九州大学 研究者情報
発表一覧
中村 崇裕(なかむら たかひろ) データ更新日:2022.06.14

教授 /  農学研究院 生命機能科学部門 生命機能分子化学


学会発表等
1. 中村崇裕, PPR蛋白質を利用したDNA/RNA編集技術の開発
, 第38回 日本植物バイオテクノロジー学会(つくば)大会シンポジウム, 2022.06.
2. 中村崇裕, 国産ゲノム編集技術プラットフォームの構築
, 植物化学シンポジウム, 2021.11.
3. 中村崇裕, ゲノム編集産業化プラットフォーム
・国産ゲノム編集技術とその産業化を目指して
, 「福岡バイオコミュニティ」の挑戦, 2021.11.
4. 中村崇裕, NEDOスマートセルPJにおけるゲノム編集技術の開発
, 日本ゲノム編集学会会員特別セミナー 「ゲノム編集の研究動向」, 2021.03.
5. 中村崇裕, 大学発ゲノム編集技術の産業化における諸課題
, JBAシンポジウム「ゲノム編集技術の社会実装に伴う諸問題にどう対処すべきか?」, 2020.10.
6. 中村崇裕 , PPRタンパク質を利用したDNA/RNA編集技術の開発
, プロジェクト横断型公開シンポジウム 「植物のゲノム編集基盤技術開発の現状と展望」, 2020.02.
7. T Nakamura, Y Yagi, Designer RNA binding protein based on PPR protein, as a new modality for targeted therapy, ESCGT2019, 2019.10.
8. 中村崇裕, PPR蛋白質を利用したDNA/RNA編集技術の開発
, JADCI/JSHDR2019, 2019.09.
9. 中村崇裕 , PPR蛋白質の配列特異的なRNAとの結合の理解と利用
, 日本育種学会・シンポジウム , 2019.09.
10. 中村崇裕 , PPR蛋白質を利用したDNA/RNA編集技術の開発
, 農芸化学回西日本支部例会, 2019.05.
11. 中村崇裕 , PPR技術で創るDNA/RNA編集技術
, 国際医薬品開発展, 2019.03.
12. 中村崇裕, PPR蛋白質を利用したDNA/RNA編集技術の開発
, 産学官連携秋季シンポジウム, 2018.12.
13. 中村崇裕, 国産ゲノム・RNA編集技術の医療での展開
, 革新的医薬・核酸医薬の開発, 2018.01.
14. 中村崇裕, PPR motif as a New DNA/RNA Binding Module for Genome/Transcriptome Editing
, AFELiSA, 2017.11.
15. 中村崇裕, DNA、RNAの両方を操作する次世代型ゲノム編集技術の開発, 第58回ヒューマンサイエンス・バイオインターフェース, 2017.05.
16. 中村 崇裕, 第9回DNA鑑定学会, 植物科学シンポジウム2016 植物科学とイノベーション, 2016.12.
17. 中村 崇裕, PPRタンパク質を用いたDNA/RNA操作技術の開発, 第9回DNA鑑定学会, 2016.11.
18. 中村 崇裕, PPRタンパク質を用いたDNA/RNA操作技術の開発, 日本植物学会 第80回大会理事会主催シンポジウム, 2016.09.
19. Takahiro Nakamura, PPR motif as a new module for genome and transcriptome editing-from organelle biology to protein engineering-, 2016.02, The pentatricopeptide repeat (PPR) protein family is a eukaryotic specific protein family that is specially expanded in plant (~500), whereas very few in other organisms (five in yeast and six in human). Most PPR proteins are gene-specific regulators of mitochondria and chloroplast gene expression, suggesting that PPR protein is evolved for control of endosymbiotic organelle genome. PPR proteins function as sequence-specific RNA/DNA binding proteins in various RNA/DNA metabolisms including RNA cleavage, splicing, RNA editing, and translation, through recognition by tandem arrays of degenerate 35-amino-acid repeating units, the PPR motifs. Recently, we have cracked the RNA/DNA recognition code: one PPR motif corresponds to one nucleotide, and amino acid variances at three particular positions confer the nucleotide specificity with programmable manner, and further above principles could be applied for both RNA- and DNA-binding PPR proteins. Our finding opened another possibility, the use of PPR motif on “genome editing” (DNA manipulation) and “transcriptome editing” (RNA manipulation). I would like to present current perspective about PPR protein family in endosymbiotic genome regulation, and our recent activities of PPR engineering for genome and transcriptome editing..
