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土居 克実(どい かつみ) データ更新日:2018.06.11

教授 /  農学研究院 生命機能科学部門 遺伝子資源開発学講座


主な研究テーマ
地熱水等極限環境下に生息する有用微生物の探索
キーワード:極限環境微生物、遺伝子資源、臨海域
2010.09.
極限環境微生物ウイルスの探索と機能解析
キーワード:極限環境微生物、アーキア、ウイルス、
2007.04.
Thermus属細菌のシリカ鉱物化作用とシリカ誘導タンパク質の特性
キーワード:Thermus、シリカ、鉱物化、地球科学、極限環境
1995.04.
染色体外遺伝因子の構造・機能解明
キーワード:プラスミド、バクテリオファージ、DNA転移、部位特異的組換え、遺伝子ターゲッティング、生命進化、
1990.04.
乳酸菌を利用した環境保全型農畜産システムの開発
キーワード:Lactobacillus、Enterococcus、サイレージ、バクテリオシン、プロバイオティクス、分類同定・評価
1994.01.
放線菌の形態分化・代謝分化に関わる遺伝子機能の解明
キーワード:放線菌、Streptomyces、形態分化、代謝分化
1990.04.
従事しているプロジェクト研究
微生物の生物化学的研究
1998.04~2008.03, 代表者:松下一信, 山口大学, 山口大学・日本学術振興会(日本)
 様々な機能を有する耐熱性微生物を自然界、特に熱帯性気候を有するタイ国、から分離し、それら分離した耐熱性微生物の分類および特徴づけとともに、それらの生物種を特定している生理機能を遺伝子及びタンパク質レベルで解明する。これらの解析を通して特定された耐熱性微生物の機能を利用する新規な技術開発をめざす。
 特に、高温で増殖可能な乳酸菌を分離し、本菌が生産する耐熱性バクテリオシンについて、そのコードする遺伝子、ペプチド構造、発現機構、大量調製法などについて研究を進めている。.
研究業績
主要著書
1. 永吉 佑子, 土居 克実, アーキア生物学, 共立出版, 978-4-320-05785-2, 39-42, 2017.10.
2. 土居 克実, 大島 敏久, 環境と微生物の事典, 朝倉書店, 217-218, 2014.07.
3. 土居 克実, 藤野 泰寛, Thermophilic Microbes in Environmental and Industrial Biotechnology: Biotechnology of Thermophiles, Springer, 233-247., 2013.03.
4. 土居克実、門多真理子、左古知行、桜井稔三、緒方靖哉, 乳酸菌とビフィズス菌のサイエンス, シーエムシー出版, 第5章 乳酸菌・ビフィズス菌の食品・家畜飼料中での挙動と利用 「バクテリオファージ」担当 p.431-446, 2010.11, [URL].
主要原著論文
1. FUJINO Yasuhiro, NAGAYOSHI Yuko, OHSHIMA Toshihisa, OGATA Seiya, DOI Katsumi, Complete genome sequence of Thermus thermophilus TMY, isolated from a geothermal power plant, Genome Announcements, 10.1128/genomeA.01596-16, 5, 5, e01596-16, 2017.02.
2. Yasuhiro Fujino, Ryo Tanoue, Takushi Yokoyama, Katsumi DOI, A tightly regulated expression system for E. coli using supersaturated silicic acid, Biotechnol. Lett., 10.1007/s10529-016-2118-z, 38, 8, 1381-1387, 2016.08, [URL].
3. DOI Katsumi, FUJINO Yasuhiro, NAGAYOSHI Yuko, OHSHIMA Toshihisa, OGATA Seiya, Complete genome sequence of thiostrepton producing Streptomyces laurentii ATCC 31255, Genome Announcements, 10.1128/genomeA.00360-16, 4, 3, e00360-16, 2016.06, [URL].
4. FUJINO Yasuhiro, NAGAYOSHI Yuko, IWASE Makoto, Takushi Yokoyama, OHSHIMA Toshihisa, Katsumi DOI, Silica-induced protein (Sip) in thermophilic bacterium, Thermus thermophilus, responds to low iron availability, APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, in press, 2016.03.
5. NAGAYOSHI Yuko, KUMAGAE Kenta, Mori Kazuki, KOSUKE TASHIRO, NAKAMURA Ayano, FUJINO Yasuhiro, Yasuaki Hiromasa, IWAMOTO Takeo, Satoru Kuhara, OHSHIMA Toshihisa, Katsumi DOI, Physiological properties and genome structure of the hyperthermophilic filamentous phage φOH3 which infects Thermus thermophilus HB8, Frontiers in Microbiology, 7, 50, 2016.02, A filamentous bacteriophage, φOH3, was isolated from hot spring sediment in Obama hot spring in Japan with the hyperthermophilic bacterium Thermus thermophilus HB8 as its host. Phage φOH3, which was classified into the Inoviridae family, consists of a flexible filamentous particle 830 nm long and 8 nm wide. φOH3 was stable at temperatures ranging from 70 to 90°C and at pHs ranging from 6 to 9. A one-step growth curve of the phage showed a 60-min latent period beginning immediately postinfection, followed by intracellular virus particle production during the subsequent 40 min. The released virion number of φOH3 was 109. During the latent period, both single stranded DNA (ssDNA) and the replicative form (RF) of phage DNA were multiplied from min 40 onward. During the release period, the copy numbers of both ssDNA and RF DNA increased sharply. The size of the φOH3 genome is 5688 bp, and eight putative open reading frames (ORFs) were annotated. These ORFs were encoded on the plus strand of RF DNA and showed no significant homology with any known phage genes, except ORF 5, which showed 60% identity with the gene VIII product of the Thermus filamentous phage PH75. All the ORFs were similar to predicted genes annotated in the Thermus aquaticus Y51MC23 and Meiothermus timidus DSM 17022 genomes at the amino acid sequence level. This is the first report of the whole genome structure and DNA multiplication of a filamentous T. thermophilus phage within its host cell..
6. SAKIHARA Kengo, MAEDA Jumpei, KOSUKE TASHIRO, FUJINO Yasuhiro, Satoru Kuhara, OHSHIMA Toshihisa, OGATA Seiya, Katsumi DOI, Draft genome sequence of thiostreptone producing Streptomyces azureus ATCC 14921, Genome Announcements, 3, 5, 01183-15, 2015.10.
7. Hirokazu Suzuki, Keisuke Wada, Jumpei Kobayashi, OHSHIMA Toshihisa, Katsumi DOI, Megumi Furukawa, A thiostrepton resistance gene and its mutants serve as selectable markers in Geobacillus kaustophilus HTA426, Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 80, 2, 368-375, 2015.09.
8. Hironaga AKITA, Yoshifumi IMAIZUMI, Katsumi DOI, Toshihisa OHSHIMA, Hirokazu SUZUKI, Spectrophotometric assay of D-isoleucine using an artificially created D-amino acid dehydrogenase, Biotechnol. Lett., 10.1007/s10529-014-1597-z, 36, 11, 2245-2248, 2014.11, [URL].
9. Ryutaro Ogura, Taisuke Wakamatsu, Yuta Mutaguchi, Katsumi Doi, Toshihisa Ohshima, Biochemical characterization of an L-tryptophan dehydrogenase from the photoautotrophic cyanobacterium Nostoc punctiforme, Enzyme Microb. Tech., http://dx.doi.org/10.1016/j.enzmictec.2014.04.002, 60, 40-46, 2014.06, [URL].
10. Tran Hai Ban, Hiroto Suhara, Katsumi Doi, Hiroya Ishikawa, Katsuya Fukami, Gopal Prasad Parajuli, Yoshinori Katakura, Shuntaro Yamashita, Kazuo Watanabe, Mahesh Kumar Adhikari, Hira Kaji Manandhar, RYUICHIRO KONDO, kuniyoshi shimizu, Wild Mushrooms in Nepal: Some Potential Candidates as Antioxidant and ACE-Inhibition Sources, Evid. Based Complement. Alternat. Med., http://dx.doi.org/10.1155/2014/195305, 2014, ID: 195305, 2014.01, [URL].
11. Hironaga AKITA, Hirokazu SUZUKI, Katsumi DOI, Toshihisa OHSHIMA, Efficient synthesis of D-branched-chain amino acids and their labeled compounds with stable isotopes using D-amino acid dehydrogenase., Appl. Microbiol. Biotechnol., 10.1007/s00253-013-4902-1, 98, 3, 1135-1143, 2013.05, [URL].
12. Hirokazu SUZUKI, Keisuke WADA, Megumi FURUKAWA, Katsumi DOI, Toshihisa OHSHIMA, A ternary conjugation system to construct DNA libraries in Geobacillus kaustophilus HTA426, Biosci. Biotechnol. Biochem., http://dx.doi.org/10.1271/bbb.130492, 77, 11, 2316-2318, 2013.11.
13. Yuta MUTAGUCHI, Taketo OHMORI, Hirofumi AKANO, Katsumi DOI, Toshihisa OHSHIMA, Distribution of D-amino acids in vinegars and involvement of lactic acid bacteria in the production of D-amino acids, SpringerPlus, 10.1186/2193-1801-2-691, 2, 691, 2013.12, [URL].
14. Katsumi DOI, Yousuke NISHIZAKI, Hidetoshi KIMURA, Maki KITAHARA, Yasuhiro FUJINO, Sadahiro OHMOMO, Toshihisa OHSHIMA, Seiya OGATA, Identification of thermo tolerant lactic acid bacteria isolated from silage prepared in the hot and humid climate of Southwestern Japan, SpringerPlus, 10.1186/2193-1801-2-485, 2, 485, 2013.09, [URL].
15. Katsumi DOI, Ong Thi Ahn PHUONG, Fagyun KAWATOU, Yuko NAGAYOSHI, Yasuhiro FUJINO, Toshihisa OHSHIMA, Identification and characterization of lactic acid bacteria isolated from fermented rice bran product, Adv. Microbiol., 10.4236/aim.2013.33038, 3, 3, 265-272, 2013.07, [URL].
