九州大学 研究者情報
研究者情報 (研究者の方へ)入力に際してお困りですか?
基本情報 研究活動 教育活動 社会活動
手島 康介(てしまこうすけ) データ更新日:2022.04.06

教授 /  理学研究院 生物科学部門 動態生物学


主な研究テーマ
連続的に分布する生物集団を対象にした集団遺伝学の開発
キーワード:集団遺伝学、連続分布、シミュレーション
2019.04~2021.06.
ゲノム配列中に存在する遺伝的変異の情報をもとに生物の過去を推定する方法の開発およびデータ解析を行っている。遺伝的情報から生物集団の集団史を再構築する・個々の遺伝子特異的な進化を明らかにすることを目的としている。
キーワード:集団遺伝、分子進化、ゲノム、進化
2011.08~2012.06.
従事しているプロジェクト研究
卵子が持つ精子DNA損傷を修復する能力の分子機構の解明
2020.04~2024.03, 代表者:大野みずき, 九州大学.
連続的に分布する生物の集団遺伝学
2019.04~2022.03, 代表者:手島康介, 九州大学.
熱帯林の減少に伴う森林劣化の評価手法の確立と多様性維持
2009.04~2012.03, 代表者:原田 光, 愛媛大学, 愛媛大学
.
研究業績
主要著書
主要原著論文
1. Kotaro Dokan, Sayu Kawamura, Kosuke M Teshima, Effects of single nucleotide polymorphism ascertainment on population structure inferences., G3 (Bethesda, Md.), 10.1093/g3journal/jkab128, 2021.04, Single nucleotide polymorphism (SNP) data are widely used in research on natural populations. Although they are useful, SNP genotyping data are known to contain bias, normally referred to as ascertainment bias, because they are conditioned by already confirmed variants. This bias is introduced during the genotyping process, including the selection of populations for novel SNP discovery and the number of individuals involved in the discovery panel and selection of SNP markers. It is widely recognized that ascertainment bias can cause inaccurate inferences in population genetics and several methods to address these bias issues have been proposed. However, especially in natural populations, it is not always possible to apply an ideal ascertainment scheme because natural populations tend to have complex structures and histories. In addition, it was not fully assessed if ascertainment bias has the same effect on different types of population structure. Here we examine the effects of bias produced during the selection of population for SNP discovery and consequent SNP marker selection processes under three demographic models: the island, stepping-stone, and population split models. Results show that site frequency spectra and summary statistics contain biases that depend on the joint effect of population structure and ascertainment schemes. Additionally, population structure inferences are also affected by ascertainment bias. Based on these results, it is recommended to evaluate the validity of the ascertainment strategy prior to the actual typing process because the direction and extent of ascertainment bias vary depending on several factors..