20. 中村 崇裕, PPRタンパク質を利用した次世代型ゲノム編集技術
, 第8回DNA鑑定学会大会, 2015.12, 様々な生物のゲノム配列情報が明らかになり、ゲノム機能の解明などの従来の還元的な生物学に加えて、新しい生命システムの構築などの構成的な生物学が加速しつつある。このため、数十億塩基対から構成されるゲノム中の目的の1つの遺伝子、もしくはゲノムから転写される目的の1つのRNAを特異的に操作・改変する技術が求められている。最近、設計可能な人工ヌクレアーゼなどを用いた革新的なDNA操作技術であるゲノム編集が確立し、ゲノム中の特定の遺伝子の破壊や外来遺伝子の狙った位置への導入が可能になり、その利用が大きく期待されているが、その基本技術は全て海外で特許化されており、産業利用を視野に入れた独自の国産技術の確立が望まれる。一方、生物の複雑さや種の独自性に、多様な選択的スプライシングや非常に多くの蛋白質非コードRNAが大きく関わることが示唆されているが、ゲノム編集と対となるような汎用的なRNA操作技術は確立されていない。
我々は植物に多く含まれるPPRタンパク質を材料に、DNAおよびRNAそれぞれの操作技術の開発を行っている。PPRタンパク質は、35アミノ酸からなるPPRモチーフの連続で構成され、配列特異的なRNAまたはDNA結合蛋白質として働く。我々は、PPRタンパク質のDNA/RNA認識コードを解明し、特定の配列に結合する人工のDNA結合タンパク質およびRNA結合タンパク質、それぞれを設計するための基礎知的基盤を確立した。本講演では、既存のゲノム編集技術、およびPPRタンパク質を利用したRNA/DNA操作技術の開発の現状と可能性について紹介します。
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21. Takahiro Nakamura, PPR motif as a New DNA/RNA Binding Modulefor Genome/transcriptome Editing, International Symposium on Plant Genome Engineering, 2015.11, Determination of complete genome sequences (DNA) and the transcriptome (RNA) for a wide variety of organisms have opened a new biological era for understanding of the complex genetic functions that define living entities. New technologies have recently emerged that enable targeted editing of genomes in diverse systems, by using designer nucleases with programmable, sequence-specific DNA binding modules of ZF finger and TALE protein, and a guide RNA-based CRISPR/CAS9 system. These advances are driving new approaches to many areas including agriculture, biotechnology and studies of genome structure and function. In contract, versatile, programmable RNA binding module that enables manipulation of a single specific RNA in the living cell, is not available to date.
The PPR (pentatricopeptide repeat) motif-containing protein, that organizes a large family in plants, is a sequence-specific RNA or DNA binding protein involving in multiple aspects of organelle RNA/DNA metabolisms including RNA stability, processing, RNA editing, and transcription. PPR proteins consist of a tandem array of PPR motifs (degenerated 35 amino acids) in variety repeat length (2-27 repeats).
Recently, we cracked the RNA/DNA recognition code: one PPR motif corresponds to one nucleotide, and amino acid variances at three particular positions confer the nucleotide specificity with programmable manner, and the code can be shared between RNA- and DNA-binding PPR proteins. Here we show our recent progress and future perspective of the PPR protein engineering for genome and transcriptome editing.