16. Yuta MUTAGUCHI, Taketo OHMORI, Taisuke WAKAMATSU, Katsumi DOI, Toshihisa OHSHIMA, Identification, purification, and characterization of a novel amino acid racemase, isoleucine 2-epimerase, from Lactobacillus species., J. Bacteriol., 10.1128/JB.00709-13 , 94, 5207-5215, 2013.11, [URL].
17. Junpei KOBAYASHI, Yasuhiro SHIMIZU, Yuta MUTAGUCHI, Katsumi DOI, Toshihisa OHSHIMA, Characterization of D-amino acid aminotransferase from Lactobacillus salivarius,, J. Mol. Catal. B: Enzym., http://dx.doi.org/10.1016/j.molcatb.2013.04.013, 94, 15-22, 2013.10, [URL].
18. Katsumi DOI, Kazuki MORI, Yuta MUTAGUCHI, KOSUKE TASHIRO, Yasuhiro FUJINO, Satoru KUHARA, Toshihisa OHSHIMA, Draft Genome Sequence of D-branched-chain amino acids producing Lactobacillus otakiensis JCM 15040T isolated from a traditional Japanese pickle, , Genome Announcements, 10.1128/genomeA.00156-12 , 1, 4, e00546-13-e00546-13, 2013.01, [URL].
19. Taisuke WAKAMATSU, Chisato HIGASHI, Taketo OHMORI, Katsumi DOI, Toshihisa OHSHIMA, Biochemical characterization of two glutamate dehydrogenases with different cofactor specificities from a hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum calidifontis, Extremophiles, 17, 3, 379-389, 2013.05.
20. Katsumi DOI, Mori Kazuki, KOSUKE TASHIRO, FUJINO Yasuhiro, Yuko Nagayoshi, Yoshiharu Hayashi, Satoru Kuhara, Toshihisa Ohshima, Draft Genome Sequence of Pediococcus lolii NGRI 0510QT isolated from ryegrass silage, Genome Announcements, 10.1128/genomeA.00156-12 , 1, 3, 00156-12 -00156-12 , 2013.01, [URL].
21. Ying Zhao, 若松 泰介, Katsumi DOI, Haruhiko Sakuraba, Toshihisa Ohshima, A psychrophilic leucine dehydrogenase from Sporosarcina psychrophila: Purification, characterization, gene sequencing and crystal structure analysis, J. Mol. Catal. B: Enzym., 83, 65-72, 2012.11,
.
22. 大森 勇門, YUta Mutaguchi, Katsumi DOI, Toshihisa Ohshima, Effects of alkali or acid treatment on the isomerization of amino acids, J. Biosci. Bioeng., 114, 4, 457-459, 2012.10, [URL].
23. K. Doi, Y. Ohyama, E. Yokoyama, T. Nishiyama, Y. Fujino, Y. Nagayoshi, T. Ohshima and S. Ogata , Expression analysis of the spi gene in the pock-forming plasmid pSA1.1 from Streptomyces azureus and localization of its product during differentiation
, Appl Microbiol Biotechnol, 10.1007/s00253-012-4000-9, 2012.05, [URL], The sporulation inhibitory gene spi in the pock-forming conjugative plasmid pSA1.1 of Streptomyces azureus was introduced into cells via a high or low copy number vector to examine the effect of gene dosage on the growth of Streptomyces lividans TK24 as a host. In transformants carrying a high spi copy number, nutrient mycelial growth was inhibited, as was morphological differentiation from substrate mycelium to aerial mycelium on solid media. The degree of inhibition depended on the spi gene dosage, but the presence of pSA1.1 imp genes, which encode negative repressor proteins for spi, relieved the inhibition. Confocal images of Spi tagged with enhanced green fluorescent protein in cells on solid media revealed that spi expression was initiated at the time of elongation of substrate mycelium, that its expression increased dramatically at septation in aerial hyphae, and that the expression was maximal during prespore formation. Expression of spi covered the whole of the hyphae, and the level of expression at the tip of the hyphae during prespore formation was about sixfold greater than during substrate mycelial growth and threefold greater than during aerial mycelial growth. Thus, localized expression of spi at particular times may inhibit sporulation until triggering imp expression to repress its inhibitory effects..
24. H. Akita, K. Doi, Y. Kawarabayasi and T. Ohshima , Creation of a thermostable NADP(+)-dependent D: -amino acid dehydrogenase from Ureibacillus thermosphaericus strain A1 meso-diaminopimelate dehydrogenase by site-directed mutagenesis, Biotechnology Letters
, 10.1007/s10529-012-0952-1 , 2012.05, [URL], TA thermostable, NADP?-dependent D- amino acid dehydrogenase (DAADH) was created from the meso-diaminopimelate dehydrogenase of Ureibacillus thermosphaericus strain A1 by introducing five point mutations into amino acid residues located in the active site. The recombinant protein, expressed in Escherichia coli, was purified to homogeneity using a two-step separation procedure and then characterized. In the presence of NADP?, the protein catalyzed the oxidative deamination of several D-amino acids, including D-cyclohexylalanine, D-isoleucine and D-2-aminooctanoate, but not meso- diaminopimelate, confirming the creation of a NADP-dependent DAADH. For the reverse reaction, the corresponding 2-oxo acids were aminated in the presence of NADPH and ammonia. In addition, the D-amino acid dehydrogenase showed no loss of activity at 65 °C, indicating the mutant enzyme was more thermostable than its parental meso-diaminopimelate dehydrogenase. .
25. S. Bai, G. Naren, H. Noma, M. Etou, H. Ohashi, Y. Fujino, K. Doi, Y. Okaue, T. Yokoyama , Silica deposition induced by isolated aluminum ions bound on chelate resin as a model compound of the surface of microbes, Colloids Surf B Biointerfaces, 10.1016/j.colsurfb.2012.02.044, 95, 208-213, 2012.03, [URL], To elucidate the mechanism of silica biodeposition in hot spring water, which is induced by Al(3+) ions bound to the surface of microbes, a chelate resin (Chelex 100) was used as a model compound of the surface of microbes. No silicic acid was adsorbed on the Na type Chelex 100, whereas silicic acids were significantly adsorbed to the Al type Chelex 100. In the Al type Chelex 100, the Al(3+) ions were present as 1:1 tridentate complex with iminodiacetate (IDA) group. After adsorption of silicic acid to Al type Chelex 100, a IDAAlOSi(OH)(3) site formed. The site acted as a template for the successive adsorption of silicic acids to form silica sheets around Al type Chelex 100 particles. In conclusion, Al(3+) ions bound to the surface of microbes play a key role as a trigger for the biodeposition of silica in hot spring water..
26. T. Hirajima, Y. Aiba, M.Farahat, N. Okibe, K. Sasaki, T. Tsuruta and K. Doi , Effect of microorganisms on flocculation of quartz, Int. J. Miner. Process, 10.1016/j.minpro.2011.10.001, 102-103, 107–111, 2012.01, [URL], Application of microorganisms as surface modifiers in flocculation has generated a great deal of interest in recent times. The surface properties such as zeta-potential and hydrophobicity of minerals and microorganisms play a major role in determining the adsorption of microorganisms onto the minerals and hence the efficiency of flocculation. The utility of microorganisms, including Escherichia coli (wild-type and genetically modified strain Sip), Arthrobacter nicotianae, Bacillus licheniformis, and Pseudomonas maltophilia, has been evaluated by measuring their zeta-potentials and carrying out adsorption and flocculation experiments. Of the tested microorganisms, adsorption of E. coli strain Sip significantly modified the quartz surface. The zeta-potential of the quartz became highly positive at acidic pH, and its IEP (isoelectric point) was shifted from pH < 2 to pH 4.3. Moreover, the settling velocity of the bio-treated quartz reached its maximum value at this pH. The number of cells adsorbed onto quartz was low at pH above the IEP due to the identical surface charges of the mineral and bacterial cells. This led to a repulsive force between the mineral particles and bacterial cells, which hindered the adsorption process. For all of the studied strains, the settling velocity of bio-treated quartz was high at their respective IEPs. An interaction model of microorganisms is proposed to explain the flocculation behavior of bio-treated quartz. Potential energies were calculated using the DLVO theory, and the results were found to be in good agreement with the flocculation tests. The settling velocity of the bio-treated quartz was maximized at pH close to the IEP of microbial cells. Interaction between cells is identified as the most likely cause of flocculation of bio-treated quartz..
27. H. Akita, Y. Fujino, K. Doi and T. Ohshima , Highly stable meso-diaminopimelate dehydrogenase from an Ureibacillus thermosphaericus strain A1 isolated from a Japanese compost: purification, characterization and sequencing, AMB Express, 10.1186/2191-0855-1-43, 1, 43, 2011.11, [URL], We screened various thermophiles for meso-diaminopimelate dehydrogenase (meso-DAPDH, EC 1.4.1.16), which catalyzes the NAD(P)-dependent oxidative deamination of meso-diaminopimelate, and found the enzyme in a thermophilic bacterium isolated from compost in Japan. The bacterium grew well aerobically at around 55°C and was identified as Ureibacillus thermosphaericus strain A1. We purified the enzyme about 47-fold to homogeneity from crude cell extract using five successive purification steps. The molecular mass of the purified protein was about 80 kDa, and the molecule consists of a homodimer with the subunit molecular mass of about 40 kDa. The optimum pH and temperature for the catalytic activity of the enzyme are about 10.5 and 65°C, respectively. The enzyme is highly selective for meso-diaminopimelate as the electron donor, and NADP but not NAD can serve as the electron acceptor. The Km values for meso-diaminopimelate and NADP at 50°C and pH 10.5 are 1.6 mM and 0.13 mM, respectively. The nucleotide sequence of this meso-DAPDH gene encodes a 326-amino acid peptide. When the gene was cloned and overexpressed in Escherichia coli Rosetta (DE3), the specific activity in the crude extract of the recombinant cells was about 18.0-fold higher than in the extract from U. thermosphaericus strain A1. This made more rapid and simpler purification of the enzyme possible..