2. Teshima KM, Innan H, The coalescent with selection on copy number variants, Genetics, 190, 3, 1077-86, 2012.05, We develop a coalescent-based simulation tool to generate patterns of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in a wide region encompassing both the original and duplicated genes. Selection on the new duplicated copy and interlocus gene conversion between the two copies are incorporated. This simulation enables us to explore how selection on duplicated copies affects the pattern of SNPs. The fixation of an advantageous duplicated copy causes a strong reduction in polymorphism not only in the duplicated copy but also in its flanking regions, which is a typical signature of a selective sweep by positive selection. After fixation, polymorphism gradually increases by accumulating neutral mutations and eventually reaches the equilibrium value if there is no gene conversion. When gene conversion is active, the number of SNPs in the duplicated copy quickly increases by transferring SNPs from the original copy; therefore, the time when we can recognize the signature of selection is decreased. Because this effect of gene conversion is restricted only to the duplicated region, more power to detect selection is expected if a flanking region to the duplicated copy is used..
主要総説, 論評, 解説, 書評, 報告書等
主要学会発表等
1. 手島 康介, 集団遺伝学的解析:理論編, ゲノム多様性データの統計解析, 2014.12.
2. 手島 康介, Chakraborty Ranajit, Y-STRハプロタイプ間の不一致マー カー数の分布に関する研究, 日本遺伝学会, 2014.09.
3. 佐藤衣里, 亀井敦哉, 鈴木 節子, 須貝 杏子, 酒井 敦, 猪股 伸幸, 山本 進一, 手島 康介, 舘田 英典, 常緑広葉樹イスノキ(Distylium racemosum)及びシマイスノキ(D. lepidotum)の集団遺伝学的解析, 日本遺伝学会, 2013.09.
作品・ソフトウェア・データベース等
1. 手島康介, 印南秀樹, mbs, 2009.05
集団サイズの変化や自然選択の影響を受けた遺伝子を作成するシミュレーションプログラム, [URL].
学会活動
所属学会名
日本バイオインフォマティクス学会
森林遺伝育種学会
日本進化学会
日本遺伝学会
学協会役員等への就任
2021.04~2023.03, 日本遺伝学会, 評議員.
学会大会・会議・シンポジウム等における役割
2019.08.03~2019.08.05, 木村資生記念 進化学セミナー, その他.
2018.09.01~2018.09.03, 木村資生記念 進化学セミナー, その他.
2017.08.02~2017.08.05, 木村資生記念 進化学セミナー, その他.
2016.12.05~2016.12.06, ゲノム多様性解析ワークショップ, その他.
2015.12.16~2015.12.17, ゲノム多様性データの統計解析, その他.
2014.12.04~2014.12.05, ゲノム多様性データの統計解析, その他.
2013.12.20~2013.12.21, ゲノム多様性のデータ解析, その他.
2009.09.16~2009.09.18, 日本遺伝学会, その他.
学会誌・雑誌・著書の編集への参加状況
2019.01~2021.01, 日本進化学ニュースレター, 国内, 編集委員.
学術論文等の審査
年度 外国語雑誌査読論文数 日本語雑誌査読論文数 国際会議録査読論文数 国内会議録査読論文数 合計
2019年度      
2016年度      
2017年度      
2018年度      
研究資金
科学研究費補助金の採択状況(文部科学省、日本学術振興会)
2010年度~2012年度, 基盤研究(C), 最終氷期以降の分布拡大に伴う森林樹木の遺伝的適応に関する集団遺伝学的研究.
2012年度~2014年度, 基盤研究(C), 植物の対照的適応戦略に関する次世代分子生態学.
2014年度~2017年度, 基盤研究(C), アンプリコンシークエンス解析を用いた樹木集団進化に関する集団遺伝学的研究.
2015年度~2017年度, 基盤研究(C), 霊長類感覚多重遺伝子族の大規模集団解析による嗅覚・味覚・色覚の総体的進化像の解明.
2020年度~2023年度, 基盤研究(C), 卵子が持つ精子DNA損傷を修復する能力の分子機構の解明.
2019年度~2021年度, 基盤研究(C), 連続的に分布する生物の集団遺伝学.
2018年度~2018年度, 基盤研究(B), 分担, 最終氷期以降の分布拡大に伴う森林樹木の遺伝的適応に関する集団遺伝学的研究.
2012年度~2014年度, 基盤研究(A), 分担, 植物の対照的適応戦略に関する次世代分子生態学.
2014年度~2017年度, 基盤研究(B), 分担, アンプリコンシークエンス解析を用いた樹木集団進化に関する集団遺伝学的研究.
2015年度~2017年度, 基盤研究(A), 分担, 霊長類感覚多重遺伝子族の大規模集団解析による嗅覚・味覚・色覚の総体的進化像の解明.
2012年度~2015年度, 基盤研究(C), 分担, 昆虫ゲノムにおける転移因子の動向による異種交雑の指標確立.
2013年度~2016年度, 若手研究(B), 代表, 非平衡状態にある非モデル生物の集団史の推定.
2009年度~2011年度, 若手研究(B), 遺伝子重複によるゲノム進化の解明.

九大関連コンテンツ

pure2017年10月2日から、「九州大学研究者情報」を補完するデータベースとして、Elsevier社の「Pure」による研究業績の公開を開始しました。
 
 
九州大学知的財産本部「九州大学Seeds集」