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22. Takahiro Nakamura, PPR motif as a New DNA/RNA Binding Modulefor Genome/transcriptome Editing, Conference on Transposition and Genome Engineering 2015, 2015.11, Recently established genome editing technologies using ZF, TALE and CRISPR/Cas9 are driving new approaches to many areas of biotechnology and studies of genome structure and function. In contract, versatile, programmable RNA binding module that enables manipulation of a specific RNA in the living cell, is not available to date. The PPR (pentatricopeptide repeat) motif-containing protein, that organizes a large family in plants, is a sequence-specific RNA/DNA binding protein involving in multiple aspects of organelle gene expression. PPR proteins consist of a tandem array of PPR motifs (35 amino acids) in variety repeat length (2-27 repeats). Using Biochemical and informatics approaches, we successfully cracked the RNA/DNA recognition code: one PPR motif corresponds to one nucleotide, and amino acid variances at three particular positions confer the nucleotide specificity with programmable manner, and further above principles could be applied for both RNA- and DNA-binding PPR proteins. Our finding facilitates the use of PPR motif on “genome editing” (DNA manipulation) and “transcriptome editing” (RNA manipulation). We would like to show our recent progress and future perspective for the PPR protein engineering for genome and transcriptome editing. .
23. 中村 崇裕, PPRモチーフを利用したカスタムDNA/RNA結合タンパク質の設計とゲノム編集での利用
, 第6回Molecular Cardiovascular Conference II, 2015.09, 近年、設計可能な人工ヌクレアーゼなどを用いて、ゲノム中の特定の遺伝子を破壊したり、外来遺伝子を狙った位置に導入する「ゲノム編集」技術が確立し、先天的な疾患に関連する遺伝子の改変などの応用展開が期待されている。しかし、ゲノム編集の基幹技術は全て海外で特許化されており、かつ特許権の帰属が複雑なため、国産のゲノム編集技術の確立が望まれる。
一方、ゲノムプロジェクトによって、多様な選択的スプライシングや膨大な量の蛋白質非コードRNAが発見され、ゲノム情報の発現におけるRNAの生物学的重要性が再認識された。RNA段階の制御と様々な後天的な疾患との関連が示唆されている。しかし、ゲノム編集と対となるようなRNA操作技術は確立されていない。
植物に多く含まれるPPR (pentatricopeptide repeat) 蛋白質は、35アミノ酸からなるPPRモチーフの連続で構成され、配列特異的なRNAまたはDNA結合蛋白質として働く。我々は、1つのPPRモチーフが1つの塩基に対応すること、結合塩基がモチーフ中の3箇所のアミノ酸によりコード化できること、DNAおよびRNA結合型PPRモチーフが同じ動作原理で核酸を認識すること、を見いだした。すなわち、PPRモチーフをモジュール化・集積することで、RNAとDNAの両方について、特定の配列に結合する蛋白質分子を設計することができる。本講演では、現存のゲノム編集技術、および純国産のDNA/RNA結合モジュールであるPPRモチーフについて、開発の現状と可能性について紹介します。
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24. 中村 崇裕, PPRタンパク質を利用したDNA/RNA操作技術の開発
, 第5回合成生物学シンポジウム, 2015.08, 様々な生物のゲノム配列情報が明らかになり、ゲノム機能の解明などの従来の還元的な生物学に加えて、新しい生命システムの構築などの構成的な生物学が加速しつつある。このため、数十億塩基対から構成されるゲノム中の目的の1つの遺伝子、もしくはゲノムから転写される目的の1つのRNAを特異的に操作・改変する技術が求められている。最近、設計可能な人工ヌクレアーゼなどを用いた革新的なDNA操作技術であるゲノム編集が確立し、ゲノム中の特定の遺伝子の破壊や外来遺伝子の狙った位置への導入が可能になり、その利用が大きく期待されているが、その基本技術は全て海外で特許化されており、産業利用を視野に入れた独自の国産技術の確立が望まれる。一方、生物の複雑さや種の独自性に、多様な選択的スプライシングや非常に多くの蛋白質非コードRNAが大きく関わることが示唆されているが、ゲノム編集と対となるような汎用的なRNA操作技術は確立されていない。
我々は植物に多く含まれるPPRタンパク質を材料に、DNAおよびRNAそれぞれの操作技術の開発を行っている。PPRタンパク質は、35アミノ酸からなるPPRモチーフの連続で構成され、配列特異的なRNAまたはDNA結合蛋白質として働く。我々は、PPRタンパク質のDNA/RNA認識コードを解明し、特定の配列に結合する人工のDNA結合タンパク質およびRNA結合タンパク質、それぞれを設計するための基礎知的基盤を確立した。本シンポジウムでは、既存のゲノム編集技術、およびPPRタンパク質を利用したRNA/DNA操作技術の開発の現状と可能性について紹介します。
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25. Takahiro Nakamura, PPR Motifs and Their Engineering, Gordon Research Conference, Reengineering Photosynthetic Organelles, 2015.01.