28. K. Doi, Y. Fujino, T. Yokoyama, S. Iwai, T. Ohshima and S. Ogata , Role of silica-induced protein in biosilicification in Thermus thermophils, Metal ions biology and medicine
, 11, 288, 2011.06, [URL].
29. Y. Fujino, T. Yokoyama, T. Ohshima and K. Doi, Biodeposition of silica in geothermal system: Transcriptional analysis of silica-induced protein, Metal ions biology and medicine
, 11, 289, 2011.06, [URL].
30. T. Ohmori, Y. Mutaguchi, S. Yoshikawa, K. Doi and T. Ohshima, Amino acid components of lees in salmon fish sauce are tyrosine and phenylalanine, J. Biosci. Bioeng., org/10.1016/j.jbiosc.2011.05.009, 112, 3, 256–258., 2011.03, [URL], We report that the lees in salmon fish sauce consist of Tyr and Phe. The concentration of free l-Tyr (2.0mM) was almost same as the saturated concentration (2.4mM) in water at 20°C. This result shows that lees are formed by Tyr precipitation due to its saturation in the sauce..
31. Mutaguchi Y, Ohmori T, Sakuraba H, Yoneda K, Doi K, Ohshima T., Visible wavelength spectrophotometric assays of L-aspartate and D-aspartate using hyperthermophilic enzyme systems., Anal. Biochem. , 409, 1, 1-6, 2011.02.
32. Y. Fujino, T. Ohshima, T. Yokoyama and K. Doi, Transcriptional analysis of the response to supersaturated silicic acid in Thermus thermophilus
, Geochim Cosmochim Ac, 74, 12, A309, 2010.12, [URL].
33. K. Doi, Y. Fujino, T. Ohshima and T. Yokoyama, Characterization of a silica-induced protein in Thermus thermophilus related to biosilicification
, Geochim Cosmochim Ac, 74, 12, A238, 2010.12, [URL].
34. Satomura T, Zhang XD, Hara Y, Doi K, Sakuraba H, Ohshima T., Characterization of a novel dye-linked L -proline dehydrogenase from an aerobic hyperthermophilic archaeon, Pyrobaculum calidifontis., Appl Microbiol Biotechnol., 2010.10.
35. S. IWAI, K. DOI, Y. FUJINO, T. NAKAZONO, K. FUKUDA, Y. MOTOMURA AND S. OGATA, Silica deposition and phenotypic changes to Thermus thermophilus cultivated in the presence of supersaturated silica, The ISME Journal, 4, 6, 809-816 , 2010.04.
36. M. Farahat, T. Hirajima, K. Sasaki, K. Doi, Adhesion of Escherichia coli onto quartz, hematite and corundum: Extended DLVO theory and flotation behavior., Colloids Surf B Biointerfaces, 10.1016/j.colsurfb.2009.07.009 , 74, 1, 140-149, 2009.11, [URL].
37. Katsumi Doi, Yousuke Nishizaki, Yasuhiro Fujino, Toshihisa Ohshima, Sadahiro Ohmomo and Seiya Ogata, Pediococcus lolii sp. nov., isolated from ryegrass silage, Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 59, 1007-1010, 2009.04, [URL].
38. Hisaaki Yanai, Katsumi Doi, Toshihisa Ohshima, Sulfolobus tokodaii ST0053 Produces a Novel Thermostable, NAD-Dependent Medium-Chain Alcohol Dehydrogenase, Appl. Environ. Microbiol., Vol. 75, No. 6, p. 1758-1763, 2009.04, [URL].
39. Katsumi Doi, Yasuhiro Fujino, Fumio Inagaki, Ryouichi Kawatsu, Miki Tahara, Toshihisa Ohshima, Yoshihiro Okaue, Takushi Yokoyama, Satoru Iwai, Seiya Ogata , Stimulation of Expression of a Silica-Induced Protein (Sip) in Thermus thermophilus by Supersaturated Silicic Acid
, Appl. Environ. Microbiol., Vol. 75, No.8, 2406-2413, 2009.04, [URL].
40. M. Farahat, T. Hirajima, K. Sasaki, Y. Aiba, K. Doi, Adsorption of SIP E. coli onto quartz and its applications in froth flotation , Minerals Engineering, 10.1016/j.mineng.2007.10.019 , 21, 5, 389-395, 2008.04, [URL].
41. Shimizu Y, Sakuraba H, Doi K, Ohshima T., Molecular and functional characterization of D-3-phosphoglycerate dehydrogenase in the serine biosynthetic pathway of the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus tokodaii, Arch Biochem Biophys, 470(2):120-128, 2008.02.
42. Y. Fujino, R. Kawatsu, F. Inagaki, A. Umeda, T. Yokoyama, Y. Okaue, S. Iwai, S. Ogata, T. Ohshima and K. Doi, Thermus thermophilus TMY isolated from silica scale taken from a geothermal power plant, J. Appl. Microbiol., Vol. 104, Issue 1, 70-78 , 2008.01, [URL].
43. Katsumi DOI, Study on Temporal and Spatial Expression of the Sporulation-inhibitory Gene of Conjugative Plasmid During Differentiation in Streptomyces., Actinomycetologica, 19(1), 27-32, 2005.07.
44. 土居克実、西崎陽祐、大桃定洋、緒方靖哉, 分子系統解析による西南暖地型サイレージ乳酸菌株の多様性の究明, 生物工学会誌, 82, 9, 436-437, 2004.09.
45. K . Doi, Z. Ye, Y. Nishizaki, A.Umeda, S. Ohmomo and S. Ogata, A Comparative Study of Silage-Making Lactobacillus Bacteriophages and Phage Typing, J. Biosci. Bioeng., 95(5), 549-560, 2003.05.
46. S. Yamada, H. Suenaga, K. Doi, S. Yoshino and S. Ogata, Stimulatory and Inhibitory Responses of Formation of Spontaneously Developing Pocks to UV-doses in Streptomyces azureus ATCC14921, Biosci. Biotech. Biochem., 67(4), 797-802, 2003.04.
47. H. Sakemi, S. Nishitake, M. Rodprapakorn, T. Shirakami, S. Takechi, K. Doi and S. Ogata, Nucleotide Sequence of Conjugative and Integrating Plasmid pSLS from Streptomyces laurentii ATCC31255, J. Fac. Agr., Kyushu Univ., 47, 2, 407-417, 47(2), 407-417, 2003.02.
48. O. Pringsulaka, S. Chavanich, K. Doi and S. Ogata, Changes in the population of a wide host range actinophage isolated from Thai soil and host streptomycetes in Thai and Japanese soil, Actinomycetol., 16(2), 21-25, 2002.12.
49. 土居克実、岩武敦司、江口智子、大桃定洋、緒方靖哉, サイレージ発酵におけるバクテリオシンの有効利用と高生産性の追究, 生物工学会誌, 80(12), 578-580., 2002.12.
50. K. Doi, S. Nitisinprasert, S. Ohmomo and S. Ogata, Isolation and characterization of a high enterocin SE-K4 producing thermophilic enterococci, Enterococcus faecalis K-4 from Thai silage, The 3rd joint seminar on development of thermotolerant microbial resources and their applications (Chiangmai, Thailand), p.143., 2002.11.
51. K. Doi, T. Eguchi, S-H. Choi, A. Iwatake, S. Ohmomo and S.Ogata, Isolation of Enterocin SE-K4-Encoding Plasmid and a High Enterocin SE-K4 Producing Strain of Enterococcus faecalis K-4, J. Biosci. Bioeng., 10.1263/jbb.93.434, 93, 4, 434-436, 93(4), 434-436, 2002.04.
52. F. Inagaki, Y. Motomura, K. Doi, S. Taguchi, E. Izawa D. R. Lowe and S. Ogata, Silified Microbial Community at Steep Cone Hot Spring, Yellowstone National Park, Microb. Environ., 16(2), 125-130, 2001.11.
53. E. Yokoyama, K. Doi, M. Kimura and S. Ogata, Disruption of the hup gene encoding a histone-like protein HS1 and detection of HS12 of Streptomyces lividans, Res. Microbiol., 10.1016/S0923-2508(01)01252-9, 152, 8, 717-723, 152, 717-723, 2001.09.
54. A. Ishizaki, E. Takese, S. Kumai, R. Nagano, K. Sonomoto, K. Doi, S. Ogata, Y. Kawamura and T. Ezaki, Taxonomic position of new bacteriocin (nukacin ISK-1) producer isolated from long-aged Nukadoko, J. Gen. Appl. Microbiol, 10.2323/jgam.47.143, 47, 3, 143-147, 47, 143-147, 2001.07.
55. 土居克実、江口智子、島純、西山孝、大桃定洋、緒方靖哉, サイレージ乳酸菌の機能開発 -サイレージ乳酸菌が保持するプラスミドの特性と利用開発-, 生物工学会誌, 79(6), 177-179., 2001.06.
56. S. Eguchi, K. Kaminaka, J. Shima, S. Kawamoto, K. Mori, S-. H. Choi, K. Doi, S. Ohmomo and S. Ogata, Isolation and characterization of enterocin SE-K4 produced by thermophilic enterococci, Enterococcus faecalis K-4,, Biosci. Biotech. Biochem., 10.1271/bbb.65.247, 65, 2, 247-253, 65(2), 247-253, 2001.02.
57. K. Doi, T. Eguchi, M. Rodprapakorn, J. Shima, S. Ohmomo and S. Ogata, Genetic analysis of plasmids in the silage-making lactic acids bacteria and application for the preparation of high quality silage, The 2nd joint seminar on development of thermotolerant microbial resources and their applications (Yamaguchi, Japan), p.59, 2000.10.
