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基本情報 研究活動
藤 英博(とう ひでひろ) データ更新日:2020.01.10



主な研究テーマ
高速シークエンサーを利用したエピゲノム情報解析
キーワード:エピジェネティクス、DNAメチル化、メチロミクス、メチローム、小分子RNA(piRNA・siRNA・miRNA)、生殖細胞、次世代シークエンサー
2011.04.
乳酸菌・ビフィズス菌など微生物の比較ゲノム解析
キーワード:プロバイオティクス、腸内フローラ、細菌叢、マイクロバイオーム、マイクロビオータ
2007.04.
研究業績
主要原著論文
1. Okae H, Toh H, Sato T, Hiura H, Takahashi S, Shirane K, Kabayama Y, Suyama M, Sasaki H, Arima T, Derivation of human trophoblast stem cells, Cell Stem Cell, 22, 50-63, 2018.01.
2. Maenohara S, Unoki M, Toh H, Ohishi H, Sharif J, Koseki H, Sasaki H, Role of UHRF1 in de novo DNA methylation in oocytes and maintenance methylation in preimplantation embryos, PLoS Genetics, 13, e1007042, 2017.10.
3. Kabayama Y, Toh H, Katanaya A, Sakurai T, Chuma S, Kuramochi-Miyagawa S, Saga Y, Nakano T, Sasaki H, Roles of MIWI, MILI and PLD6 in small RNA regulation in mouse growing oocytes, Nucleic Acids Research, 45, 5387-5398, 2017.05.
4. Toh H, Shirane K, Miura F, Kubo N, Ichiyanagi K, Hayashi K, Saitou M, Suyama M, Ito T, Sasaki H, Software updates in the Illumina HiSeq platform affect whole-genome bisulfite sequencing, BMC Genomics, 18, 31, 2017.01.
5. Hamada H, Okae H, Toh H, Chiba H, Hiura H, Shirane K, Sato T, Suyama M, Yaegashi N, Sasaki H, Arima T, Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta, The American Journal of Human Genetics, 99, 1045-1058, 2016.11.
6. Kubo N, Toh H, Shirane K, Shirakawa T, Kobayashi H, Sato T, Sone H, Sato Y, Tomizawa S, Tsurusaki Y, Shibata H, Saitsu H, Suzuki Y, Matsumoto N, Suyama M, Kono T, Ohbo K, Sasaki H, DNA methylation and gene expression dynamics during spermatogonial stem cell differentiation in the early postnatal mouse testis, BMC Genomics, 16, 624, 2015.08.
7. Toh H, Oshima K, Nakano A, Takahata M, Murakami M, Takaki T, Nishiyama H, Igimi S, Hattori M, Morita H, Genomic adaptation of the Lactobacillus casei group, PLoS One, 8, e75073, 2013.10.
8. Shirane K, Toh H, Kobayashi H, Miura F, Chiba H, Ito T, Kono T, Sasaki H, Mouse oocyte methylomes at base resolution reveal genome-wide accumulation of non-CpG methylation and role of DNA methyltransferases, PLoS Genetics, 9, e1003439, 2013.04.
9. Fukuda S, Toh H, Hase K, Oshima K, Nakanishi Y, Yoshimura K, Tobe T, Clarke JM, Topping DL, Suzuki T, Taylor TD, Itoh K, Kikuchi J, Morita H, Hattori M, Ohno H, Bifidobacteria can protect from enteropathogenic infection through production of acetate, Nature, 469, 543-547, 2011.01.
10. Morita H, Toh H (co-first author), Oshima K, Yoshizaki M, Kawanishi M, Nakaya K, Suzuki T, Miyauchi E, Ishii Y, Tanabe S, Murakami M, Hattori M, Complete genome sequence and comparative analysis of the fish pathogen Lactococcus garvieae, PLoS One, 6, e23184, 2011.08.
11. Toh H, Oshima K, Toyoda A, Ogura Y, Ooka T, Sasamoto H, Park SH, Iyoda S, Kurokawa K, Morita H, Itoh K, Taylor TD, Hayashi T, Hattori M, Complete genome sequence of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE15 belonging to phylogenetic group B2, Journal of Bacteriology, 192, 1165-1166, 2010.02.
12. Oshima K, Toh H (co-first author), Ogura Y, Sasamoto H, Morita H, Park SH, Ooka T, Iyoda S, Taylor TD, Hayashi T, Itoh K, Hattori M, Complete genome sequence and comparative analysis of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE11 isolated from a healthy adult, DNA Research, 15, 375-386, 2008.12.
13. Hongoh Y, Sharma VK, Prakash T, Noda S, Toh H, Taylor TD, Kudo T, Sakaki Y, Toyoda A, Hattori M, Ohkuma M, Genome of an endosymbiont coupling N2 fixation to cellulolysis within protist cells in termite gut, Science, 322, 1108-1109, 2008.11.
14. Morita H, Toh H, Fukuda S, Horikawa H, Oshima K, Suzuki T, Murakami M, Hisamatsu S, Kato Y, Takizawa T, Fukuoka H, Yoshimura T, Itoh K, O'Sullivan DJ, McKay LL, Ohno H, Kikuchi J, Masaoka T, Hattori M, Comparative genome analysis of Lactobacillus reuteri and Lactobacillus fermentum reveal a genomic island for reuterin and cobalamin production, DNA Research, 15, 151-161, 2008.06.
15. Nakabachi A, Yamashita A, Toh H, Ishikawa H, Dunbar HE, Moran NA, Hattori M, The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella, Science, 314, 267, 2006.10.
16. Toh H, Weiss BL, Perkin SA, Yamashita A, Oshima K, Hattori M, Aksoy S, Massive genome erosion and functional adaptations provide insights into the symbiotic lifestyle of Sodalis glossinidius in the tsetse host, Genome Research, 16, 149-156, 2006.02.
17. Toh H, Miura K, Shirai M, Hattori M, In silico inference of inclusion membrane protein family in obligate intracellular parasites chlamydiae, DNA Research, 10, 9-17, 2003.02.
18. Toh H, Kamikawaji N, Tana T, Muta S, Sasazuki T, Kuhara S, Magnitude of structural changes of the T-cell receptor binding regions determine the strength of T-cell antagonism: molecular dynamics simulations of HLA-DR4 (DRB1*0405) complexed with analogue peptide, Protein Engineering, 13, 423-429, 2000.06.
主要総説, 論評, 解説, 書評, 報告書等
1. 藤 英博、佐々木 裕之, エピジェネティクスと国際ヒトエピゲノムコンソーシアム, 医学のあゆみ, 266, 475-478, 2018.08.
2. 藤 英博、佐々木 裕之, 国際ヒトエピゲノムコンソーシアムの現状と展開, ホルモンと臨床, 62, 141-144, 2015.12.
3. 藤 英博, 微生物の設計図を読み解く, 微生物機能学 (森田英利 監修) pp37-45、三共出版, 2012.03.
4. 森田 英利、藤 英博, 乳酸菌・ビフィズス菌のゲノム解析, 乳酸菌とビフィズス菌のサイエンス (日本乳酸菌学会 監修) pp 263-271、京都大学学術出版会, 2010.12.
学会活動
所属学会名
日本分子生物学会
日本エピジェネティクス研究会
研究資金
科学研究費補助金の採択状況(文部科学省、日本学術振興会)
2015年度~2017年度, 基盤研究(C), 代表, ハダカデバネズミの女王化抑制と老化耐性をもたらすエピゲノム修飾の解明.

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