26. Takahiro Nakamura, PPR motif as a new RNA/DNA binding module for genome editing, JAACT2014 Symposium, 2014.11.
27. 中村 崇裕, PPRタンパク質を用いたゲノム編集技術開発, 植物ゲノム編集ワークショップ, 2014.11.
28. 中村 崇裕, ゲノム編集の概念と技術の現状, 平成26年度日本水産学会秋季大会 ミニシンポジウム 水産物におけるゲノム編集の現状と展望, 2014.09.
29. 中村 崇裕, ゲノム編集と植物育種における現状, 九州農業研究発表会, 2014.09.
30. 中村 崇裕, ゲノム編集と新しいDNA/RNA結合モジュール、PPRモチーフ, 第51回 化学関連支部合同九州大会, 2014.06.
31. 中村 崇裕, ゲノム編集と新しいDNA/RNA結合モジュール、PPRモチーフ, 第32回 日本動物工学会 シンポジウム 「日本のバイオ医薬品開発を支える先端技術」, 2014.06.
32. 中村 崇裕, ゲノム編集の新しいDNA/RNA結合モジュール、PPRモチーフ, ゲノム編集ワークショップ「ゲノム編集の現状と可能性」, 2014.05.
33. 中村 崇裕, 八木祐介, PPR motif: オルガネラ研究からRNA/DNA操作ツールの開発へ, 第55回日本植物生理学会年会, 2014.03.
34. 中村 崇裕, ゲノム編集の現状、およびPPRを用いた国産技術開発の取組, 植物バイオテク懇話会, 2013.07.
35. 中村 崇裕, 植物オルガネラの遺伝子発現に働くPPR蛋白質、そのRNA認識基盤
, 「植物ミトコンドリア研究の新展開」、岡山大学資源植物科学研究所 共同利用・共同研究拠点ワークショップ, 2013.01.
36. Takahiro Nakamura, Molecular basis for the RNA recognition of the pentatricopeptide repeat (PPR) protein
, The 2nd Meeting on RNA and Biofunctions-Asia Study “RNA Biofunctions and Viruses”, 2013.01.
37. 中村 崇裕, 植物オルガネラ遺伝子発現を司るPPR蛋白質、そのRNA認識の分子基盤
, 国立遺伝学研究所 研究集会 「生殖とオルガネラ:細胞質における遺伝情報の次世代への伝達・分配」, 2012.12.
38. Takahiro Nakamura, Molecular basis for the RNA recognition of the pentatricopeptide repeat protein, Frontiers in Plant RNA research 2012, 2012.10.
39. 中村 崇裕, 植物ミトコンドリア遺伝子発現の分子基盤解明と育種への応用, 日本育種学会, 2012.09.
40. 小林啓子、久野恵三、川畑万寿代、松岡健、中村崇裕, PPR蛋白質のRNA認識に機能するアミノ酸の解析, 第55回日本植物生理学会年会 , 2012.03.
41. 中村 崇裕, 植物で大きなファミリーを形成するPPR蛋白質の配列特異的なRNA認識メカニズムとその利用, 東京理科大学 総合研究機構、RNA科学総合研究センター 公開シンポジウム「RNA科学の現状と将来」, 2012.06.
42. 八木 祐介、林晋平、小林 啓子、平山隆志、中村崇裕, Pentatricopeptide repeat (PPR) モチーフのRNA認識コード, 第55回日本植物生理学会年会 , 2012.03.
43. 中村崇裕 , 任意のRNA配列に結合、切断する蛋白質の設計方法, JST主催・九州大学 新技術説明会, 2012.01.

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