58. Nitisinprasert, V. Nilphai, P. Sukyai, P. Bunyun, K. Doi and K. Sonomoto, Isolation and selection of thermotolerant lactic acid bacteria showing antimicrobial activity from chicken intestines, The 2nd joint seminar on development of thermotolerant microbial resources and their applications (Yamaguchi, Japan), p.54., 2000.10.
59. T. Nishiyama, Y. Kamachi, E. Yokoyama, K. Doi and S. Ogata, Characterization of cloned chromosomal fragment affecting differentiation in Streptomyces azureus ATCC14921, J. Fac. Agr., Kyushu Univ., 45(1), 225-236, 2000.09.
60. S. Nitisinprasert, V. Nilphai, P. Bunyun, P. Sukyai, K. Doi and K. Sonomoto, Screening and Identification of Effective Thermotolerant Lactic Acid Bacteria Producing Antimicrobial Activity Against Escherchia coli and Salmonella sp. Resistant to Antibiotics, Kasetsart J., 34, 387-400, 2000.08.
61. T. Nishiyama, H. Sakemi, H. Sumi, S. Tokunaga, K. Doi and S. Ogata, A chromosomal locus encoding a phosphoserine phosphatase- and a truncated MinD-like protein affects differentiation in Streptomyces azureus ATCC14921, FEMS Microbiol. Lett., 10.1111/j.1574-6968.2000.tb09275.x, 190, 1, 133-139, 190, 133-139, 2000.06.
62. T. Eguchi, K. Doi, K. Nishiyama, S. Ohmomo and S. Ogata, Characterization of a phage resistance plasmid, pLKS, of silage-making Lactobacillus plantarum NGRI0101, Biosci. Biotech. Biochem., 10.1271/bbb.64.751, 64, 4, 751-756, 64(4), 751-756., 2000.04.
63. F. Inagaki, R. Kawatsu, Y. Motomura, K. Doi, E. Izawa and S. Ogata, Effect of Thermophilic Bacteria on the Siliceous Deposition and Phylogenetic Analysis of the Bacterial Diversity in Silica Scale, J. Fac. Agr., Kyushu Univ., 44, 3-4, 309-316, 44(3・4), 309-316, 2000.02.
64. G. Fan, E. Takahashi, K. Doi, S. matsuo, O. Tanaka, S. Ohmomo and S. Ogata, Transformation of silage-making Lactobacillus strains by electroporation with plasmid vectors, J. Fac. Agr., Kyushu Univ., 43, 1-2, 217-225, 1999.11.
65. 土居克実、江口智子、崔聖賢、大桃定洋、緒方靖哉, サイレージ乳酸菌の機能開発 -高温環境に適応したバクテリオシン生産株の分離と利用-, 生物工学会誌, 77(11), 472-474, 1999.11.
66. S. Ogata, T. Nishiyama, K. Doi, S. Yoshino, F. Kato and H-W. Ackermann, A Giant Phage Taillike Particle of Clostridium saccharoperbutylacetonicum ATCC13564, J. Fac. Agr., Kyushu Univ., 44, 1-2, 127-135, 44(1・2), 127-135, 1999.10.
67. A. K. Okba, T. Ogata, H. Matsubara, Y. Tawara, A. Abou-Shousha, S. Matsuo, K. Doi and S. Ogata, Stimulatory Effects of Bacitracin on Submerged Sporulation and Mycelial Growth in Thiostrepton-Producing Streptomyces cyaneus ATCC14921 and Streptomyces laurentii ATCC31255, J. Fac. Agr., Kyushu Univ., 43, 3-4, 461-472, 43(4・3), 461-472, 1999.03.
68. E. Yokoyama, Y. Matsuzaki, K. Doi and S. Ogata, Gene encoding a replication initiator protein and replication origin of conjugative plasmid pSA1.1 of Streptomyces cyaneus ATCC 14921, FEMS Microbil. Lett., 10.1111/j.1574-6968.1998.tb13305.x, 169, 1, 103-109, 169, 103-109., 1999.02.
69. A. K. Okba, T. Ogata, H. Matsubara, S. Matsuo, K. Doi and S. Ogata, Effects of Bacitracin and Excess Mg2+ on Submerged Mycelial Growth of Streptomyces azureus, J. Ferment. Bioeng., 10.1016/S0922-338X(98)80029-9, 86, 1, 28-33, 86(1), 28-33, 1998.07.
70. F. Inagaki, T. Yokoyama, K. Doi, E. Izawa and S. Ogata, Bio-deposition of Amorphous Silica by an Extremely Thermophilic bacterium, Thermus spp., Biosci. Biotech. Biochem., 10.1271/bbb.62.1271, 62, 6, 1271-1272, 62(6), 1271-1272., 1998.06.
71. K. Doi, Y. Ono, E. Yokoyama, Y. Tsukagoe and S. Ogata (1998), Whole sequence of spoIIIE-like, sporulation-inhibitory, and transfer gene (spi) in a conjugative plasmid, pSA1.1, of Streptomyces azureus and detection of spi-like gene in the actinomycete chromosome, Biosci. Biotech. Biochem., 10.1271/bbb.62.1597, 62, 8, 1597-1600, 62(6), 1597-1600, 1998.06.
72. E. Yokoyama, K. Doi, M. Kimura and S. Ogata, Histone-like protein of Streptomyces lividans, J. Fac. Agr., Kyushu Univ., 42, 3-4, 473-482, 43(3・4), 473-482, 1998.03.
73. C. Kinoshita-Iramina, M. Kitahara, K. Doi and S. Ogata, A conjugative linear plasmid in Streptomyces laurentii ATCC31255, Biosci. Biotech. Biochem., 61, 9, 1469-1473, 61(9), 1469-1473, 1997.09.
74. E. Yokoyama, K. Doi and S. Ogata, Cloning and sequencing of the hup gene encoding the histone-like protein HSl of Streptomyces lividans, Biochimica et Biophysica Acta, 10.1016/S0167-4781(97)00089-4, 1353, 2, 103-106, 1353,103-106, 1997.08.
主要総説, 論評, 解説, 書評, 報告書等
1. 藤野泰寛、横山拓史、土居克実, 環境応答とバイオミネラリゼーション -極限環境下における細菌の生存戦略-, 生物と化学, 2012.03, シリカは地球上で最も多く存在する元素でありながら、地球上で最も多く存在する微生物の大部分にとっては無用の長物であると思われてきた。ところが、地熱地帯で散見されるシンターやシリカスケールなどのバイオミネラリゼーションを通じて見ると、好熱菌がシリカを巧みに利用して自身の生存を担保している様子が窺える。ここでは、好熱菌にとって無用の用をなすシリカのバイオミネラリゼーションについて紹介する。.
2. 土居克実、稲垣史生、緒方靖哉, Thermus属細菌によるシリカ鉱物化作用 −地球で最も多い元素と好熱性細菌との接点を探る−, 生物と化学, 2004.05.
主要学会発表等
1. Mina Kim, Mayu Hirose, Martono Hindra, Yuko Nagayoshi, Toshihisa Oshima, Yasuhiro Fujino, Katsumi Doi, Characterization and analysis of domain-function relationship in thermostable endolysin from template bacteriophage φOH2, 日本農芸化学会2018年度大会, 2018.03.
2. 村井 雄大, 森田 直樹, 土居 克実, 久原 哲, 田代 康介, 牟田 滋, エマルションドロップレットを用いた微生物培養, 日本農芸化学会2018年度大会, 2018.03.
3. 藤野 泰寛, 渡邉 修平,土居 克実 , Thermus thermophilusを宿主とするシリカ誘導性異種タンパク質発現システムの構築, 日本農芸化学会2018年度大会, 2018.03.
4. 山迫 彩華, サンソントトマス シリンシオン, 藤野 泰寛, 土居 克実, 発酵現場より単離した乳酸球菌ファージQ1の特性およびゲノム解析, 日本農芸化学会2018年度大会, 2018.03.
5. 渡邊 恭伸, 大森 勇門, 土居 克実, 尾崎 清和, 大島 敏久, 好熱好アルカリ性Geobacillus toebii OIT60-9-2株を宿主とするウイルスφIN1の分離・性状解析, 日本農芸化学会2018年度大会, 2018.03.
6. 永吉 佑子,相川 浩輝,中村 彩乃, 渡邉 修平,藤野 泰寛,土居 克実, 地熱環境より分離した Thermus 属繊維状ファージのゲノム比較, 日本ゲノム微生物学会第12回年会, 2018.03.
7. 千羽啓太,黒木未知瑠,白澤拓海,原田額郎,藤野泰寛,片倉喜範, 土居克実, ファージ由来溶菌タンパク質Holinの膜穿孔機構を応用したガン細胞へのアポトーシス誘導, 第24回日本生物工学会九州支部 沖縄大会, 2017.12.
8. 千羽 啓太, 黒木 未知瑠, 白澤 拓海, 原田 額郎, 片倉 喜範, 土居 克実, 各種ガン細胞におけるバクテリオファージ由来溶菌タンパク質Holinのアポトーシス誘導, 日本分子生物学会第40回年会, 2017.12.
9. Sirinthorn Sunthornthummas,Onanong Pringsulaka,Yasuhiro Fujino, Katsumi Doi, Characterization of Lactobacillus paracasei phageΦT25 from fermented milk in Thailand, 日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部2017年度合同大阪大会, 2017.09.
10. 土居克実, バクテリオファージ研究の新世紀  〜ナノ材料創製からガン治療まで〜, 第54回化学関連支部合同九州大会, 2017.07.
11. 岡田 智紗, 藤野 泰寛, 横山 拓史, 土居 克実, 好熱性細菌Thermus thermophilus HB8のシリカ凝集促進物質の探索, 第23回日本生物工学会九州支部 飯塚大会, 2016.12.
12. 千羽 啓太, 黒木 未知瑠, 原田 額郎, 片倉 喜範, 土居 克実, ファージ由来溶菌タンパク質Holinはミトコンドリア局在によりアポトーシスを誘導する, 日本分子生物学会第39回年会, 2016.12.
