prediction of the silencing efficacy of wild-type and A-to-I edited miRNAs 査読
Shen Tian, Goro Terai, Yoshiaki Kobayashi, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Kiyoshi Asai, Kumiko Ui-Tei
17 ( 2 ) 264 - 280 2019年11月
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Chemical Modification of the siRNA Seed Region Suppresses Off-Target Effects by Steric Hindrance to Base-Pairing with Targets 査読
Hanna Iribe;Kengo Miyamoto;Tomoko Takahashi;Yoshiaki Kobayashi;Jastina Leo;Misako Aida;Kumiko Ui-Tei
ACS Omega 2 ( 5 ) 2055 - 2064 2017年5月
書籍等出版物
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核酸医薬 : モダリティ・合成・分析・DDSの最新動向
浅野吉政, 小林芳明, 程久美子（ 担当： 分担執筆 範囲: 第1章モダリテイ 第２節siRNAとmicroRNA）
エヌ・ティー・エス 2024年4月 （ ISBN:9784860438869 ）
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核酸医薬・mRNA医薬の製造分析の基礎と基盤技術開発
小林芳明, 程久美子（ 担当： 分担執筆 範囲: オフターゲット効果を回避する siRNA 医薬の分子設計）
シーエムシー・リサーチ 2023年2月 （ ISBN:9784910581347 ）
講演・口頭発表等
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Development of SNPD-siKRAS which specifically represses KRAS gene with single nucleotide mutation.
Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Hiroaki Taniguchi, Kumiko Ui-Tei
第 8 回日本核酸医薬学会 2023年7月
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Specific knockdown of KRAS mutant gene using SNPD-siRNA repressed cell proliferation of pancreatic cancer cells in vitro and in vivo
Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Atsushi Sato, Hiroaki Taniguchi, Kumiko Ui-Tei
CBI学会2022年大会 2022年10月
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The siRNA Seed Region Is Composed of Two Functionally Different Domains Which Have Different Effects On RNA Interference and Off-target Activities in Response to 2´-OMe Modifications. 国際会議
Yoshiaki Kobayashi, Daiki Fukuhara, Dai Akase, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei
The Fourth RAS Initiative Symposium 2022年10月
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1塩基の違いを区別して特異的に抑制するsingle-nucleotide polymorphism-distinguishable siRNA (SNPD-siRNA)の開発とその機能解析 招待
小林芳明, 佐藤淳, 浅野吉政, 谷口博昭, 程久美子
日本核酸医薬学会第7回年会・若手シンポジウム 2022年7月
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The siRNA seed region is divided into two functionally different domains in RNA interference in response to 2´-OMe modifications.
Yoshiaki Kobayashi, Daiki Fukuhara, Dai Akase, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei
第23回日本RNA学会年会 2022年7月
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Development and characterization of SNPD-siKRAS which specifically represses KRAS gene with single nucleotide mutation.
Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Hiroaki Taniguchi, Kumiko Ui-Tei
第 46 回日本分子生物学会年会 2023年12月
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Development and verification of a single nucleotide mutation-distinguishable siRNA for PIK3CA (SNPD-siPIK3CA).
Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei
第 8 回日本核酸医薬学会 2023年7月
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The 2'-formamide modification in the siRNA seed region avoids off-target effects by steric hindrance.
Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei
第 8 回日本核酸医薬学会 2023年7月
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Development of single nucleotide mutation-distinguishable siRNA for PIK3CA (SNPD-siPIK3CA) and its effects on cancer cells. 国際会議
Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei
CSHL Asia, The Now and Future of RNA Therapeutics 2023年6月
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Reducing Off-Target Effects of siRNA by Introducing 2'-Formamide Modification in the Seed Region. 国際会議
Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei
CSHL Asia, The Now and Future of RNA Therapeutics 2023年6月
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A new technology of siRNA that specifically represses the growth of human pancreatic cancer by reducing the mutated KRAS expression. 国際会議
Kumiko Ui-Tei, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Hiroaki Taniguchi
The 28th Annual Meeting of the RNA Society 2023年5月
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Prediction of Structural Change of siRNA by 2'-formamide, a Newly-synthesized Chemical Modification, via Density Functional Theory.
Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Dai Akase, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei
CBI 学会 2022 年大会 2022年10月
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プロモーター領域における一塩基 変異を識別して TERT 遺伝子の発現を制御する CRISPR システムの構築
Hiromu Matsui, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei
第 45 回日本分子生物学会 2022年12月
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がん原遺伝子の一塩基多型を 識別する小分子干渉 RNA (SNPD-siPIK3CA)のがん細胞に対する効果の検証
Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei
第 45 回日本分子生物学会 2022年12月
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がんの原因となる融合遺伝子を特異的に抑制する小分子干渉 RNA の開発
Soto Okubo, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei
第 45 回日本分子生物学会 2022年12月
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Thermodynamic and Structural Impacts of Chemical Modifications in the siRNA Seed Region on Off-Target Effects.
Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei
第25回日本RNA学会 2024年6月
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The promising chemical modifications in the siRNA seed region that can avoid off-target effects by steric hindrance or thermodynamic stability.
Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei
第 46 回日本分子生物学会年会 2023年12月
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siRNAシード領域の化学修飾がオフターゲット効果に与える影響の熱力学的および立体構造的解析
Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Akase Dai, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei
第 9 回日本核酸医薬学会 2024年7月
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siRNAs discriminate single nucleotide differences in PIK3CA.
Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei
第25回日本RNA学会 2024年6月
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PIK3CAがん原遺伝子の一塩基多型を識別する小分子干渉RNA (SNPD-siRNA)の開発
大山隼礼, 小林芳明, 程久美子
日本核酸医薬学会第7回年会 2022年8月
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PIK3CA がん原遺伝子の一塩基多型を識別する小分子干渉 RNA （SNPD-siPIK3CA）の開発と有効性 の検討
Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei
第 9 回日本核酸医薬学会 2024年7月
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Identification of kinase for TNRC6A that regulates miRNA-mediated RNA silencing.
Shen Li, Masataka Suzawa, Efe Begar, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei
第 22 回 東京大学生命科学シンポジウム(BIO-UT) 2023年6月
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Development of siRNA specific for PIK3CA proto-oncogene with single-nucleotide mutation and its effect on cancer cell proliferation.
Toshinori Ohyama, Yoshiaki Kobayashi, Yoshimasa Asano, Susumu Goyama, Kumiko Ui-Tei
第 46 回日本分子生物学会年会 2023年12月
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Development of a CRISPR-Cas9 system that targets only harmful bacteria or metabolites.
Ryuichi Ono, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei
第 46 回日本分子生物学会年会 2023年12月
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Development of a CRISPR system that distinguishes single nucleotide mutations in the TERT promoter to suppress carcinogenesis.
Taku Yunomae, Hiromu Matsui, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei
第 46 回日本分子生物学会年会 2023年12月
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CRISPR-Cas9 システムによる塩基配列特異的な腸内細菌叢制御 の検証
Ryuichi Ono, Yoshiaki Kobayashi, Kumiko Ui-Tei
第 45 回日本分子生物学会 2022年12月
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Cell-derived Xenograftモデルを用いたKRASやBRAFの変異部位を対象としたsiRNAの有効性の検証
浅野吉政, 小林芳明, 佐藤淳, 谷口博昭, 程久美子
日本核酸医薬学会第7回年会 2022年8月
