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秋山 良(あきやま りょう) データ更新日:2021.06.14

准教授 /  理学研究院 化学部門 複合領域化学講座


総説, 論評, 解説, 書評, 報告書等
1. 秋山 良, 末松 安由美, 液体の積分方程式理論を用いた電解質溶液内の同符号電荷間実効引力相互作用の研究, 分子シミュレーション学会誌"アンサンブル", Vol.23, No.2, p.p. 103 - 112, 2021.04.
2. Ryo Akiyama, Masahiko Annaka, Daisuke Kohda, Hiroyuki Kubota, Yusuke Maeda, Nobuaki Matsumori, Daisuke Mizuno, Norio Yoshida, Biophysics at Kyushu University, Biophysical Reviews, 10.1007/s12551-020-00643-2, 2020.01, [URL].
3. Hisashi Okumura, Masahiro Higashi, Yuichiro Yoshida, Hirofumi Sato, Ryo Akiyama, Theoretical approaches for dynamical ordering of biomolecular systems, Elsevier, 10.1016/j.bbagen.2017.10.001, BBA (Biochimica et Biophysica Acta) - General Subjects 1862 (2018) 212–228 (査読あり), 2018.02, [URL], Background Living systems are characterized by the dynamic assembly and disassembly of biomolecules. The dynamical ordering mechanism of these biomolecules has been investigated both experimentally and theoretically. The main theoretical approaches include quantum mechanical (QM) calculation, all-atom (AA) modeling, and coarse-grained (CG) modeling. The selected approach depends on the size of the target system (which differs among electrons, atoms, molecules, and molecular assemblies). These hierarchal approaches can be combined with molecular dynamics (MD) simulation and/or integral equation theories for liquids, which cover all size hierarchies. Scope of review We review the framework of quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) calculations, AA MD simulations, CG modeling, and integral equation theories. Applications of these methods to the dynamical ordering of biomolecular systems are also exemplified. Major conclusions The QM/MM calculation enables the study of chemical reactions. The AA MD simulation, which omits the QM calculation, can follow longer time-scale phenomena. By reducing the number of degrees of freedom and the computational cost, CG modeling can follow much longer time-scale phenomena than AA modeling. Integral equation theories for liquids elucidate the liquid structure, for example, whether the liquid follows a radial distribution function. General significance These theoretical approaches can analyze the dynamic behaviors of biomolecular systems. They also provide useful tools for exploring the dynamic ordering systems of biomolecules, such as self-assembly. This article is part of a Special Issue entitled “Biophysical Exploration of Dynamical Ordering of Biomolecular Systems” edited by Dr. Koichi Kato..
4. 久保田 陽二, 秋山 良, 分子スケールの外場で測る誘電率 -溶質分子周囲の水が作り出すポテンシャル揺らぎ-, 分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル", Vol.15, No.1, p.p. 33 - 41, 2013.01.
5. 秋山 良, 甲賀研一郎, 6th Mini-Symposium on Liquids (研究会報告), 物性研究 ・電子版, 2巻 021501, 2013.01, [URL].
6. Ken Tokunaga, Takuya Furumi, and Ryo Akiyama, Conversion process of chemical reaction into mechanical work through solvation change, AIP Conf. Proc. (NONEQUILIBRIUM STATISTICAL PHYSICS TODAY: Proceedings of the 11th Granada Seminar on Computational and Statistical Physics), Vol.1332, 299 (2011), 2011.04.
7. Ryo Akiyama, Ryo Sakata, and Yuji Ide, Reentrant behavior of effective attraction between like-charged macroions immersed in electrolyte solution, AIP Conf. Proc. (NONEQUILIBRIUM STATISTICAL PHYSICS TODAY: Proceedings of the 11th Granada Seminar on Computational and Statistical Physics), Vol.1332, 265 (2011), 2011.04.
8. 秋山良, Asakura-Oosawaモデルからはじめる定積過程と定圧過程の違い, 分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル", Vol.13, No.2, p.p. 57-65, 2011.04.
9. 秋山良, 青少年のためのAsakura-Oosawa理論入門, 生物物理, 51(1), p.p.036-040, (2011), 2011.01.
10. 秋山良、甲賀研一郎, 4th Mini-Symposium on Liquids -Liquid in life- (研究会報告), 物性研究 , 95-3, 301, 2010.12, [URL].
11. 秋山良, シンポジウム報告 領域委員会 第65回年次大会シンポジウムの報告 領域12、11「溶媒に着目した蛋白質溶液の熱力学-課題と落とし穴-」, 日本物理学会誌, 65,552-563(2010) のp.p. 563., 2010.06.
12. 甲賀研一郎、秋山良, 3rd Mini-Symposium on Liquids -ソフトな界面の物理と化学- (研究会報告), 物性研究 , 93-3, 284, 2009.12, [URL].
13. 吉森明、稲吉裕子、秋山良, Yamaguchi theory and Van der Waals picture
(2nd Mini-Symposium on Liquids -Van der Waals描像の周辺- (研究会報告))
, 物性研究 , 91-6, 713, 2009.03, [URL].
14. 秋山良、甲賀研一郎, 2nd Mini-Symposium on Liquids -Van der Waals描像の周辺- (研究会報告), 物性研究 , 91-6, 700, 2009.03, [URL].
15. 秋山良、小熊卓也, 学生向けスーパーコンピューター無料プランの授業における利用例ー物質科学系の学部学生が対象の場合ー, 九州大学情報基盤研究開発センター 全国共同利用システム広報, Vol.2, No.1(2008)1-5, 2008.08.
16. 秋山良, 研究室めぐり東西南北, 溶液化学研究会ニュース, 58, 6-9, June 20, 2007., 58, 6-9, June 20, 2007.06.
17. 秋山良, シンポジウム報告 領域委員会 第61回年次大会シンポジウムの報告 領域12、11「分子シミュレーションと熱力学量」, 日本物理学会誌, 61,525(2006) のp.p. 534-535., 2006.06.
18. 秋山良、狩野康人、木下正弘, 溶媒分子の並進運動由来の巨大分子間引力相互作用と熱測定, 熱測定, 33(3), p.p.104-113, (2006), 2006.06.
19. 秋山良, 積分方程式理論、枯渇相互作用、平均力ポテンシャル, 熱測定, 33(3), p.p.134-135, (2006), 2006.06.
20. 秋山良, 蛋白質の赤外振動エコー分光とシミュレーション、, アンサンブル (シミュレーション研究会ニュースレター), 18号(2002年)p.4, 2002.01.

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