13. Keita Chiba, Michiru Kuroki, Gakuro Harada, Yoshinori Katakura, Katsumi DOI, Apoptotic death of cancer cells using holin, lytic protein from bacteriophage, AFELiSA 2016, 2016.11.
14. Mina KIM, Hindra MARTONO, Yuko NAGAYOSHI, Junpei MAEDA, Yasuhiro FUJINO, Katsumi DOI, Characterization of thermostable lytic proteins from Thermus bacteriophage φOH2, AFELiSA 2016, 2016.11.
15. 中村 彩乃, 永吉 佑子, 熊谷 健太, 藤野 泰寛, 土居 克実, 高度好熱菌Thermus thermophilus の繊維状ファージfOH3の核 酸結合タンパク質の特性解析, ファージ・環境ウイルス研究会 合同シンポジウム, 2016.10.
16. 永吉 佑子, 相川 浩輝, 熊谷 健太, 藤野 泰寛, 土居 克実, 地熱環境に生息する好熱性繊維状ファージの特性解析, ファージ・環境ウイルス研究会 合同シンポジウム, 2016.10.
17. 白丸 優貴, 永吉 佑子, 田代 康介, 藤野 泰寛, 土居 克実, 繊維状ファージ感染に応答する Thermus thermophilus HB8 の CRISPR/Cas 適応免疫系の解析, 2016年度日本農芸化学会西日本支部大会, 2016.09.
18. 海谷京香, 藤野 泰寛, 土居 克実, 西本 悦子, 廣政 恭明, システイン残基修飾によるピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼ 2 の制御, 2016年度日本農芸化学会西日本支部大会, 2016.09.
19. KAYUMBA JIMMY, JUNPEI MAEDA, YASUHIRO FUJINO, KATSUMI DOI, IDENTIFICATION AND CHARACTERIZATION OF LAB ISOLATED FROM RWANDAN CHEESE AND JAPANESE FERMENTED TEA LEAVES (GOISHI-CHA), 第53回化学関連支部合同九州大会, 2016.07.
20. 千羽 啓太, 黒木 未知瑠, 原田 額郎, 片倉 喜範, 土居 克実, ファージ由来溶菌タンパク質Holinのガン細胞へのアポトーシス誘導, 第53回化学関連支部合同九州大会, 2016.07.
21. キム ミナ, マルトノ ヒンドラ, 永吉 侑子, 前田 純平, 藤野 泰寛, 土居 克実, Characterization of lytic enzymes from thermophilic bacteriophage φOH2, 日本農芸化学会2016年度大会, 2016.03.
22. 千羽 啓太, 黒木 未知瑠, 原田 額郎, 片倉 喜範, 土居 克実, 各種ガン細胞におけるファージ由来溶菌酵素Holinの効果とアポトーシス誘導, 日本農芸化学会2016年度大会, 2016.03.
23. 十時 繁幸, 前田 純平, 牟田口 祐太, 大島 敏久, 土居 克実, 乳酸菌Lactobacillus otakiensiにおけるD-分岐鎖アミノ酸の局在と機能, 日本農芸化学会2016年度大会, 2016.03.
24. 岡田 智紗, 藤野 泰寛, 花島 映里, 横山 拓史, 上田 晃, 土居 克実, 好熱性細菌によるシリカ沈殿機構の解明, 日本農芸化学会2016年度大会, 2016.03.
25. 海谷 京香, 藤野 泰寛, 土居 克実, 西本 悦子, 廣政 恭明, リガンドによるピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼ2の動的構造変化, 日本農芸化学会2016年度大会, 2016.03.
26. 永吉 侑子, 田代 康介, 熊谷 健太, 相川 浩輝, 藤野 泰寛, 土居 克実, 地熱環境から単離した好熱性繊維状ファージの特性解析, 日本農芸化学会2016年度大会, 2016.03.
27. 白丸 優貴, 永吉 侑子, 田代 康介, 藤野 泰寛, 土居 克実, 高度好熱菌 Thermus thermophilusにおけるファージΦOH16感染時のCRISPR/Casの応答, 日本農芸化学会2016年度大会, 2016.03.
28. 東 大輔, 田上 諒, 藤野 泰寛, 土居 克実, 過飽和シリカを誘導剤とするタンパク質発現システムの構築, 第10回日本ゲノム微生物学会, 2016.03.
29. 永吉 佑子, 相川 浩輝, 熊谷 健太, 藤野 泰寛, 土居 克実, 地熱環境から単離したThermus属繊維状ファージの特性解析, 微生物学の新たな発展,ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
30. 黒木未知瑠, 千羽 啓太, 原田 額郎, 片倉 喜範, 土居 克実, 好熱性ファージ由来Holinのミトコンドリア局在によるガン細胞のアポトーシス誘導, 微生物学の新たな発展,ゲノムから機能・実用に関する九州シンポジウム, 2015.12.
31. 永吉 佑子, 相川 浩輝, 熊谷 健太, 藤野 泰寛, 土居 克実, 地熱環境から単離したThermus属繊維状ファージの特性解析, 第22回日本生物工学会九州支部宮崎大会, 2015.12.
32. 黒木未知瑠, 千羽 啓太, 原田 額郎, 片倉 喜範, 土居 克実, 好熱性ファージ由来Holinのミトコンドリア局在によるガン細胞のアポトーシス誘導, 第22回日本生物工学会九州支部宮崎大会, 2015.12.
33. 前田 純平, 十時 繁幸, 大島 敏久, 土居 克実, 乳酸菌 Lactobacillus otakiensis における D-分岐鎖アミノ酸の局在と機能, 日本生物工学会第67回大会, 2015.10.
34. 永吉 佑子, 相川 浩輝, 熊谷 健太, 藤野 泰寛, 土居 克実, 地熱環境から単離した Thermus 属繊維状ファージの特性解析, 日本生物工学会第67回大会, 2015.10.
35. 黒木 未知瑠, 千羽 啓太, 原田 額郎, 片倉 喜範, 土居 克実, 各種ガン細胞における好熱性ファージ φOH2 由来 Holin の効果とアポトーシス誘導, 日本生物工学会第67回大会, 2015.10.
36. 中村 彩乃, 永吉 佑子, 藤野 泰寛, 土居 克実, 好熱性繊維状ファージ ΦOH3 の遺伝子機能解析, 日本生物工学会第67回大会, 2015.10.
37. Nguyen Cong Thanh, 永吉 佑子, 藤野 泰寛, 土居 克実, Isolation and characterization of bacteriophage of Enterobacter asburiae, a cause of soft rot disease of plants in Vietnam, 第52回化学関連支部合同九州大会, 2015.06.
38. 前田 純平, 十時 繁幸, 大島 敏久, 土居 克実, 乳酸菌Lactobacillus otakiensisにおけるD-分岐鎖アミノ酸の局在と機能, 第52回化学関連支部合同九州大会, 2015.06.
39. 黒木 未知瑠, 原田 額郎, マルトノ ヒンドラ, 片倉 喜範, 土居 克実, 好熱性ファージφOH2由来溶菌酵素holinによるガン細胞のアポトーシス誘導, 日本農芸化学会2015年度大会, 2015.03.
40. 和田 圭介, 小林 淳平, 古川 恵, 土居 克実, 八木 寿梓, 大城 隆, 鈴木 宏和, Geobacillus kaustophilus HTA426で機能するチオストレプトン耐性マーカーの創出, 日本農芸化学会2015年度大会, 2015.03.
41. 前田 純平, 牟田口 裕太, 清水 泰博, 大島 敏久, 土居 克実, Lactobacillus otakiensis由来D-分岐鎖アミノ酸ラセマーゼの性質と生体内での役割, 日本農芸化学会2015年度大会, 2015.03.
42. 酒井 紀利人, 永吉 佑子, 藤野 泰寛, 土居 克実, 超好熱好酸性アーキアSulfolobusに感染する新規ウィルスの単離と性状解析, 日本農芸化学会2015年度大会, 2015.03.
43. 土居 克実, 地層をつくる微生物 ~好熱性細菌の生物鉱化現象を探る〜, 2014年度日本生物工学会九州支部市民フォーラム, 2014.11.
44. 児玉 恵子, 相川 浩輝, 永吉 佑子, 藤野 泰寛, 大島 敏久, 土居 克実, 小浜温泉より単離したThermus属繊維状ファージΦOH16の特性とゲノム解析, 2014年度日本農芸化学会西日本支部大会, 2014.09.
45. 田上 諒, 藤野 泰寛, 土居 克実, シリカを誘導剤とする異種タンパク質発現系の開発
, 2014年度日本農芸化学会西日本支部大会, 2014.09.
46. 土居 克実, 極限環境ファージの特性、ゲノム構造から展望する生命進化と産業応用, 2014年度日本農芸化学会西日本支部シンポジウム, 2014.09.
47. Martono Hindra, 永吉 佑子, 大島 敏久, 藤野 泰寛, 土居 克実, 小浜温泉より単離した好熱性ファージΦOH2由来耐熱性溶菌酵素の特性解析
, 第5回ファージ研究会, 2014.09.
48. 永吉 佑子, 相川 浩輝, 熊谷 健太, 藤野 泰寛, 土居 克実, 小浜温泉より単離したThermus属繊維状ファージの特性解析
, 第5回ファージ研究会, 2014.09.
49. Martono Hindra, Yuko Nagayoshi, Toshihisa Ohshima, Yasuhiro Fujino, Katsumi Doi, Characterization of Novel Thermostable Endolysin from Phage φOH2

, 2014 Molecular Genetics of Bacteria and Phages Meeting, 2014.08, This research attempts to clone a novel endolysin from phage φOH2 and to perform characterization and functional analysis of the enzyme. φOH2 endolysin is found to be an extremely thermostable enzyme carrying PGRP domain, capable of degrading cell wall of bacteria other than phage’s host and withstand treatment in various pH buffers. Further work on this particular enzyme could help in understanding heat resistant mechanism of thermostable endolysin and developing a new antibacterial agent that could target antibiotic-resistant bacteria.