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2’位化学修飾核酸の導入による siRNA の標的特異性の向上
野村 浩平, 成鎮, 村瀬 裕貴, 中本 航介, 木村 康明, 阿部奈保子, 小林芳明, 程 久美子, 近藤 次郎, 阿部 洋
第 9 回日本核酸医薬学会 若手シンポジウム 2024年7月
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2’-formamide修飾をseed領域にもつsiRNAは塩基の向きを変えることで off-target効果を減弱させる
安成鎮, 小林芳明, 野村浩平, 木村康明, 阿部洋, 赤瀬大, 相田美砂子, 程 久美子
日本核酸医薬学会第7回年会・若手シンポジウム 2022年7月
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2’-formamide 修飾を seed 領域にもつ siRNA は 2 つの異なるメカニズムによって off-target 効果を減弱させる
Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Dai Akase, Misako Aida, Kumiko Ui-Tei
第 45 回日本分子生物学会 2022年12月
MISC
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siRNAが働く仕組みと医薬品としての研究開発の現状—Mechanisms of RNA interference and the current status of research and development of siRNA drugs
小林 芳明, 浅野 吉政, 程 久美子
循環器内科 = Cardioangiology / 循環器内科編集委員会 編 93 ( 3 ) 346 - 354 2023年3月 （ ISSN:1884-2909 ）
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TERTプロモーターにおける一塩基変異を識別し,発がんを抑制するCRISPRシステムの開発
湯之前拓, 松井宏睦, 小林芳明, 程久美子, 程久美子
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
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KRAS遺伝子の1塩基変異を区別して特異的に抑制するSNPD-siKRASの開発と特性評価
小林芳明, 浅野吉政, 谷口博昭, 程久美子
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
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ヒト腸内で有害な細菌及び代謝産物を特異的に除去できるCRISPR-Cas9システムの開発
小野隆一, 小林芳明, 程久美子, 程久美子
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
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一塩基変異によりがん原遺伝子として働くPIK3CA遺伝子を特異的に抑制するsiRNAの開発とそのがん細胞増殖抑制効果
大山隼礼, 小林芳明, 浅野吉政, 合山進, 程久美子, 程久美子
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
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がんの原因となる融合遺伝子を特異的に抑制する小分子干渉RNAの開発
大久保壮途, 小林芳明, UI-TEI Kumiko, UI-TEI Kumiko
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
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PIK3CAがん原遺伝子の一塩基多型を識別する小分子干渉RNA(SNPD-siPIK3CA)のがん細胞に対する効果の検証
大山隼礼, 小林芳明, UI-TEI Kumiko
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
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1塩基変異を区別して遺伝子発現を抑制するSNPD-siRNAの分子設計
程久美子, 小林芳明, 浅野吉政
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
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プロモーター領域における一塩基変異を識別してTERT遺伝子の発現を制御するCRISPRシステムの構築
松井宏睦, 小林芳明, UI-TEI Kumiko, UI-TEI Kumiko
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
所属学協会
共同研究・競争的資金等の研究課題
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複雑な細胞環境におけるsiRNA-AGO複合体の分子動態の解明
研究課題/領域番号：21K20630 2021年8月 - 2023年3月
科学研究費助成事業 研究活動スタート支援
小林 芳明
資金種別：科研費
siRNA-AGO2複合体の作用機序は、これまでin vitroな生化学的解析および構造解析により明らかにされてきた。しかしながら、実際の細胞内環境を反映した解析がほとんど行われていない。細胞内には多種のRNA結合タンパク質が存在しており、siRNA-AGO2複合体と競合的に働く可能性がある。そこで本研究では、細胞内のsiRNA-AGO2複合体をイメージングする手法を新たに開発し、多種のRNA結合タンパク質が存在する複雑な細胞環境における分子動態の解明を目指す。
これまでの生化学的解析からsmall interfering RNA（siRNA）は、シード領域（5´末端から数えて2~8番目のヌクレオチド）で標的mRNAを認識することが明らかになっていたが、その位置による役割はよく分かっていなかった。申請者は、ヒト細胞を用いてsiRNAの活性を測定することで、siRNAのシード領域が2-5番ヌクレオチドと6-8番ヌクレオチドの2つの機能ドメインに分かれることを見出した。2-5番ヌクレオチドはRNAi活性には大きく寄与しないドメインである一方、6-8番ヌクレオチドはRNAi活性の程度を規定するドメインであることを明らかにした。
この研究成果は、従来の生化学的解析のみでは明らかにできなかったsiRNAの作用機序を実際の細胞内環境を反映した解析により明らかにした。siRNA のシード領域のうち、6-8番ヌクレオチドはRNAi活性の程度を規定するドメインであることから、今後活性の強弱を制御する手法の開発が期待される。また、siRNAは薬としての応用が期待されているものの、その作用機序に立脚した医薬品の設計が不十分であることから、本成果はsiRNAの治療応用に向けた知見を広げるものであると示唆される。
FD参加状況
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2024年4月 役割：参加 名称：令和６年度 第１回全学FD（新任教員の研修）The 1st All-University FD (training for new faculty members) in FY2024
主催組織：全学