.
50. 永吉 佑子, 相川 浩輝, 熊谷 健太, 藤野 泰寛, 土居 克実, 地熱環境に生息する好熱性繊維状ファージの特性解析
, 第51回化学関連支部合同九州大会, 2014.06.
51. 田上 諒, 藤野 泰寛, 土居 克実, シリカ誘導性プロモーターを利用した異種タンパク質発現系の開発
, 第51回化学関連支部合同九州大会, 2014.06.
52. 和田 圭介, 古川 恵, 小林 淳平, 土居 克実, 鈴木 宏和, 好熱菌Geobacillus kaustophilus HTA426の高変異性株を利用した耐熱化指向性の酵素遺伝子変異, 日本農芸化学会2014年度大会, 2014.03.
53. 相川浩輝, 永吉 佑子, 藤野 泰寛, 大島 敏久, 土居 克実, 小浜温泉より単離したThermus属繊維状ファージの特性解析, 日本生物工学会 九州支部大会, 2013.12.
54. Yuko NAGAYOSHI, Kenta KUMAGAE, Yasuhiro FUJINO, Toshihisa OHSHIMA, Katsumi DOI, Isolation and characrization of Thermus thermophilus phage φOH3, AFELiSA 2013, 2013.11.
55. 大森 勇門, 牟田口 祐太, 守﨑 香菜, 土居 克実, 大島 敏久, 発酵食品に含まれるアミノ酸の研究, 日本農芸化学会中四国支部 第16回若手シンポジウム, 2013.11.
56. 大森  勇門, 牟田口  祐太, 守﨑 香菜, 土居 克実, 大島 敏久, 発酵食品中のD-アミノ酸分析とその由来, 日本生物高分子学会2013年度大会, 2013.10.
57. 牟田口  祐太, 大森  勇門, 若松 泰介, 大島 敏久, 土居 克実, 乳酸菌Lactobacillus属由来新規酵素、イソロイシン 2-エピメラーゼ, 日本生物高分子学会2013年度大会, 2013.10.
58. Hirokazu SUZUKI, Junpei KOBAYASHI, Keisuke WADA, Megumi FURUKAWA, Katsumi DOI, Thermostabilization-directed gene evolution using adaptive mutations in the thermophile Geobacillus kaustophilus HTA426, BioMicroWorld 2013, 2013.10.
59. 鈴木 宏和, 和田 圭介, 古川 恵, 土居 克実, 大島 敏久, 三者接合法によるGeobacillus kaustphilus HTA426への高効率プラスミド導入, 日本生物工学会第65回大会, 2013.09.
60. Hironaga AKITA, Hirokazu SUZUKI, Katsumi DOI, Toshihisa OHSHIMA, Efficient synthesis and stable isotope-labeling of D-branched-chain amino acids using thermostable D-amino acid dehydrogenase, Thermophiles2013, 2013.09.
61. 秋田紘長, 土居 克実, 大島 敏久, 櫻庭 春彦, 耐熱性NADP依存性D-アミノ酸脱水素酵素の構造解析, 日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部、日本ビタミン学会近畿・中国四国・九州沖縄地区合同大会, 2013.09.
62. 安部 友昭, 鈴木 宏和, 土居 克実, 大島 敏久, 藍甕由来好アルカリ性 Bacillus 属細菌のインジゴカルミン還元酵素の機能解析, 日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部、日本ビタミン学会近畿・中国四国・九州沖縄地区合同大会, 2013.09.
63. Martono Hindra, 永吉  佑子, 藤野 泰寛, 大島 敏久, 土居 克実, 小浜温泉より単離したファージφOH2 由来耐熱性溶菌酵素の特性解析
, 第50回化学関連支部合同九州大会, 2013.07.
64. 熊谷 健太, 永吉 佑子, 藤野 泰寛, 大島 敏久, 土居 克実, 地熱環境より分離したThermus属繊維状ファージの性状解析, 日本生物工学会 九州支部大会, 2012.12.
65. 土居 克実, 森 一樹, 田代 康介, 藤野 泰寛, 久原 哲, 大島 敏久, サイレージ乳酸菌 Pediococcus lolii NGRI 0510QTのゲノム構造解析, 日本生物工学会 2012年度大会, 2012.10.
66. 行本 丞太郎、松川 博昭、土居 克実、大島 敏久, 乳酸菌由来のアミノ酸ラセマーゼの機能解析, 日本農芸化学会2012年度大会, 2012.03.
67. 諸麥 豪二、李 恩映、新居 修、大森 勇人、土居 克実、大島 敏久, 天然藍染め染料スクモの高速発酵生産法の開発, 日本農芸化学会2012年度大会, 2012.03.
68. 黒木 俊行、松川 博昭、大森 勇門、若松 泰介、土居 克実、大島 敏久, 好熱菌Geobacillus kaustophilus由来L-グルタミン酸合成酵素が持つ新規色素依存性L-グルタミン酸脱水素活性の機能解析, 日本農芸化学会2012年度大会, 2012.03.
69. 熊谷 健太, 永吉 佑子, 藤野 泰寛, 大島 敏久, 土居 克実, 地熱環境より分離したThermus属繊維状ファージの性状解析
, 日本生物工学会 九州支部大会, 2012.12.
70. 吉国翔一, 若松 泰介, 土居 克実, 松本 広重, 大島 敏久, 色素依存性L-プロリン脱水素酵素を用いたL-プロリン電池の開発
, 日本生物工学会 九州支部大会, 2012.12.
71. 土居 克実, 森 一樹, 田代 康介, 藤野 泰寛, 久原 哲, 大島 敏久, サイレージ乳酸菌 Pediococcus lolii NGRI 0510QTのゲノム構造解析, 日本生物工学会 2012年度大会, 2012.10.
72. 土居克実、岩瀬真、熊谷健太、藤野泰寛、草場俊司、土谷直史、森一樹、田代康介、久原哲 , 臨海域の熱水中における微生物メタゲノム解析, 日本ゲノム微生物学会, 2012.03, 本研究では、臨海域の熱水に特徴的な微生物を解析することを目的として、様々な臨海域熱水中の微生物を収集し、16SrDNA領域のシーケンス解析を行うことによって、各熱水における微生物叢の特徴付けを行ってきた。
サンプル収集及びDNA解析は、以下のように行った。鹿児島県山川地熱発電所各生産井より熱水を採取し、0.1%のTryptone及びYeast extract を添加して、70℃及び80℃で往復振とう培養(160rpm)した。これと同時に、環境DNAの採取・保存が可能なFTA card (Whatman社製)に採取熱水を塗抹した。また、山川発電所内熱水ピット堆積物、鹿児島県指宿市内の玉手箱温泉源泉、湯権現付近の源泉からのサンプルに対しても同様の操作を行った。これらの集積培養にて増殖が見られた培養液からゲノムDNAを抽出し、16SrRNA増幅用プライマー(27F、1492R)を用いて16SrDNA領域をPCRによって増幅した。得られたPCR産物を精製しパイロシークエンス法により塩基配列を決定した。
収集した配列情報を用いて、RDPのclassifierによる微生物分類やBlast相同性検索による分類・同定を行った。各熱水中における微生物叢の相違点や特徴について報告する。
.
73. 糸永敦史、大島敏久、土居克実 , 海底質からの海洋由来新規乳酸菌の分離・同定
, 日本ゲノム微生物学会, 2012.03.
74. 大橋 昌弘、若松泰介、土居克実、大島敏久, 大腸菌由来耐熱性 (R)-1,2-propanediol 脱水素酵素の機能解析
, 日本生物工学会 九州支部大会, 2011.12.
75. 秋田紘長、土居克実、大島敏久, 好熱菌Ureibacillus thermosphaericus の耐熱性NADP依存性 meso-ジアミノピメリン酸脱水素酵素の探索および機能解析
, 平成23年度日本農芸化学会西日本支部・中四国支部合同大会, 2011.09.
76. Katsumi DOI and Toshihisa Ohshima, Role of biosilicification-related protein in Thermus thermophilus and its application to nanotechnology
, 16th Japanese-German Workshop on Enzyme Technology, 2011.09.
77. 岩瀬 真、藤野 泰寛、田代 康介、大島 敏久、土居 克実 , Thermus thermophilusによるバイオミネラリゼーション形成機序のトランスクリプトーム解析
, 第48回化学関連支部合同九州大会, 2011.07.
78. 佐藤 大祐、土居 克実、藤野 泰寛、若松 泰介、大島敏久 , 新規有用酵素の土壌試料からの効率的取得法の開発 -耐熱性ロイシン脱水素酵素を例として-

, 第48回化学関連支部合同九州大会, 2011.07.
79. 松川 博昭、大森 勇門、牟田口 祐太、土居 克実、大島 敏久 , 乳酸菌由来プロリンラセマーゼの機能解析

, 第48回化学関連支部合同九州大会, 2011.07.
80. Katsumi Doi, Yasuhiro Fujino, Takushi Yokoyama and Toshihisa Ohshima, Role of biosilicification-related protein in Thermus thermophilus and its application to nanotechnology
, 11th International Symposium on Metal Ions in Biology and Medicine, 2011.06.
81. Yasuhiro Fujino, Takushi Yokoyama, Toshihisa Ohshima and Katsumi Doi, Biodeposition of silica in geothermal system: Transcriptional analysis of silica-induced protein
, 11th International Symposium on Metal Ions in Biology and Medicine, 2011.06.
82. 秋田 紘長、土居 克実、大島 敏久, 好熱菌Ureibacillus thermosphaericus の耐熱性NADP依存性 meso-ジアミノピメリン酸脱水素酵素の発見と機能解析, 日本農芸化学会2011年度大会, 2011.03, 自然界の高温環境から収集した多数の土壌試料を用いて、meso-ジアミノピメリン酸脱水素酵素(DAPDH)を生産する好熱菌を広範にスクリーニングした結果、DAPDHを生産する好熱菌を初めて見出した。この好熱菌は16S rRNAの塩基配列の相同性解析からU. thermosphaericusと同定した。ペプトンなどを主成分とする栄養培地で好気的に簡便に培養できる方法を確立した。培養して得た菌体を超音波破砕後、遠心分離し、上清を粗酵素液とし、陰イオン交換クロマトグラフィー(DEAE TOYOPEARL)、及び調製用電気泳動法(Native-PAGE)を用いてDAPDHを電気泳動的に均一に精製することに成功した。
 SDS-PAGEとゲルろ過クロマトグラフィーにより分子質量を決定し、本酵素が40 kDaのサブユニットから成る二量体構造をとることを明らかにした。基質特異性、至適pH、熱安定性などの酵素化学的な基本的性質を解析した結果、本酵素は補酵素としてNADPを利用し、電子供与体としてはmeso-ジアミノピメリン酸に特異的であった。またpH 10.5において最大活性が認められた。65ºC(30分間処理)の温度まで、変性失活が認められなかった。本酵素は、既知の常温菌由来のDAPDHと比較して、類似の分子質量、基質特異性、至適pHを示す熱安定性が格段に高い耐熱性DAPDHを本研究により発見できた。.
83. 村山 雄紀、若松 泰介、土居 克実、大島 敏久, 耐熱性アミノ酸脱水素酵素を用いたアミノ酸燃料電池の開発, 日本農芸化学会2011年度大会, 2011.03, [目的] 近年、エネルギー生産や環境保全に対する意識が世界的規模で高まる中で、未利用生物資源を燃料源とし、酵素や微生物を電極素子として用いるバイオ燃料電池は、少ない環境負荷でエネルギーを産生できる利点を有する。これまでグルコースなどの糖類を燃料とする脱水素酵素電池の開発研究が行われてきた。しかし、出力が小さく、酵素の安定性が低いなどの問題がある。そこで本研究では、食品廃棄物中に存在する未利用タンパク質やアミノ酸を燃料源とする酵素電池の開発を目指し、安定性に優れた耐熱性アミノ酸脱水素酵素を用いるアミノ酸燃料電池の作製を進めた。
[方法と結果] アミノ酸燃料電池として、まずL-プロリン酵素電池を作製した。アノード用素子として超好熱菌Pyrococcus horikoshii由来のL-プロリン脱水素酵素(α4β4構造)のβサブユニットを、カソードには白金を用い、DCIPをメディエータとする酵素電池を構築した。その結果、50℃で起電力0.45V、最大出力35μW/cm2のL-プロリン酵素電池の開発に成功した。.
84. 木村佑子、大島敏久、土居克実, 小浜温泉より単離したThermus thermophilus ファージの特性解析, 日本農芸化学会 西日本支部大会, 2010.09.
85. ONG Thi Anh Phuong・藤野泰寛・大島敏久・土居克実, Identification and characterization of lactic acid bacteria from fermented rice bran product, 第47回化学関連支部合同九州大会, 2010.07, [URL].
86. Fujino Y, Ohshima T, Yokoyma T & Doi K, Transcriptional Analysis of the Response to Supersaturated Silicic Acid in Thermus Thermophilus
, Goldschmidt 2010, 2010.06, [URL].
87. Doi K, Fujino Y, Ohshima T & Yokoyama T, Characterization of a Silica-Induced Protein in Thermus Thermophilus Related to Biosilicification

, Goldschmidt 2010, 2010.06, [URL].
88. 江藤 俊介、城下 真史、土居 克実、大島 敏久, 好熱菌由来のインジゴ還元酵素の機能解析, 日本農芸化学会2010年度大会, 2010.03.
89. 土居 克実、ONG Thi Anh Phuong、藤野 泰寛、大島 敏久、大桃 定洋、緒方 靖哉, 分子系統解析に基づく新規サイレージ乳酸菌の分離・同定, 日本農芸化学会2010年度大会, 2010.03.
90. Ong Thi Anh Phuong, 西崎陽祐, 大桃定洋, 緒方靖哉, 大島敏久, 土居克実, Isolation and identification of novel lactic acid bacteria from silages in Okinawa, 日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部. 日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部. 日本食品科学工学会西日本支部. 合同大会, 2009.10.
91. 今田智子、中野誠子、土居克実、大島敏久, Bacillus sp. DSM 406由来の新規色素依存性L-グルタミン酸脱水素酵素の性質 , 日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部. 日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部. 日本食品科学工学会西日本支部. 合同大会, 2009.10.
92. 牟田口祐太、米田一成、櫻庭春彦、土居克実、大島敏久, D及びL-アスパラギン酸の酵素分析法の開発 , 日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部. 日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部. 日本食品科学工学会西日本支部. 合同大会, 2009.10.
93. 藤野泰寛、岩井覚、緒方靖哉、大島敏久、土居克実, シリカストレスに対するThermus thermophilus HB8の応答 , 日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部. 日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部. 日本食品科学工学会西日本支部. 合同大会, 2009.10.
94. 藤野 泰寛、大島 敏久、緒方 靖哉、土居 克実, Thermus thermophilus HB8のシリカ誘導性タンパク質の発現機構解析, 日本生物工学会 2009年度大会, 2009.09.
95. 土居 克実、藤野 泰寛、大島 敏久、緒方 靖哉, 地熱環境における高度好熱菌の生存とシリカ鉱物化, 日本農芸化学会 2008年度大会, 2009.03.
96. Katsumi Doi, Yasuhiro Fujino and Toshihisa Ohshima , Diversity of thermophilic silage-making lactic acid bacteria in Southwestern Japan , The 5th International Joint Symposium between Japan and Korea “The Recent Status and Perspectives of Food System, Agricultural Environment and Biology” , 2008.11.
97. Yasuhiro Fujino, Takushi Yokoyama, Toshihisa Ohshima, Katsumi Doi, Supersaturated silicic acid stimulated expression of a periplasmic Fe3+-binding protein from the ABC transporter in Thermus thermophilus
, The 5th International Joint Symposium between Japan and Korea “The Recent Status and Perspectives of Food System, Agricultural Environment and Biology” , 2008.11.
98. Katsumi DOI, Yasuhiro FUJINO and Toshihisa Ohshima , Supersaturated silicic acid stimulated expression of periplasmic Fe3+-binding protein from the ABC transporter in Thermus thermophilus
, The 4th Japan - Netherlands Joint Seminar on Enzyme Science and Biotechnology, 2008.09.
99. 藤野 泰寛, 大島 敏久, 緒方 靖哉, 土居 克実, Thermus thermophilus HB8のシリカ誘導性タンパク質の転写解析 , 日本生物工学会 2008年度大会, 2008.08.
100. 藤野泰寛、横山拓史、大島敏久、緒方靖哉、土居克実, Thermus属細菌によるシリカ鉱物化機構の究明 〜シリカ誘導性タンパク質の発現制御機構解析〜, 日本生物工学会 第14回九州支部大会, 2007.12.
101. 藤野泰寛、横山拓史、大島敏久、緒方靖哉、土居克実, Thermus属細菌におけるSilica-induced protein (Sip)の発現誘導とその制御機構の解析, 極限環境微生物学会, 2007.11.
102. 土居克実、緒方靖哉, Thermus thermophilus によるシリカ鉱物化機構の解明 ~地殻で最も多い化合物の形成に関わる極限環境微生物の機能を解き明かす~, 極限環境微生物学会, 2007.11.
特許出願・取得
特許出願件数  1件
特許登録件数  0件
学会活動
所属学会名
米国微生物学会
日本農芸化学会
日本生物工学会
日本放線菌学会
日本乳酸菌学会
極限生物学会
学協会役員等への就任
1999.04~2000.03, 日本農芸化学会, 代議員.
1999.04, 日本農芸化学会 西日本支部, 評議員.
2001.04~2003.03, 日本農芸化学会 西日本支部, 幹事.
1999.04~2001.03, 日本農芸化学会 若手シンポジウム委員, 運営委員.
1999.04~2000.03, 日本生物工学会, 学術強化委員.
2002.04~2003.03, 日本生物工学会, バイオミディア編集委員.
2001.07~2003.07, 日本生物工学会 乳酸菌工学研究部会, 幹事.
2004.03, 日本乳酸菌学会, 代議員.
学会大会・会議・シンポジウム等における役割
2016.12.03~2015.12.03, 第23回日本生物工学会九州支部 飯塚大会, 座長(Chairmanship).
2015.12.05~2015.12.05, 第22回日本生物工学会九州支部宮崎大会, 座長(Chairmanship).
2015.03.26~2015.03.29, 日本農芸化学会2015年度大会, 座長(Chairmanship).
2014.09.19~2014.09.19, 2014年度 日本農芸化学会 西日本支部大会, 座長(Chairmanship).
2012.03.22~2012.03.26, 日本農芸化学会2012年度大会, 座長(Chairmanship).
2011.09.16~2011.09.18, 平成23年度日本農芸化学会西日本支部・中四国支部合同大会, 座長(Chairmanship).
2010.09.17~2010.09.18, 2010年度 日本農芸化学会 西日本支部大会, 座長(Chairmanship).
2010.03.27~2010.03.30, 日本農芸化学会2009年度大会, 座長(Chairmanship).
2009.10.30~2009.10.31, 日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部. 日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部. 日本食品科学工学会西日本支部. 合同大会, 座長(Chairmanship).
2009.09.23~2009.09.25, 日本生物工学会 2009年度大会, 座長(Chairmanship).
2009.03.27~2009.03.29, 日本農芸化学会2009年度大会 シンポジウム, 座長(Chairmanship).
2007.09, 2007年度 日本農芸化学会 中四国・西日本支部合同大会, 座長(Chairmanship).
2007.03, 日本農芸化学会2007年度大会, 座長(Chairmanship).
2005.11, 日本生物工学会 平成17年度大会, 座長(Chairmanship).
2004.10, 日本農芸化学会 西日本支部・北海道支部合同大会, 座長(Chairmanship).
2004.06, 日本生物工学会 乳酸菌工学研究部会 講演会, 座長(Chairmanship).
2004.03, 日本農芸化学会2003年度大会, 座長(Chairmanship).
2003.09, 日本農芸化学会 西日本支部、中国・四国支部合同大会, 座長(Chairmanship).
2003.09, 第55回日本生物工学会大会, 座長(Chairmanship).
2003.07, 日本生物工学会 乳酸菌工学研究部会 講演会, 司会(Moderator).
2003.03, 日本農芸化学会2002年度大会, 座長(Chairmanship).
2010.10.27~2010.10.29, 第62回 日本生物工学会大会, 大会実行委員.
2010.10.23~2010.10.23, 日本農芸化学会西日本支部若手シンポジウム, 世話人.
2010.09.03~2008.09.04, 酵素・補酵素研究会, 世話人.
2008.09.28~2008.09.30, 酵素科学とその生物工学への新展開に関する日本―オランダ共同セミナー, シンポジウム世話人.
2009.03.29, 日本農芸化学会2009年度大会シンポジウム, シンポジウム世話人.
2000.07, 日本放線菌学会2000年度大会, 大会事務局長.
学会誌・雑誌・著書の編集への参加状況
2013.04, Scientifica, 国際, 編集委員.
2002.04~2003.03, 生物工学会誌, 国内, 編集委員.
学術論文等の審査
年度 外国語雑誌査読論文数 日本語雑誌査読論文数 国際会議録査読論文数 国内会議録査読論文数 合計
2017年度 18  18 
2016年度 15  17 
2015年度 11  11 
2014年度 12  12 
2013年度
2012年度
2011年度 11  13 
2010年度
2009年度
2008年度
2007年度
2006年度
2005年度
2004年度
2003年度
2002年度
2001年度
2000年度
その他の研究活動
海外渡航状況, 海外での教育研究歴
The University of New South Wales, Australia, 2017.03~2017.03.
Institute of Plant Protection, ハノイ農業大大学, 日本国際センター(JICE)ベトナム事務所, JICAハノイ事務所, Vietnam, 2016.10~2016.10.
University of Wisconsin-Madison, UnitedStatesofAmerica, 2014.08~2014.08.
JICAハノイ事務所, Vietnam, 2010.12~2010.12.
Knoxville Convention Center, UnitedStatesofAmerica, 2010.06~2010.06.
カトマンズ大学, Nepal, 2009.03~2009.03.
大邱漢医大学校, 忠南大学校 農科大学, Korea, 2008.10~2008.10.
カリフォルニア大学デービス校, UnitedStatesofAmerica, 2008.08~2008.09.
キンモンクット大学トンブリ校, Thailand, 2006.11~2006.11.
ノンラム大学, ハノイ農業大大学, 日本国際センター(JICE)ベトナム事務所, JICAハノイ事務所, Vietnam, 2006.11~2006.12.
カセサート大学, チュラロンコン大学, チェンマイ大学, Thailand, 2005.11~2005.11.
ヤンゴン外国語大学, Myanmar, 2006.01~2006.01.
大邱漢医大学校, Korea, 2003.08~2003.08.
プノンペン王立大学, カンボジア, 2003.12~2003.12.
カセサート大学, チュラロンコン大学, チェンマイ大学, Thailand, 2005.11~2005.11.
ザグレブ大学, スプリット大学, Croatia, 2004.08~2004.09.
外国人研究者等の受入れ状況
2017.02~2017.09, 1ヶ月以上, Faculty of Science, Srinakharinwirot University, Thailand, 外国政府・外国研究機関・国際機関.
2015.03~2015.03, 2週間以上1ヶ月未満, Faculty of Science, Srinakharinwirot University, Thailand, 日本学術振興会.
2008.02~2008.03, 1ヶ月以上, カセサート大学 アグロンダストリー学部, Thailand, 日本学術振興会.
2006.06~2006.10, 1ヶ月以上, King Mongkut’s University of Technology, Thouburi, Thailand, 外国政府・外国研究機関・国際機関.
2006.03~2006.06, 2週間未満, King Mongkut’s University of Technology, Thouburi, Thailand, 外国政府・外国研究機関・国際機関.
2004.10~2004.12, 1ヶ月以上, カセサート大学 アグロンダストリー学部, Thailand, 日本学術振興会.
受賞
ポスター賞, 極限環境微生物学会, 2007.11.
日本放線菌学会 浜田賞, 日本放線菌学会, 2004.07.
研究資金
科学研究費補助金の採択状況(文部科学省、日本学術振興会)
2014年度~2017年度, 基盤研究(B), 分担, ネパール野生キノコのライブラリーと健康機能を含むデータベースの構築.
2014年度~2017年度, 基盤研究(B), 代表, 地熱環境における好熱性微生物によるシリカバイオミネラリゼーション形成の統合解析.
2012年度~2013年度, 挑戦的萌芽研究, 代表, Virome miningによる極限環境からの遺伝子資源探索法の開発.
2009年度~2011年度, 基盤研究(C), 代表, 高度好熱菌のシリカ誘導性タンパク質の発現機構の解明と異種タンパク質生産への応用.
2008年度~2009年度, 萌芽研究, 分担, メタエンザイム法の開発.
2007年度~2008年度, 萌芽研究, 分担, 透過型浄化壁における微生物群集構造の長期モニタリング.
2004年度~2005年度, 基盤研究(B), 分担, 東南アジアにおける乳酸菌資源の学術調査及びデータベースの構築.
2000年度~2003年度, 基盤研究(B), 分担, 好熱菌のシリカ誘導蛋白質の特性とシリカ鉱物化作用機構.
競争的資金(受託研究を含む)の採択状況
2015年度~2017年度, NEDO地熱発電技術研究開発プログラム, 分担, シード循環法によるシリカスケール防止技術の研究開発.
2014年度~2015年度, NEDOエネルギー・環境新技術先導プログラム, 分担, 地熱発電量を10倍化する酸性熱水利用および還元井減衰防止技術の開発.
2014年度~2015年度, 平成26~27年度 科学技術振興機構A-STEP(研究成果最適展開支援プログラム), 代表, 耐熱性溶菌酵素を用いたファージセラピー基盤の開発.
2014年度~2015年度, 小林国際奨学財団研究助成, 代表, 乳酸発酵過程におけるD-アミノ酸代謝機構の網羅的解析と効率的D-アミノ酸生産法の開発.
共同研究、受託研究(競争的資金を除く)の受入状況
2010.07~2013.03, 代表, 地熱水等極限環境下に生息する有用微生物の探索.
2009.12~2010.03, 代表, 新機能乳酸菌の分離・同定および該乳酸菌株をもちいた醗酵システム開発と生産物の解析.
2003.04~2004.03, 代表, Lactobacillus属乳酸桿菌の遺伝子操作による産業利用株の作出.
寄附金の受入状況
2017年度, 高橋産業経済研究財団, 高橋産業経済研究財団研究助成/地熱発電の高次利用に資するバイオ素材の開発.
2016年度, フジッコ株式会社, 効率的な乳酸発酵システムの構築に関する研究.
2015年度, 前川報恩会, 前川報恩会学術研究助成/バイオテクノロジーを利用したシリカスケール低減技術による地熱エネルギーの効率的利用法の開発.
2015年度, 小林国際奨学財団, 小林国際奨学財団研究助成/乳酸発酵過程におけるD-アミノ酸代謝機構の網羅的解析と効率的D-アミノ酸生産法の開発.
2012年度,  住友財団 , 平成24年度 住友財団 環境研究助成/メタルバイオテクノロジーを利用した地熱発電の多次元利用技術の創製.
2012年度, 公益財団法人ソルト・サイエンス研究財団, ソルト・サイエンス研究財団 平成24年度研究助成/臨海熱水湧出域における耐塩性・超好熱ウイルスの分子系統解析と有用酵素遺伝子の探索.
2011年度, ノボザイムズジャ パン, 2011年度 ノボザイムズジャ パン研究ファンド/Characterization of novel biosilicification-related protein in Thermus thermophilus and its application to nanotechnology.
2011年度, 公益財団法人住友電工グループ社会貢献基金, 住友電工グループ社会貢献基金 2011年度  学術・研究助成/バイオミネラリゼーションを利用した高純度シリカとリチウム資源回収技術の開発 .
2009年度, 長瀬産業株式会社, 放線菌プラスミドの接合伝達に関わる分子機構の解明.
2009年度, (財)吉田学術教育振興会, 平成21年度財団法人吉田学術教育振興会学術奨励金/バイオ-ナノテクノロジー融合による地熱資源の活用法の開発.
2009年度, (財)日本環境財団, 平成21年度財団法人日本環境財団研究助成金/新規プロバイオティクス機能を持つ乳酸菌の探索と食品開発への応用.
2009年度, JFE21世紀財団, JFE21世紀財団 2009年度・技術研究助成/バイオミネラリゼーションを利用した地熱資源の有効利用基盤の創成.
2008年度, 岩谷直治記念財団, 岩谷科学技術研究助成金/高度好熱性細菌によるシリカスケール形成の防除法と高濃度ケイ酸集積法の開発 〜地熱エネルギーの効率的利用法の創成〜.
2004年度, 武田科学振興財団, 武田科学振興財団研究奨学金/放線菌プラスミドの転移と宿主阻害に関与する遺伝子発現の時間的・空間的解析.
学内資金・基金等への採択状況
2010年度~2011年度, 九州大学教育研究プログラム・研究拠点形成プロジェクト(Bタイプ), 分担, ネパールの食品および環境中の遺伝資源の高度有効利用.
2008年度~2009年度, 九州大学教育研究プログラム・研究拠点形成プロジェクト(Bタイプ), 分担, 化学的・微生物学的手法による地熱熱水からのシリカ資源とレアメタル回収.
2003年度~2003年度, 農学研究院教育研究特別経費, 代表, 乳酸菌を利用した環境保全型農畜産システムの開発.

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